Strain
Porcine_MF167434
(Region: China; Strain: Porcine enteric alphacoronavirus GDS04, complete genome.; Date: 6-Mar-17)
Gene
orf1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTATCAACCAATTGACACTTGCAGTTGCAAGTGATCAGGAAATTTCAGCTCATGGCTATCCTACTATGTCTGATGCCGTTGAACATTTTAGTTCCTCCGCATCACACGGTTTTAAGGATTGCCGTTTTGTAGCCTTTGGGCTGCAGGACATTGTTATTGGAGTTGAACCCAGTGACTTTGTCGTGGCTTTGGAGGGTGACGAAATTCTCACTGCCTATATAGCCACTTTTGGAGCTAGACCTCGCTGTTTGCGCGGTTGGCTTATACCCTCTAATTCTAATTATGTTTTGGAGGAATTCCAAGTGATTTTTGGCAAGCGCGGCGGTAACGTTGTGTCTGTCGATAATTACATGTGCGGTGCTGATGGTAAACCGGCAGTTCCTAGCGAACAGTGGTCTTTTGTTGAGCACTTTGACGATGATACAGATGAGATCACCGTTAATGGTGTCACTTTTCGCCACGTATGGAATACCGTTCGCGCTGACGACCCTTATGAAAAACAGGGTCTTCTTTCTATTAAGTCTATAGAGTACATCTCCAATGTTCCTCACAAGTTGCCTAATGGTTCTGTCCTTGGTGTTGCCGGAACTCCTAAGAAGCGTAAGGCTATTGTGCTTGATGAAAAGTATAGTAAGCTTTATGATGCTTGTGGTGTTCCTTTTGTCACTAATGGCAAATCTATTTCAGAAGTTGTCCCTAAACCACTCTTTTTGCATGCTCTTGTTAAGTGCAAGTGCGATAATGAGTCTTGGACTGTTGGTGACTGGACTGGTTTTAAGACTACTTGTTGTGGTTCCACTGGTAAAGTTACGACTTTGGCAGTTGGCGATGTTACTCCGGGTGACATTGTCTTTACCACACTTGGTGCAGGTAAAGGCACTAAGTTCTTTTGTGGTCTTGTTCTCACCTTTGTTGACACACTTGAGGGTGTTTCCGCATGGCGTGTTGTTAAGGCCTATACAGTTGATAAGTTTGTTGCATCTTCTAACTTTGATGAACACAACCATGTTATGAGCTTGGATCAATGCTCATTTGACAACTTTAGTCCTATTAGCGTAGCACTGAAGTTCTCACTTTTGCGTGGTAATTGCTGTGACGACGTCAAGTTTGCTGTTGCAACTGGTGTGATTGACATTGGTCTTGGTGTCTTTGATGTTAATGATACTGTTTTTGAGAATGTACCATGGTTTGTTCAGAAGTTTGAGTTTTTGAAACCAGCATGGGATGCTCTAAAGCAGGCCATTATCAACCTTGGTGTAACATCTAAGGCTGTTTTGTCTTTTATTAAGTCACTGTGTAGTGCTGCATTCAGTGTTGTTGACGGCGTTCCAGTTATTGTCTGCACTGTTGCTGAGAGATTTTCTAAGGCTTTTACTGATTTTCTGAGTTACACCCGTGAATGCTTTACTGCCCTCTGTGATGACATCGTTGTGTTCGGTGTCAAGTGCAAAGCTGTTGGTGACTACATTATTTTTAATAATAGTGTCGTCAAAACTGTTAAAGCCAAAATAAAGGGTGTTAAAGAAGCTGGTCTTAAGACTATGACCTACACACAGTGTCTACTTGGATCTACCAAGCCTGTTAAGGTTAAGCGCGTTGAACGTAGTGTTGCACAGCTTAAAGTTGTTGACACTGCTGTACCATTAAAACAGGAAGGTGAATGTCTTGTTGTTGGTGGTCGTGCTATGTTTAGGTCTGATGGCTATTATAGGTTTATGGCTGATGCTGATGTTGTACTCGAGTCACCTGTTTTTACAGCTGGCTCTCAATACAATGTTGTGTTCGAAACTGATGCCCTATTCATAGCCCCAGAGATTAGCACTGTGTTTGAAGGTGACAACATTGACACTGTGGTTCAGACTGTTGCCAATAAAGTCCAAGCATTTAACAATAGATTCGTTGTTTACAACGCACATGTTGTTGATGGTGCTATTAATGTGTTTTGTGATTATAAGTTTACTTGTCCTGCTTTCTTGGATGGTTTTCCAGAGTGGTTTTCATTCTGTAAGAATCATTTTAAGGATGCCGGATTTGTTGAGTTTTATGACTGCATTATTAATAGTGACGGTACTTTTCAGACCACTTTTCAGCCTTATTTGGACCTTAAACCATCTGTTGATGCGTATTTAGGTCCTGAGATTGTACGAGCTGTTGATGGTGGTCGTCTGTGGCGTACTGTTATTAATGGCATTAGTGACGCTGTTAATTTTTGTAAGAATCTTAGGTTGCACTTCGATTTTGGTGAGCTTAAGGGTACTGTTGTTAAGCGTTTTAAGGGTATACTTAGGACGCTTCTTACAGTTTACAATGAGTTTATTCAAACTACTGTGTCTGTTCTTACTATCTGCGGCATTAGTGCCAAGTACTATGCTTTTGACAAGCCTATGCTTTGTATGCATGGTATTACAGAGCGTGTTACTAGTTTTGACATTACTAGTCTTGGAAAGCCTATTTTAGATGGTCTTTCTAGGTGTAATGTCTTTGCACGTGGTTCTACTGCAGTTGTAGTTGATTCTGTTGATCACGAACTTCTTGATCTTGAGGAGTGTGATTTTGTTGAACCTGCTAGTCATGGTGTGCTTGTCGTATCAGATGATTATGGCTTTTATTCTTGTGAAACTGGCATATATCCCTATGCTAGTGATGGCAAAGTTTTGCCATTGCGGTTTAGGAAAAAGGCTGGTGGTAAGAATGTTGCCTTTGATGACAATGTTACAGTTACTGAGATTGACCCTATTTTTAAGGTTAAACTGTCCTTTGAGTTTGAGGATGAAAAATTGATTGAACTTTGTAAGAAGGTTATTGGTAGCAAAGTTAAGTGTAGTTCCTGGTCCCAACTTGTTGAGATCATTGATACTGCTCTTACTGCAACTAAGTCATACTACAATGTTCCAGAATATTTTATCTATGATGAGGAAGGTGGTAATGACCTTAATTTGGATGTCATGATCTCTGAATGGCCTTTGCAGGTTGACGAGGTCAGTGAATTAGTTAGCACTGATGAGACAGTTGAAGAGCAAGCTGTTGAACAAGTAGAGCCAGTTGTTGAAGATGTAAGTGANATCATTGAGGTAAACAAGGCTTTTGCTATTGATGATTCACCAGAGAGAGCTATTAGTCCATTTGGTTTTGACACAAATGAGATTAATGGACGGCGTGTGCTTGTACAGTCTAACAACAACTGTTGGGTTAATGCTGCTTGTTATCAGTTACAAGTTCTAGGTTTTGACAGCCCAGCTATGGAACTTTATAGAGTTGGTGGCACACATAATCTTGTTAAGCAATGTTACGAGGCCACTGGTGCATTTTTAGGTTCTTTGGGTGATGTTGCACATTGTTTAGAGGTATTGCTTAAGGATGCTAAGACAGCCAAAGTTACTGTTGAAGTTACTTGTGATTGTTCATCTAACTTCGAAGAACTTAGCGGTGCTTTCTTTAGGTTTTTGCCTCTTAAGAGTAAGTTTGAATATGGTAGTTGCTTTGCTTGTCATGGCACTCGTTATTATCGTGTGTGTGGTATTGTTGGCTCTGCAATATTTTCACAGACTCTTAAGCCATTGGATTTCAATGACCTGATCTGTGATGTTGCTAGTGCTAGCGTCTTTCTTGGTGATGATTGTGGTCATTATTTAATTAATGACTACGACAAGAGACTATGTGTCGATGGTATGGGTGTTTACAAGATTAAGCATAACACCATTGACACAATAGTTGTTAAGGACGCCGATATTAAGCCTTCTACTGTGGCACCTTTTATCGAGTACTGTAATGTGAAGTTCTACCAGGGTGATTTTAAAGATCTTGCTGGTTTGTCTCATGACTTTGTAGTTAATGCAGCAAATTGCAACTTGGCCCACGGTGGTGGTGTAGCTAAGGCTATAGATCATCACACTGGTGGCAAGTTGCAAAAGCTTTCCACTTCTTTTGTTAAAAGGAACGGTAAGGTTGCAACTGGTGAGTGTGTTATGATTGATACTGGCAAGTTAAAAGTCCTTAATGCAGTTGGTCCCCGTAAGGGCAAGGATGCAGAGTCTTTATTAAATACTGTTTACACTAATATCTTTGCGCGTAAGGGTGTTCCCCTTATGCCTTTGATTAGTTGTGGTATTTTTGGCTTTGACATTAAAGACTCACTTAGGGCATTCTTGGATGCATGTGGTGATAGGCACGTTAAATGCTTTGTTTATTCTGACTCTGAAAGGGAGTCAGTTATGAAGTTCTTGACGACACCTTTTGAGGAACATGTTGCACCTAAAGAAATGCTTGAAACACCTGTGGTTGAAACAACAACTGATGTTGTTTCTCCATTTCACACTATTGGTTCTCATAAGTTTTATGATTGCAATAGTGTTGAGCCTATTTTAGGTCTAGGTGTTAAGAACATTGTTCTCTTCACAGACCAGGTGTTGTCTGTTAAAGATTTCGGTATTGTTGTTGATAAGTATCTCAATGGCTTGTTATCTGACATGTCCAACAAGTATGTTAATGATCATAAAGCTGTTCCTTTTGGTAACATTTTGTCACTTGATTGTGGTGCTTTTACTGTAGTGGATGCTGTGTCGCCTTTTGATGGTGCTAGCTTTGAGAAGCAGAGTGGTCGTACCATACGTAAATTGGCTAGATTGGATGGCAGCACATTATGTGTCTTACCTAATGCCATTGCATTATTTGACAAGCTCTTTGTGTTGGGTGACAATTTTTCATTTTTAGTGTTAGATAATGTTAGACCTTTGTTTGATAATTATCTTAAACCTAAAGATGTTAAAGTTAAGGTCACAGCGGATGGTCGCAATATCAATGATGTTATAGTCACAACTGCGGAAACGTTTGATGCGCAGTTGGGACCTTCTGCTAATGGTGCTGAATCACTTGTTGGTGTTGTTCCTACTCCAACGGATGGTGGTAAGGTTGTTAATACAGTACCTGATGTCAATTGGAGTAAGCACTTTGGTTTTTCTGATGCTGCTGCATTTGCCGTTCTTGACCATAGCAAGTT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Protein
MAINQLTLAVASDQEISAHGYPTMSDAVEHFSSSASHGFKDCRFVAFGLQDIVIGVEPSDFVVALEGDEILTAYIATFGARPRCLRGWLIPSNSNYVLEEFQVIFGKRGGNVVSVDNYMCGADGKPAVPSEQWSFVEHFDDDTDEITVNGVTFRHVWNTVRADDPYEKQGLLSIKSIEYISNVPHKLPNGSVLGVAGTPKKRKAIVLDEKYSKLYDACGVPFVTNGKSISEVVPKPLFLHALVKCKCDNESWTVGDWTGFKTTCCGSTGKVTTLAVGDVTPGDIVFTTLGAGKGTKFFCGLVLTFVDTLEGVSAWRVVKAYTVDKFVASSNFDEHNHVMSLDQCSFDNFSPISVALKFSLLRGNCCDDVKFAVATGVIDIGLGVFDVNDTVFENVPWFVQKFEFLKPAWDALKQAIINLGVTSKAVLSFIKSLCSAAFSVVDGVPVIVCTVAERFSKAFTDFLSYTRECFTALCDDIVVFGVKCKAVGDYIIFNNSVVKTVKAKIKGVKEAGLKTMTYTQCLLGSTKPVKVKRVERSVAQLKVVDTAVPLKQEGECLVVGGRAMFRSDGYYRFMADADVVLESPVFTAGSQYNVVFETDALFIAPEISTVFEGDNIDTVVQTVANKVQAFNNRFVVYNAHVVDGAINVFCDYKFTCPAFLDGFPEWFSFCKNHFKDAGFVEFYDCIINSDGTFQTTFQPYLDLKPSVDAYLGPEIVRAVDGGRLWRTVINGISDAVNFCKNLRLHFDFGELKGTVVKRFKGILRTLLTVYNEFIQTTVSVLTICGISAKYYAFDKPMLCMHGITERVTSFDITSLGKPILDGLSRCNVFARGSTAVVVDSVDHELLDLEECDFVEPASHGVLVVSDDYGFYSCETGIYPYASDGKVLPLRFRKKAGGKNVAFDDNVTVTEIDPIFKVKLSFEFEDEKLIELCKKVIGSKVKCSSWSQLVEIIDTALTATKSYYNVPEYFIYDEEGGNDLNLDVMISEWPLQVDEVSELVSTDETVEEQAVEQVEPVVEDVSXIIEVNKAFAIDDSPERAISPFGFDTNEINGRRVLVQSNNNCWVNAACYQLQVLGFDSPAMELYRVGGTHNLVKQCYEATGAFLGSLGDVAHCLEVLLKDAKTAKVTVEVTCDCSSNFEELSGAFFRFLPLKSKFEYGSCFACHGTRYYRVCGIVGSAIFSQTLKPLDFNDLICDVASASVFLGDDCGHYLINDYDKRLCVDGMGVYKIKHNTIDTIVVKDADIKPSTVAPFIEYCNVKFYQGDFKDLAGLSHDFVVNAANCNLAHGGGVAKAIDHHTGGKLQKLSTSFVKRNGKVATGECVMIDTGKLKVLNAVGPRKGKDAESLLNTVYTNIFARKGVPLMPLISCGIFGFDIKDSLRAFLDACGDRHVKCFVYSDSERESVMKFLTTPFEEHVAPKEMLETPVVETTTDVVSPFHTIGSHKFYDCNSVEPILGLGVKNIVLFTDQVLSVKDFGIVVDKYLNGLLSDMSNKYVNDHKAVPFGNILSLDCGAFTVVDAVSPFDGASFEKQSGRTIRKLARLDGSTLCVLPNAIALFDKLFVLGDNFSFLVLDNVRPLFDNYLKPKDVKVKVTADGRNINDVIVTTAETFDAQLGPSANGAESLVGVVPTPTDGGKVVNTVPDVNWSKHFGFSDAAAFAVLDHSKFAFDSEVVDGKRALADSDNNCWVNATCLALQFLKPTFKYVGWEDLWNKFVTGDVAGFVHLLYYIEGVDKGAKGDVESTLSKLDKYIVSSGSVTVERSTLCDRCNSTVKTVTGAIAEASVILNGHTDGHCPHNFEWRVQVIGVKGDIILLHSGSLLNGPYVYGDAYVAFSGNTDNGHYTVFDNKLSKMYDGIKCVKTTLDTLVASSVVIRNGSYAVKTEHVPLIKKLDDSAEKFFNVGDIVAHNIAYFFVWLLTTLSTLYRCWRGGNFKLLSSIPERSGIVLRRSFKYNFRALRSNVASKQKYCLMFAKLLLLLYTIYAMLFILVRFSFFNDYICGSTVRGYASSDFDKSKFCNGSLVCKTCLFGYQELSEFQHVGVVWSYVREPLFASVLPLCYFAVIAIFGGVVERFALCYFAAQFINNVLSFLKLQDSFWLVQLVPFDIFGDEILVMFLSYKAICFFKHVVFGCDKPSCVACCKSAKLKRIAMDTIVNGSRRSFYVNANGGAKLCKKHNFFCVACDSYGSGHTYINDHIANELHNVTKLHVKPTGPAFINIDRVEFSDGFYRIFSGDKFWKYNFDITDKKFSCKEVLKNCNILDDFIVFDNNGSNLSQVQNACVYLSQLLCKPIKIIDSTLLSSLNVDFNGALHKAFLDVLHNSFGKDFSSCKTMHDCKELLELDVSDDDFIKVVSDAHRFDVLITDTSFNNFCTSYAKPAEKLSSFDLAHCMRSGAKVVNHNVLIKEKMPIVWNCVDFAKLSVDARKYIVKTAKVKGVTFLLTVNNNVMETTLPCVSVLQKQGAGKLSSMWKNFWYACGAILALFVLLNCVGFTEYASSLPGYDFKYIEDGQLKPFANGLYCVRNTFDTFMDWHAQKFGFKPSNSDKCPIVVGASDSGRVVPGVASDVYLLGKTLIFTLKTVFGSAGHCYDVNGIADGDKCLFNSACTNLEGLGGTRTYCYKTGLIEGAMTYGDLQHDSYYRLSGDNYVRLPYVVVQGLGFRAVRTQATTYCRVGECVDSKAGMCFGADRWMVYSNDIGSDFICGSSLMDLLRNVLSVFNYNFSTMIMSGQVIFNCVLACVVVFGCYFVMKFRRVFGDMSLAVFTVCAAVVVNNLSYFISLNYVGMVVYSFLYFISTRGLKYCFIWDISYVVAYCLLAPWWLLTWYICAALIGLIPNLFKLKVSTTLFEGTKFVGTFDAASVGTFVIDARSYERLINSTSIEKIKQYASTFNKYKYYSGSANEADYRCACYAHLAKALIDFSTTRQDTLYTPPTVSINSTLQAGLKKMAQPSGLVEPCVVRVSYGNTVLNGVWLDDKVYCPRHVLASDTTVTIDYDAVYHSMRLHNFSISKGNVFLGVVGAVMQGANLVITVSQANVNTPSYSFRTLKAGECFNILACYDGTPAGVYGVNLRSTHTIKGSFVNGACGSPGFVMNGHKVEFVYMHQIELGNASHVGSDMFGNIYGGFEDQPSIQLEGVATLITENVIAFLYAALINGERWWCSNERCTIDSFNEWALGNGFTNLVSGDGFSMLAAKTGVDVCQLLSAIQRLATGLGGKTILGYASLTDEYTLSEVVRQMYGVNIQSTKTSSALKNLLLMGFFFLLFWSEFFMYSTILWINPGLITTFLGLFVMLSMLLASCIKHKMLFLQLFLLPSIIIAACYNFAWDMEVTRMLATQFDYHVSFLNMDIQGAINIIVCFIGISLHTYRFLDTQLRSYSTYILSMCTVLYTFYYGYDSLSLAIMLLGFGCREWYVGTAAFRLAQFIVPYCPGLISFVGDIKAVLVMYLVFGFVATVYFGLLYWLNRVLKLTLGCYDFKVSAAEFKYMVANGYTAPRGPFDSVLLSLRLLGVGGQKTIKVSTVQSKLTDLKCANVVLLGCLTNMNIAANSREWSYCVNLHNEINLTSDPEEALEKLLALVAFFLSKQQNFGVDDLIDSFFENRNVLQSVASAFANMPSFIAYEKARMNYEDAIANDAAPTVVKQLKKAMNTAKGEFDHEASVQKKIQRMADAAAAQMYKDARAVDRKSKVVSAMHSLLFGMLRKLDMSSINQLMELAKDGCIPMAIIPAAAATKLTVITPDLESFSKIRVDNNIYYAGAAWSITDVKDADGRVVILKEINADNKDALVWPLHVTCERVVKLQNNEIIPGKLKQRAVKAEGDGFSTDAKALYNTEGGHCFVYALIADKPDLKVVKWEYDGGCKTIELEPPLKFAVEAPTGVQIKYLYYVKNLNNLRRGATLGYIGATVRLQAGKQTELACNSSLLTLCAFAVDPAKAYVSAVKQGAKPVGNCVKMLANGSGSGQAVTNGVEANMNQDSYGGASVCIYCRAHVDHPAMDGACRFKGKYVQIPIGVNDPIRFCIENEVCKVCGCWLNNGCSCDRSSVQSTDQAYLNGQGALVQLD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR014828
NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR036499 NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=2e-134 Score= 423 Identity=65.78%
Cov(Q)=7.42% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4059
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
352.869499999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00102
Total prob of N-in:
0.00044
outside
1 - 1905
TMhelix
1906 - 1928
inside
1929 - 1967
TMhelix
1968 - 1990
outside
1991 - 2051
TMhelix
2052 - 2071
inside
2072 - 2472
TMhelix
2473 - 2495
outside
2496 - 2725
TMhelix
2726 - 2748
inside
2749 - 2773
TMhelix
2774 - 2796
outside
2797 - 2815
TMhelix
2816 - 2838
inside
2839 - 3254
TMhelix
3255 - 3277
outside
3278 - 3280
TMhelix
3281 - 3300
inside
3301 - 3304
TMhelix
3305 - 3327
outside
3328 - 3346
TMhelix
3347 - 3369
inside
3370 - 3375
TMhelix
3376 - 3393
outside
3394 - 3412
TMhelix
3413 - 3435
inside
3436 - 3439
TMhelix
3440 - 3462
outside
3463 - 4059
