CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Porcine_KM403390 (Region: USA;  Strain: Porcine torovirus strain PToV/NPL/2014, complete genome.;  Date: 2-Jan-14)
Gene
replicase
Description
Annotated in NCBI,  replicase
Location
KM403390(+):794-14047
GenBank Accession
AIU41584.1
 

Sequence

CDS
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Protein
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Summary

Uniprot
A0A0A7UXD3  
Pubmed
25552712   
EMBL
KM349742    AJA91203.1   
Proteomes
UP000153628   
Pfam
PF05213   Corona_NS2A
Interpro
IPR039573   NS2A-like
ProteinModelPortal
A0A0A7UXD3  
PDB
4Z5V     E-value=1e-21     Score=96.3     Identity=37.98%     Cov(Q)=2.92%     Cov(P)=62.02%
3D Structure

Ontologies

KEGG
vg:22807879    

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
4417
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
372.948179999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00024
outside
1  -  2385
TMhelix
2386  -  2408
inside
2409  -  2493
TMhelix
2494  -  2516
outside
2517  -  2520
TMhelix
2521  -  2543
inside
2544  -  2744
TMhelix
2745  -  2767
outside
2768  -  2914
TMhelix
2915  -  2937
inside
2938  -  2943
TMhelix
2944  -  2966
outside
2967  -  2969
TMhelix
2970  -  2992
inside
2993  -  2996
TMhelix
2997  -  3019
outside
3020  -  3419
TMhelix
3420  -  3442
inside
3443  -  3448
TMhelix
3449  -  3471
outside
3472  -  3483
TMhelix
3484  -  3506
inside
3507  -  3512
TMhelix
3513  -  3535
outside
3536  -  3544
TMhelix
3545  -  3567
inside
3568  -  3571
TMhelix
3572  -  3589
outside
3590  -  4417
 
 
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