Strain
Bat_KJ473798
(Region: China; Strain: Miniopterus bat coronavirus HKU8; Date: 2013)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGTTCTAACCATTTGACATTGGCATTTGCCAATGATCCTGAAATTTCTGCAGAAGGCTGCTCTACTCGTGGTGAAGCCGTCTCACGGTATAGTGAGGCCGCACTCTATGGATTTGAGAGTTGCCGATTTGTTGCGTCCGGTCTCCAGGAGATCGTTGACGGTGTCAGCGCAGATGATTATGTGCTGTGTTTCTCAGGTGTCACAACACTGAGGGCTTTTATTGGTAGATTTGGCGATCGTCCACGTAATTTGCGTGGTTGGTTGTTGTTCTCCAATTGTAATTATTTTCTTGAGGAAGTTGACGTCATTTTTGGTCATGGCGGTGGCAATGTTGAGCCTGTATATGTAGATAATTACATGTGCGGTGCCAATGGTAAACCCGTCTTGCCAGCTGACGTCTGGTGCTTCCAGGATTACTTTGGTGATGAGACAGAGTTGGTTGTTAATGGTGTTCGTCATGTTAAAGCATGGGACGTCGTTAGAACCAACCTGCCTTACCAGTTTCAGTCTACTGGTGCCATTGAATCCATTACTTGGCTTTCTGATGTTCCTCACGTTCTAAGAAATGGTAGCAAACTTAGTGTTTGCAAGGCACCAAAATTTTCTAAGAACGTTAAACTTAGTGAGCCACTCAATACATTATACCAGGCCTGTGGCAGTCCATTTGTTTCAAATGGTACTGATTTGGCTGGTGCTGTTGGAAAACCTGTTTTTGCACACTCCTATGTTGCCTGTAAATGTGGTAGCAAGTGTTGGAGTGTCGGTGACTGGTCAGGTTACAAATCTACGTGTTGTGGCACTTTTGGTAAAGTGCTTTGCACTGTTTTTGGTGATGTGGTACCTGGTGATGTGCTCATGACATCTGCAGCTGTTGGTTCTGGTACGCGCTATTACAATGGTTTGACAATTAAACATGTTGTTACTGTTCAAAACATTGCATGTTGGCGCGTCCTCAAAACCCAGGCTGTTGATGGCTTTGTTGCCACCCCAACCTTTGACCAATATTCTGATGTCACATTGGATTCTTGCACTTACGACAATGTTACCGTTGCAGCTACAGCTTTGAAGTTTGGTCTTCTTAGCGGTAAGTTTGAGGACATTGTGGTTGAAGGCGTCCTTACTGGTGTTCTGGATGTTGGTTGCGCAGTCCTTGATGTGATTGACAGGGTTTGTGAGCAAAAGCCATCGTTTATTGTTAAATTTGGTGGCTTGCTGGAGTCTGCGTGGTCAGCTTTTGTTGCTGCAATTAAGCAGATTCCTGCATTTGCTTCAGAAGTTGTTGCACTTTGTAAAACACTTAGTAAGGCTGTCCTTGTTGTGCGTAATCGTTGTTTAGACTTTTACGTTGAGGACGTTGCACCTAAGTTTAGACAGGCTCTAGAGTTGCTTAAGACATTAGTTACTGGTCTTTTTGACCTTGCAGTTGAGACCTTTAAAGTTGCTGGTGAGACATTTAGCCGTGTTGGCGACTGCGTCCTCCTTGAGAACGCTGTTGTTAGGCTTGTGTCCACCAAGGTTAAGGGCCTTAAGCAATCAGGTGTCAAGAAGGCCACTGTGGCAACTCCCATTGTCGGTGCTACTAAGAAAGTTCAGTCTAGTCGCACTGAAGTTGGTGACCTAACCCTCGTTAAAACTGCTAGTGTACCTCTTGTTAATCAGGGTGTTACAGTCCTGATTGGCGGTGTTGCATTCTTTAAGAGTGGTGGTGTCTATAGACTTATGGCTGATGCCGATGCTGTCTATGAAGAACCTGTCTATTGTCAACAGGCTTCTTGTAAACCTGTTTTTAAGTGCAACAAACCCGATGGGTTTCCTGATGTAACTAGTACCAACCCCGACACTTTGGCCCATGAGGTCAAGAAACTTTTGGAAGGCATAGCAAAACCATTTGACAAGTACGTTTGTAGTGTCGTGAATGGTGAGTGCCAGGTTGATCATAGTTATAACTTTAAGGCTCCTGCTTATATAGCTGATAAGCAACAGTATGTTATGCTCTGTAAGGATTTTGTTACTGATGACAAGTTTGAAGAGTTTTATGTTAAGGCTCTTAAAGCTAGTTCTCTTGATGGTTTTGAACCTTATTATGAGGCCTTTACCATCTTTAAAGGAGAATTGAAGTGTCCGGCAGAGCTCCTTGAACTTGATGATGGTGGTTTGTTTAACACTTTCATTAAGACCGTTAACAGTGCCTATGATTTTGTTAAAAACCTTAAGGTGTCTGTTACTGTTAAAGGTGTTATCTGTACTGCTGCTAAGCGCTTTAAGCGTTGGGCCAATGCACTTGCTAAGTTGTATTCCGAGTTTATTGTTAGCACATGTAAGACAGTCGTTATTGGCGGTCTTGATTTTGCATACTATTGTTTTGCAAAACCAGCTATTGCACTCGGTGACACTTTTGTGCGTGTTTCTAGGAATGCTCTTAGTGCCTTTAACCGTCCTGTTGAAGATGGTTCTAGTGAGGCGTATACCTTTGATGGTGGTGCTATAGAGACTGTTTGCTCACGTGTCCAGTTTGACACTGTTGTGCTTGAGTCTGTGCAAGACATACCCGTTCCTAGTGACGGTTATGTCGCTGTTGTAGATGGTTATACCTTCTTTACAGATGGCACTCATTATTTCCCAACTGGACTGTCTCGCTGCCACACTACGTGTTTTAAGCGTGGTGGTGGTAGTGTTGAGTTTTCCGAAGTTGTGGAAGTTAAAGAAATTGACCCCGTCTATAAAGTTCGTATTGAGTACGAATTTGAGGACGAGACTATTGTTGCCGTTTGTAAGAAGGCAATTGGTAAGACCATGACATTTGAAGGTAGTGACTGGGCCGACTTTGAACAGACTTTGACCAATGCTGTTTCTGTGGTTGGTGAGTTTGTCGACCTCCCTGACTTTTTTGTCTATGATGAGGAGGGCGGCACTGATCTTACTAAAGTTGTCATGGTCTCACAATGGCCTTTGAAAACAACACCAGAACCACCTGTATTTGACCCCTCACCACTAGCTGCTTTTGTAGTTAGTTGTGGTTTGGAGTGTGACTTTAGCGGTTGTGAAGACCCTATTAGTTGCTTCAAAACCATAGAGGGTGTGTCTCTTTGTGTTTCTATGGAGCGTTCTTGTAAGTGTGGCATTGATCAGGCCGTTTGTGAAGGTTTCTATGTGCCAGTTAAACCCTGTGCTGTCACTGACGTTTGCAGTGAGTGTGGTGGTGACCGTGTCGCTACCATCACTAGTATGGTTGGTACTGGTTTTGTCGACCTTTGTGATGATCCTGTTGTGCCATTTGATTGTGCAGAGTGTGGTTTTGGTGGTTACAATAATGTGTGTTTCGTCAATGTTGATGTTGCACCACCACCACCTCCTTTTGAGGAAACACCAACTCCGTTAGCTGACACTCCTGTTGATGATGTCCAGGAGGTTACTGAGGCATTGTCTTTTATTGTAGATGAACCTCGTGCATTTGTTGATCCTTTTAAGTTTGAGTATTACGACCACGCTGGTGTTCGTGTGCTTAAACAGGATGCTAACAATTGCTGGGTTGCTTCCACGATTGTGCAATTACAGCTTTATGGTTTTGAGAGTGATGCTATGTCACTTTTTAAGGCTGGCAGTGTTTCACCTATGGTGCGTAACTGCTATGAGGCTGTTAGTGCTATTCGTGGCAGTCTTGGTGATGTGTCTCAGTGTTTGGAGCGACTTCTTTGTGATAGTCATACTATGTTTATGACTTTCGATGTGAAGTGCAAGTGTGGTGTCTCTATGGCTGAGATGAGTGGTGCTGTGTTTCGTTTTATGCCTACTCGTGATGCTTTTAATTATGGTGCTTGTCCTACGTGTAGGAGCGTCATGGTTTACAAGATCAAGAGTATGCAGGGGTCTGGATTCTTTTGTCAAGATCCGAAACCTTTTAACACTGCTCGTTCTCTTGTTAAGCCTGTGAGCGCCAGTGTCTATAGTGGCAGCACGGATGGTGGCCATTACAAAACCAATATTTACAATGCACGTGTTTGCGTTGATGGTTTTGGCGTTACTAGTGTTGTTACTGGTAACGTTAACGTGGTTCTCCTTCGTGACGTCAGCTATGGTCTTGACGACATTTCCGCTGGTGCTACTGCCACTATTGTTGAGAGTGTTGGTGATGTTGTTACACCCACTGTTGAACCCTTTGCCACTTTTGGCAGTATTGAGTTCTATCAGGGTGATATTAAGACATTGTCTGCACTGCCTTGCGACTTTGTGGTTAATGCTGCTAATGAGAATTTGCAGCATGCTGGTGGTGTCGCTAAGGCTATTAATGAACTTACAGATGGCGTGTTGCAGCGTCTTTCAGACGATTACACACGTGCCAATGGTAAGGTTAAAGTGGGCTGTGGTGTCATGCTTGAGTGCCCATTGCGTGTGTTTAACGTCGTTGGACCGCGTAAGGGTAAGCATGCCAGGTCTTTGCTTGTTAAGTGTTATAAAAGTGTTCTCTCCAACCCAGGTGTGCCACTGACGCCATTAGTCAGTGTGGGTATATTTGGTGTTCCTTTGTCAGACTCTTTTATTGCACTTACTAGTGCTGTTGATGGTAGGCGTGTTTTGTGTTTCTGTTATTCTGATACAGAACGCAAGGCTATACTAAAGTTGATTGCTCAACGCTCTGAGAGTCTTGCTGTTGAGCAAACAACCGTTGAAACCCCCTCGACAAATGATGTGACACCAGAACCGGCTTTGGTTGAAACAGTTGTTCAAGACATTGCTGGTTCTGTAACTCAGTCCACTGATGTTGTTGTTGCACAGCAAGAATTTGTTGTGCCAGAAGCACTTGAGATTGTTGGTTCTGTTACTTACTATCCTGTTGATGTTGGTGTTGTTGGTGTTAGACCAGACAACATTATTTTGCACACTACGCAGGATTTGGATCTTTGTGATTTTGGTAAGTTACTTGACAAGCAGTCATGTGGCGCTCTTACAGCTTCAATTGCTGCATATAAGCAAAACACAGCTGTTGTGCCACCTGGTAA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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009466 NSP11
IPR014827 Viral_protease
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1159 Identity=59.72%
Cov(Q)=13.44% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0033644 C:host cell membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6889
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
406.049219999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00021
Total prob of N-in:
0.00027
outside
1 - 2071
TMhelix
2072 - 2094
inside
2095 - 2133
TMhelix
2134 - 2156
outside
2157 - 2222
TMhelix
2223 - 2245
inside
2246 - 2633
TMhelix
2634 - 2656
outside
2657 - 2887
TMhelix
2888 - 2910
inside
2911 - 2916
TMhelix
2917 - 2939
outside
2940 - 2943
TMhelix
2944 - 2966
inside
2967 - 2970
TMhelix
2971 - 2993
outside
2994 - 3300
TMhelix
3301 - 3323
inside
3324 - 3410
TMhelix
3411 - 3433
outside
3434 - 3442
TMhelix
3443 - 3462
inside
3463 - 3466
TMhelix
3467 - 3489
outside
3490 - 3503
TMhelix
3504 - 3526
inside
3527 - 3538
TMhelix
3539 - 3556
outside
3557 - 3560
TMhelix
3561 - 3583
inside
3584 - 3602
TMhelix
3603 - 3625
outside
3626 - 6889
