Strain
Bat_KJ473809
(Region: China; Strain: Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC-2013; Date: 2013)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTCGCAACCCTATTACTGTGGCTAAAGCCGCTGTTTGTGAAATTTCTGCTATTGGTTTTGGTGACATCGGTGAGGCCGTGTTGCATTACAGCAATGCCGCTGCTGATGGTTTCATCAAATGCCGCTTTGTACCCCTTTCTATGGCTGACTGTGTTGAGGGTTTGCTTAGTGACGAATTTGTCGTTCTTGTAAACAACGACACAAGTTGCCTGACTGTGGGTACTTTTGGCGAGAGACCACCCGATCTTAAGGGTTGGCTCTTGTTTTCTAATTGTGACGTTGATGGCACTGCTATTGTATCATTTGATGGTCTGGCAGGTGCTGAGGTTTACGTCGACAATTATATGTGTGATCAGACTGGGAAACCCGTTTTGGCCGCCGACGTTTGGACTTTCAAAGATTATTTCGGTGAAAGTGATACCATTGTTATTGATGGTGTTGTTTACCGTAAGGCTTGGGAGGTTGTGCGTCTGGATGTTCCATATAAGGCTCAGTCTGTTTCTGCTATAAGCTCTATTGAATGGTTGTGTGGTGTTCAGCATGTGTTGCCTAGTGGCACTGTGTTGGATGTCGCAAAGTCTGTCTCCAAGAGCAAGGTTGTGCTTTTGTCTGATCCTTATGCTGACATTTATGACCAGGTTGGAAGCCCTTTTATGACTAATGGAAAGAACCTGTTGGAAATTGTCGTTAAACCATGCTTCTTGCACGGTTATGTCAAATGTAACTGTGGTAACACGCACTGGGCAGTTGGTGATTGGCGAGCTGGTTATAAATCAGTTTGTTGTGGTCTTAACTGTAATCCTATATGTGTTGCTGCTGGTTATGTTGAACCTGGTGATGTACTTTTCACTTCTAAAGGGGCTGGTACGGGTCTGAAGTACTATAAGGGTCTTACTCTTAAGTTTGTGGGTGAAGTTGAGAATGTTGCTGTTTGGCGCATTCAGAAAGTTCACCATGTGGATGGTTTTGTTGCTTGCAACCGTTTTAAGGATGATTTTTGCTCAACCATGGAGTCTTGTGGTGTAGAGAATGTTAGTGCCACCGCTAATGCTTTGAAATTTAGCCTTATTAGTGGGTGTTGCCAGGAAGTCACTCTGCGTTCGATTGTCAGTGGCCAGCTTAGTGTTGGGTTTGCTGTTTTTGATACGTTTGAAGACATTTTCTCTATGCCTAAATGGATGCAAAGGCTCGGTGCACTTGGTTCCACACTTTGGTCACAATTTAAGAGCTTTGCACGTGAAACTTTTAAAACTTCAACATCACTTGTTGAGTTTGTGAATTTTCTTCGTGATGTTAGTTGTGTGGTTATGAATGGCGCATTGGAACTTGTTGCTAATGTGCCAAATCACTTTGCATCACTCTTTGATCACTTGCGTGTCCTTGTGGCATCTGTTACGACTCTCTTTATTGAAGAGTTTAAGGTTGCAGGTGTTGCATTCAAGCGCTTGGGTGACTATGTTTTGTTTGATAATGCACTGTGCCAACTTGCGAGTGTGAAACTTAAGGGCTTCAAGCAAGATGGTTTGAAAACTGCTACTTATGTTAGCACAGTTTATGGACCTAGTAAGCGTGTTAAAGTTAAGCGCGTTGAGAAATGCGATGCTAACTTAGTTTTGTGTGATTCTGCACCTCTTGTGGATGAAGGTTATGCTTGTGTCATTCAAGGCCAAGCATTTTACACAAATGGCACGTATTACTGGTTTATGACAGATCATACATCTGTTTTGGAATCACCTGTGTTTAAGAAAGACACTATTGTGTGTCCTGATGTACTCTTGGCTGTGGATGGTGGTGACATTTTCCACAAGTTTTTGAGCACGGTTACAGATGTTGTTGAGTTCTGTGCTTCAATTAAAGTGCATTTTGGTTTGGAAGGCTTTGTTATTACAGCCGCCAAGAAGTTTAAAGCTTTTGCTCGCACTCTTACGGAGTTGTATAATGAGTTTGCCATTGCAGTTTCTGATGTTGTTAAAATTGCTTGTATGAATTTTACATACTATGCTTTTAACAAACCTATGGTTGCTGTCAATGGCACATTATGTCCTGTAGAGTTAGTGGAGCCACCTTCAGATGTTTCTAAAGAAGCACTTGTTACAGACTTTATGGTCTTTAAGTCACCTGACACACATGTTAAACCCATTAGGATTGAAACAGAGTCATGTGAGCTTCATGAAGTGGACTTTGTTACTCCCCGTGATGGTGGTGTGGTCAAGATAATAGATGGTTATGCTTTTTATGAGTCCAATGGCAACTATTACCCTTCTTCTGTTGATGGTGTTAAAAATGTCACATACCGTAAGAAGGGTGGTGGTGTTGTCACCTTCTCAGAGACTAACTCTGTGAAGGAGGTTGACCCTGTTCATAAGGTTTATCTGACCTACGAGTTTGAGGACGAAGTAGTTGTGGAGGTTCTTAAACAGACTGTGGGTTATAAGATGACCTTTGAAGGACAGGAGTGGGCAGATTTTGAAGCTACACTTCGTGGTGTCTTGTCTGTTGTCTCAACTAAACTCCCTATACCTGAGTACTTTGTGTACGATGAGGAGGGAGGTTTTGATTACACTAAGCCTGTTATGGTTTCACAGTGGCCCATACAGGTATCTGATAGTGTTGACCATGAGACTGTTGATGACACTGTTGACACTACACCGCGCAGTGACGAAGATGAAGTGCGTGAGGCATTGTCCTTTATTAAAGAGGTTGAGCCTCAACCACTTAATCCGTTTGCGTTTGAGTTTACGGACTATTGTGGTCTTAAAGTCCTTAAACAGGTTAATAATAACTGTTGGGTTGCTTCAGCGTGCTTGCATATGCAATTGTTGGACCTGTTGGATACACCTGCTATGGACTTGTACAAGTGTGGCCGTGTTGGCCCCCTGGTTCAATCATGTTACGAATCTGTCAAACAACTTGTAGGTTCTATGGGTGATGTCACTGAGTGCCTTGAACACATGCTTAAGGATGTTAAGTCATGTGTTGTTGTTTGTGACGCTGTTTGTGACTGTGGTACCAAAGACCTTACTATTGAAGGTTGTGTTTTCAGGTTCATGCCATGTTCTGAACCGTTGGAACGCTGGTGTGCAGTGTGTAATAGTATGGCTGCTTGCACTATTAAAGGTATAAAAGGTACGGCCATATTTTGCCAAAAACCAGGTCCTGCCAATGATCTATACGTTGAGCCATATTGTGCTGCATCGTTTATTGGCAGTGTTACTAGTGGGCATTATCGTACTAATGTCTATCACACTGGTAAGGCCGTAGATGGTTTTGGTGTTCATGATATTGACAACACTAACTTGCACACTTATGCAGTTAAGAATGTTGATTGGACTAGATCACACACCCCAGCCGATAATTCACCCGCTTTGGTTGAACCATTCTTGGTTTACAAGAACGTGCAATTCTTTCAGGGTGATTTTAAAGATCTTGTTGGTGGTGTTCAGCACGATTTTGTTGTGAACGCCGCTAATGAGCGACTCCAGCATGGTGGTGGTGTTGCTAAGGCCATCAATGATTACACAAATAATGAGCTGCAGCATCTGTCTAGTGCTCATGTTAAGAAACATGGAAAGGTTTCAGTGGGCAGTGGTGTTATGTTGCAATGTTCTGGTGTGAAAGTTCTTAATGTTGTAGGTCCACGTCATGGTGCAGGTGAGGTTGCCTTGCTCGAAAATGCTTATAATTGTATTTTCGATCAGGACGGTGTCCCTCTAACCCCTCTTATTGGTGTGGGGATTTTTAAGGTTCCTATTACAACATCCTTGAAGGCTTTGCTTGATGTTGTAGGCGATAGGCAATGTAGGTGTTTTTGCTATTCAGATAGTGAAGTTGCTGCAATTGTTGCCTATGTCAACAACATGTCAGCTGTAGATGATGTTCAGCTGCCTGTGTGTCCACCTTTAACACCTTGTAGGGTTGAAGGTGACGTCTCATTTTACATGGGTAGTGTGGATGTTTTGCTACAACAGTCCTTTGATAGGTTTGTTTTCTTTGTTAGTGAGGATCTGCAACTTTGCGTCTTAGCTAGTGCATTAGACGTTTATTTGAATGGCTGTGTCACAGAGGCTTTAAATAAGTCTGGTCCATTGCCAGCTGGTAACATAGTCTCTTACAAACATCCTAAAGGTGATGGTTTTGTTGTCGTGACTTTTGCAGTTTTGCCTGCTGTTGGCTCAAAGGATTTTGACAAAAATGTTAAACGTGTTTTTAACAAGTTGTCTAAGCTTAAAGGCAATATTCTTTCTACTGTGTCTAGTGTTATGTTTGCGCGTCTAACACGTGTCTGGAAGTCTTTTTGGCTTTGTGATTCTAGTGTTAGTGTTGTTGACGAACACTTTTCAGAGACTAGTGTTTTTGTTGTCGTTACCGAGAATGGTAGAGACTTTGAAACTGTGGCTCTTGACACAGCCAAAACTTTTGTGGAGCAGGTTGGTGTTTGCACTATTGATAATGTAGATGTAACAAATGCTGTTGTTACGCCTACTGATGAACCTGTTAGTGTTGCTACACCGTCTGTTGATTGGGATGCGTTCTACGGCTTTGAGAATGCTAGTGTTTTTCACACTTTGGACCATAGTGGTTTTGAGTTTGAGAGTACAGTCGTAGAAGGTAAACGCACTCTTAAGAGTTCAGATAACAACTGCTGGGTTAATGCTGTTTGCTTGCAATTGCAGTACTTGGATGCAAAGTTTGTTAGTGAGGGTCTTAACGCTATGTGGGACTCTTACGTGACTGGTAATGTTTCTAAGTTTGTCCACTGGTTGTACTGGATTACAGATCACAGCAAGAATGACCGCAATGATGCAGAAAGTGTGTTGTTGCGTTTGTCTGTTTACCTATGTAAGTCTTGTGTCTTCACCATAGAACGTGAAACTTCATCATTGTGCTGTTCTGAATTGCGCACGTACAACGCTTGTGTTGTTAGTGCGAGTGTGTTAAGGAATGGTGTTAGTGATGGTGTTTGTAAACATGGTGATGCCTACAAGAGTAGGGTTTC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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6M71
E-value=0.0 Score=1152 Identity=59.59%
Cov(Q)=14.06% Cov(P)=98.51%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6598
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
411.660489999994
Exp number, first 60 AAs:
0.18534
Total prob of N-in:
0.00900
outside
1 - 1781
TMhelix
1782 - 1801
inside
1802 - 1846
TMhelix
1847 - 1869
outside
1870 - 1920
TMhelix
1921 - 1943
inside
1944 - 1949
TMhelix
1950 - 1972
outside
1973 - 1986
TMhelix
1987 - 2006
inside
2007 - 2343
TMhelix
2344 - 2366
outside
2367 - 2600
TMhelix
2601 - 2623
inside
2624 - 2657
TMhelix
2658 - 2680
outside
2681 - 2689
TMhelix
2690 - 2712
inside
2713 - 3123
TMhelix
3124 - 3143
outside
3144 - 3146
TMhelix
3147 - 3169
inside
3170 - 3177
TMhelix
3178 - 3197
outside
3198 - 3216
TMhelix
3217 - 3239
inside
3240 - 3245
TMhelix
3246 - 3265
outside
3266 - 3284
TMhelix
3285 - 3307
inside
3308 - 3313
TMhelix
3314 - 3336
outside
3337 - 6598
