Strain
Avian_MG021194
(Region: Italy; Strain: Infectious bronchitis virus isolate gammaCoV/AvCov/Ck/Italy/624I/96, complete genome.; Date: 1996)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTTCCAAAGACATGCCCGAACAACTCTGTGACGCTTTATTCTTCTATACGTCACACAAACCTAAAGATTACGCTGATGCTTTCGCCGTTAGGCAGAAGTTTGACCGTAATCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGGGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTTCTAAAAGCCACTTCTAAGTTGGCAGATTTAGAAGACATCTTTGGTGTCTCTCCCCTTGCACGGAAGTACCGTGATCTGTTGAAAACAGCATGCCAGTGGTCTCTTACAGTAGATACACTGGACGCTTGTGCACAAACTCTTGATGAAATTTTTGACCCCACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTGGCTGCAAAAATTCAAGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGGCTTGCTGGAGAAGTAACTGCAAAAGTCATGGATGCTCTTGGCTCTAATTTGAGTGCTCTCTTTCAACTTGTTAAAGAACAAATGGCCAGAATTTTTCAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAAAATGTGAGTGACTTACCACAGCGTATTGCAGCACTTAAGATGGCCTTTGCTAAGTGTGCCAAGTCAATTACTGTTGTGGTTGTGGAAAGAACTCTAGTTGTTAGAGAGTTCGCAGGAACTTGTCTTGCAAGCATCAATGGTGCTGTTGCAAAATTCTTTGAAGAACTTCCAAATGGCTTTATGGGTTCTAAAATTTTCACAACATTGGCTTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGACTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTCCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTTTAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGCGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTTACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGCAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAACAGAAGATGTGTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTTAATTTCTGGAAACTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGACGAAGTTGTGAAGACTCATTTTTGTAAAGCTCAAATGTCAATTGTCATTCTAGCAGCAGTGCTTGGCGAAGGCATCTGGCATCTTGTTTCACAAGTCGTCTATAAAGTAGGTGGTCTTTTTACTAGAGTCGTTGACTTTTGTGCAAAACACTGGAAAGGTTTCTGTGCACAGCTTAAGAAAGCTAAGCTTGTTGTGACAGAGACTCTTTGTGTCCTGAAAGGAGTTGCACAGCATTGTTTTGAATTGTTGCTGAATGCATTCCATGCTCTATATATGAGTTTTAAGAAGTGTGCGCTTGGTAGAATCCATGGAGATTTACTCTTCTGGAAAGGAGGTGTGCACAAAACTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTCGACGCCATTGACAGTGTTGATGTTGCAGATCTGGGTGTTGTTCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGATGTGACACTTTCAGAAAATCAACCTGGACACATGGTTCAAATTCAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAAGGATGAGAACATTTACTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCTATTAATGTAGTTTGCAAGGCAGGCGGTAAAACTGTCACCTTCGGCGAAACTACTGTGCAGGAAATACCACCACCTGATGTCGTGCCTATTAAGGTTAGCATAGAGTGTTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAAACAGACCTCACAGTAGAACAATTGCTCTCTGTGATTTATGAGAAAATGTGTGACGACCTCAAGTTGTTTCCTGAGGCTCCTGAGCCTCCACCATTTGAGAATGTTGCACTTGTTGATAAGAACGGTAAAGATTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGATTACGAGAGCGATGGTGATATCGAGGAAGAAGATGCTGAAGAGTGTGACGCTGATTCGGTTGAAGAATGTGACACAGCTTCAGAGTGTGAAGAAGAGGATGAGAACACAAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGATCCGGCAAGTAACAAATACCCTCTTCCACTTGATGATGATTATAGCGTCTACAATGGATGTATTGTTCATAGAGACGCCCTTGATGTTGTTAATTTACCATCTGGTGATGAAACTTTTGTCATTAATAATTGTTTTGAAGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTTTAGGTGACTGGGGTGCGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACAGGAACCTACTCAAGTCATACTTGAAAAATCAGTTGAGGATTCTACTGGTGGTTGTGAGGCAATGGCTGAACGAGCTGTCGTTGAAGAACAGGAGGTAGTTTCTGTATTTGAAGAAAAGGCTGAGGTGATTGTTTGTACACCTGCAGACCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAATTTGATGAGTTTATTCTCATTTCTGATGTTCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGCAAGAGGAGCCACAAGTTGAGCAAGAGCCTATTCAAGTTGTTAAACCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTTAAAGTTAAACCAGCTACATGTGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTGTAGTAATTGCCAAAGCTTTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATCGTTAACGCTGCAAATGAGCATATGTCTCATGGTGGTGGCGTGGCGAAGGCAATTGCAGATTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGAATATTGTGATGACTATGTTAAGAAACATGGGCCACAGCAGAGACTTGTTACACCTTCGTTTGTCAAGGGCATTCAATGTGTGAACAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGACAGTAACTTGCGTGAGAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGCGTTGTCAATTATGTTGTGCCAGTCCTCTCCTCAGGGATTTTTGGTGTGGATTTTAAAATGTCAATAGACGCAATGCGTGAAGCCTTTGATGGTTGCGACATACGCGTGCTTCTATTCTCTCTGAGTCAAGAACACATTGGTTATTTCGATGCAACTTGTAAGCAGAAGACAGTTTATCTTACGGAAGATGGTGTGAAATACCGTTCTGTTGTGTTGAAACCTGGTGATTCGTTGAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCTAAAAATAAGGCAGTCTTTACAGCTGATGATGTTGAGGATAAAGAAATTCTCTTCGTTCCCACTACTGACGAGACTGTTCTTGATTATTATCATCTAGATGCGCAAAAGTATGTGATATATTTACAAACTCTTGCGCAGAAATGGAATGTCCAATATAGGGACAATTTTATTGTATTAGAGTGGCGTGATGGAAATTGCTGGGTTAGTTCAGCAATAGTTCTCCTTCAGGCTGCTAAGGTAAAGTTTAGAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAGTTCTTGGGTGGTGATCCCACTGATTTTGTGGCCTGGTGTTATGCAAGTTGCAATGCCAAAGTTGGTGATTTTTCAGATGCCAATTGGCTTTTGGCTAATCTGGCAGAATACTTTGATGCAGATTACACGAATGCACTTCTTAAGAAGCGCGTATCATGCAACTGCGGTGTTAAGAGTTATGAGCTTAGGGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAGGGCACCTAACCTTCTACATTTTAAGACACAATATTCAAATTGTCCAACTTGTGGCGCAAATAGTACGGATGAAGTAATAGAAGCTTCATTACCTTACTTATTGCTCTTTGCAACTGATGGTCCTGCTACAGTTGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGACTGTTGTCTTCATTGGCTCTACTAATAGTGGCCATTGTTATACACACGCCATAGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAAGATAGAAAATTTGGAAAGAAGTCGCCTTACATTACAGCAATGTATACACGCTTCTCTCTTAAGAGTGAAAATCCTTTGCCTGTTGTTAAGCAGAGCCAGGGTAAAATTAAAGTAGTAAAAGAAGATGTTTCTAATCTAGCAACAAGTTCAAAAGTCAGTTTTGATAATCTTACTGATTTTGAACAGTGGTATGATAGCAACATCTATGAAAGTCTTAAAGTGCAGGAAGTACCTGACACTTTTGATGGATATGTGTCATTTACAACAAAAGAGGATTCTAAGTTGCCACTGACACTTAAAGTTAGAGGTATTAAATCAGTTGTTGACTTTAGGTCGAAGGATGGTTTTACTTATAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAAGCACCAATTTACTATCCAGTCTTAGACGCTATTAGTCTTAAGGCGATATGGGTTGAAGGCAGTGCTAATTTTGTTGTAGGTCACCCTAATTATTATAGTAAGTCTCTTCACATTCCAACTTTTTGGGAAAACGCTGAGAGCTTTGTTAAAATAGGGGAAAAAGTTGATGGTGTAACTACTGGGCTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTGGAAAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCAATTGTTGG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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVSKDMPEQLCDALFFYTSHKPKDYADAFAVRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSKLADLEDIFGVSPLARKYRDLLKTACQWSLTVDTLDACAQTLDEIFDPTEILWLQVAAKIQVSAMAMRRLAGEVTAKVMDALGSNLSALFQLVKEQMARIFQKALAIFENVSDLPQRIAALKMAFAKCAKSITVVVVERTLVVREFAGTCLASINGAVAKFFEELPNGFMGSKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADIPVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSFSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYAKDAAVSFTLAKAATIADVLKLFQSARVQTEDVWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLDEVVKTHFCKAQMSIVILAAVLGEGIWHLVSQVVYKVGGLFTRVVDFCAKHWKGFCAQLKKAKLVVTETLCVLKGVAQHCFELLLNAFHALYMSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKTVQDGDEVWFDAIDSVDVADLGVVQEKPIDFEVCEDVTLSENQPGHMVQIQDDGKNYMFFRFKKDENIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGETTVQEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKNGKDLDCIKSCHLIYRDYESDGDIEEEDAEECDADSVEECDTASECEEEDENTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGCIVHRDALDVVNLPSGDETFVINNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGAAVDAQEQLCQQEPTQVILEKSVEDSTGGCEAMAERAVVEEQEVVSVFEEKAEVIVCTPADLEVVKETAEEFDEFILISDVPKEEVVSQEQEEPQVEQEPIQVVKPQREKKAKKFKVKPATCEKPKFLEYKTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVEYCDDYVKKHGPQQRLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDSNLREKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMREAFDGCDIRVLLFSLSQEHIGYFDATCKQKTVYLTEDGVKYRSVVLKPGDSLSQFGQVFAKNKAVFTADDVEDKEILFVPTTDETVLDYYHLDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYRDNFIVLEWRDGNCWVSSAIVLLQAAKVKFRGFLAEAWAKFLGGDPTDFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEYFDADYTNALLKKRVSCNCGVKSYELRGLEACIQPVRAPNLLHFKTQYSNCPTCGANSTDEVIEASLPYLLLFATDGPATVDCDENAVGTVVFIGSTNSGHCYTHAIGKAFDNLAKDRKFGKKSPYITAMYTRFSLKSENPLPVVKQSQGKIKVVKEDVSNLATSSKVSFDNLTDFEQWYDSNIYESLKVQEVPDTFDGYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIKSVVDFRSKDGFTYKLTPDTDENSKAPIYYPVLDAISLKAIWVEGSANFVVGHPNYYSKSLHIPTFWENAESFVKIGEKVDGVTTGLWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVVTTQCSKLIGKASAFIADKVGGGVVRNITDRIKGIFGITRGHFENKMSLQFLKTLMFFFFYFIKASAKSLVASYRSVLCKVVFATLLIVWFIYTSNPVMFTGTRVLDFLFEGSLCGPYNDYGKDSFDVLRYCGDDFTCRVCLHDKDSLHLYKHAYSVEQVYKDAVSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFVDWFIQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKLYIQVHHILYCKDITCEVCKRVARSNRHEVGVVVGGRKQIVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDVYGHQNTFMSPEVAGELSEKLKRHVKPTAHAYHVVDDACVVDDFVNLKYKAATPGKDSAPPAVKCFSVTDFLKKAVFLKDALKCEQISNDSFIVCNTQSAHSLEEAKNAAIYYAQYLCKPILILDQALYERLVVEPVSKDVVDKVCNILSNIISVDTAALNYKAGTIRDALLSVTKDEEAVDMAIFCHNHDVEYTGDGFTNVISSYGIDTGKLTPRDRGFLVNADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGSRFFITRSGAKQIFSCSTQKLLVEKKAGGVISGTVNWFKSCCKWLLIFYVLFTACCLGYYHMEMNKSFVHPMYDVSATMHVEGFKVIDKGVIREIVSDDNCFSNKFANFDTFWGKPYVNSRDCPIVTAVIDGAGTIAAGVPGFVDWVLDGVMFIHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDSDAPGALPFSSITPHRVYFQPNGVRLIVPQQIMHTPYVAKFLSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATIVFTIMLVWVVNAFILCVHSYNSVVAVILLVIYCYASLVTGRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPIWLACCYLAFVLYVYTPLFFWCYGTTKNSRKLYDGNEFVGNYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEHYLSAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVAPSSAVEKCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWVDVLNLANNYEFEVVTQNGVTLNVVSRRLRGAVLILQTAVANAETPTYKFIKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSPGFNIEKGVVNFYYMHHLELPNALHTGTDLMGEFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSTPKWLESTTVGVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQVGGVRLQSSIVRKATSWFWSRCVLACFLFVLCAIVLFTAVPLKYYVHAAVILLMAVLFVSFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCTEVPFIYNTLISQVVIFLSQWYDPVVFDTMVPWMLLPLLLYTAFKCVQGCYMNSFNTSLLMLYQFMKLGFVIYTSSNTLTAYTEGNWELFFELVHTTVLANVSSNSLIGLIVFKCAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVMVNGIGWLCTCYFGLYWWINKVFGLTLGKYNFKVSVDQYRYMCLHKIDPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLTDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCVDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVKCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGSGLTYCISGDNIAWPLKVNLTRNGHNRVDAALQNNELMPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLYCRAHIAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDALRQPKPSAQSAASVADFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 663 Identity=93.02%
Cov(Q)=9.06% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3951
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
389.399209999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00258
outside
1 - 1740
TMhelix
1741 - 1763
inside
1764 - 1843
TMhelix
1844 - 1866
outside
1867 - 1885
TMhelix
1886 - 1908
inside
1909 - 2280
TMhelix
2281 - 2299
outside
2300 - 2361
TMhelix
2362 - 2384
inside
2385 - 2557
TMhelix
2558 - 2580
outside
2581 - 2584
TMhelix
2585 - 2607
inside
2608 - 2613
TMhelix
2614 - 2631
outside
2632 - 2650
TMhelix
2651 - 2673
inside
2674 - 3095
TMhelix
3096 - 3118
outside
3119 - 3122
TMhelix
3123 - 3140
inside
3141 - 3152
TMhelix
3153 - 3175
outside
3176 - 3189
TMhelix
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inside
3213 - 3223
TMhelix
3224 - 3246
outside
3247 - 3255
TMhelix
3256 - 3278
inside
3279 - 3297
TMhelix
3298 - 3320
outside
3321 - 3951
