Strain
Feline_KF530123
(Region: Netherlands: Utrecht; Strain: Feline coronavirus strain Felis catus/NLD/UU88/2010, complete genome.; Date: 17-Aug-10)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTACTGCAGGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTCGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGCCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAAGGCTTTCTCGTTAGAACCAATTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGATCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGCGAGTTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACATTATCATATATGAAGGAGAGGAGTATCATTGTGCTTGGTTAACTGTGCGCGATGAAAAACCTTTGTGTCAACAAAATCTCCTCACAATTAAGGAAATCCAATACAATCTGGATATTCCACATAAGTTGCCAAATTGTGCTATCAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGGTTGTTCTTTCTGAAGAGTATAGAAAGCTTTATGACATCTTCGGTTCACCATTTATGAGCAACGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCGCTTCATTGCTGCTACTCTTAAGTGTCCTTGTGGCTCCGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCATGGTAAAGTTAAAGGTGTCACACTAGGTGCTGTTAAACCGGGTGATGCTGTCATCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTACTCCAATATGCAGGTGATGTTGAAAATGTCTCTGTCTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTTATTAAGCCAGAAAGTACTTCACCTGTTTCATGCTCCATTAAGAGAGCGTTCATCACTGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTGTCACTGGAAAGTTGGACCTTAGTACTAACCTTTTTGGTAGTGCTAGCCTGCTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGTTGATGCTTGGAAAGTTATTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTGGCATCACTTTGCACTTCAGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTGGTTTCATCTAATAGTGTTAAGAGCCTTGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAAGCCTTTGATGTCTTCACACAGATAATTACAATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGCTTTGTGCTTGGTTCTAAATACTTGCTCTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTGAAAATACTTGGCAAGCGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCCACCAACCTAATTGGTGCTACTGTCAACGTGACACCACAGAGGACTGAGGCTGCTAACATTAGCCTTAATAAGGTAGATGATGTTGTTACACCAAGTGAAGGTCATATTGTCATCATTGGCGACATGGCCTTTTACAAGAGTGGAGAGTACTACTTTATGATGGCTAGTCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCAGCTCGAGCGCCATCTTACAACATCATGTATGATGTGGATGACGACACCAAGAGTAAAATGGTAGTTAAAATTGGAACATCGTTTGATTTTGATGGTGACCTCGATGCTGCTATTGCTAATGTTAATGTCTTACTTATTGAGTTTAGACAAGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAAGATGGTGAAAACATCGTGATTGAGGCATACCTTAAGAAATACAAGATGCCAGTCTGTCTTAAAAACCACGTTGGTTTATGGGACATTATAAGAAGAGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGACACCTACAATCATCTTAATGAATTGGAAGATGTCAAGGACACAAAAATTCAGGCTATCAAAAACATCCTTTGTCCTGACCTTCTGTTAGAATTGGATTTTGGTGCTATTTGGTACAAATGTATGCCAACCTGCTCTGACACATCTATCTTAGGTAATGTTAAAATTATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGCGACGGTGGTCACAACCTTGCTAACCGTTTAACAATTAATTATAACAAACTTTGTGACACAGCTCGCAAAGATGTTGAAATTGGTGGTCTACCATTTTCAACATTTAAAACACCATCTAACAGTTTTATTGACATGAAAGATGCTATTTACTCCGTAGTTGAATACGGCGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAATTAATAATGGTACTGTAAAAAATGATGATTGGTCAGAACCCATTTTGTTGGAGCCTGCAGACTATGTTGAACCTAAAAACAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATACACCTTTTATAAGGATGAAGATGATCATTTCTATCCGTATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAAATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCGTTTTTAGATAATGTCAATGTCAAGGAGATAGAACCTGTTACACGTGTCAAGCTGGAGTTTGAGTTTGACAATGAGGTGGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACTAAATACAAGTTTACAGGTACAACTTGGGAAGAATTTGAAGATTCTATCTCTGAGGAGCTTGACAACATCTTCGACACGCTTGCTGAAAAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGACACCTGTGGTGGATTTGATATTAACAATCCAGATGGTGTTATGATCTCACAGTATGATCTTAACACAGATGCTGATGAAACAGCTGATTCTGATGTAAGCGTGCAGAACGTCTCTTCAACTTCTGATAGCGAAGCTGTCGAACAACTTGAAGAAGACAATGTCGTTGTAGATTCTGTTGTACAAATTCCTTTTGTGGAAGAAAGTACAGAGCCTGCTGTAGAGAACTCTGATGAACGGTTGGTGGAAATTGTTGAAGTTTCTGCTAAAAATGATCCATGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGTCACCTTTTAGGACAACAGATCTTAATGGTAAAATTATACTTAAACAACAAGATAACAATTGTTGGGTAAATGCTTGCTGTTACCAACTGCAAGCCTTTGACTTCTTCAATCATGATCTGTGGGCCAATTTTAAGAATGGTGATGTTATGCCCTTTGTGAATTTTTGCTATGCAGCTCTGACTTTACAGCAGGGTGCATCTGGAGATGCAGAGTATCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTTGTTCTTAATGCCAGGTGTGGCTGTGGTAATAAGGAGATTGTTTTGGAGAGAACTGTGTTCAAACTTACTCCACTTAAGAGTGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAACAAATTAACATGTGTAAGTTTGCTAGTGTGGAAGGCTCTGGTGTTTTTGTGCATGACAGAATTGAAAAACAAACGCCTATGTCACAATTTATCGTGACACCTACCATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAACGGTCATTACATGATTGAAGATTGCATTCATGATTACTGCGTGGATGGTATGGGCATTAAGCCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACGCTGTTCCTTAATGCAAATGTAATGACAGCTGAACCCAAAACCAATAAGAAGGATCAGTTTGTCGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGAGCTCTTAACACCTTTCTACACGGTAGGTAAGGTTTCATTTTATCAAGGAGATTTAGATGTTTTGGTCAGTTTTCTTGAGCCAGATGTTGTTGTTAATGCCGCCAACGGTGACCTCAATCACACAGGAGGTGTTGCTCGGGCCATCGATGTATTCACAGGTGGCAAGTTAACAAAACGCTCTAGAGAATATCGTAAATCCAATAAGACAATAGCTCCTGGTAATGCTGTACTCTTTGAAGATGTAATTGAGCATCTTAGTGTGTTGAACGCCGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTCGAAGGTAAACTCTGTAATGTTTATAAAGCAATTGCCAAGTGTGAAGGTAAAATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATTTTCAAAGTCAAACTCGAAACATCACTGCAGTGCTTAATTAAGACTGTCACCGATAGAGATTTGAATGTCTTCGTTTACACTGACCATGAGAGAGCTGCCGTAGAAAATTTTTTCAAAGGTACCATCCCAGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTAAATCATAAACGCGTGTCTGTGGCACTGGATAAAACTTATGGTGAACAACTTAAAGGGACTGTTGTTATTAAAGATAAAGATGTCACTAACCAGTTGCCTAATGTGTCTGACGTTGGTGAAAAAATCGTCAAGGCTTTAGACATTGACTGGAGCGCACATTATGGTTTTTCAAATGCAGCAGCTTTTAGCGCCAGTTCTCATGATGCTTATCAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGATTAATGCGATTTGTTTAGCATTACAAAGGCTTAAACCAACATGGAAATTTCCTGGTGTTAAAGGTTTGTGGGATGAATTTCTCACGCGTAAAACTGCTGGATTTGTACATATGCTGTATCATATCTCTGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGCGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGATTTGATGTCAAGTGATAGTGCAGTCACTGTTACGCACACAACTGCATGTGACAAGTGCGCAAAAGTTGAAACTTTCACTGGACCTGTGGTGGCTGCACCTCTTAT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AATCACTTTGTTAACACACCATGA
Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLQEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFLVRTNCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDIIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQNLLTIKEIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMSNGDSLNKCFDSLRFIAATLKCPCGSESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVITSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIVTGKLDLSTNLFGSASLLFKKTPWFVQKCGAIFVDAWKVIEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKSLVDKCVKILVKAFDVFTQIITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPSEGHIVIIGDMAFYKSGEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARAPSYNIMYDVDDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIANVNVLLIEFRQEKLCFRALKDGENIVIEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTYNHLNELEDVKDTKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYKCMPTCSDTSILGNVKIMLGNGVKVICDGGHNLANRLTINYNKLCDTARKDVEIGGLPFSTFKTPSNSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVINNGTVKNDDWSEPILLEPADYVEPKNNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFLDNVNVKEIEPVTRVKLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWEEFEDSISEELDNIFDTLAEKGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTDADETADSDVSVQNVSSTSDSEAVEQLEEDNVVVDSVVQIPFVEESTEPAVENSDERLVEIVEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLSPFRTTDLNGKIILKQQDNNCWVNACCYQLQAFDFFNHDLWANFKNGDVMPFVNFCYAALTLQQGASGDAEYLLETMLNDYSTAKVVLNARCGCGNKEIVLERTVFKLTPLKSEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQTPMSQFIVTPTMHAVYTGTTQNGHYMIEDCIHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAEPKTNKKDQFVEECQSPKELLTPFYTVGKVSFYQGDLDVLVSFLEPDVVVNAANGDLNHTGGVARAIDVFTGGKLTKRSREYRKSNKTIAPGNAVLFEDVIEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCEGKILTPLISVGIFKVKLETSLQCLIKTVTDRDLNVFVYTDHERAAVENFFKGTIPVKVTEDTVNHKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPNVSDVGEKIVKALDIDWSAHYGFSNAAAFSASSHDAYQFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWINAICLALQRLKPTWKFPGVKGLWDEFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGDLMSSDSAVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLMICGTDETCVHGVSVNVKVTSVKGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFVVKTHKTETVPESQVKEPSKARVFSEVEETPKNIVHESKLLAIESGADYTISTLGKYADVFFMTGDKILRLLLEIFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFKDLGAKVRTLNYVRQLNNPALWRCAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVMHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFNHLQVSWDYKSDPLWNRVVQLSYFIFLAVFGNNYVRCLLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVINFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFFPCSNPSCKTCSKVARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSVKQTVHATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTSYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKLCNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSTLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSSKSGSGFFDVLKQLKQIFWCLVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFAKSCPIVLGTAFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGASVSKNSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIVRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSVLGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLVNIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYVMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSARYKGVNLILKVSQVNPNTPEHKFKSVRPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGMLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVMTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSAILAITTLVSVMLVAGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATVHNVVWDMTYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYIFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEIVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARTDLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNLTWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASESGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGRPTEHPSNSSLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATMDQSYLNRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKNVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTEHKEKLFQKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDDCIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVCKYFECYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNTCNNVTVKAIQRKIYDNCYRSSSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCCSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLGGLNYYCTEHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAIGSEDVDDFNKLAVSDWTNVDDYKLANNVRESLKIFAAETVKAKEESVKAEYAYAILKEVVGPKEVVLQWESSKIKPPLNRNSVFTCFQLNKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTTKLAPGMIFVLTSHNVSPLKASILVNQEKYNTISKLYPTFNIADAYTTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKASKNFNVDKCSRIIPQRIRVDCYMGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEANCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGTLQPEDYNVVTQRMCKLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFLPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLAHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHAINVNRFNVAITRAKVGILCVMCDRKMYDNLGFYELKDSKIGLQAKPETCGLFKDCSKIDQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANVPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNIGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRRGQSWHVVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGKPQKCECGKMATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKRVDWSIVYPFIENEEKINKAGRIVQSHVMRAALKVFNPAAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYYDESDCDFIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRAYVEDYNMFVQAGFTVWCPQNFDTYMLWQGFVNGKALQSLENVAFNVVKKGAFADLKGDLPTAVVADRIMVRDGPTDKCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATHKFVLWDYEADCPFSNFTKQVCAYTDLDGEVVTCFDNSISGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIVKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSSVWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGANGVAPGTTVLKRWLPDDAILVDNDMRDYVSDADFSVTGDCTNLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFINEKLALGGSVAIKITEFSWNKTLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLVGINYLGPYSDKAIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALVVNLKERELNDMVVGLLRKGKILIRNNGKLLNFGNHFVNTP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1115 Identity=59.27%
Cov(Q)=13.98% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6674
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
433.358189999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00038
Total prob of N-in:
0.00037
outside
1 - 1824
TMhelix
1825 - 1843
inside
1844 - 1885
TMhelix
1886 - 1905
outside
1906 - 1965
TMhelix
1966 - 1988
inside
1989 - 2007
TMhelix
2008 - 2030
outside
2031 - 2389
TMhelix
2390 - 2412
inside
2413 - 2648
TMhelix
2649 - 2671
outside
2672 - 2680
TMhelix
2681 - 2703
inside
2704 - 2709
TMhelix
2710 - 2732
outside
2733 - 2735
TMhelix
2736 - 2758
inside
2759 - 3175
TMhelix
3176 - 3198
outside
3199 - 3202
TMhelix
3203 - 3225
inside
3226 - 3231
TMhelix
3232 - 3254
outside
3255 - 3273
TMhelix
3274 - 3296
inside
3297 - 3302
TMhelix
3303 - 3325
outside
3326 - 3351
TMhelix
3352 - 3370
inside
3371 - 3382
TMhelix
3383 - 3405
outside
3406 - 6674
