Strain
Avian_KT886454
(Region: Poland; Strain: Infectious bronchitis virus isolate gammaCoV/Ck/Poland/74/2009, complete genome.; Date: 2009)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTGTTCTTTTATACGTCACATAGCCCCAAAGATTACGCTGATGCTTTTGCCTATAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTCCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAGAGTAACACCTGGTGTCCCAGCTAAAACTTTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCGGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCACCACTTGCACGGAAGTACCGTGAACTTTTGAAGACAGCATCCCAGTGGTCGCTTACTGTTGACACTCTGGATGCTCGTGCACAGACTCTTGATGAAATTTTTGCCCCCACTGAAATATTTTGGCTTCAGGTGGCAGCAAAAATTCAAGTCTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTCGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGAAGCATTGGGTTCAAATTTGAGTGCTCTTTTTCAAATTGTTAAAGAACAAATAGCCAAAATCTTTCAAAAGGCATTGGCTATTTTTGAGAATGTCAGTGAATTACCACAGCGTATTTCGGCACTAAAGATGGCTTTTGCTAGGTGTGCAAAATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGAGAGGGTTCTCGTAGTCAGAGAGTTTGCTGGGACTTGTCTTGCAAGTATTAACGGGGCCATTGCCAAGTTCTTTGAAGAACTGCCTAATGGATTCATGGGTTCTAGAGTCTTCGCAACGCTTGCCTTCTTTAAAGAAGCTGCTGTGAAAATTGTTGAAAATATACCAAATGCCCCAAGAGGTACTAAAGGTTTTGAAGTTGTTGGCAATGCCAAAGGAACACAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACCTAACTTTGCTCGATCAACGATCTGACATTCCTGTTGAGCCAGAGGGTTGGTCTGCAATTTTGGAGGGACATCTCTGCTATGTCTTTAGAAGTGGTGATCGGTTTTACGCTGCACCTCTTTCGGGAAATTTTGCATTGCACGATGTACATTGCTGCGAGCGTGTAGTTTGTCTGTCAGATGGTGTAACACCGGATATAAATGATGGGCTCATTCTCGCTGCAATATACTCATCTTTTAATGTCACAGAGCTTGTGGCCGCACTTAAAAAGGGTGAGCCATTCAAATTTTTGGGACACAAGTTTGTCTATGCAAAGGATGCAGCAGTCTCGTTTACACTAGCGAAGGCTGCAACTATAGCAGATGTTTTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTAAAAGCAGAAGACATTTGGTCTTCGTTTACTGAAAAGTCTTTTGAATTCTGGAAGCTTGCGTATGGAAAAGTGCGCAACCTCGAAGACGTCGTGAAGACTCATGTTTGTAAGGCTCAAATGTCAATTGTTATCCTAGCCGCAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCAGCTCGTTTCTCAAGTCATCTATAAAATAAGTGGTTTCTTTTCTAAAGTTGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAAGGTTTCTGTGCACAGGTGAAAAGAGCTAAGCTCATTGTGACTGAAACTTTTTGTGCTCTTAAAGGAGTTGCACAGCATTGTTTTCAAATGTTGCTGAATGCATTCCATGCCTTCTACATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATCCATGGGGACTTGCTCTTCTGGAGAGGTGGTGTGCACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAATTTGGTTTGACGCCATTGACAGCGTTGATGTTGAAGACCTGGGTGTTGTTAAAGAAAAACCGATTGATTTTGAGGTTTGCGAAGATGTAACACTCCCAGAAAACCAACCAGGACACATGGTTCAAATCCAAGATGATGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTTAAGAAGGATGAGAACATTTACTATACACCAATGTCACAGCTTGGTGCTATCAATGTGGTCTGCAAGGCAGGCGGTAAAACCGTAACCTTTGGAGAAACTACTGTGCAAGAAATACCACCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTCAGCATTGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACTATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGATCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGACGATCTCAAACTATTTCCGGAGGCACCAGAACCTCCACCTTTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAAGAACGGGAAAGATTTGGATTGTATAAAATCATGCCACCTTATCTACCGTGATTGTGAGAGCGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAAGAATGTGACACAGATTCAGCTGATGATGAGGAGTGTGACACCGCCTCAGAATGTGAAGAAGAGGATGAGGACACTAAAGTGCTGGCCCTTCTACAGGACCCAGCAAGTAATAAGTACCCCTTACCTCTTGATGAAGACTATAGCGTTTACAATGGGTGCATTGTACATAAAGACGCTCTTGATGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACCTTCGTTGTTAACAACTGTTTTGATGGAGCTGTTAAACCGCTGCCGCAAAAAGTTATTGACGTTCTCGGTGATTGGGGTGAGGCTGTTGATGCGCAAGAACAGCTGTGTCAACAGGAACACGCTCAAAACAATTCTGAAGGACCAGTGGAAAATTCTACTGATGGTTTTAAAGAGAAGGAATTAATTCCCGTTGTTGAAGACGAACAAGCGGTAGTTGTTTACACCCCTGCTGAGCTACAAGTTGTTGATGAAACACCAGATGAGTTTATTCTTACTGCTGATGTTTCTACAGAAGAATTTGTGTCTCAAGAAGAAAAGGAGCCACAGGTCGAACAAGAGCATGTTCAGGTTGCTAAAGCGCAACGTGAAAGGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAACCAACTACATGTGAAAAACCCGAGTATTTGGAGTATAAAACATGTGTAGGTGATTTGACTGTAGTAGTTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAATTCTGCCTTGTAAACGCTGCAAATGAGCATATGTCTCATGGGGGCGGTGTTGCAAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCAGATTTTGTAGAATATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAGCAACGACTTGTCACACCTTCATATGTTAGAGGCATTCAATGTGTGAATAATGTTGTTGGACCACGCCATGGAGACAGTAACTTGGAGGATAAACTCGTTGCTGCATACAAGAATGTGCTTGTAGACGGTGTTGTAAATTATGTTGTTCCTGTTCTCTCATCAGGAATCTTTGGTGTAGACTTTAAATTGTCAATAGACGCAATGCGCAAAGCCTTTGAGGGTTGTGACATACGCGTTTTGCTCTTCTCTCTGAGTCAAGAACACATCGAGTACTTTGATGCAACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGATGATGGTGTGAAATACCGCTCTGTTATTGTGAAACCTGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCAAAGAATAAGACAGTTTTTACAGCAGATGATGTAGACGATAAAGAAATTCTCTTTACGCCTACTACTGACAAGACTGTTCTTGATTATTACCATTTAGATGCGCAAAAGTATGTGATATATTTACAAACTCTTGCGCAGAAGTGGAATGTCCAGTATAGGGACAATTTTATTGTATTGGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGGTTAGTTCAGCAATAGTACTCCTTCAAGCTGCTAAGGTGAAGTTTAGAGGTTATCTTGCAGAAGCATGGGCCAAGTTCTTAGGTGGAGATCCTACAGAATTTGTTGCATGGTGTTATGCGAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGAATTTTCAGATGCCAACTGGCTTTTGGCTAATTTGGCAGAATATTTTGATGCAGATTACACGAACGCATTTCTTAAGAAGCGCGTATCATGTAACTGTGGTGTTAAGAGTTATGAGCTTAGGGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTGAGGGCACCTAACCTTCTACATTTTAAGACGCAATATTCAAATTGCCCAATCTGTGGCGCAACTAGTACGGATGAAGTAACAGAAGCTTCATTACCATACTTATTGCTCTTTGCTACTGATGGTCCAGCTGCAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAACAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGACAATCTTGCTAAAGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCTCCTTACATTACTGCAATGTATACACACTTCTCTCTTAAGGGTGAAAATCCTTTACCTGTTGTTAAACAGAGTAAAGGAAAAACTAAAGTTGTAAAAGAGGATGTTTCTAATCTTGCCACTAGTTCTAAAGTCAGTTTTGATAATCTTACTGATTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTACGAGTGTCTTAGAGTACAGGAAATGCCTGATAATTTTGATGAATATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCATTGACGCTTAAAGTTAGAGGTATTAGATCAGTTGTCGATTTTAAATCAAAGGATGGTTTTATTTACAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAGGCACCAGTGTACTACCCGGTCTTAGATGCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTTGAAGGTACTGCAAATTTTCTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAATCTCTTCGCATTCCCACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAAATAGGAGAAAAAGTTGATGGTGTGACTACTGGTCTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTGGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCAATTGTTGGGACCAGTGTTGTTACTACACAATGTGGTAA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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVAKDIPEQLCDALFFYTSHSPKDYADAFAYRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDRVTPGVPAKTLKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRELLKTASQWSLTVDTLDARAQTLDEIFAPTEIFWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTAKVMEALGSNLSALFQIVKEQIAKIFQKALAIFENVSELPQRISALKMAFARCAKSITVVVVERVLVVREFAGTCLASINGAIAKFFEELPNGFMGSRVFATLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQRSDIPVEPEGWSAILEGHLCYVFRSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPDINDGLILAAIYSSFNVTELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVKAEDIWSSFTEKSFEFWKLAYGKVRNLEDVVKTHVCKAQMSIVILAAVLGEGIWQLVSQVIYKISGFFSKVVDFCEKHWKGFCAQVKRAKLIVTETFCALKGVAQHCFQMLLNAFHAFYMSFKKCALGRIHGDLLFWRGGVHKIVQDGDEIWFDAIDSVDVEDLGVVKEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIQDDGKNYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGETTVQEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDCESDDDIEEEDAEECDTDSADDEECDTASECEEEDEDTKVLALLQDPASNKYPLPLDEDYSVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFDGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLCQQEHAQNNSEGPVENSTDGFKEKELIPVVEDEQAVVVYTPAELQVVDETPDEFILTADVSTEEFVSQEEKEPQVEQEHVQVAKAQRERKAKKFKVKPTTCEKPEYLEYKTCVGDLTVVVAKALDEFKEFCLVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSYVRGIQCVNNVVGPRHGDSNLEDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKLSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIEYFDATCKQKTIYLTDDGVKYRSVIVKPGDSLSQFGQVFAKNKTVFTADDVDDKEILFTPTTDKTVLDYYHLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFIVLEWRDGNCWVSSAIVLLQAAKVKFRGYLAEAWAKFLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGEFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKKRVSCNCGVKSYELRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPICGATSTDEVTEASLPYLLLFATDGPAAVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYTHFSLKGENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKVSFDNLTDFEQWYDSNIYECLRVQEMPDNFDEYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIRSVVDFKSKDGFIYKLTPDTDENSKAPVYYPVLDAISLKAIWVEGTANFLVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGEKVDGVTTGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVVTTQCGKLLSKAATLIADKLGGGVVRNITDRVKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSKPVIFTGIRILDFLFEGSVCGPYNDYGKDTFDVLRYCEDDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQFYKSAVYGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDITCEVCKKVVRSNRQEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDEYGHQNTFVSPEVAGELSDKLKRHVKPTAYAYHVVDDACVVDGFINLKYKAAIPGTDSASPAVKCFSVTDFLKKAVFLKEALKCEQIFNDSFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQCLCKPILILDQALYEQLVVEPVAKCVVDKVCSILSNIISVDTAALNYKAGTLRDCLLSVTKDEEAVDMAIFCHNHGVEYTTDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPQVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGGRFFITKSGAKQVFSCHIQKLLVEKKAGGVTSDTFKWLKSCFKWLFIFYILFTACCLSYYYVGMDRSFVHPMYDVNSTLHVEGFKVIDKGVIREIVSEDTCFSNKYINFDAFWGKPYENNRNCPIVTAVIDSDGTVAAGVPGFVSWVLDGAMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNIPQLYCFNGDNDAPGALPFGSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQIMHTPYIAKFISDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFIGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWFINAFILCVHSYNSVVAVILLVLYCYVSLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIIPIWLACFYLGFILYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGPEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRSSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVERCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLSLANNHEFEITTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANAETPKYKFLKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWFYAAIISVKESSFSLPKWVESTTVSIEDYNKWAGDNGFTPFSTCTAITKLSAITGVDVCRLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSFVKKATSWFWSRCVLACFIFVLCAVVLFTAVPLKYYVHAAIVLLAAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPFIYNTLVSQIVIYVSQWYDPVVFDTLVPWMFLPLVLYTAFKCVQGCYMNSFSTKLLMLYQFMKLGFVIHTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHITVLANVSSNSLIGLVVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMINGMGWLCTCYFGLYWWINRVFGLTLGKYSFKVSVEQYRYMCLHKIPPPKSVVEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKSGCVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGSGLTYCISGGNIAWPLKVNLTRNGHNRVDVALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQYKGSFVQIPTTERDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPSVQSAAGVADYDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 650 Identity=89.66%
Cov(Q)=9.08% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3941
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
394.5417
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00331
outside
1 - 1706
TMhelix
1707 - 1724
inside
1725 - 1736
TMhelix
1737 - 1754
outside
1755 - 1833
TMhelix
1834 - 1856
inside
1857 - 1875
TMhelix
1876 - 1898
outside
1899 - 2270
TMhelix
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inside
2291 - 2547
TMhelix
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outside
2571 - 2574
TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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outside
3109 - 3112
TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
3269 - 3287
TMhelix
3288 - 3310
outside
3311 - 3941
