Strain
Porcine_KM975737
(Region: USA: North Carolina; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus strain USA/NC/2013/49469, complete genome.; Date: 10-Dec-13)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCATGTTACATTGGCTTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTCGTGTCCTTCGATCTCGCTGACACTGTTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAAAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTTACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGTAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAATGGGAGTATACAGATTTCTTTGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGTATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGATGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATTAAGAAGACTGTTGTCTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAAGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTCCTATGTCTCCACTTGCTGTGGCTTTAAGTGTAAGCCAGTCCTTGTGGCTTCATGCTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACGCGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTATTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGGTTGGCATTCTGGCGAATTCTCAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGATCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCATTGCTACTAAGCTCAAGTTTGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGCGCGCTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAGCCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTAACCTCCTGTCTGATGAGGTCGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTCATCGCCGAAGTGCCTGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTTTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAAACCTTTAACAAGGTTGGCTCTTATGTTCTTTTTGACAACGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGTTCGCGGCCCACGACAGGCAGGTGTTTGTGAAGTTCGTTACACAAGCCTTGTTATTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGACGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTTGTTGACGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTTCTGATGCTGACGTTGTCATTGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGAGCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTGCAAACTGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTTGTGAGAGGTGATAAGTGTTGCATCACTTGCACCTTACATATCACAGCACCAAGTTATATGGAGGATGCTGCTAATTTTGTAGACCTCTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATTACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTCGTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTATAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATCTGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCATCTTAAAGTCAGCTTTGGACTAGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTCTTGGCAGAAATGTATAACACTTACCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCTGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTCTTGCAAGTGCCTTTCAGATTCCTGTCCAGGCAGGCATTGAGAAGTTTAAAGTCTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGCGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTTGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTAATAGTGTTGTGCCTATTTGTTTTAAGAAGAAGGGTGGTGGTGATGTCAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAGAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGACGATGTTGTTGAGTATATCAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCATATCGATGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAATCTTCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGATCTGCTTGATGTGGAAGTTGTTACTGATGCACCAATTGATTTCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGACCCTGATAAGGTGGCAGATGTGGCTAACTCTGAGCCTGAGGATGATGGTCCTAATGTAGCTCCTGAAACAAATGTAGAGTCTGAAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCTTTTATTAAAGATACACCTTCCACAGTTACTAAGGATCCTTTTGCTTTTGACTTTGCAAGCTATGGAGGACTTAAGGTTTTAAGACAATCTCATAACAACTGCTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCTTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAAGGCTATCTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTCCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGTCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGACAGTGGTCATTATGTCACTAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACTATTTGTGTTAAAGACGTTAATTGGACAGCACCTTTTGTCCCAGACGTTGAGCCTGTATTGGAGCCTGTTGTCAAACCGTTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGACTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCACGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCGAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGATGCACTTGTTGATACTACTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCATTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAACTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACTGGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCAGATATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGACGGTGATGTTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTCGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTATTGCTTGCTGTTGGTGATGCCATGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGTTAGGTTTCGTATCCACACCTGATGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTTACTGAGGATACACGTAGTGTTAAGACTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACAC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Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSFDLADTVEGLLPEDYVMVVVGTTKLSAYVDTFGSRPKNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIKKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTSYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSIATKLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKAVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFIAEVPEKLAAAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKVRGPRQAGVCEVRYTSLVIGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLSDADVVIEHPVYKSACELKPVFECDPIPDFPMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLHITAPSYMEDAANFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFVTTCCTMSGFECFMPIIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKHLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGCCFHSVKSVLASAFQIPVQAGIEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGNSVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVRTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHIDVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVVTDAPIDFEGDEVDSSDPDKVADVANSEPEDDGPNVAPETNVESEVEEVAATLSFIKDTPSTVTKDPFAFDFASYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDLAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTALSLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPFVPDVEPVLEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKDALVDTTPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTFECADMISITMVVLPSDGDVNYDKNYARAVVKVSKLKGKLLLAVGDAMLYSKLSHLSVLGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKTVKVESTVTYGQQIGPCLVNDTVVTYNKPVVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVPAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVAGHYTVFDHDTGMVHDGDVFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGGPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFHYLNILGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVFLGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDNKYTCKESLKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKLPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAVFFALSFFDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFAAVAVCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYATLYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVICPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVGVTMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGSAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVVNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTGEVIRQMYGVNLQSGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPVSSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLANGCTCDRSIMQSTDMAYLNEYGALVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027352
CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR009466 NSP11
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
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IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
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IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=0.0 Score= 625 Identity=100.00%
Cov(Q)=7.31% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0033644 C:host cell membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4117
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
419.345629999998
Exp number, first 60 AAs:
0.0137
Total prob of N-in:
0.00088
outside
1 - 1962
TMhelix
1963 - 1982
inside
1983 - 2019
TMhelix
2020 - 2042
outside
2043 - 2102
TMhelix
2103 - 2125
inside
2126 - 2131
TMhelix
2132 - 2151
outside
2152 - 2160
TMhelix
2161 - 2183
inside
2184 - 2527
TMhelix
2528 - 2550
outside
2551 - 2622
TMhelix
2623 - 2645
inside
2646 - 2656
TMhelix
2657 - 2676
outside
2677 - 2752
TMhelix
2753 - 2775
inside
2776 - 2781
TMhelix
2782 - 2804
outside
2805 - 2829
TMhelix
2830 - 2852
inside
2853 - 2864
TMhelix
2865 - 2887
outside
2888 - 3331
TMhelix
3332 - 3354
inside
3355 - 3360
TMhelix
3361 - 3383
outside
3384 - 3397
TMhelix
3398 - 3420
inside
3421 - 3426
TMhelix
3427 - 3449
outside
3450 - 3458
TMhelix
3459 - 3481
inside
3482 - 3500
TMhelix
3501 - 3520
outside
3521 - 4117
