Strain
Ferret_LC215871
(Region: Japan; Strain: Ferret coronavirus genomic RNA, complete genome, strain: ferret063.; Date: 2016/6/29)
Gene
ORF1a polyproteine
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a polyproteine
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCGTCCAAGCATTTTAGGATCCTCGTTAATGAGGACCAGGAAATTACCCCACGTGGTTATAAAAACCGCCTAGAATGTCAGCGGGCTTTGAAACAATGCTGGCTTAGCGGTTTTAATGGCTACGTTTTTGTACCTGAATACTCTAGAGACCTGCTTACTGGTTGTCGTGAACAGTGGTACGTTTTTGGTGTATTCGGTACTAATGATTGTGTCATCAAACCTTGCATGTTAGAAGAACAATCTGTTAACTTGCAAGGCTTTATTGTACTATCTGACGCTAATGGTGTAGAGGAGGATTTTTATCTTAGCCTTAGCACCTATGGCGGCATGACTGTGTACGTTGATCAATACATGTGTGGGGCTGATGGTAGGCCTGTTATCTCTGGTGAGATGCATGACTACTTCGGCGACTTGGATGATATTGTCATTGATGGCATTACATATTCGCATGCATGGGACGTCGAACGCGATCTTGACGTAACCCATGACAAACAGACTTTTCTCAACATAAAGTCTATAATGTACTTACAGGATAAAGACCACAAGCTTCCTAATGGCGCAATGCGTGTGCGTGCTGCGCCAGTGAAGCTAAGTTCCAAGGTTGTACTTTCTCAACCTTTTGCTGACATGTACAAGCACTTTGGTTCACCATTTATGCAAAATGGTGACAACCTCCACGGTTGTTTCACTAAACTCAACTTCATTGTTGCCAATGTTAAGTGTAAGTGTGGTGGTGAGTCAAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGTCAGCTTGTTGTGGTTTACCTGGTAAGGTTATAGGTGTGTCTCTAGGTAATGCTGCAGTTGGTGAGGCTGTTGTCACGTCTAAAGGTTGTGGCAATGGTACTAAGTTTTATGCTAACGCCGTACTGAAACATGTTGGAGATGCCGAGGATGTTTCTATTTGGCGTGTTATGGCTACCTATGCAAAAGATATAGTAGCCACTAGCACTTTTGACAAGTGTAGGTTAGAAATACTTGATCACACTAGTGATAGCTCATTAGCTACTAGTGTGAAGAAGTGCTATCTCACTGGTAAGCCTGACAAGGACGTTGTTGACGCCATAGTTGCTGGCCACATTAATGTCTCTAGCAACATTTTTGGTGTAGTTAAGGAGTTGTTCTCCAACGTTCCCTGGTTTATCAAGAGGTGTGGTGATCTGTTTGCTGAAGCATGGTACTCAGTGTGTGAGTTCTTGAGCAGTGGCGGTGTTTCTTACGTCACTATTAGAGAAACCATTAAAATGCTTTGTAGTGCAGCGTTTACCATCAGAGATTCAAAACCTATTTTTGTTGTATCTTCTGCAGCTTCAAGTCTTGTTAGAAGCTGCATTAGCATTTTAGAGTCTGTTTTTGACATGTTCACACAGACTATAGAGTTTTTTGGAGTTGCGGCCAAGTGTCTTGTGCTTGGTTGTAAATACATTTTGTTTGAGAATGCACTCTTCAAGTTAGAAACTCTCAAGCTGACAGGCAAGCGTGAATCTGGTTTGAAGGATGCTGTTTTTGCTTCTGCCGTTGTTGGTAGTACGATGGAGGTTAAACCCTCTAGATTTGAGAAATCTACAGCTAACTTAGTTGTTGTAGATGATGTTGTTGTGCCTGGAGAAGGCTATGTAGTTGTTGTTGGAGACATGGCTTTTTATCGTAGTGGTGACCATTACTTTATGATGGCATCACCCACCAGTGTTTTGACTACTACTGTGTTCAAAGCCGAAAAAGCTAATGTCTACAAGGTTGCTTACAATGTCCCAGATACTTATAAAGAAAAACTTATTTGTGACATTGGTACATCTTATAGTTTTGACGGTTCTATAGATGATGCCACCGTTAAGCTTAACACTCAGTTGCAATCTTATTGCGATAATACTTTGTGTTTTAGAGCTCTTTCATTGAAAGAAAGCATCATTGTCGAACCTTTCAAGCACAAGTATAAGATGCCTAAATGTCTTAAAAATCATACAGGCCTCTGGGAAATCATTCTGAACGGTTCTAAAGATTTGGGATTCTTTGATAAGTATAAAGCATTAGAATCTCTGGATGACATCTATGATACAACTGATTATGTCAACTTAGTCTGCCCAAAACTATTGCACAAGTTTGATAATGGTATAATGTGGTACCGCTGCATGAAAGGCGTTACAGGTCCTATTGCAACACGTGCAGTTTGCAGCTTTGTTGGAGGTTGTGTTAAAGTTTGTTTAGAAGGTTTTGATTCTGTTGCTGCTAAAGTTGAAAGCTGCTACCAAAAACTCTGTGGTGTTAAGACTTTTGATTTGAATATTGCCGGCATTGAACTCGCCGGTTTTAAAACACCAAATGGCAAAACCTTTCTAGATTTTGGCGATGATGTCATCGAACTTTTTGATGATGAACCTGTACGTTGCTTCACAGGTGCTACTGTTCCTGTAGCTGTTTCAGATTTTGAAGATGTTGTTCGGGATGATGTCATTTTAGAAAAATGTGACTACGTACCCCCAAAGGCTGAAGGCGTAGTTGTTAACTTAGATGGTTACACATTCTACACTACTGATAATGAGAGTTTCTACCCTTTTGGCGATTGTAAAGTCGTTCCAAAATTGTACAACAAAGTTGGTGGTGGTAAGAATGTAACCTTTAGTGACGATGTGGAAGTCAGAGAAGTTGAACCCATCTTCAAAGTTAAAGTCACCTTTGAGTTTGATGATAAAACTATAGAAGGAGTTTTAAACACGGTTATTGGTAACACTGTCAGCTTCGAAGGTGCTAACTGGGAGACTCTTGATGATTTGTTGACCACACAGGTTGACGCCGTATTTATGCAACTATCTCAAGCAGGTTTAAATCCACCAGACTATTATATATATGATGGCTGTGGTGGTTTTGATGTGACCTGCCCTGAAGGCATCATGGTTTCACAGTATGACCTGGGTTCTGACGGTGTCAATGCGTGTAATTCAGACTGTATTGATGACCATTGTTTGTCAGGTGAACAGGTAGATGCTATTGTTAATGATTGCAACTTGGAACATGTGGAGGAAGTCTCTGACTACTGTCCATCTGATGATGATGCTGATGAAGATGGGTGTGCTGAAAATGCTTCACCATTTGCTTTTGATAACAGCATAATTAATGGTAAAGTTGTACTTAAACAATCACAAAATAACTGCTGGGTTAATGCGGCTGGTTATCAATTACAGTGTCTTAATGTGCTTGATAGTGAAGAGTTCAAGCAGTACTGTAATGGTAATGTTGAGAGTTTTGTACAACTTATGTATGCTATGACTAACAGAGAACTTGGTGATCTAGGTGAAGCTGAACATGTGTTAGAGCTTTGTCTGGCAGGTCTGGAAACAGCAACAGTTATATTGACCGCACAATGTAATTGTGGCACATTAGAAGATGTCATTGCAGGCTGTGTTTTTAGGATGTGTTGTACAAGTGACACGTTTGACTATGGTATGTGTGGCACTTGTAACAATGTTAAGAAGACTACTATTGTGAAAGTTGAAGGTACAGGTGTCTTTTTACATGAACCTAAAACTTACAAGCCTCTTGTTACGCCAGTTTGCAAAGCAATTTTTAAAGGTAACACTGATGGTGGCCACTATATGGTTCATGATGTCCAAGCCAACGTTCTAGTTGACGGTTTTGGTCTGCACCCAGTGAAGAACATACCATTCACTTCTGTTTGTTTTGTTGATGCCACATATGTTAAAGATGTTAAAGCTAATAAAAGTGTTGCTAAACAAGACCCGTGGGCTGCTGCCGTAGACATTCAAGAGACACAGAGTGCACTAGCAGACGTACGCAATGATTGCGAGTCTGCTGGTGTTGCTAAATGTGATTCTTCCGCTAGTGTTGAACCAGCGAATGTAACCAATGAACCGGTGCCTCCCACAGTTACGGCTGTGCAACAAGTCTCCACTATAAAGCCATTTTTTGAAACTGGTTTGATTAAGTTTTATAGAGGTGATGTTAAAGTGTTAGTTGATGCCATCAAGCCTAAAGTCTTAGTAAATGCTGCCAACCCATACCTTCAACATAAGGGTGGTGTCGCAAAAGCAATTGATGTTTTTACGGGCGGTGCACTTAGTTTGGAATCTACCAATTACCTTAAACGTTATAAACCTATACCGTCTGGTAATGTGGTAGTTTTTAATGATGTGCTTGAAGGCCTTAATATTGCCAATGCAGTGGGACCACGTGTGTCTGAGGAGCGGTACGAACAGAAACTTGCTTCTGTTTACCGTAAATTGGCGAAGGTTGAAGGCCCTATGTTAACACCTCTCATTAGTTGTGGCATCTTTGGTGTGCCACTTGAGCAATCATTGAAAGCTTTGATTAATGCCTTTAAATCAATAAGTGTCTCTGTGTTCGTATACACAGAAGAGGAGCAGAGTAAAGTTTTACAGTACTTTGAAACACCTGTCACAGTTCTTTTAGAAGATGGCCCTAGTGTTCAGAAAGTAGTTTTAGAACCAGTAGTAACTCTTGACTCACAACTGGCTTCTAGGGTTGTTAATAAGAAAGTGTTGTGTGATGGTGTTTACCCTGATGTGAACTTGGATCATGAAGTTTTGACCAAAGTGGATGATGTAGACTGGTCGTCATACTATGGGTTTGCTAATGCTGATACTTTCAGTGCGTTAAAACATGACGACTTTGTGTTTGAAAGTACGATAGTTGATGGCTTTGTTGTTTTTAAACAAACTGACAACAACTGTTGGGTCAATGCTACATGTATGCTACTACAAAACTTAAAGCCCACATGGCGCTTTAAGGGTATGGAAGACTTATGGTCTAAATTTGTTAGTGGCAACACAGCACCGTTTGTGCACCTTTTATATTTCATTATTAATGCAAACCGAGGTGACCCTAATGACGTTGAGTTTGTTTTGCATAAACTTGAACCATTGCTGTGTGAAAGTGGCTCCGTAACTTTAGACAATTTTAAAGGTTGCGATATTTGCTACAAACCAAGTACTCTTAC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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=3e-158 Score= 492 Identity=75.91%
Cov(Q)=7.60% Cov(P)=97.74%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3989
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
370.876569999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00198
Total prob of N-in:
0.00060
outside
1 - 1801
TMhelix
1802 - 1824
inside
1825 - 1863
TMhelix
1864 - 1886
outside
1887 - 1949
TMhelix
1950 - 1972
inside
1973 - 1991
TMhelix
1992 - 2014
outside
2015 - 2634
TMhelix
2635 - 2657
inside
2658 - 2677
TMhelix
2678 - 2700
outside
2701 - 2714
TMhelix
2715 - 2737
inside
2738 - 3156
TMhelix
3157 - 3179
outside
3180 - 3183
TMhelix
3184 - 3206
inside
3207 - 3212
TMhelix
3213 - 3235
outside
3236 - 3249
TMhelix
3250 - 3272
inside
3273 - 3283
TMhelix
3284 - 3306
outside
3307 - 3333
TMhelix
3334 - 3353
inside
3354 - 3365
TMhelix
3366 - 3388
outside
3389 - 3989
