Strain
Avian_LC364345
(Region: United Arab Emirates; Strain: Quail coronavirus UAE-HKU30 411F genomic RNA, complete genome.; Date: 2013/6/23)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCAAGAACAAGTCCAAGCGCGACGTTATAGCGTTGCCTGAAATAATACCCCCACCGCTGCAGCTGTTTATTCATGTGGCTGCAGCGGAGGAGGGCCATCCTAAGGTTACCTCCTATCTTGGAAATTATAATTTGTGCACTGCAAAGGCTCCGCCTGGTGTGCAGGTTATTAATTCCAAAGCCTCGCTTACTGACTTTGAGAATATCTTTGGAGCCCAACCCACCTTGCGGTCCATCCGCAACCTGGTTTGTGAGGCTCGCTCGGCTGAGTGGTCCACCTCCAAGGATGCTTTCGCACTCAAAGCCAAACAACTTAACTACTCTGATGCAGTCTTGAGGGCTATGATTCGTTTTAGTCCCGCCAAGATCTCAGCACTTGCTGCCCTGGCCCTTTTTAACCGGCTGGTTAAAATTGAAGACAAGGAACTTGCAGCACTGGCTGCTGGAATAGCCCTTGATTTGGCGTTCGCAGTCAAAATTGGTACAACTCTCGCGAGCGCGAGGGTTGTTTCACTTACTCATAAGGATGCCTACCTCACTCTTAGCAATGAGGTATTAGGTGTTCCTTTTACAGCAACACTTATGGCAAAGGCTACCACCACTAATGGGGCCATGCAATACCTAAACTTCTACTTCTACCCTCGTGGCACCATTAAAGTCACTGATGGTAAAGCTGAAGCCATTGCTACAAAACTCTTGTCTGCTACTGTTAAAGGTAAGCCAGCCACAGAGGATGTCAACTTGCTCCCTGACTACCATCAGTTACTTGTTGACCAAGTTACTGGAACTGAAGTTAAGGTTGGAGCTATTACCTACATTAAAACCACTGATTCCCCACCTCTTTACTTTCCTAAAGTGAAAGGTGGCGTCATTGGTATTGCACTTAAGCAGCAGGGCACTGCGACTAAGAGACTCAATGTAGTCTTTCATGCTCAACCTAATGATGTCCTGCTGGCTTTTATTCAACTTCAGCAGTTCTTGAACCGTACCATGGATTCAAGTGTTGAAATCATTGATTGTCATAGGAATATGGTCTACGAGGTGTCGCCAACTGTGACGGTCAGGATTGGACCGTCTAAACCTGGTGATGTAGTCGTAGCTACTGATGAGGACTACCTTAAATGCTTTGAAACCCCTGAGGTTGGTAAGCTTTATAAGGTCTTTCAAACACAATCTTGGGCGATAATTGAACGCAAATTCTCCTCGTTGAGAGTGCGCGTGTCCAATGCCCTTTACCAATTCATAAGTTTTCTGCAAACTCTTGTTGAAAACTTCTCTTCACTAGCTGGTGTAGTCACTGGACTCATTCATGAGTTACAGAATCTTACACTGGATGTGGCAGCACGCATTACTAATATTCAACTTGTTTACCGCGCTGGTAAACTCATTGTTGATACTACTAATGCCATTGCTAAACTTTTCCAGCCACTATGTGACTTCTTGTCACCCTTTCTTCGGAAGGTTGCTGGATTTGCAGTTTATACTGTTGGTAACCGCATGCTCATGTTTACCAGCTGTGGCACCTTTCTTTTGACTAAAGCAACCACTAAGATACTCAACAAGGCCAAATACATCTTTGATGTTGACCCAGAGTATCCTGTGGATGTAAATACTTCAAAAGTTGTAGTACATGAGACTTTACAACAGACTGATACCAAGCCTACTAAGGCTTTAGAGGCTGTTGACGTCGTTGTAGGTAACACTGTGCTGCAAATGGCTACAGATGGCAACACTTTCTATCCTTCGGATGGAAGTCATGCATCCTTACCAGGGTTCAAAGCAGGTTCTGACGAGCTAGTAATTAGCTTCTACTGTGACCTCTTTGATGATGAAACAAATGCTCAAATTAATGAAACACTCGTTGCATATGAGCTTAACCAACTTGTTGCTCCATGTGATTCTACTCCACGTCAAATTGCGACATTGGTAGTGGATACACTTGTTGATGCAATAACAGACCACTTTCCGGAGAAAACCATTGATATGCCAGAGGACTATCAAGTCTTTTCAGCTCATGATGATCTCCCTCTTGCACAACATCACATACCATCACACCTCAGCTTGTACATTCAAGCTATGGAAGGTGAAGATGATAGTGGTGATGAAATTGTTGAGGATGACGACTATGATTGTCCTCAAGTTGACGACGACACTGATGGAGCAATCCCCCAACAATGGGATCTACCAGATGTCGACACATTTTTACTCAAACTCAAGGAACGGAATACCAGAAGCGACGAAGTACTAAGCGTTGACATATACCCGAAGTCTAAACCGGATGGTAAGACAGAGGTAACCGTCTCCGCGTCGGAAAAGAAGCCTGATGGTGACCAAGTACAGAGCTCTGAGAACCCTTATTCGGCTTCGGTCGAGGCTGCGGTGTTTCCTGAATCAGCCTCTGAGGCTATAAATTCACCCTCACCGTCTAGCCCTCAAGAAGACGAGGTAGAAAACCCCCAGATTGAATCTGAGCTACGCTCCTATGATGGAGATTGTAACTCTGATGATGAGATCATAATACCTATAGTACCAGACCGACCTGAGGATTGTAAGCCTCAGTCTGTAACTATAAAGGAATACTTTAATGCCAAAAAATTGGAAACAATACTTGAGGGTTCTACTGAGTCTGTTGCCACGGAAGACTCGTCTAATTATGAGTCTTTATCTGAGGCAGACTCTGAAGAACCACAACAGGAAACTGTCTATGATGATGAGACTATCATAACAGACAGTACTGAACCAGACGAGGAACCTGAAGTTACTTTGGCTACCATCGTCAACACTCCACTTACTATTGATAATAACTTGCCACCTGAAGCCATCAAACAACCTAGCCCTACGAAAGTAGAGCTTATTGTTGGCGAGCTGTCAAGTATTAAATTCGACAACTCTGTCTTAGTAAACCCAGCTAATGAGTACTTAACCAATGGTGGCGGCGCTGCCCTTGCAATTGCTAAACTAGCTGGACCTAAATACCAAGAGTACTGCAATAGTGTGGCTCCTATTAATGGAACCCTCACTACAGACTCTTTTGATGCGAAGAAACTTGGCGTAGCATGCATTTTACATGTAGTGCCACCCAGAGGTTCTGATCCTAATGTAACTGAGTTACTGTACCAAGCATACAAGAGTATTCTTACTGAACCAGCTCACTATGTAATACCCATACTTGGTGTTGGTATCTTCGGTTGCGACCCAGTGCGTTCACTGGATGCATTTAGAAAAGCTTGTCCTAATGACATTGGTCGTGTTACCCTCGTCACTATGAACAAGAACCACTTGGAGGTGTGGGATGCCCTTAACAGGATAGTAGTCCGCACCACTCAGGATTTTGATCAAGTTACCACCAAGGCACTAACACCCCAGGGAGTGTTGGAAGCTAATCTTTTTGACGGTGAAGACTTTGTTCAAGAACCAACACCCGGTCAACTCTACTTAGAGGTTACTGAGGAAGTTCAGAAACAAGCTAAGGAATTTGACCTTAACCTACAACAGTATTGTGCCTACCTTAAAATGTGCCACCACACATGGAGTGTTAGTCGCACAAACGGGTTGATGCATCTTAAACAAAAAGCTAACAACTGCTTTGTTAGTGCAGGTGTAAACCTGTTCCAAAGCACTGGTTATCAACTCAGACCTGCCATTGATACTCTCTATCGAGAATATCTTAATGGTAACCCAAACAGATTTGTTGCTTGGATTTATGCATCCACTGAGCGTAAGATAGGTGAGATGGGTTGTCCACAGCAAGTCATATCTTTGCTTGTCAATAATACTGACGCAAAGTTTTCTGCCACGACTGCCTGCTGTAACACCTATTTTAATCATCAGGGTGTTATTTCAGTCGCTCGGGAGTATGATCCCTTGGTACCTAAAGTCTACTGCATGAAGTGTGACATTTGGACTCCATTCACTCCTCAGAGTGGTAAGGGTACAGTTGTAATTGGCACTTCTTCAGAAGAACCTAGTGGACCAGCCATTAAGTTTGCTGCAGCTCATTGCTGGTATGCTAATGGCAAGAAAACTGTTAATGGTTATGACATCAAAGCGGATGTTGTAGCCACCTACCACAGATTTGACGTACCGAAAACCCAACCGGTTGAGGAAATTGTCACGCTTCCTGTGAAGAATGACTTTGAAGTTCTTAAAGTTGAGGAACTGCCACAGGATAGTGTCCTTAATTTGGACCCTCCCATAGCGCAATCACAACCCAAGGAACAACAACAGCGTGCTGAAGTTCTTGATAATCCAGACTGTCTGGATATTCTCGACCTTTGGATTCGTAAACCCAAATTCATTCTAGTTAAATCTTGGAGTGTTTTGGGTAGAGTTTTATGTAAGACTGGTAAAGTGGTCTTCTTAAGCTCTAAACTTTTACTCCACTTCTACAATTATCTTGTTGAAATTGGAGTTATTGACACAACTGCTAGACTCTCTATAAACCTAGCATGTAAATTTGTTCGCAAGGTCTTACCTTCTTCGAGCACAATTCGCAAAACTTGTATTGGTCTGTATTACTCAGCACAAACACTTTTTGTATCTTTAACACCTTTTCTTATGTTACCGGCAATAGCTAGTCTGCTTAGTTCAGGTTACACTATCGGTACATACTTATTCGCAAAAACTGGGTTGCCTTGTCATTACAACACCACCCAACATTTTGACTATAATTCCTATTGTGCTGGAGATTTGACATGTCAAACTTGTTTTGACGGTTATGACTCCCTACATTTATACTCGCATTTACGGGTTAATCAGCAGCCAATTCGTGCTAATGATTACACTGTTTATGCGCTGTCACTAATACTACTACTAGCTAACACGACACTTGTCATGGGTACGCTACTAGTCACGTTATTTGTTAACCTCTATGGAATACAAGTACCATTTTATGGTACACTGATAATAGACTACCAGTCTGCGCTGGTTTTAACGTTCTCAGTGTATTATTTCTACAAAGTTATGAAGTTCTTTCAGCACCTCAAGCAAGGGTGTAA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Protein
MAKNKSKRDVIALPEIIPPPLQLFIHVAAAEEGHPKVTSYLGNYNLCTAKAPPGVQVINSKASLTDFENIFGAQPTLRSIRNLVCEARSAEWSTSKDAFALKAKQLNYSDAVLRAMIRFSPAKISALAALALFNRLVKIEDKELAALAAGIALDLAFAVKIGTTLASARVVSLTHKDAYLTLSNEVLGVPFTATLMAKATTTNGAMQYLNFYFYPRGTIKVTDGKAEAIATKLLSATVKGKPATEDVNLLPDYHQLLVDQVTGTEVKVGAITYIKTTDSPPLYFPKVKGGVIGIALKQQGTATKRLNVVFHAQPNDVLLAFIQLQQFLNRTMDSSVEIIDCHRNMVYEVSPTVTVRIGPSKPGDVVVATDEDYLKCFETPEVGKLYKVFQTQSWAIIERKFSSLRVRVSNALYQFISFLQTLVENFSSLAGVVTGLIHELQNLTLDVAARITNIQLVYRAGKLIVDTTNAIAKLFQPLCDFLSPFLRKVAGFAVYTVGNRMLMFTSCGTFLLTKATTKILNKAKYIFDVDPEYPVDVNTSKVVVHETLQQTDTKPTKALEAVDVVVGNTVLQMATDGNTFYPSDGSHASLPGFKAGSDELVISFYCDLFDDETNAQINETLVAYELNQLVAPCDSTPRQIATLVVDTLVDAITDHFPEKTIDMPEDYQVFSAHDDLPLAQHHIPSHLSLYIQAMEGEDDSGDEIVEDDDYDCPQVDDDTDGAIPQQWDLPDVDTFLLKLKERNTRSDEVLSVDIYPKSKPDGKTEVTVSASEKKPDGDQVQSSENPYSASVEAAVFPESASEAINSPSPSSPQEDEVENPQIESELRSYDGDCNSDDEIIIPIVPDRPEDCKPQSVTIKEYFNAKKLETILEGSTESVATEDSSNYESLSEADSEEPQQETVYDDETIITDSTEPDEEPEVTLATIVNTPLTIDNNLPPEAIKQPSPTKVELIVGELSSIKFDNSVLVNPANEYLTNGGGAALAIAKLAGPKYQEYCNSVAPINGTLTTDSFDAKKLGVACILHVVPPRGSDPNVTELLYQAYKSILTEPAHYVIPILGVGIFGCDPVRSLDAFRKACPNDIGRVTLVTMNKNHLEVWDALNRIVVRTTQDFDQVTTKALTPQGVLEANLFDGEDFVQEPTPGQLYLEVTEEVQKQAKEFDLNLQQYCAYLKMCHHTWSVSRTNGLMHLKQKANNCFVSAGVNLFQSTGYQLRPAIDTLYREYLNGNPNRFVAWIYASTERKIGEMGCPQQVISLLVNNTDAKFSATTACCNTYFNHQGVISVAREYDPLVPKVYCMKCDIWTPFTPQSGKGTVVIGTSSEEPSGPAIKFAAAHCWYANGKKTVNGYDIKADVVATYHRFDVPKTQPVEEIVTLPVKNDFEVLKVEELPQDSVLNLDPPIAQSQPKEQQQRAEVLDNPDCLDILDLWIRKPKFILVKSWSVLGRVLCKTGKVVFLSSKLLLHFYNYLVEIGVIDTTARLSINLACKFVRKVLPSSSTIRKTCIGLYYSAQTLFVSLTPFLMLPAIASLLSSGYTIGTYLFAKTGLPCHYNTTQHFDYNSYCAGDLTCQTCFDGYDSLHLYSHLRVNQQPIRANDYTVYALSLILLLANTTLVMGTLLVTLFVNLYGIQVPFYGTLIIDYQSALVLTFSVYYFYKVMKFFQHLKQGCKTPTCAVCAKLRTPPTITVETVVQGRKYPSVIETNGGFAICKEHNFYCRDCTSQTPGTFIPTEAIESLSRATKLSVKPTAPAFLLARDVECQADVVVARATHNQNAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNRGSIKTAKELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSRPIDNYQEVASRIEKYYPVTKITPTGDIFADIKQATNGHATDSAINAAVLAVQRGLDFTVDNPNNILPHYAFDFTTLNADDQSTILESGCAKGNLKGTNVGVVLSASLVTRLSQQAVRVIANAASRNGVTCAVTPSTLVMRGNIATQPLTRIKAGAPPMRHKILKLILALAIVYFAAMALGFLASQITLNTVPTAKSDIQVSTFYVIRDGVLDTIRSDDKCFANKFLAFDSFYQAPYINSPDCPVVVGVVNVTTHSIPGIPAGVIHSDGLILNIYEQAIYETHQRLSMVRDALSLKTADLFNLGKRVIVGYTQYEVVVGTSYLNSQALFNAKCTFLQYDGTRNLYCYDAVPKEHKLYSDVIPHVEYQAIDINGDLVPFKIPEQIMFYPHIVRYTSNTYCRMGHCFNTNPGICISFTDAFPYSDNVGPGVYCADTTVQLLSNLVLGTVSGIHVFTSTAALLGSTIVIILCVVAVLAVQRFFKEYTTFVMYTCGVAAVNIIGIVLMYKSIVFAIFYYAIYLYFVLTFPSFKRNVALFYFAVVVVPHVSNMQLLAIIVCSIIYFLYSYVHTVTKTAGKFSSFLDAAKSTFVIDNDKYVLLRDLAGAEFDQYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKFAVVQNFKAKLQAGIKILLHPSGVVERCIVSVVYNGSALNGIWLNNVVYCPRHVIGKYRGEQWSHMVSIADCREFIVKCPTQGVQLNVQSVKMVGALLQLTVHTNNTATPNYKFERLAPGSSMTIACAYDGVVRHVYHVVLQTNYLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLCLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGNFYGPYVDEEVVQHQTAFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDARPKWLAHAQISVDDFNAWAANNSFASFPCEQTNMSYIMGLSQTARIPVERILNTIVQLTLNRDGAIIMGSPDFECDWTPEMVYNQAPISLQSGVVKKTCMWFFHFLFMAFAILLAVIHVFPVHLYPIVLPAFTVVAFLLTLTIKHTVVFTTTYLLPSAIMMVVNANTFWIPNTFLRTCYENVFGSPIAVRLSGYSVAFYILIYFGLAINYTLNTLRYRSTSPITFCMQWLQFGYIGNIVYQLLTKPWTESLLFTAFSMLTSHPLLAALSWWAAARVPLPIVMPDLAIRVLVYNIIGYVMCVRFGLIWLVNRFTTIPMGTYKYMVSVEQLKYMMAVKMSPPRNALEVLIANIRLLGLGGNRNIAVSTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAICKKIVKFHNDTLKAANYEEAEVSLVKLLAHIIEFLPTDQVDTYLADASKARHVNSYLDNLLEHKTVVQAVADININLDSYRIYKEADAIYKRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAVVGISNDNLKVIFNDKESYAQYVEGNTLTHKGVRYTIVKKLSLDNAPIEGIPEEFPVVVETIREGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAQDLNGNESTAKSFYVSKTGKKILVAITSTKDNLKTVTCLTETGKAILNLDPPMRFAHTVGGKQSIVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTHVEYQQNASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLADGGSPIQGCIQMIATMGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGIDGRCPYKGRFVHIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVNYDCTCGTSLQNSAYLNRVTGSSTARLEPLQPGTQPDTVKRAFHVHNETTSGIFLSTKTNCARFKTKRNALPLPNKGEVDLYFVTKQCSAKVFDVEEKCYNALGAELYTTEESFGILAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSRDVIQEILMTMCGTPEDWFGENWFDPIENPSFYKEFHKLGDILNRCVLNANKFASACIDAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFITTQPGNGCVDLSSYYSYLMPIMSMTHMLKCECMDSEGKPLEYDGFQYDFTDLKLMLFEKYFKYWDRPYHPNTVECPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSRATVDGHLVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMANINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGIAKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSNLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMLDIKMFLFCLEVADKYLEPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTHREQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMCNINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTTSHINKDIADLHRSLYEDIYRGDSNDTIVINRFYQHLQSYFGLMILSDDGVACIDSDMAKSGAVADLNGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETNMTVGPHEFCSQHTVLAEYDGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRILAQELQDGILDTFQSLTDMSYINNFLNEVFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCNSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTSHKRIIAINNYICSVENCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELSTSNYDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLLWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGNDTYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKALLPDSVGASYYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPSARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLLPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKASLAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKIGILVVFRQANELYNSLQFESIDSQLQSGGALTPLFKRCGYDYNGVHPAHALTWHDCGIEYRCEEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDAYHNMFLTRDACRAYVQSWIGIDVEAAHAIKPNTGTNLPLQIGFSTGKNFSVVPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGEQFRHLKKDMRQARPWKVVRREIAAHIAEVASHTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKLGVEEKCFCGRRACFTNGTEFACKAHHSLTTPQCDYVYNPFLIDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHANAHVASADAIMTVCLAIHELFSTVDWTLEFPVTAEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRKPGVRYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFTDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLSLAPLIYYSTTDCSSDQPIVVTYRDCVTRCNTGTTLCPVHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAFNCYYKNCNAHAEGQLDVVINSNAVYAKVDTNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTKSLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWVDDDTIFQYTINVSTYTDVDPNTHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTKTKVKKTEPFVCRALTLNGLAIDGDELYIYIRQNNQLTTFNTMCTQGRNVEQFTPKTPMEKDFLELSQESFIEQYQLKDLGVEHIIYGEDSTPIIGGTHTLISLVRNKFEYQLVNHVYNPVQNCVVTSPNASSKNVCTVLDVLLDDYIDIIRQAHANYTTKSKVFTVSIDNQQIRFMLWHDEQVKTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLVTDLQPADIPNYHSYTPKVPGIVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMLPEGTVLIDLDIREFTSDANQIIVTDYRTYTPPHHVDAIFSDLYSCDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSYSPELYSLAGWFDDYQLFCTAVNASSSEAFLCCFNYLGYAKENINGFNLHASYIQWRNEIALTPTYSSLADNPAIACKLKATPIISARELEKKPILRYLVASGRLLVRPPECRELY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009466 NSP11
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score= 944 Identity=51.39%
Cov(Q)=14.98% Cov(P)=98.22%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6263
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
338.622099999997
Exp number, first 60 AAs:
0.04404
Total prob of N-in:
0.30665
outside
1 - 1518
TMhelix
1519 - 1541
inside
1542 - 1598
TMhelix
1599 - 1621
outside
1622 - 1630
TMhelix
1631 - 1653
inside
1654 - 2004
TMhelix
2005 - 2027
outside
2028 - 2290
TMhelix
2291 - 2313
inside
2314 - 2333
TMhelix
2334 - 2356
outside
2357 - 2370
TMhelix
2371 - 2405
inside
2406 - 2821
TMhelix
2822 - 2844
outside
2845 - 2848
TMhelix
2849 - 2871
inside
2872 - 2875
TMhelix
2876 - 2893
outside
2894 - 2907
TMhelix
2908 - 2930
inside
2931 - 2941
TMhelix
2942 - 2964
outside
2965 - 2973
TMhelix
2974 - 2996
inside
2997 - 3008
TMhelix
3009 - 3031
outside
3032 - 6263
