Strain
Feline_KU215421
(Region: Belgium; Strain: Feline coronavirus isolate Cat2_day21_deletion, complete genome.; Date: 2013)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGCCACCCTTTCCGTGACGTAGTTCAGGAAATTAAGTACTGCTATCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATAYCGCCGTGACCTAGTTGATTGCAATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGCTGCAGGGTTTCCTCCTTAGAACCAACTGCAACGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGATCAATACATGTGCGGTGCTGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGTGAGTTTAAGGATTACTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGAGAGGAGTACCATTGTGCCTGGCTAACAGTGCGCGATGAAARACCTTTGTGTCAACAAAATCTCCTCACAATTAAGGAAATCCAATACAATCTGGACATCCCACACAAGTTGCCAAATTGTGCTATCAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAATTCTAAGGTCGTGCTTTCTGAAGATTACAGAAAATTGTACGACATCTTCGGTTCACCATTTATGGGTAATGGAGATAGTCTTAACAAGTGTTTTGCTAATCTTCATTTTATCGCTGCTACACTTAAGTGCCCTTGTGGTGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGACTGGACTGGGTTTAAGACCGCTTGCTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTCAAGCCTGGTGATGCTGTCATCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTTAAATTCTTTGCTAATAGTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTTGAAAATGTCTCCGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAACGAGACCGTTTGCACCAATGACTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATCAAACCAGAAAGTACTTCACCTGTCGCATGCTCTATTAAGAGAGCTTTTATTACTGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAACCTCTTTGGTAGTGCTAATCTACTTTTTAAAAAGATACCCTGGTTTGTACAAAAGTGCGGTGCGATTTTTTCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTTCAACTTACATACAAGCAAATCTATGATGTAGTGGCATCTCTCTGCACTTCTGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTTAAGACTCTCGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAGGCCTTCGATGTCTTCACACAGACCATTACAATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGGTTTGTGCTTGGTTCTAAGTACTTGCTTTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAATGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGCCTTGATAGTGCATTCTTTGCCACTAATTTGATTGGTGCTACTGTTAATGTGACACCACAAAGGACTGAGGCAGCCAATATTAGTTTGAATAAAGTAGACGATGTTGTCACACCAGGTGAAGGTCATATTGTCGTTGTTGGCGACATGGCTTTCTACAAGAGCGGTGAGCACTATTTTATGATGGCAAGTCCTGATTCAGTCCTTACTAACAATGTTTTCAAAGCAGCTCGGGTGCCATCTTATAACATCATTTATGATGTGGATGACGACACCAAGAGTAAGATGGCAGTCAAAATCGGAATGTCATTCGAGTTTGATGGTGATGTGGATGCTGCTATTGTTAAGGTTAATGATTTACTTGTTGAGTTCAGACAAGAGAAGCTTTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCTTGGTTGAGGCATACTTTAAGAAATACAAAATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTCGGTTTGTGGGACATTATAAAACGAGATTCTGACAAGAAGGGTTTTCTTGACACCTTCAATCATCTTAATGAGTTGGAGGATATCAAGGATACAAAGATTCAGGCCATTAAAACCATTCTTTGTCCTGACCTTCTGCTTGAATTAGATTTTGGTGCCATCTGGTATAAATGTATGCCCACATGTTCTGACACATCCGTCTTAAGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGGTTTGTGATGGCTGTCACAGCTTGGCTAACCGTCTAACAGTTAATTACAGCAGACTCTGCGACACAGCTCGTAAGAATGTTAAAATAGGCGGTATACCATTTACCACTTTTAAAACACCATCTAATAGCTTTATTGATATGAAAGATGCCATTTATTCTGTAGTTGAATATGGCGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGCACCGTCACAAATGATGACTGGTCAGATCCCATCTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATACACCTTTTACAAGGATGAAGACGATCATTTTTATCCATACGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGACAAGTCAGTGTCGTTTTCAGATAATGTTAATGTTAGAGAGATAGAACCTGTTACACGTGTCAGGCTAGAATTTGAGTTTGACAATGAGGTGGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACCAAATACAAGTTTACAGGTACCACTTGGGAAGAGTTTGAAGATTCTATCTCTGAGAAACTTGACAATATTTTTGACACGCTTGCTGAGCAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTATTTCATTTATGACACATGCGGTGGATTTGACATTAATAACCCAGATGGTGTTATGATTTCACAATACGATCTTAACACAGCTGCTGATGACAAAAGCGACTCTGATGCAAGCGTGGAAGATATCTCTTTGATTTCTGACAATGAAGGTGTTGAACAAATTGAAGAGGATAACACTTCAACCGCTGACGCTGAAGATGTTTCAGAAACCGTGTCAGTTGTCGCTGTTGAGGACTCTGTTGAACAAGTTTCTCTCGTAGAAGAAAATAGTGTTTTAACTCCTGCTGTAAACCCTGATGAGCAACTCTCCTCAGTAGAGGAAAACGCTGAAGTCTCTGCTAAAAATGACCCGTGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGACACCATTTAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGCTGTTATCAATTGCAAGCCTTTGATTTCTTTAACCATGATTTGTGGGACGGTTTTAAGAAAGATGATGTTATGCCTTTTGTAGAATTTTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAGCAGGGTGATTCAGGGGATGCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTCACACTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTTAAGGAGATAGTTTTAGAACGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAGGAATGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAGCAAATTAACATGTGTAAGTTTGCTAGCGTGGAAGGCTCTGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAACGCCTGTGTCACAATTCATTGTGCCACCTACTATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAATGGTCATTACATGATTGATGATTGTGTTCAAGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAGCYGACTCTAAAACTATGGTTGAACTACATGTGCCCGTAAAGGATAAGTGCATAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGACCTTATATTACCCTTTTATACAGCGGGAAAAGTTTCATTTTACCAAGGAGATTTAGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAGCCTGATGTTGTTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAGACACTTAGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTATTTACAGGTGGTAGGTTAACAAAACGCTCTAAAGAATATTTTAAATCCAACAAAGCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTAAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTCGAGGGTAAACTTTGTAATGTTTACAAAGCAATTGCCAAGTGTGATGGTAAAATATTGACACCACTTATTAGTGTTGGTATTTTTAAAGTCAAACTGGAAACGTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGATTTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAATTACCATAGAAAATTTTTTCAATGGTACTATCCCTGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTGAATCATAAGCGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTTAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGATAAAGATGTCACTAACCAGTTGCCTAGTGTGTCAGATGCCGGTGAGAAGGTTGTTAAAGCGCTAGATGTTGATTGGAACGCACATTATGGTTTTATAAATGCTGCAGCTTTTAGTGCCAGCTCCCATGATGCTTATAAATTTGAGGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGCTGGGTTAATGCCATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCAACCTGGAAATTTCCTGGTGTTAAAAGCTTATGGAATGATTTTCTCGTGCGTAAAACTGCTGGTTTTGTACATATGTTGTATCACATCTCAGGCTTAAGAAGGGGACAACCCGGTGATGCTGAATTGACCCTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTTAAGTGATGGCACAGTGAC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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSHPFRDVVQEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCNRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFLLRTNCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEXPLCQQNLLTIKEIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEDYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFANLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVITSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTNDFEGELNDFIKPESTSPVACSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKIPWFVQKCGAIFSDAWKVVEELLCSLQLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKTLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKWFVLGSKYLLFNNALVKLVNVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVVVGDMAFYKSGEHYFMMASPDSVLTNNVFKAARVPSYNIIYDVDDDTKSKMAVKIGMSFEFDGDVDAAIVKVNDLLVEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYFKKYKMPVCLKNHVGLWDIIKRDSDKKGFLDTFNHLNELEDIKDTKIQAIKTILCPDLLLELDFGAIWYKCMPTCSDTSVLSNVKIMLGNGVKVVCDGCHSLANRLTVNYSRLCDTARKNVKIGGIPFTTFKTPSNSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVTNDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVNVREIEPVTRVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWEEFEDSISEKLDNIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAADDKSDSDASVEDISLISDNEGVEQIEEDNTSTADAEDVSETVSVVAVEDSVEQVSLVEENSVLTPAVNPDEQLSSVEENAEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLTPFKTTNLNGKIILKQQDNNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKDDVMPFVEFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLRNEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQTPVSQFIVPPTMHAVYTGTTQNGHYMIDDCVQDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTADSKTMVELHVPVKDKCIEECQSPKDLILPFYTAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVVVNAANGDLRHLGGVAKAIDVFTGGRLTKRSKEYFKSNKAIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLETSLQCLLKTVTDRDLNVFVYTDQERITIENFFNGTIPVKVTEDTVNHKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWNAHYGFINAAAFSASSHDAYKFEVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWNDFLVRKTAGFVHMLYHISGLRRGQPGDAELTLHKLGELMLSDGTVTITHTTACDKCAKTEIFTGPVVAAPLLVYGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFCTETVPKNQLAKEPVKTRVFSEVGATPKTIVHEPQLLAIESGVDYTITTLGKYADVFFMAGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFRDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYIKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVMHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFIFLAVFGNNYVRCFLMYFVSQYLNLWLSYLGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFLPCNNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSIKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKSLEECYKACNLDVTFSTFEMAINNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSSLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKSGSGFFDVLKQLKQIFWCLVLFITIYGLCSIYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGTAVSKGSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICASSTMGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIVIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAITYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYAGSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWIGDEVICPRHVIASDTXRVINYENELSSVRLHNFSIAKGNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKPGDSFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVIAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKXLFYPMMTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPAFVSVILAITTLVSVILVVGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNVVWDMTYYESLQVIVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVIVFVTYTVRFFTCKQSWFSLFVTTGFVVFNIVKLLGMIGEPWTDDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFVSYKLAYYIVVYVMHPAFVQDFGFIKCVSVIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAAAATRLIVVTPNLEVLSKIRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGASVHLKEVTATNELNITWPLSLTCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASEGGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATIDQELFKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGVVAEHDFFSYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGLGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFQKYFKHWDRTYHPNCCDCTSDDCIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFSQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVCKYFDCYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMILGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNTCNNVTVKSIQRKIYDNCYRSSSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKTAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLGGLSYYCTEHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAIGSEDVDDFNKLAVSDWTNVEDYKLANNVKEPLKIFAAETVKAKEESVKAEYAYAILKEVVGPKEVVLQWESSKIKPPLNRNSVFTCFQINKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTTKLAPGMIFVLTSHNVSPLKASILVNQEKYNTISKLYPTFNIAEAYTTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKASKNFNVDKCSRIIPQRIRVDCYMGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEANCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGTLQPEDYNVVTQRMCKLGPDVFLNKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFLPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLAHNQKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHAINVNRFNVAITRAKVGILCVMCDRKMYDNLDFYELKDSKIGLQAKPETCGLFKDCSKNDQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGLKDVKYANVISYMGFRFEANVPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGENIGTNVPLQLGFSNGVDFVVQPEGCVVTERGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRRGQSWHIVRRRIVQMICDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGKPQKCECGKMATCYGSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKRVDWSIVYPFIDNEEKINKAGRIVQSHVMRAALKVFSPAAIHDVGNPKGIRCVTTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPLPFFYYDDSDCEFIDGQLNYVPLKANVCITKCNIGGAVCKRHAALYRAYVEDYNTFVQAGFTIWCPQNFDTYMLWQGFVNGKALQSLENVAFNVVKKGAFADLKGDLPTAVVADKIMVRDGPTDKCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATYKFVLWDYEAECPFSNFTKQVCAYTDLDGEVVTCFDNSISGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVENKPITWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLARMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIVKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSSEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGANGVAPGTTVLKRWLPDDAILVDNDMRDYVSDADFSVTGDCTNLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGDNTSKDGFFTYINGFINEKLSLGGSVAIKITEFSWNKSLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYCDKTIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNTLVVNLKERELNDMVVGLLRKGKILIRNNGKLLNFGNHFVNTP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1110 Identity=58.84%
Cov(Q)=13.93% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6696
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
422.001319999994
Exp number, first 60 AAs:
0.00063
Total prob of N-in:
0.00059
outside
1 - 1846
TMhelix
1847 - 1865
inside
1866 - 1904
TMhelix
1905 - 1927
outside
1928 - 1987
TMhelix
1988 - 2010
inside
2011 - 2016
TMhelix
2017 - 2036
outside
2037 - 2040
TMhelix
2041 - 2063
inside
2064 - 2412
TMhelix
2413 - 2435
outside
2436 - 2507
TMhelix
2508 - 2530
inside
2531 - 2670
TMhelix
2671 - 2693
outside
2694 - 2702
TMhelix
2703 - 2725
inside
2726 - 2731
TMhelix
2732 - 2754
outside
2755 - 2757
TMhelix
2758 - 2780
inside
2781 - 3197
TMhelix
3198 - 3220
outside
3221 - 3224
TMhelix
3225 - 3247
inside
3248 - 3253
TMhelix
3254 - 3276
outside
3277 - 3295
TMhelix
3296 - 3318
inside
3319 - 3324
TMhelix
3325 - 3347
outside
3348 - 3374
TMhelix
3375 - 3397
inside
3398 - 3405
TMhelix
3406 - 3428
outside
3429 - 6696
