CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Cow_LC088095 (Region: Japan: Kagoshima;  Strain: Bovine torovirus genomic RNA, complete genome, strain: BToV Kagoshima/2014.;  Date: 2014/11/16)
Gene
replicase
Description
Annotated in NCBI,  replicase
Location
LC088095(+):789-14030
GenBank Accession
BAU21411.1
 

Sequence

CDS
ATGTCCAAGATCTCAAAAAAGCTCACCAGCGAAACCGAGCCGCTTTTGTGCTCAAGTATCTTGGACCTAACTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGTTTAGGTACACCACAAAACCTGGTATCACTTTCAAAGATGGATCCATCTACCTTGGAACCACTGACTTTGGGACCCAAGTCCACATCAACCCACTGCAGCTCTTTACAAAGTTTGCAGTTACTTGTCCTGAACACCTCATCCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATTTTACCCCAAGCGGCAATTATGTGGAAGTATCGTTAGTGATCCCTTCACTTTTGACTGGGCAGGGAACATCCACAATTACTACTTCACCAGAAATGTACTCAGATACGGTACAAAATTGTATCAAGTTAATGGAAACAAACTTATTGAAAGGTGTTCAGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAATGCCAACTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTTCTGAACGCGATGAGGATGTCATCTGTTGCGACTTTGAGTCCCTTGACATCAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTAAGCCCTTTCCATGGAGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAAGGGGTTTGCAGATTGCTCTAGACGTGATGAAAAATGTCTTAAGCGCCGCTTAACAAGGGAACAAAAGAGCCAGGAGAAGGGTAGCTTTGATGCTAACAAGGTTATTACATTAGGGGGGAAGATGTACCGTTATGACGTTGTAGTTTTGAAGTGTGGTGATGAGAGTGAGGATTTGAATGGTTTTGATTGCCCTAGTGAACAGTTGGAGTACACTCTTGAAACTGTACCACATTGCTGGAAAGAACTTGTTGAGGGCAAATGTTTAACCCGTGCCAAAGCAACTTGGGATCTTACAGAAGATCTTGATGTTGAGTTGAACCGTATACATATTGAAGAAACTAAGAGCCTTCAACGTTCGGATGCAAGTTGGGATCTATCTAGTGTTGGTGTTGACGGTCAAGATTTAGAGGAAAAGATCTTCTCATGTGTCTGGTTGAAACAATCGTCCAGGTACTTTGGTACAAAACTACAACAAGTATCAGAACTTTTTAAGAGTGAGGGGTTGGCAGAATTAAAACCAACAATGACTGGTGTAAATTCAGTTAGGGTAGGTGATAAATGGTTGAATTTCAGAGATCAAGGCAAATCACAAGTGTTTTTTGTTTATACTGATAAAAATGTTTATTTGGCCACAACACGCCAAAGAGTTAGTTGTGATTATATTGTTACTAAATTTAAGAGTGTTAGATGGATTGGCAATAAACCAGATAAGTGTAGAATCACTAAAGTGTTAGCATGGTTGATTTCTGTTAACAGAGTTAAAAATTGTACCAGAGTGGTAACCCCAATGTTATGTAAACAGGGTAAAATTAGTCATAAGAAGGTAGATTGTTTAGATATGAGTGTTTTAGATAAATATGCAAGTTGTGTTTTTGGACCCACATGTGTACAAAAGGTTAAAAAGTTTTTATCAAGTTATTATAATTGTGAGAGTGATTTTGAATCTTTAGTTAATTTTTTGACCCCGATTAAATGTGGTAGAAAATGGATAGTCTTTGAGAAGTGTTCTTGTAAGAACCATCAGTTTTATGTTGCACAATTTGATAACCATGTTGTGTTGGGCCTGGGAAGACCTAATGGCATCTTATATTCTGAAGAAGTACCAAGTTATGCTAAAGTTTATGCTGTTGGATTTGCAACAAAAAGAAGTGGTGTGGAGGTTCATTACTATTCTGAGATGGAACACGATTATGTACCACAAGAGTACTGTTTTGTTGCTCATGACCAGCAACACCAAGAAGATGATGGTGAGTATGTAAACTACCATCCTGATGATATTGAGGATGATCCATTTCCTAGGTTTGATTTTAGCTTTGATGTTTGTGAGTTAATTTGGCCTGATGCACCAGTTCCTGTACCATCACCCTATGGTTATCATCATGGGCAACGTTTGAGAGACATTTGTGTTGCAGATGATGGTTTTGGTTGTGATTGCCCTCGTTGTGATGGTTCATTTATTTACCATCCTGTTAGACCTCGCCATTATGAACCTTTTGATGAAGTTGGCCCATTTATTAAAATGTGTGAGTATAGACTTACTTACTCAGGCCAAGTTTATAACCAGTTTTATGGATTGGAACCAAAAATCTATATACAAGATTTGGTAACAGCTGGTGACAAATTGATGCAGTTGCTAACGAGAGGACAGTTAGAAGAAGTTGACTTGCCACCTGAAATTTTGAATTGTTTGACTTATTTGAAATTAGGTCTAAATATGCACCCATTTGTTTGGCCTGCTCCATTTTTTACATGTACTGGTGAGTGGGTTGACATCTTTGATGGTAATGATGCTGAGTTTTATGGTGAAGATTTTTCCAAAAGAGCAACAGATATGTTTGAAAGTGTAAAATGTTTGTTTAATAACTTTTATTCCTTGAGCTGTCCTTTGGAGAAGCTGTACCAGAGTTTACATTATGATGAGGATGTTAAACGGATGTTTTGGTCAACAACCCATATGAAACACCTTTATTTAGCCTTACTATGTAGTGAGAAGTCTTTTAGGGCTATATTGGATAGTAGACAATTGGATAACCCAGAATTAGCAAAATTAATGATAATTGGTACACTTGATGCTCCAATAGTTTCACCTTGTGTCTGTGATGGTGATTGTAATCATGCTAAACCATATAATTGGACTGGTATATTGAGTAAGGTTTGTAAATTTGTTACGTTAAACCAGTTGGTAGGACTGTCCTATCGTGAGAAAAGGCAGTTAGTGCTAGAAATGACACAGCAATATTTCCAAATGGAGGAAGGGCTTTGTCAACCAGTCCAATTGTTAATGACCCCTTTTTATAGTTTTAATGATGGTGTAGAGCCAGACGAACAACCATTAACTGGTGTGTTTCATCAACAAGTAATGCAGATGTTTGATACCTGTGTTATGCCCGATGTTATTATTAAATTGAAAAGATCTAGGACTTCAGCTAATGATCTTTTTGGTATATTGTCTGATTATTTCAGGCGACCATTTGGCTACCGTCGTTATCGCTTAGCCGAATTTTCGCATGTTGAAAAAACTCAGGTTTTCACGGATTTGACATCTGCTTTGCTTAGAGGGACCAACAATATTGGTGGCTACGCTGTGTGTAGAATGGTAGAGCCTAGGAGTGAGGTTACTAGTTGTGAAACTCCAACCTTTCCACCAGAGGTTGTACAGACCATCCGAAAGTTTCTTCCAGTTAGTTTTAATACAGGTGTTATGAATTATGTAGATAATAATTGTGATTTTGAATATTGTAGTTTGGAATTTTGTATTAGTGGTAAAGGGTTTTGTAGGTTAGACCAGAGTGACTGTATAAAATGTAAGACAAATTTGTTTGTTATTAGGTTTAGGACTTTACCTTTGTTGTATGTTACTAATAAACCTATGTATTTGAGTGAGTTTAGGTTAGATGATGCAGTTTCTCTTTTGGGTGATTTTAATTTGGATATAGATATTGTTCCAGGTGTTACTTTATTTGGCTTATATTTTACTAATGGGAAGGTGTGTGATGGTGATTGGGAGACATTACCACGATTTGGACTTGGTTGTTTTTCAACTCCAAAATTACACCCTAAATTTCAACCTTTTGAGAATTTAGCTGAGGTTTGTTTTTTTAAACAAAAAGTTAAACTTGTATCACTTGTCAGCAACTTTGCACCAGCTGAAATGGTTAAACCAAATATTCCAAGAACTGTAACAGTTGAGTTATTACCCTATTATGGCTCAGTTGGATTTCAAGGTTTTGTAGCACCTAAGTGTGTTTTGCCTGGAACTTTAGCAACTCAATATTGTAAGTTGAATTACCAATTAGATAAATGTGTTCAGGTTGTAAAGTTGGCAGTTTCTCATGCATTTTATTTTAAGCCATCAAATATGGGGTCACCTTACCATTTAGACCCAATGGTTGGTACTAGTTATGGAAAGCCAGCAATAATTCAATTTGAACCTGTGGGACTTATAAAGGAAGTTAATGTACTTGTTTATCAATTTGGCAACCATGTCGCCATACATTACTTCCCTGAATGTCCTACGTATGTGGCAGATGGACATTACCCTAGTAAACTTTGTGGTATATGGCTTGGCTACTCACCATCTGTAGAAGAGTGTAAAATTGCACAGCGTAATCGACAAGTTTATGTACCAGCCTGTTTCAGACTTTCACGAACTGGAGGCTATCATATTCAGCAGAATGAAGATTTTGAAAGGAGTAGTATTACTGTTACTTACCGTTACGCCAAGGATTTTGATACAAAGTCTTTGACACCCATGTTCAAAATGTTTAGTACAGTTTTTGGTAAGTCAAAACAAGATTTAATTTGTGCATTAAACTCCTTAACACCAGAAGCACATAAAGTTTTAACTTTGTTCTGCTCTGAATTTGACTCAATGTATACACTACAAACTTTATCTGATGAGGTTGCATTTGAAACATCCGCCAGTCCAGAATTGGTGGCATGTGCTCTAGCGTATATTGCTGGCTATGAGCTTTGTTTGACCATTAAAACTGGTGAAAACCGTGAAAGCCTGGATATTGGTTCAAGTTTAGAACAAGTTTATATTGATTATGATACATGTGAAAATAGTTGGACGTTATCAACAGATTTGCAAGATGATGGTTCTGAGGATTTGAATTTACCATTTGACCAATATTACGAGTTTAAGCTTGGTAAGGCATCAGTTGTTTTGGCTAAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGAATTCTTGAAAAATGAACAAGGTGTAGATTATGTTGTCAACCCAGCTAATAGTCAGCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCTAAAATTATTTCCTGTATGTGTGGCCCTAA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Protein
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Summary

Uniprot
A0A0A7UXD3  
Pubmed
25552712   
EMBL
KM349742    AJA91203.1   
Proteomes
UP000153628   
Pfam
PF05213   Corona_NS2A
Interpro
IPR039573   NS2A-like
ProteinModelPortal
A0A0A7UXD3  
PDB
4Z5V     E-value=2e-21     Score=95.9     Identity=34.48%     Cov(Q)=3.94%     Cov(P)=83.65%
3D Structure

Ontologies

KEGG
vg:22807879    

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
4413
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
390.39014
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00022
outside
1  -  2159
TMhelix
2160  -  2182
inside
2183  -  2188
TMhelix
2189  -  2211
outside
2212  -  2225
TMhelix
2226  -  2248
inside
2249  -  2380
TMhelix
2381  -  2403
outside
2404  -  2489
TMhelix
2490  -  2512
inside
2513  -  2516
TMhelix
2517  -  2539
outside
2540  -  2735
TMhelix
2736  -  2758
inside
2759  -  2910
TMhelix
2911  -  2933
outside
2934  -  2952
TMhelix
2953  -  2975
inside
2976  -  2981
TMhelix
2982  -  3004
outside
3005  -  3415
TMhelix
3416  -  3438
inside
3439  -  3444
TMhelix
3445  -  3467
outside
3468  -  3479
TMhelix
3480  -  3502
inside
3503  -  3508
TMhelix
3509  -  3531
outside
3532  -  3540
TMhelix
3541  -  3563
inside
3564  -  3569
TMhelix
3570  -  3592
outside
3593  -  4413
 
 
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