Strain
Avian_MG812375
(Region: USA: IL; Strain: Sparrow deltacoronavirus strain ISU690-4, complete genome.; Date: 2017)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCAAGAACAAGTCCAAGCGCGACGCTATTGCGTTGCCTGAAGTAATACCACCACCGCTGCAGCTGTTCATTCATGTGGCAGCGGCTGAAGAGGGCCATCCTAAGGTTACCTCTCATCTTGGAAACTATAATTTGTACACCGCTAAGGCTCCGCCTGGTGTGCAGGTTATCAATTCCAAAACCTCACTCACTGACTTTGAGAATATCTTTGGAGCTCAACCCACCTTGCGGTCCATCCGTAATCTGGTTTGTGAGGCTCGCTCGGCTGAGTGGTCCACCTCCAAGGATGCTTTTGCACTCAAAGCCAAACAACTTGACTACTCTGATGCCGTCTTGAGGGCAATGGTTCGCTTCTGCCCCTCTAAGGTATCTGCACTTGCTGCCCTGTCTCTTTTTAACCGGCTGGTTAAAATTGAAGACAAGGAACTTGCAGCATTGGCTGCTGATACTGCCCTTGAATTGGCGTACACGGCTAAAATTGGTACAACCCTTGCGGACGCGAAGGTTGTTTCACTTACCCATAAGGATGCCTATCTTACCCTCAGCAATGAGGTCTTAGGCGTTCCTTTTACTGCAACACTCATGGCAAAGGCTACCACCATTAATGGGGCCATGCAATACTCCAACTTCTACCTTTACCCTCGTGCAACTATCAAAGTCGCCGATGGTAAGGCTGAAGCTATTTCAACTAAACTCTTGCCGGCTACTGTCAAAGGTAAGCCTGCTACTGAGGATGTTAACCTGCTCCCTGACTATCAGCAGTTGCTTGTCGATCAAGTTACTGGAACTGAAGTTAAGGTTGGAGCTATTACTTACATTAAGACCACTGACTCGCCACCTCTCTACTTTCCTAAAGTGAAGGGTGGCGTCATTGGTATTGCACTTAAACAGCAGGGCACAGCGGCTAAGAAACTCAATGTAGTTTTCCACGCCAAACCTGATGATGTCCTGCTGGCCTTCATTCAACTTCAGCAATTCTTGAACCGCACTGCGGACTCAAGTGTTGAAATCACTGATTGCCAGAGCTATGAAGTCTCACCAACCGTGACGGTCAAGATTGGACCGTCTAAACCTGGTGACATTGTTGTAGCTACTGAAGAAGATTACCTTAAATGCTTTGAGACCCCTGAGGTTGGAAAGCTTTATAAGGTTTTCCAAACACAATCTTGGGCGACAATTGAGCGCAGCTTCTCCTCACTGAAGGTGCGTGTGTCGAATGCCCTCTCCCAATTTATAAGTTTCTTGCAAACTCTTGCTGAAAACTTTTCTTCCATTACAACTGTTGTCACTGGACTCATTCATGAGTTACAGAGTCTGACTCTGGATGTGGCAGCACGTATTACTAATATCCAACTAGTTTACCGTGCAGGTAAGCTCATTGTTGACACTACTAATGCTATTGCAAAACTTTTCCAGCCACTTTGTGACTTTCTGTCACCCTTCCTTCGGAAGGTTGCTGGTTTTGCAGTCTACACTGTTGGTAACCGTATGCTTATGTTTACCAGCTGTGGCACTTTTCTTTTGACTAAAGCAACCACTAAGATACTTAACAAGGCCAAATACATCTTTGATGTTGAGCCTGAGTATCCTGTGGATGTAACAACTTCAAAAGTTGTAGTACATGAAACCTTACAGCAAACTGATACCAAGCCTACTAGGGCTCTAGAGGCGGTTGACGTTGTTGTGGGTAATACTGTGCTGCAAATGGCTACTGATGGCACCACTTTCTATCCTTCGGATGGAAGTCATGCCTCCCTACCAGGATTCAAAGCAGGTTCTGACGAGCTATTCATTAGCTTCAATTGTGACCTGTTTGATGATGAAACAAATGCTCAAATCAACGAAACACTCGCTGCATATGAGCTTAACCAATTAGTTGCTCCAGGTGATTCTACTCCACGTCAAATTGCGACGTTGGTGGTTGATACACTTGTTGATGCAATAACTGACCACTTTCCGGAGAAAACCATTGACTTGCCAGAGGACTACCAAGTCTTCTCAGCCCATGATGATCTCCCACTTGCCCAACATCACATACCATCCCACCTCAGCTTGTATATTCAAGCTATGGAAGGTGAAGATGATAGTGGTGATGAAATTATTGAGGATGACGATTACGATTGTCCTCAAGTTGAAGAAGACACTGATGGAGCAATTCCCCAACAATGGGATCTACCAGATGTCGATACATTCTTGCTCAAACTCAAGGAACGGAACACCAGAAGCGACGAAGTACTAAGCGTTGACATACACCCGAAGCCTAAGGCAGAGGTGGCCGTCCTCGCGCCGGAAAAGAAGCCTGACGGTGACCAAGTACAGAGTTCTGAGGACCCTTCCCCAGCTTCGGTTGAGGATGCGGTGTTTCCCGATTCAGCCCCTGAGGCTGTAACTCCTACTACTTCGTCTACCACCCAAGTAGATGAGGTCGAAGAACCCAAAACTGAACCTGAGTTGCGCTCCTATGACGGAGATTGCGACTCTGACGATGAAATCATAATACCTGTAGTACCAGATACGCCTGAGGATTGTAAGCCTCTGTCTGTGACTATCAGGGAATACTTTAATGCCCAGAAATTGGACACTATACCTGAAGGTTCTACTGAGTCTGTTGCTACAAAAGAATCCTCGGATGAGGAACCTTTTGTTGATGCAGAGCCCGCAGAACCACAACAAGATGCTGTTTATGATGATCAAGAAACCATCATAACTGACAGCACTGAACCAGACGAGGAGCCTGAAGTTACTTTGGCTACTATCGTCAACACCCCACTAACTATTGACAATAACTTGCCACCTGAAGCCATTAAACAACCGAGCCCGACAAAAGTTGAGCTAGTTGTTGGCGAGCTGTCAAGTATTAAATATGACAATTCTGTCCTAGTAAACCCTGCTAACCCGCAATTAACCAATGGTGGCGGTGCTGCCCTTGCTATTGCGAAATTAGCTGGACCTAAATATCAAGAGTACTGTAATAGTGTGGCTCCTATTAGTGGAACCCTCACTACTGACTCTTTTGATGCAAAGAAACTTGGCGTGGCCTGCATTTTACATGTTGTACCACCCAAGGGTTCTGACCCTAATGTTCAGGAGCTATTGTACCAAGCATACAAGAGCATCCTTAACGAACCAGCCCACTATGTAATACCCATACTTGGAGCTGGTATCTTTGGTTGCAATCCGGTACATTCACTGGATGCATTCAAGAAAGCCTGTCCTAGTGACATCGGTCGTGTTACCCTAGTCACTATGAACAAAAACCACTTGCAGGTGTGGGATGCCCTTAACAGGACAGTTGTCCGCACCACTCAAGATTTTGACCAAGTCACCACCAAGGCACTAACACCCCAGGGAGTGTTGGATGCTAATCTTTTTGATGGTGAAGACTTTGTTCAAGACCCAAAACCAGGTCAGATTTACTTAGAGGTTACTGACGAAGTTCAGAACCAGGCTAAGGAGCTTGACCTTACTTTGCAACAATATTGTGCCTACCTAAAAATGTGCCACCACTCTTGGAGTGTAAGTCGCACAAACGGGTTGATGCACCTCAAACAAAAGGATAACAACTGTTTTGTTAGTGCAGGTATAAACCTGTTCCAAAACACTGCTTATCAACTCAAGCCTGCCATTGATGCCCTCTATCGGGAGTATCTTAATGGCAACCCAAACAGATTTGTTGCTTGGATTTATGCATCCACTAATCGCAAGATCGGTGAGATGGGTTGTCCACAGCAAGTCATATCTTTGCTTGTCAATAACACTGACGCAAAGTTTTCTGCTACGACCGCCTGCTGTAACACCTACTTTAACCACCAGGGTGTTATTTCAGTCGCTCGTGAATATGATCCTTTGATACCAAAAGTCTACTGTATGAAGTGTGACATCTGGACCCCATTCACTCCACAGAGTGGTAAGGGTGCAGTTGCTATTGGCACTTCTGCAGAAGAACCTACTGGACCAGCCATTAAGTTTGCCGCAGCCCACTGCTGGTATACTAATGGCAAGAAAACAATTAATGGCTATGACGCTAAAGCTAACGTTGTAGCCACCTATCACAGATTTGACGTTCCTAAACCCCAACCGGTTGAGGAAATCGTTACACTTCCTGTGAAGAATGACTTTGAAGTTCTTAAGGTCGAGGAGTTGCCCCAGGATAGTGTCCTTCACTTGGACCCTCCTGCAGCACAACCACAACCTGAAGAACAACAACAACATGCTGAAGTTCTTGATAATCCGGATTATCTGGAGATTCTTGACCTTTGGATTCGTAGACCCAAATTCATCCTAGTTAAATCTTGGAGTGTTTTGGGTAGAGCTTTATGTAAGACCGGCAAAGTGGTCTTCTTAAGCGCAAAACTTGTGCAACGTTTCTACAACTATCTTGTGGAAATCGGAGCTATTGATGCTACTGCTAGAATTTCTATCGATCTAGCGTGTAAATTTGTTCGTAAGGTTGTACCTTCTTCGAACACTGTTCGCAAAACCTGTATTGGACTGTATTATTCAGCTCAGACACTTTTTGTTTCACTAGCACCCTTTCTTATGTTACCAGCAGTAGCTAGCCTGCTGAGCTCAGGTTACACTATTGGTACATACCTATTTGCAAAAACTGGGTGGCCTTGTAATTACAACGCCACTCAACACTTTGATTACAATTCTTACTGTGCTGGAGACTTGATATGTCAAGCTTGTTTTGACGGTCAAGACTCCCTACACTTATACTCGCATCTACGTGTTAATCAGCAGCCAATTCGTGCTAACGATTATACTGTTTATGCGTTGTCACTAATATTACTATTAGCTAACATGACACTTGTCGTGGCTACGCTATTAGTTACACTATTTGTTAACCTTTATGGAATACAAATACCCTTCTATGGCACACTGACTATAGACTACCAGTCTGCACTGGTTTTAACTTTTTCAGTGTACTATTTTTACAAAGTTATGAAGTTTTTCCGTCACCTCACGCATGGGTGTAAAACACCTACGTGTGCTGT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Protein
MAKNKSKRDAIALPEVIPPPLQLFIHVAAAEEGHPKVTSHLGNYNLYTAKAPPGVQVINSKTSLTDFENIFGAQPTLRSIRNLVCEARSAEWSTSKDAFALKAKQLDYSDAVLRAMVRFCPSKVSALAALSLFNRLVKIEDKELAALAADTALELAYTAKIGTTLADAKVVSLTHKDAYLTLSNEVLGVPFTATLMAKATTINGAMQYSNFYLYPRATIKVADGKAEAISTKLLPATVKGKPATEDVNLLPDYQQLLVDQVTGTEVKVGAITYIKTTDSPPLYFPKVKGGVIGIALKQQGTAAKKLNVVFHAKPDDVLLAFIQLQQFLNRTADSSVEITDCQSYEVSPTVTVKIGPSKPGDIVVATEEDYLKCFETPEVGKLYKVFQTQSWATIERSFSSLKVRVSNALSQFISFLQTLAENFSSITTVVTGLIHELQSLTLDVAARITNIQLVYRAGKLIVDTTNAIAKLFQPLCDFLSPFLRKVAGFAVYTVGNRMLMFTSCGTFLLTKATTKILNKAKYIFDVEPEYPVDVTTSKVVVHETLQQTDTKPTRALEAVDVVVGNTVLQMATDGTTFYPSDGSHASLPGFKAGSDELFISFNCDLFDDETNAQINETLAAYELNQLVAPGDSTPRQIATLVVDTLVDAITDHFPEKTIDLPEDYQVFSAHDDLPLAQHHIPSHLSLYIQAMEGEDDSGDEIIEDDDYDCPQVEEDTDGAIPQQWDLPDVDTFLLKLKERNTRSDEVLSVDIHPKPKAEVAVLAPEKKPDGDQVQSSEDPSPASVEDAVFPDSAPEAVTPTTSSTTQVDEVEEPKTEPELRSYDGDCDSDDEIIIPVVPDTPEDCKPLSVTIREYFNAQKLDTIPEGSTESVATKESSDEEPFVDAEPAEPQQDAVYDDQETIITDSTEPDEEPEVTLATIVNTPLTIDNNLPPEAIKQPSPTKVELVVGELSSIKYDNSVLVNPANPQLTNGGGAALAIAKLAGPKYQEYCNSVAPISGTLTTDSFDAKKLGVACILHVVPPKGSDPNVQELLYQAYKSILNEPAHYVIPILGAGIFGCNPVHSLDAFKKACPSDIGRVTLVTMNKNHLQVWDALNRTVVRTTQDFDQVTTKALTPQGVLDANLFDGEDFVQDPKPGQIYLEVTDEVQNQAKELDLTLQQYCAYLKMCHHSWSVSRTNGLMHLKQKDNNCFVSAGINLFQNTAYQLKPAIDALYREYLNGNPNRFVAWIYASTNRKIGEMGCPQQVISLLVNNTDAKFSATTACCNTYFNHQGVISVAREYDPLIPKVYCMKCDIWTPFTPQSGKGAVAIGTSAEEPTGPAIKFAAAHCWYTNGKKTINGYDAKANVVATYHRFDVPKPQPVEEIVTLPVKNDFEVLKVEELPQDSVLHLDPPAAQPQPEEQQQHAEVLDNPDYLEILDLWIRRPKFILVKSWSVLGRALCKTGKVVFLSAKLVQRFYNYLVEIGAIDATARISIDLACKFVRKVVPSSNTVRKTCIGLYYSAQTLFVSLAPFLMLPAVASLLSSGYTIGTYLFAKTGWPCNYNATQHFDYNSYCAGDLICQACFDGQDSLHLYSHLRVNQQPIRANDYTVYALSLILLLANMTLVVATLLVTLFVNLYGIQIPFYGTLTIDYQSALVLTFSVYYFYKVMKFFRHLTHGCKTPTCAVCAKLRTPPTITVETVVQGRKYPSVIETNGGFTICKEHNFYCKDCTSQNPGTFIPTEAIESLSRATKLSVKPTAPAFLLARDVECQTDVVVARATHNQNAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNRGSIKTAKELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSRPIDNYQEVVSRIEKYYPVTKITPSGDIFSDIKQATNGQATDSAINAAVLAVQRGLDFTVDNPNNILPHYAFDFTTLNAEDQSTILESGCAKGNLKGTNVGVVLSANLVTRLSQQAVRVIANAASRNGVTCAVTPATLVMRGNIATQPLTRIKAGAPPVRHKILRVILALAIVYFAAMALGFLANQITLNTVPTAKSDIRASTFYVVRDGVLDTIRSTDKCFANKFLAFDSHYQAPYTNSPDCPVVVGVVDVNTHSIPGIPAGVIHRDGLILNIYEQAIYETHQRQSMVRDALSLKTANLFNLGKRVVVGYTQREVVVGTSYLNSPALFNAKCTFLQYDGKRNLYCYDAVPKEHKLYSDVIPHVEYQAIDINGDLVPFKIPEQILFYPHIVRYTSNTYCRMGHCFNTNPGICISFTDAFPYSENTGPGVYCADTSVQLFSNLVLGTVSGIHVFTSTAALLGSTIVIILCVVAVLAVQRFFKEYTTFVMYTCGLAAFNIIGIALMYKCLVFALFYYAIYLYFVLTFPSFKRNVALFYLAVVIVPHVSNMQLLAIIVCSIIYFLYSYVHTVAKTAGKFSSFLDAAKSTFVIDNDKYVLLRDLAGAEFDQYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKFAVVQSLKTKLQAGIKILLHPSGVVERCIVSVVYNGSALNGIWLKNVVYCPRHVIGKYRGEQWSHMVSIADCRDFIVKCPTQGIQLNVQSVKMVGALLQLTVHTNNTATPDYKFERLAPGSSMTIACAYDGVVRHVYHVVLQLNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLYLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGNFYGPYVDEEVIQHQTAFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDARPKWLAQSQISVEDFNAWAANNSFANFPCEQTNMSYIMGLAQTARIPVERILNTIVQLTLNRDGALIMGSPDFECDWTPEMVYNQAPISLQSGVVKKTCMWFFHFLFMTFIILLAAIHVFPVQLYPIVLPGFTVVAFLLTLTIKHTVVFTTTYLLPSLLMMVVNANTFWIPNTFLRSCYESVFGSSLAMRLYGYSVAFYILIYAGLAINYTLNTFRYRATSFTTFCMQWLQYGYMANIVYQLLTKPWTEPLLFTAFSMLSSHPLLAAVSWWIADRVPLPIVMPDLAIRVVVYNIIGYVMCVRFGVIWLVNRLTTIPMGTYSYMVSVEQLKYMMAVKMAPPRNAFEVMIANIRLLGLGGNRNIAVSTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAVCKKIVKFHNDTLKATNYEEAEVALVKLLAHIIEFLPTDQVDAYLADASKAQHVNTYLDNLLEHKTVVQAVADINVNLDSYRIYKEADAIYKRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAVVGISNDNLKVIFNDKESYAHYVEGNTLIHKGVRYTIVKKLSLDNAPIEGVPEEFPVVVETVREGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAQDLNGNESTAKSFYVSRTGKKILVAITSTKDNLKTVTCLTETGKAILNLDPPMRFAHTVGGKQSVVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTQIEYQQNASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLADGGSPIQGCIQMIATMGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVHIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVNYDCTCGTSLQNSAYLNRVTGSSDARLEPLQPGTQPDAVKRAFHVHNDTTSGIFLSTKTNCARFKTKRSALPLPNKGDVDLYFVTKQCSAKVFEIEEKCYNALSTELYTTDESFGVLAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSRDVIQEILMTMCGTPEDWFGENWFDPIENPSFYKEFHKLGDILNLCVLNANKFASACIDAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIITQPGNGCVDLASYYSYLMPIMSMTHMLKCECMDSEGKPLEYDGFQYDFTDFKLALFEKYFKYWDRPYHPNTVDCPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSRATVDGHLVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMANINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGIAKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSNLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMLDIKMFLFCLEVADKYLEPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYAEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMCNINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTTSHINKEIADLHRSLYEDIYRGDSNDITVINRFYQHLQNYFGLMILSDDGVACIDSDVAKSGAVADLDGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMTVGPHEFCSQHTVLAEHDGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDAFQSLTDMSYINNFLNEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCNSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTSHKRIIAINNYICSVENCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSNYDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLLWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGSDTYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKALLPDSVGASYYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPSARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQDFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLSPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKASLAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKIGILVVFRQANELYNSLQFESIDSQLQSSDEKTLTPLYKRCGYDYNGVHPAHALTWHDCGTEYRCEEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDAYHNMFLTRDACRAYVQSWIGIDVEAAHAIKPNTGTNLPLQIGFSTGKNFSVVPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGEQFRHLKKDMRQARPWKVVRREIAAHIAEVAPHTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKLGMEEKCFCGRRACFTNGTEFACKAHHSLTTPQCDYVYNPFLIDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHANAHVASADAIMTVCLAIHELFSTVDWTLEFPVTAEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRKPGVKYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFTDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLSLAPLIYYSTTDCSSEQPIVVTYRDCVTRCNTGTTLCPVHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHAEGQLDVVINNNAVYAKVDTNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTKSLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWLDDDTIFQYTINVSTYTDVDPNTHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTKTKVKKAEPFVCRALTLNGLAIDGDELYIYLRQNNQLTTFTTMCTQGRNVEQFIPKTPMERDFLELSQESFIERYQLQDLGVEHIIYGEDSTPIIGGTHTLISLVKNKFEYQLVNHVYNPVQNCVVTSPNASSKNVCTVLDVLLDDYIDIIRQAHANYTTKSKVFTVSIDNQQIRFMLWHDEQVKTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLVTDLQPADIPNYHSYTPKVPGIVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMLPEGTVLIDLDIREFTSDANQIIITDYRTYMPPHHVDAIFSDLYSCDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSYSPELYSLAGWFDDYQLFCTAVNASSSETFLCCFNYLGYAKENINGFNLHASYIQWRNEIALTPTYSPLADNPATACKLKATPIISARELEKKPILRYLVASGRLLVRPPECRELY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009466 NSP11
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score= 947 Identity=51.49%
Cov(Q)=14.99% Cov(P)=98.22%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6259
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
322.859369999996
Exp number, first 60 AAs:
0.02185
Total prob of N-in:
0.02920
outside
1 - 1512
TMhelix
1513 - 1535
inside
1536 - 1592
TMhelix
1593 - 1615
outside
1616 - 1624
TMhelix
1625 - 1647
inside
1648 - 1995
TMhelix
1996 - 2018
outside
2019 - 2284
TMhelix
2285 - 2307
inside
2308 - 2327
TMhelix
2328 - 2350
outside
2351 - 2364
TMhelix
2365 - 2399
inside
2400 - 2816
TMhelix
2817 - 2836
outside
2837 - 2839
TMhelix
2840 - 2857
inside
2858 - 2863
TMhelix
2864 - 2886
outside
2887 - 2905
TMhelix
2906 - 2928
inside
2929 - 2934
TMhelix
2935 - 2957
outside
2958 - 2966
TMhelix
2967 - 2989
inside
2990 - 3000
TMhelix
3001 - 3023
outside
3024 - 6259
