Strain
Camel_KT368907
(Region: Saudi_Arabia; Strain: Human coronavirus 229E; Date: 15-Mar)
Gene
polyprotein ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCTGCAACCGTGTGACACTTGCCGTAGCAAGTGATACTGAAATTTCTGCAACTGGTTGCTCTACTATTGCGCTAGCCGTCCGCCGCTATAGCGAGGCCGCTAGCAATGGATTTAGAGCATGCCGATTTGTTTCATTTGGCTTGCATGATTGCGTTGTTGGCATTGCAAACGACGATTATGTCATGGGTTTGCATGGTAACCAAACGTTGTCCTGCAATATAATGAAATTTTCTGACCGTCCCTTTATGCTTCGTGGTTGGTTGGTTTTTTCCAATTCAAATTACCTCTTGGAGGAGTTTGATGTTGTCTTCGGTAAGAGAGGTGGTGGTAATGTGACATACACTGACCAGTATCTCTGTGGCGCCGATGGCAAACCTGTCATAAGTGATGATTTATGGCAGTTTGTTGACCATTTTGGTGAAAACGAAGAAATTATCATCAATGGTCATACTTACGTTTGTGCTTGGCTTACTAAGCGCAAGCCTTTAGATTACAAACGTCAGAACAACCTTGCCATTGAAGAGATTGAATATGTGCGTGGCGATGCTTTGCATACACTACGCAATGGTTCTGTTCTTGAAATGGCTAAGGAAGTGAAGACATCTAGTAAGGTTGTGTTAAGCGATGCTCTTGACAAACTTTACAAAGTTTTTGGTTCTCCTGTTATGACAAATGGTTCTAACATCTTAGATGCCTTTATTAAACCTGTGTTCATTAGTGCATTTGTTCAATGTACTTGTGGCAACAAGTCTTGGTCTGTCGGTGATTGGACTGGTTTTAAATCCACCTGCTGTAATGTGCTCAGTAACAAACTGTGTGTTGTTCCCGGTAATGTTAAACCTGGTGACGCTGTGGTTACTACTCAGCAAGCTGGTGTTGGTGTTAAGTACTTTTGTGGCATGACTCTTAAGTTTGTTGCAAACATTGAAGGTGTCTCTGTTTGGCGAGTAATCGCTGTTCAGAGTGTGGATGGATTTGTTGCTTCTGCTACTTTTGTAGAGGAGGAACATGCTAACAGAATGGATACATTCTGCTTCAATGTACGCAATAGCACTACTGATGAGTGTCGTTTGGCCATGTTGGGTGCTGAAATGACCAGTAATGTCAGAAGACAAGTTGCTGCAGGTGTCATAGACATTAGTACCGGTTGGTTCGATGTTTATGATGACATCTTTGCTGAAAATAAACCATGGTTTGTTCGCAAGGCTGAAGACATTTTTGGCCCGTGTTGGTCTGCTCTTGTTTCTGTGCTTAAACAGCTTAAAGTCACTACAGGTGAACTTATGAGGTTTGTTAAGTCTATTTGCAGTTCAGCTGTTGCTGTTGTGAGTGGTACTATACAAATTGTTGCTAGTGTGCCTGATATGTTTTTGCCTGCTTTTGACGTGTTTGTCAAAGCTGTGCAAACTGTTTTTGACTGTGCTGTTGAGACCAGTACTATTGCAGGTAAATCATTTGACAAGGTTTTTGACTATGTTTTGCTTGACAATGCACTTGTAAAACTTGTCACCATAAAGCTTAAGGGCGTTCGCGCAAGTGGCCTTAAAACAGTTAAGTATGCAACAGCTGTTGTTGGTTCCACTGAAGAAGTTAAATCTTCACGTGTTGAACGTAGCACTGCTGTACTTACAATCGCCAATAACTACCCCAAACTTTCAGATGAGGGGTATACTGCCGTAATTGGCGATGTGGCGTACTTTGTTAGTGATGGCTACTTCCGTCTTATGGCCAGTCCAAATAGTGTGTTGACTACTGCAGTCTATAAACCATTGTTTGCTTTTAACGTGAATGTTATGGGTACTAGACCTGAAAAATTTCCAACCATTGTGACTTGTGAAAATTTAGAGTCTGCCGTTTTATTTGTTAATGACAAAATCACTGAATTTCAATTGGATTGCAGTGTTGATGTTATTGACAATGAAATAATTGTCAAACCTAACATCAGCCTGTGTGTTCCACTTTATGTGAGAGACTATGTTGACAAATGGGATGATTTTTGCAGACAATATAGTAACGAGTCTTGGTTTGAAGATGATTATAGGGCTTTTATTAGCGTTTTGGATGTTGCTGACGCTGATGTTAAAGCTGCAGAGTCTAAGGCTTTTATTGATACCATTATTCCATCTTGTCCTTCTATTTTGAAAATAATAGACGGTGGCAAGATATGGAGTGGAATCATTAAGGCTGTTAGCTCTGTTGCAGACTGGCTTAAATCTTTGAAATTAACTCTTACACCAGAGGGTCTGTTTGGTACTTGTGCTAAGCGTTTTAAACGGTTTTTAACCGTTCTTTTAGACGCTTACAATGCATTTTTAGACACTGTGGCTTCTATTGTTAAGATTGGTGGTAAAGCTTTTAAAAAGTATGCATTTGACAAACCTTATATTGTGGTATGTGATATCGTGTGTAAGGTTGAGCATAAAACAGATGCTGACTGGGTTGAGCTTATGCCACGTAATGACAGAATTAAGTCTTTTAGTACTTTTGAAAATGCATACTTACCTATTGCTGACCCAACACATTTTGATATTGAAGAAGTTGAACTTCTTGATACGGAATTTGTTGAACCAGGTTGTGGTGGTATTTTGGCATTGATAGATGATCATGTCTTTTATAAAAAGGATGACATTTATTACCCATCAAATGGTACTAAAATATTACCCGTTGCATTTACTAAAGCCGCCGGTGGTAAAGTTTCTTTCTCTGACGCAGTAGAAGTTAAAGATATTCCACCTGTCTATAGAGTTAAACTTTGCTTTGAGTTTGAGGATGAAAAACTTGTGGATGTGTGTGAAAAGGCAATTGGCGAGAAAATTAAACATGAGGGTGACTGGGATAGTTTTTGTAAAACTATTCAATCAGCACTTTCTGTTGTTTCAAGTTATGTAAACCTACCTACATATTACATCTACGATGAGCAAGGCGGCACTGATTTGAGTTTGCCTGTTATGATTTCTGAATGGCCTCTTTCCGAATCTGACAAGGAAGAGGAGGTTCAACAAGAGCAACAAGAAGACACTGTGGTGCCTGAAGTTGAAGTCGTTGTTGACCAAGTTGAAGAAGTTAATAGTAGTTTTGCTATTGAGGCAGTGGATGTTAAATATGAGGTGAGTCCTTTTGAAATGCCATTTGAAGAGTTAAATGGTTTAAAAATACTCAAACAAATGGATAATAACTGCTGGGTTAACTCAGTTATGTTACAGCTACAATTAACAGGCATACTCGATGATGACTATGCTATGCAGTTCTTTAAAATTGGCAGAGTTTCCAAGATGGTTGAACGCTGTTACAATGCTGAGCAATGCATACGCGGTGCCATGGGTGATGTAGGCCTTTGTTTGTATAGACTGCTTAAAGATTTGCACACTGGTTTTATGGTTATGGACTACAAATGTAGTTGTACCAGTGGTAGACTTGAAGAATCGGGTTCCGTCTTGTTTTGTACACCTACTAAGAAGGCGTTTCCCTATGGTACTTGTCTAAATTGTAATGCACCTCGTATGTGTACAATTAGGCAGTTGCAAGGTACTATAATATTTGTGCAACAAAACCCAGAACCTGTTAATCCTTGTGCTTTTGTCGTTAAACCAGTTTGTGCATCAGTTTTCCGTGGTGCTGTGTCTAGTGGCCATTACCAAATAAACATCTACCCACAAAAGTTATGTGTGGATGGTTTTGGTGTTAACAAGATCCAGCCATGGCCAAATGATGCACTTAACACTATTTGTATTAGAGATGCAAATTATAGCGCAAAAGTTGAAAAACCTGTAACACCAGGTAAACCACCAGCTGAACTAGCACCTATAGATGAGACTGTTGTCAAGGTTAAGTTGAACTCTTTCCTTACTTGCAACAATGTTTCTTTTTATCAAGGTGACATTGATGCTGTTGTTAATGGTGTTGACTTTGACTTCATCGTGAATGCTGCCAATGAAAACCTTGCTCATGGTGGAGGACTTGCTAAAGCTTTAGATGTGTACACTAAAGGTAAACTTCAACGTTTATCTAAAGAACACATTGGATTAGCAGGTAAAGTAAAGGTTGGCGCAGGTGTTATGGTTGAGTGTGATGGCCTGAGAATTTTTAATGTTGTTGGTCCACGCAAGGGTAAACATGAACGTGATTTACTCATAAAAGCTTACAACACTATTAACAATGAACAAGGCATACCTTTAACACCAATCCTGAGCTGTGGTATTTTTGGTGTCAAACTTGAAACTTCATTAGAAGTTTTGCTTGCTGTTTGTAATACAAAGGAAGTCAAAGTTTTTGTTTACACAGACACAGAGGTTTGTAAGGTTAAGGATTTTGTGTCTGGTTTAGTGAAAGTTCAAAAAGTTGAGCAACCTAAAATAGAACCAAAATCAGTGTCCGTAACTAAAGTCGCACCCAAGCCTTATAAGGTAGATGGTAAATTTAGTTACTTTACAGACGACTTGTTGTGTGTCGCTGTTGGCAAACCTATTGTTCTGTTTACTGATTCTATGCTCACTTTGGATGACCGTGGTTTAGCTTTAGACAATGCACTTAATGGTGTGCTTAGTGCTGCTATTAAGGATTGTATAGACACAAATAAAGCTATACCTTCTGGTAATCTTATTAAGTTTGACATAGAGTCTGTTGTTGTCTATATGTGCGTTGTGCCATCGGACCAGGACAAACACTTGGATAAGAATGTTCAACGGTGTACACGTAAGCTGAATAGACTTATGTGTGATATAGTTTGTACTATACCAGCTGAGCATGTCTTGCCATTATTGTTGTCTAGTTTGACTTGTAATGTTTCTTTTGTAGGTGAACTTAAAGCTGTTGAATCTAAAGTTATAACTATAAAGGTGACAGAGGATGGTGTTAATGTTCATGATGTGACTGTGACAACAGACAAGTCATTTGAACAACAAGTTGGTGTTATTGCTGTTAAAGACAAAGATCTTTCTGGTGCAGTACCAAGCGATCTTAATACATCTGAGTTGCTTACTAAGGCAATAGATGTTGA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Protein
MACNRVTLAVASDTEISATGCSTIALAVRRYSEAASNGFRACRFVSFGLHDCVVGIANDDYVMGLHGNQTLSCNIMKFSDRPFMLRGWLVFSNSNYLLEEFDVVFGKRGGGNVTYTDQYLCGADGKPVISDDLWQFVDHFGENEEIIINGHTYVCAWLTKRKPLDYKRQNNLAIEEIEYVRGDALHTLRNGSVLEMAKEVKTSSKVVLSDALDKLYKVFGSPVMTNGSNILDAFIKPVFISAFVQCTCGNKSWSVGDWTGFKSTCCNVLSNKLCVVPGNVKPGDAVVTTQQAGVGVKYFCGMTLKFVANIEGVSVWRVIAVQSVDGFVASATFVEEEHANRMDTFCFNVRNSTTDECRLAMLGAEMTSNVRRQVAAGVIDISTGWFDVYDDIFAENKPWFVRKAEDIFGPCWSALVSVLKQLKVTTGELMRFVKSICSSAVAVVSGTIQIVASVPDMFLPAFDVFVKAVQTVFDCAVETSTIAGKSFDKVFDYVLLDNALVKLVTIKLKGVRASGLKTVKYATAVVGSTEEVKSSRVERSTAVLTIANNYPKLSDEGYTAVIGDVAYFVSDGYFRLMASPNSVLTTAVYKPLFAFNVNVMGTRPEKFPTIVTCENLESAVLFVNDKITEFQLDCSVDVIDNEIIVKPNISLCVPLYVRDYVDKWDDFCRQYSNESWFEDDYRAFISVLDVADADVKAAESKAFIDTIIPSCPSILKIIDGGKIWSGIIKAVSSVADWLKSLKLTLTPEGLFGTCAKRFKRFLTVLLDAYNAFLDTVASIVKIGGKAFKKYAFDKPYIVVCDIVCKVEHKTDADWVELMPRNDRIKSFSTFENAYLPIADPTHFDIEEVELLDTEFVEPGCGGILALIDDHVFYKKDDIYYPSNGTKILPVAFTKAAGGKVSFSDAVEVKDIPPVYRVKLCFEFEDEKLVDVCEKAIGEKIKHEGDWDSFCKTIQSALSVVSSYVNLPTYYIYDEQGGTDLSLPVMISEWPLSESDKEEEVQQEQQEDTVVPEVEVVVDQVEEVNSSFAIEAVDVKYEVSPFEMPFEELNGLKILKQMDNNCWVNSVMLQLQLTGILDDDYAMQFFKIGRVSKMVERCYNAEQCIRGAMGDVGLCLYRLLKDLHTGFMVMDYKCSCTSGRLEESGSVLFCTPTKKAFPYGTCLNCNAPRMCTIRQLQGTIIFVQQNPEPVNPCAFVVKPVCASVFRGAVSSGHYQINIYPQKLCVDGFGVNKIQPWPNDALNTICIRDANYSAKVEKPVTPGKPPAELAPIDETVVKVKLNSFLTCNNVSFYQGDIDAVVNGVDFDFIVNAANENLAHGGGLAKALDVYTKGKLQRLSKEHIGLAGKVKVGAGVMVECDGLRIFNVVGPRKGKHERDLLIKAYNTINNEQGIPLTPILSCGIFGVKLETSLEVLLAVCNTKEVKVFVYTDTEVCKVKDFVSGLVKVQKVEQPKIEPKSVSVTKVAPKPYKVDGKFSYFTDDLLCVAVGKPIVLFTDSMLTLDDRGLALDNALNGVLSAAIKDCIDTNKAIPSGNLIKFDIESVVVYMCVVPSDQDKHLDKNVQRCTRKLNRLMCDIVCTIPAEHVLPLLLSSLTCNVSFVGELKAVESKVITIKVTEDGVNVHDVTVTTDKSFEQQVGVIAVKDKDLSGAVPSDLNTSELLTKAIDVDWVEFYGFGDAVTFATVDHSDFAYDSAVVNGFRVLKTSDNNCWVNAVCISLQYLKPHFISQGLDAAWNKFVLGDVETFVAFIYYVAGLVKGAKGDAEDILNKLSKYLANEAQVQLEHYSSCVECEATFKNPVASVNSAIVCASVKRDGVQVGYCAHGIKYYSRVRSVSGRAIIFSVEQLEPCSQSRLLSGVAYTAFSGPADNGHYTVYDTAKKSMYDGDRFVKHDLSLLSVTSVVMVGGYVAPVKTVKPKPVINQLDEKAQKFFDFGDFLVHNFVTFFTWLLSMFTLCKTAVTTCDVKIMAKAPQRTGVVLKRSLKYNLKASTAVLKSKWWLLAKFMKLLLLIYTLYSVVLLGVLFGPFNLCSETVNGYAKSNFVKDDYCDGSLGCKMCLFGYQELSQFSHLDVVWKHITDPLFSNMQPFIVMVLLLIFGDNYLRCFLLYFVAQMISTVGVFLGYKETNWFLHFVPFDVICDELLVTVIVIKVISFVRHVLFGCENPDCIACSKSARLKRFPVNTIVNGVQRSFYVNANGGSKFCKKHRFFCVDCDSYGYGNTFITPEVSRELGNITKTNVQPTGPAYVMVDKVEFENGFYRLYSGETFWRYNFDITESKYSCKEVLKNCNVLDDFIVFNNNGTNVTQVKNASVYFSQLLCRPIKLVDSELLSTLSVDFNGVLHKAYIDVLRNSFGKDLNANMSLAECKSALGLSISDHEFTSAISNAHRCDVLLSDLSFNNFVSSYAKPDEKLSAYDLACCMRAGAKVVNANVLTKDQTPIVWHAKDFNSLSAEGRKYIVKTSKAKGLTFLLTINENQAVTQIPATSIVAKQGAGDAGHSSTWLWLLCGLVCLIQFYLCFFMPYFDTVRSFEGYDFKYIENGQLKNFEAPLKCVRNVFENFEDWHYAKFGFIPLNKQSCPIVVGVSEIVNTVAGIPSNVYLVGKTLIFTLQAAFGNAGVCYDIFGVTTPEKCIFTSACTRLEGLGGNNVYCYNTDLMEGSLPYSSIQANAYYKYDNGNFIKLPEVIAQGFGFRTVRTIATKYCRVGECVDSNAGVCFGFDKWFVNDGRVDNGYVCGTGLWNLVFNILSMFSSSFSVAAMSGQILLNCALGAFAIFCCFLVTKFRRMFGDLSVGVCTVVMAVLLNNVSYIVTQNLVTMIAYAVLYFFATRSLRYAWIWCAAYLIAYISFAPWWLCAWYFLAMLTGLLPSLLKLKVSTNLFEGDKFVGTFESAAAGTFVIDMRSYEKLANSISPEKLKSYAASYNRYKYYSGNANEADYRCACYAYLAKAMLDFSRDHNDILYTPPTVSYGSTLQAGLRKMAQPSGIVEKCVVRVCYGNTVLNGLWLGDIVYCPRHVIASNTTAAIDYDHEYSIMRLHNFSINSGTAFLGVVGATMHGATLKIKVSQTNMHTPRHSFKTLKSGEGFNILACYDGCAQGVFGVNMRTNWTIRGSFINGACGSPGYNLKNGEVEFVYMHQIELGSGSHVGSSFDGVMYGGFEDQPNLQVESANQMLTVNVVAFLYAAILNGCIWWLKGDKLSVEHYNEWAQANGFTAMNGEDAFSILAAKTGVCVERLLHAIQVLNNGFGGKNILGYSSLNDEFNINEVVKQMFGVNLQSGKTTSMFKSLSLFAGFFIMFWAELFVYTTTVWVNPGFLTPFMILLVALSLCLTSFVKHKVLFLQVFLLPSIIVAAIQNCAWDYHVTKVLAEKFDYNVSVMQMDIQGFVNIFICLFVALLHTWRFAKERCTHWCTYLFSLLAVLYTALYSYDYVSLLVMLLCAISNEWYIGAIIFRICRFGVACLPVAYVAYFGSVKTVLLFYMLLGFVSCMYYGLLYWINRFCKCTLGVYDFCVSPAEFKYMVANGLNAPDGPFDALFLSFKLMGIGGPRTIKVSTVQSKLTDLKCTNVVLMGILSNMNIASNSKEWAYCVETHNKINLCDNPETAQELLLALLAFFLSKHSDFGLGDLVDSYFENDSILQSVASSFVGMPSFVAYETARQEYENAVANGSSPQIIKQLKKAMNVAKAEFDRESSVQRKINRMAEQAAAAMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNMARNGVVPLSVIPATSASKLVVVVPDHDSFARMMVDGFVHYAGVVWTLQEVKDNDGKNVHLKDVTKENQETLVWPLILTCERVVKLQNNEIMPGKMKVKATKAEGDGGITSEGNALYNNEGGRAFMYAYVTTKPDMKYVKWEHDSGVVTVELEPPCRFVVDTPTGPQIKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEFVSNSHLLTHCSFAVDPAAAYLDAVKQGAKPVGNCVKMLTNGSGSGQAITSTIDSNTTQDTYGGASVCIYCRAHVAHPTMDGFCQYKGKWVQVPIGTNDPIRFCLENTVCKVCGCWLNHGCTCDRTAIQSFDNSYLNESGALVPLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR042515 Nsp15_N
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR009466 NSP11
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
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IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
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IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR009466 NSP11
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
2ZU2
E-value=0.0 Score= 613 Identity=96.69%
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3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
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GO:0005524 F:ATP binding
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
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GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
4090
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
419.942230000002
Exp number, first 60 AAs:
0.05038
Total prob of N-in:
0.01041
outside
1 - 1935
TMhelix
1936 - 1958
inside
1959 - 2004
TMhelix
2005 - 2027
outside
2028 - 2073
TMhelix
2074 - 2096
inside
2097 - 2102
TMhelix
2103 - 2121
outside
2122 - 2499
TMhelix
2500 - 2522
inside
2523 - 2728
TMhelix
2729 - 2751
outside
2752 - 2754
TMhelix
2755 - 2777
inside
2778 - 2783
TMhelix
2784 - 2801
outside
2802 - 2804
TMhelix
2805 - 2824
inside
2825 - 2830
TMhelix
2831 - 2853
outside
2854 - 3166
TMhelix
3167 - 3189
inside
3190 - 3282
TMhelix
3283 - 3305
outside
3306 - 3308
TMhelix
3309 - 3328
inside
3329 - 3332
TMhelix
3333 - 3350
outside
3351 - 3369
TMhelix
3370 - 3392
inside
3393 - 3404
TMhelix
3405 - 3427
outside
3428 - 3441
TMhelix
3442 - 3464
inside
3465 - 3470
TMhelix
3471 - 3493
outside
3494 - 4090
