CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Cow_LC088094 (Region: Japan: Ishikawa;  Strain: Bovine torovirus genomic RNA, complete genome, strain: BToV Ishikawa/2010.;  Date: 2010/1/29)
Gene
replicase
Description
Annotated in NCBI,  replicase
Location
LC088094(+):789-14039
GenBank Accession
BAU21405.1
 

Sequence

CDS
ATGTCCAAGATCTCAAAAAAGCTCACCAGCGAAACCGAGCCGCTTTTGTGCTCAAGTATCTTGGACCTAACTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGTTTAGGTACACCACAAAACCTGGTATCACTTTCAAAGATGGATCCATCTACCTTGGAACCACTGACTTTGGGACCCAAGTCCATATCAACCCACTGCAGCTCTTTACAAAGTTTGCAGTTACTTGTCCTGAACACCTCATCCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATTTTACCCCAAGCGGCAATTATGTGGAAGTATCGTTAGTGATCCCTTCACTTTTGACTGGGCAGGGAACATCCACAATTACTACTTCACCAGAAATGTACTCAGATACGGTACAAAATTGTATCAAGTTAATGGAAACAAACTTATTGAAAGGTGTTCAGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAATGCCAATTACCAGTCCTTGATACCACCCCAACTCCTTCTGAACGCGATGAGGATGTCATCTGTTGCGACTTTGAGTCCCTTGACATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTAAGCCTTTTCCATGGAGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAAGGGGTTTGCAGATTGCTCTAGACGTGATGAAAAGTGTCTTAAGCGCCGCTTAACAAGGGAACAAAAGAGCCAGGAGAAGGGTGGCTTTGATGCTAACAAGGTTATTACATTAGGGGGGAAGATGTACCGTTATGATGTAGTAGTTTTGAAGTGTAGTGATGAGAGTGATGATTTGAATGGTTTTGATTGTCTTAGTGAACAGTTGGAGTATACTCTTGAAACTGTACCACATTGCTGGAAAGAACTTGTTGAGGGCAAATGTTTAACTCGTGCCAGAGCAACTTGGGATCTTACAGAAGATCTTGATGTTGAGTTGGACCGTATACATATTGAAGAAACTAAGAGCCTTCAACGTTCGGATGCAAGTTGGGATCTATCTAGTGTTGGTGTTGACAGTCAAGATTTAGAGGAAAAGATCTTCTCATGTGTCTGGTTGAAACAATCATCCAGGTACTTTGGTACAAAACTACAACAAGTATCAGAACTTTTTAAGAGTGAGGGGTTGGCAGAATTGGAACCAACAATGACTGGTGTAAACTCAGTTAGGGTAGGTGATAAATGGTTGAATTTTAGAGATCAAGGTAAATCACAAGTGTTTTTTGTTTATACTGATAAAAATGTTTATTTGGCCACAACACGCCAAAGAGTTAGTTGTGATTATATTGTTACTAAATTTAAGAGTGTTAGATGGATTGGCAATAAACCAGATAAGTGTAGAATTACTAAAGTGTTGGCATGGTTGATTTCTGTTAATAGAGTTAAAAATTGTACCAGAGTAGTAACCCCAATGTTGTGTAAACAGGGTAAAATTAGTCATAAGAAGGTAGATTGTTTGGATATGAGTGTTCTAGATAAATATGCAAGTTGTGGTTTTGGACCCACATGTGTACAAAAGGTTAAAAAGTTTTTATTAAGTTATTACAATTGTGAGGGTGATTTTGATTCGCTAGTTAATTTTTTGACCCCGATTAAATGTGGTAGAAAATGGATGGTGTTTGAGAAGTGTTCTTGTAAGAACCATCAGTTTTATGTTGCACAATTTGATAGTCACGTTGTGTTGGGCCTGGGAAGACCTAATGGCATCTTATATTCTGAAGAAGTACCAAGTTATGCTAAAGTTTATGCTGTTGGATTTGCAACAGAAAGAAGTGGTGTAGAGGTTCATTACTATTCTGAGATGGACCACAACTATGAACCACAAGAGTACTGTTTTGTTGCTCATGATCAGCAACGCCAAGAAGATGATGGTGAGTATGTAAACTACCATCCTGATGATGTTGAGGATGAACCATTTCCTAGGTTTGATCTTAGCTTTGATGAGTTAATTTGGCCTGATGCACCAGTTCCTGTACCATCACCCTATGGCTATCATCATGGGCAACGTTTGAAAGACATTTGTGTTGCAGATGATGGTTTTGGTTGTGATTGTCCTCGTTGTGATGGTTCATTTATTTACCATCCTGTTAGACCTCGCCATTATGAACCTTTTGATGAAGTTGGCCCATTTATTAAAATGTGTGAGTTTAGACTTACTTACTCAGGCCAAGTTTATAACCAGTTTTATGGATTGGAACCAAAAATCTATATACAAGATTTGGTAGCAGCTAGTGACAAATTGATGCAGTTGCTAACTAGAGGACAGTTAGAAGAAGTTGACTTGCCACCTGAAATTTTGAATTGTTTGACTTATTTGAAATTAGGTCTAAACATGCACCCATTTGTTTGGCCTGCTCCATTCTTTACATGTACTGGTGAGTGGGTTGACATCTTTGATGGTAATGATGTTGAGTTTTATGGTGAAGATTTTTCCAAAAGAGCAACAGATATGTTTGAAAGTGTAAAATGTTTGTTTAATAACTTTTATTCCTTGAGCTGTCCTTTGGAGAATCTGTACCAGAGTTTACATTATGATGAGGATGTTAAACAGATGCTTTGGTCAACAACCCATATGAAACACCTTTATTTAGCCTTACTATGTAGTGAGAAGTATTTTAGGGCTATATTAGATAGTAGACAATTGAATAACCCAGAATTAGCAAAATTAATGATAATTGGTACACTTGATGCTCCAATAGTTTCACCTTGTGTTTGTGATGGTGATTGTAATCATGCTAAATTATATAATTGGATTGGTATATTGAGTAAGGTTTGTAAATTTGTTACGTTAAATCAGTTGGTAGGACTGTCCTATCGTGAGAAAAGGCAATTAGTGTTAGAAATGACACAGCAATATTTCCAAATGGAGGAAGGGCTTTGTCAACCAGTCCAATTGTTAATGACCCCTTTTTACAGTTTTAATGATGGTGTAGAGCCAGATGAACAACCATTAACCGGTGTGTTTCACCAACAAGTAATGCAGATGTTTGATACCTGTGTTATGCCCGATGTTATTATTAAATTGAAAAGATCTAGGACTTCAGCTAATGATCTTTTTGGTATATTGTCTGATTATTTCAGGCGACCATTTGGCTACCGTCGTTACCGCCTAGCCGAATTTTCGCATGTTGAAAAAACTCAGGTTTTCACAGACTTGACATCTGCTTTGCTTAGAGGGACAAACAATATTGGTGGCTACGCTGTGTGTAGAATGGTGGAGCCTAGGAGTGAGGTTACTACTTGTGAAACTCCAAATTTTCCACCAGAGGTTGTACAGACCATCCGAAAGTTTCTTCCAGTTAGTTTTAATACAGGTGTTATGAATTATGTAGATAATAATTGTGATTTTGAATATTGTAGTTTGGAATTTTGTATTAGTGGTAAAGGGTTTTGTAGGTTAGGCCAGAATGACTGTATAAAATTTAAGACAAATTTGTTTGTTATTAGGTTTAGGACTTTGCCTTTGTTGTATGTTACTAATAAACCTATGTATTTGAGTGAGTTTAGGTTAGATGATGCAGTTTCTCTTTTGGGTGATTTTAGTTTAGATATAGATATTGTTCCAGGTGTTACTTTATTTGGCTTATATTTTACTAATGGGAAGGTGTGTGATGATAATTGGGAGACGTTACCACGATTTGGACTTGGTTGTCTTTCAACTCCAAAATTACACCCTAAATTTCAACCTTTTGAGAATTTGGCTGAGGTTTGTTTTTTTAAACAAAAAGTTAAATTTGTACCACTTGTTAGCAACTTTGCACCAGCTGAAATGGTTAAACCAAATATTCCAAAAATTGTGACAGTTGAGTTATTACCCTACTATGGCTCAGTTGGATTTCAAGGTTTTGTAGCACCTAAGTGTGTTTTGCCTGGAACTTTAGCAACTCAATATTGTAAGTTGAATTACCAATCTGATAAATGTGTTCAGGTTGTAAAGTTGGCAGTTTCTCATGCATTTTATTTTAAACCATCAAATATGGGTTCACCTTACCATCTAGATCCAATGGTTGGTACTAGTTATGGAAAGCCAGCAATAGTTCAATTTGAACCTGTAGGACTTATAAAGGAAGTTAATGTACTTGTTTATCAATTTGGCAACCATGTTGCCATACATTACTTCCCTGAATGTCCTACGTATGTGGCTGATGGACATTATCCTAGTAAACTTTGTGGCATATGGCTTGGCTATTTACCATCGGTTGAAGAATGTAAAATTGCACAGCGTAATCGACAAGTTTATGTGCCAGCCTGTTTCAGACTTTCACGAACAGGAGACTATCACATTCGGCAGAATGAAGATTTTGAAAGGAGTAGTATTACTGTTACTTACCGTTATGCCAAGGATTTTGATACAAAGTCTTTGACACCCATGTTTAAAATGTTTAGTACAATTTTTGGTAAGTCAAAACAGGACTTAGTTTGTGCATTAAACTCCCTAACACCAGAAGCACATAAAGTCTTAACTTTGTTCTGCTCTGAATTTGACTCAATGTATACACTACAAACTTTATCTGATGAGGTTGCATTTGAAACATCCGCCAGTCCAGAATTGGTGGCATGTGCTCTAGCGTATATTGCTGGCTATGAGCTTTGTTTGACTATTAAAACTGGTGAAAACCGTGAAAGCCTGGATATTGGTTCAAGTTTAGAACAAGTTTATATTGATTATGATACATGTGAAAATAGTTGGAAGTTATCAACAGATTTGCAAGATGATGATTCTGAAGATTTAGATTTACCATTTGACCAATATTACGAGTTTAAGCTTGGTAAGGCATCAGTTGTTTTGGTTAAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGAATTTTTAAAAAATGAACAAGGTGTAGATTATGTTGTCAACCCAGCTAATAGTCAGCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAAAAATTATTTCCTGTATGTGTGGCCCTAAATTAAC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Protein
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Summary

Uniprot
A0A0A7UXD3  
Pubmed
25552712   
EMBL
KM349742    AJA91203.1   
Proteomes
UP000153628   
Pfam
PF05213   Corona_NS2A
Interpro
IPR039573   NS2A-like
ProteinModelPortal
A0A0A7UXD3  
PDB
4Z5V     E-value=1e-20     Score=93.2     Identity=32.76%     Cov(Q)=3.94%     Cov(P)=83.65%
3D Structure

Ontologies

KEGG
vg:22807879    

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
4416
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
388.047759999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00055
outside
1  -  2162
TMhelix
2163  -  2185
inside
2186  -  2191
TMhelix
2192  -  2214
outside
2215  -  2246
TMhelix
2247  -  2266
inside
2267  -  2383
TMhelix
2384  -  2406
outside
2407  -  2492
TMhelix
2493  -  2515
inside
2516  -  2519
TMhelix
2520  -  2542
outside
2543  -  2738
TMhelix
2739  -  2761
inside
2762  -  2913
TMhelix
2914  -  2936
outside
2937  -  2955
TMhelix
2956  -  2978
inside
2979  -  2984
TMhelix
2985  -  3007
outside
3008  -  3418
TMhelix
3419  -  3441
inside
3442  -  3447
TMhelix
3448  -  3470
outside
3471  -  3482
TMhelix
3483  -  3505
inside
3506  -  3511
TMhelix
3512  -  3534
outside
3535  -  3543
TMhelix
3544  -  3566
inside
3567  -  3572
TMhelix
3573  -  3595
outside
3596  -  4416
 
 
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