CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Avian_LC364346 (Region: United Arab Emirates;  Strain: Quail coronavirus UAE-HKU30 1101F genomic RNA, complete genome.;  Date: 2014/2/19)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  replicase polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCCAAGAACAAGTCCAAGCGCGACGCTATAGCGTTGCCTGAAGTAATACCACCACCGCTGCAGCTGTTTATTCATGTGGCTGCAGCAGAGGAGGGCCATCCTAAGGTTACCTCCTATCTTGGAAATTATAATTTGTGCACTGCAAAGGCACCGCCTGGTGTGCAGGTTATTAGTTCCAAAGCCTCGCTTACTGACTTTGAGAATATCTTTGGGGCCCAACCCACCTTGCGGTCAATCCGCAACCTGGTTTGTGAGGCTCGCTCGGCTGAGTGGTCTACCTCCAAGGATGCATTTGCACTCAAAGCCAAACAACTTAACTACTCTGATGCTGTCTTGAGGGCAATGATTCGTTTTTGTCCCGCCAAGATCTCAGCACTTGCTGCCCTGTCACTTTTTAACCGGCTGGTTAAAATTGAAGACAAGGAACTTGCAGCACTGGCCGCTAGAACAGCCCTTGATTTGGCGTTCGCAGCCAAAATCGGTACAACTCTCGCGGACGCGAAGGTTGTTTCACTTACTCATAAGGATGCCTACCTCACTCTTAGCAATGAGGTATTAGGTGTTCCTTTTACAGCAACACTTATGGCAAAGGCTACCACTATTAATGGAGCCATGCAATACTTAAACTTCTACTTCTACCCTCGTGGCACCATTAAAGTCGTTGATGGTAAAGCTGAAGCCATTGCTACAAAACTCTTGTCGGCTACTGTTAAAGGTAAGCCAGTCACAGAGGATGTTAACTTGCTCCCTGACTATCATCAGTTACTTGTTGACCAAGTTACTGGGACTGAAGTTAAGGTTGGAGCTGTTACCTACATTAAAACCACTGACTCCCCACCTCTTTACTTTCCTAGAGTGAAAGGTGGCGTCATTGGTATTGCACTTAAACAGCAGGGCACTGCGACTAAGAGACTCAATGTAGTCTTTCATGCGCAACCTAATGATGTTCTGCTGGCTTTTATTCAACTTCAGCAATTCTTGAACCGTACCACGGATTCAAGTGTTGAAATTATTGATTGCCATAGGAATATGGTCTACGAGGTGTCACCAACTGTGACGGTCAGGATTGGGCCGTCTAAACCTGGTGATATAGTCGTAGCTACTGATGAGGAGTACCTTAAATGCTTTGAAACCCCTGAGGTTGGTAAGCTTTATAAGGTTTTTCAAACACAATCTTGGGCGATAATTGAGCGCAAATTCTCTTCTTTGAGAGTGCGTGTGTCGAAGGCCCTTTACCAATTTATAAGTTTCCTGCAAACCCTTGTTGAAAACTTCTCTTCACTTGCTGGTGTTGTCACTGGACTCATTCATGAGTTGCAGAGTCTTACTCTGGATGTGGCAGCACGTATTACTAATATTCAACTTGTTTACCGCGCCGGTAAACTCATTGTTGATACTACTAATGCCATTGCTAAACTTTTCCAGCCACTCTGTGACTTCTTGTCACCCTTTCTTCGGAAGGTTGCTGGATTTGCAGTTTACACTGTTGGTAATCGTATGCTTATGTTTACCAGCTGTGGCACTTTTCTTCTGACTAAAGCAACCACTAAGATACTCAACAAGGCCAAGTACATCTTTGATGTTGACCCAGAGTACCCTGTGGATGTAACTACTTCAAAAGTTGTAGTACATGAAACTTTACAACAGACTGATATCAAGCCTACTAGGGCTCTAGAGGCTGTTGACGTCGTTGTAGGTAACACTGTGCTGCAAATGGCTACAGATGGCATCACTTTCTATCCTTCGGATGGAAGTCATGCATCTTCACCAGGATTCAAAGCAGGCTCTGATGAGCTAGTGATTAGCTTCAACTGTGACCTCTTTGATGATGAAACAAATGCTCAAATCAACGAAACCCTCGCTGCATATGAGCTTAACCAGCTAGTTGCTCCATGTGATTCTACACCACGTCAGATTGCGACATTGGTAGTGGATACACTTGTTGATGCAATAACAGATCACTTTCCGGAGAAAACCATTGACATGCCAGAGGACTATCAAGTCTTTTCAGCCCATGATGATCTCCCTCTTGCACAGCATCACATACCATCACACCTCAGCTTGTACATTCAAGCTATGGAAGGTGAAGATGATAGTGGTGATGAAATTGTTGAGGATGACGACTATGATTGCCCTCAAGTTGACGACGACACTGATGGAGCAATTCCCCAGCAATGGGATCTACCAGATGTCGACACATTCTTACTCAAACTCAAGGAACGGAATACCAGAAGCGACGAAGTACTAAGCGTTGACATATACCCGAAGTCTAAACCGGATGGTAAGACAGAGGTAACCGTCTCCGCGTCGGAAAAGAAGCCTGATGGTGACCAAGTACAGAGCTCTGAGAACCCTTCTTCGGCTTCGGTCGAGGCTGTGGTGTTTCCTGAATCAGCCTCTGAGGCTGTAAATTCTCCCTCACCGTCTAGCCCTCAAGCAGACGAGGTGGATAAATCCCAAATTGAATCTGAGCTGCGCTCCTATGATGGAGATTGCAACTCTGATGATGAAATCATAATACCTATAGTACCAGACCGACCAGAGGATTGTAAGCCTCAGTCAGTAACTATAAGGGAATACTTTAATGCCAAAAAATTGGAAACAATACTTGAAGGTTCTACTGAGTCTGTTGCCACGGAAAACTCGTCTAATTATGAGTCTTTCTCTGATGCAGACCCTGAAGAACCACAACAGGAAGCTGTCTATGATGATGAAACCATCATAACAGATAGTACTGAACCAGACGAGGAACCTGAAGTTACTTTAGCTACCATCGTCAACACTCCACTTACTATTGATAATAACTTGCCACCTGAAGCCATCAAGCAACCTAGCCCTACGAAAGTTGAGCTTATTGTTGGCGAGCTGTCAAGTATTAAATTCGACAATTCTGTCTTAGTAAATCCAGCTAATGAGTACTTAACCAATGGTGGCGGTGCTGCCCTTGCAATTGCTAAATTAGCCGGACCTAAATACCAAGAGTACTGCAACAGTGTGGCTCCTATTAATGGAACCCTCACAACGGACTCTTTTGATGCGAAGAAACTTGGTGTAGCATGCATCTTACATGTAGTGCCACCCAGAGGTTCTGACCCTAATGTAACTGAGTTACTGTACCAAGCATACAAGAGTATTCTTACTGAACCAGCTCACTATGTAATACCCATACTTGGTGTTGGTATCTTCGGTTGCGACCCAGTGCGTTCACTGGATGCATTTAGAAAAGCTTGTCCTAATGACATTGGTCGTGTTACCCTTGTCACTATGAACAAGAACCACTTGGAGGTGTGGGATGCCCTTAATAGGATAGTAGTCCGCACCACTCAGGATTTTGATCAAGTTACCACCAAGGCACTAACACCCCAGGGAGTGTTGGAAGCCAATCTTTTCGATGGTGAAGACTTTGTTCAAGAACCAACACCCGGTCAACTCTACTTAGAGGTTACTGAAGAAGTTCAGAAACAAGCTAAGGAGTTTGACCTTAATTTACAACAATATTGTGCCTACCTTAAAATGTGCCACCACACATGGAGTGTTAGTCGCACAAATGGGTTGATGCATCTTAAACAAAAAGCTAACAACTGCTTTGTTAGTGCGGGTGTAAACCTGTTTCAAAGCACAGGTTATCAACTCAGGCCTGCCATTGATACTCTCTACCGAGAATATCTTAATGGTAACCCAAACAGATTTGTTGCTTGGATTTATGCATCCACTGAGCATAAGATAGGTGAGATGGGTTGTCCACAGCAAGTCATATCCTTGCTTGTCAACAATACTGACGCAAAGTTCTCTGCTACGACTGCCTGCTGTAACACCTACTTTAATCATCAGGGTGTTATTTCAGTCGCTCGGGAGTACGATCCCTTGGTACCTAAAGTCTACTGCATGAAGTGTGACATCTGGACACCGTTCACTCCTCAGAGTGGTAAGGGTACAGTTGCAATTGGCACTTCTTCAGAAGAACCTACTGGACCAGCCATTAAGTTTGCTGCAGCCCACTGCTGGTATACTAATGGCAAGAAAACCGTTAATGGTTATGACATTAAAGCGGATGTTGTAGCCACCTACCACAGATTTGACGTACCGAAAACCCAACCGGTTGAGGAAATTGTCACATTTCCTGTGAAGAATGACTTTGAAGTTCTTAAAGTTGAGGAACTGCCACAGGATAGTGTCCTTAATTTGGACCCTTCCATAGCGCAACCACAACCCAAGGAACAACAACAGCGTGCTGAAGTTCTTGATAATCCAGACTGTCTGGATATTCTCGACCTTTGGATTCGTAAACCCAAATTCATCCTAGTTAAATCTTGGAGTGTTTTGGGTAGAGTTTTATGTAAGACTGGTAAAGTGGTCTTCTTAAGCTCTAAACTTCTACTCCACTTCTACAATTATCTTGTTGAAGCTGGAGTTATTGACACAACTGCTAGACTTTCTATAAATCTAGCATGTAAATTTGTTCGCAAGGTCTTACCTTCCTCGAGCACAATTCGCAAAACTTGTATTGGTCTGTATTACTCAGCACAAACACTTTTTGTATCTTTAACACCCTTTCTTATGTTACCGGCAATAGCTAGTCTGCTTAGTTCAGGTTACACTATCGGTACATATTTATTTGCAAAAACTGGGTTGCCTTGTCACTACAACGCCACTCAGCATTTTGACTATAACTCCTTTTGTGCTGGAGATTTAACATGTCAAACTTGTTTTGACGGTTATGACTCTCTACATTTATACTCGCATTTACGAGTTAATCAGCAGCCAATTCATGCTAATGATTATACTGTCTATGCGCTGTCACTAATATTACTACTAGCTAACACGACACTTGTCATGGGCACGCTATTAGTTACGTTATTTGTTAACCTCTATGGAATACAAGTACCATTTTATGGTACACTGATAATAGATTACCAGTCTGCGCTGGTTTTAACATTCTCAGTGTATTATTTTTACAAAGTTATGAAGTTCTTTCAACACCTCAAGCAGGGGTGTAA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Protein
MAKNKSKRDAIALPEVIPPPLQLFIHVAAAEEGHPKVTSYLGNYNLCTAKAPPGVQVISSKASLTDFENIFGAQPTLRSIRNLVCEARSAEWSTSKDAFALKAKQLNYSDAVLRAMIRFCPAKISALAALSLFNRLVKIEDKELAALAARTALDLAFAAKIGTTLADAKVVSLTHKDAYLTLSNEVLGVPFTATLMAKATTINGAMQYLNFYFYPRGTIKVVDGKAEAIATKLLSATVKGKPVTEDVNLLPDYHQLLVDQVTGTEVKVGAVTYIKTTDSPPLYFPRVKGGVIGIALKQQGTATKRLNVVFHAQPNDVLLAFIQLQQFLNRTTDSSVEIIDCHRNMVYEVSPTVTVRIGPSKPGDIVVATDEEYLKCFETPEVGKLYKVFQTQSWAIIERKFSSLRVRVSKALYQFISFLQTLVENFSSLAGVVTGLIHELQSLTLDVAARITNIQLVYRAGKLIVDTTNAIAKLFQPLCDFLSPFLRKVAGFAVYTVGNRMLMFTSCGTFLLTKATTKILNKAKYIFDVDPEYPVDVTTSKVVVHETLQQTDIKPTRALEAVDVVVGNTVLQMATDGITFYPSDGSHASSPGFKAGSDELVISFNCDLFDDETNAQINETLAAYELNQLVAPCDSTPRQIATLVVDTLVDAITDHFPEKTIDMPEDYQVFSAHDDLPLAQHHIPSHLSLYIQAMEGEDDSGDEIVEDDDYDCPQVDDDTDGAIPQQWDLPDVDTFLLKLKERNTRSDEVLSVDIYPKSKPDGKTEVTVSASEKKPDGDQVQSSENPSSASVEAVVFPESASEAVNSPSPSSPQADEVDKSQIESELRSYDGDCNSDDEIIIPIVPDRPEDCKPQSVTIREYFNAKKLETILEGSTESVATENSSNYESFSDADPEEPQQEAVYDDETIITDSTEPDEEPEVTLATIVNTPLTIDNNLPPEAIKQPSPTKVELIVGELSSIKFDNSVLVNPANEYLTNGGGAALAIAKLAGPKYQEYCNSVAPINGTLTTDSFDAKKLGVACILHVVPPRGSDPNVTELLYQAYKSILTEPAHYVIPILGVGIFGCDPVRSLDAFRKACPNDIGRVTLVTMNKNHLEVWDALNRIVVRTTQDFDQVTTKALTPQGVLEANLFDGEDFVQEPTPGQLYLEVTEEVQKQAKEFDLNLQQYCAYLKMCHHTWSVSRTNGLMHLKQKANNCFVSAGVNLFQSTGYQLRPAIDTLYREYLNGNPNRFVAWIYASTEHKIGEMGCPQQVISLLVNNTDAKFSATTACCNTYFNHQGVISVAREYDPLVPKVYCMKCDIWTPFTPQSGKGTVAIGTSSEEPTGPAIKFAAAHCWYTNGKKTVNGYDIKADVVATYHRFDVPKTQPVEEIVTFPVKNDFEVLKVEELPQDSVLNLDPSIAQPQPKEQQQRAEVLDNPDCLDILDLWIRKPKFILVKSWSVLGRVLCKTGKVVFLSSKLLLHFYNYLVEAGVIDTTARLSINLACKFVRKVLPSSSTIRKTCIGLYYSAQTLFVSLTPFLMLPAIASLLSSGYTIGTYLFAKTGLPCHYNATQHFDYNSFCAGDLTCQTCFDGYDSLHLYSHLRVNQQPIHANDYTVYALSLILLLANTTLVMGTLLVTLFVNLYGIQVPFYGTLIIDYQSALVLTFSVYYFYKVMKFFQHLKQGCKTPTCAVCAKLRTPPTITVETVVQGRKYPSVIETNGGFSICKEHNFYCKDCTSQTPGTFIPTEAIESLSRATKLSVKPTAPAFLLARDVECQADVVVARATHNQNAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNRGSIKTAKELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSRPIDNYQEVVSRIEKYYPVTKITPTGDIFADIKQATNGHATDSAINAAVLAVQRGLDFTVDNPNNILPHYAFDFTTLNADDQSTILESGCAKGNLKGTNVGVVLSASLVTRLSQQAVRVIANAASRNGVTCAVTPSTLVMRGNIATQPLTRIKAGAPPMRHKILKLILALAIVYFAAMVLGFLASQITLNTVPTAKSDIQVSTFYVIRDGVLDTIRSDDKCFANKFLAFDSFYQAPYTNSPNCPVVVGVVNVTTHSIPGIPAGVIHSDSLILNIYEQAIYETHQRLSMVRDALSLKTADLFNLGKRVIVGYTQYEVVVGTSYLNSQALFNAKCTFLQYDGTRNLYCYDAVPKEHKLYSDVIPHVEYQAIDINGDLVPFKIPEQIMFYPHIVRYTSNTYCRMGHCFNTNPGICISFTDVFPYSDNVGPGVYCADTTVQLLSNLVLGTVSGIHVFTSTAALLGSTIVIILCVVAVLAVQRFFKEYTTFVMYTCGVAAVNIIGIVLMYKSIVFAIFYYAIYLYFVLTFPSFKRNVALFYFAVVIVPHVSNMQLLAIIVCSTIYFLYSYVHTVTKTAGKFSSFLDAAKSTFVIDNDKYVLLRDLAGAEFDQYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKFAVVQSLKAKLQAGIKILLHPSGVVERCIVSVVYNGSALNGIWLNNVVYCPRHVIGKYRGEQWSHMVSIADCREFIVKCPTQGIQLNVQSVKMVGALLQLTVHTNNTATPNYKFERLTPGSSMTIACAYDGVVRHVYHVVLQTNYLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLCLHYMHHIEFNNKTHSGTDLQGDFYGPYVDEEVIQHQTAFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDARPKWLAHAQISVDDFNAWAANNSFASFPCEQTNMSYIMGLAQTARIPVERVLNTIIQLTLNRDGAIIMGSPDFECDWTPEMVYNQAPISLQSGVVKKTCMWFFHFLFMAFAILLAVIHVFPVHLYPVVLPAFTVVAFLLTLTIKHTVVFTTTYLLPSAIMMVVNANTFWIPNTFLRTCYENVFGSPLAVRLSGYSVAFYILIYFGLAINYTLNTLRYRSTSPITFCMQWLQFGYIGNIVYQLLTKPWTESLLFTAFSMLTSHPLLAALSWWAAARIPLPIVMPDLAIRVLVYNIIGYVMCVRFGLIWLVNRFTTIPMGTYKYMVSVEQLKYMMAVKMAPPRNALEVLIANIRLLGLGGNRNIAVSTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAICKKIVKFHNDTLKAANYEEAEISLVKLLAHIIEFLPTDQVDTFLADSSKAQHVNNYLDKLLEHKTVVQAVADININLDSYRIYKEADATYKRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAVVGISNDNLKVIFNDKESYAQYVEGNTLTHKGVRYTIVKKLSLDNAPIEGTPEEFPVVVETIREGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAQDLNGNESTAKSFYVSKTGKKILVAITSTKDNLKTVTCLTETGKAILNLDPPMRFAHTVGGKQSIVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTHVEYQQNASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLADGGSPIQGCIQMIATMGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVHIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVNYDCTCGTSLQNSAYLNRVTGSSTARLEPLQPGTQPDTVKRAFHVHNETTSGIFLSTKTNCARFKTKRNALPLPNKGEVDLYFVTKQCSAKVFEVEEKCYNALSTDLYTTDESFSVLAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSRDVIQEILMTMCGTPAEWFGENWFDPIENPSFYKEFHKLGDILNRCVLNANKFASACIDAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFITTQPGNGCVDLSSYYSYLMPIMSMTHMLKCECMDSEGKPLEYDGFQYDFTDFKLTLFEKYFKYWDRPYHPNTVECPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSRATVDGHLVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMANINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGIAKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSNLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMLDIKMFLFCLEVADKYLEPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTHREQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMCNINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCNQNQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTTSHINKDIADLHRSLYEDIYRGDSNDTTVINRFYQHLQSYFGLMILSDDGVACIDSDMAKSGAVADLNGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETNMTVGPHEFCSQHTVLAEYDGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRILAQELQDGILDAFQSLTDMSYINNFLNEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCNSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYHHVTQTSHKRIIAINNYICSVENCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELSTSNYDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLLWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGNDTYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKALLPDSVGASYYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPSARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLLPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKASLAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKIGILVVFRQANELYNSLQFESIDSQLQSGEALTPLFKRCGYDYNGVHPAHALTWHDCGIEYRCEEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDAYHNMFLTRDACRAYVQSWIGIDVEAAHAIKPNTGTNLPLQIGFSTGKNFSVVPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGEQFRHLKKDMRQARPWKVVRREIAAHIAEVASHTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKLGMEEKCFCGRRACFTNGTEFACKAHHSLTTPQCDYVYNPFLIDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHANAHVASADAIMTVCLAIHELFSTVDWTLEFPVTAEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRKPGVRYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFTDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLSLAPLIYYSITDCSSDQPIVVTYRDCVTRCNTGTTLCPVHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHAEGQLDVVINSNAVYAKVDTNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTKSLPTTQLLYGLGVTATRNFTVWVDDDTIFQYTINVSTYTDVDPNTHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTKTKVKKTEPFVCRALTLNGLAIDGDELYIYVRQNNQLTTFNTMCTQGRNVEQFIPKTPMEKDFLELSQESFIEQYQLQDLGVEHIIYGEDSTPIIGGTHTLISLVRNKFEYQLVNHVYNPVQNCVVTSPNASSKNVCTVLDVLLDDYIDIIRQAHANYTTKSKVFTVSIDNQQIRFMLWHDEQVKTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLVTDLQPADIPNYHSYTPKVPGIVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMLPEGTVLIDLDIREFTSDANQIIVTDYRTYTPPHHVDAIFSDLYSCDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSYSPELYSLAGWFDDYQLFCTAVNASSSEAFLCCFNYLGYAKENINGFNLHASYIQWRNEIALTPTYSSLADNPAIACKLKATPIISARELEKKPILRYLVASGRLLVRPPECRELY

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF16348   Corona_NSP4_C
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF08715   Viral_protease
PF01443   Viral_helicase1
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF09401   NSP10
PF06478   Corona_RPol_N
PF08717   nsp8
Interpro
IPR008740   Peptidase_C30
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR036333   NSP10_sf
IPR027352   CV_ZBD
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037227   EndoU-like
IPR014822   NSP9
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009466   NSP11
IPR014827   Viral_protease
IPR042515   Nsp15_N
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR014829   NSP8
IPR036499   NSP9_sf
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR017896   4Fe4S_Fe-S-bd
SUPFAM
SSF143076   SSF143076
SSF101816   SSF101816
SSF53335   SSF53335
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF52540   SSF52540
SSF144246   SSF144246
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score= 943     Identity=51.17%     Cov(Q)=14.98%     Cov(P)=98.22%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6263
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
331.823239999995
Exp number, first 60 AAs:
0.0261
Total prob of N-in:
0.08519
outside
1  -  1518
TMhelix
1519  -  1541
inside
1542  -  1598
TMhelix
1599  -  1621
outside
1622  -  1630
TMhelix
1631  -  1653
inside
1654  -  2004
TMhelix
2005  -  2027
outside
2028  -  2290
TMhelix
2291  -  2313
inside
2314  -  2333
TMhelix
2334  -  2356
outside
2357  -  2370
TMhelix
2371  -  2405
inside
2406  -  2822
TMhelix
2823  -  2842
outside
2843  -  2845
TMhelix
2846  -  2863
inside
2864  -  2869
TMhelix
2870  -  2892
outside
2893  -  2911
TMhelix
2912  -  2934
inside
2935  -  2940
TMhelix
2941  -  2963
outside
2964  -  2972
TMhelix
2973  -  2995
inside
2996  -  3006
TMhelix
3007  -  3029
outside
3030  -  6263
 
 
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