Strain
Feline_KP143508
(Region: United Kingdom; Strain: Feline coronavirus isolate 28O, complete genome.; Date: 1-Jan-13)
Gene
replicase
Description
Annotated in NCBI,
replicase
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGTCTTCCTTTCCGTAACGCTTTGCAGGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGAGGGCTATGTTTTCGTACCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAAGGCTTTATTGTTAGAGCTGGCTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATCGCCCGTACTGGAAATGGCGCCATATATGTAGATCAATACATGTGTGGTGCGGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGTGAGTTTAAGGATTATTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGAGAGGAGTACCATTGTGCCTGGCTAACAGTGCGCGATGAAAAACCTTTATGTCAACAAAATCTCCTCACAATTAGGGAAATCCAATACAATCTGGACATCCCACATAAGTTGCCTAATTGTGCTATCAGAGAGGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAATTCCAAGGTTGTTCTTTCTGAAGAGTATAAAAAGCTCTATGACATCTTTGGTTCACCATTTATGGGCAATGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCACTTCGTTGCTGCCACTCTTAAGTGTCCTTGTGGCGCCGAGAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTCAAGGCAAAGTTAAAGGCGTCACATTAGGTGCTGTTAAACCAGGTGATGCCGTTGTCACTAGCATGAGTGCAGGTAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTACTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTCTGCACCGCTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAAACCAGAGAGTACTTCACCTGTTTCATGTTCTATTAAGAGAGCGTTCATCACTGGTGAGGTTGATGATGCAGTCCATGACTGTATTATCTCAGGAAAGTTGGACCTTAGTACTAACCTTTTTGGTGGTGCTAACCTGCTTTTCAAGAAAACGCCCTGGTTTGTGTTAAAGTGTGGTGCTATTTTTGCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTCAAACTTACATACAAGCAAATCTATGATGTAGTAGCATCACTTTGCACTTCTGCCTTTACTATTATGGATTACAAACCTGTATTTGTAGTTGCATCTAATAGTGTTAAGGATCTCGTTGACAAGTGTGTCAAAATTCTTGTGAAAGCCTTTGATGTTTTCACACAGACAATTACCATTGCGGGTGTGGAGGCTAAGTGCTTTGTGCTTGGCTCTAAATACTTGCTTTTTAATAATGCACTTGTTAAGCTTGTCAGCGTTAAAATACTTGGCAAGAGGCAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCCACTAATTTGATTGGTGCTACTGTTAAGGTGACACCACAAAGAACTGAGGCAGCCAATATTAGTTTGAATAAAGTAGATGATGTTGTCACACCTGGTGAAGGTCATATTGTCATTGTAGGCGACATGGCTTTTTACAAGAGTAGAGAGTACTACTTTATGATGGCAAGTCCTGATTCAGTTCTCATTAATAACGTTTTTAAAGCAGCTCGAGTGCCATCTTATAACATTGTTTACAATGTGGATGATGATACCAAGAGTAAGATGTCATCTAAAATTGGAACGCCATTTGAATTTGATGGTGATGTGGATGCTGCTATTGTTAAGATTAACGACTTACTTGTTGAGTTTAGACAAGAAAAGTTTTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAGTATCTTGGTTGAGGCATACCTTAAGAAATATAAAATGCCAATTTGTCTCAAAAATCATGTTGGTTTATGGGACATCATAAGACGCGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGACACTTTCAGTCATCTTAATGAATTGGAGGATGTCAAGGATGTAAAAATTCAGTCTATTAAAAATATCCTTTGCCCTGACCTTCTGTTAGAATTAGATTTTGGTGCAATTTGGTATAGATGTATGCCAGCCTGCTCTGATGTGTCTATTTTGGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGCTGCCATGGTTTTGCTAACCGTTTAACGGTTAATTACAGCAAACTGTGTGACACAGCTCGTAAAGACATTGAAATTGGTGGTATACCATTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGCTTCATTGACATGAAAGATGCCATCTATTCTGTGGTTGAATACGGTGAAGCATTTTCCTTTAAGACTGCAAGTGTACCTGTAACTAATAGTGGTACTGTCAAAAATGACGACTGGTCAGACCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTCGAACCTAAAGATAACGGTGATGTAATTGTCATTGCTGGATACACCTTTTACAGGGATGAGAACGATCACTTTTATCCATATGGTTCCGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTTTCATTTTCAGACAACGTTAATGTTAAAGAGATAGAACCTATTACACGTGTCATGCTAGAATTTGAATTTGACAATGAGGTGGTAACACAGGTTCTTGAAAAAGTCATTGGTGCCAAATATAAGTTTACAGGTACCACTTGGGAAGAATTTGAAGATTCTATTTCTGAGAAACTTGACAAGGTTTTCGACGCGCTTGCTGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGACACTTGTGGCGGATTTGACATTAATAATCCAGATGGTGTTATGATTTCACAGTATGATCTTAACTCAGCTGTTGATGTCAGAAGTGATTCTGATGCAAGCGTGGAAGACACATCTTCGATTTCTGATAACGAAGATGTTGAACAAATAGAAAAAGAGAACGTCTCAGCTGCTGATGTTACAGTTGTAGATGTTGAAGAATTTGTTGAGCAAGTTTCTCTTGTTGACACCGAAGAACAACTCCCCTCAGTAGAGGAAAAAGTTGAAGGCTCTGCTAAAGATGACCCGTGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTAACTCCATTTAAGACAACAAATCTTAATGGTAGAATTATTCTTAAACAACAAGATAACAATTGTTGGATAAACGCTTGCTGTTACCAGTTGCAAGCTTTTGACTTTTTCAACCATGAATTATGGGATGGTTTTAAGAAAGATGACGTTATGCCTTTCGTAAACTTCTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAGCAGGGTGATTCAGGAGACTCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTTGTTCTTAGTGCTAAGTGTGGCTGTGGTGTTAAAGAAATAGTTTTAGAGCGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAAGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAACAAATTAACATGTGTAAGTTTGCAAGCGTGGAAGGTTCAGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACGAACACCTGTGTCACAATTCATTGTGACACCTATTATGCACGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAGTGGTCATTACATGATTGAGGATTGCACTCATGATTATTGTGTGGATGGTATGGGAGTTAAACCCCGTAAACAAAAGTTTTACACATCCACCTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAGCTGACTCTAAAACTACAATCGAACCAACTGCACCTGTTAAGGATAAGCTTGTAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGACTTTATATTACCCTTTTACACAGCGGGGAAAGTGTCATTTTACCAAGGAGATTTGGATGTTTTGATTAACCTTCTTGAACCTGACGTTGTTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAGGCACATGGGTGGTGTTGCTAAAGCCATTGATGTGTTCACAGGTGGTAAGTTGACGAAACGTTCTAAAGAATATCTTAGGACTAATAAAACAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTATTGAATGCTGTCGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTCTGTAACGTTTACAAAGCAATTGCCAAGTGTGACGGTAAGATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTGGAAGTTTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGATAGGGAATTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAATTACCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATTCCTGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTGAATCAAAAGCGTGTGTCTGTGGCACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTCAAAGGCACTGTTGTTATTAAAGACAAAGATGTTACTAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGTTGGTGAAAAAGTCGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAATGCTTACTATGGCTTTTCAAATGCAGCGGCTTTTAGTGCCAGTTCCCATGATGCTTATATATTTGAAGTTGTAACACACAACAACTTCATTGTTCATAAGCAGACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAAAGGCTTAAACCAACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGATTTTCTTGTTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCACATGCTATACCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTTGAGTGATAGTGCTGTCACCATCACACATACAACTGCATGTGACAAGTGTGCAAAAACTGAAACTTTTAC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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRNALQEIKYCYRNGFEGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRAGCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQNLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYKKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFVAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLQGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTADFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIISGKLDLSTNLFGGANLLFKKTPWFVLKCGAIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVASNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVKVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIVGDMAFYKSREYYFMMASPDSVLINNVFKAARVPSYNIVYNVDDDTKSKMSSKIGTPFEFDGDVDAAIVKINDLLVEFRQEKFCFRALKDGESILVEAYLKKYKMPICLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFSHLNELEDVKDVKIQSIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPACSDVSILGNVKIMLGNGVKVICDGCHGFANRLTVNYSKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVKNDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYRDENDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVNVKEIEPITRVMLEFEFDNEVVTQVLEKVIGAKYKFTGTTWEEFEDSISEKLDKVFDALAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNSAVDVRSDSDASVEDTSSISDNEDVEQIEKENVSAADVTVVDVEEFVEQVSLVDTEEQLPSVEEKVEGSAKDDPWAAAVDEQEAEQPKPSLTPFKTTNLNGRIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHELWDGFKKDDVMPFVNFCYAALTLKQGDSGDSEYLLETMLNDYSTAKVVLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLKNEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKRTPVSQFIVTPIMHAVYTGTTQSGHYMIEDCTHDYCVDGMGVKPRKQKFYTSTLFLNANVMTADSKTTIEPTAPVKDKLVEECQSPKDFILPFYTAGKVSFYQGDLDVLINLLEPDVVVNAANGDLRHMGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLRTNKTIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRELNVFVYTDQERITIENFFNGTIPVKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDVGEKVVKALDVDWNAYYGFSNAAAFSASSHDAYIFEVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDDFLVRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMLSDSAVTITHTTACDKCAKTETFTGPVIAAPLLIHGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVVITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNLNSLLVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFIAYTPKSEIYPKVQPVKESHTARVFSEVEEIPKNVVRETKLLAIESGADYTLSTLGKYADVFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFKNLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYVKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVMHKLVCSSSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFTFLVVFGNNYVRCLLMYFISQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVINFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFFSCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLGNSIKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGDEFTAYDYDVKNKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSELLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSTLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSPKKGSGFFDVLKQLKQIFWCLVLFITLYGLCSVYSVATQSYIDSADGYEYMVIKNGIVQPFDDSINCVHNTYKGFVMWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGSAVSKNSYFDTCVFNAACTTLSGLGGTIVYCAKQGLVDGAKLYSELMPDYFYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECVESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSTLGFLKNVFALFNSNMSVVATSGAMLVNIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLSYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVLYIVVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDVLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSGVRLHKFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKSGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGILYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGVMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMTLESYNVWAKTNSFTELVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVLTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPSFISVILAITTFFSVLLVVGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATVHNVVWDMTYYESLQALVANTNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFVSYKFAYYVVVYVMQPSFVQDFGFIKCVSVIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFDNTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFERESSVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAAAATRLIVVTPNIEVLSKIRQENNVHYAGAIWSIIEVKDANGAQVHLKEVTAANELNLTWPLSITCERTTKLQNNEIMPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASESGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGANGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTHQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRYKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGTTVDQSYLNRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKRDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFEKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDDCIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVCKYFDCYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDAIFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNTCNNVTVKSIQRKIYDNCYRSSSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADISAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGADGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCIVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLGGLNYYCT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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1140 Identity=59.27%
Cov(Q)=13.96% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6684
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
433.893109999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00033
Total prob of N-in:
0.00033
outside
1 - 1834
TMhelix
1835 - 1853
inside
1854 - 1892
TMhelix
1893 - 1915
outside
1916 - 1975
TMhelix
1976 - 1998
inside
1999 - 2004
TMhelix
2005 - 2024
outside
2025 - 2028
TMhelix
2029 - 2051
inside
2052 - 2400
TMhelix
2401 - 2423
outside
2424 - 2495
TMhelix
2496 - 2518
inside
2519 - 2538
TMhelix
2539 - 2558
outside
2559 - 2661
TMhelix
2662 - 2684
inside
2685 - 2696
TMhelix
2697 - 2731
outside
2732 - 2745
TMhelix
2746 - 2768
inside
2769 - 3185
TMhelix
3186 - 3208
outside
3209 - 3212
TMhelix
3213 - 3235
inside
3236 - 3241
TMhelix
3242 - 3264
outside
3265 - 3283
TMhelix
3284 - 3306
inside
3307 - 3312
TMhelix
3313 - 3335
outside
3336 - 3361
TMhelix
3362 - 3380
inside
3381 - 3392
TMhelix
3393 - 3415
outside
3416 - 6684
