Strain
Porcine_KX839251
(Region: China; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus strain 85-7-mutant5, complete genome.; Date: 15-Sep)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCTACCATGTCACATTGGCGTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCGGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTTGTGTCCCTCGATCTCGCTGACACTGTTGAGGGATTGCTTCCTGAAGACTATGTCATGGTGGTGATCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAGAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTCACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGGAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAGTGGGAGTATACAGATTTCTTCGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGGATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGACGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCTTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCATGTACTCCAAAGATCAAGAAGAATGTTGTTTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCCCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAGGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTTCTATGTCTCCACTTGCTGTGGCTTTAAGTGCAAGCCAGTCCTTGTGTCCTCATGCTCTGCTATGCCTGGTTCTGTTGTGGTCACACGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTACTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCTGACATTGATGGATTGGCATTCTGGCGAATTCTTAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAGTTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGACCCTTGCTACTTTTTGAATGATTCGAGCCTTGCTACTAAGCTTAAGTTCGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCATTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGTGCACTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAACCTTGGTTCATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCACCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTGGCCTCTTGTCTGATGAGGTTGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGCGTTTTTGAGTTTCTCGCCGATGTGCCAGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGTTCTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAGACATTCAACAAGGTTGGTTCCTATGTTCTTTTTGACAATGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGCTCGCGGCCCACGACAGGCAGGTATTTGTGAAGTTCGCTACACAAGCCTGGTTGTTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCATCGTTGACGAGGATGTAACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTCGTTGATGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACGTTGTCATCGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGAGCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTTTGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTCTGTGTGCAAACCGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTAGTGAGAGGTGATAAGTGTTGCATCACTTGCACCTTACAGTTCAAAGCACCAAGTTATGTGGAGGATGCTGTTAATTTTGTAGACCTATGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATAACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTTTTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTACAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATATGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCGTCTTAAAGTCAGCTTTGGACTGGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTTTTGGCAGAAATGTATAACACTTATCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCGGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTTTTGCAAGTGTCTTCCAGATTCCTGTCCAGGCAGGCATTGAGAAGTTTAAAGTTTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGTGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTGGTATTGCTATTGTAGATGGCTTCGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTATTAGTGTTGTGCCTATCTGTTTTAAGAAGAAAGGTGGTGGTGATGTTAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAAAACCATTGATCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGATGATGTCGTTGAGTATATTAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACGTTGAAGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACTGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGACCTGCTTGATGTGGAAGTTGTTACGGATGCACCAATTGATTCCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGCACCTGAGAAGGTGGCAGATGTGGCTAACTCTGAACCTGGGGATGATGGTCTTCCTGTGGCACCTGAAACAAATGTAGAGTCTGAAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTACACCTTCTACAGTTAAGGACCCTTTTGCTTTTGACTTTGTAAGCTACGGAGGACTTAAAGTTTTAAGACAATCTCATAACAATTGTTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAACTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGTTATGAGTCACAAAAGGCTATTTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGCGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTTCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGCCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTTTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACCAATTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACCATTTGTGTTAAAGACGTGAATTGGACAGCACCTCTTGTCCCTGCCGTTGATTCTGTAGTGGAGCCTGTTGTCAAACCATTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGACTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAAGTTGTCTCATGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGTTCAAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAACTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATGGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAAGTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGAGGCGCTTGTTGACACTACTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCCTTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGTGTTGGTAAGTGTCTTAACGATGTGACCAGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTAGCTTGTGCAAATATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATTTGATGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTTGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTAGTGCTTGCTGTTGATGATGCCACGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGTTAGGTTTCGTGTCCACACCTGACGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTCACTGAGGATACACGTAGTGTCAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGCTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACACCGTTGTCAC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Protein
MASYHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSLDLADTVEGLLPEDYVMVVIGTTKLSAYVDTFGSRPRNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFLDGTAMKVACTPKIKKNVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIRRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTFYVSTCCGFKCKPVLVSSCSAMPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSLATKLKFDILSGKFSDEVKQAIIAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAPWEQLKAVVRGLGLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFLADVPEKLAAAVTVFVNFLNEFFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKARGPRQAGICEVRYTSLVVGSTTKVVSKRVENANVNLVIVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADVVIEHPVYKSACELKPVFECDPIPDFPLPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLQFKAPSYVEDAVNFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFLTTCCTMSGFECFMPTIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKRLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGGCFHSVKSVFASVFQIPVQAGIEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGGIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGISVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHVEVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVVTDAPIDSEGDEVDSSAPEKVADVANSEPGDDGLPVAPETNVESEVEEVAATLSFITPSTVKDPFAFDFVSYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTALSLDFLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPLVPAVDSVVEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANEKLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYGDKEREAIIKYMDGLVDAIFKEALVDTTPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNDVTSGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTLACANMISITMVVLPFDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLVLAVDDATLYSKLSHLSVLGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTATYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPVVADVVAKVVPNANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFTFPSEVVNGRRVIKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVPAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIGKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVGHYTVFDHGTGMVHDGDAFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKAELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSMRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGSPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNSLGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFIKHVCLGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKEALKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKFPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAAFFALSFLDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFINFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFVAVAVCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYAILYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDIVMCPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVSATMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGAAAGVYGVSMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVGNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGHTSLTDEFTTGEVVRQMYGVNLQGGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPASSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKVAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLPAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLSNGCTCDRSIMQSTDYGLFKRVRGSSAARLEPCNGTDTQHVYRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFYVVKRCTKSAMEHEQSIYSRLEKCGAIAEHDFFTWKDGRAIYGNVCRKDLTEYTMMDLCYALRNFDENNCDVLKSILIKVGACEESYFNNKVWFDPVENEDIHRVYALLGTIVARAMLKCVKFCDAMVEQGIVGVVTLDNQDLNGDFYDFGDFTCSIKGMGVPICTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFVKSDIFGEDFKSYDLLEYDFTEHKTALFNKYFKYWGLQYHPNCVDCSDEQCIVHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNNDLNLHSSRLSINELLQFCSDPALLIASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTNQTVKPGHFNKEFYDFLLEQGFFSEGSELTLKHFFFAQKVDAAVKDFDYYRYNRPTVLDICQARVVYQIVQRYFDIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLSYEEQDELYAYTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIDGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCSSTDRFFRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANVNKLLSVDSNVCHNLEVKQLQRKLYECCYRSTIVDDQFVVEYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNNDYASLGYVADLNAFKAVLYYQNNVFMSASKCWIEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDKEGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYKKVFYVLLDWVKHLYKTLNAGVLESFSVTLLEDSTAKFWDESFYANMYEKSAVLQSAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVIGTTHKFILAITPYVCCASDCGVNDVTKLYLGGLSYWCHEHKPRLAFPLCSAGNVFGLYKNSATGSPDVEDFNRIATSDWTDVSDYRLANDVKDSLRLFAAETIKAKEESVKSSYACATLHEVAGPKELLLKWEVGRPKPPLNRNSVFTCYHITKNTKFQIGEFVFEKAEYDNDAVTYKTTATTKLVPGMVFVLTSHNVQPLRAPTIANQERYSTIHKLHPAFNIPEAYSSLVPYYQLIGKQKITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVFTACSHAAVDSLCVKASTAYSNDKCSRIIPQRARVECYDGFKSNNTSAQYLFSTVNALPECNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRISYRHVVYVGDPQQLPAPRVMISRGTLEPKDYNVVTQRMCALKPDVFLHKCYRCPAEIVRTVSEMVYENQFIPVHPDSKQCFKIFCKGNVQVDNGSSINRRQLDVVRMFLAKNPRWSKAVFISPYNSQNYVASRLLGLQIQTVDSSQGSEYDYVIYAQTSDTAHASNVNRFNVAITRAKKGILCIMCDRSLFDLLKFFELKLSDLQANEGCGLFKDCSRGDDLLPPSHANTFMSLADNFKTDQYLAVQIGVNGPIKYEHVISFMGFRFDINIPNHHTLFCTRDFAMRNVRGWLGFDVEGAHVVGSNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVRPEGCVVTESGDYIKPVRARAPPGEQFAHLLPLLKRGQPWDVVRKRIVQMCSDYLANLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGPSKSCDCGKVATCYNSALHTYCCFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYKGSLSLNHHEHCNVHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKNVDWSITYPFIGNEAVINKSGRIVQSHTMRSVLKLYNPKAIYDIGNPKGIRCAVTDAKWFCFDKNPTNSNVKTLEYDYITHGQFDGLCLFWNCNVDMYPEFSVVCRFDTRCRSPLNLEGCNGGSLYVNNHAFHTPAFDKRAFAKLKPMPFFFYDDTECDKLQDSINYVPLRASNCITKCNVGGAVCSKHCAMYHSYVNAYNTFTSAGFTIWVPTSFDTYNLWQTFSNNLQGLENIAFNVLKKGSFVGDEGELPVAVVNDKVLVRDGTVDTLVFTNKTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPITILRNLGVVCTSKCVIWDYEAERPLTTFTKDVCKYTDFEGDVCTLFDNSIVGSLERFSMTQNAVLMSLTAVKKLTGIKLTYGYLNGVPVNTHEDKPFTWYIYTRKNGKFEDYPDGYFTQGRTTADFSPRSDMEKDFLSMDMGLFINKYGLEDYGFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLACMGVLKIDEFVSSNDSTLKSCTVTYADNPSSKMVCTYMDLLLDDFVSILKSLDLSVVSKVHEVMVDCKMWRWMLWCKDHKLQTFYPQLQASEWKCGYSMPSIYKIQRMCLEPCNLYNYGAGVKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHHMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPLDAIIVDNDSVDYVSDADYSVTGDCSTLYLSDKFDLVISDMYDGKIKSCDGKNVSKEGFFPYINGVITEKLALGGTVAIKVTEFSWNKKLYELIQKFEYWTMFCTSVNTSSSEAFLIGVHYLGDFASGAVIDGNTMHANYIFWRNSTIMTMSYNSVLDLSKFNCKHKATVVVNLKDSSISDVVLGLLKNGKLLVRNNDAICGFSNHLVNVNK
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1161 Identity=59.21%
Cov(Q)=13.78% Cov(P)=97.80%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6777
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
419.318179999995
Exp number, first 60 AAs:
0.01155
Total prob of N-in:
0.00081
outside
1 - 1958
TMhelix
1959 - 1978
inside
1979 - 2015
TMhelix
2016 - 2038
outside
2039 - 2098
TMhelix
2099 - 2121
inside
2122 - 2127
TMhelix
2128 - 2147
outside
2148 - 2150
TMhelix
2151 - 2173
inside
2174 - 2523
TMhelix
2524 - 2546
outside
2547 - 2618
TMhelix
2619 - 2641
inside
2642 - 2652
TMhelix
2653 - 2672
outside
2673 - 2748
TMhelix
2749 - 2771
inside
2772 - 2777
TMhelix
2778 - 2800
outside
2801 - 2825
TMhelix
2826 - 2848
inside
2849 - 2860
TMhelix
2861 - 2883
outside
2884 - 3327
TMhelix
3328 - 3350
inside
3351 - 3356
TMhelix
3357 - 3379
outside
3380 - 3393
TMhelix
3394 - 3416
inside
3417 - 3422
TMhelix
3423 - 3445
outside
3446 - 3454
TMhelix
3455 - 3477
inside
3478 - 3496
TMhelix
3497 - 3516
outside
3517 - 6777
