Coronavirus Database

Strain

Human_NL63_KF530114 (Region: USA: Nashville, TN; Strain: Human coronavirus NL63 strain NL63/human/USA/891-4/1989, complete genome.; Date: 3-Jan-89)

Gene

replicase polyprotein 1a

Description

Annotated in NCBI, replicase polyprotein 1a

Location

KF530114(+):222-12404

GenBank Accession

AGT51392.1

Full name

Replicase polyprotein 1ab

Alternative Name

ORF1ab polyprotein

CDS

ATGTTTTACAATCAAGTGACACTTGCTGTTGCAAGTGATTCGGAAATTTCAGGTTTTGGTTTTGCCATTCCTTCTGTAGCCGTTCGCACTTATAGCGAAGCCGCTGCACAAGGTTTTCAGGCATGCCGTTTTGTTGCTTTTGGCTTACAGGATTGTGTAACCGGTATTAATGATGATGATTATGTCATTGCATTGACTGGTACTAATCAGCTCTGTGCCAAAATTTTACCTTTTTCTGATAGACCCCTTAATTTGCGAGGTTGGCTCATTTTTTCTAACAGCAATTATGTTCTTCAGGACTTTGATGTTGTTTTTGGCCATGGTGCAGGAAGTGTGGTTTTTGTGGATAAGTATATGTGTGGTTTTGATGGTAAACCTGTGTTACCTAAAAACATGTGGGAATTTAGGGATTACTTTAATAATAATACTGATAGTATTGTTATTGATGGTGTCACTTATCAACTAGCATGGGATGTTATACGTAAAGACCTTTCTTATGAACAGCAAAATGTTTTAGCCATTGAGAGCATTCATTACCTTGGTACTACAGGTCATACTTTGAAGTCTGGTTGCAAACTTACTAATGCCAAGCCGCCTAAATATTCTTCTAAGGTTGTTTTGAGTGGTGAATGGAATGCTGTGTATAGGGCGTTTGGTTCACCATTTATTACAAATGGTATGTCATTGCTAGATATAATTGTTAAACCAGTTTTCTTTAATGCTTTTGTTAAATGCAATTGTGGTTCTGAGAGTTGGAGTGTTGGTGCATGGGATGGTTACTTATCTTCTTGTTGTGGCACACCTGCTAAGAAACTTTGTGTTGTTCCTGGTAATGTTGTTCCTGGTGATGTGATCATCACCTCAACTGGTGCTGGTTGTGGTGTTAAATACTATGCTGGCTTAGTTGTTAAACATATTACTAACATTACTGGTGTGTCTTTATGGCGTGTTACAGCTGTTCATTCTGATGGAATGTTTGTGGCATCATCTTCTTATGATGCACTCTTGCATAGAAATTCATTAGACCCTTTTTGCTTTGATGTTAACACTTTACTTTCTAATCAATTACGTCTAGCTTTTCTTGGTGCTTCTGTTACAGAAGATGTTAAATTTGCTGCTAGCACTGGTGTTATTGACATTAGTGCTGGTATGTTTGGTCTTTACGATGACATATTGACAAACAATAAACCTTGGTTTGTACGCAAAGCTTCTGGGCTTTTTGATGCAATCTGGGATGCTTTTGTTGCCGCTATTAAGCTTGTACCAACTACTACTGGTGTTTTGGTTAGGTTTGTTAAGTCTATTGCTTCAACTGTTTTAACTGTCTCTAATGGTGTTATTATTATGTGTGCAGATGTTCCAGATGCTTTTCAATCAGTTTATCGCACATTTACACAAGCTATTTGTGCTGCATTTGATTTTTCTTTAGATGTATTTAAAATTGGTGATGTTAAATTTAAACGACTTGGTGATTATGTTCTTACTGAAAACGCTCTTGTTCGTTTGACTACTGAAGTTGTTCGTGGTGTTCGTGATGCTCGCATAAAGAAAGCCATGTTTACTAAAGTAGTTGTAGGTCCTACAACTGAAGTTAAGTTTTCTGTTATTGAACTTGCCACTGTTAATTTGCGTCTTGTTGATTGTGCACCTGTAGTTTGCCCTAAAGGTAAGATTGTTGTTATTGCTGGACAAGCTTTTTTCTATAGTGGTGGTTTTTATCGTTTTATGGTTGATCCTACAACTGTATTAAATGATCCTGTTTTTACTGGTGATTTATTTTACACTATTAAGTTTAGTGGTTTTAAGCTTGATGGTTTTAACCATCAGTTTGTTACTGCTAGTTCTGCTACAGATGCCATTATTGCTGTTGAGCTGTTGTTATTGGATTTTAAAACTGCAGTTTTTGTGTACACATGTGTGGTTGATGGCTGTAGTGTCATTGTTAGACGTGATGCTACATTCGCCACACATGTGTGTTTTAAGGACTGTTATAATATTTGGGAGCAATTCTGCATTGATAATTGTGGTGAGCCATGGTTTTTGACTGATTATAATGCTATCTTGCAGAGTAATAACCCTCAATGTGCTATTGTTCAAGCATCGGAGTCTAAAGTTTTGCTTGAGAGGTTTTTACCTAAGTGTCCTGAAATACTGTTGAGTATTGATGATGGCCATTTATGGAATCTTTTTGTTGAAAAGTTTAATTTTGTTACAGATTGGTTAAAAACTCTTAAGCTTACACTTACTTCTAATGGTCTTTTAGGTAATTGTGCCAAACGTTTTAGACGTGTTTTGGTAAAATTGCTTGATGTCTATAATGGTTTTCTTGAAACTGTCTGTAGTGTCGCACACACTGCTGGTGTTTGCATCAAATATTATGCTGTTAATGTTCCATATGTAGTTATTAGTGGTTTTGTAAGTCGTGTAATTCGTAGAGAAAGGTGTGACATGACTTTTCCTTGTGTTAGTTGTGTCACTTTTTTCTATGAATTTTTAGACACTTGTTTTGGTGTTAGTAAACCTAATGCCATTGATGTTGAACATTTAGAGCTTAAAGAAACTGTTTTTGTTGAACCTAAGGATGGTGGTCAATTTTTTGTTTCTGGTGATTATCTTTGGTATGTTGTAGATGACATTTATTATCCAGCTTCATGTAATGGTGTATTGCCAGTTGCTTTTACAAAATTAGCAGGTGGTAAAATATCTTTTTCTGATGATGTTATAGTTCATGATGTTGAACCTACCCATAAAGTCAAGCTCATATTTGAGTTTGAAGATGATGTTGTTACCAGTCTTTGTAAGAAGAGTTTTGGTAAGTCCATTATTTATACAGGTGATTGGGAAGGTCTACATGAAGTTCTTACATCTGCAATGAATGTCATTGGGCAACATATTAAGTTGCCACAATTTTATATTTATGATGAAGAGGGTGGTTATGATGTTTCTAAACCAGTTATGATTTCACAATGGCCTATTAGTAATGATAGTAATGGTTGTGTTGTTGAAGCGAGCACTGATTTTCATCAATTAGAATGTATTGTTGATGACTCTGTTAGAGAAGAGGTTGATATAATTGAACAACCTTTTGAAGAAGTTGAACATGTGCTCTCAATTAAACAACCTTTTTCTTTTTCTTTTAGAGATGAATTGGGTGTTCGTGTTTTAGATCAATCTGATAATAATTGTTGGATTAGTACCACACTTGTACAGTTGCAACTTACAAAGCTTTTGGATGATTCTATTGAGATGCAATTGTTTAAAGTTGGTAAAGTTGATTCAATTGTCCAAAAGTGTTATGAGTTGTCTCATTTAATTAGTGGTTCACTTGGTGATAGTGGTAAACTTCTTAGTGAACTTCTTAAAGAAAAATATACATGTTCTATAACTTTTGAGATGTCTTGTGATTGTGGTAAAAAGTTTGATGAGCAGGTTGGTTGTTTGTTTTGGATTATGCCTTACACAAAACTTTTTCAAAAAGGTGAGTGTTGTATTTGTCATAAAATGCAGACTTATAAGCTTGTTAGTATGAAAGGTACTGGTGTGTTTGTACAGGATCCAGCACCTATTGACATTGATGCTTTCCCTGTGAAACCTATATGTTCATCTGTATATTTAGGTGTTAAGGGTTCTGGTCATTATCAAACAAATTTATACAGTTTTAACAAAGCTATTGATGGTTTTGGTGTCTTTGACATTAAAAATAGTAGTGTTAATACTGTTTGTTTTGTCGATGTTGATTTTCATAGTGTAGAAGTAGAAGCTGGTGAAGTTAAACCTTTTGCTGTATATAAAAATGTTAAATTTTATTTAGGTGATATTTCACACCTTGTAAACTGTGTTTCTTTTGACTTTGTTGTCAATGCTGCTAATGAGAATCTTATGCATGGAGGCGGTGTTGCACGTGCTATTGATATTTTGACTGAAGGTCAACTTCAGTCATTATCTAAAGATTACATTAGTAGTAATGGTCCACTTAAGGTAGGAACAGGTGTTATGTTGGAGTGTGAAAAATTCAATGTATTTAATGTTGTTGGTCCGCGAGCTGGTAAACATGAGCATTCATTACTTGTTGAAGCTTATAATTCTATCTTAGTTGAAAATGGTATTCCACTTATGCCTCTTCTTAGTTGTGGTATTTTTGGTGTAAGGATTGAAAATTCTCTTAAAGCTTTGTTTAGTTGTGACATTAATAAATTATTGCAAGTTTTTGTTTATTCTTCAAATGAAGAACAAGCTGTTCTTAAGTTTTTAGATGGTTTAGATTTAACACCAGTCATTGACGATGTTGATGTTGTTAAACCTTTTAGAGTTGAAGGTAATTTTTCATTCTTTGATTGTGGTGTCAATGCCTTGGATGGTGATATTTACTTATTATTTACTAACTCTATTTTAATGTTGGATAAACAAGGACAATTATTGGATACAAAACTTAATGGTATTTTGCAACAGGCAGCTCTTGATTATCTTGCTACAGTTAAAACTGTACCAGCTGGTAATTTGGTTAAACTTGTTGTTGAGAGTTGTACCATTTATATGTGTGTTGTACCATCGATAAATGATCTTTCTTTTGATAAAAATCTTGGTCGTTGTGTGCGTAAACTTAATAGATTGAAAACTTGTGTTATTGCCAATGTTCCTGCTATTGATGTTTTGAAAAAGCTTCTTTCAAGTTTGACTTTAACTGTTAAATTTGTTGTAGAGAGTAATGTTATGGATGTTAACGACTGTTTTAAGAATGATAATGTAGTTTTGAAAATTACTGAAGATGGTATTAATGTTAAAGATGTTGTTGTTGAGTCTTCTAAGTCACTTGGTAAACAATTGGGTGTTGTGAGTGATGGTGTTGACTCTTTTGAAGGTGTTTTACCTATTAATACTGATACTGTCTTATCTGTAGCTCCAGAAGTTGACTGGGTTGCTTTTTATGGTTTTGAAAAGGCAGCACTTTTTGCTTCTTTGGATGTAAAGCCATATGGTTACCCTAATGATTTTGTTGGTGG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Protein

MFYNQVTLAVASDSEISGFGFAIPSVAVRTYSEAAAQGFQACRFVAFGLQDCVTGINDDDYVIALTGTNQLCAKILPFSDRPLNLRGWLIFSNSNYVLQDFDVVFGHGAGSVVFVDKYMCGFDGKPVLPKNMWEFRDYFNNNTDSIVIDGVTYQLAWDVIRKDLSYEQQNVLAIESIHYLGTTGHTLKSGCKLTNAKPPKYSSKVVLSGEWNAVYRAFGSPFITNGMSLLDIIVKPVFFNAFVKCNCGSESWSVGAWDGYLSSCCGTPAKKLCVVPGNVVPGDVIITSTGAGCGVKYYAGLVVKHITNITGVSLWRVTAVHSDGMFVASSSYDALLHRNSLDPFCFDVNTLLSNQLRLAFLGASVTEDVKFAASTGVIDISAGMFGLYDDILTNNKPWFVRKASGLFDAIWDAFVAAIKLVPTTTGVLVRFVKSIASTVLTVSNGVIIMCADVPDAFQSVYRTFTQAICAAFDFSLDVFKIGDVKFKRLGDYVLTENALVRLTTEVVRGVRDARIKKAMFTKVVVGPTTEVKFSVIELATVNLRLVDCAPVVCPKGKIVVIAGQAFFYSGGFYRFMVDPTTVLNDPVFTGDLFYTIKFSGFKLDGFNHQFVTASSATDAIIAVELLLLDFKTAVFVYTCVVDGCSVIVRRDATFATHVCFKDCYNIWEQFCIDNCGEPWFLTDYNAILQSNNPQCAIVQASESKVLLERFLPKCPEILLSIDDGHLWNLFVEKFNFVTDWLKTLKLTLTSNGLLGNCAKRFRRVLVKLLDVYNGFLETVCSVAHTAGVCIKYYAVNVPYVVISGFVSRVIRRERCDMTFPCVSCVTFFYEFLDTCFGVSKPNAIDVEHLELKETVFVEPKDGGQFFVSGDYLWYVVDDIYYPASCNGVLPVAFTKLAGGKISFSDDVIVHDVEPTHKVKLIFEFEDDVVTSLCKKSFGKSIIYTGDWEGLHEVLTSAMNVIGQHIKLPQFYIYDEEGGYDVSKPVMISQWPISNDSNGCVVEASTDFHQLECIVDDSVREEVDIIEQPFEEVEHVLSIKQPFSFSFRDELGVRVLDQSDNNCWISTTLVQLQLTKLLDDSIEMQLFKVGKVDSIVQKCYELSHLISGSLGDSGKLLSELLKEKYTCSITFEMSCDCGKKFDEQVGCLFWIMPYTKLFQKGECCICHKMQTYKLVSMKGTGVFVQDPAPIDIDAFPVKPICSSVYLGVKGSGHYQTNLYSFNKAIDGFGVFDIKNSSVNTVCFVDVDFHSVEVEAGEVKPFAVYKNVKFYLGDISHLVNCVSFDFVVNAANENLMHGGGVARAIDILTEGQLQSLSKDYISSNGPLKVGTGVMLECEKFNVFNVVGPRAGKHEHSLLVEAYNSILVENGIPLMPLLSCGIFGVRIENSLKALFSCDINKLLQVFVYSSNEEQAVLKFLDGLDLTPVIDDVDVVKPFRVEGNFSFFDCGVNALDGDIYLLFTNSILMLDKQGQLLDTKLNGILQQAALDYLATVKTVPAGNLVKLVVESCTIYMCVVPSINDLSFDKNLGRCVRKLNRLKTCVIANVPAIDVLKKLLSSLTLTVKFVVESNVMDVNDCFKNDNVVLKITEDGINVKDVVVESSKSLGKQLGVVSDGVDSFEGVLPINTDTVLSVAPEVDWVAFYGFEKAALFASLDVKPYGYPNDFVGGFRVLGTTDNNCWVNATCIILQYLKPTFKSKGLNVLWNKFVTGDVGPFVSFIYFITMSSKGQKGDAEEALSKLSEYLISDSIVTLEQYSTCDICKSTVVEVKSAVVCASVLKDGCDVGFCPHRHKLRSRVKFVNGRVVITNVGEPIISQPSKLLNGIAYTTFSGSFDNGHYVVYDAANNAVYDGARLFASDLSTLAVTAIVVVGGCVTSNVSPIVSEKISVMDKLDTGAQKFFQFGDFVMNNIVLFLTWLLSMFSLLRTSIMKHDIKVIAKAPKRTGVILTRSFKYNIKSALFVVKQKWCVIVTLFKFLLLLYAIYALVFMIVQFSPFNSLLCGDIVSGYEKSTFNKDIYCGNSMVCKMCLFSYQEFNDLDHTSLVWKHIRDPILISLQPFVILVILLIFGNMYLRFGLLYFVAQFISTFGSFLGFHQKQWFLHFVPFDVLCNEFLATFIVCKIVLFVRHIIVGCNNADCVACSKSARLKRVPLQTIINGMHKSFYVNANGGTCFCSKHNFFCVNCDSFGPGNTFINGDIARELGNVVKTAVQPTAPAYVIIDKVDFVNGFYRLYSGDTFWRYDFDITESKYSCKEVLKNCNVLENFIVYNNSGSNITQIKNACVYFSQLLCEPIKLVNSELLSTLSVDFNGVLHKAYVDVLCNSFFKELTANMSMAECKATLGLTVSDDDFVSAVANAHRYDVLLSDLSFNNFFISYAKPEDKLSVYDIACCMRAGSKVVNHNVLIKESIPIVWGVKDFNTLSQEGKKYLVKTTKAKGLTFLLTFNDNQAITQVPATSIVAKQGAGFKRTYNFVWYVCLFVVALFIGVSFIDYTTTVTSFHGYDFKYIENGQLKVFEAPLHCVRNVFDNFNQWHEAKFGVVTTNSDKCPIVVGVSERINVVPGVPTNVYLVGKTLVFTLQAAFGNTGVCYDFDGVTTSDKCIFNSACTRLEGLGGDNVYCYNTDLIEGSKPYSTLQPNAYYKYDVKNYVRFPEILARGFGLRTIRTLATRYCRVGECRDSHKGVCFGFDKWYVNDGRVDDGYICGDGLIDLLVNVLSIFSSSFSVVAMSGHMLFNFLFAAFITFLCFLVTKFKRVFGDLSYGVFTVVCATLINNISYVVTQNLFFMLLYAILYFVFTRTVRYAWIWHIAYIVAYFLLIPWWLLTWFSFAAFLELLPNVFKLKISTQLFEGDKFIGTFESAAAGTFVLDMRSYERLINTISPEKLKNYAASYNKYKYYSGSASEADYRCACYAHLAKAMLDYAKDHNDMLYSPPTISYNSTLQSGLKKMAQPSGCVERCVVRVCYGSTVLNGVWLGDTVTCPRHVIAPSTTVLIDYDHAYSTMRLHNFSVSYNGVFLGVVGVTMHGSVLRIKVSQSNVHTPKHVFKTLKPGDSFNILACYEGIASGVFGVNLRTNFTIKGSFINGACGSPGYNVRNDGTVEFCYLHQIELGSGAHVGSDFTGSVYGNFDDQPSLQVESANLMLSDNVVAFLYAALLNGCRWWLRSTRVNVDGFNEWAMANGYTSVSSVECYSILAAKTGVSVEQLLASIQHLHEGFGGKNILGYSSLCDEFTLAEVVKQMYGVNLQSGKVIFGLKTMFLFSVFFTMFWAELFIYTNTIWINPVILTPIFCLLLFLSLVLTMFLKHKFLFLQVFLLPTVIATALYNCVLDYYIVKFLADHFNYNVSVLQMDVQGLVNVLVCLFVVFLHTWRFSKERFTHWFTYVCSLIAVAYTYFYSGDFLSLLVMFLCAISSDWYIGAIVFRLSRLIIFFSPESVFSVFGDVKLTLVVYLICGYLVCTYWGILYWFNRFFKCTMGVYDFKVSAAEFKYMVANGLHAPHGPFDALWLSFKLLGIGGDRCIKISTVQSKLTDLKCTNVVLLGCLSSMNIAANSSEWAYCVDLHNKINLCDDPEKAQGMLLALLAFFLSKHSDFGLDGLIDSYFDNSSTLQSVASSFVSMPSYIAYENARQAYEDAIANGSSSQLIKQLKRAMNIAKSEFDHEISVQKKINRMAEQAATQMYKEARSVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVETVLNLARDGVVPLSVIPATSASKLTIVSPDLESYSKIVCDGSVHYAGVVWTLNDVKDNDGRPVHVKEITRENVETLTWPLILNCERVVKLQNNEIMPGKLKQKPMKAEGDGGVLGDGNALYNTEGGKTFMYAYISNKADLKFVKWEYEGGCNTIELDSPCRFMVETPNGPQVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATIRLQAGKQTELAVNSGLLTACAFSVDPATTYLEAVKHGAKPVSNCIKMLSNGAGNGQAITTSVDANTNQDSYGGASICLYCRAHVPHPSMDGYCKFKGKCVQVPIGCLDPIRFCLENNVCNVCGCWLGHGCACDRTTIQSVDISYLNEQGVLVQLD

Function

The replicase polyprotein of coronaviruses is a multifunctional protein: it contains the activities necessary for the transcription of negative stranded RNA, leader RNA, subgenomic mRNAs and progeny virion RNA as well as proteinases responsible for the cleavage of the polyprotein into functional products.
The papain-like proteinase 1 (PLP1) and papain-like proteinase 2 (PLP2) are responsible for the cleavages located at the N-terminus of the replicase polyprotein. In addition, PLP2 possesses a deubiquitinating/deISGylating activity and processes both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains from cellular substrates. PLP2 also antagonizes innate immune induction of type I interferon by blocking the nuclear translocation of host IRF-3 (By similarity).
The main proteinase 3CL-PRO is responsible for the majority of cleavages as it cleaves the C-terminus of replicase polyprotein at 11 sites. Recognizes substrates containing the core sequence [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Inhibited by the substrate-analog Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK. Also contains an ADP-ribose-1''-phosphate (ADRP)-binding function (By similarity).
The helicase which contains a zinc finger structure displays RNA and DNA duplex-unwinding activities with 5' to 3' polarity. Its ATPase activity is strongly stimulated by poly(U), poly(dT), poly(C), poly(dA), but not by poly(G).
The exoribonuclease acts on both ssRNA and dsRNA in a 3' to 5' direction.
Nsp7-nsp8 hexadecamer may possibly confer processivity to the polymerase, maybe by binding to dsRNA or by producing primers utilized by the latter.
Nsp9 is a ssRNA-binding protein.
NendoU is a Mn(2+)-dependent, uridylate-specific enzyme, which leaves 2'-3'-cyclic phosphates 5' to the cleaved bond.

Catalytic Activity

Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal).
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate

Subunit

3CL-PRO exists as monomer and homodimer. Eight copies of nsp7 and eight copies of nsp8 assemble to form a heterohexadecamer. Nsp9 is a dimer. Nsp10 forms a dodecamer (By similarity).

Miscellaneous

Produced by -1 ribosomal frameshifting at the 1a-1b genes boundary.

Similarity

Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.

Keywords

3D-structure Activation of host autophagy by virus ATP-binding Endonuclease Exonuclease Helicase Host cytoplasm Host membrane Host-virus interaction Hydrolase Inhibition of host innate immune response by virus Inhibition of host IRF3 by virus Inhibition of host RLR pathway by virus Membrane Metal-binding Methyltransferase Modulation of host ubiquitin pathway by viral deubiquitinase Modulation of host ubiquitin pathway by virus Nuclease Nucleotide-binding Nucleotidyltransferase Protease Repeat Ribosomal frameshifting RNA-binding RNA-directed RNA polymerase Thiol protease Transferase Transmembrane Transmembrane helix Ubl conjugation pathway Viral immunoevasion Viral RNA replication Zinc Zinc-finger

Feature

chain Non-structural protein 1

Uniprot

P0C6X5

Pubmed

15034574 20181693

EMBL

AY567487

Proteomes

UP000008573

PRIDE

P0C6X5

Pfam

PF13087   AAA_12
PF08717   nsp8
PF08716   nsp7
PF06478   Corona_RPol_N
PF09401   NSP10
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08710   nsp9
PF05409   Peptidase_C30

Interpro

IPR037204   NSP7_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR036333   NSP10_sf
IPR014828   NSP7
IPR027352   CV_ZBD
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR014822   NSP9
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR037227   EndoU-like
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR009466   NSP11
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR042515   Nsp15_N
IPR014827   Viral_protease
IPR011050   Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829   NSP8
IPR036499   NSP9_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus

SUPFAM

SSF52540   SSF52540
SSF144246   SSF144246
SSF53335   SSF53335
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF51126   SSF51126
SSF101816   SSF101816
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076

Gene 3D

1.10.150.420 1.10.8.370 2.20.25.360 2.40.10.250 2.40.10.290

ProteinModelPortal

P0C6X5

PDB

3TLO E-value=0.0 Score= 622 Identity=99.34% Cov(Q)=7.46% Cov(P)=100.00%

3D Structure

View Sequence and Structure Alignments

KEGG

vg:2943501

GO

GO:0006351  P:transcription, DNA-templated
GO:0008242  F:omega peptidase activity
GO:0003723  F:RNA binding
GO:0044220  C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003678  F:DNA helicase activity
GO:0032259  P:methylation
GO:0003968  F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0008168  F:methyltransferase activity
GO:0004519  F:endonuclease activity
GO:0003724  F:RNA helicase activity
GO:0039520  P:induction by virus of host autophagy
GO:0039648  P:modulation by virus of host protein ubiquitination
GO:0044172  C:host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment
GO:0004197  F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019082  P:viral protein processing
GO:0008270  F:zinc ion binding
GO:0039548  P:suppression by virus of host IRF3 activity
GO:0005524  F:ATP binding
GO:0016021  C:integral component of membrane
GO:0016896  F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0036459  F:thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity
GO:0033644  C:host cell membrane
GO:0039694  P:viral RNA genome replication

From MSLVP

Capsid

From Uniprot

Host membrane
   nsp7, nsp8, nsp9 and nsp10 are localized in cytoplasmic foci, largely perinuclear. Late in infection, they merge into confluent complexes (By similarity).   With evidence from 2 publications.
Host endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment   The helicase interacts with the N protein in membranous complexes and colocalizes with sites of synthesis of new viral RNA.   With evidence from 2 publications.

Length:

4060

Number of predicted TMHs:

18

Exp number of AAs in TMHs:

411.223809999999

Exp number, first 60 AAs:

0.02429

Total prob of N-in:

0.00339

outside

1 - 1903

TMhelix

1904 - 1923

inside

1924 - 1966

TMhelix

1967 - 1989

outside

1990 - 2048

TMhelix

2049 - 2071

inside

2072 - 2072

TMhelix

2073 - 2092

outside

2093 - 2101

TMhelix

2102 - 2124

inside

2125 - 2469

TMhelix

2470 - 2492

outside

2493 - 2722

TMhelix

2723 - 2745

inside

2746 - 2751

TMhelix

2752 - 2769

outside

2770 - 2773

TMhelix

2774 - 2793

inside

2794 - 2799

TMhelix

2800 - 2822

outside

2823 - 3005

TMhelix

3006 - 3025

inside

3026 - 3246

TMhelix

3247 - 3269

outside

3270 - 3273

TMhelix

3274 - 3296

inside

3297 - 3302

TMhelix

3303 - 3320

outside

3321 - 3339

TMhelix

3340 - 3362

inside

3363 - 3373

TMhelix

3374 - 3391

outside

3392 - 3394

TMhelix

3395 - 3417

inside

3418 - 3439

TMhelix

3440 - 3462

outside

3463 - 4060

Sequence

Summary

Ontologies

Subcellular Location

Topology