Strain
Ferret_LC119077
(Region: Japan; Strain: Ferret coronavirus genomic RNA, complete genome, strain: FRCoV4370.; Date: 2013/5/22)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGTGTTCAAGCATTTTAGGATCCTCGTTAATGAGGACCAGGAAATTACCTTACGTGGTTATAAAAACCGCTTAGATTGTCAGCGTGCTTTGAAACAATGCTGGCTTAGCGGTTTTAATGGCTACGTCTTTGTACCTGAATACTCTAGAGACCTGCTCACTGGTTGTCGTGAACAGTTGCACGTTTTTGGTGTATTCGGTGCTAATGATTGTGTCATCAAACCTTGCATGTTAGAAGAACAATCTGTTAACTTGCAAGGCTTTATTGTACTCTCTGACGCTAATGGTGTAGAGGAGGATTTTTATCTTAGCCTTAGCACCTATGGCGGCATGATTGTGTACGTTGATCAATACATGTGTGGAGCTGATGGTAAGCCTGTTATCTCTGGTGAGATGCATGACTACTTCGGCGATTTAGATGATATTGTCATTGATGGCATTACATATTCGCATGCATGGGACGTCGAACGCGATCTTGATGTAACCCATGACAAACAGACTTTTCTCAACATAAAGTCTATAATGTACTTACAGGACAAAGACCACAAGCTTCCTAATGGCGCAATTCGTGTACGTGCTGCGCCAGTAAAGCTAAGTTCTAAGGTTGTACTTTCTCAACCTTTTGCTGACATGTATAAGCACTTTGGTTCACCATTTATGCAAAACGGTGATAACCTCCACGGTTGTTTCACCAAACTCAATTTCATTGTTGCCAACGTTAAGTGTAAGTGTGGTGGTGAGTCAAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGGTTTAAGTCAGCATGTTGTGGTTTACCTGGTAAGGTTATAGGTGTGTCTCTAGGTAATGCTGCAGTTGGTGAGGCTGTTGTTACATCTAAGGGTTGTGGCAATGGTACTAAGTTTTATGCCAATGCTGTACTGAAACATGTTGGAGATGCTGAAGATGTTTCTATCTGGCGTGTTATGGCTACCTATGCAAAAGACATAGTAGCCACTAGTACTTTTGATAAGTGTAGACTAGAAATACTTGACCACACTAGTGACAGCACATTGGCTACTAGTGTGAAGAAGTGCTATCTCACTGGTAAACCAGATAAGGATGTTGTTGACGCCATAGTTGCTGGCCACATTAATGTCTCTAGCAACATTTTTGGTGTAGTTAAGGATTTGTTTTCCAACGTTCCCTGGTTTATCAAGAGGTGTGGTGATCTGTTTGCTGACGCATGGTACTCAGTGTGTGAGTTCTTGAGTAGTGGCGGTGTTTCTTACGTCACTATTAGAGACACCATTAAAATGCTTTGTAGTGCAGCATTTACCATCAGAGGATCAAAACCTATTTTTATTGTTTCTTCTGCAGCTTCAAGTCTTGTTAGAAGCTGCATTAGCATTTTAGAGTCTGTTTTTGACATGTTCACACAGACTATAGAGTTTTTTGGAGTTGTTGCCAAGTGTCTTGTGCTTGGTTGTAAATACATCTTATTTGAGAATGCACTCTTCAAGTTAGAAACTTTCAAGCTGTCAGGTAAGCGTGAATCTGGTTTGAAGAATGCTGTTTTTGCTTCTGCCATTGTTGGTAGTACGATGGAGGTTAAACCATCTAGATTTGAGAAATCTACAGCCAACTTAGTTGTTGTAGACGATGTTGTTGTGCCTGGAGAAGGTTATGTAGTTGTTATTGGAGACATGGCTTTTTATCGCAGTGGTGACCATTATTTTATGATGTCATCACCCACCAGTGTTTTGACTACTACTGTGTTCAAAGCCGAAAAAGCTAATGTCTACAAAGTTGCTTACAATGTCCCAGATACTTATAAAGAAAAACTTATTTGTGACATTGGTACATCTTATAGTTTTGAAGGTTCTATAGATGCTGCTACCGTCAAGCTTAACACTCAGTTGCAATCTTATTGCGATAATACTTTGTGTTTTAGAGCTTTTTCATTGAAAGAAAGCATCATTGTCGAGCCTTTCAAGCATAAGTATAAGATGCCTAAATGTCTTAAAAATCATACAGGCCTCTGGGAAATTATTCTGAGTGGTTCTAAAGATTTGGGATTCTTTGATAAGTATAAAGCATTGGAATCTCTGGATGACATCTATGACACAACTGATTATGTCAACTTAGTCTGCCCAAAAATCTTGCACAAGTTTGATAATGGTATAATGTGGTACCGCTGTATGAAAGGTGTTACAGGTCCTATTGCAACACGTGCAGTTTGCAGCTTTGTTGGAGGTTGTGTTAAAGTTTGTTTAGAAGGTTTTGATTCTGTTGCTGCTAAAGTTGAAAGCTGCTACCAAAAACTCTGTGGTGTTAAGACCTTTGATCTGAATGTTGCCGGCATTGAACTTGCCGGTTTTAAAACACCAAACGGAAAAACCTTTCTAGATTTTGGCAATGATGTCATCGAACTTTTTGATGACGAACCTGTGCGTTGTTTTACAGGTGCTACTGTGCCTGTAGCCGTTTCAGATTTTGAAGATGTTGTTCGGAATGATGTCTTTTTAGAAGAATGTGAATACCTTCCTCCAAAAGCTGAAGGTGTAGTTGTTAACTTGGATGGTTACACGTTCTACACTACTGATAATGAGAATTTCTACCCTTTTGGCGATTGTAAAGTCGTTCCAAAATTGTATAACAAAGTTGGTGGTGGTAAGACTGTAACTTTTAGTGACGATATAGAGGTCAGAGAAGTTGAACCCGTCTGCAAAGTTAAAGTCACCTTTGAGTTTGATAATGAAACTATAGCAGCAGTTTTAAATAAGGTTATTGGTAATACTGTTAGCTTCGAAGGTGCTAACTGGGAGACTCTCGATGAGTTGTTGACCACACAGGTTGATGCCGTGTTTATGCAGCTATCTCAAGCAGGTTTGAATCCACCAGATTATTATATATATGATGGTTGTGGTGGTTTTGATGTGACCTGCCCTGAAGGCATCATGGTTTCACAGTATGATCTGGTTGCTGACGGTGTCAATGCCTGTAATTCAGACTGTATTGCTGACCACAGTCTGTCAGATGAACAGGTAGCTGCTATTGTCAATGATTGTAACTTGGAACATGTGGAGGAAGTCTCTGACTATTGTCCATCTGATGATGATGCTGATGGGGATGGGTGTACTGAAAATGCTTCACCATTTGCTTTTGATAACAGTACGATTAACGGTAAAGTTGTACTTAAACAATCACAAAATAACTGCTGGGTTAATGCAGCCGGTTATCAATTACAGTGTCTTAATGTGCTTGATAGTGAAGAGTTCAAGCAGTATTGTGACGGTAATGTTGAGAGTTTTGTACAACTTATGTATGCCATGACTAGCAGAGAAATTGGTGATTTAGGTGAAGCTGAACATGTGTTAGAGCTTTGTCTGGCTGGTTTGGAAACAGCAACAGTGACCCTGACCGCACAATGTAATTGTGGCACATTTGAAGATGTCATTGTAAGCTGTGTTTTTAGGATGTGTTGTACAAGTGATACGTTTGACTATGGTATGTGTGGCACTTGTAACAATGTTAAGAAGACTACTATTGTGAAAGTTGAAGGTACTGGTGTCTTTTTACATGAACCTAAAACTTACAAGCCTCTTGTCAAGCCAGTTTGCAAAGCAATTTTTAAAGGTAACACTGATGGTGGCCACTATATGGTTCATGACGTCCAAGCCAATGTTCTAGTTGACGGTTTTGGTCTGCACCCGGTGAAGAACATACCCTTTACTTCTGTTTGTTTTGTTGATGCCGCATATGTTAAAGATGTTAAAGCTAAAAGTGTTGCCAAACACGACCCGTGGGCTGCTGCCGTAGACATTCAAGAAACACAGAGTGCACTAGCAGACGTACGCAGTGATTGCGAGTCTGCTTGTGTAGCTAAATGTGCTTCTTCCGCTAGTGTCGAAGTCACGAATGTAACCAACGAGTCAGCCTCTCCCACAGTTATGGCAGTGCAACAAGTTTCCACTGTAAAGCCATTTTTTGAAACGGGTTTGCTTAAGTTTTATAGAGGTGATGTTAAAACGTTAGTTGATGCCATCAAGCCTAAAGTCTTAGTAAACGCTGCCAATTCGCACCTTCAACACAAGGGTGGTGTCGCAAAAGCAATTGATGTTTTTACGGGCGGTGCACTTAGTTTGGAATCCACCAATTACCTTAAACGTTATAAACCTATACCGTCTGGTAATGTGGTAGTTTTTAATGATGTGCTGGAAGGTCTTAACATTGCTAATGCAGTGGGACCACGTGTGTCTGAGGAGCGGTACGAACAGAAACTTGCTTCTGTTTACCGTAAATTGGTTAAGGTTGAAGGTCCTATGTTAACACCTCTTATTAGTTGTGGCATTTTTGGTGTGCCACTTGAGCAATCATTGAAAGCTTTGATTAAGGCCTTTAAATCAACAAGTGTTTCTGTGTTCGTATACACAGAAGAGGAGCAGAGTAAAGTTTTACAGTACTTTGAGACACCTGTCACAGTTCTTTTAGAAGACGGCCCTAGTGTTCAAAAAGTAGTTTTAGAACCAGTAGTAACTCTTGACTCACAACTGGCTTCTAAGGTTGTCAATAAGAACGTGTTATGTGATGGTGTTTACCCTGATGTGAACTTTGATCATGAAGTCTTGACCAAAGTTGATGATGTAGACTGGTCGTCATATTATGGGTTTGCTAATGCTGACACTTTCAGTGCCTTAAAACATGATGACTTCGTGTTTGAAAGTACTATAGTTGATGGTTTTGTCGTTTTTAAACAAACTGACAACAACTGTTGGGTCAATGCTACGTGTATGCTACTACAAAACTTAAAGCCCACATGGCGTTTTAAGGGTATGGAAGACTTATGGTCTAAATTTGTTAGTGGCAACACAGCACCATTTGTACACCTTTTATATTTCATTATTAATGCAAACCGAGGTGACCCTAATGACGTTGAGTTTGTTTTGCATAAACTTGAACCATTGATGTGTGAAAGTGGCTCCGTAACTTTAGACAATTTTAAAGGTTGTGATGTTTGTTACAAACCCAGTACTGTCACAGG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Protein
MVFKHFRILVNEDQEITLRGYKNRLDCQRALKQCWLSGFNGYVFVPEYSRDLLTGCREQLHVFGVFGANDCVIKPCMLEEQSVNLQGFIVLSDANGVEEDFYLSLSTYGGMIVYVDQYMCGADGKPVISGEMHDYFGDLDDIVIDGITYSHAWDVERDLDVTHDKQTFLNIKSIMYLQDKDHKLPNGAIRVRAAPVKLSSKVVLSQPFADMYKHFGSPFMQNGDNLHGCFTKLNFIVANVKCKCGGESSGVGDWTGFKSACCGLPGKVIGVSLGNAAVGEAVVTSKGCGNGTKFYANAVLKHVGDAEDVSIWRVMATYAKDIVATSTFDKCRLEILDHTSDSTLATSVKKCYLTGKPDKDVVDAIVAGHINVSSNIFGVVKDLFSNVPWFIKRCGDLFADAWYSVCEFLSSGGVSYVTIRDTIKMLCSAAFTIRGSKPIFIVSSAASSLVRSCISILESVFDMFTQTIEFFGVVAKCLVLGCKYILFENALFKLETFKLSGKRESGLKNAVFASAIVGSTMEVKPSRFEKSTANLVVVDDVVVPGEGYVVVIGDMAFYRSGDHYFMMSSPTSVLTTTVFKAEKANVYKVAYNVPDTYKEKLICDIGTSYSFEGSIDAATVKLNTQLQSYCDNTLCFRAFSLKESIIVEPFKHKYKMPKCLKNHTGLWEIILSGSKDLGFFDKYKALESLDDIYDTTDYVNLVCPKILHKFDNGIMWYRCMKGVTGPIATRAVCSFVGGCVKVCLEGFDSVAAKVESCYQKLCGVKTFDLNVAGIELAGFKTPNGKTFLDFGNDVIELFDDEPVRCFTGATVPVAVSDFEDVVRNDVFLEECEYLPPKAEGVVVNLDGYTFYTTDNENFYPFGDCKVVPKLYNKVGGGKTVTFSDDIEVREVEPVCKVKVTFEFDNETIAAVLNKVIGNTVSFEGANWETLDELLTTQVDAVFMQLSQAGLNPPDYYIYDGCGGFDVTCPEGIMVSQYDLVADGVNACNSDCIADHSLSDEQVAAIVNDCNLEHVEEVSDYCPSDDDADGDGCTENASPFAFDNSTINGKVVLKQSQNNCWVNAAGYQLQCLNVLDSEEFKQYCDGNVESFVQLMYAMTSREIGDLGEAEHVLELCLAGLETATVTLTAQCNCGTFEDVIVSCVFRMCCTSDTFDYGMCGTCNNVKKTTIVKVEGTGVFLHEPKTYKPLVKPVCKAIFKGNTDGGHYMVHDVQANVLVDGFGLHPVKNIPFTSVCFVDAAYVKDVKAKSVAKHDPWAAAVDIQETQSALADVRSDCESACVAKCASSASVEVTNVTNESASPTVMAVQQVSTVKPFFETGLLKFYRGDVKTLVDAIKPKVLVNAANSHLQHKGGVAKAIDVFTGGALSLESTNYLKRYKPIPSGNVVVFNDVLEGLNIANAVGPRVSEERYEQKLASVYRKLVKVEGPMLTPLISCGIFGVPLEQSLKALIKAFKSTSVSVFVYTEEEQSKVLQYFETPVTVLLEDGPSVQKVVLEPVVTLDSQLASKVVNKNVLCDGVYPDVNFDHEVLTKVDDVDWSSYYGFANADTFSALKHDDFVFESTIVDGFVVFKQTDNNCWVNATCMLLQNLKPTWRFKGMEDLWSKFVSGNTAPFVHLLYFIINANRGDPNDVEFVLHKLEPLMCESGSVTLDNFKGCDVCYKPSTVTGSVVAAPLQAKGDNTVCTHGKSVTTRVTNVQGSVVLTSTCGVVSNSIKGDGYVCFNGSASSGHYTYSSRNGTVYDADKTYTFKVDDLSVASVLMLTGYKLPVVHAPCVPKGASNASEPDTMQKLDAYANMFFAFGDMSLKACVTIFKYLLCFYCFFLERCTKPKRLKVKVKPPFALKPLDVKLRALNSVKLLTNTKFWFYLKFLLGLLLLYNLLYVMVSVPFIHRFACASYTRAYANSSFVKADVCTRSVLCKACLASYEELSDFDNLKVVWDYKSDPLWSKMLQLVYFGTLMVFGNNVLRVAMLYFVAQYLNTWFSYYGLVNYSWLLHIVNFETVAAEIVVLMVVVKGFFFLKHYWYGCDNASCLSCSKTAKQKRIPVSVIVNGSMKTVYVHTNGGSKFCSKHNFYCKNCESNGVGNTFICHEVVRELSNIVKHTVHATDVSFKEVDKVECSEGFYRLYTGDEYTRYNYDITDKKYSCKEALKSLQLIDDFVVYDPIGTTPANLHNACVYWSQLLGKPIKLVNRDLIQSLTVDFNGVLFDAHRRVVSNSFNVDVAACKTLRDCYEACKTDVPYNVFEDVVNNAHKYDVLMTDISYNNIWLTYAKPEENLSSFDVANCIKSGAKVVSHNVLIKENVPIVWYAKDFISLSNEARQLLIKTSKAKGVTIMLSFNNNPMSHTLPTVAIGRKSGSGFFDVYREFKQVTMLIVAVLLAWGLCCIYNGYTPARVSSAPGYDFMVIRSGKIQSFDDSITCVHNVYNEFPSWYLGKYGKSLSYAKTCPIVVGTVFDIVDSMKPVPDVPAYVTLVGRSLVFAINAVFGNTDLCYDHQGVAKSRDSVFDNCVFNAACTQLVGMGGTAVYCFKDGVMPGAHKTYAELLPDAHYVLRDGNTLKLPTIIRGFGLRIVQTLATTYCRVGECTQSKQGFCVGLDNWFVYDKAFGEGYICGDSVFGFVTNVFKLFNQNLSVVATSGYMLTNMLIALFAIAVCYAFLKFKRVFGDCTMFVSMIIVTLFINNLSYFFTHNLVLVVVYAVAYYFLSRRLPYPGVMDAGFMLAYVGMAPWWLFVGYVLLFCYDSIPSFFKLKVSTNLFEGDKFVGNFESAAAGTFVIDMHSYQVLVNSIPMERLRSYASTFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLAKALMDYGNNRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKIAQPSGVVEPCIVRVAYGSTVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSKPINYDTELLGVRLHNFSISKGNDFLGVIGCSYRGVNLIIKVSQNNTLTPKHKFRTVKAGESFNILACYDGKPNGVYGVNMRTQGTIKGTFINGTCGSPGYVLDGDIVNFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGVMYGGYEDQPSMQLEGVNVMSTDNVVAFLYAALINGERWFVGNATVALETYNNWAIANGFTELSSVDSFSMLSAKTGVSVEKLLEAVMRLSTSLGGKTILGYGSLTDEFTTTEVVRQMFGVNLQSNSVKSWFYPIAIIVVCMFAFWTEFFLYTPFSWFGPASIGCLLLLTVVVSTSLTIFVKHKMLYFMSFLLPSVILMTVSNLVWDSLYIAAVQAKLVEVNMSLVAVDMQSVSLIVLCLLVAIVHCYRFCTQRQSIPVFVVTLCFVFYNFASQWYYYLRGLDMGVNLQFGYVNLGMMLVCLMTKDWIVVAVAYRVAYYIVLYILAPDVVNDFGLLKCLCVVYMLLGYCSCCYYGVLYWVNRFTHMTCGVYQFAVSAAELKYMTANNLTAPRNAYEAMVLSSKLVGIGGNRNIKIASVQSKLTDMKCTNVVLLGLLSKMHIEANSKEWNYCVNLHNEINLSDDSDVVLNKLLALLAFFLSKHNSCDLSELIESYFDNPSILQSVASAYANLPSWVAYEQARDAYMEGKKNDLAAPVIKQLQKAMNIAKAEFDREASVQKKLDRMAEQAASNMFKEARAVDRKSKIIGAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIMEQARNGCLPLSIIPAASATRLVVVTPNIEVFSKIRLDNNVHYAGAVWSIVEVRDANSAVVHLKEVTQHNEQNMCWPLTVTCERVAKLQNNEIMPGKMKERAVKASATMDGDANVNGKALFAAEGGKHFMYALVSGDGNLKYVKWEGNNDVITIELEQPLRFYVEGPNGPEVKHLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEHPSNSSLLTLCAFAPEPAKAYVELVKKGMQPVNNCVKMLSNGSGNGMAVTNGVEATPNQDSYGGASVCVYCRSHTAHPSLDGFCRFKGKFVQVPTGTVDPIRFCIENEICAVCACWLNNGCVCDRTSMQAAVVDQSYLNEYGVLVELD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=2e-155 Score= 484 Identity=74.59%
Cov(Q)=7.60% Cov(P)=97.74%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3988
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
364.423169999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00159
Total prob of N-in:
0.00070
outside
1 - 1800
TMhelix
1801 - 1823
inside
1824 - 1862
TMhelix
1863 - 1885
outside
1886 - 1948
TMhelix
1949 - 1971
inside
1972 - 1990
TMhelix
1991 - 2013
outside
2014 - 2633
TMhelix
2634 - 2656
inside
2657 - 2676
TMhelix
2677 - 2699
outside
2700 - 2713
TMhelix
2714 - 2736
inside
2737 - 3155
TMhelix
3156 - 3178
outside
3179 - 3182
TMhelix
3183 - 3205
inside
3206 - 3211
TMhelix
3212 - 3234
outside
3235 - 3248
TMhelix
3249 - 3271
inside
3272 - 3282
TMhelix
3283 - 3305
outside
3306 - 3332
TMhelix
3333 - 3352
inside
3353 - 3364
TMhelix
3365 - 3387
outside
3388 - 3988
