CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Dolphin_KF793826 (Region: Germany;  Strain: Bottlenose dolphin coronavirus HKU22 isolate CF090331, complete genome.;  Date: 2008-2010)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,  spike glycoprotein
Location
KF793826(+):20446-24933
GenBank Accession
AHB63508.1
 

Sequence

CDS
ATGGTAAAATTGTTATACGTGATAGTGCTAGTGTGCACTACGTTGACGATTCCCTTATTATATAATGCCGAAGAATTTTTAGATTTTGATCTTTGGCCATGTGATACCTGTTGGAATAGTAGTTTATTAGAGGAAAATAATACATATACTGCTGCAGCTTTTCATCAGTATGGTATTATACCTTTTTATTATAGTATAAATTGGACCGTCGTTATGAATTATAGTGATGGTATTTATGATTATAAGTGGGATGATGTTGCTTATAACTCATCCAACTATTTGGCTGTTAATGTTAGTCTTGTTGGCAGGAATTGCACCGCAAATTTAAATGAGACGCTTACTGAGTATAAGGGTTTCGATTTTAAAGGTTTTCCCTTTTCCTGCCCAGATTTTAATGTTACTAGTATAGACCATGGTATGTTTGGTTATTTATTACAGAATGTCTTATTGGGAAGATGCACTTCTCATTTGTGTGTAGTTGTGATACCGCAGGGTAGAGTATTTTTCCAAAAAGATGAGATGTGGTGGTGGAGCTGGGGTGACCGATTAGGTATATCCTCACACTTCACACGTTTTATGGTTTTTGATAGAAATATAACCGTTATTGGTATAGCGGGTAATTTTGATTTATATAGATTAGGACATGATGGGTGTAAGTATGTAACAGGCCAATCGTGTCCTGGCTATAATTGGATGAACGTAACGCGCATTCCTGTAGTTGGTCAGGTGTGTCGTTGGTTTTATGCTGATAAGGATAATTTATGTAATTTAACCCGTGTTGATAATATGCCAAAAACATATTACACAGCAGAATTAGCCCGACCAGCTACTGCAAGTGTTATTGTTGATGGTGCTTATAAACCCGTTTATACTGGTAAGTTTGTTGATGATGCATTAGGTCCAGATTATCCCTGTCCTACATTATCTTCATTACAGGCTTCTTATGTACCTGGGGATTGTGCTATTAAGGACTGGGTCTGGATACGTTCTTTTGATTTTAAGCATACTTATTTTGATGCGGTTTATGTAGGTAGAGAAGAGAAATTTTCTCTAGATGCTGTGCAAATAATTTTTAGGTTAAAGCCAAATGCTACGTATTTGGGCTTACCCTTTTGTAATGAGACACATACAGATAAATCCAGTAGTGCCATTATTGCTTATCTTATAGGTGGTGAGTTTTATAGTGTTGATACATCCACAGTTGTTGTTGAGACCTATAATCCTCACATACCCGACCCTTCTGCTACACCCACAAGTGCATCAACTACGCAATCTAGGACCACCATTTATGGTTGGCAAGATTTGCGTAGTTATAATATGTCTTGTGTTAGGTTTTCATATGAGTTAAAACGTGTTATGTCTGTGCCTTTATCTATGATAAGGGATGTTATTATTGATGTTAAGAAGAGAGTTTTGTCCATAGATGGTTTTCCAGTTGGATCGCTCTTGTCAGATTTTGAATTTAGGTTTAGTATTCTTGCTATGAATGATACCTATTTAGCAGGTCTTAAATATACGACAGCGCTCATTACTTTTGATAAAGGTAATGTTCGCAATGTTATTGATTGTAATAGTGACTCCGTCTTTGACAAACTCAGGTGTGATTTGCAAACTGATGTTATGTCAGATGGGTTTTATCCTGTTAATATTAAAACTAATGAAGCTGAGGAAAATGCAACTTTTATAGATGTTGAGGCTACATTAGCTAATTTGAGTTTGGAAGTTTTTGTTAGTAGTCCAAGCCATAGTCCTGCATGTTTATTAAAAAGCTATAAGTGTGTTGATACCCGTTATTTTTATTTGCAAAATTACACTTATAGTTGTGCTGATAATGGCATTAATGATGCTGCCAGTAGTGCATACTGTGAGGGTCGTATGGACACCTTTAATAAATTTGGTGTTAATGGCCTTGATTTTAGAGGTAAATGCCCCTTTTCAGCTAGTAAGGTGAATACAGGGCTTATTTTTGATAAGATTTGTTTTGGTGTTTATGAACAAGGTTGTCAAGCAGATAAAGTTTGTAACTTTGGGTTTTATTTTGATGATGTAGTTTTTAATCAGTATGGTAATAAAGTGTATTATAAGCGCCAAGATTTAGGCTTTATTGATTACCAATTTGGCACACTATTTAAGAATTCTTTAGTTCAACCTAATGTAATTCAGGATGGTTGCCATGATTATGATATTTATGGCTATAAAGGAACTGGTTTTGTAAAACCCTTCTTTGATTATAGCTATTTGAATATGGGAGGTCTTATAATGTTAGACAGTGGAGGATTCCCAGCTGTCTTCAGACATAACTTTGCTTTGTATGAGGTTACGCAGTGCACTAGGGAAGTAGCGCAATTAGCCGTAGCCTCCAATAATGCTCTGGGTTGTTATTTGCCTAAGCAGGTTAATATTGAAGGCTTGAATGATACTGTAGATTGTAATATCACGGGTGTTTTCAAGTATTGTTCATATGGTTCTATTCAGGCAGCTTTGTCCGAAGAAGTTCAAATTAATGTGTGTAACCCTTCTCTTATGATGGAAAATTCGCACTGTATTAATTTAAAAGGCTCATTTATGGTTAATGAACCCAGTGTTACATTAAATTCAACTACTTACCAGCCCCTTTTAGGAGTGTCTGGAGAAGTTGTTTTACCTCGTACTTTAATGCTACATACGACTACTGAGTTTATTCAAACCCATAGTCCTAAGATTGTTATAGATTGCAATAAATACGTGTGCGGTAGTTCTGAGAGATGCAGGCGTATACTTATTAAGTATGGTGGCTTTTGTGAAAGCATCATACGTTTACTTAATGGCGTTAACATGGCAGATGATGTCAGTGTTACCGATTTTCTTGATAACTTAAATAGTTTTGATAACATCTCTATTTCGTTACAGAGTTTAAATGATAGCTTTGGTTCTTTTGATGGTTATGGCTTTCAGAAGTTTTTACCTAAGTCTTTTGATTTTGGCAGTGGTGATCCCCGTCAATCGCGGTCAACCATAGAAGATTTATTGTTTGATAAGGTTACAACTGTGGGTCTTGGCACTGTTGATGCAGACTATGACAAGTGTACCAAAGGATTGTCGGTAGCAGACTTAGTTTGCGCTCAGTATTATAATGGAATTATGGTTTTACCTGGTGTTGCAGATGCCGAGAAGATGGCAATGTACACTGGTGCATTAGTAGGTGGTATGGCATTAGGTGGCATAACTGCTGCCGCATCTATACCTTTTGCAACTCAAATACAAGCTCGTGTCAATTATCTTGCGCTTACCCAGAATGCTATTCAGGAAAATCAAAAGATAATTGTCCAGCAGTTTAATAAGGCTATTGACTCTATGACTTCTGCATTTGAAAGCGTTAATGCAGGCTTCAGTGCAGTGTCTAGTGCAATAACTGAGATTCAGAACACGGTGAACGCTCAGTCACAGGCGTTGACTAAGTTGTTAGGTCAATTAAATTATAATTTTGGTGCAACGACTAGCTCGATTAAAGAACTTTATGAGAGACTAGCCCAGTTGGAAGCTGATATCCAAGTGGATAGATTAATAAATGGTAGATTAACTGCTTTATCTGCATTTGTGGCGGCCAGGCAAGTGGAAGCTTCTAGGGTAGCGTCACAACGTGTTTTAGCAGCTGAGAAGATTAATGAGTGTGTTAAAAGTACATCTAACAGATATGGTTTCTGTGGTAATGGTACACATATTATCAGCTTCCCACAGAATGCCCCTAATGGTATGTTGTTTGTACATTTTTCATTGGTACCTAATGAGACTATTACCGTTTATGGTATTATTGGTCTCTGTTTGAATAATTCTATCGGCATTGTACCTGCAAAGGATAGAGGTATATTTATTAAATGCAGTAATGGTAGTTACTGTCCTGAATTTGAGAATAGTTTTAATATGACTAAAGATGGCAATGTGACTTTTCCCTTTGCCATAACTAGTAGAGAGCAGTATAACCCGCGTCAAATTACGACGGGAGATATACAGATGCTTACTTCCTGTAACTCTAGTTACACACATATAGAGTGGAGTCAGCTACCTTTAGTTGCACCACCCTATAAAGATTTTGATCAAGAGTTTGAAGAATTGTATGAAAAATGGAACTACACATTGGAGGAGTTGGAGAAGTTAAATGTTACTTTTCCATACCTTAATGTTAGTGATCAGATAGATATTATTAATGGTGCCATGGAAAATATTAGGAATCAGATTCAGAATTTGAATAGTTCCTATATTGATCTTGAATGGCTTAATAAGTATGAGAGATATTCTAAGTGGCCATGGTGGGTGTGGCTAATAATAGCATTGTGCTTTGCTGCATTTTGCCTATTAGTCTTTTGGATATTTATTTGTACTGGGTGTTGTGGCGGTTGTTGCAATTGTTGCGGTATACCTGCCCTCTTCGGCTATTGTAAGCAGAAAGCCCACTACGAAAGATTGAGAATGGATGAGGAAGGCAACCTAGAAGAAATAAAAGCAGACTAG
Protein
MVKLLYVIVLVCTTLTIPLLYNAEEFLDFDLWPCDTCWNSSLLEENNTYTAAAFHQYGIIPFYYSINWTVVMNYSDGIYDYKWDDVAYNSSNYLAVNVSLVGRNCTANLNETLTEYKGFDFKGFPFSCPDFNVTSIDHGMFGYLLQNVLLGRCTSHLCVVVIPQGRVFFQKDEMWWWSWGDRLGISSHFTRFMVFDRNITVIGIAGNFDLYRLGHDGCKYVTGQSCPGYNWMNVTRIPVVGQVCRWFYADKDNLCNLTRVDNMPKTYYTAELARPATASVIVDGAYKPVYTGKFVDDALGPDYPCPTLSSLQASYVPGDCAIKDWVWIRSFDFKHTYFDAVYVGREEKFSLDAVQIIFRLKPNATYLGLPFCNETHTDKSSSAIIAYLIGGEFYSVDTSTVVVETYNPHIPDPSATPTSASTTQSRTTIYGWQDLRSYNMSCVRFSYELKRVMSVPLSMIRDVIIDVKKRVLSIDGFPVGSLLSDFEFRFSILAMNDTYLAGLKYTTALITFDKGNVRNVIDCNSDSVFDKLRCDLQTDVMSDGFYPVNIKTNEAEENATFIDVEATLANLSLEVFVSSPSHSPACLLKSYKCVDTRYFYLQNYTYSCADNGINDAASSAYCEGRMDTFNKFGVNGLDFRGKCPFSASKVNTGLIFDKICFGVYEQGCQADKVCNFGFYFDDVVFNQYGNKVYYKRQDLGFIDYQFGTLFKNSLVQPNVIQDGCHDYDIYGYKGTGFVKPFFDYSYLNMGGLIMLDSGGFPAVFRHNFALYEVTQCTREVAQLAVASNNALGCYLPKQVNIEGLNDTVDCNITGVFKYCSYGSIQAALSEEVQINVCNPSLMMENSHCINLKGSFMVNEPSVTLNSTTYQPLLGVSGEVVLPRTLMLHTTTEFIQTHSPKIVIDCNKYVCGSSERCRRILIKYGGFCESIIRLLNGVNMADDVSVTDFLDNLNSFDNISISLQSLNDSFGSFDGYGFQKFLPKSFDFGSGDPRQSRSTIEDLLFDKVTTVGLGTVDADYDKCTKGLSVADLVCAQYYNGIMVLPGVADAEKMAMYTGALVGGMALGGITAAASIPFATQIQARVNYLALTQNAIQENQKIIVQQFNKAIDSMTSAFESVNAGFSAVSSAITEIQNTVNAQSQALTKLLGQLNYNFGATTSSIKELYERLAQLEADIQVDRLINGRLTALSAFVAARQVEASRVASQRVLAAEKINECVKSTSNRYGFCGNGTHIISFPQNAPNGMLFVHFSLVPNETITVYGIIGLCLNNSIGIVPAKDRGIFIKCSNGSYCPEFENSFNMTKDGNVTFPFAITSREQYNPRQITTGDIQMLTSCNSSYTHIEWSQLPLVAPPYKDFDQEFEELYEKWNYTLEELEKLNVTFPYLNVSDQIDIINGAMENIRNQIQNLNSSYIDLEWLNKYERYSKWPWWVWLIIALCFAAFCLLVFWIFICTGCCGGCCNCCGIPALFGYCKQKAHYERLRMDEEGNLEEIKAD

Summary

Uniprot
V5TEW2  
Pubmed
24227844   
EMBL
KF793826    AHB63508.1   
Proteomes
UP000126730   
Pfam
PF01601   Corona_S2
PF01600   Corona_S1
Interpro
IPR002552   Corona_S2
IPR002551   Corona_S1
ProteinModelPortal
V5TEW2  
PDB
6U7H     E-value=3e-135     Score= 447     Identity=32.86%     Cov(Q)=65.75%     Cov(P)=84.81%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
 GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0019031  C:viral envelope

Subcellular Location

From MSLVP
Single-Pass Membrane

Topology

Length:
1495
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
58.23012
Exp number, first 60 AAs:
15.1096
Total prob of N-in:
0.72933
POSSIBLE N-term signal
sequence
outside
1  -  1428
TMhelix
1429  -  1451
inside
1452  -  1495
 
 
Copyright@ 2018-2023    Any Comments and suggestions mail to:  zhuzl@cqu.edu.cn, mg@cau.edu.cn   渝ICP备19006517号

渝公网安备 50010602502065号
In processing...
Login to ASFVdb
Email
Password
Please go to Regist if without an account.
If you have forgotten your password, you can once again Regist an account with a registed or new email.
Cancel Go
Change my password
Enter new password
Reenter new password
Cancel Go
Regist an account of ASFVdb
It is required that you provide your institutional e-mail address (with edu or org in the domain) as confirmation of your affiliation.
Enter email
Reenter email
First Name
Last Name
Institution
You can directly go to if with an account.
Cancel Regist
Registraion Success
Your password has been sent to your email.
Please check it and login later.
Welcome to use ASFVdb.
OK