Strain
Human_NL63_MG428702
(Region: Kenya; Strain: Human coronavirus NL63 isolate Kilifi_HH_3807_11-May-2010, complete genome.; Date: 11-May-10)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Full name
Replicase polyprotein 1ab
Alternative Name
ORF1ab polyprotein
Sequence
CDS
ATGTTTTACAATCAAGTGACACTTGCTGTTGCAAGTGATTCGGAAATTTCAGGTTTTGGTTTTGCCATTCCTTCTGTAGCCGTTCGCACTTATAGCGAAGCCGCTGCACAAGGTTTTCAGGCATGCCGTTTTGTTGCTTTTGGCTTACAGGATTGTGTAACCGGTATTAATGATGATGATTATGTCATTGCATTGACTGGTACTAATCAACTCTGTGCCAAAATTTTACCTTTTTCTGATAGACCCCTTAATTTGCGAGGTTGGCTCATTTTTTCTAACAGCAATTATGTTCTTCAGGACTTTGATGTTGTTTTTGGCCATGGTGCAGGAAGTGTGGTTTTTGTGGATAAGTATATGTGTGGTTTTGATGGTAAACCTGTGTTACCTAAAAACATGTGGGAATTTAGGGATTACTTTGATAATAATACTGATAGTATTGTTATTGATGGTGTCACTTATCAACTAGCATGGGATGTTATACGTAAAGACCTTTCTTATGAACAGCAAAATGTTTTAGCCATTGAGAGCATTCATTACCTTGGTACTACAGGTCATACTTTGAAGTCCGGTTGCAAACTTATTAATGCCAAGCCGCCTAAATATTCTTCTAAGGTTGTTTTGAGTGGTGAATGGAATGCTGTGTATAGGGCATTTGGTTCACCATTTATTACAAATGGTATGTCATTGCTAGATATAATTGTTAAACCAGTTTTCTTTAATGCTTTTGTTAAATGCAATTGTGGTTCTGAGAGTTGGAGTGTTGGTGCATGGGATGGTTACTTATCTTCTTGTTGTGGCACACCTGCTAAGAAACTTTGTGTTGTTCCTGGTAATGTTGTTCCTGGTGATGTGATCATCACCTCAACTGGTGCTGGTTGTGGTGTTAAATACTATGCTGGCTTAGTTGTTAAACATATTACTAACATTACTGGTGTGTCTTTATGGCGTGTTACAGCTGTTCATTCTGATGGAATGTTTGTGGCATCATCTTCTTATGATGCACTCTTGCATAGAAATTCATTAGACCCTTTTTGCTTTGATGTTAACACTTTACTTTCTAATCAATTACGTCTAGCTTTTCTTGGTACTTCTGTTACAGAAGATGTTAAATTTGCTGCTAGCACTGGTGTTATTGACATTAGTGCTGGTATGTTTGGTCTTTATGATGACATATTGACAAACAACAAACCTTGGTTTGTACGCAAAGCTTCTGGGCTTTTTGATGCAATCTGGGATGCTTTTGTTGCCGCTATTAAGCTTGTACCAACTACTACTGGTGTTTTGGTTAGGTTTGTTAAGTCTATTGCTTCAACTGTTTTAACTGTCTCTAATGGTGTTATTATTATGTGTGCAGATGTTCCAGATGCTTTTCAATCAGTTTATCGCACATTTACACAAGCTATTTGTGCTGCATTTGATTTTTCTTTAGATGTATTTAAAATTGGTGATGTTAAATTTAAACGACTTGGTGATTATGTTCTTACTGAAAATGCTCTTGTTCGTTTGACTACTGAAGTTGTTCGTGGTGTTCGTGATGCTCGCATAAAGAAAGCCATGTTTACTAAAGTAGTTGTAGGTCCTACAACTGAAGTTAAGTCTTCTGTTATTGAACTAGCCACTGTTAATTTGCGTCTTGTTGATTGTGCACCTGTAGTTTGCCCTAAAGGTAAGATTGTTGTTATTGCTGGACAAGCTTTTTTCTATAGTGGTGGTTTTTATCGTTTTATGGTTGATCCTACAACTGTATTAAATGATCCTGTTTTTACTGGTAATTTATTTTACACTATTAAGTTTAGTGGTTTTAAGCTTGATGGTTTTAACCATCAGTTTGTTACTGCTAGTTCTGCTACAGATGCCATTATTGCTGTTGAGCTGTTGTTATTGGATTTTAAAACTGCGGTTTTTGTGTACACATGTGTGGTTGATGGTTGTAGTGTCATTGTTAGACGTGATGCTACATTCGCCACACATGTGTGTTTTAAGGACTGTTATAATATTTGGGAGCAATTCTGCATTGATAATTGTGGTGAGCCATGGTTTTTGACTGATTATAATGCTATCTTGCAGAGTAATAACCCTCAATGTGCTATTGTTCAAGCATCGGAGTCTAAAGTTTTGCTTGAGAGGTTTTTACCTAAATGTCCTGAAATACTGTTGAGTATTGATGATGGCCGTTTATGGAATCTTTTTGTTGAAAAGTTTAATTTTGTTACAGATTGGTTAAAAACTCTTAAGCTTACACTTACTTCTAATGGTCTTTTAGGTAATTGTGCCAAACGTTTTAGACGTGTTTTGGTAAAATTGCTTGATGTCTATAATGGTTTTCTTGAAACTGTCTGTAGTGTCGCACACACTGCTGGTGTTTGCATCAAATATTATGCTGTTAATGTTCCATATGTAGTTATTAGTGGTTTTGTAAGTCGTGTAATTCGTAGAGAAAGGTGTGACATGACTTTTCCTTGTGTTAGTTGTGTCACTTTTTTCTATGAATTTTTAGACACTTGTTTTGGTGTTAGTAAACCTAATGCCATTGATGTTGAACATTTAGAGCTTAAAGAAACTGTTTTTGTTGAACCTAAGGATGGTGGTCAATTTTTTGTTTCTGATGATTATCTTTGGTATGTTGTAGATGACATTTATTATCCAGCTTCATGTAATGGTGTATTGCCAGTTGCTTTTACAAAATTGGCAGGTGGTAAAATATCTTTTTCTGATGATGTTATAGTCCATGATGTTGAACCTACCCATAAAGTCAAGCTCATATTTGAGTTTGAAGATGATGTTATTACCAGTCTTTGTAAGAAGAGTTTTGGTAAGTCTATTATTTATACAGGTGATTGGGAAGGTTTACATGAAGTTCTTACATCTGCAATGAATGTCATTGGGCAACATATTAAGTTGCCACAATTTTATATTTATGATGAAGAGGGTGGTTATGATGTTTCTAAACCAGTTATGATTTCACAATGGCCTATTAGTGATGATAGTGGTGATTGTGTTGTTGAAGCGAGCACTGATTTTCATCAATTAGAATTTGTTAGAGAAGAGGTTGATATAATTGAACAACCTTTTGGGGAAGTTGAATATTCACTCCCAATTAAACAACCTTTTTCTTTTTCTTTTAGAGATGAATTGGGTGTTCGTGTTTTAGATCAATCTGATAATAATTGTTGGATTAGTACCACACTTATACAGTTGCAACTTACAAAACTTTTGGATGATTCTATTGAGATGCAATTGTTTAAAGTTGGTAAAGTTGATTCAATTGTTCAAAAGTGTTATGAGTTGTCTCATTTAATTAGTGGTTCACTTGGTGATAGTGGTAAACTTCTTAGTGAACTTCTTAAAGATAAATATACATGTTCTATAACTTTTGAGATGTCTTGTGATTGTGGTAAAAAGTTTGATGAGCAAGTTGGTTGTTTGTTTTGGATTATGCCTTACACAAAACTTTTTCAAAAAGGTGAGTGTTGTATTTGTCATAAAATGCAGACTTATAAGCTTGTTAGTATGAAAGGTACTGGTGTGTTTGTACAGGATCCAGCACCTATTGACATTGATGCTTTCCCTGTGAGACCTATATGTTCATCTGTATATTTAGGTGTTAAGGGTTCTGGTCATTATCAAACAAATTTATACAGTTTTGACAAAGCTATTGATGGTTTTGGTGTCTTTGACATTAAAAATAGTAGTGTTAATACTGTTTGTTTTGTTGATGTTGATTTTCATAGTGTAAAACCTTTTGCTGTATATAAAAATGTTAAATTTTATTTAGGTGATATTTCACACCTTGTAAACTGTGTTTCTTTTGACTTTGTTGTCAATGCTGCTAATGAAAATCTCATTCATGGAGGCGGTGTTGCACGTGCTATTGATATTTTGACTGAAGGTCAACTTCAGTCATTATCTAAAGATTACATTAGTAGTAATGGTCCACTTAAGGTTGGAGCAGGTGTTATGCTGGAGTGTGAAAAATTCAACGTATTTAATGTTGTTGGTCCGCGAACTGGTAAACATGAGCATTCATTACTTGTTGAAGCTTATAATTCCATTTTATTTGAAAATGGTATTCCACTTATGCCTCTTCTTAGTTGTGGTATTTTTGGTGTAAGGATTGAAAATTCTCTTAAAGCTTTGTTTAGTTGTGACATTAATAAACCATTGCAAGTTTTTGTTTATTCTTCAAATGAAGAACAAGCTGTTCTTAAGTTTTTAGATGGTTTAGATTTAACACCAGTCATTGATGATGTTGATGTTGTTAAACCTTTTAGAGTTGAAGGTAATTTTTCATTCTTTGATTGTGGTGTTAATGCCTTGGATGGTGATATTTACTTATTATTTACTAACTCTATTTTAATGTTGGATAAACAAGGACAATTATTGGACACAAAACTTAATGGTATTTTGCAACAGGCAGCTCTTGATTATCTTGCTACAGTTAAAACTGTACCAGCTGGTAATTTGGTTAAACTTGTTGTTGAGAGTTGTACCATTTATATGTGTGTTGTACCATCGATAAATGATCTTTCTTTTGATAAAAATCTTGGTCGTTGTGTGCGTAAACTTAATAGATTGAAAACTTGTGTTATTGCCAATGTTCCTGCTATTGATGTTTTGAAAAAGCTTCTTTCAAGTTTGACTTTAACTGTTAAATTTGTTGTAGAGAGTAATGTTATGGATGTTAACGACTGTTTTAAGAATGATAATGTAGTTTTGAAAATTACTGAAGATGGTATTAATGTTAAAGATGTTGTTGTTGAGTCTTCTAAGTCACTTGGTAAACAATTGGGTGTTGTGAGTGATGGTGTTGACTCTTTTGAAGGTGTCTTACCTATTAATACTGACACTGTCTTATCTGTAGCTCCAGAAGTTGACTGGGTTGCTTTTTACGGTTTTGAAAAGGCAGCACTTTTTGCTTCTTTGAATGTAAAGCCATATGGTTACCCTAATGATTTTGTTGGTGGTTTTAGAGTTCTTAGGACCACCGACAATAATTGTTG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Protein
MFYNQVTLAVASDSEISGFGFAIPSVAVRTYSEAAAQGFQACRFVAFGLQDCVTGINDDDYVIALTGTNQLCAKILPFSDRPLNLRGWLIFSNSNYVLQDFDVVFGHGAGSVVFVDKYMCGFDGKPVLPKNMWEFRDYFDNNTDSIVIDGVTYQLAWDVIRKDLSYEQQNVLAIESIHYLGTTGHTLKSGCKLINAKPPKYSSKVVLSGEWNAVYRAFGSPFITNGMSLLDIIVKPVFFNAFVKCNCGSESWSVGAWDGYLSSCCGTPAKKLCVVPGNVVPGDVIITSTGAGCGVKYYAGLVVKHITNITGVSLWRVTAVHSDGMFVASSSYDALLHRNSLDPFCFDVNTLLSNQLRLAFLGTSVTEDVKFAASTGVIDISAGMFGLYDDILTNNKPWFVRKASGLFDAIWDAFVAAIKLVPTTTGVLVRFVKSIASTVLTVSNGVIIMCADVPDAFQSVYRTFTQAICAAFDFSLDVFKIGDVKFKRLGDYVLTENALVRLTTEVVRGVRDARIKKAMFTKVVVGPTTEVKSSVIELATVNLRLVDCAPVVCPKGKIVVIAGQAFFYSGGFYRFMVDPTTVLNDPVFTGNLFYTIKFSGFKLDGFNHQFVTASSATDAIIAVELLLLDFKTAVFVYTCVVDGCSVIVRRDATFATHVCFKDCYNIWEQFCIDNCGEPWFLTDYNAILQSNNPQCAIVQASESKVLLERFLPKCPEILLSIDDGRLWNLFVEKFNFVTDWLKTLKLTLTSNGLLGNCAKRFRRVLVKLLDVYNGFLETVCSVAHTAGVCIKYYAVNVPYVVISGFVSRVIRRERCDMTFPCVSCVTFFYEFLDTCFGVSKPNAIDVEHLELKETVFVEPKDGGQFFVSDDYLWYVVDDIYYPASCNGVLPVAFTKLAGGKISFSDDVIVHDVEPTHKVKLIFEFEDDVITSLCKKSFGKSIIYTGDWEGLHEVLTSAMNVIGQHIKLPQFYIYDEEGGYDVSKPVMISQWPISDDSGDCVVEASTDFHQLEFVREEVDIIEQPFGEVEYSLPIKQPFSFSFRDELGVRVLDQSDNNCWISTTLIQLQLTKLLDDSIEMQLFKVGKVDSIVQKCYELSHLISGSLGDSGKLLSELLKDKYTCSITFEMSCDCGKKFDEQVGCLFWIMPYTKLFQKGECCICHKMQTYKLVSMKGTGVFVQDPAPIDIDAFPVRPICSSVYLGVKGSGHYQTNLYSFDKAIDGFGVFDIKNSSVNTVCFVDVDFHSVKPFAVYKNVKFYLGDISHLVNCVSFDFVVNAANENLIHGGGVARAIDILTEGQLQSLSKDYISSNGPLKVGAGVMLECEKFNVFNVVGPRTGKHEHSLLVEAYNSILFENGIPLMPLLSCGIFGVRIENSLKALFSCDINKPLQVFVYSSNEEQAVLKFLDGLDLTPVIDDVDVVKPFRVEGNFSFFDCGVNALDGDIYLLFTNSILMLDKQGQLLDTKLNGILQQAALDYLATVKTVPAGNLVKLVVESCTIYMCVVPSINDLSFDKNLGRCVRKLNRLKTCVIANVPAIDVLKKLLSSLTLTVKFVVESNVMDVNDCFKNDNVVLKITEDGINVKDVVVESSKSLGKQLGVVSDGVDSFEGVLPINTDTVLSVAPEVDWVAFYGFEKAALFASLNVKPYGYPNDFVGGFRVLRTTDNNCWVNATCIILQYLKPTFKSKGLNVLWNKFVTGDVGPFVSFIYFITMSSKGQKGDAEEALSKLSEYLISDSIVTLEQYSTCDICKSTVVEVKSAIVCASVLKDGCDVGFCPHRHKLRSRVKFVNGRVVITNVGEPIISQPSKLLNGIAYTTFSGSFDNGHYVVYDAANNAVYDGARLFASDLSTLAVTAIVVVGGCVTSNVPPIVSEKISVMDKLDTGAQKFFQFGDFVMNNIVLFLTWLLSMFSLLRTSIMKHDIKVIAKAPKRTGVILTRSFKYNIRSALFVIKQKWCVIVTLFKFLLLLYAIYALVFMIVQFSPFNSLLCGDIVSGYEKSTFNKDIYCGNSMVCKMCLFSYQEFNDLDHTSLVWKHIRDPILISLQPFVILVILLIFGNMYLRFGLLYFVAQFISTFGSFLGFHQKQWFLHFVPFDVLCNEFLATFIVCKIVLFVRHIIVGCNNADCVACSKSARLKRVPLQTIINGMHKSFYVNANGGTCFCNKHNFFCVNCDSFGPGNTFINGDIARELGNVVKTAVQPTAPAYVIIDKVDFVNGFYRLYSGDTFWRYDFDITESKYSCKEVLKNCNVLENFIVYNNSGSNITQIKNACVYFSQLLCEPIKLVNSELLSTLSVDFNGVLHKAYVDVLCNSFFKELTANMSMAECKATLGLTVSDDDFVSAVANAHRYDVLLSDLSFNNFFISYAKPEDKLSVYDIACCMRASSKVVNHNVLIKESIPIVWGVKDFNTLSQEGKKYLVKTTKAKGLTFLLTFNDNQAITQVPATSIVAKQGAGFKRTYNFLWYVCLFVVALFIGVSFIDYTTTVTSFHGYDFKYIENGQLKVFEAPLHCVRNVFDNFNQWHEAKFGVVTTNSDKCPIVVGVSERINVVPGVPTNVYLVGKTLVFTLQAAFGNTGVCYDFDGVTTSDKCIFNSACTRLEGLGGDNVYCYNTDLIEGSKPYSTLQPNAYYKYDVKNYVRFPEILARGFGLRTIRTLATRYCRVGECRDSRKGVCFGFDKWYVNDGRVDDGYICGDGLIDLLVNVLSIFSSSFSVVAMSGHMLFNFLFAAFITFLCFLVTKFKRVFGDLSYGVFTVVCATLINNISYVVTQNLFFMLLYAILYFVFTRTVRYAWIWHIAYIVAYFLLIPWWLLTWFSFAAFLELLPNVFKLKISTQLFEGDKFIGTFESAAAGTFVLDMRSYERLINTISPEKLKNYAASYNKYKYYSGSASEADYRCACYAHLAKAMLDYAKDHNDMLYSPPTISYNSTLQSGLKKMAQPSGCVERCVVRVCYGSTVLNGVWLGDTVTCPRHVIAPSTTVLIDYDHAYSTMRLHNFSVSHNGVFLGVVGVTMHGSVLRIKVSQSNVHTPKHVFKTLKPGDSFNILACYEGIASGVFGVNLRTNFTIKGSFINGACGSPGYNVRNDGTVEFCYLHQIELGSGAHVGSDFTGSVYGNFDDQPSLQVESANLMLSDNVVAFLYAALLNGCRWWLRSTRVNVDGFNEWAMANGYTSVSSVECYSILAAKTGVSVEQLLASIQHLHEGFGGKNILGYSSLCDEFTLAEVVKQMYGVNLQSGKVIFGLKTMFLFSVFFTMFWAELFIYTNTIWINPVILTPIFCLLLFLSLVLTMFLKHKFLFLQVFLLPTVIATALYNCVLDYYIVKFLADHFNYNVSVLQMDVQGLVNVLVCLFVVFLHTWRFSKERFTHWFTYVCSLIAVAYTYFYSGDFLSLLVMFLCAISSDWYIGAIVFRLSRLIVIFSPESVFSVFGDVKLTLVVYLICGYLVCTYWGILYWFNRFFKCTMGVYDFKVSAAEFKYMVANGLHAPHGPFDALWLSFKLLGIGGDRCIKISTVQSKLTDLKCTNVVLLGCLSSMNIAANSSEWAYCVDLHNKINLCDDPEKAQGMLLALLAFFLSKHSDFGLDGLIDSYFDNSSTLQSVASSFVSMPSYIAYENARQAYEDAIANGSSSQLIKQLKRAMNIAKSEFDHEISVQKKINRMAEQAATQMYKEARSVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVETVLNLARDGVVPLSVIPATSASKLTIVSPDLESYSKIVCDGSVHYAGVVWTLNDVKDNDGRPVHVKEITKENVETLTWPLILNCERVVKLQNNEIMPGKLKQKPMKAEGDGGVLGDGNALYNTEGGKTFMYAYISNKADLKFVKWEYEGGCNTIELDSPCRFMVETPNGPQVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATIRLQAGKQTELAVNSGLLTACAFSVDPATTYLEAVKHGAKPVSNCIKMLSNGAGNGQAITTSVDANTNQDSYGGASICLYCRAHVPHPSMDGYCKFKGKCVQVPIGCLDPIRFCLENNVCNVCGCWLGHGCACDRTTIQSVDISYLNRARGSSAARLEPCNGTDIDKCVRAFDIYNKNVSFLGKCLKMNCVRFKNADLKDGYFVIKRCTKSVMEHEQSMYNLLNFSGALAEHDFFTWKDGRVIYGNVSRHNLTKYTMMDLVYAMRNFDEQNCDVLKEVLVLTGCCDNSYFDSKSWYDPVENEDIHRVYASLGKIVARAMLKCVALCDAMVAKGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVVSLPNMGVPCCTSYYSYMMPIMGLTNCLASECFVKSDIFGSDFKTFDLLKYDFTEHKENLFNKYFKHWSFDYHPNCSDCYDDMCVIHCANFNTLFATTIPGTAFGPLCRKVFIDGVPLVTTAGYHFKQLGLVWNKDVNTHSVRLTITELLQFVTDPSLIIASSPALVDQRTICFSVAALSTGLTNQVVKPGHFNEEFYNFLRLRGFFDEGSELTLKHFFFAQNGDAAVKDFDFYRYNKPTILDICQARVTYKIVSRYFDIYEGGCIKACEVVVTNLNKSAGWPLNKFGKASLYYESISYEEQDALFALTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNATVVIGTTKFYGGWNNMLRTLIDGVENPMLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMVLGSKHVNCCTATDRFYRLGNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDASTAYANSIFNIFQAVSSNINRLLSVPSDSCNNVNVRDLQRRLYDNCYRLTSVEESFIDDYYGYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYAELGYIADISAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEEDLTKGPHEFCSQHTMQIVDKDGTYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVVLLERYVSLAIDAYPLSKHPNSEYRKVFYVLLDWVKHLNKNLNEGVLESFSVTLLDNQEDKFWCEDFYASMYENSTILQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRKPMLCTKCAYDHVFGTDHKFILAITPYVCNASGCGVSDVKKLYLGGLNYYCTNHKPQLSFPLCSAGNIFGLYKNSATGSLDVEVFNRLATSDWTDVRDYKLANDVKDTLRLFAAETIKAKEESVKSSYAFATLKEVVGPKELLLSWESGKVKPPLNRNSVFTCFQISKDSKFQIGEFIFEKVEYGSDTVTYKSTVTTKLVPGMIFVLTSHNVQPLRAPTIANQEKYSSIYKLHPAFNVSDAYANLVPYYQLIGKQKITTIQGPPGSGKSHCSIGLGLYYPGARIVFVACAHAAVDSLCAKAMTVYSIDKCTRIIPARARVECYSGFKPNNTSAQYIFSTVNALPECNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRVMITKGVMEPVDYNVVTQRMCAIGPDVFLHKCYRCPAEIVNTVSELVYENKFVPVKPASKQCFKVFFKGNVQVDNGSSINRKQLEIVKLFLVKNPSWSKAVFISPYNSQNYVASRFLGLQIQTVDSSQGSEYDYVIYAQTSDTAHACNVNRFNVAITRAKKGIFCVMCDKTLFDSLKFFEIKHADLHSSQVCGLFKNCTRTPLNLPPTHAHTFLSLSDQFKTTGDLAVQIGSNNVCTYEHVISFMGFRFDISIPGSHSLFCTRDFAIRNVRGWLGMDVESAHVCGDNIGTNVPLQVGFSNGVNFVVQTEGCVSTNFGDVIKPVCAKSPPGEQFRHLVPLLRKGQPWLIVRRRIVQMISDYLSNLSDILVFVLWAGSLELTTMRYFVKIGPIKYCYCGNFATCYNSVSNEYCCFKHALGCDYVYNPYAFDIQQWGYVGSLSQNHHTFCNIHRNEHDASGDAVMTRCLAVHDCFVKNVDWTVTYPFIANEKFINGCGRNVQGHVVRAALKLYKPSVIHDIGNPKGVRCAVTDAKWYCYDKQPVNSNVKLLDYDYATHGQLDGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSVFNLEGVNGGSLYVNKHAFHTPAYDKRAFVKLKPMPFFYFDDSDCDVVQEQVNYVPLRASSCVTRCNIGGAVCSKHANLYQKYVEAYNTFTQAGFNIWVPHSFDVYNLWQIFIETNLQSLENIAFNVVKKGCFTGVDGELPVAVVNDKVFVRYGDVDNLVFTNKTTLPTNVAFELFAKRKMGLTPPLSILKNLGVVATYKFVLWDYEAERPFTSYTKSVCKYTDFNEDVCVCFDNSIQGSYERFTLTTNAVLFSTVVIKNLTPIKLNFGMLNGMPVSSIKGDKGVEKLVNWYIYVRKNGQFQDHYDGFYTQGRNLSDFTPRSDMEYDFLNMDMGVFINKYGLEDFNFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQFRLSKMGVLKADDFVTASDTTLRCCTVTYLNELSSKVVCTYMDLLLDDFVTILKSLDLGVISKVHEVIIDNKPYRWMLWCKDNHLSTFYPQLQSAEWKCGYAMPQIYKLQRMCLEPCNLYNYGAGIKLPSGIMLNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHNMRVLHYGAGSDKGVAPGTTVLKRWLPPDAIIIDNDINDYVSDADFSITGDCATVYLEDKFDLLISDMYDGRIKFCDGENVSKDGFFTYLNGVIREKLAIGGSVAIKITEYSWNKYLYELIQRFAFWTLFCTSVNTSSSEAFLIGINYLGDFIQGPFIAGNTVHANYIFWRNSTIMSLSYNSVLDLSKFECKHKATVVVTLKDSDVNDMVLSLIKSGRLLLRNNGRFGGFSNHLVSTK
Summary
Function
The replicase polyprotein of coronaviruses is a multifunctional protein: it contains the activities necessary for the transcription of negative stranded RNA, leader RNA, subgenomic mRNAs and progeny virion RNA as well as proteinases responsible for the cleavage of the polyprotein into functional products.
The papain-like proteinase 1 (PLP1) and papain-like proteinase 2 (PLP2) are responsible for the cleavages located at the N-terminus of the replicase polyprotein. In addition, PLP2 possesses a deubiquitinating/deISGylating activity and processes both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains from cellular substrates. PLP2 also antagonizes innate immune induction of type I interferon by blocking the nuclear translocation of host IRF-3 (By similarity).
The main proteinase 3CL-PRO is responsible for the majority of cleavages as it cleaves the C-terminus of replicase polyprotein at 11 sites. Recognizes substrates containing the core sequence [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Inhibited by the substrate-analog Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK. Also contains an ADP-ribose-1''-phosphate (ADRP)-binding function (By similarity).
The helicase which contains a zinc finger structure displays RNA and DNA duplex-unwinding activities with 5' to 3' polarity. Its ATPase activity is strongly stimulated by poly(U), poly(dT), poly(C), poly(dA), but not by poly(G).
The exoribonuclease acts on both ssRNA and dsRNA in a 3' to 5' direction.
Nsp7-nsp8 hexadecamer may possibly confer processivity to the polymerase, maybe by binding to dsRNA or by producing primers utilized by the latter.
Nsp9 is a ssRNA-binding protein.
NendoU is a Mn(2+)-dependent, uridylate-specific enzyme, which leaves 2'-3'-cyclic phosphates 5' to the cleaved bond.
The papain-like proteinase 1 (PLP1) and papain-like proteinase 2 (PLP2) are responsible for the cleavages located at the N-terminus of the replicase polyprotein. In addition, PLP2 possesses a deubiquitinating/deISGylating activity and processes both 'Lys-48'- and 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains from cellular substrates. PLP2 also antagonizes innate immune induction of type I interferon by blocking the nuclear translocation of host IRF-3 (By similarity).
The main proteinase 3CL-PRO is responsible for the majority of cleavages as it cleaves the C-terminus of replicase polyprotein at 11 sites. Recognizes substrates containing the core sequence [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Inhibited by the substrate-analog Cbz-Val-Asn-Ser-Thr-Leu-Gln-CMK. Also contains an ADP-ribose-1''-phosphate (ADRP)-binding function (By similarity).
The helicase which contains a zinc finger structure displays RNA and DNA duplex-unwinding activities with 5' to 3' polarity. Its ATPase activity is strongly stimulated by poly(U), poly(dT), poly(C), poly(dA), but not by poly(G).
The exoribonuclease acts on both ssRNA and dsRNA in a 3' to 5' direction.
Nsp7-nsp8 hexadecamer may possibly confer processivity to the polymerase, maybe by binding to dsRNA or by producing primers utilized by the latter.
Nsp9 is a ssRNA-binding protein.
NendoU is a Mn(2+)-dependent, uridylate-specific enzyme, which leaves 2'-3'-cyclic phosphates 5' to the cleaved bond.
Catalytic Activity
Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal).
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
Subunit
3CL-PRO exists as monomer and homodimer. Eight copies of nsp7 and eight copies of nsp8 assemble to form a heterohexadecamer. Nsp9 is a dimer. Nsp10 forms a dodecamer (By similarity).
Miscellaneous
Produced by -1 ribosomal frameshifting at the 1a-1b genes boundary.
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Keywords
3D-structure
Activation of host autophagy by virus
ATP-binding
Endonuclease
Exonuclease
Helicase
Host cytoplasm
Host membrane
Host-virus interaction
Hydrolase
Inhibition of host innate immune response by virus
Inhibition of host IRF3 by virus
Inhibition of host RLR pathway by virus
Membrane
Metal-binding
Methyltransferase
Modulation of host ubiquitin pathway by viral deubiquitinase
Modulation of host ubiquitin pathway by virus
Nuclease
Nucleotide-binding
Nucleotidyltransferase
Protease
Repeat
Ribosomal frameshifting
RNA-binding
RNA-directed RNA polymerase
Thiol protease
Transferase
Transmembrane
Transmembrane helix
Ubl conjugation pathway
Viral immunoevasion
Viral RNA replication
Zinc
Zinc-finger
Feature
chain Non-structural protein 1
Uniprot
EMBL
Proteomes
PRIDE
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009466 NSP11
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1143 Identity=59.05%
Cov(Q)=13.82% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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GO:0003678 F:DNA helicase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004519 F:endonuclease activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0039648 P:modulation by virus of host protein ubiquitination
GO:0044172 C:host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0039548 P:suppression by virus of host IRF3 activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0036459 F:thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host membrane
nsp7, nsp8, nsp9 and nsp10 are localized in cytoplasmic foci, largely perinuclear. Late in infection, they merge into confluent complexes (By similarity). With evidence from 2 publications.
Host endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment The helicase interacts with the N protein in membranous complexes and colocalizes with sites of synthesis of new viral RNA. With evidence from 2 publications.
nsp7, nsp8, nsp9 and nsp10 are localized in cytoplasmic foci, largely perinuclear. Late in infection, they merge into confluent complexes (By similarity). With evidence from 2 publications.
Host endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment The helicase interacts with the N protein in membranous complexes and colocalizes with sites of synthesis of new viral RNA. With evidence from 2 publications.
Topology
Length:
6717
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
405.966779999995
Exp number, first 60 AAs:
0.02428
Total prob of N-in:
0.00337
outside
1 - 1891
TMhelix
1892 - 1911
inside
1912 - 1954
TMhelix
1955 - 1977
outside
1978 - 2036
TMhelix
2037 - 2059
inside
2060 - 2060
TMhelix
2061 - 2080
outside
2081 - 2089
TMhelix
2090 - 2112
inside
2113 - 2457
TMhelix
2458 - 2480
outside
2481 - 2710
TMhelix
2711 - 2733
inside
2734 - 2739
TMhelix
2740 - 2757
outside
2758 - 2761
TMhelix
2762 - 2781
inside
2782 - 2787
TMhelix
2788 - 2810
outside
2811 - 3124
TMhelix
3125 - 3147
inside
3148 - 3234
TMhelix
3235 - 3257
outside
3258 - 3261
TMhelix
3262 - 3284
inside
3285 - 3290
TMhelix
3291 - 3308
outside
3309 - 3327
TMhelix
3328 - 3350
inside
3351 - 3361
TMhelix
3362 - 3379
outside
3380 - 3382
TMhelix
3383 - 3405
inside
3406 - 3427
TMhelix
3428 - 3450
outside
3451 - 6717
