Strain
Bat_JQ989270
(Region: China; Strain: Rousettus bat coronavirus HKU10 isolate 183A, complete genome.; Date: 5-Oct)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCAATTGACATTGGCTTTTGCCAATGACTCCGAGATTTCAGCTTATGGCTTTGACACCGTCGAGCATGCCGTGGCACAATATAGTGCTGCCGCAGCTAACGGTTTTGCTCAATGCCGATTTGTCATTACTGGCCTGCAAGACTTGGTTGTGGGTGTTAACGATGAAGAGTTTGTTCTTGTCGTGACTGGCTTGCACCAACTCACAGCCCGTATTGGCAAATTCGGTGACCAACCCCAAAACTTACGTGGTTGGTTGCTGTTCTCCAACTCCAACTACTTCTTAGGTGAGTTGGATCTTATTTTTGGCAATCGCGGTGGTACCACTGTTTTTGTCGATAACTTTTTGTGTGGTGCTAATGGTCTTCCAGCTTGTTCTGAACAAGAATGGGAGTTTAAAGACTATTTTGGTGAACTTGATGAAGTCATCATTAATGGCACCACTTTTGTTAAAGCATGGAATGTGGACCGTACACCAGGACCTTATTCAACCCAAAACTTGCTTTCCATTAACTCTATTTCTTGGTGTGGTGAAATCCCACACTCACTTGCTGACGGTTCTATTCGTAGGGTTGCTAAAGTGGTGAAAAAGAGTAAGAGTGTTTTGCTTGGCAAACAGTTTCAACAATTGTATGACAGTGTTGGTTCTCCTTTTGTTACTAATGGTAAAAACCTTACTGATGTGCTTGTGAAGCCAATTTATTGTCATGCTCTTGTTAAATGCCAATGTGGCAAAACATCATGGACTGTTGGTGATTGGAGTTGTTATAAGTCTATGTGTTGTGGTTTTAACTGTAAACCCCTTGCCATTGTCAACGGAGAAGTCGTCCCTGGTGATGTTCTCGTTACCAGCGACAAGGTATCTGCCTCCGGAACTAAGTACTATAATGGTATGGTGCTTAAGTTTGTGGACAAAATTGACAATGCTTGCTTGTGGAGAATTACACAAGTTCAGAGTTGCATGGATGTTGTTGCGTCCGGCAATTACAAGGGAGATGAATTCATCTATCACACTGATGATATTTGCAGTCCGACTAATATGTCTAAAATATCTCATGCTTTTAAATTATGTTACTTCACAGGTTCTTACACAGATGAAGTAAAATCTGCTCTACTCCATGGTGAGTTCGATGTTTGCACAAACATCTGTGATGTTTCAGACCATTCAATTCACAAGCCTTGGTTTGTGCGTGAGATGGAGGAACTTCTTGGAGGAGCATGGGACAACTTTGTTAAGGCTGTTAAGTCCTTATCTGTCTTGAACAGTCAACTGTTCGACCTTATGAGTGGTCTTGCTAAGGCTACTATTAGGGTTGTAAATGGCTGCATTGAGTTTTGTGCCAATATTCCTACATGCTTTAACGATGCTTTTGAGTGTCTTAAGAGCTTTGTGGAAACACTTTTTGACCTTACAGTTAATACTGTAACATTTGCTGGTCAGTCTTTTAAGGCTGTCGGTGATTATGTTCTTCTTAACAATGCCATTGTTAAGTTTGTATCTGTAAAGGTTAAAGGTTTACACCAGGATGGCATTAAGAGTACTATGTATGCCACTACAGTTGTTGGTAAAACAGCTAAAGTTAAGTCCCGTAGAATTGAAACGTGCAATGCTAATCTGAGTGTTGTACCTGACCAAGCACTTGTTAAAGACGGTGTTACCAAGATTATTGGTGGACGTTCGTTCTTTTGTAGTGGAGGTTGTTATCGCTTGATGAGTGATGTGGATACTGTTATTATGTCACCTGTTTACCAAGCTGTTGCACCCACTGAAGTTGTGTTCAACTGTGTTAAACCTGCTGGTTTTGTGGATCCTGTGTGTAGCACTCTTCCTGAACTTGTCAGTGATGTGACTAAACAATTATTGCCCTTGAACAAACCTTACCGTTTCTACGACGTTAAGGTTAAAGATGGCATGTGTATTGTTACACAAGAGACCACATTTAGAGCACCATCTTATATTGCAAACAGTGCGCTGTTTGTGCAGCTTTGTGAAGAGTGCGTGGATGTTCAAGGTTTTGATGATTTCTACGTAAAGGCACATGAAGCTACCAGTTTGAGCCAATTCGAACCTATGTTTCCTGCTTTTCAACAGTTTGTAAAAAGTGTTGATTGCCCCCAAATATTGAAGGATATTGATGGTGGTGGCATTTGGAAGACATTTATTCAGACTGTTTCTGATGCTGTTGAGTTCGTAAAATCTATTAAGGTAGATTTTGGACTAGACGGTATTATTATTACAGCTACAAAGAGGTTCAAGAAATTTGCAGGCATTCTCCTTAATTTGTACAGAGAGTTTATTGCTTCTGTTACAAGTGTGGTTAAGATTGGTGGTAAGAGTTTTACTTACTACTTGTTTGAGAAGCCTAAAATGGCCATTTCTGGTATTTTGCATAATGTGCGTGTTCTTAAGGCTAAAGATTGCACTATTGCTGCTGAAGATATCCTTGTTGAAATGACTGTTTTTGACAGCTTTGAAATACCTATTCAACCATCTCGTGTTGAAGTTCAGCAAGTCGAATTTGAAGAGGCAGAATTTGTGCAACCACAGGCTGGTGGTGTTCTTGCTGTTGTTAACAAACATGTGTTTTACAATAAGGGCGACTACTATTACCCTGCCAATGAAACACATGCTGTGCCTGTATGCTACAAAAGAGGTAGTGGTACTAATGGCACTGTTGTAAAATTCTCTGAAGCAGTTCAGGTTAAAGAGATAGAACCTGTCCATCGTGTTAAACTTGAATATGAGTTTGAAGATGAAACTATTGTAGAAATATGCAAGAAAGTCATTGGAAAACGTTACAAGTTTACAGGTACAGAGTGGGAAGAACTTTGTAGTTACATTCATAGTGTAATGAAAACAGTATCAGACCACATTGAAGTACCTGAGTACTTTGTCTATGATGAAGAAGGTGGAAATGATTTTACAAAAGTTGTTATGGTTTCTCAGTATTCAATTGCTGATGAACAGCCTGAAAATGTGGGGCAAACGGATGTTCTTAAAGAAGAGCAGACAGTTGAAGCCACATCCAAATCACAGGTTGTACAACCATTGAAACAACAAGAACCCGTAAAACCACAAAAGTCTCAAATTGAAGAAGTTAATGAAGCTCTTAGTTTTATGCTTGAACCAGTACAACAGAAACCTAAAGTTAATCCTTTTAATTTTGAATTCTATGACTATAAGGGCATTAGAGTTCTTAAACAGAAGGATAACAATTGTTGGGTTTCGTCTACATTGGTTCAATTGCAATTATTGGATTGCTACTCTGATCCTGCATTTGACTTGTTCAAGGCAGGTAGTGTTGCACCGATAGTACAAAAGTGCTATGAGCTCACACGAAACATTGTAGGTTCTGCTGGCGATGTTTCTTTTGCTTTAGAACAACTTCTTAAAGACTTGCACACAATGTTTATAACATTTGATGTTGTGTGTGGTTGTAACAACGGTGAAAGGCGCCAATCAGAGCTTAGTGGTTGTGTGTTTAGGTTTTTACCTACATCTGAACCATTTGCCTATGGTGGCTGTCCATCTTGTGATAAACCTCTTATGCACACTATAACATCTATGCAAGGTACTGGTGTGTTTTGCCAAGATCCTAAAGCTGTGGATGTTACTACGTTGTTGGTTCAACCTATGTGTGCTTCTGCTTTCATTGGCAATTGGTTTAATAACTCGCTTGGTCATTACAAAACAAATGTTTATGACAAGGGGTTTTGTGTTGACGGTAATGGATCATGGCCTATCACTTTGAACACCTTGAACACTATTTGTTACAAGGATGTCAATTATGTTAGACCACTTCCTGTTGTGTCTGATCAACCAATTGTTGAAGAGAAAACTAAACAAGATGAATTAAAACCTTTTGCAACTTATAGAAATGTTGAATTCTACAAGGGTGAGATATCGGACCTTGTGCAACTTAAACATGACTTTGTGGTCAATGCTGCTAATGAGAATTTGAGTCATGGTGGTGGTGTTGCTGCAGCGATAAACAATCTTACTAAAGGTTTGTTACAAACGTTGTCAGACCATTATGTGAAGAAAAATGGCAAAATAAAAGTTGGACAGGGTGTTATGTTACATTGTGGTAAGGAAAACGTCTTGAATGTTGTTGGACCACGTAAAGGTAAGCATTCACCTCAATTGCTTGAGAAAGCCTACAAGTTTGTTTTAAAACAAAAAGGCACACCACTTACACCACTTCTTAGTGTAGGTATCTTTAAAGTACCTATTTTGGAGTCTGTTACAGCTTTAAAAAATGTTGTTGGCGACCGTCATGTTAAATGTTTTTGTTACTCAGTTGCAGAAGTCTCTGAGATACAGAAATGTCTTGACAATGATGTGGTTGAACCTAAAATGGAAGTCCCACAGATTGAATCTGAGACGGTTATATCTGTGTCACAAAACACAGAACAACAAGCATTTTCACATGTGGATAGAAGGGAACTTAAACCTTGCAGAGTTGAGGGTAAGTTTTCATTTTATGATTGTCCTATTGCTGACATTGCTATCACAGAACCTGAGAGAGTTGTCTTCTTTACAGATGTTAAACTTAGTTTTTGTGAGGCAGCAAAAGCATTAGACAAACATTATGAAGGTGCTTTGACTAGCTGTGTACAGGCCTATTTAGCTGAGACACCATTGATTCCTGCTGGTAATTTGTTAACTTTGAAGTGTGAAGGTGCCATTCCTGTTAGTTTTGCTGTTCTGCCAGATACAGATGCAGCAAATTATAACAAGGATGTTAAACGCACATTGACAAAAGTGTCAAAGTTAAAAGGCAAAATATTTTGCACGATACCAACAGTAGATGTTATGAAACAAATGCTTAAGTGCTGCAACACAAGTTTTATTGTAACTGATGCTACCAAAACTCGATTGTCAGAGTGTTTTGAGTCTGCAGTAGTAGAAGTTAAAGTTACACATGACGGTCGTGATGTGCACACCGTCAAGGTTAAGACTGATGTTGTACTTGACGAGCAAGTTGGTGT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Protein
MASNQLTLAFANDSEISAYGFDTVEHAVAQYSAAAANGFAQCRFVITGLQDLVVGVNDEEFVLVVTGLHQLTARIGKFGDQPQNLRGWLLFSNSNYFLGELDLIFGNRGGTTVFVDNFLCGANGLPACSEQEWEFKDYFGELDEVIINGTTFVKAWNVDRTPGPYSTQNLLSINSISWCGEIPHSLADGSIRRVAKVVKKSKSVLLGKQFQQLYDSVGSPFVTNGKNLTDVLVKPIYCHALVKCQCGKTSWTVGDWSCYKSMCCGFNCKPLAIVNGEVVPGDVLVTSDKVSASGTKYYNGMVLKFVDKIDNACLWRITQVQSCMDVVASGNYKGDEFIYHTDDICSPTNMSKISHAFKLCYFTGSYTDEVKSALLHGEFDVCTNICDVSDHSIHKPWFVREMEELLGGAWDNFVKAVKSLSVLNSQLFDLMSGLAKATIRVVNGCIEFCANIPTCFNDAFECLKSFVETLFDLTVNTVTFAGQSFKAVGDYVLLNNAIVKFVSVKVKGLHQDGIKSTMYATTVVGKTAKVKSRRIETCNANLSVVPDQALVKDGVTKIIGGRSFFCSGGCYRLMSDVDTVIMSPVYQAVAPTEVVFNCVKPAGFVDPVCSTLPELVSDVTKQLLPLNKPYRFYDVKVKDGMCIVTQETTFRAPSYIANSALFVQLCEECVDVQGFDDFYVKAHEATSLSQFEPMFPAFQQFVKSVDCPQILKDIDGGGIWKTFIQTVSDAVEFVKSIKVDFGLDGIIITATKRFKKFAGILLNLYREFIASVTSVVKIGGKSFTYYLFEKPKMAISGILHNVRVLKAKDCTIAAEDILVEMTVFDSFEIPIQPSRVEVQQVEFEEAEFVQPQAGGVLAVVNKHVFYNKGDYYYPANETHAVPVCYKRGSGTNGTVVKFSEAVQVKEIEPVHRVKLEYEFEDETIVEICKKVIGKRYKFTGTEWEELCSYIHSVMKTVSDHIEVPEYFVYDEEGGNDFTKVVMVSQYSIADEQPENVGQTDVLKEEQTVEATSKSQVVQPLKQQEPVKPQKSQIEEVNEALSFMLEPVQQKPKVNPFNFEFYDYKGIRVLKQKDNNCWVSSTLVQLQLLDCYSDPAFDLFKAGSVAPIVQKCYELTRNIVGSAGDVSFALEQLLKDLHTMFITFDVVCGCNNGERRQSELSGCVFRFLPTSEPFAYGGCPSCDKPLMHTITSMQGTGVFCQDPKAVDVTTLLVQPMCASAFIGNWFNNSLGHYKTNVYDKGFCVDGNGSWPITLNTLNTICYKDVNYVRPLPVVSDQPIVEEKTKQDELKPFATYRNVEFYKGEISDLVQLKHDFVVNAANENLSHGGGVAAAINNLTKGLLQTLSDHYVKKNGKIKVGQGVMLHCGKENVLNVVGPRKGKHSPQLLEKAYKFVLKQKGTPLTPLLSVGIFKVPILESVTALKNVVGDRHVKCFCYSVAEVSEIQKCLDNDVVEPKMEVPQIESETVISVSQNTEQQAFSHVDRRELKPCRVEGKFSFYDCPIADIAITEPERVVFFTDVKLSFCEAAKALDKHYEGALTSCVQAYLAETPLIPAGNLLTLKCEGAIPVSFAVLPDTDAANYNKDVKRTLTKVSKLKGKIFCTIPTVDVMKQMLKCCNTSFIVTDATKTRLSECFESAVVEVKVTHDGRDVHTVKVKTDVVLDEQVGVCSLNNCDLTGVKPDDAIVDVVSVAPEVDWISYYGFPRADLYHTLDHKQYAYENSDVEGKRVLKFSDNNCWVNTICLQLQFAKAIFKTEGLQAMWDEFLTGRVERFVHWLYWYQNIEKGQPGDVEYLLGKISRYLVNSGTVTISKDSVCCNSKRTLTTPVVEASILKSGFDDGVCKHGNACVSRISAVRGTVIVIQTGKPKVYPRAALIDGDTYTTYSGSVEDGHYTVFETKNSRVYDGDTVSTGNDLSTHAVSSVVVANKLFDDPIEVVEREASSIVNTLDTSAEKFFSFGDIVSRNCVTFLVWLFSMFSLAFKAFRTRDVKVIAQVPQRTGLILSRSLKYNVKATNKFLQSRTKWVVLFSKMLLVLSTLYALWFLLLRFGPLHDTVCTSYVEGYSKSNFDKNAFCENLACKTCLYGYEELSDFPHTVTTWTHLGDPLFKTLLPLIYIAFLLIFGGVVVRGFMLYFVAQYVNQFGVVLGFQDSVWALQLVPFSIFGDEIVVLFLVIKFMLFLKHVFFGCEKPSCVACSKSARLTRIPMQTIVNGSNRSFYVVANGGKKFCEKHKFFCVNCDSYGQGNTFINDVVAAEVSNVVKTNVIATGPAVIDITKVEFHNGFYYLYGDDGKTFWRYNFDITEGKYSCKEVLKNSNVLADFIVYNNVGSNLAQVKNACVYFSQLLCKPIKLVDATLLATLNVDFNGALHAAFVEVLNESFGKDLKSCSTMADCKTALDIDADDEEFVNGVSNAHRYNTLLSDLSYNNFVTSYAKPEEKLSTHDLAACMRGGAKVVNHNILVKENVPIVWYAKDFNMLSEEGRRYVVKTAKLKGVNFLLTFNDNRMQTQIPVVSVTTKCGSGIRRCYNYIWWICAFILCVFLATGFVDYTSMVVSASDYDFRYIEGGKLKVFETPLKCVHNTFANFDNWYNSKFGFTPSKDKRCPIVVGVSNEARTIPGVPSGVFLFGKTLVFALQIVFGGSHTCYDMTGPAPLDRCIFDSACTTLNGLGGERVYCYKNGLVEGSLLYTDLQPNSYYSLPVGGYVRLPEVITSGLGFRTVRTQQTTYCRMGECVDSKAGICFGANRFLVYSAESGTDFVCGTGLLSLLLNVFNMFSSSFSVLAMSGQIVFNCVLTCVIIMACLLVTKLKRMFGDLSLGVCTVVCVAIVNNLSYIITQNAVMMVVYAILYFLSTRTFKYGWIWHVGYCIAYLSMAPWWLLFWYMCSALIGLVPSLLKLKVTSQLFDGDKFVGNFETAATGTFVLDMHSYQRIVNSIAPEKIKQHAASYNKYKYYSGAASEADYRLACYAHLAKAVLDYGTNHQDTLYTPPTISYNSTLQSGLRKMAQPSGVVEKCVVRVCYGNMALNGLWLGDVVICPRHVIASNTNALIDYEHEISVMRLHNFSVSVGNVFLGVVSATMKGANLHIKVNQTNVNTPEHSFKTIKQGESFNILACYDGMPSGVYGVTMRNNYTIRGSFITGACGSPGYNVTNGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSNLEGVMYGCYEDQPTLQIEGVNHLVTPNVIAFLYGALLNGITWWLNSDKVSVESFNEWALNNGFTTCGNLDCFNMLSAKTGVDVQRLLAAVQRLHNSFGGKNILGYTTLTDEFTVGEVIKQMYGVTLQSNKVVGAFCNLAIVGLFVTMFWSELLQYTAFFWVSPGFVTPVFFALLLVSFILMCFLKHKVLFLYTFLIPSVIIMASYNFMWDWSVAAELARIFDYHVSIVSFDIQGLLNVAVCLFVTLLHTMRFFKTNTSISTYVLSLAFTVYGFVVGSDVLSIVMTLLFNLTSSWYVGAIVYKLAYYLQYYTSFAQILGSIKAIMLCYMGLGYLCCVYYGFLYWINRFCKLSLGVYDFKVSANEFKFMVANGLQAPRGVFDSLALSIKLMGIGGEKTIKVSSVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIAANTKEWSYCVDLHNKINLCNDPEAAQEMLLALLAFFLSKHKDFGFDDLLDSYFADNSILQSVASTFVNMPSFIAYENARQAYEDAIANDSAPQLVKQLKTAMNIAKSEFDREVSVQKKISRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVIGAMHSLLMGMLRKLDMSNVDTILNLAKDGVVPLSIIPAACSTKLNVVSADLDSYYKICRDGCVHYAGVIWNVIDIRDNDGKIVHAKEIAPENVENIAWPIFLNCERIVKLQNNEIMPGKLKQRPVKAEGDGISADGMALFNNESGKTFMYAFIADKPDLKFVKWEFDNGCSVIELEPPCRFAVQTPTGTTIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELAVNSPLLTMCAFAVDPAKTYLDAVKRGAKPVGNCIKMLANGSGTGQAVTTGVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGYCKLKGRYVQVPMGTIDPIRFVLENEACKVCQCWLNNGCACDRVSTSMQAFDNGYFKRARGSSAAQLEPCNGTDTDHCVRAFDIYNKDVACLGKFLKTNCVRFRNKLHKDAYFVIKRCPKSVMEHEQSIYDILKDSGAIATHDFFVWKDGRMIYGNISRQDLTKYTMMDLVYALRNFDEKNCETLKEILVITGACDQSYFDNKFWFDPVENEDLHRVYAILGKIVANAMLKCVRLGDAMVKHGIVGVITLDNQDLNGNFYDFGDFAKTLPGMGVPLCTSYYSYMMPVMGMTNCLAGECFIKSDIFGSDFKSFDLLHYDFTDHKQALFEKYFKHWDQEYHPNCVDCHDELCIVHCANFNTLFSTTIPITAYGPLCRKVFVDGVPLVATAGYHFKQLGIVWNKDLNTHSTRLTINELLQFVTDPSLLVASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTKQTMQPGHFNKEFYDFLRKQGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAIKDFDYYRYNKPTMLDVCQARVAYKLVSRYFDIYDGGCITAKDVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLTYEEQDALYAVTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLNTLINGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCTTDERYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDASTAYANSVFNIFQAVSSNINRLLTIDSNVCNNVSVKTLQRELYDNCYRSSSVDEQFIDKYYCYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADISAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEPDITKGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHPNPEYRKVFYVLLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLL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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027352
CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR009466 NSP11
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1156 Identity=59.12%
Cov(Q)=13.67% Cov(P)=97.07%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0039694 P:viral RNA genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6780
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
413.626929999993
Exp number, first 60 AAs:
0.00097
Total prob of N-in:
0.00024
outside
1 - 2022
TMhelix
2023 - 2045
inside
2046 - 2108
TMhelix
2109 - 2131
outside
2132 - 2150
TMhelix
2151 - 2173
inside
2174 - 2525
TMhelix
2526 - 2548
outside
2549 - 2614
TMhelix
2615 - 2637
inside
2638 - 2744
TMhelix
2745 - 2767
outside
2768 - 2781
TMhelix
2782 - 2804
inside
2805 - 2824
TMhelix
2825 - 2847
outside
2848 - 2856
TMhelix
2857 - 2879
inside
2880 - 3301
TMhelix
3302 - 3324
outside
3325 - 3328
TMhelix
3329 - 3351
inside
3352 - 3357
TMhelix
3358 - 3380
outside
3381 - 3394
TMhelix
3395 - 3417
inside
3418 - 3428
TMhelix
3429 - 3446
outside
3447 - 3449
TMhelix
3450 - 3472
inside
3473 - 3492
TMhelix
3493 - 3515
outside
3516 - 6780
