Strain
Bat_JQ989271
(Region: China; Strain: Rousettus bat coronavirus HKU10 isolate 175A, complete genome.; Date: 5-Oct)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,
spike glycoprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGATTTCTCTTGCTGTTTTTATAGCAGAGATACTTGTTATTATTACGAGATTTCCGTGTCTTGCTGATCAATGTCAAGGCACACCTTGGTTGGCCAGGAACTTGAATCTTGGTTTGTCACCTAATTTGACTAATGTTTATGTATCAGGTTTGTTGCCTACAAAGGACACCAACAATTGGTATTGTCGCACAGCATCATACTTTTTTACAGGTTATAAAGGTGTGTTTGTATCGTACCACAGTTTTGGTATGCCTTGGTCTATTGGTGTTTCCAATTCTGATCTCTCTGTTGCACGTGAAACATGGTCATTGTATGTTTCTCATGGCAATAATAGAGGTGTTATGACCTTTAGAATTTGTAAATGGCCACGTGTACCTGGACTAGCACAAGAACCTACTCCTAACACTGGTGGTGTTAATTGTGTAGTAGATAAGCAATTTCCTTTCACTTTTCAACACGAGGCTAATGAAATGGTGGGTGTTACTTGGAGTTCTGATTACGTTCGTATTTATGGGCTTCAAAGTACCTATCGTTTTTATTTTCCTAATAAGTGGAATAAGGTTAATGTTAATTGTGCACATAAGAGTTCTTGTCAGGTTTACCCTGTTAAAGACAGTGTTACGTGGGTTGTTAATACCACAGCTGATGGACGTGTTAAAGACTACTCTATTTGTGGTTCTTGTAATGGTTTTCCGCAACACGTCTTCCCTGTTTCACCTGGTGGTTTAATACCTCCTGATTTTAGTTTTGACGGTTGGTATGTTTTAACCAACTCTTCCACTATGGTGCAAGGTAAGTTTGTTGCATCTCAACCTTTAAAATTGTTGTGCCTTTGGCCTGTACCTGCTTTGGATTCTAGTGCTAGTGTTGTTTATTTTAATTTATCACGTAGTAGTGCGCAATGCAACGGTGCTACTGAAAATGGTCTAGCCGATGCATTACGTTTTGCTATGAATTTCTCTAGAAATGGTTTTAGTGGTGCTCACAGTTTGACTTTAAAAGGTGCCATTGATTATGTTTTTAGGTGCACTAATAACACTAATGTAACAAGTTTTTATTCTATACCATTTGGTTATATTAAAACAGTTTACAGGTGTTTTGTATCCTATAATAGCACTAATGGCACAGTGTCAGAGTTTGTGGGTGTTTTGCCACCTCTTGTTAAAGAAATTGTTGTCTCACGTTATGGCACCATTTATTTGAATGGTGTACGTATTTTTAAGTTACCGCCTTTAGAAGGCGTTGTGTTCAATGTAACTAGTGATGTTGGTTCAGATTTCTGGACTGTTGCATTTGCGCAAAACGCTGAAGTTTTGTTGGAAGTTAATGCAACTAACATTGTTAATTTGCACTATTGTGATAATACGTTGAACAAGGTTAAGTGTCAACAACTTTCTTTTCAATTACCTGATGGTTTTTATCCTACAACGAACCTGGTGGATAGTGTTGTTCCTAAAACATATGTTGCTTTACCCTATCATGCAACACACACGTACATTGAATTAAATATAACTGTTAATTATGTACGTGATGAGATAGCATTAACTGGAGGTGGTGAGTTGACTTGTGTTAATACAACACAATTCACTACACTCTTCTCAACTAATGCTGCTACTGATGGGAACACTTACGAGGGTGTAGTTATTAATGTCAATTGTCCTTTTGACTTTGACAACCTTAATAATTACTTGTCCTTTGACTCTATTTGTTTCTCCTTGAAACCAATCGCTGGTGGTTGCACCATGCGGCTTGTTAAACAAATTCTTGTGTCATATTTTGACATAGGTGTTTTGTATGTTTCTTATACACCTGGTTCAAAAATTACTGGTGTTTTACAACCTACAGGTGGTGTTTATGACCCTAGTATTGTTCATATGGGTGTTTGTACGGACTACGTTGTTTATGGTCTTACTGGTAGAGGTGTTATATCTGTCAGTAACACCACTTACATTGCTGGTTTGTACTATACATCATTTGCAGGGCAGTTGTTAGGTTTTAAAAATTCCACTACAGGTGTTCTTTATGCTGTTGAACCATGTGACACTTCTAGTCAAGTTGCCGTCTACGGTGATGCTATTATAGGTGCTATGACATCTTCTGCTAATGTCACTTTTGGTTTTGTTAACACCACAGTGCTACCATCTTTCTACTACCACACTAATGGTTTTGGTGGTTGTCAGACACCCGTGTTAGAGTATGGTTCCATGGGTTTGTGTGCTGACGGTAGTGTTGTAGATGTTACATTACGCCAATACCAACCAGCGCCAGTTTCACCAATTGCAACAACAAACATTAGCATACCATTAAACTTCACAATCTCCATTCAAACAGAGTACATACAGATGTACTCACAACAAGTTTCAGTTGATTGTAGTATGTATGTTTGTAATGGTAATGTTAGGTGTTTGCGTTTACTCACGCAGTATGCAACTGCTTGTAGGAATATTGAAAGTGCTTTACAGCTTAGTGCTCGTTTAGAGTCGTTAGAAGTCAGCTCAGTTGTTTCTGTTTCTGAAAATGCCTTAAAATTGGCAAACATCACACATTTTGATAGTTACAATTTATCAGTTTTGTTGCCTAAAAGTAACGGTAAAAGTGTTGTTGAAGACATCCTTTTTGATAAAGTTGTTACTAGTGGTCTTGGTACCGTTGACCAGGATTACAAAAATTGTGTGGGCAAACTTGGCGTTGCACAGGACATAGCTGACGTTGGTTGTGCACAGTATTACAACGGCATCATGGTGCTACCTGGTGTCGTGAATGAAGCAAAAATGGGTTTGTACACTGCATCTTTAACAGGTGCTATGGTGATGGGAGGTTTTACAGCTGCAGCTGCTATACCATTTTCTTTGGCTGTACAATCTCGTCTTAATTATGTGGCCTTGCAAACTGATGTCCTGCAACAAAATCAAAAATTGTTGGCAGACTCTTTTAATAATGCACTTTCTAATATAACATTGGCTTTTTCCAATGTTAATGATGCTTTGCAAGATGCTTCTGAAGCCATTAACACGGTTGCAGTAGCATTAGGCAAGGTTCAAGGTGTTGTCAATGAGCAAGGACAAGCCATAGCGCACCTTACACAACAATTAACGCAAAATTTTCAGGCTATTTCGCATTCTATAGCTGATATTTATAATAGACTTGATGAACTTGCTGCTGACGCACAAACAGACCGTTTGATAACGGGTCGTCTTAGTGCGTTGAATGCTTTTGTTACTCAAACTCTAACTAAGTCAGCTGAAGTTAAACAGAGCAGGCTTTTGGCCCAACAGAAGGTGAATGAGTGTGTTAAATCACAATCAACTCGGTTTGGTTTTTGTGGCAATGGTACACATTTGTTTTCCATTGTTAACAATGCACCTAATGGTTTGATGTTTTTCCATACCGTTTTAGTTCCTACGGTTTACGTCACAGTTTCTGCATGGGCTGGTGTTTGTTTTAATAACCGTGCGTACATTCTTAGGGATGTTGAGAGTGTGCTTTTTAATAATAACGGTTATTATGTCACTAACAGGAAGATGTATGAACCACGTGTTCCTCAGTTCTCCGACTTTGTGCAAGTTGAGAATTGTGTTGTGTCTTATTTGAATCTTTCTGATGTTGATGTTAACACTGTAATACCTGATTACATAGATGTTAACAAAACTCTTGAGGATTTGTTACAACAGTTACCAAATCACACACTTCCTGACCTTGGCCTAGATCAGTATAATAATACAATTTTAAATTTGACAGCTGAAATAGACATTTTACAGAACAAGTCTGACTTGTTGTTGGCATCTACTGAAAGGTTGCAACAACTTATTGATAACCTCAATAAGACGTATGTGGACTTGGAGTGGCTTAATAGATTTGAACAGTACATTAAGTGGCCTTGGTATGTGTGGTTGGCAATTTTGCTTGCCATTATACTATTCTCATTTTTAATGTTATATTGTTGTTGTGCCACTGGTTGTTGTGGTTGTCTTAGCTGTTTGACCAATTCTTGTGATTGTCGCGGCAAAAATTTACAACGTTACGAAGTAGAAAAAGTGCACATTCAGTAA
Protein
MISLAVFIAEILVIITRFPCLADQCQGTPWLARNLNLGLSPNLTNVYVSGLLPTKDTNNWYCRTASYFFTGYKGVFVSYHSFGMPWSIGVSNSDLSVARETWSLYVSHGNNRGVMTFRICKWPRVPGLAQEPTPNTGGVNCVVDKQFPFTFQHEANEMVGVTWSSDYVRIYGLQSTYRFYFPNKWNKVNVNCAHKSSCQVYPVKDSVTWVVNTTADGRVKDYSICGSCNGFPQHVFPVSPGGLIPPDFSFDGWYVLTNSSTMVQGKFVASQPLKLLCLWPVPALDSSASVVYFNLSRSSAQCNGATENGLADALRFAMNFSRNGFSGAHSLTLKGAIDYVFRCTNNTNVTSFYSIPFGYIKTVYRCFVSYNSTNGTVSEFVGVLPPLVKEIVVSRYGTIYLNGVRIFKLPPLEGVVFNVTSDVGSDFWTVAFAQNAEVLLEVNATNIVNLHYCDNTLNKVKCQQLSFQLPDGFYPTTNLVDSVVPKTYVALPYHATHTYIELNITVNYVRDEIALTGGGELTCVNTTQFTTLFSTNAATDGNTYEGVVINVNCPFDFDNLNNYLSFDSICFSLKPIAGGCTMRLVKQILVSYFDIGVLYVSYTPGSKITGVLQPTGGVYDPSIVHMGVCTDYVVYGLTGRGVISVSNTTYIAGLYYTSFAGQLLGFKNSTTGVLYAVEPCDTSSQVAVYGDAIIGAMTSSANVTFGFVNTTVLPSFYYHTNGFGGCQTPVLEYGSMGLCADGSVVDVTLRQYQPAPVSPIATTNISIPLNFTISIQTEYIQMYSQQVSVDCSMYVCNGNVRCLRLLTQYATACRNIESALQLSARLESLEVSSVVSVSENALKLANITHFDSYNLSVLLPKSNGKSVVEDILFDKVVTSGLGTVDQDYKNCVGKLGVAQDIADVGCAQYYNGIMVLPGVVNEAKMGLYTASLTGAMVMGGFTAAAAIPFSLAVQSRLNYVALQTDVLQQNQKLLADSFNNALSNITLAFSNVNDALQDASEAINTVAVALGKVQGVVNEQGQAIAHLTQQLTQNFQAISHSIADIYNRLDELAADAQTDRLITGRLSALNAFVTQTLTKSAEVKQSRLLAQQKVNECVKSQSTRFGFCGNGTHLFSIVNNAPNGLMFFHTVLVPTVYVTVSAWAGVCFNNRAYILRDVESVLFNNNGYYVTNRKMYEPRVPQFSDFVQVENCVVSYLNLSDVDVNTVIPDYIDVNKTLEDLLQQLPNHTLPDLGLDQYNNTILNLTAEIDILQNKSDLLLASTERLQQLIDNLNKTYVDLEWLNRFEQYIKWPWYVWLAILLAIILFSFLMLYCCCATGCCGCLSCLTNSCDCRGKNLQRYEVEKVHIQ
Summary
Uniprot
Pubmed
EMBL
ProteinModelPortal
PDB
5SZS
E-value=0.0 Score=1062 Identity=46.28%
Cov(Q)=95.63% Cov(P)=97.36%
3D Structure
Ontologies
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
1349
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
54.85162
Exp number, first 60 AAs:
0.3489
Total prob of N-in:
0.02344
outside
1 - 1293
TMhelix
1294 - 1316
inside
1317 - 1349
