Strain
Murine_KM349743
(Region: China; Strain: Betacoronavirus HKU24 strain HKU24-R05009I, complete genome.; Date: 17-May-12)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAAGCGAGTCAACAAATACGGCCTCACGCTAAAATGGGCCCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGGTAACCCTGATAGCGGAGATGGGGATGGGTTTTGCTCCCCAGTTAAGCAGGAAGAGGGATCGGTCAAAGATCATTTTGATAATCACGTTAAGATGGATTGTAGCATCCTATCTACTTATGATATGGTTGCGCAGTCTGTTTTGATACGTGATATAGTATCTAAGACAGGACCGGAAGATACCGAGTCTGTGTTAAAGCAAGCCTTGTTGTCCCGCGAGGCAGTTTTTGTGCGACCACCCCAGCACATGACTCTTGAGTCATGTTATGCAGGAGGGTGTGTTCCTAAGGGATGGGTCATGGGTCAGTTCCGCCGCTGTACAACCTGTAGTACAGGAAATTGCGGTGTGGACAAACATGTATCCTACGAGCTCTACCTAATCAGCCCTCAAGGTGTTGGTTATGGTGCAGGTCGATTTATGGGTTGGGTAGTACCAAAGAGTGTGCTGCCACCCAAAGCTCTTGCGCGCTTGGAACCTTATGTTCTTAAGGTGCGCAAGACAGGAGTTAAAGGTGCTTACAGTCGTGGGCACTATGAACAGCAGGGTGCTGGTTCGAGCTTTGTCCTGGATAACGCCTGTGATGAAGTCATGAGTGCGCCAAAGGGCAAATTCTCTGCCAAAGCCTATGCTCTTTTAAGACAGTATAGAGGCTTGAAACCTCTTGTCTTTGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGCAGCCTCGCACAGGGCCTTTCCGCCTATGGGGAATGCAGTGTGAAGGAGATGAGAGCTGGTATGTGGAAGACCAGTGATCAATTTGAGTATGTGGTGGCATGGCATACAGTTCGTGATGAAAGGTTTGTGATGAGTTTGCAAACGTGTGCTACTATACGTAGTATTGCATACGTAGCGGACCCTATGGATGATTTGGAAGGTGACCAGGTTGTTGTGAAGGAGCCTGTTCATGTTCTAAGTGCCGATGCCACTGTAAAGAAGTTTGTTAAAATAGCAGACTTAATGCAGGTCACTGATGCTGTGTCTGTTATAGAAACTGTTTATAAAGTCCCTATAAAAGATTGTGGCTTTGTGATGCAGTTCGGCCATGTTCAGTGTGAACATGACGAGTGTGAGTTTGTTGGGTGGATACCAGGTAACATGATAGATGGTTTTAAGTGCCCCGCTGGCAAGCTGTATGCAGCTAGCGAGGTTCAAGCTCAATCTTCTGGAGTCATACCACCTAATGCTGTGTTGTTTACTGAAAGTACTGCCTTGACCTCGCAGGATTCTTTTAAGATGTATGGTATGTCAGTTGTTCCTTTTGGTGGCTGTGTTTACTGGTCACCAGGATCTGGCATCTGGTTGCCTATCATCATGTCAGCTGTGAAGGCATATGATGGTATGACCTTTACAGGTTCTATTGGTTTTAAAACCATTGTTCAAGAGACTGCTGCTATTTGTCATGCTTTGTATCTGGACTATGTTCAATATAAGTGTGCAGATATAAAACAACATGCCATCTTGGGTGTTGATGATCTTTGGCACAAGCAGCTGCTTTTTAACAGAGGTGATTATTCTCTCTTGTTAGAGAATGTGGATTATTTTATTATGCGCCGCGCTAAGTTTTCTGTGGATAACAGCTTGGTCTGTTCTGAGGGTTTTGCACCTTTCCTGTTGGATGGTGTGGCCGCGCGCGCATATTATATAAATTGTTGTTTGAGTGCACCTGGCTTGCCAGAGAGTTTGTGCAAGCTAGGTATTGAAGTGGGGAGCTGGTGTCAGAGCACATTGTGTTTGTGTATTGGCACAGTTCAGGGTGCCACTTCATTTGTGGTGAAGAATTTGAAAGTGTTTTTGTCCAAGTTTCAGATCTTTGGCAAAAAGTTCGTTAAAAATGTTAAAAAGCTCGTAGAAGAGTGGATTAAAAAGTCTGTTTGTGCTCTTGCTTGGGTTGTCCTTCATGTCATAAACGGTGCTTATCTAATTTTAGAAGATGGTTTCCATTTTGTTGGAAGTGTGCCTGATTATGCTCGCAATTTTGTGAGGATACTTAGGGAGATGGTTAATATGATGTTAGATTGTATGAAACATACCATTAATAAGGGTCTACCTTGTTTTAAGGTGGCTGCTGAGTACATTGTCTTCTCTGGAAGCTTTGTATATAAATTGGGCCTGGCTATGATAGATAATCTAGTCCTGCCTAGTGACATGATACAGAGTGAACTCCTTGCTTTGCATGGTGATGTCATTCCTGTGACATTAGAAAGTGAGGTTGTGGAAGTTGTAAAACAACCACTAAAACCACTAGGTTATCGAAAGCCTCCAATGAAAGCAGCTCGTCTGTGTGTTGTAGACAATTTGTATATGGCTCAAAACGGTGACTGTCTATATCCTGTGATATTTGATGGTCAGCGTATTGGGTTGTTGGATCAGGCTTGGCGCTTTCCTTGTGCAGGTAAGAGTGTGTCCTTTGCTGCAGCAGATGACGTTAAAATCATTGCTGCAAAGAAGAAGGTCACGGTCGAGTATGATCTTGATGTCGAATTTAACACCATCTTAAATACTGCTTGTAACAGTTTTGAGGTGGATGGTAGTGTTGATGCAGATGAGCTTGCTGCTGTGATTGTTGATACAATTCAGGACAAGTTAGAATCTTGCAAAACACTTGAAGGTGTGGGCGCTAAGGTTTGTGCATTTTTGAGTAGGTTGGATGAAGAACCTATTTATTTGTTTGATGAGTGTGGTGATGAGAAAGTTTCTTCTCATATGTTTTGCACATTCTGCCCACCGGAAGATGATGATGTTGTAATGTTTGAGTGTGAAGCTGAAGGTTGTGATCTCAGTGAAGTGGAAACACCTGAAGCAGTGGAAGCAGAACCAGCCAGCCAGTCAGACAGCCAATATGGTAATGTCGATGGTAATGGTGTAGGCGACGTGAAAGCTGTGGATGCTGTGGAAACTGAAGCTGTGGTTAACTCTGAATCTGAACAAAGTCAAGCATTAAGTGCAAATAAAGAGCTGCTTTGTGCAGTATTTGAGGAAGATGTAGAAGCCACAGAACCGGTCATTGTCACTGATTGCATTAGCAGCAGTGTTGCCAGTGAGGTTGAACAAGTGGAAGAAGTCTTTGATATAGCGACATGCGATGATCCTATTTTGCAGGAATTAGAGCAGGTCGTAAATGTTGAGTATCAGCTTCATGGTAATGTCTGCGACTATGTTGCAGCTTATGAGGAAGCTGTTAGTGATTTTTGGACAGTACAGCAAGACGAGTTTATTCACGTCTGTGGTGTATTTGTCCCTAAGACTACCAGGACTAATTGCTGGTTGCGTTCTGTCCTGGCAGTAATGCAGAAAATACCTTGTGTATTTAAGGATAAGAAATTACAGAATTTGTGGTGTGTGTACAAGAATCAGTATTCTTCTGATTTTGTAGATGCACTGTTGAAAAAGATTCCGGATAATATAATTGTACCGGAAGGAGGCTATGTTGCTGATTTTGCGTATTGGTTTTTAACACAGTGCAAATGGGATGCTAACTCTTATTGGCGCTGCTTGAAGTGTGGGATTGATAGTGAGTACAAAGGCCTTGATGCCATGTTCTTCTATGGGGATGTAATCTCACAACCATGTAAGAAGTGTGGTCAGAGCATGGTGGCACTTAAGTTAGATGCACCATGCACCCTACACTTTTCTTTGATCGACACCACATTTAGTGCATTCTTTTCATTGAAAAGAGTGTACTTAGCAGCGTGTGTTGTCGATGTGCATAATCGGCACTCATTGGCAGTGATTGATTATAATGGTTTAAAGCAAGTTGATGGAACGCTTGTTACAGATGTTAGTAGTAACAAGTTTGATTTTATAGTTGGGCATCCTATTAAGTTTGCTATGTCTACTTTTGAGATTGCCCAACTTTATGGAACTTGTATAACACCAGATGTTTGTTTTGTAAAAGGTGATATTATAGACGTTTCTAAGAAGGTTTTTGCTGATGTTGTTGTGAACCCCGCCAACAGCCATATGGCGCATGGTGGTGGTGTAGCAAAAGCAATAGCAAGGGCAGCTGGCGACGCCTTTAATAAAGAGACCTCCGACATGGTAAAGTTGCGAGGTCCTTGTCCTGTGGGTGAGTGTTACAAATCCACAGGCGGTAAGTTGTGTAAGTTGGTGCTTAATGTTGTGGGTCCTGATGCGCGAGCACAGGGTAAACAATCTTATGCGCTACTTGAACGCGTCTACAAAGCGTTTAATAAATATGAATGTTGCGTCACTACGTTAGTGTCTGCTGGTATATTTAGTGTGCCATCTGATGTTTCGTTGACGTATTTGTTGGGAGCCACCACTAAAAAGGTAGTGTTGGTCAGTAATAATAAAGAAGATTTTAAGCTCATCGAGGGTTGCCAAACAACAGCCGTCGATGGTACTAAACAGTTGGCTGCTAGACTAACTCAACAGTTGGGCCGCCAAATTAAGTATGAAATCGATACTATAGCTCTTCTTGATAAGGAGACAACTCTAGTATCGACTTATGATAAGCTGCAGGACATCTATTGTATGCAGCATGATATAAAGTTGGATGATGATGCTCGGGCTTATGTTCAGAGCATGTATCAATCCCTGCCAGAAGATTGGCGATCAGTCTTCAAATTTGATGTTTGTGCTGGTGTTAGAGTTGTTAAATATTTTGAGTGCCCCGGCGGTATATCTATATGCAGTCAGGGTTCGGATTTTGGATATGTACAAGAAGGTACCTTTGTAAAGGCGACTGTCAAAGAGGTGCAGCAGCTTTTTAAGAATGTAGTTGAAGTCCTGCTTACTGTTGATGGTTTCAACTTCAAGACCAAGTCAGTCGTCTGTGGTGAAGCCTTTAGTAAGCAGGTTGGCAATGTGTTTTGTGAAAATGTTGATGTTACCAAGCACATTGTTTCTAAAGAGTATGCAGGCAAAGT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Protein
MAKRVNKYGLTLKWAPEFPWMFEDTEEKLGNPDSGDGDGFCSPVKQEEGSVKDHFDNHVKMDCSILSTYDMVAQSVLIRDIVSKTGPEDTESVLKQALLSREAVFVRPPQHMTLESCYAGGCVPKGWVMGQFRRCTTCSTGNCGVDKHVSYELYLISPQGVGYGAGRFMGWVVPKSVLPPKALARLEPYVLKVRKTGVKGAYSRGHYEQQGAGSSFVLDNACDEVMSAPKGKFSAKAYALLRQYRGLKPLVFVDQYGCDYTGSLAQGLSAYGECSVKEMRAGMWKTSDQFEYVVAWHTVRDERFVMSLQTCATIRSIAYVADPMDDLEGDQVVVKEPVHVLSADATVKKFVKIADLMQVTDAVSVIETVYKVPIKDCGFVMQFGHVQCEHDECEFVGWIPGNMIDGFKCPAGKLYAASEVQAQSSGVIPPNAVLFTESTALTSQDSFKMYGMSVVPFGGCVYWSPGSGIWLPIIMSAVKAYDGMTFTGSIGFKTIVQETAAICHALYLDYVQYKCADIKQHAILGVDDLWHKQLLFNRGDYSLLLENVDYFIMRRAKFSVDNSLVCSEGFAPFLLDGVAARAYYINCCLSAPGLPESLCKLGIEVGSWCQSTLCLCIGTVQGATSFVVKNLKVFLSKFQIFGKKFVKNVKKLVEEWIKKSVCALAWVVLHVINGAYLILEDGFHFVGSVPDYARNFVRILREMVNMMLDCMKHTINKGLPCFKVAAEYIVFSGSFVYKLGLAMIDNLVLPSDMIQSELLALHGDVIPVTLESEVVEVVKQPLKPLGYRKPPMKAARLCVVDNLYMAQNGDCLYPVIFDGQRIGLLDQAWRFPCAGKSVSFAAADDVKIIAAKKKVTVEYDLDVEFNTILNTACNSFEVDGSVDADELAAVIVDTIQDKLESCKTLEGVGAKVCAFLSRLDEEPIYLFDECGDEKVSSHMFCTFCPPEDDDVVMFECEAEGCDLSEVETPEAVEAEPASQSDSQYGNVDGNGVGDVKAVDAVETEAVVNSESEQSQALSANKELLCAVFEEDVEATEPVIVTDCISSSVASEVEQVEEVFDIATCDDPILQELEQVVNVEYQLHGNVCDYVAAYEEAVSDFWTVQQDEFIHVCGVFVPKTTRTNCWLRSVLAVMQKIPCVFKDKKLQNLWCVYKNQYSSDFVDALLKKIPDNIIVPEGGYVADFAYWFLTQCKWDANSYWRCLKCGIDSEYKGLDAMFFYGDVISQPCKKCGQSMVALKLDAPCTLHFSLIDTTFSAFFSLKRVYLAACVVDVHNRHSLAVIDYNGLKQVDGTLVTDVSSNKFDFIVGHPIKFAMSTFEIAQLYGTCITPDVCFVKGDIIDVSKKVFADVVVNPANSHMAHGGGVAKAIARAAGDAFNKETSDMVKLRGPCPVGECYKSTGGKLCKLVLNVVGPDARAQGKQSYALLERVYKAFNKYECCVTTLVSAGIFSVPSDVSLTYLLGATTKKVVLVSNNKEDFKLIEGCQTTAVDGTKQLAARLTQQLGRQIKYEIDTIALLDKETTLVSTYDKLQDIYCMQHDIKLDDDARAYVQSMYQSLPEDWRSVFKFDVCAGVRVVKYFECPGGISICSQGSDFGYVQEGTFVKATVKEVQQLFKNVVEVLLTVDGFNFKTKSVVCGEAFSKQVGNVFCENVDVTKHIVSKEYAGKVLYQFENLSEAELESVKQSFGFDQKQLLAYYSYRSCCRWEVVVHRKWFCFKQADNNCYCNAACLMLQNLNLTFKLQQWQEAWLEFRAGRPLRFVALVLAKGAFVYGQPADARDFMRVALSQADLSSASCEYEFICKCGVKVEKRDGIDAVMFYGTCDKQALEKGTTTDCSCGPKTVHVLSMNVPFFIGSQAPAVGALPNGCAAANLYKGGAVGHYTHVKNGKQLTCFDAHNVKKCTTLVDGVTDCLYTNVPKQTFESCLTTYYLDDVKHVEYKPDLSQYYCEGGRYYTQRIVKAQFKTFEAVDGVYTNFELVGHALCDTLNVKLGFDSTKDSVQYKVTVWPDATGDVVLADDDLYVKRYKKGCITFGKPVIWQSHMEASLASLTYFNRPSLIDKNKFDVLTVEESALEEKDDSQQVGPFIIKKLKNVKKPISVDGVIIENDDKAEATLVKSLTLDDVIAMWVTGGRYVVWVANWLSKLVCTPTVREYVKRGLQKVKIPVELFSRRDDKCDVVQKSIKRVVLAPMNALRLFYVLMCSWLKKPSDNKVVYTTEIVSKFSSKLFVKACGIALRNFKWGMLLRGFFIVATIFLLWFSVIFANVIFSDLYLPNIRFMPTLVGHVIARLKFIFGFWTLCDSIDVSSIGFTFDNCTSVACQFCLSGFDMIDTYKAIDFVQYHVAGFSGFDYKSFAVLVLELVISYVLYTVWFYPLFGLVCLQIFTTWFPDMFMITELHWFVRLFLYMANLLPFHVFLRLYIIVVFIFKMFKLFRHVVHGCNKPGCLFCYKRNKSVRVKCSTVVGGMLRYYDVMANGGINFCNKHQWNCIGCDSYKPGNTFITVEAAAELSKEFKRTINPTDVTHYVVECVQQVGCKMRLFYEKDGQRVYDDVNASMFVDFNGLLHSKVNGVPKTNVVIVDGDADKANFLNAVVFYAQSLFRPVLMIDKSLLTTASTGTNVSKTMFDVYVDTLLGMFEVERKSLNNFIQVAHKSLAEGVQLEKVLNTFIGCARKTCSIDSDVDTRCLADTVMSTVAAGLDMTDESCNNLVPTYIKSDNIVAADLGVLIQNNCKHVQGNVAKMAGVSCIWHVDVYNQLSSDFQHKLKKACVKTGLKLKLTYNKQAANVSILTMPFSLKGGALVSNVLFKCFIASLIVFCTLWLFMPSYSVHKSAYELPAYASFKVIDNGVVRDVDVKDVCFANKYAQFDQWYESTFGLSYYSNHHSCPVVVAVIDKDIGSTVFNVPTKVLRFGYHVLHFITYAFSADGVQCYTPHEQISYSDFYSSGCVLSSACTMFASDNGASQAYCYTEGLVQNASLYSSLRPHVRYSLANTHGYIRFPEVLREGLVRVIRTKAMTYCRVGLCESAEEGICFTFNGSWALNNEYYRKMPGTFCGRDFVDIFNQFVVGLAQPIDFFSLTMSSVVGAVLAIIIVLIFYYLIKLKRAFGDYTAVVVVNVIVWFINFVMLFVFQVYPTFAVIYALCYFYVTLYFPSEISVIMHLQWLVMYGTIMPIWFCILYVAAVVSNHAFWVFSYFRKLHTGIRSDGTFEEMSLTTFMINKDTYCKLKNSLSEVAFNKYLSLYNKYRYYSGKMDTAAYREAACSQLAKALDTFNHNNGNDVLYQPPTASVSTSFLQSGIAKIVCPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDNKVYCPRHVICAANDMVDPDYEALLCRVTSTDFVVMFDRMSLTVMSYQMQGAMLILTVTLQNTKTPKYTFGNVKPGETFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSFTIKGSFLCGSCGSVGYVLMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGNFYGPYRDAQVVQLPIQDYVQSVNFVAWLYAAILNNCNWFIQSDICSVEDYNVWAMANGFSQFTMDLVIDALASMTGVPVEKCLAAIKRLNNGFQGRQILGSCVFEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVFKGTLCWVLTSTFLFACILSAFVKWTMFMYVTLNVLSVTIGTLCFVACAMLFIKHKHLYLTMFILPVFLTLLYTNYLVVYKQSFRGYAYAWLSYVVPSVDYTYTYEVLYGCCAVLFMIFTTMRSINHDLFSIIIFITRVSSVVSMWYMGSNLEIEILLLVVSIFGTYTWTTIISLTVAKAMAWWLHANIFYLTDIPHVKILLMCYLLVGYIVCCYWGVFSLCNKLFRVPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALILNFKLIGIGGVPIIEVSQIQSKLTDVKCANVVLLNCLQHLHVASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLAVAFDKLTQLLIVLFANPAAVDTKCLTSIEDVCDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYEIAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLSAIPSLTANSLTIIVPDKTVYDQVVDNVYIAYAGNVWHIQSIQDADGTVKQLNEINESVNWPIVVTATRYNEVSTTVMQNNELMPAKLKTQVVSSGPDMNCNVPTQCYYNNSNNGRIIYAILSDTDGLKYTKIVKEDQSVVVLELDPPCKFTVQDAKGLKVKYLYFVKGCNTLARGWVVGTISSTVRLQAGHATEYAANSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGIPIANCVKMLCDHAGTGMAITVKPDATTNQDSYGGASVCIYCRARIEHPDVDGLCKLRGKFVQVPIGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGSSATLQSKDTNFLNRVRGASVDARLVPCASGLSTDVQKRAFDICNANVAGIGLHYKVNCCRFQCAEEDGTLLDQYFVVKRTGLDIYDKEKACYERLKDCSVVAVHDFFTFDVEGSRVPHIVRKYLTKYTMLDLCYALRHFDRNDCSLLCDILCLYAECEQSYFTKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADAMVEAGLVGVLTLDNQDLNGIWYDFGDFVLAAPGCGVAIADSYYSYMMPMLTMCHALDSELYVNGAYRQFDLVQYDFTDYKLELFNKYFKYWTMPYHPNTCDCEDDRCIIHCANFNILFSMVLPNTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASANALYDLRTCCFSVAAIASGVKFQTVKPGNFNQDFYDFILSKGLLKEGSSVDLRHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFCLEVVFKYFEVYDGGCIPASQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDDIYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVSVV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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032592
NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR036333 NSP10_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009466 NSP11
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
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IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1298 Identity=66.81%
Cov(Q)=13.00% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7141
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
365.393879999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00018
Total prob of N-in:
0.02607
outside
1 - 2245
TMhelix
2246 - 2268
inside
2269 - 2361
TMhelix
2362 - 2384
outside
2385 - 2403
TMhelix
2404 - 2426
inside
2427 - 2798
TMhelix
2799 - 2821
outside
2822 - 3075
TMhelix
3076 - 3098
inside
3099 - 3110
TMhelix
3111 - 3130
outside
3131 - 3133
TMhelix
3134 - 3156
inside
3157 - 3160
TMhelix
3161 - 3183
outside
3184 - 3601
TMhelix
3602 - 3624
inside
3625 - 3632
TMhelix
3633 - 3655
outside
3656 - 3659
TMhelix
3660 - 3682
inside
3683 - 3702
TMhelix
3703 - 3722
outside
3723 - 3757
TMhelix
3758 - 3780
inside
3781 - 3799
TMhelix
3800 - 3822
outside
3823 - 7141
