Strain
Avian_KY073747
(Region: Kenya; Strain: 229E-related bat coronavirus strain BtKY229E-1, complete genome.; Date: 20-Jun-09)
Gene
ORF1ab protein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCTGCAACCGTGTGACACTTGCTGTTGCAAGTGATACTGAAATTTCTGCATCTGGCTGTTCTACTGTTGCGCAAGCCGTCCGCTTTTATAGTGAGGCCGCTAGCAATGGTTTTAGAACATGCCGATTTGTTTCATTTGGTTTGCAAGATTGCGTTGTTGGCATTGGAGATGATGATTATGTCATGGGTCTTCATGGTAACCAAACGTTGTTCTGCAACATAATGAAATTTTCTGACCGTCCTTTTATGCTTAGAGGGTGGTTGGTGTTCTCCAACTCAAATTACCTTTTAGAGGATTTTGATGTTGTTTTTGGCAAACGTGGTGGTGGTTATGTTACTTTTACTGACCAATACCTTTGCGGTGCTGATGGAAAACCTGTCATAAGTGAAGAATTGTGGCAATTTATTGACCATTTTGGTGACAACGAAAAAATTGTTATTAATGGTCTCACTTATGTTTGTGCATGGCTTACTAAACGTAAACCATTGCCATACAAGAATCAGAACAACTTGGCTATAGAGGAAATAGAATACGTGCATAGAGATGCTTTGCATACACTGCGTAATGGTTCTGTTCTTGATATAGCTAAGGAGGCCAAAATATCCAGTAAGGTGGTGTTAAGTGATGAACTTGACAAACTTTACAGGATCTTTGGTTCTCCTGTTATGACTAATGGTTCCAACATCTTAGAGGCCATTACTAAACCTGTGTTCATTAGTGCACTAGTTCAGTGTACTTGTGGTAAAAAGTCATGGTCTGTTGGTGATTGGACCGGATTTAAATCCTCTTGTTGTAATGTTTCTGGCAAGAAGCTTTGTGTTGTACCTGGTAACGTTAAACCTGGTGACGCTGTGATTACAACTCAGCAAGCTGGTGCTGGTATTAAGTACTTTTGTGGTATGACTCTCAAGTTTGTTGCAAACATTGAAGGTGTCTCTGTTTGGCGAGCAATCGCTGTTCAGAGTGTTGATGGCTTTGTTGCTTCTGCCACTTTTGTGGAAGAAGAACATGTTAACAGAATGGATACATTCTGCTTCAATGTGCGTAATAGTACAACTGATGAGTGTCGATTGGCCATGTTGGGTGCTGAATTGACTAGCAATGTTAGAAAACAAGTTGCTGCAGGTGTCATTGACATTAGCACCGGTTGGTTTGATGTTTATGATGACATCTTTTCCGAAAATAAACCTTGGTTTGTGCGCAAGGCTGAAGATATCTTCGGTACTTGTTGGTCTGCTCTTGTTTCTGTGCTTAAACAGCTTAAAGTTACCACAGGTGAACTTATGAAATTTGTTAAGACCATCTGTAGTTCAGCTGTTGCTGTTGTGGGTGGTACTATTCAAATTGTTGCTAGTGTACCTGAAAAGTTTTTGAATGCATTTGATGTGTTCATCAAAGCTGTTCAAACTGTTTTTGATTGTGCTGTTGAAACCAGTACTATTGCTGGCAAAGCTTTTGACAAAGTCTTTGACTATGTTTTGCTTGATAATGCTCTTGTCAAATTTGTTACCACTAAGCTTAGAGGCGTTCGTGAAAGTGGTCTTAACAAAGTTAAGTATGCAACTGTTATTGTTGGTTCTACTGAGGATGTTAAATCATCTAGGATTGAACGCAGCACTGCAGTTTTAACAATTGCACACAGTTATCCCAAGTTGTCTGACGAGGGATATACTGCTGTAATTGGCGATGTGGCTTACTTTGTTAGTGAAGGCTACTTCCGTCTTATGGCCAGTCCAACTAGCGTTCTGACTACTGCTGTCTACAAACCACTGTTCACTTTTAATGTGAATGTTATGGGTGCTATACCTGAAAAGTTTCCAACTACTGTGACTTGTGAAAATCTAGAGTCTGCTGTTTTAGTTGTTAATGACAAAATTACTGAACTTCAATTGGATTATAGTGTTGATGTTATTGACAATGAAATAGTCGTCAAATCCAATATAAACCTATGTGCTCCACTTTATGTGAGAGACTATGTTGATAAGTGGGATGATTTTTGCAGTCAATACAGTAACGAGGCTTGGTTTGATGAAGATTACAGAGCTTTTATTAGCGTTTTGGATATTGCTGATGCTGATGTTAAAGCTGCAGAGTCTAAGGCCTTTATAGATACCATTATGCCACCTTGTCCTTCTATTTTGAAAACAATAGATGGTGGCAAGATATGGAATGGAATTATTAAGGCTGTTAGCTCTGTTGCAGACTGGCTTAAATCTTTAAAATTAACTCTTACACCAGAAGGTCTCTTTGGTACTTGTGCCAAGCGTTTTAAGCGTTTTCTTGTTGCTTTGTTGGACGCTTATAACGCATTTTTGGACACTGTTGTTTTTACTGTTAAGATTGGTGGTAAAGCTTTTAAAAAGTATGCATTTGACAAACCTTACATCGTGATACGTGATATCGTGTGCAAGGTTGAGCATAAAACAGATGCATCGTGGTTTGAGCTTTTGCCACGTAATGACAGAATCAAGTCTTTTAGTACCTTTGAGGATGCATATCTACCTATCGCTGATCCAACACATTTTGATGCCGAAGAAGTTGAACTCTTGGACACCGAATTTGTTGAGCCAGGTTGTGGTGGTATTTTGGCTTTAATAGATGATCATGTCTTTTATAAGAAAGATGACATTTATTACCCATCAAATGGTACTAAAATCTTGCCTGTTGCATTTACTAAGGCTGCCGGTGGCAAAGTTTCTTTCTCGGACGTTATTGAAGTTAAAGACATTGCACCTGTGTATAGAGTCAAACTTTGCTTTGAGTTTGAGGATGAGAAACTTATAGATGTTTGTGAAAAATCTATTGGCAAGAAACTTAAACATGAGGGTGATTGGGATAGTTTTTGTAAAACTATTCAATCAGCACTGTCTGTAGTTTCTGACTACGTCAAATTACCAACATATTACATCTATGATGAAGAAGGTGGCACTAATTTGAATTTGCCTGTTATGATTTCTGAATGGCCTCTTGAAGAAGAGAGCGAAAAAGACGTGCAACACAACCAATATGAAGATACAGTTGTGTCCAGTGTTGATGAAATTGAAGAAGTCAATAGTAGTTTTGCTATTGAAACAACAGATGTTAAGGTTGAAGTTAGCCCTTTTGAGATGCCTTACAATGAATTGAATGGCTTAAAGGTGCTCTCTCAACTTGATAACAATTGTTGGGTCAATTCTGTTATGCTACAATTGCAATTAACAGGCATACTTGATGACGACTATGCTATGCAATTTTTCAACATGGGTCGTGTTGCCAAAATGATTGAGCGCTGCTATAATGCTGAACAATGCATTCGTGGTGCTATGGGCGATGTCGGCCTGTGTTTGAATACACTGCTTAAAGATATGCACACTGGTTTTATGGTTATGGACTACAAGTGTATTTGTACCAGTGGTGAACTTCAGGAATCAGGATCTGTTTTGTTTTGTACGCCTACTAAGAAGGCATTTCCTTATGGTACTTGTCTTAATTGTAATGCACCACGTATGTGTACAATTAGAAGGCTGCAAGGTACTATGATTTTTGTGCAACAAAAACCTGAACCTGTTAATCCTAGTGCGTTTGTTGTTAAACCAATTTGTTCATCAGTCTTTCGTGGTGCTGTGTCTTGTGGCCATTATCAAACAAACATCTACTCACAAAAGTTGTGTGTGGATGGTTTTGGTGTTAACAAGATACAGCCGTGGACTAATGATGCACTTAATACTATTTGTATTAAGGATGCAGATTACAGTGCAAAAGTTGAAAACACTGTTGCACCAGTTAAAACTCCAGTTGAGTCACCACCTAAGGAAGAAATTGTTGTTAAGGCGAAGTTGAATTCTTTCCTTGTTTACAACAATGTTTCTTTCTACCAGGGTGATGTTGACGCTGTTGTTAATGGTGTTGACTTTGACTTTATTGTAAATGCTGCTAATGAGAATCTCGCTCATGGTGGTGGACTTGCCAAAGCTTTAGATGTGTACACCAAAGGTAAACTTCAGCGTTTGTCTAAAGAACACATCGGATTAGCAGGCAAAGTAAAAGTTGGCACTGGGGTTATGATTGAGTGTGATGGCTTGAACATTTTTAATGTTGTTGGTCCACGCAAGGGTAAACACGAACGTGATTTGCTCATAAAAGCGTACAATACCATTAATAATGAACAAGGTACACCATTAACACCAATTTTGAGCTGTGGTATTTTTGGTGTCAAGCTTGAAACTTCATTAGAAGTTTTGCTTGATGTTTGCAATACAAAGGAAGTCAAAGTTTTTGTTTACACAGATGCAGAGGTTTGCAAGGTTAAAGAATTTGTTTCTACTTTGAGTGCTCAAAAAGTTGAGTCACCTAACGTGGAACCAACAACATTACATTTAGCTAAACTTGTGCCTAAACCTTATAAGGTAGATGGTAACTTTAGCTATTTTACAGAAGACTTGTTGTGTGTTGCTGATAACAAACCTATTGTGCTGTTTACTGATTCTGTGCTTAATTTGGATGATCATGGTCTGGCTTTAAACAATGCACTTAATGGAATGCTTAGTGCTGCCATTAAGGATTGTCTCAACACAAACAAGGCCATACCTTCTGGTAATCTTATTAAGTTTGATATAGGTTCTGTTGTTGTCTACATGTGTGTTGTGCCATCCGATCAGGACAAACACTTAGATAAGAATGTTCAACGGTGCACGCGTAAGCTGAATAGACTTATGTGTGATATAGTTTGTACTATACCAGCTGAACATATCTTGCCCTTGGTTTTGTCTAGTTTGACTTGTAATGTCTCCTTTGTAGGTGAACTGAAGGCTGTTGAAGCTAAAGTTATAACTATAAAGGTGACAGAGGATGGTGTTAATGTTCACGATGTGATGGTAACAACAGACAAGTCATTTGAACAACAAGTTGGTGTTATCGCTGATAAAGACAAAGACCTTTCTGGTGCAGTACCAAGTGATCTTAATACATCGGAATTGCTTACTAAGGCAATAGATGTTGATTGGGTCAAATTTTACGG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Protein
MACNRVTLAVASDTEISASGCSTVAQAVRFYSEAASNGFRTCRFVSFGLQDCVVGIGDDDYVMGLHGNQTLFCNIMKFSDRPFMLRGWLVFSNSNYLLEDFDVVFGKRGGGYVTFTDQYLCGADGKPVISEELWQFIDHFGDNEKIVINGLTYVCAWLTKRKPLPYKNQNNLAIEEIEYVHRDALHTLRNGSVLDIAKEAKISSKVVLSDELDKLYRIFGSPVMTNGSNILEAITKPVFISALVQCTCGKKSWSVGDWTGFKSSCCNVSGKKLCVVPGNVKPGDAVITTQQAGAGIKYFCGMTLKFVANIEGVSVWRAIAVQSVDGFVASATFVEEEHVNRMDTFCFNVRNSTTDECRLAMLGAELTSNVRKQVAAGVIDISTGWFDVYDDIFSENKPWFVRKAEDIFGTCWSALVSVLKQLKVTTGELMKFVKTICSSAVAVVGGTIQIVASVPEKFLNAFDVFIKAVQTVFDCAVETSTIAGKAFDKVFDYVLLDNALVKFVTTKLRGVRESGLNKVKYATVIVGSTEDVKSSRIERSTAVLTIAHSYPKLSDEGYTAVIGDVAYFVSEGYFRLMASPTSVLTTAVYKPLFTFNVNVMGAIPEKFPTTVTCENLESAVLVVNDKITELQLDYSVDVIDNEIVVKSNINLCAPLYVRDYVDKWDDFCSQYSNEAWFDEDYRAFISVLDIADADVKAAESKAFIDTIMPPCPSILKTIDGGKIWNGIIKAVSSVADWLKSLKLTLTPEGLFGTCAKRFKRFLVALLDAYNAFLDTVVFTVKIGGKAFKKYAFDKPYIVIRDIVCKVEHKTDASWFELLPRNDRIKSFSTFEDAYLPIADPTHFDAEEVELLDTEFVEPGCGGILALIDDHVFYKKDDIYYPSNGTKILPVAFTKAAGGKVSFSDVIEVKDIAPVYRVKLCFEFEDEKLIDVCEKSIGKKLKHEGDWDSFCKTIQSALSVVSDYVKLPTYYIYDEEGGTNLNLPVMISEWPLEEESEKDVQHNQYEDTVVSSVDEIEEVNSSFAIETTDVKVEVSPFEMPYNELNGLKVLSQLDNNCWVNSVMLQLQLTGILDDDYAMQFFNMGRVAKMIERCYNAEQCIRGAMGDVGLCLNTLLKDMHTGFMVMDYKCICTSGELQESGSVLFCTPTKKAFPYGTCLNCNAPRMCTIRRLQGTMIFVQQKPEPVNPSAFVVKPICSSVFRGAVSCGHYQTNIYSQKLCVDGFGVNKIQPWTNDALNTICIKDADYSAKVENTVAPVKTPVESPPKEEIVVKAKLNSFLVYNNVSFYQGDVDAVVNGVDFDFIVNAANENLAHGGGLAKALDVYTKGKLQRLSKEHIGLAGKVKVGTGVMIECDGLNIFNVVGPRKGKHERDLLIKAYNTINNEQGTPLTPILSCGIFGVKLETSLEVLLDVCNTKEVKVFVYTDAEVCKVKEFVSTLSAQKVESPNVEPTTLHLAKLVPKPYKVDGNFSYFTEDLLCVADNKPIVLFTDSVLNLDDHGLALNNALNGMLSAAIKDCLNTNKAIPSGNLIKFDIGSVVVYMCVVPSDQDKHLDKNVQRCTRKLNRLMCDIVCTIPAEHILPLVLSSLTCNVSFVGELKAVEAKVITIKVTEDGVNVHDVMVTTDKSFEQQVGVIADKDKDLSGAVPSDLNTSELLTKAIDVDWVKFYGFKDAVTFATVDHSAFAYESAVVNGVRVLKTSDNNCWVNAVCISLQYLKPHFISQGLDAAWNKFVLGDVEIFVAFIYYVAGLVKGAKGDAEDTLNKLSKYLANEAQVQLEHYSSCVECEVKFKNSVISINSAIVCASVKRDGVQVGYCAHGIKYYSRVRSVSGRAIIVSVEQLEPCAQSRLLSGVAYTAFSGPADNGHYTVYDTAKKSMYDGDRFVKHDLSLLSVTSVVMVGGYVASVVETVKPKPVINKLDEKAQRFFDFGDFLVHNFVTFFTWLLSMFTLCKTAVTTSDFKIMAKAPQRTGVVLKRSLKYNLKASAAVLKSKWWLLAKFMKLMLLIYTLYSVVLFGVRFGPFNDYLCSDTVSGYAKSKFVKDDYCDGSLGCKMCLFGYQELSQFSHLDVVWKHITDPLFSNMQPFIVMALLLIFGDNYLRCFLLYFVAQMISTVGVFLGYKETNWFLHFVPFDVICDELLVTVIVIKVISFVRHVLFGCEKSDCIACSKSARLKRFPVNTIVNGVQRSFYVNANGGSKFCKKHRFFCVDCDSYGYGNTFITPEVSRELGNITKTNVQPTGPAYVMIDKVEFENGFYRLYSSETFWRYNFDITESKYSCKEVLKNCNVLDDFIVFNNSGTNVTQVKNASVYFSQLLCRPIKLVDSELLSTLSVDFNGVLHKAYIDVLRNSFGKDLNANMSLAECKSVLGLSISDHEFTSAISNAHRCDVLLSDLSFNNFVSSYAKPEEKLSAYDLACCMRAGAKVVNANVLTKDQTPVVWHAKDFNSLSAEGRKYIVKTSKAKGLTFLLTINENQAVTQIPATSIVAKQGAGGSGRLSTWFWLLCGFMCLLQFYLCFFMPYFMYDTVRSFEGYDFKYIENGQLKNFEAPLKCVRNVFDNFEEWHYAKFGFIPSNKQSCPIVVGVSEIVNTVAGIPSNVYLVGKTLVFTLQAAFGNAGVCYDFFGVTTPEKCIFTSACTRLEGLGGNNVYCYNTELMEGSLPYSSLQANAYYKYDNGNFIKLPEVIAQGFGFRTVRTIATKYCRVGECVDSNAGVCFGFDKWFVNDGRVDNGYVCGTGLWNLVFNILSMFSSSFSIAAMSGQILLNCALGAFAIFCCFLVTKFRRMFGDLSVGVCTVVMAVLLNNVSYIVTQNLVTMIVYAVLYFFATRSLRYAWIWCAVYLIAYISFAPWWLCAWYFLAMLTGLLPSLLKLKVSTNLFEGDKFVGTFESAAAGTFVIDMRSYEKLANSISPEKLKSYAASYNRYKYYSGNANEADYRCACYAYLAKAMLDFSRDHNDILYTPPTVSYGSTLQAGLRKMAQPSGIVEKCVVRVCYGNTVLNGLWLGDIVYCPRHVIASNTTSAIDYDHEYSIMRLHNFSITSGTAFLGVVGAIMHGATLKIKVSQTNMHTPRHSFRTLKSGEGFNILACYDGCAQGVFGVNMRTNWTIRGSFINGACGSPGYNLKNGEVEFVYMHQIELGSGSHVGSSFDGVMYGGFEDQPNLQVESANQMLTVNVVAFLYAAILNGCTWWLKGDKLSVEHYNEWAQANGFTAMNGEDAFSILAAKTGVCVERLLHAIQVLNNGFGGKNILGYSSLNDEFSINEVVKQMFGVNLQSGKTTSMFKSLSLFAGFFIMFWAELFVYTTTVWVNPGFLTPFMILLVAVSLCLTSVVKHKVLFLQVFLLPSIIVAAIQNCAWDYHVTKLLAEKFDYNVSVMHMDIQGFVNIFVCLFVALLHTWRFAKERCTHWCTYLFSLLAVLYTALYSYDYVSLLVMLLCAISNEWYIGAIIFRVCRFSIAFLPVEYVSYFGSVKTVLLFYMLLGFVSCMYYGLLYWINRFCKCTLGVYDFCVSPAEFKYMVANGLNAPNGPFDALFLSFKLMGIGGPRTIKVSTVQSKLTDLKCTNVVLMGILSNMNIASNSKEWAYCVEMHNKINLCDDPEIAQELLLALLAFFLSKHSDFGLGDLVDSYFENDAILQSVASSFVGMPSFVAYETARQEYENAVANGSSPQIIKQLKKAMNVAKAEFDRESSVQKKINRMAEQAAAAMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNMARNGVVPLSVIPATSASKLVIVVPDHDSFAKMMVDGFVHYAGVVWTLQEVKDNDGKSVHLKDVTKENQETLIWPLILTCERVVKLQNNEIMPGKMKVKATKAEGDGGITSEGNALYNNEGGRAFMYAYVTTKPDMKYVKWDHDSGVVTVELEPPCRFVVDTPTGPQIKYLYFVKNLNNLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEFVSNSHLLTHCSFAVDPAAAYLDAVKQGAKPVGNCVKMLTNGSGSGQAITSNIDSNTTQDTYGGASVCIYCRAHVAHPTMDGFCQYKGKWVQVPIGTNDPIRFCLENTVCKVCGCWLNHGCTCDRTAIQSFDSSYLNRVRGSSAARLEPCNGTDIDYCVRAFDVYNKDASFIGKNLKSNCVRFKNADKDDAFYIVKRCIKSVMDHEQSMYNLLKDCNAVAKHDFFTWHEGRTIYGNVSRQDLTKYTMMDLCFALRNFDEKDCEVLKEILVLTGCCGTDYFEMKNWFDPVENEDIHRVYAALGKVVANAMLKCVALCDEMVLKGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVLCPPGMGIPYCTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFMKSDIFGQDFKTYDLLKYDFTEHKDVLFNKYFKYWGQDYHPDCVDCYDEMCILHCSNFNTLFATTIPNTAFGPLCRKVFIDGVPVVATAGYHFKQLGLVWNKDVNTHSTRLNITELLQFVTDPALIVASSPALVDKRTVCFSVAALSTGLTSQTVKPGHFNKEFYDFLRSQGFFDEGSELTLKHFFFTQKGDAAIKDFDYYRYNRPTMLDIGQARVAYQVASRYFDCYEGGCITSREVVVTNLNKSAGWPLNKFGKAGLYYESISYEEQDAMFALTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLATMTTRQFHQKCLKSIVATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMADVDDPKLMGWDYPKCDRAMPSMIRMLSAMILGSKHVTCCTASDKFYRLSNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSSNINRILSVNSSNCNNLNVKKLQKQLYDNCYRNSNVDESFVDDFYGYLQKHFSMMILSDDGVVCYNKTYAELGYIADISAFKATLYYQNSVFMSTAKCWTEEDLSVGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRIISAGVFVDDITKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHPKPEYRKVFYALLDWVKYLNKTLNEGVLESFSVTLLDEHESKFWDESFYASMYEKSTVLQA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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR042515 Nsp15_N
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR009466 NSP11
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1155 Identity=59.16%
Cov(Q)=13.73% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6761
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
438.697309999991
Exp number, first 60 AAs:
0.00465
Total prob of N-in:
0.00538
outside
1 - 1930
TMhelix
1931 - 1953
inside
1954 - 1990
TMhelix
1991 - 2013
outside
2014 - 2070
TMhelix
2071 - 2093
inside
2094 - 2099
TMhelix
2100 - 2118
outside
2119 - 2132
TMhelix
2133 - 2155
inside
2156 - 2496
TMhelix
2497 - 2519
outside
2520 - 2753
TMhelix
2754 - 2776
inside
2777 - 2796
TMhelix
2797 - 2819
outside
2820 - 2828
TMhelix
2829 - 2851
inside
2852 - 3032
TMhelix
3033 - 3055
outside
3056 - 3165
TMhelix
3166 - 3188
inside
3189 - 3281
TMhelix
3282 - 3304
outside
3305 - 3307
TMhelix
3308 - 3327
inside
3328 - 3331
TMhelix
3332 - 3349
outside
3350 - 3368
TMhelix
3369 - 3391
inside
3392 - 3403
TMhelix
3404 - 3422
outside
3423 - 3426
TMhelix
3427 - 3449
inside
3450 - 3469
TMhelix
3470 - 3492
outside
3493 - 6761
