Strain
Avian_KU356856
(Region: China; Strain: Infectious bronchitis virus strain ck/CH/SCYB/140913, complete genome.; Date: 14-Sep)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAATTATGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACATGACCCCAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCCATTAGGCAGAAGTTTGACCGTAACCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTCTTAAAAGCCACCTCTAAACTGGCTGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTCTTGCACGTAAATATCGTGATTTGTTGAAGACAGCATGCCAGTGGTCTCTCACTGTGGAAACACTGGATGCTCGTGCGCAAACTCTTGATGAAATCTTTGACCCAACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTAGCTTCAAAGATCCAGGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGACTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAGAGTCATGGAATCTCTAGGTTCAAATTTGAGCGTTCTTTTTCAAGTTGTTAAAGAACAAATAGTCAGAATCTTTGAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAGAGTGTGAATGATTTACCACAGCGTATTGCAGCACTAAAAATGGCTTTTGCCAAGTGTGCGAAATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGGAAAGACTCTTCTTGTTAAAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCTATTGCAAAGGTTTTTGAAGAACTGCCAACTGGCTTTATGGGTGCCAAAATTTTCACAACACTTGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTCTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAATAGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAATTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTATTATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATTTGGCATCTTGTTTCACAGGTCATCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAGGGTTTCTGTGCACAACTTAAAAAGGTTAAGCTCGTTGTCACAGAAACTTTTTGTGTTCTTAAGGGAGTGGCACAGCATTGTTTTCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTTTGTATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGTGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGATGAGAACATCTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACTGTTACTTTTGGAGACACCATTGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACTGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAATGTGCGACGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCACCGCCATTTGAGAATGTCGCACTTGTTGATAAAAACGGTAAAGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGTGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGATACTGATTTAGAATGTGAAGAAGAGGATGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCTGCAAGTAATAAATACCCTCTTCCTCTTGATGATGATTATAGCGTCTTTAATGGATGTATTGTACATAAGGACGCTTTTGACGTCGTAAATCTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTCAACAACTGCTTTGAGGGAGCTGTAAAACCACTGCCTCAGAAAGTTGTTGATGTTCTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCGCAAGAGCAAATTGCACAAACTACTTCAGAGGAAACCCCTATCAGTAGTTTGGAGGCAACTATTGAGCAAGTTGTTGTTGAGGAACAGAAAATAATTTCTGTTGTTGAAGAAGAACAGCAGGTGGCGGTCTACACACCTGCAGACCTACAAGTTGTTGAAGAAACACTAGATGAGTTTATTCTTATTGCTGATGTTTCCACAGAAGAAATTGTGCCTCATGAAGAGAAGGAGTCACAGATTGAACAGGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACAACGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAATCTACTACATGTGAGAAACCCAAATTTTTGGAGTACACAACATGTGTGGGTGACCTAACGGTAGTGATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGTGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAGACTTGTCACACCTTCATTTGTCAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGTAACTTGCATGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCCTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTTGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCGACATACGCGTTCTTCTTTTCTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGTTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGCTACTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACCGGTTTTTGCTAGAAACAAGACAGTCTTTACAGCAGACGATGTTGAGGACAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTCCTCGAATATTATGGTTTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTTGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAGATTAGGTTTAAAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCACAACTTTTGGGTGGAGACCCAACTGATTTTGTAGCCTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAATGTTGGTGAGTTTTCAGATGCTAATTGGCTTCTTGCTAATTTGGCAGAATACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGATAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTACTAACAGTGGCCATTGTTATACACAAGCCATTGGTAAGGCTTTTGACAATCTTGCTAAAGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCTCCTTACATTACTGCAATGTATACACACTTCTCTCTTAAGGGTGAAAATCCTTTACCTGTTGTTAAACAGAGTAAAGGAAAAACTAAAGTTGTAAAAGAGGATGTTTCTAATCTTGCCACTAGTTCTAAAGTCAGTTTTGATAATCTTACTGACTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTACGAGTGTCTTAGAGTACAGGAAATGCCTGATAATTTTGATGAATATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCATTGACGCTTAAAGTTAGAGGTATTAGATCAGTTGTTGATTTTAAATCAAAGGATGGTTTTACTTACAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAGGCACCAGTATACTACCCTGTCTTAGATGCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTTGAAGGTACTGCAAATTTTCTTGTTGGTCATCCAAACTACTATAGTAAATCTCTTCGCATTCCCACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAAATAGGAGAAAAAGTTGATGGTGTGACTACTGGTTTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTGGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCAATTGTTGGGACCAGTGTTGTTACTACACAATGTGGTAAATTACTTAGTAAAGCAGCTACATTCAT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVAKDIPEQLCDALFFYTSHDPKDYADAFAIRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRDLLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDPTEILWLQVASKIQVSAMAMRRLVGEVTARVMESLGSNLSVLFQVVKEQIVRIFEKALAIFESVNDLPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVGKTLLVKEFAGTCLASINGAIAKVFEELPTGFMGAKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSSSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQIEDVWSAFTEKSFNFWKFAYGKVRNLEEVVKTHFCKAQMSIIILAAVLGEGIWHLVSQVIYKVGGLFTRVVDFCEKHWKGFCAQLKKVKLVVTETFCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTIVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTDLECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVFNGCIVHKDAFDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGEAVDAQEQIAQTTSEETPISSLEATIEQVVVEEQKIISVVEEEQQVAVYTPADLQVVEETLDEFILIADVSTEEIVPHEEKESQIEQEPIQVVKSQREKKAKKFKVKSTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLHDKLVAAYKNVPVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDVTCKQKTIYLTEDGVKYRSATVKPGDSLSQFGPVFARNKTVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWINAAVVLLQAAKIRFKGFLAEAWAQLLGGDPTDFVAWCYASCNANVGEFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVIEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSTNSGHCYTQAIGKAFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYTHFSLKGENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKVSFDNLTDFEQWYDSNIYECLRVQEMPDNFDEYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIRSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSKAPVYYPVLDAISLKAIWVEGTANFLVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGEKVDGVTTGFWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVVTTQCGKLLSKAATFIADKVGGGVVRNITDRIKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVIFTTLFILWFMYTSKPVTFTGTRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKDAASGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFMDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKLYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDDFVNLKYKAATPGKDGAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKSVVNKVCDILSRIISVDTASSDYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVISGTFNWFKSCCKWLLIFYVLFTLCCLGCYHMETNKSFVHSMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVPEDACFSNKFANFDAFWGKPYVNSRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGHNDAPGALPFSSITPHRVYFQPNGVRLIIPQQIMHTPYVVKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLLFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGTYDLAAKSTFVIRGPEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSVVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLNLANNHEFEVVTQNNVTLNVVSRRLKGAVLILQTAVANAETPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSPGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLDSTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSFVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPFIYNTLISRIVVFVSQWYDPVVFDTMVPWMFLPLVLYTAFKCVQGCYSVNSFNTSLLVLYQFLKLGFVIYASSSTLAAYTEGNWDLFFELVHTTVLANVSSNSLIGLFVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVIINGFGWLFTCYFGVYWWINKVFGLTLGKYEFKVSVDQYRYMCLHKINSPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVDLHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGSGLTYCVSGDNIAWPLKVSLTRNGHNRVDVALQNNELMPHGVKTRACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCLFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPSVQSAAGVADFDKNYLNRVRGSSEARLIPLSIGCDPDVVKRAFDVCNKESAGMFQNLKRNCARFQEVRGTEDGNFEYLDPYFVVKQTTPSNYEHEKNCYYDLKSEVTADHDFFVFNKNIYNISRQRLTKYTMMDFCYALRHFDPKDCEVLKEILVTYGCIEDYHPKWFEENKDWYDPIENPKYYAMLAKMGPIVRRALLNAIEFGNLMVEKGYVGVVTLDNQDLNGKFYDFGDFQKTAPGAGVPVFDTYYSYMMPIIAMTDALAPERYFEYDVHKGYKSYDLLKYDYTEEKQELFQKYFKYWDQEYHPNCRDCSDDRCLIHCANFNILFSTLIPQTSFGNLCRKVFVDGVPFIATCGYHSKELGVIMNQDNTMSFSKMGLSQLMQFVGDPALLVGTSNNLVDLRTSCFSVCALASGITHQTVKPGHFNKDFYDFTEKAGMFKEGSSIPLKHFFYPQTGNAAINDYDYYRYNRPTMFDIRQLLFCLEVTSKYFECYEGGCIPASQVVVNNLDKSAGYPFNKFGKARLYYEMSLEEQDQLFESTKKNVLPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQFHQKILKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLRNLIQGVEDPILMGWDYPKCDRAMPNLLRIAASLVLARKHTNCCTWPERIYRLYNECAQVLSETVLATGGIYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNIIQATSANVARLLSVITRDIVYDDIKDLQYELYQQVYRRVNFDSAFVEKFYSYLCKNFSLMILSDDGVVCYNNTLAKQGLVADISGFREILYYQNNVYMADSKCWVEPDLEKGPHEFCSQHTMLVEVDGEPKYLPYPNPSRILGACVFVDEVDKTEPVAVMERYIALAIDAYPLVHHENEEYRKVFFVLLSYIRKLYQELSQSMLMDYSFVMDIDKGSKFWEQEFYENMYRAPTTLQSCGVCVVCNSQTILRCGNCIRKPFLCCKCCYDHVMHTDHKNVLSINPYICSQPGCGEADVTKLYLGGMSYFCGNHKPKLSIPLVSNGTVFGIYRANCAGSENVDDFNQLATTNWFTVEPYILANRCSDSLRRFAAETVKATEELHKQQFA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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009003
Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR040795 Nsp1a_N
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009466 NSP11
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1162 Identity=61.09%
Cov(Q)=14.11% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6611
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
379.104219999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00403
outside
1 - 1697
TMhelix
1698 - 1715
inside
1716 - 1727
TMhelix
1728 - 1745
outside
1746 - 1824
TMhelix
1825 - 1847
inside
1848 - 1866
TMhelix
1867 - 1889
outside
1890 - 2538
TMhelix
2539 - 2561
inside
2562 - 2565
TMhelix
2566 - 2588
outside
2589 - 2591
TMhelix
2592 - 2611
inside
2612 - 2623
TMhelix
2624 - 2646
outside
2647 - 2868
TMhelix
2869 - 2886
inside
2887 - 3076
TMhelix
3077 - 3099
outside
3100 - 3103
TMhelix
3104 - 3123
inside
3124 - 3134
TMhelix
3135 - 3157
outside
3158 - 3176
TMhelix
3177 - 3199
inside
3200 - 3205
TMhelix
3206 - 3228
outside
3229 - 3237
TMhelix
3238 - 3260
inside
3261 - 3279
TMhelix
3280 - 3302
outside
3303 - 6611
