CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Porcine_KM403390 (Region: USA;  Strain: Porcine torovirus strain PToV/NPL/2014, complete genome.;  Date: 2-Jan-14)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein 1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGTCCAAGATCTCAAAAAAGCCCACCAGCGAAACCGAGCCGCTTTTGTGCTCAAGTATCTTGGACCTAATTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGTTTAGGTACACCACAAAACCTGGTATCACTTTCAAAGATGGATCCATCTATCTTGGAATTACCGACTTTGGGACTCAAGTCCACATCAACCCACTGCAACTCTTTACAAAGTTTGCAGTTACTTGTCCTGAACACCTCATCCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGATCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATTTTACCCCAAGCGGCAACTATGTGGAACTATCGTTAATGATCCCTTCACTTTTGACTGGGCAGGAAACATCCACAACTACTACTTCACTAGAAATGTGCTCAGATACGGTACAAAATTGTATCAAGTTAATGGAAACAAACTTATTGAGAGGTGTTCAGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAATGCCAATTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTGCTGAACGCGATGAGGATGTCATCTGTTGCGACTTTGAGTCCCTTGACATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTAAGCCTTTTCCGTGGCGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAAGGGGTTTGCAGATTGTTCTAGGCGTGATGAAAAGTGCCTCAAACGCCGTCTAACAAGGGAACAAAAGAGCCAGGAGAAAGGTAGTTTTGATGCCAGCAAGGTTATCACACTAGGGGGAAGGATGTACCGTTATCAGGTTGTAGTTTTGAAGTGTAGTGATGAGAATGATGATCTGACCGGCTTTGATGATCCAATAGAACAGTTAGAATACGACCTTGAGACTGTGCCACACTGCTGGAAAGAACTTGTTGAGGGCAAATGTTTAACCCGTGCTAAAGCAACTTGGAACCTTACAGAAGATTTAGATGTCGAGTTAGACCGTATACATATTGAAGAAATCAAAAGCCTCCAACGCTCAGATGCAAGTTGGGACTTATCTAGTGTTGGTGTAGACAGTCAAGATTTAGAGGAAAAAGTTTTTTCATGTGTATGGTTAAAACAATCTTCCAAGTACTTTGGTACAAAATTACAACAAGTGTCAGATCTTTTTAAGAGTGAGGGTTTGGCAGAACTTGTATCAACAATGAATGGTATAAGCTCAGTTAGAGTTGGTGCTAAATGGTTAAATTTTAGAGATCAAGGCAAGTCACGTTTTTTTTTTGTTTATACCGATGAAAATGTTTATTTGGCCACAACACGTCAAAGGGTTAGTTGTGATTATATTATTACCAAATTTAAGAGTGTTAGATGGATTGGTAATAAACCTGATAAGTGTAAAATTACCAAAGTGTTAGCATGGTTGATTTCTGTTAATAGAGTTAAAAATTGCACTAGAGTTGTTACACCAATGTTGTGTAAACAGGGTAAAATTAGTCATAAGGAGGTTGATTATTTAGATATGAGTGTTTTAGATAAATATGCTGATTGTGGTTTTGGACCTACATGTGTACAGAAAGTTAAAAAGTTTTTATTAAGTTATTATAAGTGTGAAGGTGATTTTGATTTGTTAGATAACTTTTTGACACCTGTTAAATGTGGTAAAAAGTGGTTGATTTTTGAGAAATGTTCTTGTAGAAATCACCAGTTCTATGTAGCACAGTTTGATAATCATGTTGTTTTGGGGCTCGGACGGCCTAACGGTATTTTATATCCCGAAGAAGTTCCAAGTTATGCAAGAGTTTATGCTGTTGGATTTGCCACTGAGAGGCATGGTGTGGAGTGTCATTATTATTCTGAAATGGACCACAACCAATTGCCACAAGAATATTGCTTTGTTGCTCATGATCAACCACATCAGCAGGGGGGTGAGGGTGACTATGTAAACTTTCACCCTGATGACCTAGAGGACAATCCATTTCCTGACTTTGGTTTTGATATTGATTATGATGACTTTATTTGGCCTGATGCACCAGTCCCTGTACCATCACCATATGGTTACCATCAAGGACAATGTTTACGAGATCTTTGTGTGGCAGATGGTGGTTTTGGTTGCGACTGTCCACGCTGTGAGGGTCTTTATATTTACCATCCAGTTAGACCCCGCCATTATGAACCTTTTGAAGAAGTGGGCCCGTTTGTTAAAATGTGTGAATTTAGGTTAACTTATTCAGGCCAAGTTTACAACCAGTTTTATGGGTTGGGACCAAAAGTTTATGTACAAGATTTGGTAGAAGCAGGTGACAAATTGTTACAGATGTTAATAAGGGGACAATTAGAAGGATTAGAGCTACCATCTGATATCTTAAACTGTTTGACCTATTTGAAATTAGGTTTAAACATACACCCCTTTGTTTGGCCAGCCCCATTCTTTACTAGTAGTGGTGAGTGGGTTGATATTTTTGATGGTAATGATTGTGCGCTTGGTATAGATTTTGATAAGACAATTGGTATGGTAGAGAGTGTGCAATTTTTGTATGAAAATTTTTTTTCACTAAGTTGTCCATTAGAGAGTTTATATCAAAATTTACATACTGATGAGGATGTTAAGCAAATGTTTTGGTCAACAACCCATATGAAGTATATTTATTTGGCACTATTACATAGTGAAAAAACTTTTAGGACTATATTAAATAATAACCAGTTAAATAATTCAGAATTGGCAAAATTAATTACAATTGGTACTTTAGATGCCCCAATAGTTTCACCTTGTGCCTGTGATGGTGAATGTAACCATGCTAAACCATATAATTGGACTGGTATATTAAATAAGGTATCTAAATATGCCACATTAAAGCAGTTGATTGGTTTGTCCTACCATGATAAAAGGTTATTGGTTTTAAAAATGACACAACATTATTTCCATATAGAAGAAGGATTTTCTCAACCAGTTCAATTGTTAATGACTCCATTTTATAGTTTTAATGATAATGATGAACCTGCTGAACAACCAATAACTGGGATGTTCCATCAACAAGTAATGCAGATGTTTGACACCTGTGTTATGCCTGAAGTTATTCTTAAATTAAAAAGATCTAGGACTTCGGCTAACGATCTTTTTGGTATTTTGGCTGATTACTTTAGACGACCGTTTGCTTACCGCCATTACCGTTTAGCCGAATTTTCATATTTTGAAAAGACTCAGGTATTCACAGACTTAACATCTTCACTGAGAGGTGGTACAAACAAAATTGGTGGTTATGCTGTGTGTCGAATGGTTGAACCTAGGAGTGTAGCTACTACTTGTGAAAAGCCAACCTTCCCACCTGAGGTTGTACAGGCCATTCGAAAATTTTTGCCAGTTAGTTTTAATACAGGTGTTATGAATTATGTAGATAAAAATTGTGATTTTGAATATTGTAATTTAGAATTTTGTATTAGTGGTAAAGGTTTTAGTAGGTTAAGCCAGAATGGTTTAATAGAGTGTAGGACAAATTTATTTGTTGTTAGGTTTAGAACTTTACCTTTGTTGTTTGTTACTAGCAAACCTATATATTTGAGTGAGTTTAGTTTAGAATGTGCATTTTCCCTTTTAGGCGATTTTAATTTGACAGTAGATATTGTTCCAGGTGTCACTCTTTTTGGTTTATATTTTACAAATGGAAAGGTGTGTGAAAATATGTGGGAGACGTTACCACGATTTGGATTAGGTTGTTTGTCAACTCCAAAGCCACATCCAAAATTCCAGCCTTTTGATAATTTAGCTGAGGTTTGTTTTTTAAAACAAAAGATTAAAATTGTTTCACTTGTTGGTAATTTTACTCCAGTTGAAATAGTCAAGCCAGATGTTCCAAAAAGTGTAACAGTTGAGTTATTACCATATTATGGTTCAGTTGGGTTTCAAGGTTTTGTTGCACCTAAGTGTGTTTTACCTGGAACCTTGGCAACCCAATATTGTAAGTTGAACCATCAACTGGATAAATGTGTTCAGGTTGTAAAATTGGCAGTTTCTCATGCATTTTATTTTAAACCATCAAATATTGGTTCACCATATCATTTGGATCCAATGATTGGTACCAGCTACGGAAAACCAGCAATAGTTCAATTTGAACCTGTTGGACTTATAAAGGAAGTTAATGTACTTGTTTACCAATTTCGTCAACATGTTGCTATACATTACTTCCCTGAATGTCCTACCTATGTGGCTGATGGACATTATCCAAGTAAGTTTGTTGGTATATGGTTGGGTTATCTACCATCTGTTGAAGAGGTTAAAATTGCACAACGTAATAGGTCAGTTTACGTGCCAGCTTGTTTTAGACTTTCAAGAACTGGAGGTTATCATATTCAGCAGAATGAAGATTTTGAAAGGAGTAGTATTACTGTGACTTACCGTTATGCCAAGGATTTTGACACAAAGTCTTTGACACCTATGTTTAAAATGTTTAGTACTATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGACCTAATTTGTGCATTAAACTCTTTAACACCAGAAGCACATAAAGTTCTAACTCTTTTTTGCAGTGAATTTGACCCGGCCTATACATTACAAACTTTATCTGATGAGGTTGCATTTGAAACATCTGCTAGTCCTGAATTAGTGGCATGTGCTTTGGCATATATTGCCGGCTACGAGCTTTGTTTGACCATTAAGACTGGTGAAAATTGTGAGAGCTTAGATATTGGTTCAAGTTTAGAACAAGTTTATATTGATTATGATACATGTGAAAATAGTTGGAAACTATCAACAGATTTGCAAGATGATGATTCTGAGGATTTAGATTTACCATTTGATCAATACCATGAATTTAAGCTTGGTAAAGCATCAGTTGTTTTAGTTAAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTTTTAAAAAATGAACAAGGTGTAGATTATGTTGTAAACCCAGCTAATAGCCAGCTTAAACATGGAGGAGGCATTGCTAAAATTATATCCTGTATGTGTGGCCCTAAATT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TATAAGTTTAGTGGTGTTAAGTTTGTTCAAAAATGTTTTTATTGTTCTGTACCACGTCAATTTTGTGCTTCTGGATTAGTTCAGGAGGTGCCTATGTTGTGTCAAATGAATCATTAA
Protein
MSKISKKPTSETEPLLCSSILDLISKSQLLDQCLGTPQNLVSLSKMDPSILELPTLGLKSTSTHCNSLQSLQLLVLNTSSTQFKWTTGSISKLRDHLERELCRGLVPLNDFTPSGNYVELSLMIPSLLTGQETSTTTTSLEMCSDTVQNCIKLMETNLLRGVQALKDQTSCQEYFLNANYQSLIPPQLLLNAMRMSSVATLSPLTLENTRLLLKLSLFRGGTSVSYTSMIKGFADCSRRDEKCLKRRLTREQKSQEKGSFDASKVITLGGRMYRYQVVVLKCSDENDDLTGFDDPIEQLEYDLETVPHCWKELVEGKCLTRAKATWNLTEDLDVELDRIHIEEIKSLQRSDASWDLSSVGVDSQDLEEKVFSCVWLKQSSKYFGTKLQQVSDLFKSEGLAELVSTMNGISSVRVGAKWLNFRDQGKSRFFFVYTDENVYLATTRQRVSCDYIITKFKSVRWIGNKPDKCKITKVLAWLISVNRVKNCTRVVTPMLCKQGKISHKEVDYLDMSVLDKYADCGFGPTCVQKVKKFLLSYYKCEGDFDLLDNFLTPVKCGKKWLIFEKCSCRNHQFYVAQFDNHVVLGLGRPNGILYPEEVPSYARVYAVGFATERHGVECHYYSEMDHNQLPQEYCFVAHDQPHQQGGEGDYVNFHPDDLEDNPFPDFGFDIDYDDFIWPDAPVPVPSPYGYHQGQCLRDLCVADGGFGCDCPRCEGLYIYHPVRPRHYEPFEEVGPFVKMCEFRLTYSGQVYNQFYGLGPKVYVQDLVEAGDKLLQMLIRGQLEGLELPSDILNCLTYLKLGLNIHPFVWPAPFFTSSGEWVDIFDGNDCALGIDFDKTIGMVESVQFLYENFFSLSCPLESLYQNLHTDEDVKQMFWSTTHMKYIYLALLHSEKTFRTILNNNQLNNSELAKLITIGTLDAPIVSPCACDGECNHAKPYNWTGILNKVSKYATLKQLIGLSYHDKRLLVLKMTQHYFHIEEGFSQPVQLLMTPFYSFNDNDEPAEQPITGMFHQQVMQMFDTCVMPEVILKLKRSRTSANDLFGILADYFRRPFAYRHYRLAEFSYFEKTQVFTDLTSSLRGGTNKIGGYAVCRMVEPRSVATTCEKPTFPPEVVQAIRKFLPVSFNTGVMNYVDKNCDFEYCNLEFCISGKGFSRLSQNGLIECRTNLFVVRFRTLPLLFVTSKPIYLSEFSLECAFSLLGDFNLTVDIVPGVTLFGLYFTNGKVCENMWETLPRFGLGCLSTPKPHPKFQPFDNLAEVCFLKQKIKIVSLVGNFTPVEIVKPDVPKSVTVELLPYYGSVGFQGFVAPKCVLPGTLATQYCKLNHQLDKCVQVVKLAVSHAFYFKPSNIGSPYHLDPMIGTSYGKPAIVQFEPVGLIKEVNVLVYQFRQHVAIHYFPECPTYVADGHYPSKFVGIWLGYLPSVEEVKIAQRNRSVYVPACFRLSRTGGYHIQQNEDFERSSITVTYRYAKDFDTKSLTPMFKMFSTIFGKSKQDLICALNSLTPEAHKVLTLFCSEFDPAYTLQTLSDEVAFETSASPELVACALAYIAGYELCLTIKTGENCESLDIGSSLEQVYIDYDTCENSWKLSTDLQDDDSEDLDLPFDQYHEFKLGKASVVLVKDDFKSVYDFLKNEQGVDYVVNPANSQLKHGGGIAKIISCMCGPKLTNWSNGYIKQHKKLDVTCAVRSPGFQLGKNVQIIHVVGPKNSDVDVQGKLNSSWRSVFQNIKADSTVLTSMLSTGIFGCSVVSSVSTLLDNLLCLEKDVVLFVVTNDLSQYKEALSVIERYQDFHGIPNFGNTCWFNALYQLLKSFATKEQIVQDLVNCFDDFYDCPTKQCVEWVCEQLDIKFGEQHDAVEMLCKIFDVFKCNVRVGYDCLARLQHVALGTCKNVPAEAVLMFSGQDKSGHWTAARKLNGDWYVFDDKEVVKKDPDWSRVVLVLRDRGLYKASDFETPRPRRRRVAHRVPRDTLSQDAIVYTDEKRFASGTVLVDTCFESVESFDLEGSQVSSVESVDDCFSDCDQVSSVKSVQDDLEQSCDDKTDSEDEKMVVVEGISEDAIEESPLQQPPQQQTVGCDIDFKQVQQQNEVELVPSIFTPDFKFSFEKKLEPTITQDNFEDIELQDMAKTEQSLPSKAMNWKDVFFQQYIGFKSDFVSLAKFNKFQVLLYALSLWLGLIYCFSDFSLLGKFCLYVVLLWLSNVCLTARKVDLSVIGFSNEGYVLKVLSSVKIPSFIAVNCDGIQWLVLKLLYYSFYCYDLIVKAAVVIFQMPQLRCFTWPLIKLGFVDTFLSHHILAFNNKQVSQSCLPVYGDDRRYIYVPNWCKESFKTLLQRAKHLTAVGYSKTLDNWHYQCCSKTTKPSSCFNVRDFVFDDDCSSHKQYGFLSSLFVYIVFYTGFVTFWLPLLFFYCALFMCTFKNLPVDTTKPIKWTVLQQVVDDLVSIITKPLFGRPACPPLSTYLTATTAEEAVRSSRSLLGRFCTPVGFQQPIMNVENGVSVSSLGFVNPLMWPLFVVVLLDNRFIWFFNVLSYIMLPVFVIVLFYFYLRKICGCVNIKGVTKNCTKHFQNFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQEHWCDRHSWYCPKEEHYMTPEMAMYIKNFYNLATAPTADTIWCDYVKTTPTMTWANFKFSLFKPNETVMCGPSSHADSMLLSWYAFLHGVRFTLNPSVIDIPTPVQPIYVSSDSDDSLDKVCDVNLRPTKSKGKFKKQSVAYFSSGPVDLWYYVTLIISLGAIFVFMYSCLMVGQYVVMPKDKFFGVNPTGYSYVNAQPYLHANPPVLKNSDGMILATPLKVPSISYSVYRLLSGHLYFTKLIVDENECTPPFGAARLSHEFTCNDFTYVLPAHLRILNRYIMLIHPDQLHMLPFEVEHSTHTRLCYVTGTNIVECLPTFEIISPYVFVVIVAIFTILFLFLLRMYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNTIMVLFVVCLPPLVPGVIFVLALWLCDSVVFLLYLAVLSLFILPWFYVMVFILMVSGFSFWWMMKSSDVVHLTPDGLAFNGTFEQISKCVFPLNPLIVNRLLLDCQMSHADLVEKSKLKTTEGKLATEMMKVFMTGDTAYYQPSNFSFQSIFSKVTSPFTMHAKPPMPMFRLYVHFNGQCVGTTCTGTGFAIDDVTIVTAKHLFECDDLKPTHLSVELSGKSFWCTWKEPRVESWRFEGENAYILVENLRDFYGQDFKYLPFSKIEDDFYKRMEPVTIYSIKYGSEFATQAWQAVNGHFVCSNTEGGDSGAPLVWHDSIIGVHQGICDSFKTTLASDNSGKMMTVVKGHHVDPPVYYKPVIISAAYNKFVADSDVNVGEYTNYHNFENDDFLPMHDELEKVSFGDKMRRYCQGLPKYLEPLHYFHVPSFWQPFKKQSISTNVSWVVENLHFIFSLYFLVCDFVAYWWLDDPFSVVLPLFFIVQLLSTVVLKNVLFWNTSYLVTLAVTFYVHSEVAESMYLLGFFSDQIVNRVGLILVVSVMCLFVVVRVVVNVKRAIFVVIVSILLICVNVMFGVVHFSSFVTLVMFDLYAVFTALLTPQPVVAIMMLILFDTKCLMSFAFVVIVLSFRFFRNYRFVKVLHNFCNFDFVLTQLSLFRYRHHNQGNNPSHYEALWLFLKELYYGVQDVKYEVFSPQAGTYNVNFLTDMTEQDQLEAVEQVQRRLQRFSIVQDKQSQRLVLYSKNVEFLRAQIQQQRALGANSFIITTLTAKDIAIDNVEVHNPSQFKPEDMQAHMWFYSKSPVFVGQVPIPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAATLQIQNAALTLSLFEECRQFLENEIGDVPAIMWQSDDVADVKQLEAQIEKLRVVLDGMRLGTSEYKATRKQINILQSQLDKALAFERKLARFLEKVDQQQAITNETQKQLSAFKNLVKQVYESYMSSLKVKIVESNDASCLLTSTELPRKLVLMRPITGLDDIKIVEKANGCEITAFGTTYTTGLGSNLAGLAYSSTQPLSAYPFIFNLEGVFKQQANIGYKTVECNMSSNNGTVLYKGKIVAVPSDDEPDFVVCGKGYKLDCGVNVLLIPSIVRYITINLTDQLQKQSLKPRRRLRYQGVRLGGVNLGEHQAFSNELISTVGFTTWVTSTICSDKTHKHPWFVQVPINEKDPDWFIHNTLLKDNQWVIDVKPTHWMIDADTNEQLFALSLSDDDYIKAEAILSKWSPITQDVECWFKDLKGYYTVSGLQPLWPVCPKKICNLKIVPIYQPQSVRYADQPTHFFSMPVVHKGFLNAFYELQDGFPGKKQVAPHVSLTMLSLTDEEVIKVENILDELELPTTYITISNPHMMGRHYVCEVEGLQSLHDEVVSVLRQHGIACDQSRLWKPHLTIGEIVDGSNFSDFGDFAMTCKVEDLDFVKLGAPKANARYEFIATLPVGEFKLLRDVWSACRHLCFQNGAYQSSHSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVEFVGKRYMIKRVKDQHEFALSKTSFLPSIIPHHIVKYNNEWFLIRGPTTQWSLGDLVYAIWLGDQDYLAECGFVFNPSRDEFFEDAKQRSHLALLLEPAILSFCDVFSCIKKFGLPYKLTLDNMDLCGNLYDFGDYPCPNLVDNQSALFVLAEVWSMTRKPFPYKFAQVLASEMHVPEDFQLHFQHTLLSGKYFDKAMCLNNVRPFLQDPANLTTTPFFSQHSGVWSHFYNPIYGLVEVDLDEFSNLPEVLQQLITVQGPIANNMLPAISIGDGVFSANVPPVLAAKQKVPLYDVGLCQDLTDAGIDCGEAFNYFYYLSNPAGALADVCYYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTVCYQTNERFTYEQAKPRKSSMGVNISGYQQDAVYRALGPENIMKLFEYAQKAPLPFCTKIITKFALSAKARARTVSSCSFIASTIFRFAHKPVTSKMVEAAQNSQGFCLIGVSKYGLKFSKFLKDKYGSIEQFDVFGSDYTKCDRTFPLSFRALTAALLYELGGWEEESWLYLNEVNSYMLDTMICDGMLLNKPGGTSSGDATTAHSNTFYNYMVHYVVAFKTILSDLSENNRVMRIAAHNAYTTGNYDVFNTLLEEQFQTNYFLNFLSDDSFIFSKPGALKIFTCENFSNKLQTILHTKVDQTKSWSASGHIEEFCSAHIIKTDGEYHFLPSRGRLLASLLILDKLSDVDIYYMRFVAILCESAVYSRYQPEFFNGLFQVFLDKVQQFRRDYCCDPCPPQLLDRSFYENLVFTSNTEVGVVDCYLENFKLQCEFEQQSSLDKVCFCCPNPAVSVCCECYVPLPLCAYCYYVHVIISGHSKIEDKFRCPCGNDDIRDLFIVLNDSICIYQCKNCVGSDRLRLSLLSDSDQIVRLPGFRANSASIAKNGVAQLLTSVDNVDISLDWNHQETVLQNVARIVYHSANMTQMSIEVVYVNFNLIRNDGSSAVLDIPNFKCPDTSYCLFYKPGKTGSLKFTGKGTLTSCYDNKNLTWFRATCPDFSQPWRQATCFVIQQHDAVYPPLKSTQYDNVTFVMGPPGTGKTTFVYNNYLSKASPSNRFVYCAPTHRLVGDMDEKVDGAVVVSAYNDRTYRNPIWKKDDSYDILLCTHNTLPFIKSAVLIVDEVSLIPPHVMVKILSMGFKKVVLLGDPFQLSPVYKNHKVHFKYDTFYLLQLATQKRYLTACYRCPPQILSAFSKPYCDVGVDLVSFNSKPGKFDIIVSKQLANLQDFSVLSVLAKDYPGYTILVNYRAAVDYAMQNGLGDVTTIDSSQGTTAANHLLVLFGASNFSKTINRVIVGCSRSTTHLVVVCCPELYKHFQPILNWPEPVYRYFGMEKQSDFNIIPEVSSLVFCDIEFWHYKADPNSKTRTVYPGQIAVVTSQTLQLYLGVFDDTGYKSALRGLPKDVFVPPNWVWMRKHYPSYEQHAYNMQRLFKFIIDTTCGQPCFILYSCSNDLKSLKFYVEFDTNYFCDCGDLAICLMRDGLYKCRNCFDNMLVSKLVNCKYLDVQKERVKLQDAHDAICQQFHGDSHEALCDAVMTKCLYLTSYQAAFKDTLHVKYKDLCLEIQYKITSPYVRYDGVNKRYLYRDHGALYYFRTPRSPMQNVYKYEVGAHAEYCINICNSYEGCQSFGKTCTKCIHIHCVVEQFLADDRFKDFILVSVVKSDYVEQSLSPAARALMLTVTRVEGKNFYTSNGQRYDLYDYDLSQSVMRVVGASVKPLPLYSVVVGLGINCTVGCVLPNVPMKLKDDLLVTDVPLSTVKLDLPTWYYITWPTLSNKTARWKFAGAQVYDCSVHIYVEATGEQPLYYLQLGNGESLRELPDTLFSTGRLYNLEHDPSLNFNVHQLPVETIPKNKHVFAGDFTEVGTDIGGVHHVVALNGYKGTIIPNYVKPIGTGLINVGKAVKRTTLVDVCANQLYEKVRQQLVGVKVSKVIFVNIDFQEVQFMVFANSEDDIQTFYPQKDFIRSYYEWPQILPALESHYDLKNYGQDPQFMPQPVNFSKYTQICTFIQDHVKVARNSLIWHLGAAGVDGCSPGDIVLSSFFKDCLVYSWDIKDYDTLLENHSYDCKFRPNLIISDIYNVSSNVTEVLEDCVNRLALGGTIIFKTTESSRPDIQLSEISRYFAGIHFFSTGVNTSSSEVFVVLKYKLFPEPLGEELCSPNILRRIAAYRNKLCIVPNFKIFSTSLSYKFSGVKFVQKCFYCSVPRQFCASGLVQEVPMLCQMNH

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF06478   Corona_RPol_N
PF16348   Corona_NSP4_C
PF09401   NSP10
PF08710   nsp9
PF05409   Peptidase_C30
PF08715   Viral_protease
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF13087   AAA_12
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF08717   nsp8
Interpro
IPR008740   Peptidase_C30
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR009466   NSP11
IPR036333   NSP10_sf
IPR027352   CV_ZBD
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR014827   Viral_protease
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR042515   Nsp15_N
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR014829   NSP8
IPR037227   EndoU-like
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR036499   NSP9_sf
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR017896   4Fe4S_Fe-S-bd
SUPFAM
SSF142877   SSF142877
SSF143076   SSF143076
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF101816   SSF101816
SSF144246   SSF144246
SSF52540   SSF52540
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=2e-23     Score= 110     Identity=25.44%     Cov(Q)=5.98%     Cov(P)=41.99%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6705
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
373.004229999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00024
outside
1  -  2385
TMhelix
2386  -  2408
inside
2409  -  2493
TMhelix
2494  -  2516
outside
2517  -  2520
TMhelix
2521  -  2543
inside
2544  -  2744
TMhelix
2745  -  2767
outside
2768  -  2914
TMhelix
2915  -  2937
inside
2938  -  2943
TMhelix
2944  -  2966
outside
2967  -  2969
TMhelix
2970  -  2992
inside
2993  -  2996
TMhelix
2997  -  3019
outside
3020  -  3419
TMhelix
3420  -  3442
inside
3443  -  3448
TMhelix
3449  -  3471
outside
3472  -  3483
TMhelix
3484  -  3506
inside
3507  -  3512
TMhelix
3513  -  3535
outside
3536  -  3544
TMhelix
3545  -  3567
inside
3568  -  3571
TMhelix
3572  -  3589
outside
3590  -  6705
 
 
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