Strain
Porcine_LT900503
(Region: Germany; Strain: Porcine torovirus isolate PToV_GER_L00926-K20_14-01_2014 genome assembly, complete genome: monopartite.; Date: )
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCCAAGATCTTAAAAAAGCTCATCAACGAAACCGAGCCGCTTTTGTGCTCAAGTATCTTGGACCTAACTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGCTTAGGTACACCACAAAACCTGGTATTACTTTCAAAGATGGATCCGTCTATCTTGGAACAACCGATTTTGGGACCCAAGTCCACATCAACCCATTGCAACTCTTTACAAAGTTTGCAATTACTTGCCCTGAACACCTCATCCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATTTTACCCCAAACGGCAATTATGTGGAACTATCGTTAATGATCCCTTCACTTTTGACTGGGCAGGAAACATCCACAACTATTACTTCACCAGAAATGTACTCAGGTACGGTACAAAATTGTATCAAGTTAATGGAAACAAACTTATTGAAAGGTGTTCAGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAATGCCAACTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTGCTGAACGCGATGAGGATGTCATCTGTTGCGACTTTGAGTCCCTTGACATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTAAGCCTTTTCCGTGGCGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAAGGGGTTTGCAGATTGCTCTAGGCGTGATGAAAAATGCCTAAAACGCCGTCTAACAAAGGAACAAAAGAGCCAGGAGAAAGGTAGTTTTGATGCTAACAAGGTTATCACATTAGGGGGAAGGATGTACCGTTACCAGGTTCTGGTTTTGAAGTATAGTGATGAGAATGATGATTTTACTGGTTTTGATGATCCTAGCGAACAGTTGGAATACACCCTTGAAACTGTTCCACATTGCTGGAAAGAACTTGTTGAGGGTAAATGTTTAACCCGTGCCAAAGCAACTTGGGATCTTACAGAAGATTTAGATGTTGAGTTAGACCGTATACATGTTGAAGAAACTAAGAGCCTTCAACGGTCAGATGCAAGCTGGGATCTATCTAGTATTGGTGTTGACAGTCAAGATTTAGAGGAAAAGATTTTTTCACGTGTCTGGTTGAAACAATCCTCCAAGTACTTTGGTACAAAATTACAGCAAGTATCAGAGCTCTTTAAGAGTGAGGGGTTAGCAGAATTAACACCAATAATGAATGGTGTAAACTCAGTTAAGATTGGTGATAAATGGCTAAATTTTAGAGATCAAGGCAAATCTAAAGTGTTTTTTGTTTATACCAATGATAATATTTATTTGGCTATAACCCGTCAAAGAGTTAGTTGTGATTACATTTTTACCAAGTTTAAGAGTGTTAGATGGATTGGTAATAAACCTGATAAGTGTGGAATTATTAAAGTGTTAGCATGGGTGACTTCTGTTAATAGAGCAAAAAATTGTACTAGAGTAGCTACACCAATGTTATGTAAACAGGGTAAAATTAGTCATAAGAAGGTTGGTTATTTAGATATGAGTGTTTTAGATAAATATGCTGGTTGTGCCTTTGGTCCCACATGTGTACAGAAAGTTAAAAAGTTTTTATTAAGTTATTATAATTGTGAGAGTGATTTTGATTTGCTAGATAATTTTTTAACACCTGTCAAGTGTGGTAGGAAGTGGATGGTTTTTGAGAAGTGTTCTTGCAAGAATCATCAGTTTTATGTAGCACAATTTGACAATCATGTTGTATTGGGTCTAGGAAGACCTAATGGCATTTTATATCCTGAGGAGGTACCAAGTTATGCTGAAGTTTATGCAGTAGGGTTTGCAAATGGAATGAGTGGTGTAGAGGTCCACTACTATTCTGAGATGGAACACAACCATCTACCACAAGAGTTTTGTTTTGTTGCCCATGACCAACAGCATCAAGAAGATGTTGATGGTGGTTATGTAAACTACCATCTTGATGATGTTGAGGATAACCCATTTCCTAGTTTTGATTTTAGTTTTGAGGGTGATGATTTAATTTGGCCTGATGCACCAGTTCCTGTACCGTCACCCTACGGTTATCATCATGGGCAACGTTTGAGGGAAATCTGTGTTGCAGATGAAGGTTTTGGTTGTGATTGCCTTCGTTGTGATGGTCTATATATTTATTATCCCGTTAGACCTCGTCATTATGAATCTTTTGATGAAGTTGGCCCATTTATTAAAATGTGTGAATTTAGATTGACTTATTCAGGACAAGTTTATAACCAATTTTATGGGTTGGGACCAAAAGTTTATATACAAGGTTTGGTAGAAGCAGGTAATAAATTGTTACAGTTGTTAACAAGAGGGCAGTTAGAAGAATTTGAATTACCATCTGAAATTTTAACCTGTTTAACCTATTTGAAATTAGGTTTAAATGTACACCCCTTTGTTTGGCCAGCTCCATTTTTTACAGGTACTGGTGAGTGGGTTGATATTTTTGATGGTAGTGATGTTGGCTTTTATGGTGAAGATTTTTCTAAAATAACGACAGGTATGGTTGAAAGTGTAAAGTTTTTGTTTAATAATTTTTACTCTTTAAGCTGCCCTTTAGAGAAGTTATACCAAAGTTTACATAATGATGAGGATGTTAAACGGATGTTTTGGTCAACAACCCATATGAAATATATTTACCTAGCCTTATTACATAGTGAGAAGTCTTTTAGAGCTATATTGGATAGTAGACAACTGAACAACCCAGAATTGGCAAAATTAATAACAATTGGCACACTTGATGCTCCAATAGTTTCACCTTGTCTTTGTGATGGTGACTGTGACCACGCTAAACCATATAATTGGACTGGTATATTGAGTAAGGTTTGCAAATTTGTTACATTAAACCAGTTGGTAGGATTATCCTATCGTGAGAAAAGACAATTAGTTTTGGAAATGACACAGCACTATTTTCAAACAGAAGAAGGGCTCTGCCAACCAGTCCAGTTGTTAATGACACCTTTTTATAGTTTTAATGATAATACAGAGCCAGATGAACAGCCATTAACTGGTGTGTTTCACCAACAAGTAATGCAGATGTTTGATACCTGTGTTATGCCTGACGTTATTATTAAATTGAAAAGGTCTAGAACTTCAGCTAATGATCTTTTTGGTATATTGTCTAATTATTTTAGACGATCATTTGTCTACCGGTGTTATTGCTTAGCTGAATTTTCACATGTTGAAAAAACTCAGGTTTTTACAGATCTGACATCTGCTTTGTCTAGAGGGACAAATATTGGTGGCTATGCTGTGTGTAGAATGGTTGAGCCTAGGAGGGAGGTTACTACTTGTGAAAGGTCAAACCTTCCACCAGAGGTTGTACAGACCATTCGAAAGTTTTTTCCTGTTAGTTTTAATACAGGTGTTATGAATTATGTAGATAATAATTGTGATTTTGAATATTGCAATTTAGAATTTTGTATTAGTGGTAAAGGTTTTTGTAGGTTAGGCCAGAGTAGGTGTATAAAATATAAGACAAATTTGTTTGTTATTAGATTTAGGACTTTGCCTTTGTTGTATGTTACTAGTAGACCTATGCATTTGAGTGAGTTTAGCCTAGATGTTGCAATTTCTCTTTTGGGTGATTTTAATTTAGATATAGATATTGTTCCAGGTGTTACTTTATTTGGCTTATATTTTACTAACGGGAAGGTGTGTGATGGTAATTGGGAGACGTTACCACGATTTGGACTTGGTTGTTTATCAACTCCAAAATTACATCCAAAATTTCAACCGTTTGAGAATTTAGCTGAGGTTTGGTTTTATAAACAAAAAGTTAGATTAGTACCACTTGTTGGCAACTTTGCGCCAGTTGATATAGTTAAACCAAATATTCCAAAAACTGTAACAGTTGAGTTACTACCATATTATAGCTCAATTGGATATCAAGGTTTTGTTGCACCTAAGTGTGTTTTGCCTGGAACTTTAGCAACCCACTACTGTAAGTTGAACCATCAATTGGATAAATGTGTTCAGGTTGTAAAGTTGGCAGTTTCTCATGCATTTTATTTTAAACCATCAAATATGGGTTCACCATATCACTTAGATCCAATGCTCGGTACTAGTTATGGAAAGCCGGCTATAGTTCAATTTGAACCTGTAGGACTTATAAAGGAAGTTAATGTACTTGTCTATCAATTTGGCAACCATGTTGCTATACACTACTTTCCTGAATGTCCTACATATGTGGCAGATGGACATTATCCAAGTAAATTTGTTGGTATATGGTTGGGCTATTTACCATCTGTTGAAGAAGTTAAAATTGCACAATGTAATCGGTTAGTTTATGTGCCAGCTTGTTTTAGACTTTCAAGAACTGGAGGCTATCATATTCAGCAGAATGAAGATTTTGAAAGGAGTAGTATTACTGTTACCTACCGCTATGCCAAGGATTTTGATACAAAGTCTTTGACACCTATGTTTAAAATGTTTAGTACCATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGATCTAATTTGTGCATTAAATTCTTTAACACCAGAAGCACAGAAAGTTTTGACTCTCTTTTGCAATGAATTTGACCCAGTCTATACATTACAAACTTTATCTGATGAGGTTGTATTTGAGACATCTGCCAGTCCTGAATTAGTGGCATGTGCTTTAGCATATATTGTTGGCTATGAACTTTGTTTGACTATTAAAACTGGTGCTAGTTGTGAAAGCCTAGATATTGGCTCAAGTTTGGAACAAGTTTATATTGACTATGATACATGTGAAAATAGCTGGAAGTTGTCAACAAATTTGCAAGATGATGATTCTGATGATTTAGATCTACCATTTGACCAGTATCATGAGTTTAGGCTTGGTAAGGCATCAGTTGTTTTGGTTAAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTCTTGAAAAATGAACAAGGTGTAGATTATGTTGTTAACCCAGCAAATAGCCAGCTTAAACATGGAGGAGGTATTGCTAAAATCATTTCCTGTATGTGTGGCCCTAA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Protein
MSKILKKLINETEPLLCSSILDLTSKSQLLDQCLGTPQNLVLLSKMDPSILEQPILGPKSTSTHCNSLQSLQLLALNTSSTQFKWTTGSISKLRGHLERELCRGLVPLNDFTPNGNYVELSLMIPSLLTGQETSTTITSPEMYSGTVQNCIKLMETNLLKGVQALKDQTSCQEYFLNANYQSLIPPQLLLNAMRMSSVATLSPLTLENTRLLLKLSLFRGGTSVSYTSMIKGFADCSRRDEKCLKRRLTKEQKSQEKGSFDANKVITLGGRMYRYQVLVLKYSDENDDFTGFDDPSEQLEYTLETVPHCWKELVEGKCLTRAKATWDLTEDLDVELDRIHVEETKSLQRSDASWDLSSIGVDSQDLEEKIFSRVWLKQSSKYFGTKLQQVSELFKSEGLAELTPIMNGVNSVKIGDKWLNFRDQGKSKVFFVYTNDNIYLAITRQRVSCDYIFTKFKSVRWIGNKPDKCGIIKVLAWVTSVNRAKNCTRVATPMLCKQGKISHKKVGYLDMSVLDKYAGCAFGPTCVQKVKKFLLSYYNCESDFDLLDNFLTPVKCGRKWMVFEKCSCKNHQFYVAQFDNHVVLGLGRPNGILYPEEVPSYAEVYAVGFANGMSGVEVHYYSEMEHNHLPQEFCFVAHDQQHQEDVDGGYVNYHLDDVEDNPFPSFDFSFEGDDLIWPDAPVPVPSPYGYHHGQRLREICVADEGFGCDCLRCDGLYIYYPVRPRHYESFDEVGPFIKMCEFRLTYSGQVYNQFYGLGPKVYIQGLVEAGNKLLQLLTRGQLEEFELPSEILTCLTYLKLGLNVHPFVWPAPFFTGTGEWVDIFDGSDVGFYGEDFSKITTGMVESVKFLFNNFYSLSCPLEKLYQSLHNDEDVKRMFWSTTHMKYIYLALLHSEKSFRAILDSRQLNNPELAKLITIGTLDAPIVSPCLCDGDCDHAKPYNWTGILSKVCKFVTLNQLVGLSYREKRQLVLEMTQHYFQTEEGLCQPVQLLMTPFYSFNDNTEPDEQPLTGVFHQQVMQMFDTCVMPDVIIKLKRSRTSANDLFGILSNYFRRSFVYRCYCLAEFSHVEKTQVFTDLTSALSRGTNIGGYAVCRMVEPRREVTTCERSNLPPEVVQTIRKFFPVSFNTGVMNYVDNNCDFEYCNLEFCISGKGFCRLGQSRCIKYKTNLFVIRFRTLPLLYVTSRPMHLSEFSLDVAISLLGDFNLDIDIVPGVTLFGLYFTNGKVCDGNWETLPRFGLGCLSTPKLHPKFQPFENLAEVWFYKQKVRLVPLVGNFAPVDIVKPNIPKTVTVELLPYYSSIGYQGFVAPKCVLPGTLATHYCKLNHQLDKCVQVVKLAVSHAFYFKPSNMGSPYHLDPMLGTSYGKPAIVQFEPVGLIKEVNVLVYQFGNHVAIHYFPECPTYVADGHYPSKFVGIWLGYLPSVEEVKIAQCNRLVYVPACFRLSRTGGYHIQQNEDFERSSITVTYRYAKDFDTKSLTPMFKMFSTIFGKSKQDLICALNSLTPEAQKVLTLFCNEFDPVYTLQTLSDEVVFETSASPELVACALAYIVGYELCLTIKTGASCESLDIGSSLEQVYIDYDTCENSWKLSTNLQDDDSDDLDLPFDQYHEFRLGKASVVLVKDDFKSVYDFLKNEQGVDYVVNPANSQLKHGGGIAKIISCMCGPKLTNWSNGYIKQHKKLDVTCAVRSPGFQLGKNVQIIHVVGPKSGDVDVQGKLNSSWRSVFQNVKTDSTVLTSMLSTGIFGCSVVSSVSTLLDNLLFLEKDVVVFVVTNDLSQYKEALSVIERYQDFHGIPNFGNTCWFNVIYQLLKSFSKKEQLVQDLVNCFDDFYDCPTKQCVEWVCQQLDIKFGEQHDAVEMLCKIFEVFKCNVRIGYDCLARLQHVALGTCKEVPAEAVLMFSGQDKSGHWTAARNLNGDWYTFDDRVVTKKNPDWSKVVLVLRDRGLYKASDFETPRPRRRRVAHRVPRDTLSQDAIVFTEEKRFASGTVLSNTCFESVESFDLGGSQGNSVESVLSLDSEHANLVDSLYDGLEQSCTSEKIDSDNENTVIVENVGENTVEETLTYQPPQQQTNTDCDADFEQVQQQNEVELVPSIFTPDFKFSFEKTLEQTVKQENFEDIELQDMVKIEQPLSPKIMNWKDVFIQQYIGFKSDFLSLAKFSKFQILLYALSLWLGLIYCFSDFSLLGKFCLYVVLLWLSNVVLTARTVDFSVIGFSNEGYVLKVLSSIKIPSFITINCDGIQWLTLKLLYYSFYCYDLVVKVVVIIFQMPQLRCFTWPLLKLGFVDTFLSHHILAFSNKQVSQSCLPVYGDDRKYIYVPNWCRESFKTLIQRSKQLTAMGYSKTLDNWFYQCCSKTTKPSSCFNVRDFVFDDECKSHKQYGFLSSLFVYFVFYSGFVTFWLPLLFFYFALFMCTFKNLPVDTTKPIKWTVLQQVVDDLVSIITKPLFGRPACPPLSSYLTATTAEEAVRSSRSLLGRFCTPVGFQQPIMNVENGVSVSSLGFVNPLMWPLFVVVLLDNRFVWFFNVLSYIMLPVFVVVLFYFYLRKICGCVNIKGVIKNCTKHFQNFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQEHWCDRHSWYCPKEEHYMTPEMAMYIKNYYNLATAPTADTIWCDYVKTTPTMTWANFKFSLFKPNETVMCGPSSHADSMLLSWYAFLHGVRFTLNPSVIDIPTPVQPIYVSSDSDDSLDKVCDVNLRPTKNKGKFKKQSVAYFSSEPRDLWYYVTLIISLGAIFVFMYSCLMVGQYVVMPKDKFFGVNPTGYSYVNAQPYLHANPPVLKNSDGMVLATPLKVPSISYSVYRLLSGHLYFTKLIVDENECTPPFGAARLSHEFTCNDFTYVLPAHLRILNRYIMLIHPDQLHMLPFEVEHSTHTRLCYVTGTNIVECLPTFEIISPYVFVVIVAIFTILFLFLLRMYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNTVMVLFVVCLPPLVPGVIFVLALWLCDSIVFLLYLAVLSLFILPWFYVMFFILMVSGFSFWWMMKSSDVVHLTPDGLAFNGTFEQISKCVFPLNPLIVNRLLLDCQMSHADLVEKSKLKTTEGKLATEMMKVFMTGDTAYYQPSNFSFQSVFSKVTSPFTMHAKPPMPMFRLYVHFNGQCVGTTCTGTGFAIDDVTIVTAKHLFECDDLKPTHLSVELSGKSFWCIWKELRVESWKFEGENAYILVENLRDFYGQDFKYLPFSKIEDDFYKRMEPVTIYSIKYGSEFATQAWQAVNGHFVCANTEGGDSGAPLVWHDSIVGVHQGICDSFKTTLASDNSGKMMTEIKGHHVDPPIYYKPVIISAAYNKFVADSDINVGECINHHNFENDDFLPMHEELEKVSFGDKMRRYCKGLPRYLEPLQYFHVPSFWQPFKKQSVSTNVSWVVENLHFIFSAYFLVCDFVAYWWLDDPFSVVLPLFFFVQLLSTVVLKNVLFWNTSYLVTLAVTFYVHSEVAESMYLLGFFSDQIVNRVGLILVVSVMCLFVVVRVVVNIKRAIFVVIVSVILILVNVMFGVVQFSSFVTLVMFDLYAVFTALLTPQPVVAIMMLILFDTKCLMSFAFVVIVLSFRFFRDYKFVKVLHNFCNFDFVLTQLSLFRYRHHNQGNNPSHYEALWLFLKELYYGVQDVKYEVFSPQAGTYNVKFLTDMTEQDQLEAVEQVQRRLQRFSIVQDKQSQRLVLYSKNVDFLRAQIQQQRALGANPFIITTLTAKDIAIDNVEVHNPSQFKPEDMQAHMWFYSKSPVFIGQVPIPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAATLQIQNAALTLSLFDECNKFFEQELGEVPTVMWQSDDVADVKQLEAQIEKLRVVLDGMQLGTSEYKATRKQINILQSQLDKALAFERKLARFLEKVDQQQAITNETQKQLSAFKNLVKQVYESYMSSLKVKIVESNDASCLLTSTELPRKLVLMRPITGIDDVKIVEKANGCEITAFGTTYSTGLGSNLAGLAYSSTQPLSAYPFIFNLEGVFKQQANIGYKTVECNISSNNGTVLYKGKIVAVPSDDEPDFVVCGKGYKLDCGINVLLIPSIVRYITLNLTDQLQKQSLKPRRRLRYQGVRLGGVNLGEHQAFSNELISTVGFTTWVTSTICSDKSHKHPWFVQVPINEKDPDWFIHNTLLKDNQWVIDVKPTHWMVDADTNEQLFALSLSDDDYIKAESILSKWSPITQDVECWFKDLKGYYIVSGLQPLWPVCPKKICNLKIVPIYQPQSVRYADQPTHFFSMPVVHKGFLNAFYELQEGFPGKKQVAPHVSLTMLSLTDEEVIKVENILDELELPTTYVTISNPHMMGRHYVCEVEGLQSLHDEVVSVLRQHGIACDQSRLWRPHLTIGEILDGSNFSDFKDFAITCKLEDLDFVKLGAPKANARYEFIATLPVGDLNCFKLLRDVWSACRHLCFQNGAYQSSHSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVDFVGKRYMIKRVKDQHEFALSKTSFLPSIIPHHIVKYNNEWFLVRGPTTQWSLGDLVYAIWLGDQDYLAECGFVFNPSRDEFFEDAKQRSDLALLLEPAILSFCDIFSCIKKFGLPYKLTLDNMDLYGNLYDFGDYPCPNLVDNQSALFVLAEVWSMTRKPFPYKFAQVLASEMHVPEDFQPYFQHTLLSGRYFDKAMCLNNVRPFLKDPANLTTTPFFLQHSGVWSHFYNPIYGLVEVDLDEFSNLPEVLQQLITVQGPIANNMLPAISIGDGVFSANVPPVLAAKQKVPLYDVGLCQDLTDAGIDCGEAFNYFYYLSNPAGALADVCYYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTVCYQTNERFTYEQAKPRKSSMGVNISGYQQDAVYRALGPENIMKLFEYAQKAPLPFCTKIITKFALSAKARARTVSSCSFVASTIFRFAHKPVTSKMVEAAQNSQGFCLIGVSKYGLKFSKFLKDKYGSIEHFDVFGSDYTKCDRTFPLSFRALTAALLYELGGWEEESWLYLNEVNSYMLDTMICDGMLLNKPGGTSSGDATTAHSNTFYNYMVHYVVAFKTILSDLSEGNRVMRIAAHNAYTTGNYDVFNTLLEEQFHTNYFLNFLSDDSFIFSKPGALKIFTCENFSNKLQTILHTRVDQTKSWSANGHIEEFCSAHIIKTDGEYHFLPSRGRLLASLLILDKLSDVDIYYMRFVAILCESAVYSRYQPEFFNGLFQVFLDKVQQFRRDYCCDPCPPQLLDRSFYENLVFTSNTEVGVVDCYLENFKLQCEFEQQSSLDKVCFCCPNPAVSVCCECYVPLPLCAYCYYVHVVISGHSKIEDKFRCPCGNDDIRDLFIVLNDSICIYQCKNCVGSDRLRLSLLSDSDQIVRLPGFRANSASIARNGVAQLLTSVDNVDISLDWNHQETVLQNVARIVYHSANMTQMSIEVVYVNFNLVRNDGSSAVLDIPNFKCPDTSYCLFYKPGKTGNLKFTGKGTLTSCYDNKNLTWFKATCPDFSQPWRQATCFVIQQHDAVYPPLKSTQYDNVTFVMGPPGTGKTTFVYNNYLSKASPSNRFVYCAPTHRLVGDMDEKVDGAVVVSAYNDRTYRNPIWKKDDSYDILLCTHNTLPFIKSAVLIVDEVSLIPPHVMVKILSMGFKKVVLLGDPFQLSPVYKNHKVHFKYDTFYLLQLATQKRYLTACYRCPPQILSAFSKPYCDVGVDLVSFNSKPGKFDIIVSKQLANLQDFSVLSVLAKDYPGYTILVNYRAAVDYAMQNGLGDVTTIDSSQGTTAANHLLVLFGASNFSKTINRVIVGCSRSTTHLVVVCCPELYKHFQPILNWPEPVYRYFGMEKQSDFNIVPEVSSLVFCDIEFWHYKADPNSKTRTVYPGQIAVVTSQTLQLYLGVFDDTGYKSALRGLPKDVFVPPNWVWMRKHYPSYEQHAYNMQRLFKFIIDTTCGQPCFILYSCSNDLKSLKFYVEFDTNYFCDCGDLAICLMRDGLYKCRKCFDNMLVSKLVNCKYLDVQKERVKLQDAHDAICQQFHGDSHEALCDAVMTKCLYLTSYQAAFKDTLHVKYKDLCLEIQYKITSPYVRYDGVNKRYLYRDHGAMYYFRTPRSPMQNVYKYEVGAHAEYCINICNSYEGCQSFGKTCTKCIHIHCVIEQFLADDRFKDFILVSVVKSDYVEQSLSPAARALMLTVTRVEGKNFYTSNGQRYDLYDYDLSKSVMRVVGASVKPLPLYSVVVGLGINCTVGCVLPNVPMKLKDDLLVTDVPLSTIKLDLPTWYYITWPTLSNKTSRWKFAGAQVYDCSVHIYVEATGEQPLYYLQLGNGESLRELPDTLFSTGRLYNLEHDPSLNFNVNQLPVETIPKNKHVFAGDFTEVGTDIGGVHHVVALNGYKGTIIPNYVKPIGTGLINVGKAVKRTTLVDVCANQLYERVKQQLVDVKVSKVIFVNIDFQEVQFMVFAKNENDIQTFYPQKDFIRSYYEWPQILPALESHYDLKNYGQDPQFMPQPVNFSKYTQICTFIQDHVKVARNSLIWHLGAAGVDGCSPGDIVLSSFFKDCLVYSWDIKDYDTLLEKHSYDCKFRPNLIVSDIYNVSSNVTEVLEECVNRLSLGGTIIFKTTESSRPDIQISEMSKYFAGIHFFSTGVNTSSSEVFVVLKYKLFSEPVGEELCSPNILRRIAAYRNKLCIVPNFKIFSTSLSYKFSGVKFVQKCFYCSVPRQFCASGLVQEVPMLCQMNH
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR042515
Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009466 NSP11
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=9e-24 Score= 111 Identity=25.69%
Cov(Q)=5.98% Cov(P)=41.99%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6709
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
384.098959999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00014
outside
1 - 2164
TMhelix
2165 - 2187
inside
2188 - 2193
TMhelix
2194 - 2216
outside
2217 - 2248
TMhelix
2249 - 2268
inside
2269 - 2386
TMhelix
2387 - 2409
outside
2410 - 2494
TMhelix
2495 - 2517
inside
2518 - 2521
TMhelix
2522 - 2544
outside
2545 - 2740
TMhelix
2741 - 2763
inside
2764 - 2915
TMhelix
2916 - 2938
outside
2939 - 2957
TMhelix
2958 - 2980
inside
2981 - 2986
TMhelix
2987 - 3009
outside
3010 - 3420
TMhelix
3421 - 3443
inside
3444 - 3449
TMhelix
3450 - 3472
outside
3473 - 3484
TMhelix
3485 - 3507
inside
3508 - 3513
TMhelix
3514 - 3536
outside
3537 - 3545
TMhelix
3546 - 3568
inside
3569 - 3572
TMhelix
3573 - 3588
outside
3589 - 6709
