Strain
Bat_KY352407
(Region: Kenya; Strain: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus strain BtKY72, complete genome.; Date: 7-Aug)
Gene
ORF1ab protein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACTCACGTCCAACTCAGTTTACCTGTTTTACAGGTTAGCGACGTGCTAGTACGTGGATTTGGTGATACTGTTGAAGAAGCTATCACTGAAGCACGTCAACATTTAATAGATGGAACATGTGGCATTATCAGTCTCCAGAAGGGTGTTTTACCCCAACTGGAACAGCCTTATGTGTTCCTTAAACGTTCTGATGCCTTTACTGCACCTCATGGCCATGTTATGGTCGAGTTGGTCGCAGAATTAAATGGCATTCAGTACGGTAGGAGCGGAGAAACGCTTGGTGTCTTAGTGCCACACACGTATGAGACACCAACTGGTTACCGCAAGGTTCTTGTCCGTAAGAACGGTAATAAGGGTGCTGGTGGCCATTGCTACGGAGCCGATCTAAAGTCTCCAGACTTAGGTGACGAGCTTGGCACTGACCCTATTGAAGATTATGAAAACGACTGGAACACTAAACATGGCAGTGGACTCAAACGTCAGCTCTTTAGAGAGCTGAATGGTGGAGTTTACACTCGCTATGTAGACAACAACTTCTGTGGTCCTGATGGATATCCATTGGACTGTATTAAAGACTTGCTTGCTAGGGCCGGCAAATCTTGTGCTCCACTCTCTGACCAAATAGACTTTTTACAGTCTAAGAGAGGTGTGTACTGTTGCCGTGAGCATGAGCATGAAATAGCTTGGTTCACTGATCGCTCTGAGAAGAGCTATGAACAGCAAACACCCTTTGACATTACCAGTGCAGGTAAGTTTGATTCTTTTAAAGGCGAATGTCCTAAATTCGTTTTTCCTCTAAACTCTAAAATTCGGGTTTTACAACCTAGAGTTGAAAAGAGGAAGACAGAAGGATTTATGGGTCGCATTCGTACTGTGTATCAAGTTGCCTCACCAAGTGAGTGCAATAGCATGCACCTGTCAACTTACATGAACTGTAACCATTGTGGTGAAAGTTCATGGCAGACTGGTGATTTCCTAAAGGCCACATGTGAGCTGTGTGGAACTCAGAACGCTGTGGTAGAAGCTCCTACAACTTGTGGCTATCTACCTAATAATGCTGTTGTTAAAATGGCATGTCCTGCTTGCCAGAACCCAAAAATAGGACCAGACCACAGTGTCGCTGATTACCACAATCATTCAGGCATTATTTCTCAGCTCCGCAAGGGAGGTAGAGTGTTGCCTTTTGGTGGTTGTGTGTTTTCTTATGTTGGTTGCTACAACAAGTGTGCATATTGGGTACCTAGAGCAGCCGCTAACATAGGATCAAACCATACAGGTGTGGTCGGTGAAAATACTGAGACCATGAATGATGACCTTCTTCAGATTTTGAACCGTCAATGTGTTAATATTAACATAGTTGGCGATTTTTGTCTGAATGAGGAAGTAGTAATTATTCTTGCTTCTATGTCAGCATCTACAAGTGCATTCATAGAAACTGTTAAAAACCTAGATTATAGCGTCTTTAAAACCATTGTTGAATCTTGTGGTAGCTACAAAGTTACTAAGGGTAAACACAGGGCTGGCGCTTGGAACATAGGTTCTAACAAGACTTTACTCACACCTCTGTGTGGGTTTTCTTCACAAGCTGCTTGCGTGGTTAGGTCAATCTTCTCACGCACAGTGGACACAGCTGGTCAATCCATTCAAGCATTACAGACAGCCGCCATGACAATATTTTCAGACATTTCTGATCTTTCTAACCGTTTGTTAGATGCTATGATCAACACAGCTGGACTAGTCACTGACAGTGTCATAGTTATGGCATATGTTACTGGTGGCTTGGTTCAACAAGTTGAGAAATGGCTTCACCAGTTATTGGGTTCTACAGCAGACAACCTTAAGAATGTCTTGGTTTGGCTTGAAAGTCAATTGCAGAAAGGCGTGAGCTTCCTTAAGGAGGCTTGGCACATCTTGCAGTTTCTTGTCACTGGCGCTTACACTATTGTGAAAGGCCAGATTCAGGTTGTTAATGAAGGCTTGTTACATTTTGTTAGGTCTTTCATTAGCATTGTTAATAAGGCATTAGAGTTGTGTACTGATTATATACTGTTAGCTGGTGCTAGAGTTCGCACAATAAATTTAGGTGAAGTACTTATTGCTCAAAGTAGAGGTTTTTACCGAAAATGTGTGCGTGCTAAAGAACAGTTACAGTTACTCATGCCTCTTAAAGCACCTAAAGAAATAATTTTCTTGGAAGGTGATACATGTGACACATTGTTAACTTCAGAAGAAGTTGTTATTAAAACTGGCACCTTAGAAGCTACTGACTTTGTACTTAGTGACATTGTAAATGGAGTAGCAGAAGGAACTCCTGTTTGTGTGAACGGTCTCATGCTGCTTGAACTTAAAGAGCGAGACCAGTACTGTGCTCTCACACCAGCCTTATTGGCTACTAATAATGTTTTTACACTCAAGGGTGGTGCACCTTCTAAAGGTGTTACCTTTGGTGAAAACACAGTTGTAGAAGTCCAAGGTTATAAAAATGTGAAAATCACATTTGAACTTGATGAGCGTGTCGACAAAGTCCTCAACGAGAAATGTTCCTCATACACTGTGGAGACAGGTACTCAATTGGAGGAATTTGCATGTGTTGTGTCAGATACAGTTGTGAAAACTTTACAACCTATCTCAGACCTTTTAACACCAATGGGCATTGACCTTGATGAATGGAGTGTTTCAACTTACTATCTCTTTGATGAGTCAGGTGAGGCAGTTATGGCTTCACACATGTACTGTTCCTTTTACGCTCCAGACGAAGATGAGGAAGAGCCATGTGAGGTTGAGTATGGTACCGAAGATGATTACAACGGTACACCACTAGAATTTGGTGCTAGTACACAGAATGAAGAGTTGGAACAAACCATCCAGCAAAAAGAGTTAGAACAACCAATCGAGGAAGAAGATTGGTTAGACGTGCAAGAGGAAAGTGAGCCTCTATGTGATCAATTTATTGATTACCATCAGCTGACAGACAATGTTTACATAAAATGTGCTGATATTGTTGAGGAAGCAATGGTGGTTAAGCCTACTGTTATTGTAAATGCAGCTAATACACACCTAAAACATGGTGGTGGTGTAGCGGGTGCACTTAATGCAGCAACTAATGGTGAGATGCAGAAAGAGTCTGACACTTACATTACTAAGAATGGACCACTTAAAGTAGGTGGTTCTTGTTTACTCTCAGGCCACAACTTAGGCACACACTGTTTACATGTTGTTGGTCCTAATAAGAATGCGGGTCAAGATATAAGTCTTTTGGATGTTGCATATGCTAATTACAACACATATGATGTTGTTCTTTCACCGTTACTGTCTGCTGGCATCTTTGGTGTTGACCCCGGCCTCTCCTTAGAATCATGTGTCAGAGTAGCAAAAAATAAGGTTTACTTTGTTGTTAATGATAAAAAGTTATTTCATCAGTTAACAAGTGAACCTATTGTACAGCATAATACAGAGCCTAAAGTTCCTGAAGAGGCACCAGCACCTGAATTGCAGGTACCTGTCACACTGGAACAAAAAGTAAAACCTATTGTAGAAGAAATTGACATCACTGTTCGTGATGCTAAATTTTTAACTAAGAATTTGCTTTTGTATGCTGACATCAATGGTGAATTGCATGAAGACTCTAAGTCTTTGCTTGTTAGTGAGGATGTTTCTTTTCTTAAAAATGATGCACCTTACATAGTTGGAGATGTGGTTCATAATGGTGACATTACTTGCCTCATTTTACCTAGTAAATCTGCTGGTGGTACTGTACATATGCTTACTAAAGCTTTGCGCAGTGTGCCAACGGATATATATTTAACAACCTATCCAGGCCAGGGCCATTTGGGTTACACCTTAGAAGAATCTAAACTTGCTCTTAAGAAGTGCAAATCGGCTCTCTATGTTCTACCCTCAGTGAGTTTGAACTCCAAAGAGGAGCTGTTGCAAACAGTTGCATGGAATTTACGTGAAATGCTTGCATATGCTGAAGAAACTAGGAAGATTATGCCCATATGTATGGATGTTAAAGCAATAATGGCCACAATTCAGCGCAAGTATAAAGGTATAACAATACAGAAAGGTCTTGTTGATTATAGAGTTAGGTTCTATTTTTACTCAAGCAAACAATCTGTTGCTTCTGTAATTGCAGAACTTAATCAATTAAATGAGCCTTTGATTACAATGCCTCTTGGCTATGTTACACATGGCTTAAATTTAGAAGAAGCTGCTAGGTACATGAGGTCTGTAAAGGTACCTGCGGTGGTTTCCGTCTCTTCACCAGATGCTGTGACAGCCTATAATGGCTACGTCACATCCTCTTCTAAGAGTTCTGAGGAACACTTTATTGAAACTGTATCTTTAGCAGGTTCTTATAGAGACTGGTCCTACTCAGGTCAAAACACTGAGTTAGGAGTAGAGTTTTTAAAAAGAGGTGATAAGATTGTTTATCATACTTCAGGCAATGTTATTGAGTTTCATCTCGATGGTGAAATTATATCTTTAGAAAAGTTGAAGACAATTTTGGCTTTACGTGAAGTTAAAACCATAAAGGTCTTTACAACAGTTGACAATGTTAACCTGCACACCCAGGTTGTAGACATGTCTATGACTTATGGACAGCAGTTCGGTCCTACATATATGGATGGTGCTGATGTTACAAAGATTAAACCTCATTCTACTCATGAGGGTAAAACGTTTTTCGTACTACCTAGTGATGATACACTACGTACGGAAGCGTTTGATTACTATCATACTTTAGATGATAGTTTTCTAGGCAGGTATATGTCAGCTTTAAACCACACTAAGAGGTGGAAATATCCACAAGTGGGTGGTTTAACATCCATAAAGTGGGCTGACAATAATTGCTACTTGTCTAATGTCTTACTGGCACTACAACAAATAGACATTAAGTTTAATGCACCGGCTCTACAGGATGCTTATTATAGAGCACGGGCCGGTGATGCTGCTAATTTTTGTGCACT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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR032592 NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR021590 NSP1
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR038083 R1a/1ab
IPR038030 NSP1_sf
IPR022733 Nsp3_PL2pro
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR042570 NAR_sf
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR009466 NSP11
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR038166 Nsp3_PL2pro_sf
IPR014829 NSP8
IPR024358 SARS-CoV_Nsp3_N
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1911 Identity=96.57%
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3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0019082 P:viral protein processing
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GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host membrane
Topology
Length:
7050
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
390.549989999998
Exp number, first 60 AAs:
0.00017
Total prob of N-in:
0.00004
outside
1 - 2178
TMhelix
2179 - 2201
inside
2202 - 2280
TMhelix
2281 - 2303
outside
2304 - 2317
TMhelix
2318 - 2340
inside
2341 - 2729
TMhelix
2730 - 2752
outside
2753 - 2996
TMhelix
2997 - 3019
inside
3020 - 3031
TMhelix
3032 - 3054
outside
3055 - 3079
TMhelix
3080 - 3102
inside
3103 - 3531
TMhelix
3532 - 3554
outside
3555 - 3563
TMhelix
3564 - 3583
inside
3584 - 3587
TMhelix
3588 - 3610
outside
3611 - 3635
TMhelix
3636 - 3655
inside
3656 - 3674
TMhelix
3675 - 3694
outside
3695 - 3703
TMhelix
3704 - 3726
inside
3727 - 3732
TMhelix
3733 - 3755
outside
3756 - 7050
