Strain
Ferret_LC119077
(Region: Japan; Strain: Ferret coronavirus genomic RNA, complete genome, strain: FRCoV4370.; Date: 2013/5/22)
Gene
ORF1b polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1b polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGACCATGAGCAAGTCTGTTACAACGCTTTGAAACATTCAGGAGCTGTGGCCTCACATATGTTCTTTGAATATAATGAAGGCAGGTCAGTCTTTGGCAATGTTTGTCGACAGAATCTTACAAAGTACACTATGATGGATTTGTGTTACGCTTTACGTAACTTTGATGAGAAAAATTGTGATGTTTTGAAAGAAATTCTGGTCTTGACTGGTTGTTGTGATAGTAGCTATTTTGATAATCCTGATTGGTATGACCCTGTTGAGAATGAGGCTATACATGTTGTCTATGCAAAATTAGGCCGTGTAGTCTCTAATGCTATGCTTAAATGCGTTGCACTTTGTGACGCCATGGTAGAAAAAGGTCTTATAGGTGTTTTAACCCTTGATAATCAGGATCTTAATGGCAACTTCTATGATTTTGGTGATTTCGTATTCACTGTCGAAGGTTATGGTTGTGCATGTGTCACTTCTTACTATTCTTACATGATGCCTATTATGGGAATGACTTCATGTTTAGAGTCTGAAAATTTTGTGAAGAGTGACATCTATGGTTCTGATTATAAGCAGTTTGATTTGTTAGCCTATGACTTTACGGCACATAAGGAGATGTTGTTTGAAAAGTACTTTAAATACTGGGACAGGCCTTATCATCCAAACTGTTCTGAATGCATAGACGATGCGTGTATTTTGCATTGTGCAAACTTTAACACATTGTTCTCCACAACAATACCTGTAACAGCATTTGGACCACTTGTCAGGAAAGTTTTTATTGATGGAGTTCCAGTAGTTGTTACGGCCGGTTACCATTTTAAACAATTAGGTTTAGTGTGGAATAAAGACGTCAATGTTAGCAACCAGAAATTGTCCATGAATGACCTTTTACGGTTTGTCACAGACCCAGCTCTGCTAGTGGCGTCAAGCCCTGCATTGCTAGACCAAAGAACTGTCTGTTTCTCTGTTGCTGCTTTGGGTACGGGTGTGACATACCAAACTGTTAAACCAGGTCATTTTAATAAGGATTTTTACGATTTTGTTGTTGCAAGAGGCTTCTTTGCTGAGGGCTGTGAACTTACTTTGAAGCATTACTTTTTCGCCCAGGGAGGTGAAGCTGCTATAACTGACTTCAACTATTATCGTTACAATAAGACCACCGTTCTTGATATATGTCAAGCACAATTAGTATTTCAGTTGGTTAATAAATACTTTGATTGTTATGATGGTGGTTGCATCACAGCCCGTGAGGTTGTAGTTACTAATTATGACAAAAGTGCAGGTTACCCTCTTAATAAGTTTGGCAAGGCTAGACTGTATTATGAAACACTTTCCTATGAAGAGCAGGATGAGTTGTTTGCTACAACAAAGCGTAATGTCTTACCTACTATGACGCAAATGAACCTTAAGTACGCCATCTCAGGTAAGGCACGTGCTCGCACTGTGGGTGGTGTGTCACTTTTGTCAACTATGACCACAAGACAGTATCATCAGAAACACTTAAAGTCTATTGCTGCCATGCGTAACGCTACAGTTGTCATTGGTACAACTAAGTTTTACGGCGGATGGGACGATATGTTAAAGAATTTGATGCGTGACGTCGATAACGGCTGTCTTATGGGTTGGGATTACCCTAAGTGTGACCGTGCGTTGCCCAACATGATCCGGATGGCGTCTGCCATGGTTTTAGGATCAAAACATGTTGGTTGCTGCACACATAGTGACAGATTTTATCGGTTGGCCAATGAGTTGGCACAAGTCCTCACGGAAGTTGTACATTGCACTGGTGGATTTTATCTAAAACCAGGTGGCACTACTTCTGGTGATGGTACAACGGCTTATGCCAATTCTGCCTTTAACATATTCCAGGCGGTGTCTGCTAATGTTAATAGACTTTTAAGTGTGGACTCCAACACATGTAACAATCACAATGTTAAATCTTTACAACGCAAGATTTACGATACCTGTTACAGATCTAGTGTTGTTGACCCATCACTTGTAGATGAGTACTACGCATATTTGCGTAAGCATTTCTCAATGATGATTCTATCTGATGATGGCGTTGTTTGCTACAATAAGGAGTATGCTGATTTGGGTTATGTCGCAGACATAAGTGCTTTTAAATCGGTTCTTTATTATCAAAACAACGTTTTCATGTCTTCCGCTAAATGTTGGGTTGAACCTGACCTTAGTGTCGGACCACACGAATTCTGTTCTCAACATACCATGCAAATAACGACTCCAGAAGGTAATTATTATCTACCGTATCCAGACCCTTCTAGAATTTTGAGTGCGGGTGTTTTTGTTGATGACATTGTCAAAACTGACAATGTTATTATGTTAGAACGTTATGTAAGTTTGGCTATTGATGCATACCCATTGACAAAGCATCCTAAGCCTATTTACCAAAAGGTTTTCTACACGCTGCTAGAATGGGTTAAGCATTTACAAAAGACGCTAAATGCTGGTATACTGGATTCTTTCTCTGTCACAATGTTAGAAGAAGGGCAAGATAAGTTTTGGAGTGAGGAGTTTTATGCTAACTTGTATGAAAAATCCACAGTTTTACAAGCTGCAGGTATGTGTGTGGTGTGTGGTTCACAAACTGTTCTACGCTGTGGTGATTGCCTACGAAGGCCTTTATTGTGTACTAAGTGCGCTTATGACCATGTTATGGGAACAAAGCATCACTTTATAATGTCACTCACTCCTTATGTTTGTAGCTACAATGGTTGCAATGTTAACGATGTTAGAAAACTGTACCTAGGTGGACTTAACTACTATTGTATAGATCATAAACCGCAGTTGGCATTCCCATTATGTGCTAACGGTAACGTTTTTGGTTTGTACAAGAGTTCAGCAATTGGTTCAGCTGATGTGGAAGATTTTAATCGTTTGTCTATGTCTGATTGGTCTAACGTTGAAGACTACAGGTTGGCTAATAATGTTAAAGAGTCTTTGAAATTATATGCAGCTGAAACAATTAAGGCTACAGAAGAATCTGTTAAGTCGCAATATGCATGTGCTGTACTTAAAGAAATTGTAGGCCCTAAGGAAATTGTCTTACAATGGGAGGCCTCAAAGGTTAAGCCACCACTTAATAGAAACTCAGTTTTTACTTGTTACCAAATTCTAAAGGATTCTAAGATTCAATTAGGTGAGTTTGTGTTCGAACAGTCTGAGTACGGTGGCGACTCTGTCTATTATAAGAGTACTTCTACAACTAAGTTAGTACCAGGCATGTTGTTTGTTTTAACTTCTCATAATGTTGGTAGCCTCAAGGCACCTGTTTTAGTGAACCAAGAGAAGTACAGCACCATTTCTAAGTTGTACCCTGCTTTTAATGTACATGAAGATTATGCTACTTTAGTGCCTTACTACCAAATGATAGGAAAGCAAAAGTACACAACTATACAGGGTCCTCCTGGTTCTGGCAAGTCACACTGTGTCATCGGGCTGGGTCTTTATTACCCTGGAGCACGCATTGTTTACACAGCGTGCTCACATGCTGCGGTAGATTCCTTGTGTGAAAAAGCTTCTAAAAATTTTAACATTGATAAGTGCTCACGTGTAGTGCCTATGCGCGCAAGAGTTGAGTGTTATAATGGTTTTAAGCCTAACAATAATGCAGCACAATACCTTTTTAGTACTGTTAATGCATTACCGGAGTGCAGCTGTGATATTGTTGTAGTTGATGAAGTCTCAATGTGTACTAATTATGAGCTTAGTGTTATTAACAGCCGTGTTAGTTATAAACACATTGTGTATGTTGGAGATCCCCAACAACTACCAGCACCACGTACACTCATTAATAAAGGTGTGTTAAAACCACAGGATTATAACGTTATAACACAGCGGATGTGTACGCTAGGTCCAGATGTTTTTCTACATAAGTGCTATAGATGTCCAGCTGAAATTGTTAACACTGTGTCTGCTTTAGTTTATGAGAATAAGTTTAAACCTGTTAAAGGCGATTCTAAGCAATGCTTTAAAATGTATGTCAGAGGTAACGTTCAGATTGATAATGGTTCCTCTGTCAATAGAAAGCAGCTTGAAGTCATAAAATCCTTTTTGGCTAAAAATCCTAAATGGAAAAACGCTACTTTCATCTCACCTTATAACAGCCAAAATTATGTGGCTAGAAGATTGTTGGGTTTGCAGACACAGACTGTTGATTCTGCACAAGGTAGTGAGTATGACTATGTCATATATGCACAAACCTCAGACACAGCACACGCAGTTAACATAAATAGGTTTAATGTTGCCATCACTCGTGCTAAAGTCGGTCTACTGTGTGTTATGTGTGACAAGCCAATGTATGACAATCTTAATTTTTATGAAATTACTGCTGTTAACTTGCAAAGTAAAGGAGAAGGTTGTGGTTTGTTTAAGGATTGTTCAAAGATTGAACATTACATACCACCAGCGTATGCCACAACATACATTAGTTTGTCGGATTCTTTTAAAACTAGTGATGGTTTTGCTGTGAATGTAGGCACAAAACCTGTAACATATGCGTCTGTCATATCGTATATGGGATTTAGGTTTGATGCTAACATTCCTGGCTATCATACAATGTTTTGCACAAGAGACTTTGCTATGCGCAACGTTAGAGCTTGGTTGGGTTTTGATGTGGAAGGTGCTCACGTTTGTGGTGATAATGTAGGTACTAATGTGCCGCTTCAGCTGGGATTCTCTAATGGTGTCGATTTTATTGTACAACCTGAAGGTTGTGTTGTTACGGAGAATGGCAATGACATACGTCCTGTCAAGTCAAGGGCTCCACCTGGCGAACAGTTTGCACACCTTATACCGTTGCTGCGTAAAGGTCAAGCATGGAGCATTGTCAGACGTCGTATAGTCCAGATGGTTTGTGACTATTTTGATGGTTTGTCTGACATAGTAATTTTTGTACTGTGGGCCGGTGGTTTGGAGCTTACAACAATGAGGTATTTTGTTAAGATTGGCGAACAACGTAAATGTGAATGTGGTATCATTGCAGCTTGCTA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Protein
MDHEQVCYNALKHSGAVASHMFFEYNEGRSVFGNVCRQNLTKYTMMDLCYALRNFDEKNCDVLKEILVLTGCCDSSYFDNPDWYDPVENEAIHVVYAKLGRVVSNAMLKCVALCDAMVEKGLIGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVFTVEGYGCACVTSYYSYMMPIMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQFDLLAYDFTAHKEMLFEKYFKYWDRPYHPNCSECIDDACILHCANFNTLFSTTIPVTAFGPLVRKVFIDGVPVVVTAGYHFKQLGLVWNKDVNVSNQKLSMNDLLRFVTDPALLVASSPALLDQRTVCFSVAALGTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFVVARGFFAEGCELTLKHYFFAQGGEAAITDFNYYRYNKTTVLDICQAQLVFQLVNKYFDCYDGGCITAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDELFATTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAAMRNATVVIGTTKFYGGWDDMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHVGCCTHSDRFYRLANELAQVLTEVVHCTGGFYLKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNRLLSVDSNTCNNHNVKSLQRKIYDTCYRSSVVDPSLVDEYYAYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKEYADLGYVADISAFKSVLYYQNNVFMSSAKCWVEPDLSVGPHEFCSQHTMQITTPEGNYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPIYQKVFYTLLEWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEEGQDKFWSEEFYANLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHHFIMSLTPYVCSYNGCNVNDVRKLYLGGLNYYCIDHKPQLAFPLCANGNVFGLYKSSAIGSADVEDFNRLSMSDWSNVEDYRLANNVKESLKLYAAETIKATEESVKSQYACAVLKEIVGPKEIVLQWEASKVKPPLNRNSVFTCYQILKDSKIQLGEFVFEQSEYGGDSVYYKSTSTTKLVPGMLFVLTSHNVGSLKAPVLVNQEKYSTISKLYPAFNVHEDYATLVPYYQMIGKQKYTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVYTACSHAAVDSLCEKASKNFNIDKCSRVVPMRARVECYNGFKPNNNAAQYLFSTVNALPECSCDIVVVDEVSMCTNYELSVINSRVSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGVLKPQDYNVITQRMCTLGPDVFLHKCYRCPAEIVNTVSALVYENKFKPVKGDSKQCFKMYVRGNVQIDNGSSVNRKQLEVIKSFLAKNPKWKNATFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYAQTSDTAHAVNINRFNVAITRAKVGLLCVMCDKPMYDNLNFYEITAVNLQSKGEGCGLFKDCSKIEHYIPPAYATTYISLSDSFKTSDGFAVNVGTKPVTYASVISYMGFRFDANIPGYHTMFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNVGTNVPLQLGFSNGVDFIVQPEGCVVTENGNDIRPVKSRAPPGEQFAHLIPLLRKGQAWSIVRRRIVQMVCDYFDGLSDIVIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGEQRKCECGIIAACYNSTQCTYHCMRHALGCDYLYNPFCIDIQQWGYTGSLSMNHHEICNVHKNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKRVDWSITYPFIDNEEAINKAGRFVQSHVVRAAINVLNPSSIHDVGNPKGIRCVTTSLPWFCYDKDPINSNVRCLEYDFITHGQMPGLMLFWNCNVDMYPEQSVVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYFDDSTCDIIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRKYVEEYNMFVQAGFNIWCPPNFDTYTLWHSFVNKKALQSLENIAFNVVKKGAFTGLTGDLPTAVVADKIMVREGPTDRTLFVNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATYKFVLWDYESNCPFSNFTKDVCGYTDLEEDVVVCYDNSIVGSYERFTMCKDGVLISNSAIKGLSPIMLNFGYLNDLPVSTVGNKPVKWYIYVRQNNTYVEQLDGFYSQGRTFSTFKPRSKMEEDFLALDTTTFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTVGGMHLLISQIRLANMGLFSVQDFMLNSDSTLKSCCITYADDPSSKSVCTYMDILLDDFVIIVKSLDLSVVSKVVDVVIDCKVWRWMLWCENASIKTFYPQLQSAEWKPGYSMPNLYKIQRMCLERCNLYNYGASLQLPDGITTNVIKYTQLCQYLNTTSMCVPHKMRVLHLGAGSHDGVAPGTSVLRRWLPDDAILVDNDVRDYVSDADFSITGDCTTMYLEDKFDLLISDMYDGNTKTTVDGNNVSKDGFFPYVNGFIKEKLSLGGTVAIKLTEFSWNKELYELIQRFEYWTMFCTSVNTSSSEAFLIGVNYLGEFSENLVVDGNVMHANYIFWRNSTIMALSYYSVFDLTKFKCKFNNALVVSLKEGDINVMVKGLIKGGKLLVRNNGKLLNFGNHLVNV
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
Interpro
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1072 Identity=61.10%
Cov(Q)=32.62% Cov(P)=89.11%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
2609
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
2.61414000000002
Exp number, first 60 AAs:
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Total prob of N-in:
0.09210
outside
1 - 2609
