Strain
Avian_JX840411
(Region: China; Strain: Infectious bronchitis virus strain YX10, complete genome.; Date: 10-Oct)
Gene
1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGCATCTTCCCAAAACCAGAGGAGTGTCGTTCTTGTTACCAAAGACATTCCCGACCAACTCTGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACACAATCCAAAAGATTACGCTGATGCTTTCGCCTTTAGGCAGAAGTTCGACCGTAGTCTCGGTGCTGGGAAACAGTTTAAATTTGAAACTGTTTGTGGTCCATTCTTCTTGAAGGGAGTGGATAAAATAACACCAGGAGTCCCAGCCAAAGTTATAAAAGCCACTTCAAAGTTGGCTGACTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCACCTCTTGCACGGAAATACCGTGAACTTTTGAAAACAGCATGCCATTGGTCTCTCACTGTAGAAGCGCTGGATGCTCGTGCACAAACTCTTGAAGAAATCTTTGAACCAACTGAAATATTTTGGCTTCAAGTGGCTGCAAAGGTTCAGGTTTCAGCCATGGCAATGCGCAGACTTGTTGGTGAGGTTACTGCAAAAGTCATGGATTCACTTGGCTCAAATTTGAGCGCTCTGTTCCAAGTTGTTAAGGAAACAATGGCCAGAATCTTTCAAAAGGCTCTGGCCATTTTTGAGAGTGTGAGTGAATTGCCACAACGTATTGCTGCACTTAAGATGGCTTTTGCCAAGTGTGCAAGATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGGACATGCCCTCACTATTAGAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCAGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAACTGGCTTTATGGGCGCTAAGGTCTTTTCAACTCTTGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCAGTAAAGATTGTAGAAAATATACCAAATGCGCCAAGAGGTACTAAAGGTTTTGAAGTCGTTGGCAATGCCAAAGGTACACAAGTTGTTGTCCGTGGCATGCGAAATGACTTAACTCTGCTTGACCAAAAAGCTGAAGTTCCTGTGGAATCAGAAGGTTGGTCTGCAATCTTGGAGGGACATCTTTGCTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGCTTTTATGCGGCACCTCTTTCAGGAAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGCTGCGAGCGTGTAGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCGGAGATAAATGATGGGCTTGTTCTTGCTGCAATTTACTCATCTTTTAGTGTTTCGGAACTTGTGGCAGCACTTAAAAAAGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGGCACAAATTTGTTTATGCGAAGGAAGCGGCAGTTTCTTTCACCTTGGCAAAAGCAGCAACCATTGGAGATGTCCTGAAGCTGTTTCAATCAGCAAGAGTAAAGACGAAGGATGTGTGGTCTGCACTTACTGAACAGTCTTTTGAATTCTGGAAACTTGCGTACAATAGAGTGCGCAATCTTGAAGAAGTTCTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAGTTGTGATCCTAGCAGTAGTGCTTGGTGAGGGCATTTGGCATCTCTGTTCACAAGTCATTTATAAATTGAGTGGCTTGTTTTCCAAAGTTGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAAGGTTTCTGCACACAGCTGCGAAAAGCTAGGCTTGTTGTTACAGAAAATCTCTGTGTGTTGAAAGGAATTGCTCAGCATTGTTTTCAACTTTTGCTGGAAGCAATACATTCCATGTACAAGAGTTTTAAGAAATGTGCACTTGGTAGGATTTCCGGTGATCTCTTCTTCTGGAAAGGAGGTGTGCATAAAATAATTCACGATGGCGATGAAATTTGGTTTGACGCCGTCGATACTATTGAAGTTGAAGATTTGGGTACCGTCCAAGAAAAACTTATAGATTTTGAGGTTTGCGAGGATGTGATACTTCCAGAAAATCAACCTGGCCACATGGTTCAAATCCAGGATGATGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGTTTCAAGAAGGATGAGAACATTTATTATACACCAATGTCACAACTTGGTGCTATTAATGTTATTTGCAAAGCGGGTGGCAAGACTGTCACGTTTGGTGAAACAACTGTAAAGGAAATACCACCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTAAGCATTGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAGGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTAGAACAACTGCTCACTGTGATCTATGATAAAATGTGTGAAGATCTCAAACTGTTTCCAGAGGCACCAGAACCTCCACCATTTGAGAATGTTGCACTTGTTGATAAAAACGGTAAAGATCTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTCATCTACCGTGATTATGAGAGCGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGATACAGATCCAGCTGATGCTGAGGAATGTGATACTGCTTCAGAGTGTGAAGAAGAAGATGAAGATACAAAGGTGCTGTCTCTTTTGCAAGACCCAGCCAGTAACAAGTATCCTCTACCTCTTGATGATGATTATAGTGTCTATAATGGATGTATTGTTCATAAGGACGCTCTTGATGTTGTTAACTTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTCAATAACTGTTTTGAAGGGGCTGTAAAACCGCTTCCGCAGAAGGTTGTTGATGTCCTTGGAGATTGGGGAGAGGCCGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTGAACAAGAGTCTGAATCTGTTAAAGAATCAGTTGAGAAATCTACTGGTGTTGGTGGTTCAGCAATTGAAGAAGCTGTTGTTGTAGAGCAGGAAGTAGTTCCTGTTGTTGAAGAGTCTCAAGAAGTAGTTGTTTTTACGCCTGCTGATTTAGAAGTTGCTAAAGAAACATCAGAGGATGTCGACGAGTTTGTTCTTGTTGCTGATGTTCTTACAGAAAAAGTTGTGCTTCAAGAAAAAGAAGAGCCACAAGTAGAACAGGAGCCTATTCAAGTTGTCAAACCACAACGTGAGAAAAAGGCTAAAAAGTTTAAAGTCAGGCAAACCACATGTGAAAAACCCAAATTCTTGGAGTACACAACATGTGTAGGTGATTTGACTGTTGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAATTTAAAGAGTTCTGCGTTGTTAACGCCGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGTGGCGTTGCGAAGGCAATTGCTGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAATATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAACAAAGACTTGTCACACCTTCGTATGTCAAAGGCATTCAATGTGTGAATAATGTTGTAGGACCCCGCCATGGCGACAAAGATTTGGAAGAAAAACTTGTCGCTGCCTACAAGAGTGTTCTTGTAGATGGTGTAGTCAATTATGTTGTGCCAGTTCTCTCATCGGGAATTTTTGGTGTAGATTTTAAAACTTCAATAGACGCGATGCGTAAGGCTTTTGAAGGGCTTAACATACGCGTGCTTCTCTTTTCTCTGAGTCAAGAACACATCGATTATTTCGACGCAACTTGTAAGCAGAAGAAAATTTATCTTACAGAAGATGGTGTTAAATACCGCTCTGTTGTAGTGAAACCTGGCGACTCTTTGGGTCAATTTGGTCAGGTTTTTGCAAAGAACAAGACAGTTTTTACAGCAGATGATGTTGAGGACGAAGAAGTTCTCTTCACTCCAACAACTGACAAAGCTGTTCTTGAATACTATGGATTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATATTTGCAAACACTCGCGCAGAAATGGGAAGTCCAATATAGGGACAATTTTATCTTACTTAAATGGCGTGATGGAAACTGCTGGATTAGTTCAGCTATGGTGCTCCTTCAGGCCGCTAAGATTAGGTTTAGAGGTTTTCTTGCAGAGGCATGGGCTAAATTCTTGGGTGGAGACCCTACGGATTTTGTTGCTTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGATTTTTCAGACTGCAATTGGCTTTTGGCTAACTTGGCAGAACACTTTGATGCAGATTACACAAATGCACTGCTTAAGAAGCGTGTGTCGTGTAACTGTGGTGTTAAGAGTTATGAACTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAGGGCTCCTAACCTTCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGTCCAACTTGTGGTGCAAATAGTATGGATGAAGTTGTTGAAGCATCACTCCCGTACTTGTTGCTTGTTGCTACTGATGGTCCTGCTGCAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGCAGGAAATGTTGTTTTTATTGGGTCCACCAACAGTGGACACTGTTATACACAAGCTGTTGGAAAAGCTTTTGATAATTTGGCTCAAGATAGGAAATTTGGAAAGAGATCGCCTTACATTACTGCAATGTATGTGCGCTTCTCTCTTAAGAGTCAAAATTCTCTGTCTGTTGCTAAAAAGAGTAAGAGTAAGAGTGAAGTGGTAAAGGAAGATGTTTCTAACCTTGCCACTAGTTCAAAATTCAGTTTTGATGATCTTACTGACTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAACACCTGAGAGTATGGGTGAGTATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCCAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAAGTCAAAGGATGGCTTTACTTATAAGTTGACACCTGACACTGACGAAAATTCAAATGCACCTGTCTACTATCCTACTTTGGACTCTGTAAGTCTTAAGGCAATATGGGTTGACGGTACTGCTAATTTTGTTGTTGGACACCCCAACTATAATAGTAGAGCTCTACGTATCCCCACATTCTGGGAATGCGCAGAGACCTTTGTAAAAATAGGCGAAAAAGTTGATGGTGTAACTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAGACCTAATTTGGAAAGGATTTTCAACGTCGTTAAGAAGACGATGGT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Protein
MASSLKQGASSQNQRSVVLVTKDIPDQLCDALFFYTSHNPKDYADAFAFRQKFDRSLGAGKQFKFETVCGPFFLKGVDKITPGVPAKVIKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRELLKTACHWSLTVEALDARAQTLEEIFEPTEIFWLQVAAKVQVSAMAMRRLVGEVTAKVMDSLGSNLSALFQVVKETMARIFQKALAIFESVSELPQRIAALKMAFAKCARSITVVVVGHALTIREFAGTCLASINGAVAKFFEELPTGFMGAKVFSTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKAEVPVESEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLVLAAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKEAAVSFTLAKAATIGDVLKLFQSARVKTKDVWSALTEQSFEFWKLAYNRVRNLEEVLKTHFCKAQMSVVILAVVLGEGIWHLCSQVIYKLSGLFSKVVDFCEKHWKGFCTQLRKARLVVTENLCVLKGIAQHCFQLLLEAIHSMYKSFKKCALGRISGDLFFWKGGVHKIIHDGDEIWFDAVDTIEVEDLGTVQEKLIDFEVCEDVILPENQPGHMVQIQDDGKNYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVICKAGGKTVTFGETTVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLTVIYDKMCEDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTDPADAEECDTASECEEEDEDTKVLSLLQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGEAVDAQEQLCEQESESVKESVEKSTGVGGSAIEEAVVVEQEVVPVVEESQEVVVFTPADLEVAKETSEDVDEFVLVADVLTEKVVLQEKEEPQVEQEPIQVVKPQREKKAKKFKVRQTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCVVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSYVKGIQCVNNVVGPRHGDKDLEEKLVAAYKSVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKTSIDAMRKAFEGLNIRVLLFSLSQEHIDYFDATCKQKKIYLTEDGVKYRSVVVKPGDSLGQFGQVFAKNKTVFTADDVEDEEVLFTPTTDKAVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWEVQYRDNFILLKWRDGNCWISSAMVLLQAAKIRFRGFLAEAWAKFLGGDPTDFVAWCYASCNAKVGDFSDCNWLLANLAEHFDADYTNALLKKRVSCNCGVKSYELRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPTCGANSMDEVVEASLPYLLLVATDGPAAVDCDENAAGNVVFIGSTNSGHCYTQAVGKAFDNLAQDRKFGKRSPYITAMYVRFSLKSQNSLSVAKKSKSKSEVVKEDVSNLATSSKFSFDDLTDFEQWYDSNIYESLKVQETPESMGEYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSNAPVYYPTLDSVSLKAIWVDGTANFVVGHPNYNSRALRIPTFWECAETFVKIGEKVDGVTMGLWRAEHLNRPNLERIFNVVKKTMVGTSVVTTQCGKLISKAATFVADKVGDGVVRNVTDRIKGCFGFTRDYFERRVSTQFLKTLFFFFFCLLKASVKSLISSYKSVLCKVVFTALFILWFVYTSNPVIFTGIRVSDFLFEGSFCSPYVDYGKESFDILRYCGSDFTCRVCLHGKDSLHLYKHAYSVEQFYKDAVNGISFTWNWLYMLFLLLFVKPVAGFVIICYCIRYLVLSTTVLQTGVGFLDWFIQTVFANFNFMGAGFYFWLFYKVYVQVHHIMYCKDITCEVCKRVARSNRHEVSVVVNGRKQLVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDKYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAFAYHVVDDACLVDDFVNLKYNVAIPGKEGVHSAVKCFSVSDFLKKAVFLKDAQKCEQISNDSFIVCNTHSAHALEEAKNAAIYYAQCLCKPILILDQALYEQLVVEPVSKSVVDKVCSILTNIISVDSAALNYKAGTLRDALLSVTNDEEAVDMAIFCHNNDVEYTSDGFTNVVPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADAAIANLKVKNSPPVVWKYSDLVKLSDSCLKYLISATVKLGGRFFITRSGAKQVIACYTQKLLVEKKAGGVVSSTVSWFKSCCKWLLVFYLLFTVCCLGYYQWEMSREFAPPMYDFNSTMHVEGFKVIDKGVLRDIMPEDTCFSNKYVNFDPFWGKPYVNSRDCPIVTAIIDGSGTVAAGVPGFVQWVMDGVMFIHMTQTERRPWYIPTWFNREIVGYTHDSIITEGEFYTSIALFAARCLYLTSSNTPQLYCFNGDNDAPGALSFASILPHRAYFQPNGVRLIVPQQIMHTPYIVKLVSDSYCRGSVCEVTKPGYCVSMNSQWVLFNDEYTIKPGVFCGSTVRELLFNMVSTFFTGVNPNIYMQLAIMFLILVAVVLVFAMVIKFQGVFKAYATTVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSVLAIILLVLYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPMWIACCYLAFVLYMYTPLFFWCYGTTKNSRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGPEFVKLTNEIGDKFEVYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQFRSSGVEMVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVAPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDSIYCPRHVLGKFSGDQWSDVLSLANNYEFEVVTHNGVTLNVVSRRLKGAVLILQTAVANADTPKYKFLKANCGDSFTIACSYGGTVIGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYIDEEVAQKVQPDKLVTNNILAWLYAAIISVKESSFSTPKWLESTTISIDDYNKWAGDNGFTSFVSCTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSAQWGSDPILGQYNFEDEMTPESVFNQVGGVRLQSSVVKRAASWFWSRCVLACFLFVLCSIVLFTAIPYRYYLYGAVVLFATVLFVSFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCAEVPFIYNTLISQIVIFFSQWYDPVVFDTVVPWMFLPLVLYTAFKCIQGCYSVNSFNTSLLVLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYSEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLIVFKFAKWMLYYCNASYLNNYVLMAVIVNGIGWMFTCYFGFYWWINKVFGLTLGTYSFKVSVDQYRYMCLHKINPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVNECMDNLLGMLVTLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKDLYEKVLAESKNGSVTQQELAAYRKAANIAKSIFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVVPDPETWIKCVEGMHVTYSTVVWNIDNVIDADGTELQPISTGNGLIYCISGDNIAWPLKVNLTRNVHNKVDVVLQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGYETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYIKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGSAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGHGCQCDSLRQPKPSVQSDAGAPGFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 659 Identity=87.71%
Cov(Q)=9.06% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3953
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
398.680189999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00336
outside
1 - 1751
TMhelix
1752 - 1774
inside
1775 - 1849
TMhelix
1850 - 1872
outside
1873 - 1886
TMhelix
1887 - 1909
inside
1910 - 2281
TMhelix
2282 - 2300
outside
2301 - 2558
TMhelix
2559 - 2581
inside
2582 - 2585
TMhelix
2586 - 2608
outside
2609 - 2611
TMhelix
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inside
2632 - 2643
TMhelix
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outside
2667 - 2888
TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
3120 - 3123
TMhelix
3124 - 3141
inside
3142 - 3153
TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
3214 - 3225
TMhelix
3226 - 3248
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3249 - 3257
TMhelix
3258 - 3280
inside
3281 - 3299
TMhelix
3300 - 3322
outside
3323 - 3953
