CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Porcine_KX083668 (Region: China;  Strain: Transmissible gastroenteritis virus isolate HE-1, complete genome.;  Date: 2015)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,  spike protein
Location
KX083668(+):20365-24708
GenBank Accession
APQ31244.1
 

Sequence

CDS
ATGAAAAAACTATTTGTGGTTTTGGTCGTAATGCCATTGATTTATGGAGACAATTTTCCTTGTTCTAAATTGACTAATAGAACTATAGGCAACCAGTGGAATCTCATTGAAACCTTCCTTCTAAACTATAGTAGTAGGTTACCACCTAATTCAGATGTGGTGTTAGGTGATTATTTTCCTACTGTACAACCTTGGTTTAATTGCATTCGCAATGATAGTAATGACCTTTATGTTACACTGGAAAATCTTAAAGCATTGTATTGGGATTATGCTACAGAAAATATCACTTGGAATCACAGACAACGGTTAAACGTAGTCGTTAATGGATACCCATACTCCATCACAGTTACAACAACCCGCAATTTTAATTCTGCTGAAGGTGCTATTATATGCATTTGTAAGGGCTCACCACCTACTACCACCACAGAATCTAGTTTGACTTGCAATTGGGGTAGTGAGTGCAGGTTAAACCATAAGTTCCCTATATGTCCTTCTAATTCAGAGGCAAATTGTGGTAATATGCTGTATGGCCTACAATGGTTTGCAGATGAGGTTGTTGCTTATTTACATGGTGCTAGTTACCGTATTAGTTTTGAAAATCAATGGTCTGGCACTGTCACATTTGGTGATATGCGTGCGACAACATTAGAAGTCGCTGGCACGCTTGTAGACCTTTGGTGGTTTAATCCTGTTTATGATGTCAGTTATTATAGGGTTAATAATAAAAATGGTACTACCGTAGTTTCCAATTGCACTGATCAATGTGCTAGTTATGTGGCTAATGTTTTTACTACACAGCCAGGAGGTTTTATACCATCAGATTTTAGTTTTAATAATTGGTTCCTTCTAACTAATAGCTCCACGTTGGTTAGTGGTAAATTAGTTACCAAACAGCCGTTATTAGTTAATTGCTTATGGCCAGTCCCTAGCTTTGAAGAAGCAGCTTCTACATTTTGTTTTGAGGGTGCTGGCTTTGATCAATGTAATGGTGCTGTTTTAAATAATACTGTAGACGTCATTAGGTTCAACCTTAATTTTACTACAAATGTACAATCAGGTAAGGGTGCCACAGTGTTTTCATTGAACACAACGGGTGGTGTCACTCTTGAAATTTCATGTTATACAGTGAGTGACTCGAGCTTTTTCAGTTACGGTGAAATTCCGTTCGGCGTAACTGATGGACCACGGTACTGTTACGTACACTATAATGGCACAGCTCTTAAGTATTTAGGAACATTACCACCTAGTGTCAAGGAGATTGCTATTAGTAAGTGGGGCCATTTTTATATTAATGGTTACAATTTCTTTAGCACATTTCCTATTGATTGTATATCTTTTAATTTGACCACTGGTGATAGTGACGTTTTCTGGACAATAGCTTACACATCGTACACTGAGGCATTAGTACAAGTTGAAAACACAGCTATTACAAAGGTGACGTATTGTAATAGTCACGTTAATAACATTAAATGCTCTCAAATTACTGCTAATTTGAATAATGGATTTTATCCTGTTTCTTCAAGTGAAGTTGGTCTTGTCAATAAGAGTGTTGTGTTACTACCTAGCTTTTACACACATACCATTGTTAACATAACTATTGGTCTTGGTATGAAGCGTAGTGGTTATGGTCAACCCATAGCCTCAACATTAAGTAACATCACACTACCAATGCAGGATCACAACACCGATGTGTACTGTATTCGTTCTGACCAATTTTCAGTTTATGTTCATTCTACTTGCAAAAGTGCTTTATGGGACAATATTTTTAAGCGAAACTGCACGGACGTTTTAGATGCCACAGCTGTTATAAAAACTGGTACTTGTCCTTTCTCATTTGATAAATTGAACAATTACTTAACTTTTAACAAGTTCTGTTTGTCGTTGAGTCCTGTTGGTGCTAATTGTAAGTTTGATGTAGCTGCCCGTACAAGAACCAATGAGCAGGTTGTTAGAAGTTTGTATGTAATATATGAAGAAGGAGACAACATAGTGGGTGTACCGTCTGATAATAGTGGTGTGCACGATTTGTCAGTGCTACACCTAGATTCCTGCACAGATTACAATATATATGGTAGAACTGGTGTTGGTATTATTAGACAAACTAACAGGACGCTACTTAGTGGCTTATATTACACATCACTATCAGGTGATTTGTTAGGTTTTAAAAATGTTAGTGATGGTGTCATCTACTCTGTAACGCCATGTGATGTAAGCGCACAAGCAGCTGTTATTGATGGTACCATAGTTGGGGCTATCACTTCCATTAACAGTGAACTGTTAGGTCTAACACATTGGACAACAACACCTAATTTTTATTACTACTCTATATATAATTACACAAATGATAGGACTCGTGGCACTGCAATTGACAGTAATGATGTTGATTGTGAACCTGTCATAACCTATTCTAACATAGGTGTTTGTAAAAATGGTGCTTTTGTTTTTATTAACGTCACACATTCTGATGGAGACGTGCAACCAATTAGCACTGGTAATGTCACGATACCTACAAACTTTACCATATCCGTGCAAGTCAAATATATTCAGGTTTACGCTACACCAGTGTCAATAGACTGTTCAAGATATGTTTGTAATGGTAACCCTAGGTGTAACAAATTGTTAACACAATACGTTTCTGCATGTCAAACTATTGAGCAAGCACTTGCAATGGGTGCCAGACTTGAAAACATGGAGGTTGATTCCATGTTGTTTGTTTCTGAAAATGCCCTTAAATTGGCATCTGTTGAAGCATTCAATAGTTCAGAAACTTTAGACCCTATTTACAAAGAATGGCCTAATATAGGTGGTTCTTGGCTAGAAGGTCTAAAATACATACTTCCGTCCCATAATAGCAAACGTAAGTATCGTTCAGCTATAGAGGACTTGCTTTTTGATAAGGTTGTAACATCTGGTTTAGGTACAGTTGATGAAGATTATAAACGTTGTACAGGTGGTTATGACATAGCTGACTTAGTATGTGCTCAATACTATAATGGCATCATGGTGCTACCTGGTGTGGCTAATGCTGACAAAATGACTATGTACACAGCATCCCTTGCAGGTGGTATAACATTAGGTGCACTTGGTGGAGGCGCCGTGACTATACCTTTTGCAGTAGCAGTTCAGGCTAGACTTAATTATGTTGCTCTACAAACTGATGTATTGAACAAAAACCAGCAGATTCTGGCTAGTGCTTTCAATCAAGCTATTGGTAACATTACACAGTCATTTGGTAAGGTTAATGATGCTATACATCAAACATCACGAGGCCTTGCTACTGTTGCTAAAGCATTGGCAAAAGTGCAAGATGTTGTCAACATACAAGGGCAAGCTTTAAGCCACCTAACAGTACAATTGCAAAATAATTTCCAAGCCATTAGTAGTTCTATTAGTGACATTTATAATAGGCTTGACGAATTGAGTGCTGATGCACAAGTTGACAGGCTGATCACAGGAAGACTTACAGCACTTAATGCATTTGTGTCTCAGACTCTAACCAGACAAGCGGAGGTTAGGGCTAGTAGACAACTTGCCAAAGACAAGGTTAATGAATGCGTTAGGTCTCAGTCTCAGAGATTCGGATTCTGTGGTAATGGTACACATTTGTTTTCACTCGCAAATGCAGCACCAAATGGCATGATTTTCTTTCACACAGTGCTATTACCAACGGCTTATGAAACTGTGACTGCTTGGCCAGGTATTTGTGCTTCAGATGGTGATCGCACTTTTGGACTTGTCGTTAAAGATGTCCAGTTGACTTTGTTTCGTAATCTAGATGACAAGTTCTATTTGACCCCCAGAACTATGTATCAGCCTAGAGTTGCAACTAGTTCTGACTTTGTTCAAATTGAAGGGTGCGATGTGCTGTTTGTTAATGCAACTGTAAGTGATTTGCCTAGTATTATACCTGATTATATTGATATTAATCAGACTGTTCAAGACATATTAGAAAATTTTAGACCAAATTGGACTGTACCTGAGTTGACATTTGACATTTTTAACGCAACCTATTTAAACCTGACTGGTGAAATTGATGACTTAGAATTTAGGTCAGAAAAGCTACATAACACCACTGTAGAACTTGCCATTCTCATTGACAACATTAACAATACATTAGTCAATCTTGAATGGCTCAATAGAATTGAAACCTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTGTGGCTACTAATAGGCTTAGTAGTAATATTTTGCATACCATTACTGCTATTTTGCTGTTGTAGTACAGGTTGCTGTGGATGCATAGGTTGTTTAGGAAGTTGTTGTCACTCTATATGTAGTAGAAGACAATTTGAAAATTACGAACCAATTGAAAAAGTGCACGTCCATTAA
Protein
MKKLFVVLVVMPLIYGDNFPCSKLTNRTIGNQWNLIETFLLNYSSRLPPNSDVVLGDYFPTVQPWFNCIRNDSNDLYVTLENLKALYWDYATENITWNHRQRLNVVVNGYPYSITVTTTRNFNSAEGAIICICKGSPPTTTTESSLTCNWGSECRLNHKFPICPSNSEANCGNMLYGLQWFADEVVAYLHGASYRISFENQWSGTVTFGDMRATTLEVAGTLVDLWWFNPVYDVSYYRVNNKNGTTVVSNCTDQCASYVANVFTTQPGGFIPSDFSFNNWFLLTNSSTLVSGKLVTKQPLLVNCLWPVPSFEEAASTFCFEGAGFDQCNGAVLNNTVDVIRFNLNFTTNVQSGKGATVFSLNTTGGVTLEISCYTVSDSSFFSYGEIPFGVTDGPRYCYVHYNGTALKYLGTLPPSVKEIAISKWGHFYINGYNFFSTFPIDCISFNLTTGDSDVFWTIAYTSYTEALVQVENTAITKVTYCNSHVNNIKCSQITANLNNGFYPVSSSEVGLVNKSVVLLPSFYTHTIVNITIGLGMKRSGYGQPIASTLSNITLPMQDHNTDVYCIRSDQFSVYVHSTCKSALWDNIFKRNCTDVLDATAVIKTGTCPFSFDKLNNYLTFNKFCLSLSPVGANCKFDVAARTRTNEQVVRSLYVIYEEGDNIVGVPSDNSGVHDLSVLHLDSCTDYNIYGRTGVGIIRQTNRTLLSGLYYTSLSGDLLGFKNVSDGVIYSVTPCDVSAQAAVIDGTIVGAITSINSELLGLTHWTTTPNFYYYSIYNYTNDRTRGTAIDSNDVDCEPVITYSNIGVCKNGAFVFINVTHSDGDVQPISTGNVTIPTNFTISVQVKYIQVYATPVSIDCSRYVCNGNPRCNKLLTQYVSACQTIEQALAMGARLENMEVDSMLFVSENALKLASVEAFNSSETLDPIYKEWPNIGGSWLEGLKYILPSHNSKRKYRSAIEDLLFDKVVTSGLGTVDEDYKRCTGGYDIADLVCAQYYNGIMVLPGVANADKMTMYTASLAGGITLGALGGGAVTIPFAVAVQARLNYVALQTDVLNKNQQILASAFNQAIGNITQSFGKVNDAIHQTSRGLATVAKALAKVQDVVNIQGQALSHLTVQLQNNFQAISSSISDIYNRLDELSADAQVDRLITGRLTALNAFVSQTLTRQAEVRASRQLAKDKVNECVRSQSQRFGFCGNGTHLFSLANAAPNGMIFFHTVLLPTAYETVTAWPGICASDGDRTFGLVVKDVQLTLFRNLDDKFYLTPRTMYQPRVATSSDFVQIEGCDVLFVNATVSDLPSIIPDYIDINQTVQDILENFRPNWTVPELTFDIFNATYLNLTGEIDDLEFRSEKLHNTTVELAILIDNINNTLVNLEWLNRIETYVKWPWYVWLLIGLVVIFCIPLLLFCCCSTGCCGCIGCLGSCCHSICSRRQFENYEPIEKVHVH

Summary

Uniprot
A0A222UC54  
EMBL
KX512809    ASR18938.1   
Pfam
PF01601   Corona_S2
PF01600   Corona_S1
Interpro
IPR002552   Corona_S2
IPR002551   Corona_S1
ProteinModelPortal
A0A222UC54  
PDB
6U7K     E-value=0.0     Score= 982     Identity=45.74%     Cov(Q)=86.87%     Cov(P)=89.85%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell
 GO:0019064  P:fusion of virus membrane with host plasma membrane
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0019031  C:viral envelope

Subcellular Location

From MSLVP
Host nucleus. Host cytoplasm.

Topology

Length:
1447
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
38.8913799999999
Exp number, first 60 AAs:
0.05542
Total prob of N-in:
0.00335
outside
1  -  1386
TMhelix
1387  -  1409
inside
1410  -  1447
 
 
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