Strain
Porcine_MF462814
(Region: China; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus strain CH/SXYL/2016, complete genome.; Date: 10-Sep-16)
Gene
ORF1a/b
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a/b
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCAAGTCACATTGGCTTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTTGTGTCCTTCGATCTCGCTGACACTGTTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAGAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTCACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGGAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAGTGGGAGTATACAGACTTTTTTGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGGATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGACGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATTAAGAAGACTGTTGTCTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAAGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTCCTATGTCTCCACTTGCTGTGGCTTTAAGTGTAAGCCAGTCCTTGTGGCTTCATGCTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACGCGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTATTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGGTTGGCATTCTGGCGAATTCTTAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGATCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCATTGCTACTAAGCTCAAGTTTGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGTGCGCTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAGCCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGTTGTCGTTAGAGGCCTTAACCTCCTGTCTGATGAGGTCGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTTATCGCCGAAGTGCCAGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTTTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAAACCTTTAACAAGGTTGGCTCCTATGTTCTTTTTGACAACGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGTTCGCGGCCCACGACAGGCAGGTGTTTGTGAAGTTCGTTACACAAGCCTTGTTATTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGACGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTTGTTGACGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACGTTGTCATTGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGAGCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTGCAAACTGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTTGTGAGAGGTGATAAGTGTTGTATCACTTGCACCTTACATTTCACAGCACCAAGTTATATGGAGGCTGCTGCTAATTTTGTAGACCTCTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATTATGGCCCATGAACAACAGGATCTTCAAGGGTTCGTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTATAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATCTGGCGCTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCATCTTAAAGTCAGCTTTGGACTAGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTCTTGGCAGAAATGTATAACACTTACCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCGGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGCGTTCTAGCAAGTGCCTTCCAGATTCCTGTCCAGGCAGGCGTTGAGAAGTTTAAAGTCTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGCGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTTGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTAATAGTGTTGTGCCTATCTGTTTTAAGAAGAAGGGTGGTGGTGATGTCAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAGAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCTCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGACGATGTTGTTGAGTATATCAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACATCGATGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGATCTGCTTGATGTTGAAGTTGTTACTGGTGCGCCAGTTGATTTCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGACCCTGATAAGGTGGCAGACGTGGCTAACTCTGAGCCTGAGGATGATGGTCTTAATGTAGCTCCTGAAACAAATGTAGAGTCTGAAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTAAAGATACACCTTCCACAGTTACTAAAGATCCTTTTGCTTTTGACTTTGCAAGCTATGGAGGACTTAAGGTTTTAAGACAATCTCATAACAACTGCTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAAGGCTATCTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTCCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGTCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACTAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACTATTTGTGTTAAAGACGTTAATTGGACAGCACCTTTTGTCCCAGACGTTGAGCCTGTATTGGAGCCTGTTGTCAAACCTTTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGATTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCACGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCGAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGATGCGCTTGTTGATACTACTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCATTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACCGGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCAGACATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGATGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTCGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTATTGCTTGCTGTTGGTGATGCCACGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGGTAGGTTTCGTATCCACACCTGATGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTTACTGAGGATACACGTAGTGTTAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACACCGTTGTCAC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Protein
MASNQVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSFDLADTVEGLLPEDYVMVVVGTTKLSAYVDTFGSRPRNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIKKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTSYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSIATKLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKVVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFIAEVPEKLAAAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKVRGPRQAGVCEVRYTSLVIGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADVVIEHPVYKSACELKPVFECDPIPDFPMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLHFTAPSYMEAAANFVDLCTKNIGTAGFHEFYIMAHEQQDLQGFVTTCCTMSGFECFMPIIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKHLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGGCFHSVKSVLASAFQIPVQAGVEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGNSVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVRTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHIDVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVVTGAPVDFEGDEVDSSDPDKVADVANSEPEDDGLNVAPETNVESEVEEVAATLSFIKDTPSTVTKDPFAFDFASYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTALSLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPFVPDVEPVLEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKDALVDTTPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAIKKSNKTVPAGNCVTFECADMISITMVVLPSDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLLLAVGDATLYSKLSHLSVVGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTVTYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPVVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVSAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVVGHYTVFDHDTGMVHDGDAFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGGPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNILGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVFRGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKESLKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKLPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAVFFALSFLDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFAAVAVCFLFTKFKRMFGDTSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYATLYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVICPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVGVTMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGSAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVVNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTGEVIRQMYGVNLQSGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWLNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPVSSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLANGCTCDRSIIQSTEYGLFKRVRGSSAARLEPCNGTDTQHVYRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFYVVKRCTKSAMEHEQSIYSRLEKCGAVAEHDFFTWKDGRAIYGNVCRKDLTEYTMMDLCYALRNFDENNCDVLKSILIKVGACEESYFNNKVWFDPVENEDIHRVYAVLGTIVSRAMLKCVKFCDAMVEQGIVGVVTLDNQDLNGDFYDFGDFTCSIKGMGIPICTSYYSYMMPVMGMTNCLASECFVKSDIFGEDFKSYDLLEYDFTEHKTALFNKYFKYWGLQYHPNCVDCSDEQCIVHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNNDLNLHSSRLSINELLQFCSDPALLIASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTNQTVKPGHFNKEFYDFLLEQGFFSEGSELTLKHFFFAQKGDAAVKDFDYYRYNRPTVLDICQARVVYQIVQRYFDIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLSYEEQDELYAYTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIDGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCSSTDRFFRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANVNKLLSVDSNVCHNLEVKQLQRKLYECCYRSTTVDDQFVVEYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNNDYASLGYVADLNAFKAVLYYQNNVFMSASKCWIEPDINKGPHEFCSQHTIQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYKKVFYVLLDWVKHLYKTLNAGVLESFSVTLLEDSTAKFWDESFYANMYEKSAVLQSAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVIGTTHKFILAITPYVCCASDCGVNDVTKLYLGGLSYWCHEHKPRLAFPLCSAGNVFGLYKNSATGSPDVEDFNRIATSDWTDVSDYRLANDVKDSLRLFAAETIKAKEESVKSSYACATLHEVVGPKELLLKWEVGRPKPPLNRNSVFTCYHITKNTKFQIGEFVFEKAEYDNDAVTYKTTATTKLVPGMVFVLTSHNVQPLRAPTIANQERYSTIHKLHPAFNIPEAYSSLVPYYQLIGKQKITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVFTACSHAAVDSLCVKASTAYSNDKCSRIIPQRARVECYDGFKSNNTSAQYLFSTVNALPECNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRISYRHVVYVGDPQQLPAPRVMISRGTLEPKDYNVVTQRMCALKPDVFLHKCYRCPAEIVRTVSEMVYENQFIPVHPDSKQCFKIFCKGNVQVDNGSSINRRQLDVVRMFLAKNPRWSKAVFISPYNSQNYVASRMLGLQIQTVDSSQGSEYDYVIYTQTSDTAHACNVNRFNVAITRAKKGILCIMCDRSLFDVLKFFELKLSDLQANEGCGLFKDCSRGDDLLPPSHANTFMSLADNFKTDQDLAVQIGVNGPIKYEHVISFMGFRFDINIPNHHTLFCTRDFAMRNVRGWLGFDVEGAHVVGSNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVRPEGCVVTESGDYIKPVRARAPPGEQFAHLLPLLKRGQPWDVVRKRIVQMCSDYLANLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGPSKSCDCGKVATCYNSALHTYCCFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYKGSLSLNHHEHCNVHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKNVDWSITYPFIGNEAVINKSGRIVQSHTMRSVLKLYNPKAIYDIGNPKGIRCAVTDAKWFCFDKNPTNSNVKTLEYDYITHGQFDGLCLFWNCNVDMYPEFSVVCRFDTRCRSPLNLEGCNGGSLYVNNHAFHTPAFDKRAFAKLKPMPFFFYDDTECDKLQDSINYVPLRASNCITKCNVGGAVCSKHCAMYHSYVNAYNTFTSAGFTIWVPTSFDTYNLWQTFSNNLQGLENIAFNVVKKGSFVGAEGELPVAVVNDKVLVRDGTVDTLVFTNKTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPITILRNLGVVCTSKCVIWDYEAERPLTTFTKDVCKYTDFEGDVCTLFDNSIVGSLERFSMTQNAVLMSLTAVKKLTGIKLTYGYLNGVPVNTHEDKPFTWYIYTRKNGKFEDYPDGYFTQGRTTADFSPRSDMEKDFLSMDMGLFINKYGLEDYGFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLSCMGVLKIDEFVSSNDSTLKSCTVTYADNPSSKMVCTYMDLLLDDFVSILKSLDLGVVSKVHEVMVDCKMWRWMLWCKDHKLQTFYPQLQASEWKCGYSMPSIYKIQRMCLEPCNLYNYGAGIKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHHMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPLDAIIVDNDSVDYVSDADYSVTGDCSTLYLSDKFDLVISDMYDGKIKSCDGENVSKEGFFPYINGVITEKLALGGTVAIKVTEFSWNKKLYELIQKFEYWTMFCTSVNTSSSEAFLIGVHYLGDFASGAVIDGNTMHANYIFWRNSTIMTMSYNSVLDLSKFNCKHKATVVINLKDSSISDVVLGLLKNGKLLVRNNDAICGFSNHLVNVNK
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027351
(+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
IPR009466 NSP11
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR036333 NSP10_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
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IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1164 Identity=59.40%
Cov(Q)=13.66% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0019082 P:viral protein processing
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6778
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
417.518319999994
Exp number, first 60 AAs:
0.01611
Total prob of N-in:
0.00106
outside
1 - 1959
TMhelix
1960 - 1979
inside
1980 - 2016
TMhelix
2017 - 2039
outside
2040 - 2099
TMhelix
2100 - 2122
inside
2123 - 2128
TMhelix
2129 - 2148
outside
2149 - 2151
TMhelix
2152 - 2174
inside
2175 - 2524
TMhelix
2525 - 2547
outside
2548 - 2619
TMhelix
2620 - 2642
inside
2643 - 2653
TMhelix
2654 - 2673
outside
2674 - 2749
TMhelix
2750 - 2772
inside
2773 - 2778
TMhelix
2779 - 2801
outside
2802 - 2826
TMhelix
2827 - 2849
inside
2850 - 2861
TMhelix
2862 - 2884
outside
2885 - 3328
TMhelix
3329 - 3351
inside
3352 - 3357
TMhelix
3358 - 3380
outside
3381 - 3394
TMhelix
3395 - 3417
inside
3418 - 3423
TMhelix
3424 - 3446
outside
3447 - 3455
TMhelix
3456 - 3478
inside
3479 - 3497
TMhelix
3498 - 3517
outside
3518 - 6778
