CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Murine_KF268337 (Region: USA: Philadelphia;  Strain: Murine coronavirus strain MHV/BHKR_lab/USA/icA59_17Cl1/2012, complete genome.;  Date: 25-Oct-12)
Gene
replicase polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,  replicase polyprotein 1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGAATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAATGCTGTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATTTTTGTAGATGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCCGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGACTAATTTGGGTGTGCTTCCCAAAACAGCTGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAACACCAGGGAGTGCTCTTGTGACGCCCACGTGGCCTTTCACCTTTTTACGGTCCAACCCGATGGTGTATGCCTGGGTAATGGCCGTTTTATAGGCTGGTTCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCACTTCCGCCGCGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCATCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGGACTATGGCGATCTCACCTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCTTGGATAGTGAAGTCCTTGTGGCTTGGCACGTTGATCGAGATCCTCGGGCTGCTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTGTACGTTGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTCGCAGCCAATGCCATTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTCTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGAATGCGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGTTGTGGTGACACCTGCGATTTTCGTGGGTGGGTTGCCGGCAATATGATGGATGGCTTTCCATGTCCAGGGTGTACCAAAAATTATATGCCCTGGGAATTGGAGGCCCAGTCATCAGGTGTTATACCAGAAGGAGGTGTTCTATTCACTCAGAGCACTGATACAGTGAATCGTGAGTCCTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTGCCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTAGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAAGAGACAGACGCTATATGTCGTTCTCTGTATATGGATTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGAGCTATCCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTGAATAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAGAATGTGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATGGTCTTGTACCCCTCCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTGATTAAGAGTGGTCAAGCTTTCACCTCTATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGACTGACATGTGTATGGACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTACTGGCAAACTGGCCGTGCGCTTTAAAGCGTTGGGTGTAGCCGTTGTCAGAAAAATTACTGAATGGTTTGATTTAGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAGGTGCCTGAGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTGTGTCTTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTATGCCTGTGGGTTGCAGCGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTGTATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTTTACCCTGTGGTTGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTTCCCTGTGCGGGCAAGAAAGTCGAGTTTAACGACAAGCCCAAAGTCAGGAAGATACCCTCCACCCGTAAGATTAAGATCACCTTCGCACTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTTTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGGAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAGGGAGGCGATGAAGTGATCGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTTGCAGCGGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGAAGACTCAGCAGTCCTTGTCGCTGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGGGCAGGTTGAGGCGGATTCGGAAATTTGCGTTGCGCATACTGGTAGTCAAGAAGAATTGGCTGAGCCTGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTGTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGAAATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAACTTAATGCGCCAGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTCGATGCCGTATGCTCAGAGGCGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAAACCCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGCAGAGTCTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCCGGCTATGACCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAAGTCTATTATCCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTCTTTCTAAGCCAGTGTAGCTTTAAAGCTTATGCTAACTGGCGTTGTTTAGAGTGTGACATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGGACGCCATGTTTTTCTATGGGGACGTTGTGTCTCATATGTGCAAGTGTGGTAATAGCATGACCTTGTTGTCTGCAGATATACCCTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCAAGAAAGGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCACTCTATGGCTGTAGTAGAGGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTGGTTACCAAATTTATTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTTACGGGATGACATTTAGTATGTCTCCTTTTGAACTCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGTTCGCTTAGTTAATGCTGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGTATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTGAAAAGGCGGGCAGTGCTTTTATTAAAGAAACCTCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGAATGCTATGAATCTGCCGGTGGTAAGTTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTAGGGCCAGATGCGCGAGGGCATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACAATGTTGTCACTACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTCTCCCTAACTTACTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTTTTTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAATTGAAGCGCTGCGACATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGCCCACAGACTGGCGACTGGTTAACAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAATGCCCGGGCGGGATTTTTGTATCCAGCCAGGGCAAAAAGTTCGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTACTCGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGCGTAGCAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTTACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGATTT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Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKVKGKTLVNHVRVNCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDEDPQKVEASTMMALQFGSAVLVKPSKRLSIQAWTNLGVLPKTAAMGLFKRVCLCNTRECSCDAHVAFHLFTVQPDGVCLGNGRFIGWFVPVTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTSGHFRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPKGKYSCKAYALLKGYRGVKPILFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELFPVWRDSLDSEVLVAWHVDRDPRAAMRLQTLATVRCIDYVGQPTEDVVDGDVVVREPAHLLAANAIVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCECGFITQFGYVDCCGDTCDFRGWVAGNMMDGFPCPGCTKNYMPWELEAQSSGVIPEGGVLFTQSTDTVNRESFKLYGHAVVPFGSAVYWSPCPGMWLPVIWSSVKSYSGLTYTGVVGCKAIVQETDAICRSLYMDYVQHKCGNLEQRAILGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENVDLFVKRRAEFACKFATCGDGLVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAFTSMMVNFSHEVTDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKVTGKLAVRFKALGVAVVRKITEWFDLAVDIAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGVITFVQEVPELVKNFVDKFKAFFKVLIDSMSVSILSGLTVVKTASNRVCLAGSKVYEVVQKSLSAYVMPVGCSEATCLVGEIEPAVFEDDVVDVVKAPLTYQGCCKPPTSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGKKVEFNDKPKVRKIPSTRKIKITFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHDVIGTKVCALLDRLAGDYVYLFDEGGDEVIAPRMYCSFSAPDDEDCVAADVVDADENQDDDAEDSAVLVADTQEEDGVAKGQVEADSEICVAHTGSQEELAEPDAVGSQTPIASAEETEVGEASDREGIAEAKATVCADAVDACPDQVEAFEIEKVEDSILDELQTELNAPADKTYEDVLAFDAVCSEALSAFYAVPSDETHFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLEMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKSVPKSIILPQGGYVADFAYFFLSQCSFKAYANWRCLECDMELKLQGLDAMFFYGDVVSHMCKCGNSMTLLSADIPYTLHFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVEGKQIDGKVVTKFIGDKFDFMVGYGMTFSMSPFELAQLYGSCITPNVCFVKGDVIKVVRLVNAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAEKAGSAFIKETSDMVKAQGVCQVGECYESAGGKLCKKVLNIVGPDARGHGKQCYSLLERAYQHINKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNQDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSLQLAKNLCRDVKFVTNACSSLFSESCFVSSYDVLQEIEALRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKFDSVDGVRTIKYFECPGGIFVSSQGKKFGYVQNGSFKEASVSQIRALLANKVDVLCTVDGVNFRSCCVAEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIYKGKVFFQYSDLSEADLVAVKDAFGFDEPQLLKYYTMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQSNNNCYINVACLMLQHLSLKFPKWQWQEAWNEFRSGKPLRFVSLVLAKGSFKFNEPSDSIDFMRVVLREADLSGATCNLEFVCKCGVKQEQRKGVDAVMHFGTLDKGDLVRGYNIACTCGSKLVHCTQFNVPFLICSNTPEGRKLPDDVVAANIFTGGSVGHYTHVKCKPKYQLYDACNVNKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLTTFYLDDVKCVEYKPDLSQYYCESGKYYTKPIIKAQFRTFEKVDGVYTNFKLVGHSIAEKLNAKLGFDCNSPFVEYKITEWPTATGDVVLASDDLYVSRYSSGCITFGKPVVWLGHEEASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDKGPVPAAVLVTGVPGADASAGAGIAKEQKACASASVEDQVVTEVRQEPSVSAADVKEVKLNGVKKPVKVEGSVVVNDPTSETKVVKSLSIVDVYDMFLTGCKYVVWTANELSRLVNSPTVREYVKWGMGKIVTPAKLLLLRDEKQEFVAPKVVKAKAIACYCAVKWFLLYCFSWIKFNTDNKVIYTTEVASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWSVVSRGFFLVATVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGPLPTFVGQIVAWFKTTFGVSTICDFYQVTDLGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDNYDAINVVQHVVDRRLSFDYISLFKLVVELVIGYSLYTVCFYPLFVLIGMQLLTTWLPEFFMLETMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKVYCLCRHVMYGCSKPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCTKHQWNCLNCNSWKPGNTFITHEAAADLSKELKRPVNPTDSAYYSVTEVKQVGCSMRLFYERDGQRVYDDVNASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENEADKAGFLGAAVFYAQSLYRPMLMVEKKLITTANTGLSVSRTMFDLYVDSLLNVLDVDRKSLTSFVNAAHNSLKEGVQLEQVMDTFIGCARRKCAIDSDVETKSITKSVMSAVNAGVDFTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQNNAKHVQANVAKAANVACIWSVDAFNQLSADLQHRLRKACSKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSRMLQWLFVANLICFIVLWALMPTYAVHKSDMQLPLYASFKVIDNGVLRDVSVTDACFANKFNQFDQWYESTFGLAYYRNSKACPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTTVLRYGFHVLHFITHAFATDSVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTMLAHADGTPHPYCYTGGVMHNASLYSSLAPHVRYNLASSNGYIRFPEVVSEGIVRVVRTRSMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNRSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLIHQVLGGLVRPIDFFALTASSVAGAILAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFLMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCIIYVAVVVSNHALWLFSYCRKIGTEVRSDGTFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSADMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMSGRMSLTVMSYQMQGCQLVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRPQGAFHVTLRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDFSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAIFNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVLDALASMTGVTVEQVLAAIKRLHSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVIKGTCCWILASTFLFCSIISAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVSFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLVVYKQSFRGLAYAWLSHFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLVAMVFVTMRSINHDVFSIMFLVGRLVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLATAKVIAKWLAVNVLYFTDVPQIKLVLLSYLCIGYVCCCYWGILSLLNSIFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALMLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAGNVWHIQFIQDADGAVKQLNEIDVNSTWPLVIAANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLRTQVVNSGSDMNCNTPTQCYYNTTGTGKIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIKQGGVPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRSRVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLNRVRGTSVNARLVPCASGLDTDVQLRAFDICNANRAGIGLYYKVNCCRFQRVDEDGNKLDKFFVVKRTNLEVYNKEKECYELTKECGVVAEHEFFTFDVEGSRVPHIVRKDLSKFTMLDLCYALRHFDRNDCSTLKEILLTYAECEESYFQKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADALVEAGLVGVLTLDNQDLYGQWYDFGDFVKTVPGCGVAVADSYYSYMMPMLTMCHALDSELFVNGTYREFDLVQYDFTDFKLELFTKYFKHWSMTYHPNTCECEDDRCIIHCANFNILFSMVLPKTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASASALLDLRTCCFSVAAITSGVKFQTVKPGNFNQDFYEFILSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFVLEVVNKYFEIYEGGCIPATQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDEIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKDVDSPVLMGWDYPKCDRAMPNILRIVSSLVLARKHDSCCSHTDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCYYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCSLMACNGHKIEDLSIRELQKRLYSNVYRADHVDPAFVSEYYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSEFASKGYIANISAFQQVLYYQNNVFMSEAKCWVETDIEKGPHEFCSQHTMLVKMDGDEVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENPEYQNVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDETFYKNMYLRSAVLQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCAYDHVMSTDHKYVLSVSPYVCNSPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEDHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPYIEDFNKIASCKWTEVDDYVLANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQCYASATIREIVSDRELILSWEIGKVRPPLNKNYVFTGYHFTNNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFILTSHAVSSLSAPTLVPQENYTSIRFASVYSVPETFQNNVPNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAHKFLNINDCTRIVPAKVRVDCYDKFKVNDTTRKYVFTTINALPELVTDIIVVDEVSMLTNYELSVINSRVRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLNKGTLEPRYFNSVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYNNKLKAKNDNSSMCFKVYYKGQTTHESSSAVNMQQIHLISKFLKANPSWSNAVFISPYNSQNYVAKRVLGLQTQTVDSAQGSEYDFVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGILCVMSSMQLFESLNFTTLTLDKINNPRLQCTTNLFKDCSRSYVGYHPAHAPSFLAVDDKYKVGGDLAVCLNVADSAVTYSRLISLMGFKLDLTLDGYCKLFITRDEAIKRVRAWVGFDAEGAHAIRDSIGTNFPLQLGFSTGIDFVVEATGMFAERDGYVFKKAAARAPPGEQFKHLIPLMSRGQKWDVVRIRIVQMLSDHLADLADSVVLVTWAASFELTCLRYFAKVGREVVCSVCTKRATCFNSRTGYYGCWRHSYSCDYLYNPLIVDIQQWGYTGSLTSNHDPICSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVHDCFCKSVNWNLEYPIISNEVSVNTSCRLLQRVMFRAAMLCNRYDVCYDIGNPKGLACVKGYDFKFYDASPVVKSVKQFVYKYEAHKDQFLDGLCMFWNCNVDKYPANAVVCRFDTRVLNKLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTSPFTRAAFENLKPMPFFYYSDTPCVYMEGMESKQVDYVPLRSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLESYNTATTAGFTFWVYKTFDFYNLWNTFTRLQSLENVVYNLVNAGHFDGRAGELPCAVIGEKVIAKIQNEDVVVFKNNTPFPTNVAVELFAKRSIRPHPELKLFRNLNIDVCWSHVLWDYAKDSVFCSSTYKVCKYTDLQCIESLNVLFDGRDNGALEAFKKCRNGVYINTTKIKSLSMIKGPQRADLNGVVVEKVGDSDVEFWFAVRKDGDDVIFSRTGSLEPSHYRSPQGNPGGNRVGDLSGNEALARGTIFTQSRLLSSFTPRSEMEKDFMDLDDDVFIAKYSLQDYAFEHVVYGSFNQKIIGGLHLLIGLARRQQKSNLVIQEFVTYDSSIHSYFITDENSGSSKSVCTVIDLLLDDFVDIVKSLNLKCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNEEKVMTFYPRLQAAADWKPGYVMPVLYKYLESPLERVNLWNYGKPITLPTGCMMNVAKYTQLCQYLSTTTLAVPANMRVLHLGAGSDKGVAPGSAVLRQWLPAGSILVDNDVNPFVSDSVASYYGNCITLPFDCQWDLIISDMYDPLTKNIGEYNVSKDGFFTYLCHLIRDKLALGGSVAIKITEFSWNAELYSLMGKFAFWTIFCTNVNASSSEGFLIGINWLNKTRTEIDGKTMHANYLFWRNSTMWNGGAYSLFDMSKFPLKAAGTAVVSLKPDQINDLVLSLIEKGKLLVRDTRKEVFVGDSLVNVK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF13087   AAA_12
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF09401   NSP10
PF06478   Corona_RPol_N
PF11963   DUF3477
PF16251   NAR
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF01831   Peptidase_C16
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF16348   Corona_NSP4_C
Interpro
IPR027352   CV_ZBD
IPR032592   NAR_dom
IPR014828   NSP7
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR036333   NSP10_sf
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083   R1a/1ab
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037227   EndoU-like
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR022570   B-CoV_NSP1
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR002705   Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR009466   NSP11
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499   NSP9_sf
IPR014829   NSP8
IPR014827   Viral_protease
IPR042515   Nsp15_N
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
SUPFAM
SSF144246   SSF144246
SSF159936   SSF159936
SSF52540   SSF52540
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF101816   SSF101816
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1300     Identity=66.27%     Cov(Q)=12.93%     Cov(P)=97.17%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7178
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
348.312629999994
Exp number, first 60 AAs:
0.00035
Total prob of N-in:
0.00053
outside
1  -  2279
TMhelix
2280  -  2302
inside
2303  -  2400
TMhelix
2401  -  2423
outside
2424  -  2437
TMhelix
2438  -  2460
inside
2461  -  2845
TMhelix
2846  -  2868
outside
2869  -  3115
TMhelix
3116  -  3138
inside
3139  -  3149
TMhelix
3150  -  3172
outside
3173  -  3207
TMhelix
3208  -  3230
inside
3231  -  3646
TMhelix
3647  -  3669
outside
3670  -  3672
TMhelix
3673  -  3695
inside
3696  -  3699
TMhelix
3700  -  3722
outside
3723  -  3741
TMhelix
3742  -  3764
inside
3765  -  3770
TMhelix
3771  -  3792
outside
3793  -  3806
TMhelix
3807  -  3829
inside
3830  -  3841
TMhelix
3842  -  3864
outside
3865  -  7178
 
 
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