Strain
Mink_MF113046
(Region: China; Strain: Alphacoronavirus Mink/China/1/2016, complete genome.; Date: 2016)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGATCCAAGCATTTTAAAATCCTCGTTGTTGAGGATTCGGAAATTACCACGCATGGTTACAAATCCTACACTGATTGTAGCAATGCTTTAAAGCTTTGCTGGCATGTAGGATTTGATGGCTATGTTTTTGTACCGGAATACTCCAGAGACCTGCTTTCTGGTTGTCGTGAACAGGAGTACGTTTTTGGTGTGTTCGGTGCTAATGATAATGTCATCAAACCTTGTTTCTTGGACGTGCAAACTGCCAATTTACAGGGTTTCATTGTACGTAGTAGTGCTATTGGTGTCGAGGAAGATTTTTATCTTCGCATCAACACTAACGGTGGCACTGTTGTTTACGTAGATCAATTTCTCTGTGGTGCTGATGGTAAGCCTGTTCGTCAAGGTGAGATGAAGGACTACTTTGGTGACCTAGAGGATATTGTTATTGATGGCATTACTTACACGCATGCATGGGATGTTGTACGTGATATGGAAGTCCCTCATGCTAAACAGACTGCTCTTACTATTCAGTCTATAATGTATCTTATGGATGTAGACCATAAGATTGTTAATGGTGCAACTCGTCAACGTGCTGCACCTGTTAAGATTAGTTCCAAGGTTTGTTTGACTGAGCCTTACAACAGCCTGTATAAACAGTTTGGTTCACCGTACATGCACAATGGTAGCAACTTGAATGAGTGCTTTTCTAAGCTTAACTTCATAGTTGCTAACGTTAAATGTAAGTGTGGTGGTGAGTCTAGCGGTGTTGGTGATTGGACTGGCTTTAAATCCGCCTGTTGTGGTACGCCTGGTAAAGTTATTGGTGTATCTATAGGTGATGCCAGTGTTGGTGAAGCTGTCATTACATCAAAAGGCTGTGGTACTGGGACTAAGTTTTATGCTGGTGCTGTTCTCAAGTTTGTTGGTGATGCTGAAGGTGTTTCTGTGTGGCGTGTCATGGCTACGTATGCCAATGACGTTGTTGCCACATCAACCTTTGACAAGTGTAAATTGGCACTTCTTGATCATGATAGTAACAGTCTTGTTGCTAATAGTATTAAGAAATGCTATCTCACTGGTGAACCTGACACTGTTGTTGTTGATGCCATTGTTGCTGGCCATGTTAATTTGTCCAGCAACATTTTTGGTACAATTGCTGGTCTTTTTGAAAAGACACCTTGGTTTGTCAAGAAATGTGGTGCTTTGTTTGAGACAGCATGGAAGTCTATTTGTAAATTTCTAAGTGCTGGTGGTTTCACTTATGTAGCTATAAGGGATACCATCAATGCAATTTGTTCAATTTGTTTTACTATTAAGGACTCAAAACCTGTGTTTATAGTTTCTAGTGCTGCATCTAGTCTTGTTAAGACGTGTGTGCAGTTTCTTGAATCGGCTTTTGACATCTTCACTCAGACAGTTGAGGTTGTCGGAATTACTTGCAAATGCGTTGTTCTTGGTTGCAAGTACTTACTTTTTGACAATGCTCTCGTCATGCTTAAGGATTTAAAACTTAAAGGTAAGCGCGAGGCCGGTTTAAACACTGCTACATTTGCGTCTGCTATTATTGGTGGCACTGCAGAAGTCAATCCTACTCGTTTTGAAAAATCAACTGCAAACTTGACACTTGTTAATGATGTTGTAAAACCTGGACAAGGCTATGCTGTTGTTATAGGCGGTATGGCTTTTTATTGTACTGGTGAGTATTATTTTATGATGTCATCACCTACTAGTGTTATTACAACATCTGTTTTTAAAGCGTCTACATACAACGCATTTTGTTTGCGTTACGATGTGGAGGACCCTTACAAAACAAAGATACAAGCAAAGTTTGGCACAGTGTACTCTGTTAATGGTTGTGCTGATGATGCAGTTGAATCTCTTAATGTGGCTCTGAAAGAATTCTACAGCAACGGTGTGTGCTTTAAAGCTTATGCAGATAAAGACATCATCGTTATAGAACCATTCTGTCGTAAATATAAAATGCCAAGGTGTCTTAAAGATCACACAGGTCTTTGGGATATTATTCGGTCTACTGCAGGTGAACCTGGCTTTTTCAACAAGTATAAAAAGCTAGAGGCGCTTGAGGATGTTTATGACAGTGATGACTACAAGAACTTGTTGTGTCCTAAAGTTTTGTTTAGGTTGGATAATGGTATTATATGGTACAGACATATCAGGAGTGTTAGAAACTGTAAAATTACACATGTAACGTGTACTTTTACAGGTGGAATTCTCAAGTTGTTGTTAGATGGCTACGATGCTCTTGCCGGTATGATAACTCGCAGTTATCAGCAACTTTGCAAGGCAAAGCCATTTAAGCTTGATATCGCTGGCATTACTGTGAGTGGTTTTACAACACCAATTGGTCGAGATTTCCTGGATTTTGGTGAGGATGTCGTAGAGATCTTTTGTGGTGGTGAAACACGCTGCTTTTCAGGCGCTAGCGTTCCTGTCAATGTTGATAAGATTATTGAAGATGATGTTTGGTCTACAACTATTTTGGAAGAAACTGAGTACCAACCACCAAAGGATGGAGGTGTTGTAGTAGTTATAGCTGGTTACACATTCTATACTAACAACCACGAACAGTTTTACCCCTTTGGTGATAGTAAAGTTGTCCAGAAATTGTACAACAAAGCTGGTGGCGATGTTAAAAATGTGACTTTTAGTGATACCGTGGATGTCAGAGAAGTTGATCCTGTTTTTCATGTAAAAATCACATACGAGTTTGATGATGACACCATTACTAATGTTTTGAAAACAGTTGTTGGTACCAGTGTTACAATAGAAGGTAATAACTGGGAGACTTTAGATGACACCCTGACAGAAAAGGTTGATGCTGTGTTTTCACAATTGCAACAAGCTGGGATTGAGCTACCATCATATTATATATATGATTGTGCTGGCGGTTTCGATGTTGGTTGCAATGATGGTATAATGATCTCACAGTATGATATTTGTTCTGACACACCCCTAGAAAATGTTGAAGAAGTTAGTGATGCTGATGTTACTAATGATGCACCAATTGCTGACAATGTGTCAGAGGTTTCAGATGAGCCTCAGATTGTTGAATGTGTCAGTGAAGATATTGAAGAAGTTGTTGATGATATTGTTTCTGATGTGGATGATGAAACCAGCACAGCAGATGACATCGTGTCACCATTCGCATTTCCGAATAGTATGATTAATGGCAAAGTTGTGCTTAAACAACATCAGAACAATTGCTGGCTTAACGCTGCGGGTTACCAATTACAGTGTTTGAAGGTGTTAGAAGATGACTCTTTCAAACAATACTGTGCAGGTGACGTTGCAACGTTTGTGCAGTTGATGTATGCTGTTACCAATAGAAATATTGGTGATCTTGGTGAAGCTGAGTATGTTTTAGAGCAACTTCTTGGTAGTGCTCAAACTGCTAAAGTGAAGTTGTCAGCTCTATGTAAATGTGGCACTATGGAAGAAGTCATTCCTGGTTGTGTTTTTAGAATGCACTGTACTAGTGCCACTTTTGACTATGGTGTTTGTGGTGTTTGTAAAGATGTTAAGAAGACAACCATAGTTGGAGTTGAAGGTACTGGTGTCTTTGTACATGACCCCGCTAATTACAAACCACTTGTTAAGCCTGTTTGTAAAGCAATTTTTAAAGGTTCGACAACAGGAGGTCACTATATGGTGCATGATGTCTTGGCAAAAGTGCTAGTTGATGGTTTTGGTTTGCACCCAGTTCAGAACTTGCCTTTTACATCTGTGTGTTTTGTTAATGCTAAATATGTAAAGGAAGGTTCTAAATGTGTACCTAAGGCAAGTGAAGATCCCTGGGCTAAAGCTGTTGATGTACAGGAAGTACAATCTTCTGTTGTTACAACAGCCAGCCAACAAGCATTTGATGATAAACCTACAACTGTTGAACAAATCCCAACCCCTAATCAGGTGGTAATTGAGGACAAACCTATAACTGTTGATCAATGTACTGTCCAAACATCAACCAAGGGTGTTGCAAAATCACAGCTCGAACCATTTTTCGTCACGGGTAACATTAAGTTTTACAGAGGTGATGTTAAGTCTCTTGTTGAAACCATCAAACCTAAAGTATTGGTTAATGCAGCTAACTCTCACCTACAGCACAAAGGTGGTGTTGCTAAAGCCATAGATGACTACACAAAAGGTGCTCTTACTAGGGAATCTGTTGAATACTTCAAACAGTACAAACCCATTCCCCCTGGTAACATTGTGGTCTTTAACGACGTTTGGAGTGGTCTTAACATAGCCAATGCCGTCGGACCGCGTGTGTCGGAAGAGCGTTGTGAGCAAAAATTGAGCTCTGTTTACCGCAAAATGACAAAAATTGATGGTCCTATTTTGACACCGCTTATTAGCTGTGGTATCTTTGGTGTGCCATTGGAACAATCACTACGTTCACTTCTTGCTGCCTTTAAGCAAAAACCAGTTTGTGTTTTTGTGTATACAGAAGTTGAGGAACGTAAAGTTTTAGATTATTTCAAGACACCTGTGACTGTTGTGGTAAAAGACTGTAACAAAGTCACAAAAACTACTATTGACGCTTCAGCTACTATTGGTGTTCAATTAGGTTCTAAGGTGGTTTTGAATGAACAGGACTGTTCTGATTGTGTACCAGATCTGTCAATGGCTCAAGCTACAATTACAAAAGTAGCTGATGTTGATTGGTATGGTCATTATGGCTTTGAGAATGCTGCTGTTTTTAGTGAGTCTGATCATTCAGTTTACAAGTTTGAGAGTGCCATTGTTAATGACAAAATTGTGTTTAAGCAGAGTGATAACAATTGCTGGGTTAATGCTTTGTGTTTGTTGTTGCAGGATTATAAACCTAGTTGGCGGTTCCCTGGTATGGAAGACCTTTGGTCTAAATTTGTTAGTGGTAACACAGATCCTTTTGTGCACTTGTTGTATTTTATCACTGGCGCTACTAAAGGTCAACCTAATGATGTGGAGCTTGCACTTCACAAATTAGAACCGTTACTGTGCTCTAATGGGTCTGT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AACCATTTAGTGAATGTGTAA
Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR014827
Viral_protease
IPR008740 Peptidase_C30
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR037204 NSP7_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR002589 Macro_dom
IPR036333 NSP10_sf
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR014829 NSP8
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1141 Identity=59.83%
Cov(Q)=13.88% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6673
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
381.600549999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00115
Total prob of N-in:
0.00041
outside
1 - 1818
TMhelix
1819 - 1841
inside
1842 - 1880
TMhelix
1881 - 1903
outside
1904 - 1961
TMhelix
1962 - 1984
inside
1985 - 1988
TMhelix
1989 - 2011
outside
2012 - 2014
TMhelix
2015 - 2037
inside
2038 - 2389
TMhelix
2390 - 2412
outside
2413 - 2654
TMhelix
2655 - 2677
inside
2678 - 2689
TMhelix
2690 - 2712
outside
2713 - 2736
TMhelix
2737 - 2759
inside
2760 - 3176
TMhelix
3177 - 3199
outside
3200 - 3203
TMhelix
3204 - 3226
inside
3227 - 3232
TMhelix
3233 - 3255
outside
3256 - 3274
TMhelix
3275 - 3297
inside
3298 - 3303
TMhelix
3304 - 3326
outside
3327 - 3335
TMhelix
3336 - 3358
inside
3359 - 3384
TMhelix
3385 - 3407
outside
3408 - 6673
