Strain
Ferret_KX512810
(Region: USA: Michigan; Strain: Ferret systemic coronavirus strain FSCV6, complete genome.; Date: 2015)
Gene
pp1a
Description
Annotated in NCBI,
pp1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGACTGTGTACGTTGATCAATACATGTGTGGAGCTGATGGTAGGCCTGTTATCTCTGGTGAGATGCATGACTACTTCGGCGACTTGGATGATATTGTCATTGATGGCATTACATATTCGCATGCATGGGACGTCGAACGCGATCTTGACGTAACCCATGACAAACAGACTTTTCTCAACATAAAGTCTATAATGTACTTACAGGATAAAGACCACAAGCTTCCTAATGGCGCAATTCGTGTACGTGCTGCGCCAGTAAAGCTAAGTTCTAAGGTTGTACTTTCTCAACCTTTTGCTGACATGTACAAGCACTTTGGTTCACCATTTATGCAAAACGGTGACAACCTCCACGGTTGTTTCACTAAACTCAACTTCATTGTTGCCAATGTTAAGTGTAAGTGTGGTGGTGAGTCAAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGTCAGCTTGTTGTGGTTTACCTGGTAAGGTTATAGGTGTGTCTCTAGGTAATGCTGCAGTTGGTGAGGCTGTTGTTACATCTAAGGGTTGTGGCAATGGTACTAAGTTCTATGCCAACGCCGTACTGAAACATGTTGGAGATGCCGAAGATGTTTCCATTTGGCGTGTTATGGCTACCTATGCAAAAGATATAGTAGCCACTAGCACTTTTGACAAGTGTAGGTTAGAAATACTTGATCACACTAGTGACAGCTCATTAGCTACTAGTGTGAAGAAGTGCTATCTCACTGGTAAGCCTGATAAGGACGTTGTTGACGCCATAGTTGCTGGCCACATTAATGTCTCTAGCAACATTTTTGGTGTAGTTAAGGAGTTGTTCTCCAACGTTCCCTGGTTTATCAAGAGGTGTGGTGATCTGTTTGCTGAAGCATGGTACTCAGTGTGTGAGTTCTTGAGCAGTGGCGGTGTTTCTTACGTCACTATTAGAGAAACTATTAAAATGCTTTGTAGTGCAGCGTTTACCATCAGAGGGTCAAAACCTATCTTTGTTGTTTCTTCTGCAGCTTCAAGTCTTGTTAGAAGCTGCATTAGCATTTTAGAGTCTGTTTTTGACATGTTCACACAGACTATAGAGTTTTTTGGAGTTGCTGCCAAGTGTCTTGTGCTTGGTTGTAAATACATTTTGTTTGAGAATGCACTCTTCAAGTTAGAAACTCTCAAGCTGACAGGCAAGCGTGAATCTGGTTTGAAGGATGCTGTTTTTGCTTCTGCCGTTGTTGGTAGTACGATGGAGGTTAAACCCTCTAGATTTGAGAAATCTACAGCTAATTTAGTTGTTGTAGATGATGTTGTTGCGCCTGGAGAAGGCTATGTGGTTGTTATTGGAGACATGGCTTTTTATCGCAGTGGTGACCATTATTTTATGATGGCATCACCCACCAGTGTTTTGACTACTACTGTGTTCAAAGCCGAAAAAGCTAATGTCTACAAAGTGGCTTACAATGTCCCAGATACTTATAAAGAAAAACTTACTTGTGACATTGGTACATCTTATAGTTTTGACGGTTCTATAGATGATGCCACCGCTAAGCTTAACACTCAGTTGCAATTTTATTGCGATAATACTTTGTGTTTTAGAGCTCTTTCATTGAAAGAAAGCATCATTGTCGAACCTTTCAAGCTTAAGTATAAGATGCCTAAATGTCTTAAAAATCATACAGGCCTCTGGGAAATCATTCTGAATGGTTCTAAAGATTTGGGATTCTTTGATAAGTATAAAGCATTGGAATCTCTGGATGACATCTATGATACAACTGATTATGGCAACTTAGTCTGCCCAAAACTATTGCACAAGTTTGACAATGGTATAATGTGGTACCGCTGCATGAAAGGTGTTACAGGTCCTATTGCAACACGTGCAGTTTGCAGCTTTGTTGGAGGTTGTGTTAAAGTTTGTTTAGAAGGGTTTGATTCTGTTGCTGCTAAAGTTGAAAGCTGCTACCAAAAACTCTGTGGTGTTAAGACCTTTGATTTGAATATTGCCGGCATCGAACTCGCCGGTTTTAAAACACCAAATGGAAAAACCTTTCTAGATTTTGGCGATGATGTCATCGAACTTTTTGATGATGAACCTGTACGTTGTTTCACAGGTGCTACTGTGCCTGTAGCCGTTTCAGATTTTGAAGATGTTGTTCGGAATGATGTCCTTTTAGAAAACTGTGACTACCTACCCCCAAAAGCTGACGGTGTAGTTGTTAACTTAGATGGTTACACATTCTACACTACTGATAATGAGAAGTTCTACCCTTTTGGCGATTGTAAAGTCGTTCCAAAATTGTATAACAAAGTTGGTGGTGGTAGGAATGTAACCTTTAGTGACGATGTTGAAGTCAGAGAAGTTGAACCCATCTTCAAAGTTAAAGTCACCTTTGAGTTTGATGATAAAACTATAGAAGAAGTTTTAAACAAGGTTATTGGTAACACTGTCAGCTTCGAAGGTGCTAACTGGGAGACTCTTGATGATTTGTTGACCACACAGGTTGATGCCGTATTTACTCAACTATCTCAAGCAGGTTTAAATCCACCGGACTATTATATATATGATGGCTGTGGTGGTTTTGATGTGACCTGCCCTGAAGGCATCATGGTTTCACAGTATGACCTGGGTTCTGACGGTGTCAATGCGTGTGATTCAGACTGTATTGATGACCATTGTTTGTCAGATGAACAGGTAGATGCTAGTGTCAATGATTGTAACTTGGAACATGTGGAGGAAGTCTCTGACTACTGTCCATCTGATGATGATGCTGATGAAGATGGGTGTGCTGAAAATGCTTCACCATTTGCTTTTGATAACAGTATAATTAACGGTAAAGTTGTACTTAAACAGTCACAAAATAACTGCTGGGTTAATGCAGCTGGTTATCAGTTACAGTGTCTTAATGTGCTTGATAGTGAAGAGTTCAAGCAGTACTGTGATGGTAATGTTGAGAGTTTGGTACAACTTATGTATGCCATGACTAACAGAAATATTGGTGATTTAGGTGAAGCCGAACATGTGTTAGAGCTTTGTTTGGCAGGTTTGGAAACAGCAACAGTGACACTGACCGCACAATGTAATTGTGGCACATTTGAAGATGTCATTGCAGGCTGTGTTTTTAGGATGTGTTGTACAAGTGATACGTTTGACTATGGTATGTGTGGCAATTGTAACAATGTTAAGAAGACTACTATTGTGAAAGTTGAAGGTACAGGTGTCTTTTTACATGAACCTAAAACTTACAAGCCTCTTGTTACGCCAGTTTGCAAAGCAATTTTTAAAGGTAACACTGATGGTGGCCACTATATGGTTCATGACGTCCAAGCCAACGTTCTAGTTGACGGTTTTGGTCTGCACCCAGTGAAGAACATACCATTCACTTCTGTTTGTTTTGTTGATGCCACATATGTTAAAGATGTTAAAGCTAATAAAAGTGTTGCTAAACACGACCCGTGGGCTGCTGCCGTAGACATTCAAGAGACACAGAGTGCACTAGCAGACGTACGCAATGATTGCGAGTCTGCTGGTGTTGCTAAATGTGATTCTTCCGCTAGTGTCGAACCAGCGAATGTAACCAATGAACCGGTGCCTCCCACAGTTACGGCTGTGCAACAAGTCTCCACTATAAAGCCATTTTTTGAAACTGGTTTGATTAAGTTTTATAGAGGTGATGTTAAAGTGTTAGTTGATGCCATCAAGCCTAAAGTCTTAGTAAATGCTGCCAACCCATACCTTCAACATAAGGGTGGTGTCGCAAAAGCTATTGATGTTTTTACGGGCGGTGCACTTAGTTTGGAATCTACCAATTACCTTAAACGTTATAAACCTATACCGGCTGGTAATGTGGTAGTTTTTAATGATGTGCTTGAAGGCCTTAATATTGCCAATGCAGTGGGACCACGTGTGTCTGAGGAACGGTACGAACAGAAACTTGCTTCTGTTTACCGTAAATTGGCGAAGGTTGAAGGTTCTATGTTAACGCCGCTTATTAGTTGTGGCATTTTTGGTGTGCCACTTGAGCAATCATTGAAAGCTTTGATTAAGGCCTTTAAATCAACAAGTGTCTCTGTGTTTGTATACACAGAAGAGGAGCAGAGTAAAGTTTTACAGTACTTTGAAACACCTGTCACAGTTCTTTTAGAAGACGGCCCTAGTGTTCAAAAAGTAGTTTTAGAACCAGTAGTAACTCTAGACTCACAACTGGCTTCTAAGGTTGTTAATAAGAAAGTGTTGTGTGATGGTGTTTACCCTGATGTGAACTTTGATCATGAAGTTTTGACCAAAGTGGATGACGTAGACTGGTCGTCATACTATGGGTTTGCTAATGCTGACACTTTCAGTGCGTTAAACCATGATGACTTTGTGTTTGAAAGTACGATAGTTGATGGCTTTGTTGTTTTTAAACAAACTGATAACAACTGTTGGGTCAATGCTACGTGTATGCTACTACAAAACTTAAAGCCCACATGGCGTTTTAAGGGTATGGAAGACTTATGGTCTAAATTCGTTAGTGGCAACACAGCACCGTTTGTACATCTCTTATATTTCATTATTAATGCAAACCGAGGTGACCCTAATGATGTTGAGTTTGTTTTGCATAAACTTGAACCATTGCTGTGTGAAAGTGGCTCCGTAACTTTAGACAATTTTAAAGGTTGTGATATTTGTTACAAACCAAGTACTGTTATAGGTGCTGTTGTAGCCGCTCCTCTACAAGCTAAAGGGGATAACACAGTGTGTACCCATGGTAAGAGCGTTACAACACGTGTAACTAATGTCCAAGGTTCTGTTGTGTTGACATCTACTTGTGGTGTTATTAGCAATAGTATAAGGGGTGATGGTTACGTGTGTTTTAATGGTTCTGCCAGTAGTGGACATTATACATACAGTTCTAGAAATGGTACTGTTTATGACGCTGATAAAACATACCCATTTAAGGTGGACGACTTGAGCGTAACATCCGTTCTTATGTTAACTGGTTACAAATTGCCAGTGGTCCACGCTCCCAGTGTACCTAA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Protein
MTVYVDQYMCGADGRPVISGEMHDYFGDLDDIVIDGITYSHAWDVERDLDVTHDKQTFLNIKSIMYLQDKDHKLPNGAIRVRAAPVKLSSKVVLSQPFADMYKHFGSPFMQNGDNLHGCFTKLNFIVANVKCKCGGESSGVGDWTGFKSACCGLPGKVIGVSLGNAAVGEAVVTSKGCGNGTKFYANAVLKHVGDAEDVSIWRVMATYAKDIVATSTFDKCRLEILDHTSDSSLATSVKKCYLTGKPDKDVVDAIVAGHINVSSNIFGVVKELFSNVPWFIKRCGDLFAEAWYSVCEFLSSGGVSYVTIRETIKMLCSAAFTIRGSKPIFVVSSAASSLVRSCISILESVFDMFTQTIEFFGVAAKCLVLGCKYILFENALFKLETLKLTGKRESGLKDAVFASAVVGSTMEVKPSRFEKSTANLVVVDDVVAPGEGYVVVIGDMAFYRSGDHYFMMASPTSVLTTTVFKAEKANVYKVAYNVPDTYKEKLTCDIGTSYSFDGSIDDATAKLNTQLQFYCDNTLCFRALSLKESIIVEPFKLKYKMPKCLKNHTGLWEIILNGSKDLGFFDKYKALESLDDIYDTTDYGNLVCPKLLHKFDNGIMWYRCMKGVTGPIATRAVCSFVGGCVKVCLEGFDSVAAKVESCYQKLCGVKTFDLNIAGIELAGFKTPNGKTFLDFGDDVIELFDDEPVRCFTGATVPVAVSDFEDVVRNDVLLENCDYLPPKADGVVVNLDGYTFYTTDNEKFYPFGDCKVVPKLYNKVGGGRNVTFSDDVEVREVEPIFKVKVTFEFDDKTIEEVLNKVIGNTVSFEGANWETLDDLLTTQVDAVFTQLSQAGLNPPDYYIYDGCGGFDVTCPEGIMVSQYDLGSDGVNACDSDCIDDHCLSDEQVDASVNDCNLEHVEEVSDYCPSDDDADEDGCAENASPFAFDNSIINGKVVLKQSQNNCWVNAAGYQLQCLNVLDSEEFKQYCDGNVESLVQLMYAMTNRNIGDLGEAEHVLELCLAGLETATVTLTAQCNCGTFEDVIAGCVFRMCCTSDTFDYGMCGNCNNVKKTTIVKVEGTGVFLHEPKTYKPLVTPVCKAIFKGNTDGGHYMVHDVQANVLVDGFGLHPVKNIPFTSVCFVDATYVKDVKANKSVAKHDPWAAAVDIQETQSALADVRNDCESAGVAKCDSSASVEPANVTNEPVPPTVTAVQQVSTIKPFFETGLIKFYRGDVKVLVDAIKPKVLVNAANPYLQHKGGVAKAIDVFTGGALSLESTNYLKRYKPIPAGNVVVFNDVLEGLNIANAVGPRVSEERYEQKLASVYRKLAKVEGSMLTPLISCGIFGVPLEQSLKALIKAFKSTSVSVFVYTEEEQSKVLQYFETPVTVLLEDGPSVQKVVLEPVVTLDSQLASKVVNKKVLCDGVYPDVNFDHEVLTKVDDVDWSSYYGFANADTFSALNHDDFVFESTIVDGFVVFKQTDNNCWVNATCMLLQNLKPTWRFKGMEDLWSKFVSGNTAPFVHLLYFIINANRGDPNDVEFVLHKLEPLLCESGSVTLDNFKGCDICYKPSTVIGAVVAAPLQAKGDNTVCTHGKSVTTRVTNVQGSVVLTSTCGVISNSIRGDGYVCFNGSASSGHYTYSSRNGTVYDADKTYPFKVDDLSVTSVLMLTGYKLPVVHAPSVPKSVSDASKPDTMQKLDEYANMFFAFGDISLKACVAIFKYLLCLYCFFLERWTKPKRLKVKVKPPFALKPLDVKLRALNSVKLLTNTKFWFYLKFLLGLLLLYNLLYVMVSVPFIHRFACASYTKAYANSSFVKADVCSRSVLCKACLASYEELSDFDNLKVVWDYKSDPLWSKMLQLVYFGTLMVFGNNVLRVAMLYFVAQCLNTWFSYYGLVNYSWLLHIVNFETVAAEIVVLMVVVKGFFFLKHYWYGCDKASCLSCSKTAKQKRIPVSVIVNGSMKTVYVHTNGGSKFCSKHNFYCKNCESNGVGNTFICHEVVRELSNIVKHTVHATDVSFKEVDKVECSEGFYRLYTGDEYTRYNYDITDKKYSCKEVLKSLQLIDDFVVYDPTGTTPANLHNACVYWSQLLGKPIKLVNRDLIQSLTVDFNGVLFDAHKRVVSNSFNVDVADCKTLRDCYEACKTNVPYNVFEDVVNNAHKYDVLMTDISYNNIWLTYAKPEENLSTFDVANCIKSGAKVVSHNVLIKENVPIVWYAKDFISLSNEARQLLIKTSKAKGVTIMLSFNNNPMSHTLPTVAIGRKSGSGFFDVYREFKQVAMLIVAVLLAWGLCCIYNGYTPARVSSAPGYDFMVIKSGKIQSFDDSITCVHNVYNEFPSWYLGKYGKSLSYAKTCPIVVGTVFDIVDSMKPVPDVPAYVTLVGRSLVFAINAVFGNTDLCYDHQGIAKSRDSVFDNCVFNAACTQLVGMGGTAVYCFKDGVMTGAHKTYAELIPDAHYVLRDGNTLKLPTIIRGFGLRIVQTLATTYCRVGECAQSKQGFCVGLDSWFVYDKAFGEGYICGDSVFGFVTNVFKLFNQNLSVVATSGYMLTNMLIALFAITVCYAFLKFKRVFGDCTMFVSMIIVTLFINNLSYFFTHNLVLVVVYAVAYYFLSRRLPYPGVMDAGFMLAYVGMAPWWLFVGYVLLFCYDSIPSFFKLKVSTNLFEGDKFVGNFESAAAGTFVIDMHSYQTLVNSIPMERLRSYASTFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLAKALMDYGNNRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKIAQPSGVVEPCIVRVAYGNTVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSKPINYDTELLGVRLHNFSISKGNDFLGVIGCSYRGVNLIIKVSQNNTLTPKHKFRTVKAGESFNILACYDGKPNGVYGVNMRTQGTIKGSFINGTCGSPGYVLDGDIVNFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGVMYGGYEDQPSMQLEGVNVMSTDNVVAFLYAALINGERWFVGNATVALETYNNWAIANGFTELSSVDSFSMLSAKTGVSVEKLLDAVMRLSTSLGGKTILGYGSLSDEFTPTEVVRQMFGVNLQSNLVKSWFYPIAIIVVCMFAFWTEFFLYTPFSWFGPASIGCLLLVTVVASALLTIFVKHKMLYFMSFLLPSVILMTVSNLVWDSLYIAAVQAKLVEVNMSLVAVDMQSVSLIVLCLLVAIVHCYRFCTQRQSIPVFVVTLCFVFYNFASQWYYYLRGLDVGVNLQFGYVNLGMMLVCLMTKDWIVVAVAYRVAYYIVLYILAPDVVNDFGLLKCLCVVYMLLGYCSCCYYGVLYWVNRFTHMTCGVYQFAVSAAELKYMTANNLTAPRNAYEAMVLSSKLVGIGGNRNIKIASIQSKLTDMKCTNVVLLGLLSKMHIEANSKEWNYCVNLHNEINLSDDSDVVLNKLLALLAFFLSKHNSCDLSELIESYFDNPSILQSVASAYANLPSWVAYEQARDAYMEGKKNDLAAPVIKQLQKAMNIAKAEFDREASVQKKLDRMAEQAASNMFKEARAVDRKSKIIGAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIMEQARNGCLPLSIIPAASATRLVVVTPNIEVFSKIRLDNNVHYAGAVWSIVEVRDANSAVVHLKEVTQHNEQNMCWPLTVTCERVAKLQNNEIMPGKMKERAVKASATMDGDATVNGKALFAAEGGKHFMYALISGDGNLKYVKWEGNNDVITIELEQPLRFYVEGPNGPEVKHLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEHPSNSSLLTLCAFAPEPAKAYVELVKKGMQPVNNCVKMLSNGSGNGMAVTNGVEATPNQDSYGGASVCVYCRSHTAHPSLDGFCRFKGKFVQVPAGTLDPIRFCIENEICAVCACWLNNGCVCDRTSMQAAVIDQSYLNEYGVLVELD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=2e-158 Score= 492 Identity=75.91%
Cov(Q)=7.81% Cov(P)=97.74%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3879
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
370.744399999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00641
outside
1 - 1691
TMhelix
1692 - 1714
inside
1715 - 1753
TMhelix
1754 - 1776
outside
1777 - 1839
TMhelix
1840 - 1862
inside
1863 - 1881
TMhelix
1882 - 1904
outside
1905 - 2524
TMhelix
2525 - 2547
inside
2548 - 2567
TMhelix
2568 - 2590
outside
2591 - 2604
TMhelix
2605 - 2627
inside
2628 - 3046
TMhelix
3047 - 3069
outside
3070 - 3073
TMhelix
3074 - 3096
inside
3097 - 3102
TMhelix
3103 - 3125
outside
3126 - 3139
TMhelix
3140 - 3162
inside
3163 - 3173
TMhelix
3174 - 3196
outside
3197 - 3223
TMhelix
3224 - 3243
inside
3244 - 3255
TMhelix
3256 - 3278
outside
3279 - 3879
