Strain
Porcine_LC053455
(Region: Thailand; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus genomic RNA, complete genome, isolate: AVCT12.; Date: 10-Jan)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCATGTCACATTGGCGTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCGGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTTGTGTCCCTCGATCTCGCTGACACTGTTGAGGGATTGCTTCCTGAAGACTATGTCATGGTGGTGATCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAGAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTCACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGGAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAGTGGGAGTATACAGATTTCTTCGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGGATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGACGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCTTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCATGTACTCCAAAGATCAAGAAGAATGTTGTTTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCCCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAGGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTTCTATGTCTCCACTTGCTGTGGCTTTAAGTGCAAGCCAGTCCTTGTGTCCTCATGCTCTGCTATGCCTGGTTCTGTTGTGGTCACACGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTACTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCTGACATTGATGGATTGGCATTCTGGCGAATTCTTAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAGTTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGACCCTTGCTACTTTTTGAATGATTCGAGCCTTGCTACTAAGCTTAAGTTCGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCATTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGTGCACTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAACCTTGGTTCATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCACCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTGGCCTCTTGTCTGATGAGGTTGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGCGTTTTTGAGTTTCTCGCCGATGTGCCAGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGTTCTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAGACATTCAACAAGGTTGGTTCCTATGTTCTTTTTGACAATGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGCTCGCGGCCCACGACAGGCAGGTATTTGTGAAGTTCGCTACACAAGCCTGGTTGTTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGACGAGGATGTAACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTCGTTGATGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACGTTGTCATCGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGAGCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTTTGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTCTGTGTGCAAACCGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTAGTGAGAGGTGATAAGTGTTGCATCACTTGCACCTTACAGTTCAAAGCACCAAGTTATGTGGAGGATGCTGTTAATTTTGTAGACCTATGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATAACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTTTTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTACAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATATGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCGTCTTAAAGTCAGCTTTGGACTGGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTTTTGGCAGAAATGTATAACACTTATCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCGGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTTTTGCAAGTGTCTTCCAGATTCCTGTCCAGGCAGGCATTGAGAAGTTTAAAGTTTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGTGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTGGTATTGCTATTGTAGATGGCTTCGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTATTAGTGTTGTGCCTATCTGTTTTAAGAAGAAAGGTGGTGGTGATGTTAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAAAACCATTGATCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGATGATGTCGTTGAGTATATTAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACGTTGAAGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACTGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGACCTGCTTGATGTGGAAGTTGTTACGGATGCACCAATTGATTCCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGCACCTGAGAAGGTGGCAGATGTGGCTAACTCTGAACCTGGGGATGATGGTCTTCCTGTGGCACCTGAAACAAATGTAGAGTCTGAAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTAAAGATACACCTTCTACAGTTAAGGACCCTTTTGCTTTTGACTTTGTAAGCTACGGAGGACTTAAAGTTTTAAGACAATCTCATAACAATTGTTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAACTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTTGCAAATGTTATGAGTCACAAAAGGCTATTTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGCGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTTCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGCCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACCAATTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACCATTTGTGTTAAAGACGTGAATTGGACAGCACCTCTTGTCCCTGCCGTTGATTCTGTAGTGGAGCCTGTTGTCAAACCATTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGACTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAAGTTGTCTCATGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGTTCAAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAACTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATGGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAAGTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGAGGCGCTTGTTGACACTACTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCCTTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGTGTTGGTAAGTGTCTTAACGATGTGACCAGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTAGCTTGTGCAAATATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATTTGATGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTTGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTAGTGCTTGCTGTTGATGATGCCACGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGTTAGGTTTCGTGTCCACACCTGACGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTCACTGAGGATACACGTAGTGTCAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGCTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACACCGT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Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSLDLADTVEGLLPEDYVMVVIGTTKLSAYVDTFGSRPRNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFLDGTAMKVACTPKIKKNVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIRRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTFYVSTCCGFKCKPVLVSSCSAMPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSLATKLKFDILSGKFSDEVKQAIIAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAPWEQLKAVVRGLGLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFLADVPEKLAAAVTVFVNFLNEFFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKARGPRQAGICEVRYTSLVVGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADVVIEHPVYKSACELKPVFECDPIPDFPLPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLQFKAPSYVEDAVNFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFLTTCCTMSGFECFMPTIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKRLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGGCFHSVKSVFASVFQIPVQAGIEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGGIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGISVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHVEVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVVTDAPIDSEGDEVDSSAPEKVADVANSEPGDDGLPVAPETNVESEVEEVAATLSFIKDTPSTVKDPFAFDFVSYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVCKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTALSLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPLVPAVDSVVEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANEKLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYGDKEREAIIKYMDGLVDAIFKEALVDTTPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNDVTSGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTLACANMISITMVVLPFDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLVLAVDDATLYSKLSHLSVLGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTATYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPVVADVVAKVVPNANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFTFPSEVVNGRRVIKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVPAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIGKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVGHYTVFDHGTGMVHDGDAFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKAELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSMRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGSPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNSLGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFIKHVCLGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKEALKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKFPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAAFFALSFLDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFINFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFVAVAVCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYAILYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDIVMCPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVSATMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGAAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVGNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGHTSLTDEFTTGEVVRQMYGVNLQGGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPASSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKVAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLPAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLSNGCTCDRSIMQSTEYGLFKRVRGSSAARLEPCNGTDTQHVYRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFYVVKRCTKSAMEHEQSIYSRLEKCGAIAEHDFFTWKDGRAIYGNVCRKDLTEYTMMDLCYALRNFDENNCDVLKSILIKVGACEESYFNNKVWFDPVENEDIHRVYALLGTIVARAMLKCVKFCDAMVEQGIVGVVTLDNQDLNGDFYDFGDFTCSIKGMGVPICTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFVKSDIFGEDFKSYDLLEYDFTEHKTALFNKYFKYWGLQYHPNCVDCSDEQCIVHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNNDLNLHSSRLSINELLQFCSDPALLIASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTNQTVKPGHFNKEFYDFLLEQGFFSEGSELTLKHFFFAQKVDAAVKDFDYYRYNRPTVLDICQARVVYQIVQRYFDIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLSYEEQDELYAYTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIDGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCSSTDRFFRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANVNKLLSVDSNVCHNLEVKQLQRKLYECCYRSTIVDDQFVVEYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNNDYASLGYVADLNAFKAVLYYQNNVFMSASKCWIEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDKEGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYKKVFYVLLDWVKHLYKTLNAGVLESFSVTLLEDSTAKFWDESFYANMYEKSAVLQSAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVIGTTHKFILAITPYVCCASDCGVNDVTKLYLGGLSYWCHEHKPRLAFPLCSAGNVFGLYKNSATGSPDVEDFNRIATSDWTDVSDYRLANDVKDSLRLFAAETIKAKEESVKSSYACATLHEVAGPKELLLKWEVGRPKPPLNRNSVFTCYHITKNTKFQIGEFVFEKAEYDNDAVTYKTTATTKLVPGMVFVLTSHNVQPLRAPTIANQERYSTIHKLHPAFNIPEAYSSLVPYYQLIGKQKITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVFTACSHAAVDSLCVKASTAYSNDKCSRIIPQRARVECYDGFKSNNTSAQYLFSTVNALPECNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRISYRHVVYVGDPQQLPAPRVMISRGTLEPKDYNVVTQRMCALKPDVFLHKCYRCPAEIVRTVSEMVYENQFIPVHPDSKQCFKIFCKGNVQVDNGSSINRRQLDVVRMFLAKNPRWSKAVFISPYNSQNYVASRLLGLQIQTVDSSQGSEYDYVIYAQTSDTAHASNVNRFNVAITRAKKGILCIMCDRSLFDLLKFFELKLSDLQANEGCGLFKDCSRGDDLLPPSHANTFMSLADNFKTDQYLAVQIGVNGPIKYEHVISFMGFRFDINIPNHHTLFCTRDFAMRNVRGWLGFDVEGAHVVGSNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVRPEGCVVTESGDYIKPVRARAPPGEQFAHLLPLLKRGQPWDVVRKRIVQMCSDYLANLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGPSKSCDCGKVATCYNSALHTYCCFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYKGSLSLNHHEHCNVHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKNVDWSITYPFIGNEAVINKSGRIVQSHTMRSVLKLYNPKAIYDIGNPKGIRCAVTDAKWFCFDKNPTNSNVKTLEYDYITHGQFDGLCLFWNCNVDMYPEFSVVCRFDTRCRSPLNLEGCNGGSLYVNNHAFHTPAFDKRAFAKLKPMPFFFYDDTECDKLQDSINYVPLRASNCITKCNVGGAVCSKHCAMYHSYVNAYNTFTSAGFTIWVPTSFDTYNLWQTFSNNLQGLENIAFNVLKKGSFVGDEGELPVAVVNDKVLVRDGTVDTLVFTNKTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPITILRNLGVVCTSKCVIWDYEAERPLTTFTKDVCKYTDFEGDVCTLFDNSIVGSLERFSMTQNAVLMSLTAVKKLTGIKLTYGYLNGVPVNTHEDKPFTWYIYTRKNGKFEDYPDGYFTQGRTTADFSPRSDMEKDFLSMDMGLFINKYGLEDYGFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLACMGVLKIDEFVSSNDSTLKSCTVTYADNPSSKMVCTYMDLLLDDFVSILKSLDLSVVSKVHEVMVDCKMWRWMLWCKDHKLQTFYPQLQASEWKCGYSMPSIYKIQRMCLEPCNLYNYGAGVKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHHMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPLDAIIVDNDSVDYVSDADYSVTGDCSTLYLSDKFDLVISDMYDGKIKSCDGENVSKEGFFPYINGVITEKLALGGTVAIKVTEFSWNKKLYELIQKFEYWTMFCTSVNTSSSEAFLIGVHYLGDFASGAVIDGNTMHANYIFWRNSTIMTMSYNSVLDLSKFNCKHKATVVVNLKDSSISDVVLGLLKNGKLLVRNNDAICGFSNHLVNVNK
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1160 Identity=59.29%
Cov(Q)=13.66% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6779
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
417.377029999995
Exp number, first 60 AAs:
0.01209
Total prob of N-in:
0.00085
outside
1 - 1960
TMhelix
1961 - 1980
inside
1981 - 2017
TMhelix
2018 - 2040
outside
2041 - 2100
TMhelix
2101 - 2123
inside
2124 - 2129
TMhelix
2130 - 2149
outside
2150 - 2152
TMhelix
2153 - 2175
inside
2176 - 2525
TMhelix
2526 - 2548
outside
2549 - 2620
TMhelix
2621 - 2643
inside
2644 - 2654
TMhelix
2655 - 2674
outside
2675 - 2750
TMhelix
2751 - 2773
inside
2774 - 2779
TMhelix
2780 - 2802
outside
2803 - 2827
TMhelix
2828 - 2850
inside
2851 - 2862
TMhelix
2863 - 2885
outside
2886 - 3329
TMhelix
3330 - 3352
inside
3353 - 3358
TMhelix
3359 - 3381
outside
3382 - 3395
TMhelix
3396 - 3418
inside
3419 - 3424
TMhelix
3425 - 3447
outside
3448 - 3456
TMhelix
3457 - 3479
inside
3480 - 3498
TMhelix
3499 - 3518
outside
3519 - 6779
