Strain
Cow_LC088095
(Region: Japan: Kagoshima; Strain: Bovine torovirus genomic RNA, complete genome, strain: BToV Kagoshima/2014.; Date: 2014/11/16)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCCAAGATCTCAAAAAAGCTCACCAGCGAAACCGAGCCGCTTTTGTGCTCAAGTATCTTGGACCTAACTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGTTTAGGTACACCACAAAACCTGGTATCACTTTCAAAGATGGATCCATCTACCTTGGAACCACTGACTTTGGGACCCAAGTCCACATCAACCCACTGCAGCTCTTTACAAAGTTTGCAGTTACTTGTCCTGAACACCTCATCCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATTTTACCCCAAGCGGCAATTATGTGGAAGTATCGTTAGTGATCCCTTCACTTTTGACTGGGCAGGGAACATCCACAATTACTACTTCACCAGAAATGTACTCAGATACGGTACAAAATTGTATCAAGTTAATGGAAACAAACTTATTGAAAGGTGTTCAGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAATGCCAACTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTTCTGAACGCGATGAGGATGTCATCTGTTGCGACTTTGAGTCCCTTGACATCAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTAAGCCCTTTCCATGGAGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAAGGGGTTTGCAGATTGCTCTAGACGTGATGAAAAATGTCTTAAGCGCCGCTTAACAAGGGAACAAAAGAGCCAGGAGAAGGGTAGCTTTGATGCTAACAAGGTTATTACATTAGGGGGGAAGATGTACCGTTATGACGTTGTAGTTTTGAAGTGTGGTGATGAGAGTGAGGATTTGAATGGTTTTGATTGCCCTAGTGAACAGTTGGAGTACACTCTTGAAACTGTACCACATTGCTGGAAAGAACTTGTTGAGGGCAAATGTTTAACCCGTGCCAAAGCAACTTGGGATCTTACAGAAGATCTTGATGTTGAGTTGAACCGTATACATATTGAAGAAACTAAGAGCCTTCAACGTTCGGATGCAAGTTGGGATCTATCTAGTGTTGGTGTTGACGGTCAAGATTTAGAGGAAAAGATCTTCTCATGTGTCTGGTTGAAACAATCGTCCAGGTACTTTGGTACAAAACTACAACAAGTATCAGAACTTTTTAAGAGTGAGGGGTTGGCAGAATTAAAACCAACAATGACTGGTGTAAATTCAGTTAGGGTAGGTGATAAATGGTTGAATTTCAGAGATCAAGGCAAATCACAAGTGTTTTTTGTTTATACTGATAAAAATGTTTATTTGGCCACAACACGCCAAAGAGTTAGTTGTGATTATATTGTTACTAAATTTAAGAGTGTTAGATGGATTGGCAATAAACCAGATAAGTGTAGAATCACTAAAGTGTTAGCATGGTTGATTTCTGTTAACAGAGTTAAAAATTGTACCAGAGTGGTAACCCCAATGTTATGTAAACAGGGTAAAATTAGTCATAAGAAGGTAGATTGTTTAGATATGAGTGTTTTAGATAAATATGCAAGTTGTGTTTTTGGACCCACATGTGTACAAAAGGTTAAAAAGTTTTTATCAAGTTATTATAATTGTGAGAGTGATTTTGAATCTTTAGTTAATTTTTTGACCCCGATTAAATGTGGTAGAAAATGGATAGTCTTTGAGAAGTGTTCTTGTAAGAACCATCAGTTTTATGTTGCACAATTTGATAACCATGTTGTGTTGGGCCTGGGAAGACCTAATGGCATCTTATATTCTGAAGAAGTACCAAGTTATGCTAAAGTTTATGCTGTTGGATTTGCAACAAAAAGAAGTGGTGTGGAGGTTCATTACTATTCTGAGATGGAACACGATTATGTACCACAAGAGTACTGTTTTGTTGCTCATGACCAGCAACACCAAGAAGATGATGGTGAGTATGTAAACTACCATCCTGATGATATTGAGGATGATCCATTTCCTAGGTTTGATTTTAGCTTTGATGTTTGTGAGTTAATTTGGCCTGATGCACCAGTTCCTGTACCATCACCCTATGGTTATCATCATGGGCAACGTTTGAGAGACATTTGTGTTGCAGATGATGGTTTTGGTTGTGATTGCCCTCGTTGTGATGGTTCATTTATTTACCATCCTGTTAGACCTCGCCATTATGAACCTTTTGATGAAGTTGGCCCATTTATTAAAATGTGTGAGTATAGACTTACTTACTCAGGCCAAGTTTATAACCAGTTTTATGGATTGGAACCAAAAATCTATATACAAGATTTGGTAACAGCTGGTGACAAATTGATGCAGTTGCTAACGAGAGGACAGTTAGAAGAAGTTGACTTGCCACCTGAAATTTTGAATTGTTTGACTTATTTGAAATTAGGTCTAAATATGCACCCATTTGTTTGGCCTGCTCCATTTTTTACATGTACTGGTGAGTGGGTTGACATCTTTGATGGTAATGATGCTGAGTTTTATGGTGAAGATTTTTCCAAAAGAGCAACAGATATGTTTGAAAGTGTAAAATGTTTGTTTAATAACTTTTATTCCTTGAGCTGTCCTTTGGAGAAGCTGTACCAGAGTTTACATTATGATGAGGATGTTAAACGGATGTTTTGGTCAACAACCCATATGAAACACCTTTATTTAGCCTTACTATGTAGTGAGAAGTCTTTTAGGGCTATATTGGATAGTAGACAATTGGATAACCCAGAATTAGCAAAATTAATGATAATTGGTACACTTGATGCTCCAATAGTTTCACCTTGTGTCTGTGATGGTGATTGTAATCATGCTAAACCATATAATTGGACTGGTATATTGAGTAAGGTTTGTAAATTTGTTACGTTAAACCAGTTGGTAGGACTGTCCTATCGTGAGAAAAGGCAGTTAGTGCTAGAAATGACACAGCAATATTTCCAAATGGAGGAAGGGCTTTGTCAACCAGTCCAATTGTTAATGACCCCTTTTTATAGTTTTAATGATGGTGTAGAGCCAGACGAACAACCATTAACTGGTGTGTTTCATCAACAAGTAATGCAGATGTTTGATACCTGTGTTATGCCCGATGTTATTATTAAATTGAAAAGATCTAGGACTTCAGCTAATGATCTTTTTGGTATATTGTCTGATTATTTCAGGCGACCATTTGGCTACCGTCGTTATCGCTTAGCCGAATTTTCGCATGTTGAAAAAACTCAGGTTTTCACGGATTTGACATCTGCTTTGCTTAGAGGGACCAACAATATTGGTGGCTACGCTGTGTGTAGAATGGTAGAGCCTAGGAGTGAGGTTACTAGTTGTGAAACTCCAACCTTTCCACCAGAGGTTGTACAGACCATCCGAAAGTTTCTTCCAGTTAGTTTTAATACAGGTGTTATGAATTATGTAGATAATAATTGTGATTTTGAATATTGTAGTTTGGAATTTTGTATTAGTGGTAAAGGGTTTTGTAGGTTAGACCAGAGTGACTGTATAAAATGTAAGACAAATTTGTTTGTTATTAGGTTTAGGACTTTACCTTTGTTGTATGTTACTAATAAACCTATGTATTTGAGTGAGTTTAGGTTAGATGATGCAGTTTCTCTTTTGGGTGATTTTAATTTGGATATAGATATTGTTCCAGGTGTTACTTTATTTGGCTTATATTTTACTAATGGGAAGGTGTGTGATGGTGATTGGGAGACATTACCACGATTTGGACTTGGTTGTTTTTCAACTCCAAAATTACACCCTAAATTTCAACCTTTTGAGAATTTAGCTGAGGTTTGTTTTTTTAAACAAAAAGTTAAACTTGTATCACTTGTCAGCAACTTTGCACCAGCTGAAATGGTTAAACCAAATATTCCAAGAACTGTAACAGTTGAGTTATTACCCTATTATGGCTCAGTTGGATTTCAAGGTTTTGTAGCACCTAAGTGTGTTTTGCCTGGAACTTTAGCAACTCAATATTGTAAGTTGAATTACCAATTAGATAAATGTGTTCAGGTTGTAAAGTTGGCAGTTTCTCATGCATTTTATTTTAAGCCATCAAATATGGGGTCACCTTACCATTTAGACCCAATGGTTGGTACTAGTTATGGAAAGCCAGCAATAATTCAATTTGAACCTGTGGGACTTATAAAGGAAGTTAATGTACTTGTTTATCAATTTGGCAACCATGTCGCCATACATTACTTCCCTGAATGTCCTACGTATGTGGCAGATGGACATTACCCTAGTAAACTTTGTGGTATATGGCTTGGCTACTCACCATCTGTAGAAGAGTGTAAAATTGCACAGCGTAATCGACAAGTTTATGTACCAGCCTGTTTCAGACTTTCACGAACTGGAGGCTATCATATTCAGCAGAATGAAGATTTTGAAAGGAGTAGTATTACTGTTACTTACCGTTACGCCAAGGATTTTGATACAAAGTCTTTGACACCCATGTTCAAAATGTTTAGTACAGTTTTTGGTAAGTCAAAACAAGATTTAATTTGTGCATTAAACTCCTTAACACCAGAAGCACATAAAGTTTTAACTTTGTTCTGCTCTGAATTTGACTCAATGTATACACTACAAACTTTATCTGATGAGGTTGCATTTGAAACATCCGCCAGTCCAGAATTGGTGGCATGTGCTCTAGCGTATATTGCTGGCTATGAGCTTTGTTTGACCATTAAAACTGGTGAAAACCGTGAAAGCCTGGATATTGGTTCAAGTTTAGAACAAGTTTATATTGATTATGATACATGTGAAAATAGTTGGACGTTATCAACAGATTTGCAAGATGATGGTTCTGAGGATTTGAATTTACCATTTGACCAATATTACGAGTTTAAGCTTGGTAAGGCATCAGTTGTTTTGGCTAAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGAATTCTTGAAAAATGAACAAGGTGTAGATTATGTTGTCAACCCAGCTAATAGTCAGCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCTAAAATTATTTCCTGTATGTGTGGCCCTAA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Protein
MSKISKKLTSETEPLLCSSILDLTSKSQLLDQCLGTPQNLVSLSKMDPSTLEPLTLGPKSTSTHCSSLQSLQLLVLNTSSTQFKWTTGSISKLRGHLERELCRGLVPLNDFTPSGNYVEVSLVIPSLLTGQGTSTITTSPEMYSDTVQNCIKLMETNLLKGVQALKDQTSCQEYFLNANYQSLIPPQLLLNAMRMSSVATLSPLTSENTRLLLKLSPFHGGTSVSYTSMIKGFADCSRRDEKCLKRRLTREQKSQEKGSFDANKVITLGGKMYRYDVVVLKCGDESEDLNGFDCPSEQLEYTLETVPHCWKELVEGKCLTRAKATWDLTEDLDVELNRIHIEETKSLQRSDASWDLSSVGVDGQDLEEKIFSCVWLKQSSRYFGTKLQQVSELFKSEGLAELKPTMTGVNSVRVGDKWLNFRDQGKSQVFFVYTDKNVYLATTRQRVSCDYIVTKFKSVRWIGNKPDKCRITKVLAWLISVNRVKNCTRVVTPMLCKQGKISHKKVDCLDMSVLDKYASCVFGPTCVQKVKKFLSSYYNCESDFESLVNFLTPIKCGRKWIVFEKCSCKNHQFYVAQFDNHVVLGLGRPNGILYSEEVPSYAKVYAVGFATKRSGVEVHYYSEMEHDYVPQEYCFVAHDQQHQEDDGEYVNYHPDDIEDDPFPRFDFSFDVCELIWPDAPVPVPSPYGYHHGQRLRDICVADDGFGCDCPRCDGSFIYHPVRPRHYEPFDEVGPFIKMCEYRLTYSGQVYNQFYGLEPKIYIQDLVTAGDKLMQLLTRGQLEEVDLPPEILNCLTYLKLGLNMHPFVWPAPFFTCTGEWVDIFDGNDAEFYGEDFSKRATDMFESVKCLFNNFYSLSCPLEKLYQSLHYDEDVKRMFWSTTHMKHLYLALLCSEKSFRAILDSRQLDNPELAKLMIIGTLDAPIVSPCVCDGDCNHAKPYNWTGILSKVCKFVTLNQLVGLSYREKRQLVLEMTQQYFQMEEGLCQPVQLLMTPFYSFNDGVEPDEQPLTGVFHQQVMQMFDTCVMPDVIIKLKRSRTSANDLFGILSDYFRRPFGYRRYRLAEFSHVEKTQVFTDLTSALLRGTNNIGGYAVCRMVEPRSEVTSCETPTFPPEVVQTIRKFLPVSFNTGVMNYVDNNCDFEYCSLEFCISGKGFCRLDQSDCIKCKTNLFVIRFRTLPLLYVTNKPMYLSEFRLDDAVSLLGDFNLDIDIVPGVTLFGLYFTNGKVCDGDWETLPRFGLGCFSTPKLHPKFQPFENLAEVCFFKQKVKLVSLVSNFAPAEMVKPNIPRTVTVELLPYYGSVGFQGFVAPKCVLPGTLATQYCKLNYQLDKCVQVVKLAVSHAFYFKPSNMGSPYHLDPMVGTSYGKPAIIQFEPVGLIKEVNVLVYQFGNHVAIHYFPECPTYVADGHYPSKLCGIWLGYSPSVEECKIAQRNRQVYVPACFRLSRTGGYHIQQNEDFERSSITVTYRYAKDFDTKSLTPMFKMFSTVFGKSKQDLICALNSLTPEAHKVLTLFCSEFDSMYTLQTLSDEVAFETSASPELVACALAYIAGYELCLTIKTGENRESLDIGSSLEQVYIDYDTCENSWTLSTDLQDDGSEDLNLPFDQYYEFKLGKASVVLAKDDFKSVYEFLKNEQGVDYVVNPANSQLKHGGGVAKIISCMCGPKLTNWSNGYIKQHKKLDVTCAVRSPGFQLGKNVQIIHVVGPKSGDVDVQGKLNNSWRSVFQHVKADATVLTSMLSTGIFGCSVVSSVSTLLDNLLVLEKDVVVFVVTNDLNQYKEALSVIERYQDFHGIPNFGNTCWFNAIYQLLKSFAAKEQLVWDLVNCFDDFYDCPTKQCVEWVCEQLEIKFGDQYDAVEMLCKIFDVFKCNVRVGYDCLARLQHVALGTCKEVPADAVLMFSGQDKSGHWTAARKLDGDWYVFDDKVVIKKDPDWSKVVLVLRDRGLYKASDFETPRPRRRRVAHRVPRDTLSQDAIVFTEDKRFASGTVLGNTCFESVESFDLEGSQVNLVESVLSLGSVDSLQDVLEQNCTSEKIDSESDSTVVVGVVSEDAVEEALPQQPLQHQTSIDCDADFEHVQQQGEVELVPSVFTPDFKFSFEKKLEPTVKQENFEDIELQDMVRIEQPLPPKTMNWKDVFFQQYIGFKSDFLSLAKFSKFQILLYALSLWLGLIYCFSDFSLLGKFCIYVVLLWLSNVVLTARKVGFSVIGFSNEGYVLKVLSSVKIPSFIAINCDGIQWLILKLLYYSFYCYDLVVKAVVVTFQMPQLRCFTWPLIKLGFVDTFLSHHILAFSNKQVSQSCLPVYGDDRKYIYVPNWCKESFRTLLQRSEQLTATGYSRTLDNWYYQCCSKTTKPSSCFNVRDFVFDDECKSHKQYGFLSSLFVYLMFYSGFVTFWLPLLFFYCALFMCTFKNLPVDTTKPIKWTVLQQVVDDLVSIITKPLFGRPACPPLSSYLIATTAEEAVRSSRSLLGRFCTPVGFQQPIMNVENGVSVSSLGFVNPLMWPLFVVVLLDNRFVWFFNVLSYIMLPVFVVVLFYFYLRKICGCVNIKGVTKNCTKHFQNFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQEHWCDRHSWYCPKEEHYMTPEMAMYIKNYYNLATAPTADTIWCDYVKTSPTMTWANFKFSLFKLTETVMCGPSSHADSMLLSWYAFLHGVRFTLNPSVIDIPTPVQPIYVSSDSDDSLDKVCDVNLRPTKSKGKLKKQSVAYFSSEPRDLWYYVTLIISLGAIFVFMYSCLMVGQYVVMPKDKFFGVNPTGYSYVNAQPYLHANPPVLKNSDGMVLATPLKVPSISYSVYRLLSGHLYFTKLIVDENECTPPFGAARLSHEFTCNDFTYVLPAHLRILNRYIMLIHPDQLHMLPFEVEHSTHTRLCYVTGTNIVECLPTFEIISPYVFVVIVAIFTILFLFLLRMYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNTVMVLFVVCLPPLVPGVIFVLALWLCDSIVFLLYLAVLSLFILPWFYVMVFILMVGGFSFWWMMRSSDVVHLTPDGLVFNGTFEQISKCVFPLNPLIVNRLLLDCQMSHADLVEKSKLKTTEGKLAIEMMKVFMTGDTAYYQPSNFSFQSVFSKVTSPFTIHAKPPIPMFRLYVHFNGQCVGTTCTGTGFAIDDFTIVTAKHLFECDDLKPTHLSVELSCRSFWCTWKEPRVDSWKFEGENAYISVENLRDFYGQDFKYLPFSKIEDDFYKRMEPVTIYSIKYGTEFATQAWQTVNGHFVCANTEGGDSGAPLVWRDSVIGVHQGICDSFKTTLASDSSGKMMTEVKGHHVDSPIYYKPVIISAAYNKFVADSDVNVGDCTNYHNFENDDFLPMHDELEKVPFGDKMRRYCQGLPKYLEPLHYFHVPSFWQPFKKQSVSTNVSWVVENLHFIFSVYFLVCDFVAYWWLDDPFSVVLPLFFIVQLLSTVVLKNILFWNTSYIVTLAVTFYVHSEVAESMYLLGFFSDQIVNRVGLILVVSVMCLFVVVRVVVNIKRAVFVVIVSIMLILVNVMFGVVQFSSFVTLVMFDLYAVFTALLTPQPVVAIMMLILFDTKCLMSFAFVVIVLSFRFFRNYSFVRVLHNFCNFDFVLTQLSLFRYRHHNQGNNPSHYEALWLFLKELYYGVQDVRYEVFSPQAGTYNVKFLTDMTEQDQLEAVEQVQRRLQRFSIVQDKQSQRLVLYSKNVDFLRAQIQQQRALGANPFIITTLTAKDIAIDNVEVHNPSQFKSEDMQAHMWFYSKSPVFIGQVPIPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAATLQIQNAALTLSLFDECNKFLEQELGEVPTVMWQSDDVADVKQLEAQIEKLRVVLDGMQLGTSEYKATRKQINILQSQLDKALAFERKLARFLEKVDQQQAITNETQKQLSAFKNLVKQVYESYMSSLKVKIVESNDASCLLTSTELPRKLVLMRPITGVDDIKIVEKTNGCEITAFGTTYSTGLGCNLAGLAYSSTQPLSAYPFIFNLEGVFKQQANIGYKTVECNMSSNNGTVLYKGKIVAVPSDDEPDFVVCGKGYKLDCGINVLLIPSIIRYITLNLTDQLQKQSLKPRRRLRYQGVRLGGVNLGEHQAFSNELISTVGFTTWVSSTICSDKSHKHPWFVQVPISEKDPEWFIHNTPLKDNKWVIDMKPTHWMVDADTNEQLFALSLSGDDYVKAESILSKWSPITQDVECWFKDLKGYYIVSGLQPLWPVCPKKICNLKITPIYQPQSVRYADQPTHFFSMPVVHKGFLNAFYELQDGFPGKKQVAPHVSLTMLSLTDEEVVKVENILDELELPTTYVTITNPHMMGRHYVCEVDGLHSLHDEVVSILRQHGIACDQSRLWKPHLTIGEIIDGSNFSDFKEFAITCKLEDLDFVKLGAPKANARYEFIATLPVGDFKLLRDVWSACRHLCFQNGAYQSSHSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVEFAGKRYMIKRVKDQHEFALSKTSFLPSIIPHHIVKYNNEWFLVRGPTTQWSLGDLVYAVWLGDQDYLAECGFVFNPSRDEFFEDAKQRSDLAFLLEPAILSFCDIFSCIKRFGLPYKLTLDNMDLYGNLYDFGDYPCPNFVDNQSALFVLAEVWSMTRKPFPYKFAKVLASEMHVPEDFQSYFQHTLLSGRYFDKAMCLNNVRPFLKDPANLTTTPFFSQHSGVWSHFYNPIYGLVEVDLDEFSNLPEVLQQLITVQGPITNNMLPAISIGDGVFSANVPPVLAAKQKVPLYDVGLCQDLTDAGIDCGEAFNYFYYLSNPAGALADVCYYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTVCYQTNERFTYEQAKPRKSSMGVNISGYQQDAVYRALGPENIMKLFEYARKAPLPFCTKIITKFALSAKARARTVSSCSFIASTIFRFAHKPVTSKMVEAAQNSQGFCLIGVSKYGLKFSKFLKDKYGSIEHFDVFGSDYTKCDRTFPLSFRALTAALLYELGGWEEESWLYLNEVNSYMLDTMICDGMLLNKPGGTSSGDATTAHSNTFYNYMVHYVVAFKTILSDLSEGNRVMRIAAHNAYTIGNYDVFNTLLEEQFQTNYFLNFLSDDSFIFSKPGALKIFTCENFSNKLQTILHTKVDQTKSWSASGHIEEFCSAHIIKTDGEYHFLPSRGRLLASLLILDKLSDVDIYYMRFVAILCESAVYSRYQPEFFNGLFQVFLDKVQQFRRDYCCDPCPPQLLDRSFYENLVFTSNTEVGVVDCYLENFKLQCEFEQQSSLDKVCFCCPNPAVSVCCECYVPLPLCAYCYYIHVVVSGHSKIEDKFRCPCGNDDIRDLFIVLNDSICIYQCKNCVGSDRLRLSLLSDSDQIVRLPGFRANSASIAKNGVAQLLISVDNVDISLDWNHQETVLQNVARIVYHSANMTQMSIEVVYVNFNLIRNDGSSAVLDIPNFKCPDTSYCLFYKPGKTGSLKFTGKGTLTSCYDNKNLTWFKATCPDFSQPWRQATCFVIQQHDAVYPPLKSTQYDNVTFVMGPPGTGKTTFVYNNYLSKASPSNRFVYCAPTHRLVGDMDEKVDGAVVVSAYNDRTYRNPIWKKDDSYDVLLCTHNTLPFIKSAVLIVDEVSLIPPHVMVKILSMGFKKVVLLGDPFQLSPVYKNHKVHFKYDTFYLLQLATQKRYLTACYRCPPQILSAFSKPYCDVGVDLVSFNSKPGKFDIIVSKQLANLQDFSVLSVLAKDYPGYTILVNYRAAVDYAMQNGLGDVTTIDSSQGTTAANHLLVLFGASNFSKTINRVIVGCSRSTTHLVVVCCPELYKHFQPILNWPEPVYRYFGMEKQSDFNIVPEVSSLVFCDIEFWHYKADSNSKTRTVYPGQIAVVTSQTLQLYLGVFDDTGYKSALRGLPKDVFVPPNWVWMRKHYPSYEQHAYNMQRLFKFIIDTTCGQPCFILYSCSNDLKSLKFYVEFDTNYFCDCGDLAICLMRDGLYKCRNCFDNMLVSKLVNCKYLDVQKERVKLQDAHDAICQQFHGDSHEALCDAVMTKCLYLTSYQAVFKDTLHVKYKDLCLEIQYKITSPYVRYDGVNKRYLYRDHGAMYYFRTPRSPMQNVYKYEVGAHAEYCINICNSYEGCQSFGKTCTKCIHIHCVVEQFLADDRFKDFILVSVVKSDYVEQSLPPAARALMLTVTRVEGKNFYTSNGQRYDLYDYDLSKSVMRVVGASVKPLPLYSVVVGLGINCTVGCVLPNVPMKLKDDLLMTDVPLSTVKLDLPTWYYITWPTLSSKTSRWKFAGAQVYDCSVHIYVEATGVQPLYYLQLGTGESLRELPDTLFSTGRLYNLEHDPSSNFNVYQLPVETVPKNKHVFAGDFTEVGTDIGGVHHVIALNGYKGTIIPNYVKPIGTGLINVGKAVKRTTLVDVCANQLYEKVKQQLVDVKVSKVIFVNIDFQEVQFMVFAKSEDDIQTFYPQKDFIRSYYEWPQILPALESHYDLKNYGQDPQFMPQPVNFAKYTQICTFIQDHVKVARNSLIWHVGAAGIDGCSPGDIVLSSFFKECLVYSWDVKDYDTLLEKHNYDCNFRPNLIVSDVYNVSSNVSEVLGDCVHRLALGGTIIFKTTESSRPDIQLSKITKYFAAVQFFSAGVNTSSSEVFVVLKYKLHSEPIGEELCSPNILQRIAAYRNKLCIVPNFKVFSTSLSYRFSSVKFVQKCFYVSVPRQFCASGLIQEVPLLCQMSH
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
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IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=3e-24 Score= 113 Identity=25.69%
Cov(Q)=5.98% Cov(P)=41.99%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6701
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
390.494779999997
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00022
outside
1 - 2159
TMhelix
2160 - 2182
inside
2183 - 2188
TMhelix
2189 - 2211
outside
2212 - 2225
TMhelix
2226 - 2248
inside
2249 - 2380
TMhelix
2381 - 2403
outside
2404 - 2489
TMhelix
2490 - 2512
inside
2513 - 2516
TMhelix
2517 - 2539
outside
2540 - 2735
TMhelix
2736 - 2758
inside
2759 - 2910
TMhelix
2911 - 2933
outside
2934 - 2952
TMhelix
2953 - 2975
inside
2976 - 2981
TMhelix
2982 - 3004
outside
3005 - 3415
TMhelix
3416 - 3438
inside
3439 - 3444
TMhelix
3445 - 3467
outside
3468 - 3479
TMhelix
3480 - 3502
inside
3503 - 3508
TMhelix
3509 - 3531
outside
3532 - 3540
TMhelix
3541 - 3563
inside
3564 - 3569
TMhelix
3570 - 3592
outside
3593 - 6701
