Strain
Avian_LC364344
(Region: United Arab Emirates; Strain: Pigeon coronavirus UAE-HKU29 271F genomic RNA, complete genome.; Date: 2017/3/28)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGCAAGAACAAGCCTAAACGCAGCCCAATTGTGCTGCCTGAAACTATACCACCACCACTGCATCTATTCATAAAGATAGCTGCAGCCGAGGAGGGTCATCCGAAAGACACCTCTTATTTAGGTGCTTACAACTTGTTGACTACTAAATCTATTCCAGGAGTCCAAGTTTTAAGTGCCAATGTCTCACTAACAGCCTTTGAGAATCTCTTTGGAGCTCAACCGACTTTGCGCGCGGTACGCAATCTCATTGTGGACCGCGATGCTTCATGGTTGACTGACAAAGTAGCTTTCATTTCTAAGGCTCATGAACTAACTTTCAATGAACATGTTTTGCGTGCCATTATTAAACATGCACCGCAACGTGTTTCAGCATTGGCATCCTTGGCTCTATTTTACAGGATTGTTAAAATAGATGTTAAGGAGCTTCTTACCATTGCGTGTCAGGTCGTTGAAGAAACTACCTACACAGGCAAAATTGGCATGGCATTGGCTGATGCTAAAGCCATAGCACTAACACATTCTGATGGGTACTTGACTTTAACTAATGATGTCATAGGACCTATTTTTACCAACACCATACTGACGCAAGCAACGCCAGTAAATGGAGCTATGAACTTTTCTGACTTCTATCTTTATCCCAGAGCTACGGCTATGGTTCAGGATGGCAGGATTGTTCCAATAGCAACCAAACCAATACCTTCAAGTGTCTCCGCTCAGGGAGGTACTGAAGCTATTACATTAATGCCAGACTACCAACAACAACCTCAGGACCAAATATTGGGTGTTGAGGTTAAAGTTGGCGATCTGACATATGTTAAGACACCAACAGCACCACCTATTTACTATCCTAAAGTTAAGGGTGGTGTTTTGAGTGTTGCTCTAAAGCAACAAGGCACGAGCGATAGTAAATTGTCAATCGTGTTTCATGCAAAACCAAACAATGTTTTGATGGCATTTATACAGCTGCAAGAGTTCCTTAATAGAACTTCTGGAACTGTTGTAGATGACACTGATGTGTATGATGTCGCACCAAACGTTCGAGTGTCTTTTGGACCCTCTAAACCTGGTGACATCGTTGTTAACAATGATGAGGATTACCTACGCTGTTTTGAGACTGATGAAGTTTCTAAGCTTTATCGATTGTTTCAAACAGAATCATGGGCAAACCTCCAATGCAAATTTAAGAAGTTGCGCATACGTGTCTCAGACGCGTTGTACAACGCACTAGACTTGTTGGAAAAGTTAATCCAGCAATTTGGGCCGCTTACGTCAGTTGTGTGCGCACTTATTGATAAGTTGCGCAACCTCACACTAGACGTGGCCTGCACCATTAAGAATTTGCAGTTTATTTACAAGGCAGGAAGGCTTGTTGTTGACACTGCAAACTCAATTGTTAACTTGTTTCAGCCATTGTGTGATTTTATCACACCCTTTCTCAAGAAAATGGCTGGTTTTGCTACATATGCTGTAGGAAAATCCACTCTTATGTTTACTAGTAAGGGTGTTTTGCTACTGCAGCAAACAGGTGTGAAAATTGTTAACAAAGTACGTTATACTTTTGATGTGGATCAACAATTCCCTGTTGATCTTACAACATCAAAAGTTGTGCTCTGTGACAATTTATACACAACAAATGATGAGCCAAAAGATTCACTACAGTTAGTGGATGTTGTGGTAGGAGACACAGTTCTCCAAATGGCTACAGATGGCTCATCTTATTTTCCAACTGATGGAGACTATGCAGCCTTACCTGCCTTTAAAGCGGGTTCTGATAGTCTTAACATAACCTTTAGCTGTGACATCTTCGATGATGAAACAAATGCAGCTATAAATGACACCCTGGCCGGCTATGAAGTCAACACACTTATGGCACCAGGTGATTCTACTCCACGTCAGATTGCATCACTAGTTGTTAACACACTGGTTGATGCTATTACTGACTATTTCCCTGAGAAAGCACTTGACTTACCTGAAGATTATCAAGTGTTTTCTTCTCATGATGATTTACCATTGTCAAATGAACACATACCTGATCACCTAAACCTCTATGTCCAGGCCATGGAAGATGAGGATGATGGTGACGAAGTGTATGTAGATGAGGATGACTACGATCAATGTGATGACGACACTGATGGTGTTATACCGCAGTGTTGGGACATCCCAAACATTGACGTTGTCATGGCAAAATTTAAAAATAATTCTACAGTTTCTGTAGATGTTAAGCCAACTGAAAATCAAACTGCAGAACCCGAACCTGTTGTTGAAGCTACAGTTGTTCATGAACCAGAACCTACAAAGGTTGACGATACTAAAGCTGACGAACCAGTACCAGTTGTACCGCAAACACCTGAAATGGTTCGTGATATGACACTTAAAGACTACTTTAGTTCTAACAAAATGGAAACTATTGTAGAGGAAGAGACAGATTTCACTGATTCAGAATCCTTTTGTAGTTTAGAGCAAGAGGAAACTTTTGAATGTGAAACAATTGTTACTGATAGTACCGAAGGTGAAGATGTTGAACAATTGTTTGATACAATTGTAAACCAGCCTTTGACTATTGATAACAACTTACCACCAGAGGCCATAAAACAACCAAGTCCTACTACAGTAGAACTTGTTGTTGGTGACCTCTCTACTATAAAATTTGATAACTCTGTACTCGTGAACCCAGCAAACCCGCACCTAACAAATGGTGGTGGAGCAGCTAGAGCCATATCTGATATGGCAGGGCCAGAATACCAAGAGTATTGTAATAGTATAGCACCAATCGATGGTGTTGTAACTACTAAAGCATACAATGCCGCTAAATTAGGTGTGGCGTGTATTTTACACGTTGTACCACCTAAGGGCACTGATGCTGATGTTCAAGACAAACTTATACATGCTTATAAAAGCATATTAACTGAACCTGCACACTATGTAATACCACTCTTAGGAGCTGGTATATATGGTTGTAACCCAGTACATTCTTTGGATGCATTTCGTAAAGCTTGCCCACCTGATATAGGGAGAGTGACACTTGTAACCAAGGATGTAAAACATTTGCAACTGTGGGATGCATTAAATCGCACAGTTGTAAGAACAACTAAAGACTTTGACCAAGTCACTACACAAGCTTTGTCACCACAAGGCATCCTAGATGCTAATCTTTTTGATGGTGAAAATTATGTTCAAGAACCTAAGCCTAATGAGATCTATTTAGCAGTTGATGATAAAATACAGCAGCATGCTAAAGAATTAGGCCTCTCACTTAAACAATATTGTAACTTTTTGAAGTACTCACTTAAGAAGTGGACTGTACAGCGCACTAATGGAGTAGTACATCTTAAACAAAAGGACAATAATTGTTTTGTTAGTGCAGCGCTGAACTTGTTTCAGAACACGCACTATCAACCACGGTTTGCCATTGATGAACTATATCAGGAGTACAAAAATGGTAATCCCAGTAGGCTTGTGGCCTGGATCTATGCTTCTATAGACCAGGAAATTGGTTCTATGGGTTGTCCAATGCAAGTTATTTCCTTGCTTGTTAACAACTCGAATTGTAAATTTTCCGGCGTTACACATTGTTGTAACACCTACTTTACGCATGATGCTATAATAGCTAATACTGCAGAATTTGATACTATGCAGCCTAAAGTCTATTGTATGCGTTGTGATTTATGGACTCCTTTTACCACAGAAGATACAAAAGGTGTGGTGGTGTTAGGTAACACATCTGGACCTGCACCCACACACGCCATAATGTTTGACAAAGACCATTGTTGGTATACTGATGGTAAAAAGTCTATAAATGGTTACAATACGGATGCTAACGTGGTAGCCATCTATCACAAAATACAGCAGGTTGTTAATAGGCCTGTAACTGTACAAGACCCACTTCCAACCTCCAATTCTTATGAAGTATTGAAGGTAGAAGAACCAGTTTCTGATGACTCAACTGATGTCGAAACTACAGAAATGGTTACAACTCAGCAACAACAGCCTATTGTGCCGGAGGTTCATGAAAACCCTAATGCGATAGATCTGTTGGACATATGGATTCGAAAACCCAGACACGTGCTCGTCAAGAGCTGGAGTGTTGTGGGTAAATCCCTTTTTAAAGCTGGTAAAGTTGTTTTGTTTACCAGTAAATATGTAAAAAGAGTTTATGATTACCTATGTAGCATAGGTATCATAGATGTTACTGCAACCCTCACGGCGAAACTGGCATTTAAGTGTGTAAAGCGCTTTGTGCCGTCGTTTTCTACTATACGTAGAACATGTGTGGGTTTGTTTTATAGTGTTCAGACTATTTTTAGAGCCTGTGCACCATTTTTATTGTTACCAGCTATTGCAAGTATATTGTCTTCTGGTTATGATCTTAGTGTGTATTTGTATGCTGCTACTGGACTTCCTTGTCCTACTAATACAACTATGCACTATGACTACCAATCTTATTGTGCAGGAAACCCAACGTGTCTTGCATGTTTTGATGGTTCCGACTCACTACACTTGTATAGACATCTAAAGGTCAATCAAGTTATAGTTGAAGACTTTAACTATTTGCCATATGCATTGGCTATTGTATTATGTTTTGTTAACACATCTCTAACAGCTTTGACTATTTTAGCTGTATTTTGTGTTAATATGTATAAACTACAGATACCATTCGTTGGTGTTTTTGAGTTAGACTACCAAAACACTGTCACAAGTGTTTTTGTTGTCTACTATTTTGTTAAAATTCTCCTTTTCTTTAGACATTTAGCTGTTGGTTGTAAGAAACCAACTTGCTCTATATGCTCAAGAATGAGAATTGCTCCTACTATAACAGTTGAAACAGTAGTTCAAGGACGTAAGTTTCCATCTGTTATACAGACTAATGGTGGTTTTAATATTTGCTCAGAACATAACTTCTATTGTAAGGATTGTTCTGTACAAGAACCATCAACATTTATACCTACTGAAGCAGTAGAATCCTTATCAAAGACTACACGTTTGCATGTTAAACCCAC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Protein
MGKNKPKRSPIVLPETIPPPLHLFIKIAAAEEGHPKDTSYLGAYNLLTTKSIPGVQVLSANVSLTAFENLFGAQPTLRAVRNLIVDRDASWLTDKVAFISKAHELTFNEHVLRAIIKHAPQRVSALASLALFYRIVKIDVKELLTIACQVVEETTYTGKIGMALADAKAIALTHSDGYLTLTNDVIGPIFTNTILTQATPVNGAMNFSDFYLYPRATAMVQDGRIVPIATKPIPSSVSAQGGTEAITLMPDYQQQPQDQILGVEVKVGDLTYVKTPTAPPIYYPKVKGGVLSVALKQQGTSDSKLSIVFHAKPNNVLMAFIQLQEFLNRTSGTVVDDTDVYDVAPNVRVSFGPSKPGDIVVNNDEDYLRCFETDEVSKLYRLFQTESWANLQCKFKKLRIRVSDALYNALDLLEKLIQQFGPLTSVVCALIDKLRNLTLDVACTIKNLQFIYKAGRLVVDTANSIVNLFQPLCDFITPFLKKMAGFATYAVGKSTLMFTSKGVLLLQQTGVKIVNKVRYTFDVDQQFPVDLTTSKVVLCDNLYTTNDEPKDSLQLVDVVVGDTVLQMATDGSSYFPTDGDYAALPAFKAGSDSLNITFSCDIFDDETNAAINDTLAGYEVNTLMAPGDSTPRQIASLVVNTLVDAITDYFPEKALDLPEDYQVFSSHDDLPLSNEHIPDHLNLYVQAMEDEDDGDEVYVDEDDYDQCDDDTDGVIPQCWDIPNIDVVMAKFKNNSTVSVDVKPTENQTAEPEPVVEATVVHEPEPTKVDDTKADEPVPVVPQTPEMVRDMTLKDYFSSNKMETIVEEETDFTDSESFCSLEQEETFECETIVTDSTEGEDVEQLFDTIVNQPLTIDNNLPPEAIKQPSPTTVELVVGDLSTIKFDNSVLVNPANPHLTNGGGAARAISDMAGPEYQEYCNSIAPIDGVVTTKAYNAAKLGVACILHVVPPKGTDADVQDKLIHAYKSILTEPAHYVIPLLGAGIYGCNPVHSLDAFRKACPPDIGRVTLVTKDVKHLQLWDALNRTVVRTTKDFDQVTTQALSPQGILDANLFDGENYVQEPKPNEIYLAVDDKIQQHAKELGLSLKQYCNFLKYSLKKWTVQRTNGVVHLKQKDNNCFVSAALNLFQNTHYQPRFAIDELYQEYKNGNPSRLVAWIYASIDQEIGSMGCPMQVISLLVNNSNCKFSGVTHCCNTYFTHDAIIANTAEFDTMQPKVYCMRCDLWTPFTTEDTKGVVVLGNTSGPAPTHAIMFDKDHCWYTDGKKSINGYNTDANVVAIYHKIQQVVNRPVTVQDPLPTSNSYEVLKVEEPVSDDSTDVETTEMVTTQQQQPIVPEVHENPNAIDLLDIWIRKPRHVLVKSWSVVGKSLFKAGKVVLFTSKYVKRVYDYLCSIGIIDVTATLTAKLAFKCVKRFVPSFSTIRRTCVGLFYSVQTIFRACAPFLLLPAIASILSSGYDLSVYLYAATGLPCPTNTTMHYDYQSYCAGNPTCLACFDGSDSLHLYRHLKVNQVIVEDFNYLPYALAIVLCFVNTSLTALTILAVFCVNMYKLQIPFVGVFELDYQNTVTSVFVVYYFVKILLFFRHLAVGCKKPTCSICSRMRIAPTITVETVVQGRKFPSVIQTNGGFNICSEHNFYCKDCSVQEPSTFIPTEAVESLSKTTRLHVKPTAPAYLLARDVECQTEVVIARATHNGQAHVCISKYSDIRTVDALLKPTPLFSYTPDVMIAADFDNAGSLKTAKELAVVLSMDLKRTIVIIDHAYSKPVDNYTEVLARIEKYYPTQKITPTGDIFSDIKAATNGQASDSAINAAIVAVQKGLDFTIDNPNHILPHYAFDFTTLSAEDQSVLIETGCAKGNLKGTNVGVILASNVVTRLSQSAVRAIANAASRNGVTCAVTPSTLTLRGNIATQPLQRIKAGRKPRSVLRWLAIIACVYGLAFALTFAVAYVKQPTIPYIMSDIPTTGFYVIRDGVLDTIRANDKCLSNKFLSFDSYIQSDYVNSPDCPVVVGIADVHTQSIPGIPAGVIRRDGGILHVYEQALFDRLQRQSMVQEALGLKTRSLFNIGNKVVVGYTQREVVTGTSYIRSPALFNAKCTYLQYNDNRQLYCYDTVDAQHKLYTDVLPHVEYKAVDFNGNIVPFKIPDQLLYYPHVVRYVSNSYCRMGHCFKTNPGICVSFTDEFPYSENKQPGVYCADSGLQLLSNLALGTISGLHIFTSTAALIGSTCVILFCVVAVLAFQKLFKEYTTFALYTIFIAIVNIIGIVLVYNCVALAIVYYAIYIYCVLALVPVKRNIALFYLAIVVVPHISNMQLLACCVCCVLYLLYNYVYTVSKTGGKYSSFLEASKATFVIDNEKFVLLKDLAGADYDAYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYVPPKLAVVQSLKTKLQAGIKLLLHPSGVVERCMVSVTYNGSTLNGIWLNNVVYCPRHVIGKYKGEQWAHMVSIADCRDFSVNCPNQGIQLDVKSVKMVGALLQLTVHTNNNHTPDYEFVRLTPGSSMTIACTYDGTVRNVYHVVLHTNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLQLHYMHHLEFNNQTHGGTDLHGVFYGPYVDEEVAQHQTAFQYYTDNVVAQIYAHILTHDAKPKWLATSEVTENDFNTWAANNSFASFPCESSNMAYIVGLAQTTKVSVGRILNTIIQLTLNRSGALIMGKPDFECDWTPEMVYNQSPITLQSGIVKRTSLWFVHFAFLCIMTGLAMLHILPTELYPLVLPVTTFVSFVISLTIKHTVVFTTTYLLPALIMMVVNASTIWIPNTYLRSMYEWIFGLTMSERLSGYTVMLYIVVYLTIALNYTLRSVRYRSTSFISVCMQSVQFGYMVQIVYRLLTEDWDEQLIFTAITLLTSDPLMAVVSWWLAGCCIFSNFLSDLLLRIIVYLVIGYVMCVRFGLLWLFNKFTTLPLGTYSYMVSIEQLKYMMAVKMSPPKNALEVMFANIRLLGLGGNRNIAISTVQNRTLDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHSICKKIVKLHNDTLKATTFEEAESCLVKLLVHIIELLPKDQIDQYLSNPAKVQSINDYFDTLLEHKLVLQAVVDANINLESYRLYKEADAAYKRSVELNEPQQEQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQVLPIHAIVGVSNDNLKVIFNDQESYNQYIEGNTLIYKGNRYTIVKKLSLDNAPIEGIPQEYPVVVETIREGVPQLQNNELCLRNVYTAQTTVIDNNGKENTAKAFYVSRTGKKILVAVTSTKNDLTTVTCHTDNGKVVLNLDPPMRFSHTAGGKQNVVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTQIEYQENASLLTYLAFAVDPKSAYLKHIADGGRPIQGCIQMIASLGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCAYKGRFVQIDKDKEPISFALTHEQCNSCQRWVNYDCTCGTVLQGSPYLNRVMGSSGAQLEPQQPGMQPDAVKRAFHVHNNTTSGIFLSTKTNCARFKTSKSNLPLPNKGVVDLYFVTKQCSQSVFELEETCYNKLSDTLKTTDSTFGVLAKTDFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSKEIIKEILITMCGTSEDWFGDLWFDPIENPTFYREFHKLGSILNRCVINANIFAKEAIASGLVGILTLDNQDLLGQIYDFGDFIITEPNNGCVDLSSYYSYLMPIMSMTHMLKTECYEPDGTSIEYDGFQYDFTDFKRELFDKYFTYWDRPYHPNTIDCPDDRCVLHCANFNILFAMCIPNTAFGNLCSQATVDGHTVVQTVGIHSKELGIVFNQDVNAHMSNINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCVDLRTPCQTLATMSSGITKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSDLLNQLGIDLKHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLEPYEGGCLNAQSVVVNNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYSEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRNLMNGINDPILVGWDYPKCDRSMPNILRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTTSHDSRELASLHRALYEDIYRGDSDNKTAIDMFYHHLKSHFGLMILSDDGVACIDTKAASKGAVADLDGFRDVLFYQNNVYMADSKCWKETDMTVGPHEFCSQHTVLAECEGKSYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPVKGKLFYLLLDYIRILAQELQDGILDSFQSLTDMSYVNNFVQESFYAQMYEHSPTLQASGVCVVCASPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTTHKRIIAINNYICSVDNCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGTVFGIYRHMARGSDDIEMFNELATSTYDTVEPYKKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVRDVYDQRFIKLQWEHGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILTKTDGTDSYTYRGTSTYRLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTNYVRKSLLPDTVGASFYVQHFKSYNDIAMQKVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAIKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQDFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTTGQLAPADYNVVTDIMVHTGADVMLDMCYRCPREIVETVSKLVYNSKLNAAKPNSRQCFKTIINTGSNDIAHEGQSAYNEPQLRFALAFRQYKRWENVTFISPYNAMNVKASMAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHAVNMSRLNVALTRAKIGILVVFRQANDLYNSLQFESIDPSLVGQEGVLLMTDRSSTALAKSGSTPMKLQSSEGTTQEVLPEGSSSTRLLCPLFKRCSFSYNGQHPAHALTWHDCGAEYRCDEPLAKLVGVSDGTIISYKTLVSALGFLPSLAIESYHNMFLTKEACRNYVQSWIGIDVEAAHAVKPNVGTNLPLQVGFSTGKNFSVTPEGIWVDEFGSCTDVVPAKIPPGEQFKHLKKDMRIARPWKVIRNEIAAHLAETAPQTDHICFVTWAHQLELATMRYFVKIGVEQVCFCGRRACFTNGTEYTCKAHRTLSTPPSDYVYNPFLVDVATWGFSGRLSTNHDEVCTYHSNAHVASSDAAMTICLAIHELFKSVDWDLQFPVTPEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKASVVHDIGNPKGIPIVRKAGVKYHFYDQAPIVKHVQKLRYKPDMEARFMDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLTLAPLVYYSTTDCSTEQPIVVSYRDCVTRCNTGTTICPTHALEYQEFIAAYNLMARHGFNVYIPRNVNIYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHVDGQLDVVIDNNSVYAKVDNNLVKLFDNKTLLPVSTAFEHYTNRHVKTLPTTQLLAGLGVTATRNFTIWVDNDTVFQHTVNVSTYTDIDPNQHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTTTKVKKTTPFTCTALTLNGLAVKGEELYIYYRKDGTLTAFDTMLTQGRCVEKFQPKTPMEEDFLEMDSNDFITKYQLQGLGVEHIIYGQDNTPVIGGTHALISLVRNKFDYQLVNHLYNPVQNCVVTSPNASTKQVCTLLDLTLDDYIQIIKQAHQTFDTKSKVFSVTIDYQSVKFMLWHDDEVKTCYPIVQALTNGYQMPSIYKTLVCELEPCDIPNYHAYTPKVPGIVKNVIKYRQLFNYIIKKDRLAVPHNMTVLHLGAASIEGTAPGTAVIRQMLPEGTVIIDLDIREFTSDANQIIVSDYRTYMPPHHVDAIFSDLYSCDDIHFFDNLTRIVRERLALGRSLFVKITEHSYSPELYALAGSFDEYQFFCTAVNASSSEAFLCCFNYLGSAKTNVDGFALHASYIKWRNEIALTPTYSPLADNPATVCKLKATPIISLKELEKKPILKFLVATGRLLVRPPECNQLY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009466 NSP11
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score= 931 Identity=50.96%
Cov(Q)=15.07% Cov(P)=98.22%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
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GO:0008168 F:methyltransferase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6225
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
344.803909999999
Exp number, first 60 AAs:
0.02172
Total prob of N-in:
0.00303
outside
1 - 1432
TMhelix
1433 - 1455
inside
1456 - 1521
TMhelix
1522 - 1544
outside
1545 - 1563
TMhelix
1564 - 1586
inside
1587 - 1921
TMhelix
1922 - 1944
outside
1945 - 2210
TMhelix
2211 - 2233
inside
2234 - 2244
TMhelix
2245 - 2276
outside
2277 - 2290
TMhelix
2291 - 2322
inside
2323 - 2739
TMhelix
2740 - 2762
outside
2763 - 2765
TMhelix
2766 - 2783
inside
2784 - 2789
TMhelix
2790 - 2812
outside
2813 - 2831
TMhelix
2832 - 2854
inside
2855 - 2860
TMhelix
2861 - 2883
outside
2884 - 2892
TMhelix
2893 - 2915
inside
2916 - 2926
TMhelix
2927 - 2949
outside
2950 - 6225
