Strain
Porcine_KX534206
(Region: China; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus isolate JS-2/2015, complete genome.; Date: 5-Jan-15)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCATGTCACATTGGCTTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTCGTGTCCTTCGATCTCGCTGACACTATTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAGAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTCACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGGAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAGTGGGAGTATACAGATTTCTTTGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAATATTGCTGGGATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGATCGATCGGACGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATCAAGAAGACTGTTGTCTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAAGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTCCTATGTCTCCACCTGCTGTGGCTTTAAGTGCAAGCCAGTCCTTGTGGCCTCATGCTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACACGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTACTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGATTGGCATTCTGGCGAATTCTTAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGACCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCCTTGCTACTAAGCTCAAGTTTGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGTGCGCTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAACCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTAACCTCTTGTCTGATGAGGTTGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTTCTCGCCGATGTGCCAGAGAAGTTGGCTGTGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTCTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAGACCTTCAACAAGGTTGGCTCTTATGTTCTTTTTGACAATGCATTGGTTAAGCTTTTCAAGGCAAAAGTTCGCGGCCCACGACAGGCAGGTATTTGTGAAGTTCGTTACACAAGCCTGGTTATTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGATGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCATGTTGTTGTTGATGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACGTTGTCATTGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGAGCTCAAGCCAGTTTTTGATTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTGCAAACTGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTGGTGAGAGGTGATAAGTGTTGCATCACTTGCACCTTACATTTCACAGCACCAAGTTATATGGAGGATGCTGCTAATTTTGTAGACCTCTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATTACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTCGTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTATAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGATATTGATGGTGGTAGCATCTGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCATCTTAAAGTCAGCTTTGGACTAGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTCTTGGCAGAAATGTATAACACTTACCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCTGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTCTTGCAAGTGTCTTCCAGATTCCTGTCCAGGCAGGCATTGAGAAGTTTAGAGTTTTCCTTAATTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGTGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTCGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTAATAGTGTTGTGCCTATCTGTTTTAAGAAGAAAGGTGGTGGTGATGTCAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAAAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGATGATGTTGTTGAGTATATCAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACATTGAGGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGACCTGCTCGATGTGGAAGTTGTTACGGATGCACCAATTGATTCCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGAACCTGAGAAGGTGGCAGATGTGGCTAACTCTGAAACTGAGGCTGATGATGTAGAGTCTGAAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACTTTGTCCTTTATTAAAGATACACCTTCCACAGTTACTAAGGATCCTTTTGCTTTTGACTTTGTAAGCTATGGAGGACTTAAAGTTTTAAGACAATCTCATAACAACTGTTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAAGGCTATTTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTTTGACTAAGGACCTACACACAATTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTCCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGCCGAGATACTACTGTTATCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACCAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTACTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACCATTTGTGTTAAAGACGTGAATTGGACAGCACCTTTTGTCCCTGACGTTGAGCCTGTATTGGAGCCTGTTGTCAAACCATTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAATGACCTTGTTAGACTTCCATGTGACTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCATGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCAAATGATTATATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGAGGTGCTTGTTGACACTATTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAGAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATCGAAGGCGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGAACTCCTTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACCGGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCAGATATGGTTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGATGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTTGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTAGTGCTTGCTGTTGGTGATGCCACGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGTTAGGTTTCGTATCCACACCTGACGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTTACTGAGGATACACGTAGTGTTAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACACCGTTGTCACAGACAACAAACCTGTTGT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Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSFDLADTIEGLLPEDYVMVVVGTTKLSAYVDTFGSRPRNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVDRSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIKKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTSYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSLATKLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKAVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFLADVPEKLAVAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLFKAKVRGPRQAGICEVRYTSLVIGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGHVVVDGLAFFESDGFYRHLADADVVIEHPVYKSACELKPVFDCDPIPDFPMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLHFTAPSYMEDAANFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFVTTCCTMSGFECFMPIIPQCPAVLEDIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKHLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGCCFHSVKSVLASVFQIPVQAGIEKFRVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGNSVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHIEVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVVTDAPIDSEGDEVDSSEPEKVADVANSETEADDVESEVEEVAATLSFIKDTPSTVTKDPFAFDFVSYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTIKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTVISLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMATDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPFVPDVEPVLEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFNDLVRLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKEVLVDTIPVQEDVQQVSQEPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLNSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTFECADMVSITMVVLPSDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLVLAVGDATLYSKLSHLSVLGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTVTYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPVVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVPAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVVGHYTVFDHGTGMVHDGDAFVPGDLNVSPVTNLVVSEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFFFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKGDVKVLAGVPQRTGIILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGSPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNTLGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVFLGCDKVSCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKEALKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKFPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAVFFALSFLDFSIQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFEQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSMTVPVTVLSGQILFNCIIAFAAVAVCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYVTLYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDMLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVMCPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVSATMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTHRTVRPGESFNILACYDGAAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPILQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVGNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTGEVIRQMYGVNLQGGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTTVSSVTYVVALLTAAYNYFYVSDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLANGCTCDRSIMQSTDYGLFKRVRGSSAARLEPCNGTDTQHVYRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFYVVKRCTKSAMEHEQSIYSRLEKCGAVAEHDFFTWKDGRAIYGNVCRKDLTEYTMMDLCYALRNFDENNCDVLKSILIKVGACEESYFNNKVWFDPVENEEIHRVYALLGTIVARAMLKCVKFCDAMVEQGIVGVVTLDNQDLNGDFYDFGDFTCSIKGMGIPICTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFVKSDIFGEDFKSYDLLEYDFTEHKAVLFNKYFKYWGLQYHPNCVDCSDEQCIVHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNNDLNLHSSRLSINELLQFCSDPALLIASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTNQTVKPGHFNKEFYDFLLEQGFFSEGSELTLKHFFFAQKGDAAVKDFDYYRYNRPTVLDICQARVVYQIVQRYFDIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLSYEEQDELYAYTKRNILPTMTQLNLKYAISRKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIDGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCSSTDRFFRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANVNKLLSVDSNVCHNLEVKQLQRKLYECCYRSTTVDDQFVVEYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNNDYASLGYVADLNAFKAVLYYQNNVFMSASKCWIEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYKKVFYVLLDWVKHLYKTLNAGVLESFSVTLLEDSTAK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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1165 Identity=59.31%
Cov(Q)=13.79% Cov(P)=97.80%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6772
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
417.261669999993
Exp number, first 60 AAs:
0.01392
Total prob of N-in:
0.00091
outside
1 - 1953
TMhelix
1954 - 1973
inside
1974 - 2010
TMhelix
2011 - 2033
outside
2034 - 2093
TMhelix
2094 - 2116
inside
2117 - 2120
TMhelix
2121 - 2143
outside
2144 - 2155
TMhelix
2156 - 2175
inside
2176 - 2518
TMhelix
2519 - 2541
outside
2542 - 2613
TMhelix
2614 - 2636
inside
2637 - 2746
TMhelix
2747 - 2769
outside
2770 - 2772
TMhelix
2773 - 2795
inside
2796 - 2801
TMhelix
2802 - 2824
outside
2825 - 2828
TMhelix
2829 - 2851
inside
2852 - 2855
TMhelix
2856 - 2878
outside
2879 - 3322
TMhelix
3323 - 3345
inside
3346 - 3351
TMhelix
3352 - 3374
outside
3375 - 3388
TMhelix
3389 - 3411
inside
3412 - 3417
TMhelix
3418 - 3440
outside
3441 - 3449
TMhelix
3450 - 3472
inside
3473 - 3491
TMhelix
3492 - 3511
outside
3512 - 6772
