Strain
Feline_KX722529
(Region: Belgium; Strain: Feline coronavirus isolate UG-FH8, complete genome.; Date: 1-Jan-15)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTGCTGCAGGAAGTTAAGTACTGCTACCGCAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATAGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAGGGCTTTATCGTTAAGGCCGACTGCAATGGCGTGCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGATCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAGCCAGTTATCGAAGGCGAGTTTAAGGATTACTTCGGTGATGAGGACATTATCATCTATGAAGGAGAGGAATACCGTTGTGCCTGGTTAACAGTGCGCGATGAGAAACCTTTGTGTCAACAAACTCTCCTCACAATTAGGGAAATCCAATATAATCTGGACATCCCGCATAAATTGCCAAATTGTGCTGTCAGAGAGGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGATTGTTCTTTCCGAAGAGTATAGAAAACTCTATGACATCTTCGGTTCGCCATTCATGAGAAATGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACACTCTCCACTTCATTGCCGCTACTCTTAAGTGTCCTTGTGGCGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGACTGCATGCTGTGGTCTGCATGGTAAAGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTTAAACCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGCGTACTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTCTGCACCACCGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATCAAACCAGAGAGTAAATCACCTACTGCATGTTCTATTAAGAAAGCTTTCATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACAGGAAAGTTGGACCTTAGTACTAACCTTTTTGGTAGTGCTAACCTACTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGCTGACGCTTGGAAGATTATTGAAGAACTGCTTTGTTCTTTCAAACTTACATACAAGCAGATCTATGATGTAGTGGCATCACTTTGCACCTCTGCATTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTGGTTACATCTAATAGTGTCAAGGACCTTGTTGACAAGTGTGTCAAAATTCTTGTGAAGGCCTTTGATGTCTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAGTGTTTTGTCCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAATAATGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGCGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCTACTAACTTAATTGGTGCGACTGTTAATGTGACACCACAGAGGACTGAGGCTGCTAACATTAGCCTGAATAAGGTGGATGATGTTGTTACACCGGGTGAAGGTCATATTGTCATCGTTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAATACTATTTTATGATGGCAAGCCCTGATTCAGTCCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCAGCTCGAGTGCCATCTTATAATATTGTTTATGATGTGGATGATGACACCAAGAGTAAAATGGTGGTTAAAATTGGAACATCATTTGATTTTGATGGTGACCTTGATGCTGCTATTGCTAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTCAGACAAGAAAAGCTGTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCCTAGTTGAGGCATACTTTAAGAAATACAAAATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTTGGTTTGTGGGACATCATAAGACGTGATTCTGATAAGAAGGGTTTTCTTGATACTTTCAATCATCTTAATGAATTGGATGATGTCAAGGACACAAAAATTCAGGCTATCAAAAATATCCTTTGTCCTGACCTTCTGTTAGAATTGGATTTTGGTGCTATTTGGTACAGATGTATGCCGACCTGCTCTGACACCTCTATCTTAGGTAATGTTAAAATTATGTTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGCGACGGTGGTCACAACCTTGCTAACCGTTTAACAATTAATTATAACAAACTTTGTGACACAGCTCGTAAAGATGTTGAAATTGGTGGCCTACCATTTTCCACATTTAAAACACCATCTAACAGTTTTATTGATATGAAAGACGCCATTTATTCCGTAGTTGAATATGGTGAGGCATTTTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAATTAATAGTGGCACCACCACAACTGACGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGACTATGTTGAACCTAAAGATAACGGTGATGTAATTGTCATTGCTGGATACACCTTCTATAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCCTATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAATAAGATGGGTGGTGGTGATAAATCAGTTTCATTCTCAGACGATGTTAATGTTAAAGAGATCGAACCTGTTACACGTGTCAGGCTAGAATTTGAGTTTGACAATGAGGTGGTAACACAGGTCCTTGAAAAGGTCATTGGTGCCAAATATAAGTTTATAGGTACCACCTGGGAAGAGTTTGAAGATTCTATCTCTGAGAAACTTGACAACATCTTTGACAAGCTTGCTGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTACTTCATCTACGACACATGTGGTGGATTTGACATTAATAACCCAGATGGTGTTATGATTTCACAGTATGACCTTAACACAGCTATTGATGTCAAAAGTGATTCTGATGCAAGCATGGAAGACACCTCCTCGATTTCTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGAAGAGAGTGTCTCAACTGTTGATGTTGAAGATGTTTCATTTGATGATTCTGTTGAACAAGTTACCCTTGTAGAGGATAACCCTGATGAGCAACTTACCTCAGTGGATGAAAAAGTTGAAATCTCTGCTAAAAACGATCCATGGGCTGCTGCCGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGTCACCTTTTAAGACGACAGATCTTAATGGTAAAGTCATCCTTAAACAACAGGACAACAATTGTTGGATGAATGCTTGCTGTTACCAGCTGCAAGCTTTTGACTTCTTTAATCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGGTGATGTTATGCCTTTTGTAAATTTCTGTTATGCAGCTCTGACTTTGAAGCAAGGAGATTCAGGGGATGCAGAATATCTTTTGGAGACGGTGCTCAATGATTATAGTACGGCTAGAGTCACACTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTTAAAGAGATAGTTTTAGAACGAACTGTATTTAAGCTCACACCTCTTAAGAATGAGTTTAAATATGGCGTCTGTGGTGACTGTAAGCAAATCAACATGTGCAGGTTTGCTAGCGTAGAGGGTTCTGGTGTTTTTGTTCACGATAGAATTGAAAAACAAACACCTGAGTCACAATTCATTGTGACACCTACTATGCATGCAGTTTACACAGGTACAATACAGAATGGTCATTATGCGATTGAAGATTGCATTCATGATTACTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAGCCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTCCTTAATGCAAATGTAATGACAGCTGAATCTAAGGCTACGGTTGAACTACCTGCGCCCGTAAAGGATAAGTGCGTAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGATCTTGCACTACCCTTCTATAAAGCGGGAAAAGTTTCATTTTACCAAGGAGATTTGGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAGCCTGATGTTGTTGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACATGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTATTTACAGGTGGTAAGTTAACAAAGCGTTCTAAAGCATACCTTAAATCTAACAAACCAATAGCTCCTGGTAATGCTGTCCTTTTTGAAAATGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTCGAGTCGAGGGTAAACTCTGTAATGTCTACAAGGCAATTGCTAAGTGTGATGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTTGAAATCTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGAATTGAGTGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAAAATTGCCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATTCCTGTCAAGGTAACAGAGGACACTGTGAACCAAAAGCGTGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACTTACGGTGAGCAACTCAAAGGAACAGTTGTTATTAAAGACCAAGATGTCACTAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGCTGGTGAAAAAGTCGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAATGCTTATTATGGATTTTCAAATGCAGCGGCTTTTAGCGCCAGTTCCCATGATGCTTATAAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCGATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCTACGTGGAAATTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGCTTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTGATAGTGTAGTCACTGTCACACATACAACTGCATGTGATAAGTGTGCAAAAGTTGAAAC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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLQEVKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVKADCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDIIIYEGEEYRCAWLTVRDEKPLCQQTLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAVREVAPPVKKNSKIVLSEEYRKLYDIFGSPFMRNGDSLNKCFDTLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESKSPTACSIKKAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKIIEELLCSFKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVTSNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVLGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIVGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYNIVYDVDDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIAKVNDLLIEFRQEKLCFRALKDGENILVEAYFKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNELDDVKDTKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDTSILGNVKIMLGNGVKVICDGGHNLANRLTINYNKLCDTARKDVEIGGLPFSTFKTPSNSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVINSGTTTTDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDDVNVKEIEPVTRVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGAKYKFIGTTWEEFEDSISEKLDNIFDKLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTAIDVKSDSDASMEDTSSISDNEDVEQIEEESVSTVDVEDVSFDDSVEQVTLVEDNPDEQLTSVDEKVEISAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLSPFKTTDLNGKVILKQQDNNCWMNACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKGDVMPFVNFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETVLNDYSTARVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLKNEFKYGVCGDCKQINMCRFASVEGSGVFVHDRIEKQTPESQFIVTPTMHAVYTGTIQNGHYAIEDCIHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAESKATVELPAPVKDKCVEECQSPKDLALPFYKAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVVVNAANGDLKHMGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKAYLKSNKPIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEISLQCLLKTVTDRELSVFVYTDQEKIAIENFFNGTIPVKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDQDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWNAYYGFSNAAAFSASSHDAYKFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDAFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSVVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLLVYGSDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVGDIIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFVANTPKEKVMPKNPVKEPNTARVFSEVEETPKNIVRKEKLLAIESGVDYTISTFGKYADVFFMTGDKILRIFLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFKDLGAKVRTLNYIRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPLVHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVVQLSYFTFLAVFGNNYVRCLLMYFVTQYLNLWLSYLGYVKYSWFLHVINFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHILFPCSNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKRHNFYCKDCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSVKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMYLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKVCNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSMLSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKNGSGFFDVLKQLKQIFWCFVLFIIIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQSFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGASVSKNSYFDTCVFNSACTTLAGLGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSTLGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIVYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTPLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGVLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVIAFLYAALINGERWFVTNASMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVMTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVILAITTLLSAILVVGIKHKMLFFMSFVMPSVILATAHNVVWDLTYYESLQVLVENINTTFLPVDMQGIMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWNDDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFISYKFAYYVVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSLVYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEIVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLVVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGSQVHLKEITAANELNITWPLSISCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASEGGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKKGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATVDQSYLNECGVLVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 619 Identity=97.36%
Cov(Q)=7.54% Cov(P)=98.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4018
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
426.400939999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00031
Total prob of N-in:
0.00029
outside
1 - 1835
TMhelix
1836 - 1854
inside
1855 - 1893
TMhelix
1894 - 1916
outside
1917 - 1976
TMhelix
1977 - 1999
inside
2000 - 2018
TMhelix
2019 - 2041
outside
2042 - 2401
TMhelix
2402 - 2421
inside
2422 - 2659
TMhelix
2660 - 2682
outside
2683 - 2691
TMhelix
2692 - 2714
inside
2715 - 2720
TMhelix
2721 - 2743
outside
2744 - 2746
TMhelix
2747 - 2769
inside
2770 - 3186
TMhelix
3187 - 3209
outside
3210 - 3213
TMhelix
3214 - 3236
inside
3237 - 3242
TMhelix
3243 - 3265
outside
3266 - 3284
TMhelix
3285 - 3307
inside
3308 - 3313
TMhelix
3314 - 3336
outside
3337 - 3362
TMhelix
3363 - 3381
inside
3382 - 3393
TMhelix
3394 - 3416
outside
3417 - 4018
