Strain
Bat_KY073744
(Region: Kenya; Strain: NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9a; Date: 2010/6/21)
Gene
ORF1a protein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCCTACAACCAAGTGACACTTGCGGTTGCAAGTGATTCGGAAATTTCAGCTCATGGGTGTGCATCTCCTTCTGTAGCCGTTCGCGCTTATAGCGAAGCCGCTGCACAGGAATTTAGAGCATGCCGTTTTGTGGCTTTTGGCTTACAGGATTGTGTTACCGGTGTGCACGATGATGATTACGTCATCGCACTCACAGGAACCAATTTGCTTTGTGCCAAAATCCGACCTTTTTCTGACAGACCTCGTAATTTACGCGGTTGGCTCGTTTTCTCTAACAGCAATTATGTTCTTCAGGAATTTGACGTTATTTTCGGTGATGGCGCTGGTGATGTCGTTTTCGTGGACAACTACATGTGTGGTTTTGATGGTAAGCCCGTTTTACCAGAAACCATTTGGGAGTTTAAGGATTACTTTGGTGATGATGTTGATAACATCACAATCAATGGTGTCTCGTATCAACTCGCATGGGATGTCACACGAAAACCGCTTTCTTATAAACAACAAAATGTTTTGGCCATTGAAAGTATTCGTTACCTTGGTTCTAAAGAGCATACTTTGAGAGCTGGCTGCAAACTCTTCAATGCTAAACAACCTAAGTACTCTGCTAAGGTTGTTTTGAGTGATGAGTGGATTGAGGTCTATAAAGCTTTTGGTTCGCCATTTGTTACAAATGGTTCATCATTGCTTGAGATTCTCACAAAACCAGTTTTCTTTAATGCTTTTGTTGAATGCAATTGTGGTAATAAGGGTTGGAGTGTCGGTGCGTGGGATGGTTATCTATCACCATGTTGTGGCACTCCTGCTAAGAAAATTTGTGTTGTTCCTGGTAACGTTGTGCCTGGTGACGTGCTTGTAACATCCACAAATGCTGGTACTGGTACTAAGTACTATGCCGGTCTTGTGGTTAAGCACGTCGTTAATGTTTCTGGCGTTTCTTTGTGGCGTGTGACTGCTGTTCAATCCGATGGTGCTTTTGTAGCTACTTCATCATATGATGAGGTACTGCATAAGAATTCATTGGACCCATTCTGCTATGATGTCAGCACACGTCTTTCTCTCCAGTTACGTTTGGCTTTTCTTGGTGCCCCTGTAACAGAAGATGTCAAAGTTGCTGCCACCTCTGGTGTCATAGACATCAGTGCTGGTATGTTTGGCTTGTATGATGACATACTGACAAACAACAAACCTTGGTTTGTGCGTAAAGCTTCTGGCCTCTTTGATGCAGTCTGGGAAGCTTTTGTCGCTGCTATTAAACTTATACCAACAACTACTCAGTGTTTGGTTAAGCTTATTAAGGCTGTGGCTTCTGCTGTTCTGACTGTTTCTAAAGGCACTATAGTGATGTTCGCAGAGGTTTCTGAGAAGTTTCAAACGGCTTTTTATGCTTTTACACAGGCTATTTGTGCTGCATTTGATGTTGCATCGGATGCGTTCAAAGTAGGCGGTGTTAGTTTTAGGAAGCTGGGTGATTATGTTCTCACTGAAAATGCCCTTGTGCGCCTAACAACTGAATTAGTTCGTGGTGTTCGTGACGTTCGCGTCAAAAGAGCCACGTTCGCTAATGTTGTTGTTGGTGCCACAACTGATGTGCAACCTTCTGTGATTGAACCTGCTATGGTCAACCTGCGTGTCTTGGACTACGCTGGTAGTGTTGATCCTAAGGGTAGAATTGCTGTTATTGCAGGTCAAGCTTTCTTTCATAGTGGTGGTGTTTACCGTTTTATGGTGAGCCCTACTGCTGTATTGAATGAGCCTGCATTTGCTGGTGACGCTTCTTATAACATTAAATTTAGCGGTTTTAAACTCGATGGGTTTAAGCATCGTGTTGTTAATGCCGCTTCAGATGTTGAAGCTATTGCTGCTGTCGAGCTTTTGTTGTCAGATTTTAAAAATGCAGTCTTTGTTTACAATTTTTCAGTTGATGGTTGTAACATCATTGTTAAGCGTGATGTTGCTTTTGCCACACCTTTATTGTTTAAAGATTGTTATAGTGTCTGGGAGAACTTTTGTATTGATTATTGTGGTCAGCCATGGTTTTTGGTTGACTACAATTCTATCTTACAAGGTACTTCTCTCTCTGACATTGTTGTGCAGGCATCCGAGTCTAAAGCTTTGCTGGAACATCTAAATCCTAAATGCCCCGATGTGTTACTTAACATTGATGGCGGTCGTCTTTGGAAGATGTTCGTGCAAAAACTTGACTCTGTTGTTGAATGGCTTAAAACCCTTAAGCTTACACTCACCCCTAAAGGTCTTTTGGGTAATTGTGCAAAGCGTTTTAAAAGGATTTTGGCCAAACTGCTTGACATATACAATGGTTTCTTAGAAACTGTTTGTAGTGTTGTACATACTGCTGGTGTTGCCATTAAACATTATGCTGTTGATGTTCCTTATGTTGTTATTGGTGACTTTGTTAGCCGCGTTGTTTGTAAGAAGAGGGCTGATGTTCCTGTCCCTTGTGACAGTCGCATCACTTCTTTTCATGAATTTGTTGACGCTGTTTACAAAGTAGGTAAACCAACGACAATCGATGTTGAACACTTGGAGCTTAAAGAGACTAGTTTTGTTGAACCAAAAGAGGGTGGTCAGTTTGTCGTTTCTGATGACTATTTCTGGTACATTATGGATGACATCTGTTACCCTGCCTCTGAGGATGGTGTTTTGCCTGTAGCTTTTTCTAAATCTGCTGGTGGCAAAATATCCTTTGCTGAAGAGGTTACAGTTCACGATGTTGAACCAACACACAAAGTGAAACTCGTTTTTGAGTTTGATGATGACAACGTTGCCAGACTTTGTAAGAAAAGTCTTGGCAAGTCCATCATGTACACTGGTGATTGGGATGGCCTATGTAAAATGCTCACATCAGCAATGAATGTTATAGGGCAGCACGTCACATTGCCACAATTCTACATCTATGATGAAGAGGGTGGAGAAGACATGTCCAAACCAGTTATGATTTCACAGTGGCCGATTGAAAGCGATGGTTGTGAGGTTAATGATGTTGGTGAGCCAACCGTTGACCCTGCACAACCTGACTTGACAGAGGAAGACATTGTTCTCGACAATGAAGTTGTTGACTTCGTGACAGAACAAACGTCTGAGGTTGAACAAGTTAATAAAGCTTTCGGTCCCGTTGTTAAAAGCGCACCTGTACCTGAACATCCGTTCGCTTTCCCATTTAGGGATGAACTTGGTGTTCGTGTTTTAAACCAAGCTGAAAACAACTGTTGGATCAATACCACGCTTATACAGTTGCAACTCACCAAACTCCTAGAGGAGTCTGTCGAGATGGAGCTTTTTAGAGTTGGTAGGACTGGTCCAATAGTTCAGAAGTGTTACGAATTGTCAAACTCAGTTCGTGGTTCGCTTGGTGATAGTGGTGAACTTCTTAACAAGCTTCTTAAAGACAAGTTCACATGTTTCATGACCTTTGAGACATTGTGTGGTTGTGGTAAGAGGCGTGATGAGCAAGCCGGCTGCTGGTTTTGGATAATGCCGTACACAAAACCATTCCCTTATGGTAAGTGTAGTATTTGTCGTAAAACACAAATTTATAAACTTACCAGTATGAAGGGTACTGGTGTTTTTGTTCAGGACCCTGCGCCTGTTGATTTTGATGCACTGCCAACCATGCCCATTTGTGCGTCTGCGTATTTGGGTAGTAGAGGTTCTGGCCATTACCAAACAAACTTGTATAATGTTAATAAGGCCATAGATGGTTTTGGTGTCTCTGACATCAAGAATGGTAGTATTAACACAGTTTGTTTTGTTGATGTTGACTATGACAACACACAGAAGGAAGCTGTTGAAGAGGTGCGACCTTTCGCTGTTCATGAAAACGTTAGTTTTTATGTTGGTGATATTTCACATCTCATAGATTCAGTTCCTTTTGATTTTGTTGTCAATGCTGCCAATGAAAACCTCGCACATGGTGGCGGTGTTGCACGGGCTATTGATGACCTCACAAAAGGTCAACTTCAGTCCTTGTCAAATGCTTACATTCGTAATAAAGGTCCACTTAAGGTTGGTACAGGCGTTATGTTGAAGTGTAACAAATTCAGTGTTTATAATGTGGTTGGTCCACGCAAAGGCAAGCATGAACATACTCTACTTGTAAAAGCGTACAACTCCATTTTGGCTGAAGAAGGTACACCTCTTATGCCTATACTTAGTTGCGGTATATTTGGTGTCAAACTTGAGAATTCTCTTAAAGCTTTGTTCAGTTGTAACATCGACAAGCAACTGCGTGTCTTTGTTTATTCCTCGAAAGAGGAAGAGGCTGTTAAAGGCTTTTTAGGAAGCTTAAGTGTTGCACCTGTTGTCAGGGAAGAGAAAATTGTTGCACCAGTAAAGCTCAAGTCGGAAGATTTGAAACCTTTCAGGTGTGAAGGCAATTTCTCTTTCTTTGATGCTAGTGTAGAGTCATTGAGTGGTGACACTTACTTGCTTTTTACCAACTCAATTTTGATGTTGGATAAGCAAGGTCAATTGTTGGACACCAAGCTTAATGGTATTTTACAACAGGCCGCTTTAGATTATCTTAAGAAGGTTAAAGCTGTTCCCGCTGGTAATTTGGTGAAACTCGTTGTTGAAGGTTTCACCATTTACATGTGCGTTGTTCCATCTGCTAAAGATCCTTCTTTTGATAAAAACCTTGACCGTTGTGTTCGTAAGCTTAATAAACTGAAAATATGCGTTGTCGCTAACATGCCTTCTATTGATGTCTTGAAAAAGCTTCTCTCAAATTTGGCAATTGATGTCAAATTTGCAGCGGAAGGTAAAACTTCAGATGTTAATGGTTGTTTTAAAAGTGATAACGTGGTTTTGAAGGTGACTGAGGATGGTGTCAATGTTAAAGATGTCATTGTTGATTCTTCTAAGTCACTTGATAAACAGTTGGGTGTTGTGAGTGACGGTGTTGAGTCTTTGGAAGGTGTTTTACCTACAAAGACTGACACAGTTTTGTCTGTTGCACCAGCAGTGGATTGGGTTAATTT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Protein
MSYNQVTLAVASDSEISAHGCASPSVAVRAYSEAAAQEFRACRFVAFGLQDCVTGVHDDDYVIALTGTNLLCAKIRPFSDRPRNLRGWLVFSNSNYVLQEFDVIFGDGAGDVVFVDNYMCGFDGKPVLPETIWEFKDYFGDDVDNITINGVSYQLAWDVTRKPLSYKQQNVLAIESIRYLGSKEHTLRAGCKLFNAKQPKYSAKVVLSDEWIEVYKAFGSPFVTNGSSLLEILTKPVFFNAFVECNCGNKGWSVGAWDGYLSPCCGTPAKKICVVPGNVVPGDVLVTSTNAGTGTKYYAGLVVKHVVNVSGVSLWRVTAVQSDGAFVATSSYDEVLHKNSLDPFCYDVSTRLSLQLRLAFLGAPVTEDVKVAATSGVIDISAGMFGLYDDILTNNKPWFVRKASGLFDAVWEAFVAAIKLIPTTTQCLVKLIKAVASAVLTVSKGTIVMFAEVSEKFQTAFYAFTQAICAAFDVASDAFKVGGVSFRKLGDYVLTENALVRLTTELVRGVRDVRVKRATFANVVVGATTDVQPSVIEPAMVNLRVLDYAGSVDPKGRIAVIAGQAFFHSGGVYRFMVSPTAVLNEPAFAGDASYNIKFSGFKLDGFKHRVVNAASDVEAIAAVELLLSDFKNAVFVYNFSVDGCNIIVKRDVAFATPLLFKDCYSVWENFCIDYCGQPWFLVDYNSILQGTSLSDIVVQASESKALLEHLNPKCPDVLLNIDGGRLWKMFVQKLDSVVEWLKTLKLTLTPKGLLGNCAKRFKRILAKLLDIYNGFLETVCSVVHTAGVAIKHYAVDVPYVVIGDFVSRVVCKKRADVPVPCDSRITSFHEFVDAVYKVGKPTTIDVEHLELKETSFVEPKEGGQFVVSDDYFWYIMDDICYPASEDGVLPVAFSKSAGGKISFAEEVTVHDVEPTHKVKLVFEFDDDNVARLCKKSLGKSIMYTGDWDGLCKMLTSAMNVIGQHVTLPQFYIYDEEGGEDMSKPVMISQWPIESDGCEVNDVGEPTVDPAQPDLTEEDIVLDNEVVDFVTEQTSEVEQVNKAFGPVVKSAPVPEHPFAFPFRDELGVRVLNQAENNCWINTTLIQLQLTKLLEESVEMELFRVGRTGPIVQKCYELSNSVRGSLGDSGELLNKLLKDKFTCFMTFETLCGCGKRRDEQAGCWFWIMPYTKPFPYGKCSICRKTQIYKLTSMKGTGVFVQDPAPVDFDALPTMPICASAYLGSRGSGHYQTNLYNVNKAIDGFGVSDIKNGSINTVCFVDVDYDNTQKEAVEEVRPFAVHENVSFYVGDISHLIDSVPFDFVVNAANENLAHGGGVARAIDDLTKGQLQSLSNAYIRNKGPLKVGTGVMLKCNKFSVYNVVGPRKGKHEHTLLVKAYNSILAEEGTPLMPILSCGIFGVKLENSLKALFSCNIDKQLRVFVYSSKEEEAVKGFLGSLSVAPVVREEKIVAPVKLKSEDLKPFRCEGNFSFFDASVESLSGDTYLLFTNSILMLDKQGQLLDTKLNGILQQAALDYLKKVKAVPAGNLVKLVVEGFTIYMCVVPSAKDPSFDKNLDRCVRKLNKLKICVVANMPSIDVLKKLLSNLAIDVKFAAEGKTSDVNGCFKSDNVVLKVTEDGVNVKDVIVDSSKSLDKQLGVVSDGVESLEGVLPTKTDTVLSVAPAVDWVNFYGFDNAALFASLDTKPYNYPNDFVNGFRVLKTTDNNCWINATCITLQYLKPNFKSEGLNALWNKFVTGDVGPFVSFIYFITGSTKGQKGDSEETLSKLSEYLVSDSVVTLEQYTTCDLCESNITTVKGAVVCASVLKDGCEVGFCPHRHKLRSRVKSVRGRVVITNVDRPVVAQPSRLLNGIAYTAFSGPVDSGHYTVYDSLTKSIYDGDRFVASDLSTLSITAVVVAGGYMARDVTPPVQHKKSVMEKFDVSAQNFFRFGDFVMNNFILFLTWLFSMLSLLRTSIKKRDVKVIAMAPRRTGIILTRSLKYNVKSATVVAKQKWCYISMLLKVLLLLYTMYASIFMVVQLNPFNSLFCSDTISGYENSTFDKDVYCGKSMRCRMCLFGYQELSDLEHTSVIWKHIRDPILAGLQPFVILVILLIFGNMYLRFGLLYFVAQFISTFGSFVGFHQKQWFLHLVPFDVLCNEFLATFVVCKIVLFARHIIVGCNDADCIACSKSARLKRVPLQTIVNGMNKSFYVNANGGTHFCNKHNFFCVNCDSFGPGNTFINGDIARELGNVVKTTVQPTAPAYVVIDKVDFANGFYRLYSGDTFWRYDFDITEPKYGCKEVLKNCNVLENFIVYNNNGSNVTQVKNACVYFSQLLCEPIKLVDSELLSTLSVDFNGVLHKAYVDVLCNSFSKELTASMSMAECKTALGLTVSDDDFVSAVANAHRYDILLSDLSFNNFFTSYAKPEEKLSAYDVACCMRAGSKVVNHNVLTKESTPVVWSAKDFNTLSQEGKKYLVKTTKAKGLSFLLTFNDNQAITQVPATSIVSKQGAGFKRTFNFLWYTCFIIVALFVGISFIDYTTTTTSFPDYDFKYIENGQLKVFEAPLKCVRNVFDNFNQWHEAKFGVVPTNSDKCPIVVGVSERTNVVPGVPANVYLIGRTLVFTLQAAFGNTGVCYDFDGVTTSDKCIFNSACTKLEGLGGNNVYCYNTGLMEGSKPYSDLQPNAYYKYDGRNYVRFPEILARGFGLRTIRTLTTRYCRVGECRDSRKGVCFGLDKWYVNDGRFDDGYICGDGLTDLVMNVISIFSSSFSVAAMSGHMLFNLFFAALVIFLCFLVTKFKRVFGDLSYGVCTVVCATLINNVSYVVTQNSLFMLLYALLYFAFTRTIRYAWIWHVAYIIAYALLAPWWLCAWFCFAALLELLPNVFKLKISTQLFEGDKFIGTFESAAAGTFVLDMRSYERLINTISPEKLKSYAASYNKYKYYSGSASEADYRCACYAHLAKAMLDYAKDHNDMLYSPPTVSYNSTLQAGLKKMAQPSGCVERCVVRVCYGNTVLNGVWLGDVVTCPRHVIAPSTTSLIDYEHAYSTMRLHNFSISYNGVFLGVVGATMHGSVLRIKVSQSNVHTPKHVFKTLKPGDSFNILACYEGVASGVFGVNLRTNSTIKGSFINGACGSPGYNVKSDGTVEFCYLHQIELGSGAHVGSDFSGSIYGCFDDRPSLQVEGANLMLSDNVIAFMYAALLNGCRWWLRPERTNVDVFNDWAVANGYTSVSSVDCYSILAAKTGVSVEQILAAIQRLCDGFGGKTILGYPSLCDEFTLAEVVKQMYGVNLQSGKVNSGLKTLLLFGVFFTMFWAELFIYTNTIWVNPVILTPVFCILLFLSLVLTMLLKHKFLFLQAFLLPTVIATALYNCAWDYYMARFLADHFDYNVSVLQMDIQGLVNVLVCLLVAFLHTWRFAKERFTHWCTYVCSLIAIVYTYYYSGDFLSLLVMFLCAISNEWYIGAIGFRLARLLVLCVSEDIVDVFGEVKFTLVIYLICGYLICVYWGILYWLNRFFKCTMGVYDFKVSAAEFKYMVANGLRAPQGPFDALWLSFKLLGIGGDRCIKISTVQSKLTDLKCTNVVLLGCLSSMNIAANSNEWAYCVDLHNKINLCDDPEKAQEMLLALLAFFLSKHSDFGLDGLIDSYFDNSSTLQSVASSFVSMPSYIAYENARQAYEDAVANGSSPQLVKQLKRAMNIAKSEFDHEISVQKKISRMAEXAATQMYKEARAVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVETVLNLARDGVVPLSIIPATSASKLTIVSPDLESYSKIVCDGSVHYAGVVWTLNDVKDNDGRPVHVKEITKENVETLTWPLVLSCERVVKLQNNEIMPGKLKQKPMKAEGDGGVSGEGNALYNNEGGKTFMYAYISNKADLKFVKWEYEGGCNTIELDSPCRFMVETPSGPQVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATIRLQAGKQTELAVNSGLLTACAFSVDPASTYLEAVKHGAKPVGNCIKMLSNGAGNGQAITTSVDANTNQDSYGGASVCLYCRAHVSHPSMDGYCKFKGKCVQVPLGCMDPIRFCLENKVCTVCGCWLGHGCSCDRTTVQSFDMSYLNEQGALVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR041679
DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
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IPR036333 NSP10_sf
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IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036499 NSP9_sf
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
3TLO
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3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
4086
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
390.85667
Exp number, first 60 AAs:
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Total prob of N-in:
0.00098
outside
1 - 1929
TMhelix
1930 - 1949
inside
1950 - 1990
TMhelix
1991 - 2013
outside
2014 - 2074
TMhelix
2075 - 2097
inside
2098 - 2098
TMhelix
2099 - 2118
outside
2119 - 2132
TMhelix
2133 - 2155
inside
2156 - 2493
TMhelix
2494 - 2516
outside
2517 - 2749
TMhelix
2750 - 2772
inside
2773 - 2778
TMhelix
2779 - 2801
outside
2802 - 2805
TMhelix
2806 - 2828
inside
2829 - 2832
TMhelix
2833 - 2855
outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
3279 - 3296
outside
3297 - 3299
TMhelix
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inside
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TMhelix
3329 - 3346
outside
3347 - 3365
TMhelix
3366 - 3388
inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
3466 - 3488
outside
3489 - 4086
