Strain
Feline_KY292377
(Region: China; Strain: Feline coronavirus strain HLJ/DQ/2016/01, complete genome.; Date: 16-Oct)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAAATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGTGACGTGCTGCAGGACATTAAGTACTGCTACCGCAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCAATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTTTGGGCAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAGGGTTTCATTGTTAGAGCCAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAGTCGCTCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTTATCGAAGGTGAGTTTAAGGACTACTTCGGTGATGAGGACGTTATCATCTATGAAGGAGAGGAGTACCATTGTGCCTGGCTAACAGTGCGCGATGAAAAACCTTTGTGTCAACAAAATCTCCTCACAATTAAGGAAATCCAATACAATCTGGATATCCCACATAAATTGCCAAATTGTGCTATCAGAGAGGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAACTCTAAGGTAGTTCTTTCCGAAGAGTATAGAAAACTCTATGACATTTTTGGTTCACCATTTATGGGCAATGGGGACAGTCTCAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCACTTCATTGCAGCTACTCTTAAGTGTCCTTGCGGTGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGACCGCTTGTTGTGGTCTTCATGGCAAGGTTAAAGGTGTCACATTAGGTGCTGTTAAGCCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAACACTGTGCTTCAATATGCTGGTGATGTGGAAAATGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATTAAGCCAGAGAGTACGTCACCTGTTTCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTTATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACGGGAAAGTTGGACCTAAGTACTAATCTGTTTGGTAGTGCTAACCTACTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCAATTTTTGCTGACGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTAGTGGCATCACTCTGCACTTCCGCTTTTACTATTATGGATTACAAACCTGTGTTTGTGGTTTCATCTAATAGTGTCAAGAGCCTTGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAAGCTTTTGATGTTTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAGTGCTTTATCCTTGGTTCTAAATACTTGCTTTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAGGAGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTCTTTGCTACTAATTTAATTGGTGCAACTGTTAATGTAACACCACAGAGAACTGAGGCTGCTAACATTAGCCTGAATAAAGTAGACGATGTTGTAACACCAGGTGAGGGTCATATTGTCATCATTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAATACTATTTTATGATGGCAAGCCCTGATTCGGTTCTTGTTAATAATGTTTTTAAAGCAGCTCAAGTGCCATCTTATAACATCATTTATGATGTAGATGATGACACCAAGAGTAAGATGGTAGTCAAAATTGGAACATCATTTGAATTTGATGGTGACCTCGATGCTGCTATTGCTAAGGTTAATGATTTACTTATAGAGTTTAGACAAGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAAGATGGTGAAAACATTCTGATTGAGGCATACCTTAAGAAGTACAAAATGCCAGCTTGTCTTAAAAACCATGTTGGTTTATGGGACATCATAAGACGAGATTCTGATAAGAAGGGTTTCCTCGACACTTTCAACCATCTTAATGAATTGGAAGATGTCAAGGATACAAAGATCCAAGCTATTAAAAATATTCTTTGTCCTGACCTTCTGCTTGAATTGGACTTTGGGGCAATATGGTATAGATGCATGCCAACATGTTCAGACACATCCATCCTAGGTAATGTTAAAATTATGCTAGGCAATGGTGTTAAAGTGTTTTGCGATGGTTGTAACAGCTTTGCCAAACGTTTAACAGTTAGTTACAGCAAACTGTGTGATACAGCTCGTAAAGACATTGAGATTGGTGGTATACCATTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGTTTTATTGACATGAAAGATGCCATTTATTCTGTAGTTGAATACGGTGAGGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCCGTAACTAATAGTGGTACTGTCATAACTGACGACTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGACTATGTTGAACCTAAAGACAATGGCGATGTAATTGTCATTGCTGGATATACCTTCTACAAGGATGAGGATGATCATTTCTACCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTATAACAAAATGGGTGGTGGTGACAAGACAGTTTCTTTCTCAGACACTGTTAATGTCAAAGAGATAAAACCTGTTACACGTGTTAAGCTCGAATATGAGTTTGATAACGAGGTGGTAACACAGGTGCTTGAAAAAGTCATTGGTACTAAATACAAGTTTACGGGCACAACTTGGGAAGAGTTTGAAGATGCCATCTCTGAGGAGCTTGATAAGATTTTTGACACGCTTGCAGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTACTTCATCTACGACACTTGTGGTGGGTTTGACATTAACAATCCAGATGGTGTTATGATCTCACAGTATGATCTTAACACCGATGTTGATGATAAAACTGACTCTGATGCAAGCGTGGAAGACACCGCTTCAATTTCTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGAAGAGACTGTCTCAACTGCTGATGTAGAAGATGTTTCATCTGTAGAAGAAGAAACTGTGGCAGTTGCTGAAGTTGAGGATTTTGTCGAACAAGTTCATCCTGTAGAGGAAAGTGCCTCAACCCCTGATGAAAACCCTATTGAGCAACCTTCTTTAGTAGAAGAAAAAGTTGACTCATCTGCTAAAAATGACCCATGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGCTACCATTCAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAGGATAATAATTGCTGGTTAAATGCTTGCTGCTACCAATTGCAAGCCTTTGATTTCTTTAACCATGATTTATGGGATGGTTTTAAGAAAGATGACGTTATGCCTTTTGTAAACTTTTGTTATGCAGCTCTAACCTTAAAGCAGGGTGATTCAGGGGATGCAGAATACCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGCACAGCTAAAGTCATACTTAGTTCTAGGTGTGGCTGTGGTATTAAAGAGATAGTTTTAGAACGAACTGTATTTAAGCTCACACCTCTTAAGAATGAGTTTAAATATGGTGTTTGTGGTGACTGTAAACAAATTAACATGTGCAGGTTTGCAAGTGTTGAAGGTTCTGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAACACCAGAGTCACAATTCATTGTAACACCCATCATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAGTGGTCATTATATGATTGAAGATTGCATTCATGATTACTGCGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAGCTGAAACTAAAACTACCGTTGAACCACCTGCGCCTGCTAAGGAAGTATGTGTAGAAGCTAATCAAAGTCCTAAAGATCTTATACAACCTTTTTATATAGCGGGCAAGGTTTCATTTTACCAAGGAGATTTGGATGTTTTGATTAACTTTCTTGAACCTGACGTCATAGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAGGCACGTGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGTATTCACGGGTGGTAAGTTAACAAAACGCTCTAAGGAATATCTCAAATCCAATAAATCAATAGCGCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTCTGTAATGTTTACAAAGCAATTGCTAAGTGTGACGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTCAAAGTCAAACTTGAAGTTTCATTGCAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGATAGAGATTTAAGTGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAAAGAGTTACCATAGAGAATTTCTTCAATGGTACTATTCCTGTCAAGGTAACGGAAGACAATGTGAATCAAAAGCGGGTGTCTGTAGCACTTGATAAAACCTATGGTGAGCAACTCAAAGGAACTGTTGTTATTAAAGATAAAGATGTTACTAACCAGTTGCCTAGTGTATCAGATGCTGGTGAGAAGGTTGTTAAAGCGCTTGATGTTGATTGGAATGCTCATTATGGCTTTCCAAATGCAGCAGCTTTTAGTGCCAGCTCACACGATGCTTATAAATTTGAAGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGACTTAAACCTACATGGAAGTTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATGATTTTCTCACGCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGGCAACCTGGTGATGCCGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTGATAG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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLQDIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCNRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKVARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVIIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQNLLTIKEIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGAESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANTVLQYAGDVENVSVWKVIKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKSLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFILGSKYLLFNNALVKLVSVKILGRRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIIGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAAQVPSYNIIYDVDDDTKSKMVVKIGTSFEFDGDLDAAIAKVNDLLIEFRQEKLCFRALKDGENILIEAYLKKYKMPACLKNHVGLWDIIRRDSDKKGFLDTFNHLNELEDVKDTKIQAIKNILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDTSILGNVKIMLGNGVKVFCDGCNSFAKRLTVSYSKLCDTARKDIEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVITDDWSDPILLEPADYVEPKDNGDVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKTVSFSDTVNVKEIKPVTRVKLEYEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFTGTTWEEFEDAISEELDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTDVDDKTDSDASVEDTASISDNEDVEQIEEETVSTADVEDVSSVEEETVAVAEVEDFVEQVHPVEESASTPDENPIEQPSLVEEKVDSSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLLPFKTTNLNGKIILKQQDNNCWLNACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKDDVMPFVNFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVILSSRCGCGIKEIVLERTVFKLTPLKNEFKYGVCGDCKQINMCRFASVEGSGVFVHDRIEKQTPESQFIVTPIMHAVYTGTTQSGHYMIEDCIHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAETKTTVEPPAPAKEVCVEANQSPKDLIQPFYIAGKVSFYQGDLDVLINFLEPDVIVNAANGDLRHVGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKSNKSIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLSVFVYTDQERVTIENFFNGTIPVKVTEDNVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWNAHYGFPNAAAFSASSHDAYKFEVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDDFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSAVTVTHTTACDKCAKVETFTGPVVAAPLMICGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFERNLLQVTTAIASNFIANTPKDKTMPKTPSKEPTKTCVFSAVEETPKNIVRKEKLLAIESGVDYTISTVGKYADVFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFKDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHIFYLFVSIPLVHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFVFLAVFGNNYVRCLLMYFVSQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFFPCSNPSCKTCSKIARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLGNSIKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNIDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGTAGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSATAQKVLVKTFVDEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKSGSGFFDVLKQLKQIFWCLVLFIIVYGLCSVYSVTTQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHTGAAVSKNSYFDTCVFNAACTTLAGLGGTVVYCAKQGLVEGAKLYSDLMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECTESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSALGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLSKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGIVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYENELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGTLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMSVESYNAWAKTNSFTEILSTDAFNMLAAKTGYSVEKLLECIVRLNKGFGGRTVLSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVMTAMAILFAFWLEFFMYTPFTWINPAFVSVILAITTLASVILVAGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATAHNVVWDMTYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDHILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYCFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIESYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGSQVHLKEVTAANELNLTWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKETAVKASATIDGDAYGSGKALMASESGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGVLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPVRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGSTIDQELFKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYALRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFKKYFKHWDRTYHPNCSDCTSDDCIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNRDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVCKYFDCYDGGCINAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNTCNNVTVKSIQRKIYDNCYRSSSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCSYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCTVNDVTKLFLGGLNYYCTEHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAIGSEDVEDFNKLAISDWTNVEDYKLANNVKESLKIFAAETVKAKEESVKAEYAYAVLKEVVGPKEVVLQWESSKIKPPLNRNSVFTCFQINKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSITKLAPGMIFVLTSHNVSPLKASILVNQEKYNTISKLYPVFNIAEAYTTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKASKNFNVDKCSRIIPQRIRVDCYTGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEANCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLISKGTLQPEDYNVVTQRMCKLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFLPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLLHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHAINVNRFNVAITRAKVGILCVMCDRKMYDNLDFYELKDSKIGLQAKPETCGLFKDCSKNEQYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANVPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNIGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRRGQSWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGKPQKCECGKMATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKRVDWSIVYPFIENEEKINKAGRIVQSHVMRAALKVFNPAAIHDVGNPKGIRCAATPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYYDESDCEFIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKRHAALYRAYVEDYNTFVQAGFTIWCPQNFDTYMLWQGFVNGKALQSLENVAFNVVKKGAFADLKGDLPTAVVADKIMVRDGPTDKCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATHKFVLWDYEAECPFSNFTKQVCAYTDLDGEVVTCFDNSISGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIVKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSSEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGANGVAPGTTVLKRWLPDDAILVDNDMRDYVSDADFSVTGDCTNLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFINEKLALGGSVAIKITEFSWNKSLYEMIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLVGINYLGPYCDKAIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALVVNLKERELNDMVVGLLRKGKILIRNNGKLLNFGNHFVNTP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1113 Identity=59.27%
Cov(Q)=13.92% Cov(P)=97.70%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6704
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
429.047979999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00047
Total prob of N-in:
0.00042
outside
1 - 1853
TMhelix
1854 - 1872
inside
1873 - 1911
TMhelix
1912 - 1934
outside
1935 - 1994
TMhelix
1995 - 2017
inside
2018 - 2036
TMhelix
2037 - 2059
outside
2060 - 2419
TMhelix
2420 - 2439
inside
2440 - 2677
TMhelix
2678 - 2700
outside
2701 - 2709
TMhelix
2710 - 2732
inside
2733 - 2738
TMhelix
2739 - 2761
outside
2762 - 2764
TMhelix
2765 - 2787
inside
2788 - 3204
TMhelix
3205 - 3227
outside
3228 - 3231
TMhelix
3232 - 3254
inside
3255 - 3260
TMhelix
3261 - 3283
outside
3284 - 3302
TMhelix
3303 - 3325
inside
3326 - 3331
TMhelix
3332 - 3354
outside
3355 - 3380
TMhelix
3381 - 3399
inside
3400 - 3411
TMhelix
3412 - 3434
outside
3435 - 6704
