Strain
Avian_MG812378
(Region: USA: MN; Strain: Sparrow deltacoronavirus strain ISU73347, complete genome.; Date: 2017)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCCAAGAACAAGTCCAAGCGCGACGCTATTGCGTTGCCTGAAGTAATACCACCACCGCTGCAGCTGTTCATTCATGTGGCAGCGGCTGAAGAGGGCCATCCTAAGGTTACCTCTCATCTCGGAAACTATAATTTGTACACCGCTAAGGCTCCGCCTGGTGTGCAGGTTATTAATTCCAAAACCTCACTTACTGACTTTGAGAATATCTTTGGAGCGCAACCCACCTTGCGGTCTATCCGTAATCTGGTATGTGAGGCTCGCTCGGCTGAGTGGTCCACCTCCAAGGATGCTTTTGCACTCAAAGCCAAACAACTTGACTACTCTGATGCCGTTTTGAGGGCAATGGTTCGCTTTTGTCCCTCTAAGGTATCTGCACTTGCTGCCCTGTCTCTTTTCAACCGGCTGGTTAAAATTGAAGATAAGGAACTTGCAGCATTGGCTGCTGATACTGCCCTTGAAGTGGCGTACACAGCCAAAATTGGTACAACCCTTGCGGACGCGAAGGTTGTTTCACTTACCCATAAGGATGCCTACCTTACCCTCAGCAATGAGGTTCTAGGTGTGCCTTTTACTGCAACACTCATGGCAAAGGCTACCACCATCAATGGAGCCATGCAATACTCTAACTTTTACCTCTACCCTCGTGCAACTATTAAAGTTGCTGACGGTAAGGCTGAAGCTATCTCAACCAAACTCTTGCCGGCTACCGTTAAAGGTAAGCCTGCTACTGAGGATGTTAATTTGCTCCCTGACTATCAGCAGTTGCTTGTTGATCAAGTAACTGGAACTGAAGTCAAGGTTGGAGCTATTACCTACATTAAGACCACTGACTCACCACCTCTCTACTTTCCCAAAGTGAAAGGTGGTGTCATTGGTATTGCACTTAAACAGCAGGGCACTGCGGCTAAGAAACTCAATGTAGTTTTCCATGCCAAACCTGATGATGTTCTGCTGGCTTTCATTCAACTTCAGCAATTCTTGAACCGCACTGCGGATTCAAGTGTTGAAATCACTGATTGCCAGAGCTATGAAGTTTCACCAACTGTGACGGTCAAGATTGGACCGTCTAAACCTGGTGATATCGTTGTAGCTACTGAAGAAGACTACCTTAAATGCTTTGAAACCCCAGAGGTTGGAAAGCTTTATAAGGTGTTCCAAACACAATCCTGGGCGACAATTGAGCGCAGCTTCTCCTCACTGAAGGTGCGTGTGTCGAATGCCCTTTCTCAATTTATAAGTTTCCTGCAAACCCTTGCTGAAAACTTCTCTTCAATTACTACTGTTGTCACCGGACTCATCCATGAGTTACAGAGTCTCACTCTGGATGTGGCAGCACGCATCACTAACATCCAACTTGTTTACCGTGCTGGTAAACTCATTGTTGACACTACTAATGCCATTGCAAAACTTTTCCAGCCACTCTGTGACTTTCTGTCACCCTTCCTTCGGAAGGTGGCTGGTTTTGCAGTTTACACTGTTGGTAACCGTATGCTTATGTTTACCAGCTGTGGCACTTTTCTATTGACTAAAGCAACCACTAAGATACTCAACAAGGCCAAATACATCTTTGATGTTGAGCCCGAGTACCCTGTGGATGTAACAACCTCAAAAGTTGTAGTACATGAAACCTTACAGCAGACTGATACCAAGCCTACTAGGGCTCTAGAGGCGGTTGACGTTGTTGTTGGTAACACTGTGCTGCAAATGGCTACTGATGGCACCACTTTCTATCCTTCGGATGGAAGTCATGCCTCCCTACCCGGATTCAAAGCAGGTTCTGACGAGCTACTTATTAGCTTCAATTGTGACCTGTTTGATGATGAAACCAATGCTCAAATCAACGAAACACTCGCTGCATATGAGCTTAACCAGCTAGTTGCTCCAGGTGATTCTACTCCACGTCAAATTGCGACGTTGGTGGTGGACACACTTGTTGATGCAATAACTGACCACTTTCCGGAGAAAACCATTGACTTGCCAGAGGACTATCAAGTCTTCTCAGCCCATGATGATCTCCCACTTGCTCAACATCACATACCATCTCACCTCAGCCTGTATATTCAAGCTATGGAGGGTGAAGATGATAGTGGTGATGAAATTATTGAGGATGATGACTATGCTTGTCCTCAAGTTGAAGAAGACACTAATGGAACAATTCCCCAACAATGGGACCTACCAGATGTCGATACATTCTTGCTCAAACTCAAGGAACGGAACACCAGAAGCGACGAAGTACTAAGCGTTGACATACACCCCAAGCCTAAGGCAGAGGTGGCCGTCTCCGCGTCGGAAAAGAAGCCTGATGGTGACCAAGTACAGAGTTCTGAGGACCCTTCTTCGGCTTCGGTCGAGATTGCGGTGTTTCCACATTCAGCCACTGAGGCTGTAAAACCACCTACTCCGCCTGAGCCCCGCGCAGACGAGGTAGAAAATTCAAAAACTGAACCTGAGTTACGCTCCTATGATGGAGATTGTGACTCTGACGATGAGATCATAATACCTGTAGTACCAGACACACCTGAGGATTGCAAGCCTCTGTCTGTGACTATCAGGGAATACTTTAATGCCCAGAAATTGGACACTATACCTGAAGGTTCTACTGAGTCTGTTGCTACAAAGGAATCCTCTGATGAGGAACCCTTTGTTGATGCAGAGCCTGCGGAACCACAACAAGATGCTGCTTATGATGATGAGACCATCATAACCGACAGCACCGAACCAGACGAGGAGCCTGAAGCTACTTTGGCTACTATCGTCAACACTCCACTAACTATTGACAATAACTTGCCACCTGAAGCCATTAAACAACCAAGCCCGACGAAAGTTGAGCTAGTTGTTGGCGAGCTGTCAGGTATCAAATATGACAATTCTGTTTTAGTAAATCCAGCTAACCCGCAATTAACCAATGGTGGCGGTGCTGCCCTTGCAATTGCGAAATTAGCAGGACCCAAATATCAAGAGTACTGTAATAGTGTTGCTCCCATTAGTGGGACCCTCACTACAGACTCCTTTGATGCAAAGAAACTTGGTGTGGCATGCATTTTACATGTTGTACCACCCAAGGGTTCTGATCCTAATGTTCAGGAGCTACTGTACCAAGCATACAAGAGCATCCTTAACGATCCAGCTCATTATGTAATACCCATACTGGGAGCTGGTATTTTCGGTTGCAATCCAGTACACTCACTGGATGCTTTCAAGAAAGCTTGTCCTAGTAACATAGGTCGTGTCACCTTAGTTACTATGAACAAAAACCACTTGCAGGTGTGGGATGCCCTTAATAGGACAGTTGTCCGCACCACCCAAGATTTTGACCAAGTCACCACCAAAGCACTAACACCCCAGGGAGTGTTAGATGCTAATCTCTTTGATGGTGAAGACTTTGTTCAAGACCCAAAACCAGGTCAGATTTACTTAGAGGTTACTGACGAAGTTCAGAACCAGGCTAAGGAGCTTGACCTTACTTTGCAACAATATTGTGCCTACCTAAAAATGTGCCATCACTCTTGGAGTGTAAGCCGCACAAACGGGTTGATGCACCTCAAACAAAAAGATAACAATTGTTTTGTTAGTGCAGGTATAAACCTGTTCCAGAACACTGCTTATCAACTCAAACCTGCCATTGATGCTCTCTATCGAGAGTATCTTAATGGCAACCCAAACAGATTTGTTGCTTGGATTTACGCATCCACTAATCGCAAGATTGGTGAGATGGGTTGTCCACAGCAAGTCATATCTTTGCTCGTCAATAATACTGACGCAAAGTTCTCTGCCACGACCGCCTGCTGTAACACCTACTTCAATCACCAGGGTGTTATTTCAGTCGCTCGTGAATACGATCCTTTGATACCAAAAGTCTACTGTATGAAGTGTGACATCTGGACACCATTCACTCCTCAGAGTGGTAAGGGTGCAGTTGCCATTGGCACTTCTGCAGAAGAACCTACTGGACCAGCCATTAAGTTTGCCGCAGCTCATTGCTGGTATACCAATGGCAAGAAAACAATTAATGGCTATGACACTAAAGCTAATGTCGTTGCCACCTATCACAGATTTGACGTCCCTAAACCCCAACCGGTAGAGGAAATCGTCACACTTCCTGTGAAGAATGACTTTGAAGTTCTTAAGGTTGAGGAGCTGCCCCAGGATAGTGTCCTTCATTTGGACCCTCCAGCAGCACAACCACAACCTGAGGAACAACAACAACATGCTGAAGTTCTTGATAATCCGGATTACCTGGAGATTCTTGACCTTTGGATTCGTAGACCCAAATTCATCCTAGTTAAATCTTGGAGTGTTCTGGGTAGAGCTTTATGTAAGACTGGTAAAGTGGTCTTCCTAAGCGCAAAACTTGTGCAACGTTTCTACAATTATCTTGTGGAAATCGGAGTTATTGATGCCACTGCTAGAATCTCTATAGATCTAGCATGTAAATTTGTTCGTAAGGTTGTACCTTCTTCGAACACCGTTCGCAAAACTTGTATTGGACTGTATTACTCAGCCCAGACACTTTTTGTTTCACTAGCACCTTTTCTTATGTTACCAGCAGTAGCTAGCCTGCTTAGCTCAGGTTACACTATTGGTACATATCTATTTGCAAAAACTGGGTGGCCTTGTAATTACAACGCCACTCAACACTTTGATTACAATTCATACTGTGCTGGAGACTTGATATGTCAAGCTTGCTTTGACGGTCAAGATTCCCTACACTTATACTCGCATCTACGTGTTAATCAGCAGCCAATTCGTGCTAATGATTACACTGTTTATGCGTTGTCACTAATACTACTACTAGCTAACATGACACTAGTCGTGGCCACGCTATTAGTTACATTATTTGTTAACCTTTATGGGATACAAATACCATTTTATGGCACACTGACTATAGACTACCAGTCTGCACTGGTTTTAACTTTTTCAGTGTACTACTTCTATAAAGTTATGAAGTTTTTCCGTCACCTCACGCATGGGTGTAAAACACCTACGTGTGCTGTGTG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Protein
MAKNKSKRDAIALPEVIPPPLQLFIHVAAAEEGHPKVTSHLGNYNLYTAKAPPGVQVINSKTSLTDFENIFGAQPTLRSIRNLVCEARSAEWSTSKDAFALKAKQLDYSDAVLRAMVRFCPSKVSALAALSLFNRLVKIEDKELAALAADTALEVAYTAKIGTTLADAKVVSLTHKDAYLTLSNEVLGVPFTATLMAKATTINGAMQYSNFYLYPRATIKVADGKAEAISTKLLPATVKGKPATEDVNLLPDYQQLLVDQVTGTEVKVGAITYIKTTDSPPLYFPKVKGGVIGIALKQQGTAAKKLNVVFHAKPDDVLLAFIQLQQFLNRTADSSVEITDCQSYEVSPTVTVKIGPSKPGDIVVATEEDYLKCFETPEVGKLYKVFQTQSWATIERSFSSLKVRVSNALSQFISFLQTLAENFSSITTVVTGLIHELQSLTLDVAARITNIQLVYRAGKLIVDTTNAIAKLFQPLCDFLSPFLRKVAGFAVYTVGNRMLMFTSCGTFLLTKATTKILNKAKYIFDVEPEYPVDVTTSKVVVHETLQQTDTKPTRALEAVDVVVGNTVLQMATDGTTFYPSDGSHASLPGFKAGSDELLISFNCDLFDDETNAQINETLAAYELNQLVAPGDSTPRQIATLVVDTLVDAITDHFPEKTIDLPEDYQVFSAHDDLPLAQHHIPSHLSLYIQAMEGEDDSGDEIIEDDDYACPQVEEDTNGTIPQQWDLPDVDTFLLKLKERNTRSDEVLSVDIHPKPKAEVAVSASEKKPDGDQVQSSEDPSSASVEIAVFPHSATEAVKPPTPPEPRADEVENSKTEPELRSYDGDCDSDDEIIIPVVPDTPEDCKPLSVTIREYFNAQKLDTIPEGSTESVATKESSDEEPFVDAEPAEPQQDAAYDDETIITDSTEPDEEPEATLATIVNTPLTIDNNLPPEAIKQPSPTKVELVVGELSGIKYDNSVLVNPANPQLTNGGGAALAIAKLAGPKYQEYCNSVAPISGTLTTDSFDAKKLGVACILHVVPPKGSDPNVQELLYQAYKSILNDPAHYVIPILGAGIFGCNPVHSLDAFKKACPSNIGRVTLVTMNKNHLQVWDALNRTVVRTTQDFDQVTTKALTPQGVLDANLFDGEDFVQDPKPGQIYLEVTDEVQNQAKELDLTLQQYCAYLKMCHHSWSVSRTNGLMHLKQKDNNCFVSAGINLFQNTAYQLKPAIDALYREYLNGNPNRFVAWIYASTNRKIGEMGCPQQVISLLVNNTDAKFSATTACCNTYFNHQGVISVAREYDPLIPKVYCMKCDIWTPFTPQSGKGAVAIGTSAEEPTGPAIKFAAAHCWYTNGKKTINGYDTKANVVATYHRFDVPKPQPVEEIVTLPVKNDFEVLKVEELPQDSVLHLDPPAAQPQPEEQQQHAEVLDNPDYLEILDLWIRRPKFILVKSWSVLGRALCKTGKVVFLSAKLVQRFYNYLVEIGVIDATARISIDLACKFVRKVVPSSNTVRKTCIGLYYSAQTLFVSLAPFLMLPAVASLLSSGYTIGTYLFAKTGWPCNYNATQHFDYNSYCAGDLICQACFDGQDSLHLYSHLRVNQQPIRANDYTVYALSLILLLANMTLVVATLLVTLFVNLYGIQIPFYGTLTIDYQSALVLTFSVYYFYKVMKFFRHLTHGCKTPTCAVCAKLRTPPTITVETVVQGRKYPSVIETNGGFTICKEHNFYCKDCTSQNPGTFIPTEAIESLSRATKLSVKPTAPAFLLARDVECQTDVVVARATHNQNAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVIIAADFDNRGSIKTAKELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSRPIDNYQEVVSRIEKYYPVTKINPTGDIFADIKQATNGQATDSAINAAVLAVQRGLDFTVDNPNNILPHYAFDFTTLNAEDQSTILESGCAKGNLKGTNVGVVLSANLVTRLSQQAIRVIANAASRNGVTCAVTPATLVMRGNIATQPLTRIKAGAPPVRHKVLRVILALAIVYFAAMALGFLANQITLNTVPTAKSDIRASTFYVVRDGVLDTIRSTDKCFANKFLAFDSYYQATYTNSPDCPVVVGVVDVNTHSIPGIPAGVIHRDGLILNIYEQAIYETHQRQSMVRDALSLKTANLFNLGKRVVVGYTQREVVVGTSYLNSQALFNAKCTFLQYDGKRSLYCYDAVPKEHKLYSDVIPHVEYQAIDINGDLVPFKIPEQILFYPHIVRYTSNTYCRMGHCFNTNPGICISFTDAFPYSENVGPGVYCADTTVQLFSNLVLGTVSGIHVFTSTAALLGSTIVIILCVVAVLAVQRFFKEYTTFVMYTCGLAAVNIIGIALMYKCLVFALFYYAIYLYFVLTFPSFKRNVALFYLAVVIVPHVSNMQLLAIIVCSIIYFLYSYVHTVAKTAGKFSSFLDAAKSTFVIDNDKYVLLRDLAGADFDQYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKFAVVQSLKTKLQAGIKILLHPSGVVERCIVSVVYNGSALNGIWLKNVVYCPRHVIGKYRGEQWSHMVSIADCRDFIVKCPTQGIQLNVQSVKMVGALLQLTVHTNNTATPDYKFERLAPGSSMTIACAYDGVVRHVYHVVLQLNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLYLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGNFYGPYVDEEVVQHQTAFQYYTDNVVAQLYAHLLTVDARPKWLAQSQISVDDFNAWAANNSFANFPCEQTNMSYIMGLAQTARIPLERILNTIVQLTLNRDGALIMGSPDFECDWTPEMVYNQAPISLQSGVVKRTCMWFFHFLFMAFIILLAAIHVFPVHLYPIVLPGFTVVAFLLTLTIKHTVVFTTTYLLPSLLMMVVNANTFWIPNTFLRSCYESVFGSSLAMRLYGYSVAFYILIYAGLAINYTLNTFRYRATSFTTFCMQWLQYGYMANIVYQLLTKPWTEPLLFTAFSMLSSHPLLAAVSWWIADRVPLPIVMPDLAIRVVVYNIIGYVMCVRFGTIWLVNRLTTIPMGTYSYMVSVEQLKYMMAVKMAPPRNAFEVLIANIRLLGLGGNRNIAVSTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAVCKKIVKFHNDTLKATNYEEAEVALVKLLAHIIEFLPTDQVDAYLADASKAQHVNTYLDNLLEHKTVVQAVADININLDSYRIYKEADAIYKRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWEREAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRIKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAVVGISNDNLKVIFNDKDSYTHYVEGNTLIHKGVRYTIVKKLSLDNAPVDGVPEEFPVVVETVREGVPQLQNNELCLRNVFTAQNTAHDINGNESNAKSFYVTRTGKKILVAITSTKDNLKTVTCLTETGKAILNLDPPMRFAHTVGGKQSVVYLYFIQNISSLNRGMVIGHISGTTILQANGTQIEYQQNASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLADGGSPIQGCIQMIATMGPGFAVTTKPQPNEHQYSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVHIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVNYDCTCGTSLQNSAYLNRVTGSSDARLEPLQPGTQPDAVKRAFHVHNDTTSGIFLSTKTNCARFKTKRSALPLPNKGDVDLYFVTKQCSAKVFEVEEKCYNALSSELYTTDESFGVLAKTEFFKFDKIPNVNRQYLTKYTLLDLAYALRHLSTSRDVIQEILMTMCGTPEDWFGENWFDPIENPSFYKEFHKLGDILNRCVLNANKFASACIDAGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIITQPGNGCVDLASYYSYLMPIMSMTHMLKCECMDSEGKPLEYDGFQYDFTDFKLALFEKYFKYWDRPYHPNTADCPDDRCVLHCANFNVLFAMCIPNTAFGNLCSRATVDGHLVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMANINLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGIAKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSNLLDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMLDIKMFLFCLEVADKYLESYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYAEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKMLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMCNINNPILVGWDYPKCDRSMPNMLRIAASCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTTSHINKDIADLHRSLYEDIYRGDSNDITVINRFYQHLQNYFGLMILSDDGVACIDSDVAKSGAVADLDGFRDILFYQNNVYMADSKCWTETDMTVGPHEFCSQHTVLAEHDGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGILDAFQSLTDLSYINNFLNEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCNSPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTQTSHKRVIAINNYICSVENCNEDNVEKLFISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSNYDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVKDVYDQRFIKLLWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGSDTYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKALLPDSVGASYYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGLAKYYPSARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYNHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLSPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVETVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDDVTFISPYNAMNVKASLAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKIGILVVFRQANELYNSLQFESIDSQLQSSDEKTLTPLFKRCGYDYNGVHPAHALTWHDCGTEYRCEEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDAYHNMFLTRDACRAYVQSWIGIDVEAAHAIKPNTGTNLPLQIGFSTGKNFSVVPEGIWVNEHGSCTEPVPAKIPPGEQFRHLKKDMRQARPWKVVRREIAAHIAEVAPHTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKLGMEEKCFCGRRACFTNGTEFACKAHHSLTTPQCDYVYNPFLVDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHANAHVASADAIMTVCLAIHELFSTVDWTLEFPVTAEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRKPGVKYHFYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFTDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGSALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLSLAPLIYYSTTDCSSEQPIVVTYRDCVTRCNTGTTLCPVHALEYQEFINAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHAEGQLDVVINNNAVYAKVDTNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTKSLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWLDDDTIFQYTINVSTYTDVDPNTHVVLCDDRYGTDWSQFNQLPNAVFLTKTKVKKAEPFVCRALTLNGLAIDGDELYIYLRQNNQLTTFTTMCTQGRNVEQFIPKTPMERDFLELSQDSFIEQYQLQDLGVEHIIYGEDSTPIIGGTHTLISLVKNKFEYQLVNHVYNPVQNCVVTSPNASSKNVCTVLDVLLDDYIDIIRQAHANYTTKSKVFTVSIDNQQIRFMLWHDEQVKTCYPILQSLTNGYQMPSVYKTLVTDLQPADIPNYHSYTPKVPGIVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASALGTAPGSSVIKQMLPEGTVLIDLDIREFTSDANQIIITDYRTYMPPHHVDAIFSDLYSCDDIHFFDNLIRIVKERLALGGSIFVKITEHSYSPELYSLAGWFDDYQLFCTAVNASSSETFLCCFNYLGYAKENINGFNLHASYIQWRNEIALTPTYSPLADNPATACKLKATPIISARELEKKPILRYLVSSGRLLVRPPECRELY
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009466 NSP11
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score= 946 Identity=51.49%
Cov(Q)=14.99% Cov(P)=98.22%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6258
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
324.279569999996
Exp number, first 60 AAs:
0.02185
Total prob of N-in:
0.02920
outside
1 - 1511
TMhelix
1512 - 1534
inside
1535 - 1591
TMhelix
1592 - 1614
outside
1615 - 1623
TMhelix
1624 - 1646
inside
1647 - 1994
TMhelix
1995 - 2017
outside
2018 - 2283
TMhelix
2284 - 2306
inside
2307 - 2326
TMhelix
2327 - 2349
outside
2350 - 2363
TMhelix
2364 - 2398
inside
2399 - 2815
TMhelix
2816 - 2835
outside
2836 - 2838
TMhelix
2839 - 2856
inside
2857 - 2862
TMhelix
2863 - 2885
outside
2886 - 2904
TMhelix
2905 - 2927
inside
2928 - 2933
TMhelix
2934 - 2956
outside
2957 - 2965
TMhelix
2966 - 2988
inside
2989 - 2999
TMhelix
3000 - 3022
outside
3023 - 6258
