Strain
Bat_JQ989271
(Region: China; Strain: Rousettus bat coronavirus HKU10 isolate 175A, complete genome.; Date: 5-Oct)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCAATTGACATTGGCTTTTGCCAATGACTCTGAGATTTCAGCTTATGGCTTTGACACCGTCGAGCATGCCGTGGCACAATATAGTGCTGCCGCAGCTAACGGTTTTGCTCAATGCCGATTTGTCATTACTGGCCTGCAAGACTTGGTTGTGGGTGTTAACGATGAAGAGTTTGTTCTTGTCGTGACTGGCTTGCACCAACTCACAGCCCGTATTGGCAAATTCGGTGACCAACCCCAAAACTTACGTGGTTGGTTGCTGTTCTCCAACTCCAACTACTTCTTAGGTGAGTTGGATCTTACTTTTGGCAATCGCGGTGGTACCACTGTTTTTGTCGATAACTTTTTGTGTGGTGCTAATGGTCTTCCAGCTTGTTCTGAACAAGAATGGGAGTTTAAAGACTATTTTGGTGAACTTGATGAAGTCATCATTAATGGCACCACTTTTGTTAAAGCATGGAATGTGGACCGTACACCAGGACCTTATTCAACCCAAAACTTGCTTTCCATTAACTCTATTTCTTGGTGTGGTGAAATCCCACACTCACTTGCTGACGGTTCTATTCGTAGGGTTGCTAAAGTGGTGAAAAAGAGTAAGAGTGTTTTGCTTGGCAAACAGTTTCAACAATTGTATGACAGTGTTGGTTCTCCTTTTGTTACTAATGGTAAAAACCTTAGTGATGTGCTTGTGAAGCCAATTTATTGTCATGCTCTTGTTAAATGCCAGTGTGGCAAAACATCATGGACTGTTGGTGATTGGAGTTGTTATAAGTCTATGTGTTGTGGTTTTAACTGTAAACCCCTTGCCATTGTCAACGGAGAAGTCGTCCCTGGTGATGTTCTCGTTACCAGCGACAAAGTATCTGCCTCCGGGACTAAGTACTATAATGGTATGGTGCTTAAGTTTGTGGACAAAATTGACAATGCTTGCTTGTGGAGAATTACACAAGTTCAAAGTTGCATGGATGTTGTTGCGTCCGGCAATTACAAGGGAGATGAATTCATCTATCACACTGATGATATTTGCAGTCCGACTAACATGTCTAAAACATCTCATGCTTTTAAATTATGTTACTTCACAGGTTTTTACACAGATGAGGTAAAATCTGCTCTACTCCATGGTGAGTTCGATGTTTGCACAAACATCTGTGATGTTTCAGACCATTCAATTCACAAGCCTTGGTTTGTGCGTGAGATGGAGGAACTTCTTGGAGGAGCATGGGACAACTTTGTTAAGGCTGTTAAGTCCTTATCTGTCTTGAACAGTCAACTGTTTGACCTTATGAGTGGTCTTGCTAAGGCTACTATTAGGGTTGTAAATGGCTGCATTGAGTTTTGTGCCAATATTCCTACATGCTTTAACGATGCTTTTGAGTGTCTTAAGAGCTTTGTGGAAACACTTTTTGACCTTACAGTTAACACTGTAACATTTGCTGGTCAGTCTTTTAAGGCTGTCGGTGATTATGTTCTTCTTAACAACGCCATTGTTAAGTTTGTATCTGTAAAGGTTAAAGGTTTACACCAGGATGGCATTAAGAGTACTATGTATGCCACTACAGTTGTTGGTAAAACAGCTAAAGTTAAGTCCCGTAGAATTGAAACGTGCAATGCTAACCTGAGTGTTGTACCTGACCAAGCACTTGTTAAAGACGGTGTTACCAAGATTATTGGTGGACGTTCGTTCTTTTGTAGTGGAGGTTGTTATCGCTTGATGAGTGATGTGGATACTGTTATTATGTCACCTGTTTACCAAGCTGTTGCACCCACTGAAGTTGTGTTCAACTGTGTTAAACCTGCTGGTTTTGTGGATCCTGTGTGTAGCACTCTTCCTGAACTTGTCAGTGATGTGACTAAACAATTATTGCCCTTGAACAAACCTTACCGTTTCTACGACGTTAAGGTTAAAGATGGCATGTGTATTGTTACACAAGAGACCACATTTAGAGCACCATCTTATATTGCAAACAGTGCGCTGTTTATGCAGCTTTGTGAAGAGTGCGTGGATGTTCAAGGTTTTGATGATTTCTACGTAAAGGCACATGAAGCTACCAGTTTGAGCCAATTTGAACCTATGTTTCCTGCTTTTCAACAGTTTGTAAAAAGTGTTGATTGCCCCCAAATATTGAAGGATATTGATGGTGGTGGCATTTGGAAGACATTTATCCAGACTGTTTCTGATGCTGTTGAGTTCGTAAAATCTATTAAGGTAGATTTTGGACTAGACGGTATTATTATTACAGCTACAAAGAGGTTCAAGAAATTTGCAGGCATTCTCCTTAATTTGTACAGAGAGTTTATTGCTTCTGTTACAAGTGTGGTTAAGATTGGTGGTAAGAGTTTTACTTACTACTTGTTTGAGAAGCCTAAAATGGCCATTTCTGGTATTTTGCATAATGTGCGTGTTCTTAAGGCTAAAGATTGCACTATTGCTGCTGAAGATATCCTTGTTGAAATGACTGTTTTTGACAGCTTTGAAATACCTATTCAACCGTCTCGTGTTGAAGTTCAGCAAGTCGAATTTGAAGAGGCAGAATTTGTGCAACCACAGGCTGGTGGTGTTCTTGCTGTTGTTAACAAACATGTGTTTTACAATAAGGGCGACTACTATTACCCTGCCAATGAAACACATGCTGTGCCTGTATGCTACAAAAGAGGTAGTGGTACTAATGGCACTGTTGTAAAATTCTCTGAAGCAGTTCAGGTTAAAGAGATAGAACCTGTCCATCGTGTTAAACTTGAATATGAGTTTGAAGATGAAACTATTGTAGAAATATGCAAGAAAGTCATTGGAAGACGTTACAAGTTTACAGGTACAGAGTGGGAAGAACTTTGTAGTTACATTCATAGTGTAATGAAAACAGTATCAGACCACATTGAAGTACCTGAGTACTTTATTTATGATGAAGAAGGTGGAAATGATTTTACAAAAGTTGTTATGGTTTCTCAGTATTCAATTGCTGATGAACAGCCTTGTGAATATGTGGGGCAAACGGATGTTCTTAAAGAAGAGCAGGTAATTGAAGCCACATCCAAATCACAGGTTGTACAACCATTGAAACAACAAGAACCCGTAAAACCACAAAAGTCTCAAATTGAAGAAGTTAATGAAGCTCTTAGTTTTATGCTTGAACCAGTACAACAGAAACCTAAAGTTAATCCTTTTAATTTTGAATTCTATGACTATAAGGGCATTAGAGTTCTTAAACAGAAGGATAACAATTGTTGGGTTTCGTCTACATTGGTTCAATTGCAATTATTGGATTGCTACTCTGATCCTGCATTTGACTTGTTCAAGGCAGGTAGTGTTGCACCGATAGTACAAAAGTGCTATGAGCTCACACGAAACATTGTAGGTTCTGCTGGCGATGTTTCTTTTGCTTTAGAACAACTTCTTAAAGACTTGCACACAATGTTTATAACATTTGATGTTGTGTGTGGTTGTAACAACGGTGAAAGGCGCCAATCAGAGCTTAGTGGTTGTGTGTTTAGGTTTTTACCTACATCTGAACCATTTGCCTATGGTGGCTGTCCATCTTGTGATAAACCTCTTATGCACACTATAACATCTATGCAAGGTACTGGTGTGTTTTGCCAAGATCCTAAAGCTGTGGATGTTACTACGTTGTTGGTTCAACCTATGTGTGCTTCTGCTTTCATTGGCAATTGGTTTAATAACTCGCTTGGTCATTACAAAACAAATGTTTATGACAAGGGGTTTTGTGTTGACGGTAATGGATCATGGCCTATCACTTTGAACACCTTGAACACTATTTGTTACAAGGATGTCAATTATGTTAGACCACTTCCTGTTGTGTCTGATCAACCAATTGTTGAAGAGGAAACTAAACAAGATGAATTAAAACCTTTTGCAACTTATAGAAATGTTGAATTTTACAAGGGTGAGATATCGGACCTTGTGCAACTCAAACATGACTTTGTGGTCAATGCTGCTAATGAGAATTTGAGTCATGGTGGTGGTGTTGCTGCAGCGATAAACAATCTTACTAAAGGTTTGTTACAAACGTTGTCAGACCATTATGTGAAGAAAAATGGCAAAATAAAAGTTGGACAGGGTGTTATGTTACATTGTGGTAAGGAAAACGTCTTGAATGTTGTTGGACCACGTAGAGGTAAGCATTCACCTCAATTGCTTGAGAAAGCCTACAAGTTTGTTTTAAAACAAAAAGGCACACCACTTACACCACTTCTTAGTGTAGGTATCTTTAAAGTACCTATTTTGGAGTCTGTTACAGCTTTAAAAAATGTTGTTGGCGACCGTCATGTTAAATGTTTTTGTTACTCAGCTGCAGAAGTCACTGAGATACAGAAATGTCTTGACAATGATGTGGTTGAACCTAAAATGGAAGTCCCACAGATTGAATCTGAGACGGTTATATCTGTGTCACAAAACACAGAACAACAAGCATTTTCACATGTGAATAGAAGGGAACTTAAACCTTGCAGAGTTGAGGGTAAGTTTTCATTTTATGATTGTCCTATTGCTGACATTGCTATCACAGAACCTGAGAGAGTTGTCTTCTTTACAGATGTTAAACTTAGTTTTTGTGAGGCAGCAAAAGCATTAGACAAACATTATGAATGTGCTTTGACTAGCTGTGTACAGGCCTATTTAGCTGAAACACCATTGATTCCTGCTGGTAATTTGTTAACTTTGAAGTGTGAAGGTGCCATTCCTGTTAGTTTTGCTGTTCTGCCAGATACAGATGCAGCAAATTATAACAAGGATGTTAAACGCACATTGACAAAAGTGTCAAAGTTAAAAGGCAAAATATTTTGCACAATACCACCAGTAGATGTTATGAAACAAATGCTTAAGTGCTGCAACACAAGTTTTATTGTAACTGATGCTACCAAAACTCGATTGTCAGAGTGTTTTGAGTCTGCAGTAGTAGAAGTTAAAGTTACACATGACGGTCGTGATGTGCACACCGTCAAAGTTAAGACTGATGTTGTGCTTGACGAGCAAGTTGG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Protein
MASNQLTLAFANDSEISAYGFDTVEHAVAQYSAAAANGFAQCRFVITGLQDLVVGVNDEEFVLVVTGLHQLTARIGKFGDQPQNLRGWLLFSNSNYFLGELDLTFGNRGGTTVFVDNFLCGANGLPACSEQEWEFKDYFGELDEVIINGTTFVKAWNVDRTPGPYSTQNLLSINSISWCGEIPHSLADGSIRRVAKVVKKSKSVLLGKQFQQLYDSVGSPFVTNGKNLSDVLVKPIYCHALVKCQCGKTSWTVGDWSCYKSMCCGFNCKPLAIVNGEVVPGDVLVTSDKVSASGTKYYNGMVLKFVDKIDNACLWRITQVQSCMDVVASGNYKGDEFIYHTDDICSPTNMSKTSHAFKLCYFTGFYTDEVKSALLHGEFDVCTNICDVSDHSIHKPWFVREMEELLGGAWDNFVKAVKSLSVLNSQLFDLMSGLAKATIRVVNGCIEFCANIPTCFNDAFECLKSFVETLFDLTVNTVTFAGQSFKAVGDYVLLNNAIVKFVSVKVKGLHQDGIKSTMYATTVVGKTAKVKSRRIETCNANLSVVPDQALVKDGVTKIIGGRSFFCSGGCYRLMSDVDTVIMSPVYQAVAPTEVVFNCVKPAGFVDPVCSTLPELVSDVTKQLLPLNKPYRFYDVKVKDGMCIVTQETTFRAPSYIANSALFMQLCEECVDVQGFDDFYVKAHEATSLSQFEPMFPAFQQFVKSVDCPQILKDIDGGGIWKTFIQTVSDAVEFVKSIKVDFGLDGIIITATKRFKKFAGILLNLYREFIASVTSVVKIGGKSFTYYLFEKPKMAISGILHNVRVLKAKDCTIAAEDILVEMTVFDSFEIPIQPSRVEVQQVEFEEAEFVQPQAGGVLAVVNKHVFYNKGDYYYPANETHAVPVCYKRGSGTNGTVVKFSEAVQVKEIEPVHRVKLEYEFEDETIVEICKKVIGRRYKFTGTEWEELCSYIHSVMKTVSDHIEVPEYFIYDEEGGNDFTKVVMVSQYSIADEQPCEYVGQTDVLKEEQVIEATSKSQVVQPLKQQEPVKPQKSQIEEVNEALSFMLEPVQQKPKVNPFNFEFYDYKGIRVLKQKDNNCWVSSTLVQLQLLDCYSDPAFDLFKAGSVAPIVQKCYELTRNIVGSAGDVSFALEQLLKDLHTMFITFDVVCGCNNGERRQSELSGCVFRFLPTSEPFAYGGCPSCDKPLMHTITSMQGTGVFCQDPKAVDVTTLLVQPMCASAFIGNWFNNSLGHYKTNVYDKGFCVDGNGSWPITLNTLNTICYKDVNYVRPLPVVSDQPIVEEETKQDELKPFATYRNVEFYKGEISDLVQLKHDFVVNAANENLSHGGGVAAAINNLTKGLLQTLSDHYVKKNGKIKVGQGVMLHCGKENVLNVVGPRRGKHSPQLLEKAYKFVLKQKGTPLTPLLSVGIFKVPILESVTALKNVVGDRHVKCFCYSAAEVTEIQKCLDNDVVEPKMEVPQIESETVISVSQNTEQQAFSHVNRRELKPCRVEGKFSFYDCPIADIAITEPERVVFFTDVKLSFCEAAKALDKHYECALTSCVQAYLAETPLIPAGNLLTLKCEGAIPVSFAVLPDTDAANYNKDVKRTLTKVSKLKGKIFCTIPPVDVMKQMLKCCNTSFIVTDATKTRLSECFESAVVEVKVTHDGRDVHTVKVKTDVVLDEQVGVCSLNNCDLTGVKPDDAIVDVVSVAPEVDWISYYGFPRAELYHTLDHKQYAYENSDVEGKRVLKFSDNNCWVNTICLQLQFAKAIFKTEGLQAMWDEFLTGRVERFVHWLYWYQNIEKGQPGDVEYLLGKISRYLVNSGTVTISKDSVCCNSKRTLTTPVVEASILKSGFDDGVCKHGNACVSRISAVRGTVIVIQTGKPKVYPRAALIDGDAYTTYSGSVEDGHYTVFETKNSRVYDGDTVSTGNDLSTHAVSSVVVANKLFDDPIEVVEREASSIVNTLDTSAEKFFSFGDIVSRNCVTFLVWLFSMFSLAFKAFRTRDVKVIAQVPQRTGLILSRSLKYNVKATNKFLQSRTKWVVLFSKMLLVLSTLYALWFLLLRFGPLHDTVCTSYVEGYSKSNFDKNAFCENLACKTCLYGYEELSDFPHTVTTWTHLGDPLFKTLLPLVYIAFLLIFGGVVVRGFMLYFVAQYVNQFGVVLGFQDSVWALQLVPFSIFGDEIVVLFLVIKFMLFLKHVFFGCEKPSCVACSKSARLTRIPMQTIVNGSNRSFYVVANGGKKFCEKHKFFCVNCDSYGQGNTFINDVVAAEVSNVVKTNVIATGPAVIDITKVEFHNGFYYLYGDDGKTFWRYNFDITEGKYSCKEVLKNSNVLADFIVYNNVGSNLAQVKNACVYFSQLLCKPIKLVDATLLATLNVDFNGALHAAFVEVLNESFGKDLKSCSTMADCKTALDIDADNEEFVNGVSNAHRYNTLLSDLSYNNFVTSYAKPEEKLSTHDLAACMRGGAKVVNHNILVKENVPIVWYAKDFNMLSEEGRRYVVKTAKLKGVNFLLTFNDNRMQTQIPVVSVTTKCGSGIRRCYNYIWWICAFILCVFLATGFVDYTSMVVSASDYDFRYIEGGKLKVFETPLKCVHNTFANFDNWYNSKFGFTPSKDKRCPIVVGVSNEARTIPGVPSGVFLFGKTLVFALQTVFGGSHTCYDMTGPAPLDRCIFDSACTTLNGLGGERVYCYKNGLVEGSLLYTDLQPNSYYSLPVGGYVRLPEVITSGLGFRTVRTQQTTYCRMGECVDSKAGICFGANRFLVYSAESGIDFVCGTGLLSLLLNVFNMFSSSFSVLAMSGQIVFNCVLTCVVIMACLLVTKLKRMFGDLSLGVCTVVCVAIVNNLSYIITQNAVMMVVYAILYFLSTRTFKYGWIWHVGYCIAYLSMAPWWLLFWYMCSALIGLVPSLLKLKVTSQLFDGDKFVGNFETAATGTFVLDMHSYQRIVNSIAPEKIKQHAASYNKYKYYSGAASEADYRLACYAHLAKAVLDYGTNHQDTLYTPPTISYNSTLQSGLRKMAQPSGVVEKCVVRVCYGNMALNGLWLGDVVICPRHVIASNTNALIDYEHEISVMRLHNFSVSVGNVFLGVISATMKGANLHIKVNQTNVNTPEHSFKTIKQGESFNILACYDGMPSGVYGVTMRNNYTIRGSFITGACGSPGYNVTNGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSNLEGVMYGCYEDQPTLQIEGVNHLVTPNVIAFLYGALLNGITWWLNSDKVSVESFNEWALNNGFTTCGNLDCFNMLSAKTGVDVQRLLAAVQRLHNSFGGKNILGYTTLTDEFTVGEVIKQMYGVTLQSNKVVGAFCNLAIVGLFVTMFWSELLQYTAFFWVSPGFVTPVFFALLLVSFILMCFLKHKVLFLYTFLIPSVIIMASYNFMWDWSVAAELARIFDYHVSIVSFDIQGLLNVAVCLFVTLLHTMRFFKTNTSISTYVLSLAFTVYGFVVGSDVLSIVMTLLFNLTSSWYVGAIVYKLAYYLQYYTSFAQILGSIKAIMLCYMGLGYLCCVYYGFLYWINRFCKLSLGVYDFKVSANEFKFMVANGLQAPRGVFDSLALSIKLMGIGGEKTIKVSSVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIAANTKEWSYCVDLHNKINLCNDPEVAQEMLLALLAFFLSKHKDFGFDDLLDSYFADNSILQSVASTFVNMPSFIAYENARQAYEDAIANDSAPQLVKQLKTAMNIAKSEFDREVSVQKKISRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVIGAMHSLLMGMLRKLDMSNVDTILNLAKDGVVPLSIIPAACSTKLNVVSADLDSYYKICRDGCVHYAGVIWNVIDIRDNDGKIVHAKEIAPENVENIAWPIFLNCERIVKLQNNEIMPGKLKQRPVKAEGDGISADGMALFNNESGKTFMYAFIADKPDLKFVKWEFDNGCSVIELEPPCRFAVQTPTGTTIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELAVNSPLLTMCAFAVDPAKTYLDAVKRGAKPVGNCIKMLANGSGTGQAVTTGVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGYCKLKGRYVQVPMGTIDPIRFVLENEACKVCQCWLNNGCACDRVSTSMQAFDNGYFKRARGSSAAQLEPCNGTDTDHCVRAFDIYNKDVACLGKFLKTNCVRFRNKLHNDAYFVIKRCPKSVMEHEQSIYDILKDSGAIATHDFFVWKDGRMIYGNISRQDLTKYTMMDLVYALRNFDEKNCETLKEILVITGACDQSYFDNKFWFDPVENEDLHRVYAILGKIVANAMLKCVRLGDAMVKHGVVGVITLDNQDLNGNFYDFGDFAKTLPGMGVPLCTSYYSYMMPVMGMTNCLAGECFIKSDIFGSDFKSFDLLHYDFTDHKQALFEKYFKHWDQEYHPNCVDCHDELCIVHCANFNTLFSTTIPITAYGPLCRKVFVDGVPLVATAGYHFKQLGIVWNKDLNTHSTRLTINELLQFVTDPSLLVASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTKQTMQPGHFNKEFYDFLRKQGFFEEGFELTLKHFFFAQKGDAAIKDFDYYRYNKPTMLDVCQARVAYKLVSRYFDIYDGGCITAKDVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLTYEEQDALYAVTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLNTLINGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCTTDERYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDASTAYANSVFNIFQAVSSNINRLLTIDSNVCNNVSVKTLQRELYDNCYRSSSVDEQFIDKYYCYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADISAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDITKGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHPNPEYRKVFYVLLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTL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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027352
CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR009466 NSP11
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1155 Identity=59.01%
Cov(Q)=13.67% Cov(P)=97.07%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6781
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
406.097029999992
Exp number, first 60 AAs:
0.00095
Total prob of N-in:
0.00012
outside
1 - 1960
TMhelix
1961 - 1983
inside
1984 - 2023
TMhelix
2024 - 2046
outside
2047 - 2109
TMhelix
2110 - 2132
inside
2133 - 2151
TMhelix
2152 - 2174
outside
2175 - 2526
TMhelix
2527 - 2546
inside
2547 - 2745
TMhelix
2746 - 2768
outside
2769 - 2782
TMhelix
2783 - 2805
inside
2806 - 2825
TMhelix
2826 - 2848
outside
2849 - 2857
TMhelix
2858 - 2880
inside
2881 - 3302
TMhelix
3303 - 3325
outside
3326 - 3329
TMhelix
3330 - 3352
inside
3353 - 3358
TMhelix
3359 - 3381
outside
3382 - 3395
TMhelix
3396 - 3418
inside
3419 - 3429
TMhelix
3430 - 3447
outside
3448 - 3450
TMhelix
3451 - 3473
inside
3474 - 3493
TMhelix
3494 - 3516
outside
3517 - 6781
