Strain
Avian_KY047602
(Region: Poland; Strain: Infectious bronchitis virus isolate gammaCoV/Ck/Poland/G052/2016, complete genome.; Date: 16-Feb)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAATCAAGGGATGTCATTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACACAACCCCAAGGATTACGCTGAAGCCTTTGCCGTTAGGCAGAGGTTTGACCGTAATCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCCTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTTTTAAAAGCCAATTCTAAGTTGGCTGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCTCTTGCACGTAGATATCGTGATTTGTTGAAGACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACTGTGGAAACACTGGATGTTCGTGCACAAACTCTTGATGAAATCTTTGACCCAACTGAAATTCTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGTTGGAGAAGTAACTGAAAAAGTCATGGATGCTCTTGGCTCTAATTTGAGTGCTCTCTTTCAAATTGTTAAAGAACAAATAGCCAGAATTTTTCAAAAGGCCCTGGCTATCTTTGAAAATGTGAGTGAATTACCACAGCGTATTGCAGCACTAAAAATGGCTTTTGCCAGATGTGCAAAATCAATTACTGTTGTGGTTAGTGAAAGAGCTCTTGTGGTTAGGGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGTATCAATGGTGCCATTGCTAAATTCTTTGAAGAATTACCCAATGGTTTTATGGGTTCTAAAGTATTCACAACGCTTGCCTTCTTTAAAGAAGCTGCTGTGAAAATTATTGAAAACATACCAAATGCCCCAAGAGGTACCAAAGGTTTTGAGGTTGTTGGCAATGCCAAAGGAACTCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACTTAACTTTGCTTGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGCTATGTCTTTAGAAGTGGTGATCGGTTTTATGCTGCACCTCTTTCTGGAAATTTTGCATTGCATGATGTACATTGCTGCGAGCGTGTAGTTTGTCTGTCAGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGGCTCATTCTCGCTGCAATGTACTCATCTTTTAGTGTCACAGAGCTTGTGGCTGCACTTAAAAAGGGTGAGCCATTCAAATTTTTGGGACACAAGTTTGTCTATGCAAAGGATGCAGCGGTCTCGTTTACATTAGCGAAGGCTGCAACTATAGCAGATGTTTTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTAAAAGCAGAAGACATTTGGTCTTCGTTTACTGAAAAGTCTTTTGAATTCTGGAAGCTTGCGTATGGAAAAGTGCGCAACCTCGAAGACTTCGTGAAGACTCATTTTTGTAGGGCCCAAATGTCAATTGTTATCCTAGCCGCAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCAGCTTGTTTCACAAGTCATCTATAAAATAAGTGGCTTCTTTTCTAAAGTTATTGACTTTTGTGAAAAACACTGGAAAGGTTTCTGTGCACAGGTGAAAAGAGCTAAGCTCATTGTGACTGAAACATTCTGTGTTCTTAAAGGAGTTGCACAGCATTGTTTTGAAATGTTGCTGACTGCATTTCATGCCTTCTACATGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATCCACGGGGACTTACTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGCTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTCATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAGGGATGAGAATATCTACTATACACCAATGTCACAGCTTGGTGCTATCAATGTGGTTTGCAAGGCAGGCGGTAAAACCGTAACCTTTGGAGAAACTACTGTGCAAGAAATACCACCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACAGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAAGTGTGCGACGACCTCAAATTGTTTCCAGAGGCACCAGAGCCACCGCCATTTGAGAATGTTGCACTTGTTGATAGGAACGGTAAGGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTATGAGAGTGATGATGACATCGAGGAAGAAGATGCTGAGGAGTGTGACACAGACTCAGGTGAGGCTGAAGAGTGTGACACTAGTTCAGAATGTGAACAAGAGGATGAGGACACTAAAGTATTGGCTCTTATACAAGACCCAGCAAGTACTAAGTATCCTCTTCCTCTTGATGATGATTACAGTGTCTATAATGGGTGTATTGTTCACAAGGACGCTTTAGATGTTGTTAATCTACCATCTGGTGAAGAAACTTTTGTTGTCAACAACTGTTTTGAGGGAGCTGTTAAACCGCTGCCACAAAAAGTTGTTGACGTTCTCGGTGATTGGGGTGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAACTGTGTCAACAGGAACACGCTCAAAATAATTCTGAAGGACCATTGGAAAATTCTACTGGTGATTTTAGTGTGTTGACTGAACAAGTTGTTGTTGAAGAGAAGGAATTAATTCCTGTTGTTGAAGAAGAACAAGCGGTAGTTGTCTACACCCCTGCTGATCTACAAGTTGTTGACGAAACACCAGATGAGTTTATTCTCACTGCTGATGTTCCTACAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAAGAAACAGAGCCACAGATTGAACAAGAGTCTTCCCAAGTTGCCAAATCGCAACGCGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAACCAACTACATGTGGGAAACCCAAATATTTGGAGTATACTACATGTGTAGGTGATTTGACTGTGGTAATAGCCAAGGCATTGGATGAGTTTAAGGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGTGGTGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGCGGACCTGATTTTGTGGAGTATTGTGAGGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAACAAAAACTTGTCACACCTTCGTTTGTTAAAGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTTGGACCACGCCATGGAGACAGCAACTTGGAGGATAAACTTGTTGCAGCATATAAGAATGTGCTTGTGGATGGCGTTGTCAACTATGTTGTTCCTGTTCTCTCATCAGGGATTTTTGGTGTAGACTTTAAATTATCAATAGACGCAATGCGCAAAGCCTTTGATGGTTGTGACATACGCGTTTTGCTTTTTTCTCTGAATCAAGAACACATCAATTATTTCGATGCAACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGATGGTGTTAAATACCGCTCTGCTACTGTGAAACCGGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACCGGTTTTTGCTAGAAACAAGACAGTCTTTACAGTAGACGATGTTGAGGACAAAGAAGTTCTCTTCATTCCTACTACTGACAAGACTGTCCTTGAATATTATGGTTTGGATGCGCAAAAGTATGTAATATACTTGCAAACTCTTGCACAGAAGTGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTGTTATACTAGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGATTAATGCAGCAGTAGTGCTCCTTCAAGCTGCTAAGATTAGGTTTAGAGGTTTTCTTGCGGAAGCATGGGCTAAATTCATGGGTGGGGACCCTACAGAATTTGTGGCGTGGTGCTATGCAAGTTGCAATGCTAAAGTTGGTGAGTTTTCAGATGCTAATTGGCTTCTTGCTAATTTGGCAGAATATTTCGATGCCGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAACTGTGGAGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTACATTTTAAGACGCAATACTCAAATTGCCCAACCTGTGGAGCAAATAGTACGGATGAAGTAATAGAAGCTTCGTTACCATACATATTGCTCTTTGCTACCGATGGTCCTGCTACAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTTTTCATAGGGTCTATCAATAGTGGCCATTGTTACACACAAGCCGTAGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAAGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCGCCATACATTACAGCAATGTATACGCGCTTCTCTCTTAAGAGTGAAAGCTCTCCGTCTGTTGTTAAACAGAGTAAGAGTAAAACTAAAGTAGCAAAAGAAGATGTTTCTAATCTTGCTACTAGTTCTAAACTTAGTTTTGATAATCTTACTGAGTTTGAGCAGTGGTATGATAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAACACCTGACAATTTTGATGGGTATGTGTCATTTACAACAAAAGAAGATTCTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGATTTTAGGTCTAAAGATGGTTTCACTTACAAATTAATACCTGATATTGATGAAAATTCAAAAGCACCAATTTATTATCCAGTTTTGGATTCTATTAGTCTTAAGGCAATCTGGGTAGAGGGCAGTGCTAATTTTGTTGTTGGTCATCCAAATTATTATAGTAGGTCTCTGCGTGTCCCCACTTTTTGGGAGTGTGCAGAGAATTTTGTTAAAATAGGTGATAAAGTTGATGGTGTAATTATGGGCCTTTGGCGTGCAGAGCATCTTAACAAGCCTAATCTTGAGAAAGTTTTCAACTTTGCTAAGAAAGCAATTGTTGGAAC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Protein
MASSLKQGVSPKSRDVILVAKDIPEQLCDALFFYTSHNPKDYAEAFAVRQRFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKANSKLADLEDIFGVSPLARRYRDLLKTACQWSLTVETLDVRAQTLDEIFDPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLVGEVTEKVMDALGSNLSALFQIVKEQIARIFQKALAIFENVSELPQRIAALKMAFARCAKSITVVVSERALVVREFAGTCLASINGAIAKFFEELPNGFMGSKVFTTLAFFKEAAVKIIENIPNAPRGTKGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFRSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAMYSSFSVTELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVKAEDIWSSFTEKSFEFWKLAYGKVRNLEDFVKTHFCRAQMSIVILAAVLGEGIWQLVSQVIYKISGFFSKVIDFCEKHWKGFCAQVKRAKLIVTETFCVLKGVAQHCFEMLLTAFHAFYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGAVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGHMVQIEDDGKNYMFFRFKRDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGETTVQEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKVCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDRNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDDDIEEEDAEECDTDSGEAEECDTSSECEQEDEDTKVLALIQDPASTKYPLPLDDDYSVYNGCIVHKDALDVVNLPSGEETFVVNNCFEGAVKPLPQKVVDVLGDWGEAVDAQEQLCQQEHAQNNSEGPLENSTGDFSVLTEQVVVEEKELIPVVEEEQAVVVYTPADLQVVDETPDEFILTADVPTEEVVSQEETEPQIEQESSQVAKSQREKKAKKFKVKPTTCGKPKYLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCEDYVKKHGPQQKLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLEDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKLSIDAMRKAFDGCDIRVLLFSLNQEHINYFDATCKQKTIYLTEDGVKYRSATVKPGDSLSQFGPVFARNKTVFTVDDVEDKEVLFIPTTDKTVLEYYGLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFVILEWRDGNCWINAAVVLLQAAKIRFRGFLAEAWAKFMGGDPTEFVAWCYASCNAKVGEFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCNCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYSNCPTCGANSTDEVIEASLPYILLFATDGPATVDCDENAVGTVVFIGSINSGHCYTQAVGKAFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYTRFSLKSESSPSVVKQSKSKTKVAKEDVSNLATSSKLSFDNLTEFEQWYDSNIYESLKVQETPDNFDGYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSVVDFRSKDGFTYKLIPDIDENSKAPIYYPVLDSISLKAIWVEGSANFVVGHPNYYSRSLRVPTFWECAENFVKIGDKVDGVIMGLWRAEHLNKPNLEKVFNFAKKAIVGTSVVTTECGKLISKAVTLIVDKVGGGVIRNITDRIKGICGFTRGHFEKKMSMQFIKTLIFFFFYFIKASSKSVIASYKKVLCKVVFATLLISWFMYTIKPVIFTGTRVLDFLFESSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKDAVSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFMDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKVYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSSRHEVSVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDEACVVDDFVNLKYKAATPGKDGAPPAVKCFSVTDFLRKAVFLKDALKCEQISNDGFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYQNLIVEPVSKSVVDKVCDTLSRIISVDTASLDYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHEVEYTGDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASVANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKAGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVISGTFNWFKSCCKWLLILYVLFTLCCLGCYHMETNKSFVHPMYDVNSTMHVEGFKVIDKGVIRDIVSEDACFSNKFANFDAFWGKPYVNNRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFIHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDSDAPGALPFGSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQIMHTPYIVKLLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELIFNMVGTFFTGVNPNIYMQLAIMFLILVVVILIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTSRNTAIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFIGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEVGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRSSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVERCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLNLANNHEFEITTQNGVALNVVSRRLRGAVLILQAAVANADTPKYKFVKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLQGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAALISVKESSFSLPKWLETTTVSIDDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGLDVCRLLRTIMVKHSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSVVRRATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLTAVLFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLITVIIGVCSEVPFIYNTLISQVVMYFSQWYEPVVFDTLVPWMLLPLVLYTAFKCVQGCYMSSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLIVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWINKVFGLTLGKYNFKVSVEQYRYMCLHKIPPPKSVVDVLSTNMLIQGIGGDRVLPIASVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLSVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWIKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSIGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNKVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTSDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDSLRQPKPSIQSAAGANDFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 687 Identity=91.90%
Cov(Q)=9.06% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3950
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
397.055999999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00501
outside
1 - 1723
TMhelix
1724 - 1743
inside
1744 - 1749
TMhelix
1750 - 1772
outside
1773 - 1842
TMhelix
1843 - 1865
inside
1866 - 1884
TMhelix
1885 - 1907
outside
1908 - 2556
TMhelix
2557 - 2579
inside
2580 - 2583
TMhelix
2584 - 2606
outside
2607 - 2609
TMhelix
2610 - 2629
inside
2630 - 2641
TMhelix
2642 - 2664
outside
2665 - 2886
TMhelix
2887 - 2904
inside
2905 - 3094
TMhelix
3095 - 3117
outside
3118 - 3121
TMhelix
3122 - 3139
inside
3140 - 3151
TMhelix
3152 - 3174
outside
3175 - 3188
TMhelix
3189 - 3211
inside
3212 - 3222
TMhelix
3223 - 3245
outside
3246 - 3254
TMhelix
3255 - 3277
inside
3278 - 3296
TMhelix
3297 - 3319
outside
3320 - 3950
