Strain
Ferret_KX512809
(Region: USA: Michigan; Strain: Ferret enteric coronavirus strain FECV1, complete genome.; Date: 2015)
Gene
pp1ab
Description
Annotated in NCBI,
pp1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGCATTCTTTGAATATAATGAAGGCAGATATCTTTGGCAATGTTTGTCGACAGAATCTTACAAAGTACACTATGATGGATTTGTGTTACGCTTTACGTAACTTTGATGAGAAAAATTGTGATGTTTTGAAAGAAATTCTGGTCTTGACTGGTTGTTGTGATAGTAGCTATTTTGACAATCCTGATTGGTATGACCCCGTTGAGAATGAGGCTATACATGTTGTCTATGCAAAATTAGGCCGTGTAGTCTCTAATGCTATGCTTAAATGCGTTGCACTTTGTGACGCCATGGTTGAAAAAGGTCTTATAGGTGTTTTAACCCTTGACAATCAGGATCTTAATGGCAACTTCTACGATTTTGGTGATTTTGTATTCACTGTTGAAGGTTATGGTTGTGCATGTGTTACTTCTTACTATTCTTACATGATGCCTATTATGGGGATGACTTCATGTTTAGAGTCCGAAAATTTTGTGAAGAGTGACATCTATGGTTCTGACTATAAGCAGTTTGACTTGTTAGCCTACGACTTTACAGCACATAAGGAGATGTTGTTTGAAAAGTACTTTAAATACTGGGATAGGCCTTATCATCCAAACTGTTCTGAATGCATAGATGATGCGTGTCTTTTGCATTGTGCAAACTTTAACACATTGTTCTCCACAACAATACCTGTAACATCCTTTGGACCACTTGTCAGGAAAGTCTTTATTGATGGGGTCCCAGTAGTTGTTACGGCTGGTTACCATTTTAAACAATTAGGTTTAGTGTGGAATAAAGACGTCAATGTTAGCAAACAGAAATTGTCCATGAATGACCTTTTGCGATTTGTCACAGACCCTGCTCTGTTAGTGGCGTCAAGTCCTGCATTGCTAGACCAAAGAACTGTTTGTTTCTCTGTTGCTGCTTTGGGTACGGGTGTGACATACCAAACTGTTAAACCAGGTCATTTTAATAAAGACTTTTACGATTTTGTTGTTGCAAGAGGTTTCTTTGCTGAGGGCTGTGAACTTACTTTGAAGCATTACTTTTTCGCCCAGGGAGGTGAAGCTGCTATAACTGATTTCAACTATTATCGTTACAATAAGACCACCGTTCTTGATATATGTCAAGCACAATTAGTATTTCAGTTGGTTAATAAATATTTTGATTGTTATGATGGTGGTTGTATCACAGCTCGTGAGGTTGTAGTTACTAATTATGACAAAAGTGCGGGTTACCCTCTTAATAAGTTTGGCAAGGCTAGACTGTATTATGAAACACTTTCCTATGAAGAGCAGGATGAGTTGTTTGCTACAACAAAGCGTAATGTCTTACCTACTATGACGCAAATGAATCTTAAGTACGCCATATCAGGTAAGGCACGAGCTCGTACTGTGGGTGGTGTCTCACTTTTGTCAACTATGACCACAAGACAGTATCATCAGAAACACTTAAAGTCTATTGCTGCCATGCGTAACGCTACAGTTGTCATTGGTACAACCAAGTTTTACGGCGGATGGGACGATATGTTAAAGAATTTGATGCGTGACGTTGATAATGGCTGTCTTATGGGTTGGGATTACCCTAAGTGTGACCGCGCGTTGCCCAACATGATCAGGATGGCGTCTGCCATGGTTTTAGGATCAAAACACGTTGGTTGCTGCACACATAGTGACAGATTTTATCGGTTGTCCAATGAGTTGGCACAAGTTCTCACAGAAGTTGTTCATTGTACTGGTGGGTTTTACATAAAACCAGGTGGTACTACTTCTGGTGATGGTACAACGGCTTATGCCAATTCTGCCTTTAACATATTCCAGGCAGTGTCTGCTAATGTTAATAGACTTTTAAGTGTGGACTCCAACACATGTAACAACCACAATGTTAAATCTTTACAACGCAAGATTTACGATAACTGTTACAGATCTAGTGTTGTTGACCCATCATTTGTAGATGAGTACTACGCGTATTTGCGTAAGCACTTCTCCATGATGATTCTATCTGATGATGGCGTTGTTTGCTACAATAAGGAGTATGCTGACTTGGGTTATGTCGCAGACATAAGTGCTTTTAAATCGGTTCTTTATTATCAAAACAACGTTTTCATGTCTTCTGCTAAATGTTGGGTTGAACCTGACCTTAGTGTCGGACCACATGAATTTTGTTCGCAACATACCATGCAAATAACGACTCCAGAAGGTAATTATTACCTACCGTATCCAGACCCTTCTAGAATCTTGAGTGCGGGTGTTTTTGTTGATGACATTGTTAAAACTGACAATGTTATTATGCTAGAACGCTATGTAAGTTTGGCTATTGATGCATACCCATTGACAAAGCATCCTAAGCCTATCTACCAGAAGGTTTTCTACACGCTGCTAGAATGGGTTAAGCATTTACAAAAGACGTTGAATGCTGGTATACTTGACTCTTTCTCTGTCACAATGTTAGAAGAGGGGCAAGATAAATTTTGGAGTGAGGAGTTTTATGCTAACTTGTATGAAAAATCCACAGTTTTACAGGCTGCAGGTATGTGTGTTGTGTGTGGTTCACAAACTGTTTTACGCTGTGGTGACTGCCTACGAAGGCCTTTATTGTGTACTAAGTGTGCTTATGACCATGTTATGGGGACAAAACATCACTTTATATTGTCACTCACTCCTTATGTTTGTAGCTACAATGGTTGCAATGTTAACGATGTTAGGAGACTGTATCTAGGCGGACTTAACTACTATTGTATAGACCACAAACCGCAGTTGGCATTCCCATTATGTGCTAACGGTAACGTTTTTGGTTTGTACAAGAGTTCAGCAATTGGTTCAGCTGATGTGGAAGATTTTAACCGTTTGTCTATGTCTGACTGGTCTAACGTTGAAGACTACAGGTTGGCTAATAACGTTAAAGAGTCTTTGAAATTATATGCAGCTGAAACAATTAAGGCTACAGAAGAATCTGTTAAGTCGCAATATGCATGTGCTGTACTCAAAGAAATTGTAGGCCCTAAGGAAATTGTTCTACAATGGGAAGCCACAAAGACTAAGCCACCACTTAATAGAAATTCAGTTTTTACTTGTTACCAAATTTTAAAGGATTCTAAGATTCAATTAGGTGAGTTTGTGTTCGAACAGTCTGAGTACGGTGGCGACTCTGTCTATTATAAGAGTACTTCTACAACTAAGTTAGTACCAGGCATGTTGTTTGTTTTAACTTCTCATAATGTTGGTAGCCTTAAGGCACCTGTTTTGTTGAACCAAGAGAAGTACAGCACCATTTCTAAGTTGTACCCTGCTTTTAATGTACATGAAGATTATGCTACTTTAGTGCCTTACTACCAAATGATAGGAAAGCAAAAGTACACAACCATACAGGGTCCTCCTGGTTCTGGCAAGTCACACTGTGTTATCGGATTGGGTCTTTACTACCCTGGCGCACGCATTGTTTATACAGCGTGCTCACATGCTGCGGTGGATTCATTGTGTGAAAAAGCTTCTAAAAATTTTAACATTGATAAGTGTTCGCGTGTAGTGCCTATGCGCGCAAGAGTCGAGTGTTATAGCGGCTTTAAGCCCAACAATAATGCAGCACAATACCTTTTTAGTACTGTTAATGCATTACCGGAGTGTAGCTGTGATATTGTGGTAGTTGATGAAGTTTCAATGTGTACTAATTATGAGCTTAGTGTTATTAACAGCCGCGTTAGTTATAAACACATTGTGTATGTTGGAGATCCCCAACAACTACCAGCACCACGTACACTCGTTAATAAAGGTGTATTAAAACCACAGGATTATAACGTTATAACACAGCGGATGTGTACGCTAGGTCCAGATGTTTTTCTACATAAGTGCTATAGATGTCCTGCTGAAATTGTTAACACTGTGTCTGCTTTAGTTTATGAGAACAAGTTCAAACCTGTTAAAGGTGATTCTAAGCAATGCTTTAAAATGTATGTCAGAGGCAACGTTCAGATTGATAATGGTTCCTCTGTCAATAGAAAGCAGCTTGAAGTTATAAAACTCTTTTTGTCTAAAAATCCTAAATGGAAAAACGCAACTTTTATCTCACCTTATAACAGCCAAAATTATGTGGCTAGAAGATTGTTGGGTTTGCAGACACAGACGGTAGATTCTGCACAAGGTAGTGAATATGACTATGTCATATATGCACAAACCTCAGACACAGCACACGCAGTCAACATAAATAGGTTTAATGTTGCCATCACTCGTGCCAAAGTCGGTCTATTATGTGTTATGTGTGACAAGCCAATGTATGACAATCTTAATTTTTATGAAATTACTGCTGTCAACCTGCAAAGTAAAGGAGAAGGTTGTGGTTTGTTTAAGGATTGTTCAAAGATTGAACATTACATACCACCAGCATATGCCACAACGTACATTAGTTTGTCAGATTCTTTTAAAACTAGTGATGGTTTTGCTGTGAATGTAGGCACAAAACCTGTAACATATGCCTCTGTCATATCGTATATGGGATTTAGGTTTGACGTTAACATTCCTGGCTATCACACCATGTTTTGCACAAGAGACTTTGCCATGCGCAACGTTAGAGCATGGTTGGGTTTTGATGTGGAAGGTGCTCACGTTTGTGGTGACAATGTGGGTACTAATGTGCCGCTTCAGCTGGGATTTTCTAATGGTGTAGACTTTATTGTACAACCTGAAGGCTGTGTTGTTACGGAGAATGGCAACGACATTCGTCCTGTCAAGTCAAGAGCTCCACCTGGCGAACAGTTTGCACACCTTATACCATTAATGCGTAAAGGTCAAGCATGGAGCATTGTCAGGCGTCGTATAGTCCAGATGATTTGTGACTATTTTGATGGTTTGTCTGACATAGTAATATTTGTACTGTGGGCCGGTGGTTTAGAGCTTACAACAATGAGGTATTTTGTTAAGATTGGCGAACAACGTAAATGTGAATGTGGTATTGTTGCAGCTTGCTATAATAGTACACATTGCACATATCATTGCATGAGACATGCTTTAGGTTGTGATTACTTGTATAATCCATTTTGTATTGATATACAACAATGGGGTTACACAGGTTCATTAAGTATGAACCATCATGAAATATGTAATGTTCATAAAAATGAGCATGTAGCAAGTGGAGATGCCATTATGACCCGTTGTCTCGCTATTCATGATTGCTTTGTAAAAAGAGTTGATTGGTCTATTACGTACCCTTTTATTGATAATGAGGAGGCTATAAATAAAGCTGGCAGAGTTGTACAGTCGCATGTTGTTAGAGCAGCAATAAATGTTTTAAATCCAAGCTCAATACATGATGTTGGCAACCCTAAGGGCATACGGTGCGTTACAACATCATTGCCATGGTTTTGTTATGATAAAGATCCTATAAACAGTAATGTTAGGTGTTTAGAATACGACTTTATCACTCACGGACAAATGCCAGGATTGATGTTATTTTGGAATTGCAATGTTGACATGTATCCTGAGCAAAGTGTAGTGTGTAGATTCGACACCCGTACACGCTCCAAGTTGTCATTAGAAGGTTGTAATGGTGGTGCATTATATGTCAACAACCATGCATTCCACACACCTGCTTATGATCGTAGAGCCTTTGCTAAGTTGAAACCCATGCCCTTCTTTTACTTTGATGATTCAACATGCGATATTATTGATGGCCAGCCTAATTACGTGCCACTAAAGTCTAACGTTTGTATCACTAAGTGTAACATAGGAGGTGCCGTCTGCAAAAAACATGCTGCATTGTACCGTAAGTATGTTGAAGAATACAACATGTTTGTACAGGCAGGATTTAACATCTGGTGCCCCCCAAACTTTGATACGTATACACTGTGGCACAATTTTGTCAATAAGAAAGCATTACAAAGTTTGGAAAACATTGCTTTCAACGTTGTTAAGAAAGGTGCGTTTACAGGACTTACTGGTGATCTACCCACAGCAGTTGTAGCAGACAAGATTATGGTTCGTGAAGGACCAACAGACAGAACATTGTTCGTGAACAAAACCAGTTTGCCTACAAATGTAGCCTTTGAGTTATATGCTAAAAGAAAGCTTGGACTAACACCACCTCTCACCATTTTGAGAAATTTAGGAGTTGTTGCAACTTATAAGTTTGTTTTGTGGGACTATGAGTCTAATTGTCCCTTTAGTAATTTTACAAAAGATGTCTGTGGTTATACAGACTTGGAAGAAGATGTTGTTGTATGCTATGATAATAGCATAGTTGGTTCATATGAGCGCTTTACAATGTGTAAAGACGGTGTTTTGATCTCTAATAGTGCTGTTAAAGGACTAAGTCCTATAATGCTAAATTTTGGTTATTTAAATGACTTACCTGTTAGCACTGTTGGTAATAAACCTGTTAAGTGGTATATTTATGTGCGACAAAACAACACCTATGTGGAGCAACTAGATGGTTTCTACTCACAAGGAAGAACTTTTAGCACATTCAAACCACGTAGCAAAATGGAAGAGGATTTTTTAGCACTGGATACTACTACTTTTATTCAGAAGTATGGTCTTGAAGATTACGGTTTTGAACATGTGGTTTTTGGTGATGTGTCGAAAACTACTGTAGGTGGTATGCATTTGCTAATCTCACAGGTCCGTCTTGCCAATATGGGTTTATTTTCAGTCCAAGATTTTATGTTGAATAGTGATAGTACATTGAAGAGCTGTTGTATAACATACGCTGACGATCCAAGTTCTAAAAGTGTGTGCACGTACATGGACATACTGTTAGACGACTTCGTTATTATAGTTAAGAGTTTGGACTTAAGCGTGGTTTCCAAAGTTGTTGATGTGGTTATTGACTGCAGAATTTGGCGTTGGATGTTATGGTGCGAGAATGCATCAATTAAAACATTCTACCCTCAACTACAATCAGCTGAATGGAAACCAGGTTATTCCATGCCTAACTTATATAAGATACAGCGTATGTGTTTAGAACGTTGCAATCTGTACAATTATGGTGCTAGTTTGCAACTACCTGATGGCATTACAACTAATGTTATCAAATACACTCAGTTGTGCCAGTATCTTAACACTACTAGTATGTGTGTACCACACAAAATGCGTGTTTTACACTTAGGTGCTGGCAGTCATGATGGCGTTGCACCCGGTACTAGTGTTTTGAGAAGATGGTTGCCAGATGATGCAATTTTAGTTGATAACGATGTCAGAGATTATGTATCAGATGCAGATTTTAGTATTACAGGTGATTGTACTACTATGTATTTGGAAGACAAGTTTGATCTTCTTATATCTGATATGTATGATGGTAATACAAAGACAACCGTTGATGGTAACAATGTCTCTAAGGATGGTTTCTTCCCATATGTTAATGGTTTTATTAAAGAGAAATTGTCGCTAGGTGGCACTGTTGCCATTAAACTTACAGAATTTAGTTGGAATAAGGAACTGTATGAGTTAATACAGCGGTTTGAGTATTGGACAATGTTTTGTACCAGTGTTAACACATCATCCTCGGAAGCTTTTCTGGTAGGTGTTAACTACCTAGGTGAGTTTTGTGAGAATGTAGTTGTTGACGGAAATGTGATGCATGCTAATTACATTTTCTGGCGTAACTCTACAGTTATGGCGCTGTCCTACTATTCTGTCTTTGATCTGACAAAGTTCAAGTGTAAGTTTAACAATGCGTTGGTTGTTAGTTTGAAAGATAGTGATATAAATGTTATGGTTAAAGGTTTGATTAAAGGTGGTAAGTTACTAGTTAGAAATAACGGTAAATTACTAAACTTTGGTAACCATCTTGTTAATGTGTAA
Protein
MHSLNIMKADIFGNVCRQNLTKYTMMDLCYALRNFDEKNCDVLKEILVLTGCCDSSYFDNPDWYDPVENEAIHVVYAKLGRVVSNAMLKCVALCDAMVEKGLIGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVFTVEGYGCACVTSYYSYMMPIMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQFDLLAYDFTAHKEMLFEKYFKYWDRPYHPNCSECIDDACLLHCANFNTLFSTTIPVTSFGPLVRKVFIDGVPVVVTAGYHFKQLGLVWNKDVNVSKQKLSMNDLLRFVTDPALLVASSPALLDQRTVCFSVAALGTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFVVARGFFAEGCELTLKHYFFAQGGEAAITDFNYYRYNKTTVLDICQAQLVFQLVNKYFDCYDGGCITAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDELFATTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAAMRNATVVIGTTKFYGGWDDMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHVGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNRLLSVDSNTCNNHNVKSLQRKIYDNCYRSSVVDPSFVDEYYAYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKEYADLGYVADISAFKSVLYYQNNVFMSSAKCWVEPDLSVGPHEFCSQHTMQITTPEGNYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPIYQKVFYTLLEWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEEGQDKFWSEEFYANLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHHFILSLTPYVCSYNGCNVNDVRRLYLGGLNYYCIDHKPQLAFPLCANGNVFGLYKSSAIGSADVEDFNRLSMSDWSNVEDYRLANNVKESLKLYAAETIKATEESVKSQYACAVLKEIVGPKEIVLQWEATKTKPPLNRNSVFTCYQILKDSKIQLGEFVFEQSEYGGDSVYYKSTSTTKLVPGMLFVLTSHNVGSLKAPVLLNQEKYSTISKLYPAFNVHEDYATLVPYYQMIGKQKYTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVYTACSHAAVDSLCEKASKNFNIDKCSRVVPMRARVECYSGFKPNNNAAQYLFSTVNALPECSCDIVVVDEVSMCTNYELSVINSRVSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLVNKGVLKPQDYNVITQRMCTLGPDVFLHKCYRCPAEIVNTVSALVYENKFKPVKGDSKQCFKMYVRGNVQIDNGSSVNRKQLEVIKLFLSKNPKWKNATFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYAQTSDTAHAVNINRFNVAITRAKVGLLCVMCDKPMYDNLNFYEITAVNLQSKGEGCGLFKDCSKIEHYIPPAYATTYISLSDSFKTSDGFAVNVGTKPVTYASVISYMGFRFDVNIPGYHTMFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNVGTNVPLQLGFSNGVDFIVQPEGCVVTENGNDIRPVKSRAPPGEQFAHLIPLMRKGQAWSIVRRRIVQMICDYFDGLSDIVIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGEQRKCECGIVAACYNSTHCTYHCMRHALGCDYLYNPFCIDIQQWGYTGSLSMNHHEICNVHKNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKRVDWSITYPFIDNEEAINKAGRVVQSHVVRAAINVLNPSSIHDVGNPKGIRCVTTSLPWFCYDKDPINSNVRCLEYDFITHGQMPGLMLFWNCNVDMYPEQSVVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYFDDSTCDIIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRKYVEEYNMFVQAGFNIWCPPNFDTYTLWHNFVNKKALQSLENIAFNVVKKGAFTGLTGDLPTAVVADKIMVREGPTDRTLFVNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATYKFVLWDYESNCPFSNFTKDVCGYTDLEEDVVVCYDNSIVGSYERFTMCKDGVLISNSAVKGLSPIMLNFGYLNDLPVSTVGNKPVKWYIYVRQNNTYVEQLDGFYSQGRTFSTFKPRSKMEEDFLALDTTTFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTVGGMHLLISQVRLANMGLFSVQDFMLNSDSTLKSCCITYADDPSSKSVCTYMDILLDDFVIIVKSLDLSVVSKVVDVVIDCRIWRWMLWCENASIKTFYPQLQSAEWKPGYSMPNLYKIQRMCLERCNLYNYGASLQLPDGITTNVIKYTQLCQYLNTTSMCVPHKMRVLHLGAGSHDGVAPGTSVLRRWLPDDAILVDNDVRDYVSDADFSITGDCTTMYLEDKFDLLISDMYDGNTKTTVDGNNVSKDGFFPYVNGFIKEKLSLGGTVAIKLTEFSWNKELYELIQRFEYWTMFCTSVNTSSSEAFLVGVNYLGEFCENVVVDGNVMHANYIFWRNSTVMALSYYSVFDLTKFKCKFNNALVVSLKDSDINVMVKGLIKGGKLLVRNNGKLLNFGNHLVNV
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
Interpro
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1056 Identity=61.67%
Cov(Q)=31.94% Cov(P)=86.60%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
2589
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
1.49003
Exp number, first 60 AAs:
0.00011
Total prob of N-in:
0.05191
outside
1 - 2589
