Strain
Avian_JX195178
(Region: China; Strain: Infectious bronchitis virus strain ck/CH/LDL/97I substrain P115, complete genome.; Date: 2001)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATGCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTCTTCTATACGTCACACGAACCTAAAGATTACGCTGATGCTTTCGCCGTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTCGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATCTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTTTTGCACGGAAATACCGTGAATTGTTGAAAACAGCTTGTCAGTGGTCTCTCACTGTAGAAACACTGGATGCTCGTGCGCAGACTCTTGACGAAATTTTTGAACCAACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCTCTTGGCTCAAATTTGAGTGTTCTCTTTCAAATTGTTAAACAACAAATAGCCAGAATCTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGGGTGAATTACCACAGCGTATTGTAGCACTTAAGATGGCCTTTGCCAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATCTTCACAACATTGGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCAGCTTCTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACAGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATCATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTTGTTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGCACAACTTAAAAAGGCTAAGCTCGTTGTCACAGAAACTCTTTGTGTTCTTAAGGGAGTGGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTTTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTATTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATAACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGATGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACCATTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGACGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCACCGCCATTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAAGAACGGTAAAGATTTGGATTGCATAAAATCATGTCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGCGATGGCGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGACACAGATTCAGGTGATGAGGAGTGTGACACTACTTCAGAATGTGAAGAAGAGGATGAGGACATTAAGGTTTTGGCTCTTATACAAGATCCAGCAAGTAATAAATATCCCCTGCCTCTTGATGAAGATTATAGCGTCTACAATGGATGTATTGTTCATAAAGATGCTCTTGATGTTGTCAATCTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTCAATAACTGTTTTGAGGGAGCTGTGAAACCACTTCCACAGAAAGTTGTTGATGTTCTCGGTGATTGGGGAGAAGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGCCGACAAGAATCTTCTCAAAGTGTCTTTGAAGAACCAGTTGAAAATTCTACTGGTGGTTTAGATATAATGACTGAACAAGTCGTTGTAGAAGAGCAGGAAGTAGTACCCATTTTTGAGCAAGATCAGGAGGTGGTTGTTTATACACCTGCAGATTTAGAAGTTGTTAAAGAAATACCAGATGATGTTGACGAGTTTATTCTCGTTGCTGATGTTTCTAAAGAAGAAGCTGCGCCTCAAGAAAAAGAAGAGCCACAAGTAGAACAGGAGCCTATTCAAGTTGTCAAACCACAACGTGAGAAAAAGGCTAAAAAGTTTAAAGTCAGGCAAACCACATGTGAAAAACCCAAATTCTTGGAGTACACAACATGTGTAGGTGATCTGACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAATTTAAAGAGTTCTGCGTTGTAAATGCCGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGTGGCGTTGCAAAGGCAATTGCAGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAATATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAACAAAAACTTGTCACACCTTCGTATGTTAAAGGCATTCAATGTGTGAATAATGTTGTAGGACCCCGCCATGGTGACGAATGTTTGGAGGAAAAACTTGTCGCTGCCTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTGGTCAATTACGTTGTGCCAGTTCTCTCATCTGGAATTTTTGGAGTTGACTTTAAGTTGTCAATAGATGCTATGCGTGTAGCCTTTAAGGACTGCAACATACGCGTTCTTCTATTTTCTCTGAGTCAAGAGCATATTGATTATTTTGATGCTACTTGTAAACAGAAGACAATCTATCTTACAGAAGATGGTGTTAAATACCGCTCTGTAACTGTGAAACCTGGAGACTCTCTGAGTCAGTTTGGACAGGTTTTTACAAGACATAAGACAGTCTTTACTGCTGATGATGTGGAGGATAAGGAAATTCTCTTTATTCCTACAACAGAAAAGGCTGTTCTTGATTACTATTGTTTGGATGCGAAAAAGTATGTGATTTATTTACATACTCTTGCACAGAAATGGAAAATCTTTTATAAGGACAATTTTATTCAACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGTTGGATTAATTCAGCAATAGTACTCCTTCAGGCTGCTAAGATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCACAACTTTTGGGTGGAGACCCAACTGATTTTGTAGCCTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAATGTTGGTGAGTTTTCAGATGCTAATTGGCTTCTTGCTAATTTGGCAGAATACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTACACGCAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTTCAAAGAATTCGCCATACATTACAGCAATGTATATGCGCTTCTCTCTTAAGAGTGAAAGCTCTCTGTCTGTTGTTAAACAGAGTAAGAGTAAAACTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTGCCAACCTTGTTACTAGTTCTAAAGCCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACATTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTTCAGGAAATACCTGTGAATTTGGATGAGTATGTGTCATTTACAACGAAAGAAGATACTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATCAAATCAGTTGTTGACTTTATTTCAAGAGATGGTTTCTCTTATAAGTTAACACCTGACATTGAAGAAAATTCAAAAGCGCCAGTCTACTACCCAGTCTTAGACTCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTAGATGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAGTCTCTTCGCATTCCTACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAGATAGGTGACAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAGCAGCTTAACAAACCTAATCTTGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCTATTGT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDMPEQLCDALFFYTSHEPKDYADAFAVRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPFARKYRELLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFEPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSVLFQIVKQQIARIFQKALAIFENVGELPQRIVALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSASSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAAVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLFFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDNGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDGDIEEEDAEECDTDSGDEECDTTSECEEEDEDIKVLALIQDPASNKYPLPLDEDYSVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGEAVDAQEQLCRQESSQSVFEEPVENSTGGLDIMTEQVVVEEQEVVPIFEQDQEVVVYTPADLEVVKEIPDDVDEFILVADVSKEEAAPQEKEEPQVEQEPIQVVKPQREKKAKKFKVRQTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCVVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQKLVTPSYVKGIQCVNNVVGPRHGDECLEEKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKLSIDAMRVAFKDCNIRVLLFSLSQEHIDYFDATCKQKTIYLTEDGVKYRSVTVKPGDSLSQFGQVFTRHKTVFTADDVEDKEILFIPTTEKAVLDYYCLDAKKYVIYLHTLAQKWKIFYKDNFIQLEWRDGNCWINSAIVLLQAAKIRFKGFLAEAWAQLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGEFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFSKNSPYITAMYMRFSLKSESSLSVVKQSKSKTKVVKEDVANLVTSSKASFDDLTDFEHWYDSNIYESLKVQEIPVNLDEYVSFTTKEDTKLPLTLKVRGIKSVVDFISRDGFSYKLTPDIEENSKAPVYYPVLDSISLKAIWVDGSANFVVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGDKVDGVTMGLWRAEQLNKPNLERIFNIAKKAIVGSSVVTTQCSKLISKAATFIADKVGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSKPVTFTGTRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKDAASGISFNCNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFMDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKLYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDDFVNLKYKAATPGKDGAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKSVVNNVCDILSRIISVDTASLDYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVISGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGCYHMETNKSFVHPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDACFSNKFANFDAFWGKPYVNSRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGHNDAPGALPFSSITPHRVYFQPNGVRLIIPQQIMHTPYVVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVCVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGTYDLAAKSTFVIRGPEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSVVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLNLANNYEFEVVTQNNVTLNVVSRRLKGAVLILQTAVANAETPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIKASFLAGACGSPGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLDSTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSFVKKSHILFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLFVFKCAKWMLYYCNATYLNNYVLMAVLVNGIGWLCTCYFGLYWWINKVFGLTLGKYNFRVSVDQYRYMCLHKIDPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDSETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSIGSGLTYCINGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGSQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPSVQAAAGAADFDKSYFKRVRGSSEARLIPLSSGCDPDVVKRAFDVCNKESAGMFRNLKRNCARFQEVRDTEDGNLEYCDSFFVVKQTTPSNFEHEKNCYEDLKSNVTADHDFFVFNKNIYNVSRQRLTKYTMMDFCYALRHFDPKDCEVLKEILVTYGCIEDYHPKWFEENKDWYDPIENPKYYAMLAKMGPIVRRALLNAIEFGNLMVEKGYVGVVTLDNQDLNGKFYDFGDFQKTAPGAGVPVFDTYYSYMMPIIAMTDALAPERYFEYDVHKGYKSHDLLKYDYTEEKQELFQKYFKYWDQEYHPNCRDCSDDRCLIHCANFNILFSTLIPQTSFGNLCRKVFVDGVPFIATCGYHSKELGVIMNQDNTMSFSKMGLSQLMQFVGDPALLVGTSNNLVDLRTSCFSVCALASGITHQTVKPGNFNKDFYDFAEKAGMFKEGSSIPLKHFFYPQTGNAAINDYDYYRYNRPTMFDIRQLLFCLEVTFKYFECYEGGCIPASQVVVNNLDKSAGYPFNKFGKARLYYEMSLEEQDQLFESTKKNVLPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSIFSTMTNRQFHQKILKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLRNLIQGVEDPILMGWDYPKCDRAMPNLLRIAASLVLARKHTNCCTWPERIYRLYNECAQVLSETVLATGGIYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNIIQATSANVARLLSVITRDIVYDDIKSLQYELYQQVYRRGNFDPAFVEKFYSYLCKNFSLMILSDDGVVCYNNTLAKQGLVADISGFREILYYQNNVYMADSKCWVEPDLEKGPHEFCSQHTMLVEVDGEPKYLPYPDPSRILGACVFVDEVDKTEPVAVMERYIALAIDAYPLVHHENEEYRKVFFVLLSYIRKLYQELSQSMLMDYSFVMDIDKGSKFWEQEFYENMYRAPTTLQSCGVCVICNSQTILRCGNCIRKPFLCCKCCYDHVMHTDHKNVLSINPYICSQPGCGEADVTKLYLGGMSYFCGNHKPKLSIPLVSNGTVFGIYRANCAGSENVDDFNQLATTNWSTAEPYILANRCSDSLR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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009003
Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR040795 Nsp1a_N
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009466 NSP11
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1159 Identity=60.79%
Cov(Q)=14.19% Cov(P)=98.53%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6630
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
377.238719999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00431
outside
1 - 1717
TMhelix
1718 - 1735
inside
1736 - 1747
TMhelix
1748 - 1765
outside
1766 - 1844
TMhelix
1845 - 1867
inside
1868 - 1886
TMhelix
1887 - 1909
outside
1910 - 2558
TMhelix
2559 - 2581
inside
2582 - 2585
TMhelix
2586 - 2608
outside
2609 - 2611
TMhelix
2612 - 2631
inside
2632 - 2643
TMhelix
2644 - 2666
outside
2667 - 2888
TMhelix
2889 - 2906
inside
2907 - 3096
TMhelix
3097 - 3119
outside
3120 - 3123
TMhelix
3124 - 3141
inside
3142 - 3153
TMhelix
3154 - 3176
outside
3177 - 3190
TMhelix
3191 - 3213
inside
3214 - 3224
TMhelix
3225 - 3247
outside
3248 - 3256
TMhelix
3257 - 3279
inside
3280 - 3298
TMhelix
3299 - 3321
outside
3322 - 6630
