Strain
Camel_KT368896
(Region: Saudi Arabia; Strain: Camel alphacoronavirus isolate camel/Jeddah/O47(a)/2014, complete genome.; Date: 14-Oct)
Gene
polyprotein ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCTGCAACCGTGTGACACTTGCCGTAGCAAGTGATACTGAAATTTCTGCAACTGGTTGCTCTACTATTGCGCTAGCCGTCCGCCGCTATAGCGAGGCCGCTAGCAATGGATTTAGAGCATGCCGATTTGTTTCATTTGGCTTGCATGATTGCGTTGTTGGCATTGCAAACGACGATTATGTCATGGGTTTGCATGGTAACCAAACGTTGTCCTGCAATATAATGAAATTTTCTGACCGTCCCTTTATGCTTCGTGGTTGGTTGGTTTTTTCCAATTCAAATTACCTCTTGGAGGAGTTTGATGTTGTCTTCGGTAAGAGAGGTGGTGGTAATGTGACATACACTGACCAGTATCTCTGTGGCGCCGATGGCAAACCTGTCATAAGTGATGATTTATGGCAGTTTGTTGACCATTTTGGTGAAAACGAAGAAATTATCATCAATGGTCATACTTACGTTTGTGCTTGGCTTACTAAGCGCAAGCCTTTAGATTACAAACGTCAGAACAACCTTGCCATTGAAGAGATTGAATATGTGCGTGGCGATGCTTTGCATACACTACGCAATGGTTCTGTTCTTGAAATGGCTAAGGAAGTGAAGACATCTAGTAAGGTTGTGTTAAGCGATGCTCTTGACAAACTTTACAAAGTTTTTGGTTCTCCTGTTATGACAAATGGTTCTAACATCTTAGAGGCCTTTATTAAACCTGTGTTCATTAGTGCATTTGTTCAATGTACTTGTGGCAACAAGTCTTGGTCTGTCGGTGATTGGACTGGTTTTAAATCCACCTGCTGTAATGTGCTCAGTAACAAACTGTGTGTTGTTCCCGGTAATGTTAAACCTGGTGACGCTGTGGTTACTACTCAGCAAGCTGGTGTTGGTGTTAAGTACTTTTGTGGCATGACTCTTAAGTTTGTTGCAAACATTGAAGGTGTCTCTGTTTGGCGAGTAATCGCTGTTCAGAGTGTGGATGGATTTGTTGCTTCTGCTACTTTTGTAGAGGAGGAACATGCTAACAGAATGGATACATTCTGCTTCAATGTACGCAATAGCACTACTGATGAGTGTCGTTTGGCCATGTTGGGTGCTGAAATGACCAGTAATGTCAGAAGACAAGTTGCTGCAGGTGTCATAGACATTAGTACCGGTTGGTTCGATGTTTATGATGACATCTTTGCTGAAAATAAACCATGGTTTGTTCGCAAGGCTGAAGACATTTTTGGCCCGTGTTGGTCTGCTCTTGTTTCTGTGCTTAAACAGCTTAAAGTCACTACAGGTGAACTTATGAGGTTTGTTAAGTCTATTTGCAGTTCAGCTGTTGCTGTTGTGAGTGGTACTATACAAATTGTTGCTAGTGTGCCTGATATGTTTTTGCCTGCTTTTGACGTGTTTGTCAAAGCTGTGCAAACTGTTTTTGACTGTGCTGTTGAGACCAGTACTATTGCAGGTAAATCATTTGACAAGGTTTTTGACTATGTTTTGCTTGACAATGCACTTGTAAAACTTGTCACCATAAAGCTTAAGGGCGTTCGCGCAAGTGGCCTTAAAACAGTTAAGTATGCAACAGCTGTTGTTGGTTCCACTGAAGAAGTTAAATCTTCACGTGTTGAACGTAGCACTGCTGTACTTACAATCGCCAATAACTACCCCAAACTTTCAGATGAGGGGTATACTGCCGTAATTGGCGATGTGGCGTACTTTGTTAGTGATGGCTACTTCCGTCTTATGGCCAGTCCAAATAGTGTGTTGACTACTGCAGTCTATAAACCATTGTTTGCTTTTAACGTGAATGTTATGGGTACTAGACCTGAAAAATTTCCAACCATTGTGACTTGTGAAAATTTAGAGTCTGCCGTTTTATTTGTTAATGACAAAATCACTGAATTTCAATTGGATTGCAGTGTTGATGTTATTGACAATGAAATAATTGTCAAACCTAACATCAGCCTGTGTGTTCCACTTTATGTGAGAGACTATGTTGACAAATGGGATGATTTTTGCAGACAATATAGTAACGAGTCTTGGTTTGAAGATGATTATAGGGCTTTTATTAGCGTTTTGGATGTTGCTGACGCTGATGTTAAAGCTGCAGAGTCTAAGGCTTTTATTGATACCATTATTCCATCTTGTCCTTCTATTTTGAAAATAATAGACGGTGGCAAGATATGGAGTGGAATCATTAAGGCTGTTAGCTCTGTTGCAGACTGGCTTAAATCTTTGAAATTAACTCTTACACCAGAGGGTCTGTTTGGTACTTGTGCTAAGCGTTTTAAACGGTTTTTAACCGTTCTTTTAGACGCTTACAATGCATTTTTAGACACTGTGGCTTCTATTGTTAAGATTGGTGGTAAAGCTTTTAAAAAGTATGCATTTGACAAACCTTATATTGTGGTATGTGATATCGTGTGTAAGGTTGAGCATAAAACAGATGCTGACTGGGTTGAGCTTATGCCACGTAATGACAGAATTAAGTCTTTTAGTACTTTTGAAAATGCATACTTACCTATTGCTGACCCAACACATTTTGATATTGAAGAAGTTGAACTTCTTGATACGGAATTTGTTGAACCAGGTTGTGGTGGTATTTTGGCATTGATAGATGATCATGTCTTTTATAAAAAGGATGACATTTATTACCCATCAAATGGTACTAAAATATTACCCGTTGCATTTACTAAAGCCGCCGGTGGTAAAGTTTCTTTCTCTGACGCAGTAGAAGTTAAAGATATTCCACCTGTCTATAGAGTTAAACTTTGCTTTGAGTTTGAGGATGAAAAACTTGTGGATGTGTGTGAAAAGGCAATTGGCGAGAAAATTAAACATGAGGGTGACTGGGATAGTTTTTGTAAAACTATTCAATCAGCACTTTCTGTTGTTTCAAGTTATGTAAACCTACCTACATATTACATCTACGATGAGCAAGGCGGCACTGATTTGAGTTTGCCTGTTATGATTTCTGAATGGCCTCTTTCCGAATCTGACAAGGAAGAGGAGGTTCAACAAGAGCAACAAGAAGACACTGTGGTGCCTGAAGTTGAAGTCGTTGTTGACCAAGTTGAAGAAGTTAATAGTAGTTTTGCTATTGAGGCAGTGGATGTTAAATATGAGGTGAGTCCTTTTGAAATGCCATTTGAAGAGTTAAATGGTTTAAAAATACTCAAACAAATGGATAATAACTGCTGGGTTAACTCAGTTATGTTACAGCTACAATTAACAGGCATACTCGATGATGACTATGCTATGCAGTTCTTTAAAATTGGCAGAGTTTCCAAGATGGTTGAACGCTGTTACAATGCTGAGCAATGCATACGCGGTGCCATGGGTGATGTAGGCCTTTGTTTGTATAGACTGCTTAAAGATTTGCACACTGGTTTTATGGTTATGGACTACAAATGTAGTTGTACCAGTGGTAGACTTGAAGAATCGGGTTCCGTCTTGTTTTGTACACCTACTAAGAAGGCGTTTCCCTATGGTACTTGTCTAAATTGTAATGCACCTCGTATGTGTACAATTAGGCAGTTGCAAGGTACTATAATATTTGTGCAACAAAACCCAGAACCTGTTAATCCTTGTGCTTTTGTCGTTAAACCAGTTTGTGCATCAGTTTTCCGTGGTGCTGTGTCTAGTGGCCATTACCAAATAAACATCTACCCACAAAAGTTATGTGTGGATGGTTTTGGTGTTAACAAGATCCAGCCATGGCCAAATGATGCACTTAACACTATTTGTATTAGAGATGCAAATTATAGCGCAAAAGTTGAAAAACCTGTAACACCAGGTAAACCACCAGCTGAACTAGCACCTATAGATGAGACTGTTGTCAAGGTTAAGTTGAACTCTTTCCTTACTTGCAACAATGTTTCTTTTTATCAAGGTGACATTGATGCTGTTGTTAATGGTGTTGACTTTGACTTCATCGTGAATGCTGCCAATGAAAACCTTGCTCATGGTGGAGGACTTGCTAAAGCTTTAGATGTGTACACTAAAGGTAAACTTCAACGTTTATCTAAAGAACACATTGGATTAGCAGGTAAAGTAAAGGTTGGCGCAGGTGTTATGGTTGAGTGTGATGGCCTGAGAATTTTTAATGTTGTTGGTCCACGCAATGGTAAACATGAACGTGATTTACTCATAAAAGCTTACAACACTATTAACAATGAACAAGGCATACCTTTAACACCAATCCTGAGCTGTGGTATTTTTGGTGTCAAACTTGAAACTTCATTAGAAGTTTTGCTTGCTGTTTGTAATACAAAGGAAGTCAAAGTTTTTGTTTACACAGACACAGAGGTTTGTAAGGTTAAGGATTTTGTGTCTGGTTTAGTGAAAGTTCAAAAAGTTGAGCAACCTAAAATAGAACCAAAATCAGTGTCCGTAACTAAAGTCGCACCCAAGCCTTATAAGGTAGATGGTAAATTTAGTTACTTTACAGACGACTTGTTGTGTGTCGCTGTTGGCAAACCTATTGTTCTGTTTACTGATTCTATGCTCACTTTGGATGACCGTGGTTTAGCTTTAGACAATGCACTTAATGGTGTGCTTAGTGCTGCTATTGAGGATTGTATAGACACAAATAAAGCTATACCTTCTGGTAATCTTATTAAGTTTGACATAGAGTCTGTTGTTGTCTATATGTGCGTTGTGCCATCGGACCAGGACAAACACTTGGATAAGAATGTTCAACGGTGTACACGTAAGCTGAATAGACTTATGTGTGATATAGTTTGTACTATACCAGCTGAGCATGTCTTGCCATTATTGTTGTCTAGTTTGACTTGTAATGTTTCTTTTGTAGGTGAACTTAAAGCTGTTGAATCTAAAGTTATAACTATAAAGGTGACAGAGGATGGTGTTAATGTTCATGATGTGACTGTGACAACAGACAAGTCATTTGAACAACAAGTTGGTGTTATTGCTGTTAAAGACAAAGATCTTTCTGGTGCAGTACCAAGCGATCTTAATACATCTGAGTTGCTTACTAAGGCAATAGATGTTGA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Protein
MACNRVTLAVASDTEISATGCSTIALAVRRYSEAASNGFRACRFVSFGLHDCVVGIANDDYVMGLHGNQTLSCNIMKFSDRPFMLRGWLVFSNSNYLLEEFDVVFGKRGGGNVTYTDQYLCGADGKPVISDDLWQFVDHFGENEEIIINGHTYVCAWLTKRKPLDYKRQNNLAIEEIEYVRGDALHTLRNGSVLEMAKEVKTSSKVVLSDALDKLYKVFGSPVMTNGSNILEAFIKPVFISAFVQCTCGNKSWSVGDWTGFKSTCCNVLSNKLCVVPGNVKPGDAVVTTQQAGVGVKYFCGMTLKFVANIEGVSVWRVIAVQSVDGFVASATFVEEEHANRMDTFCFNVRNSTTDECRLAMLGAEMTSNVRRQVAAGVIDISTGWFDVYDDIFAENKPWFVRKAEDIFGPCWSALVSVLKQLKVTTGELMRFVKSICSSAVAVVSGTIQIVASVPDMFLPAFDVFVKAVQTVFDCAVETSTIAGKSFDKVFDYVLLDNALVKLVTIKLKGVRASGLKTVKYATAVVGSTEEVKSSRVERSTAVLTIANNYPKLSDEGYTAVIGDVAYFVSDGYFRLMASPNSVLTTAVYKPLFAFNVNVMGTRPEKFPTIVTCENLESAVLFVNDKITEFQLDCSVDVIDNEIIVKPNISLCVPLYVRDYVDKWDDFCRQYSNESWFEDDYRAFISVLDVADADVKAAESKAFIDTIIPSCPSILKIIDGGKIWSGIIKAVSSVADWLKSLKLTLTPEGLFGTCAKRFKRFLTVLLDAYNAFLDTVASIVKIGGKAFKKYAFDKPYIVVCDIVCKVEHKTDADWVELMPRNDRIKSFSTFENAYLPIADPTHFDIEEVELLDTEFVEPGCGGILALIDDHVFYKKDDIYYPSNGTKILPVAFTKAAGGKVSFSDAVEVKDIPPVYRVKLCFEFEDEKLVDVCEKAIGEKIKHEGDWDSFCKTIQSALSVVSSYVNLPTYYIYDEQGGTDLSLPVMISEWPLSESDKEEEVQQEQQEDTVVPEVEVVVDQVEEVNSSFAIEAVDVKYEVSPFEMPFEELNGLKILKQMDNNCWVNSVMLQLQLTGILDDDYAMQFFKIGRVSKMVERCYNAEQCIRGAMGDVGLCLYRLLKDLHTGFMVMDYKCSCTSGRLEESGSVLFCTPTKKAFPYGTCLNCNAPRMCTIRQLQGTIIFVQQNPEPVNPCAFVVKPVCASVFRGAVSSGHYQINIYPQKLCVDGFGVNKIQPWPNDALNTICIRDANYSAKVEKPVTPGKPPAELAPIDETVVKVKLNSFLTCNNVSFYQGDIDAVVNGVDFDFIVNAANENLAHGGGLAKALDVYTKGKLQRLSKEHIGLAGKVKVGAGVMVECDGLRIFNVVGPRNGKHERDLLIKAYNTINNEQGIPLTPILSCGIFGVKLETSLEVLLAVCNTKEVKVFVYTDTEVCKVKDFVSGLVKVQKVEQPKIEPKSVSVTKVAPKPYKVDGKFSYFTDDLLCVAVGKPIVLFTDSMLTLDDRGLALDNALNGVLSAAIEDCIDTNKAIPSGNLIKFDIESVVVYMCVVPSDQDKHLDKNVQRCTRKLNRLMCDIVCTIPAEHVLPLLLSSLTCNVSFVGELKAVESKVITIKVTEDGVNVHDVTVTTDKSFEQQVGVIAVKDKDLSGAVPSDLNTSELLTKAIDVDWVEFYGFGDAVTFATVDHSDFAYDSAVVNGFRVLKTSDNNCWVNAVCISLQYLKPHFISQGLDAAWNKFVLGDVETFVAFIYYVAGLVKGAKGDAEDILNKLSKYLANEAQVQLEHYSSCVECEATFKNPVASVNSAIVCASVKRDGVQVGYCAHGIKYYSRVRSVSGRAIIFSVEQLEPCSQSRLLSGVAYTAFSGPADNGHYTVYDTAKKSMYDGDRFVKHDLSLLSVTSVVMVGGYVAPVKTVKPKPVINQLDEKAQKFFDFGDFLVHNFVTFFTWLLSMFTLCKTAVTTCDVKIMAKAPQRTGVVLKRSLKYNLKASTAVLKSKWWLLAKFMKLLLLIYTLYSVVLLGVLFGPFNLCSETVNGYAKSNFVKDDYCDGSLGCKMCLFGYQELSQFSHLDVVWKHITDPLFSNMQPFIVMVLLLIFGDNYLRCFLLYFVAQMISTVGVFLGYKETNWFLHFVPFDVICDELLVTVIVIKVISFVRHVLFGCENPDCIACSKSARLKRFPVNTIVNGVQRSFYVNANGGSKFCKKHRFFCVDCDSYGYGNTFITPEVSRELGNITKTNVQPTGPAYVMVDKVEFENGFYRLYSGETFWRYNFDITESKYSCKEVLKNCNVLDDFIVFNNNGTNVTQVKNASVYFSQLLCRPIKLVDSELLSTLSVDFNGVLHKAYIDVLRNSFGKDLNANMSLAECKSALGLSISDHEFTSAISNAHRCDVLLSDLSFNNFVSSYAKPDEKLSAYDLACCMRAGAKVVNANVLTKDQTPIVWHAKDFNSLSAEGRKYIVKTSKAKGLTFLLTINENQAVTQIPATSIVAKQGAGDAGHSSTCLWLLCGLVCLIQFYLCFFMPYFDTVRSFEGYDFKYIENGQLKNFEAPLKCVRNVFENFEDWHYAKFGFIPLNKQSCPIVVGVSEIVNTVAGIPSNVYLVGKTLIFTLQAAFGNAGVCYDIFGVTTPEKCIFTSACTRLEGLGGNNVYCYNTDLMEGSLPYSSIQANAYYKYDNGNFIKLPEVIAQGFGFRTVRTIATKYCRVGECVDSNAGVCFGFDKWFVNDGRVDNGYVCGTGLWNLVFNILSMFSSSFSVAAMSGQILLNCALGAFAIFCCFLVTKFRRMFGDLSVGVCTVVMAVLLNNVSYIVTQNLVTMIAYAVLYFFATRSLRYAWIWCAAYLIAYISFAPWWLCAWYFLAMLTGLLPSLLKLKVSTNLFEGDKFVGTFESAAAGTFVIDMRSYEKLANSISPEKLKSYAASYNRYKYYSGNANEADYRCACYAYLAKAMLDFSRDHNDILYTPPTVSYGSTLQAGLRKMAQPSGIVEKCVVRVCYGNTVLNGLWLGDIVYCPRHVIASNTTAAIDYDHEYSIMRLHNFSINSGTAFLGVVGATMHGATLKIKVSQTNMHTPRHSFKTLKSGEGFNILACYDGCAQGVFGVNMRTNWTIRGSFINGACGSPGYNLKNGEVEFVYMHQIELGSGSHVGSSFDGVMYGGFEDQPNLQVESANQMLTVNVVAFLYAAILNGCIWWLKGDKLSVEHYNEWAQANGFTAMNGEDAFSILAAKTGVCVERLLHAIQVLNNGFGGKNILGYSSLNDEFNINEVVKQMFGVNLQSGKTTSMFKSLSLFAGFFIMFWAELFVYTTTVWVNPGFLTPFMILLVALSLCLTSFVKHKVLFLQVFLLPSIIVAAIQNCAWDYHVTKVLAEKFDYNVSVMQMDIQGFVNIFICLFVALLHTWRFAKERCTHWCTYLFSLLAVLYTALYSYDYVSLLVMLLCAISNEWYIGAIIFRICRFGVACLPVAYVAYFGSVKTVLLFYMLLGFVSCMYYGLLYWINRFCKCTLGVYDFCVSPAEFKYMVANGLNAPDGPFDALFLSFKLMGIGGPRTIKVSTVQSKLTDLKCTNVVLMGILSNMNIASNSKEWAYCVETHNKINLCDNPETAQELLLALLAFFLSKHSDFGLGDLVDSYFENDSILQSVASSFVGMPSFVAYETARQEYENAVANGSSPQIIKQLKKAMNVAKAEFDRESSVQRKINRMAEQAAAAMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNMARNGVVPLSVIPATSASKLVVVVPDHDSFARMMVDGFVHYAGVVWTLQEVKDNDGKNVHLKDVTKENQETLVWPLILTCERVVKLQNNEIMPGKMKVKATKAEGDGGITSEGNALYNNEGGRAFMYAYVTTKPDMKYVKWEHDSGVVTVELEPPCRFVVDTPTGPQIKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEFVSNSHLLTHCSFAVDPAAAYLDAVKQGAKPVGNCVKMLTNGSGSGQAITSTIDSNTTQDTYGGASVCIYCRAHVAHPTMDGFCQYKGKWVQVPIGTNDPIRFCLENTVCKVCGCWLNHGCTCDRTAIQSFDNSYLNESGALVPLD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
2ZU2
E-value=0.0 Score= 613 Identity=96.69%
Cov(Q)=7.38% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4090
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
424.385550000001
Exp number, first 60 AAs:
0.05038
Total prob of N-in:
0.01042
outside
1 - 1935
TMhelix
1936 - 1958
inside
1959 - 2004
TMhelix
2005 - 2027
outside
2028 - 2073
TMhelix
2074 - 2096
inside
2097 - 2102
TMhelix
2103 - 2120
outside
2121 - 2129
TMhelix
2130 - 2152
inside
2153 - 2499
TMhelix
2500 - 2522
outside
2523 - 2754
TMhelix
2755 - 2777
inside
2778 - 2783
TMhelix
2784 - 2801
outside
2802 - 2804
TMhelix
2805 - 2824
inside
2825 - 2830
TMhelix
2831 - 2853
outside
2854 - 3166
TMhelix
3167 - 3189
inside
3190 - 3282
TMhelix
3283 - 3305
outside
3306 - 3308
TMhelix
3309 - 3328
inside
3329 - 3332
TMhelix
3333 - 3350
outside
3351 - 3369
TMhelix
3370 - 3392
inside
3393 - 3404
TMhelix
3405 - 3427
outside
3428 - 3441
TMhelix
3442 - 3464
inside
3465 - 3470
TMhelix
3471 - 3493
outside
3494 - 4090
